BACKGROUND Carrion’s disease (CD) is a neglected biphasic illness caused by Bartonella bacilliformis, a Gram-negative bacteria found in the Andean valleys. The spread of resistant strains underlines the need for novel antimicrobials against B. bacilliformis and related bacterial pathogens. OBJECTIVE The main aim of this study was to integrate genomic-scale data to shortlist a set of proteins that could serve as attractive targets for new antimicrobial discovery to combat B. bacilliformis. METHODS We performed a multidimensional genomic scale analysis of potential and relevant targets which includes structural druggability, metabolic analysis and essentiality criteria to select proteins with attractive features for drug discovery. FINDINGS We shortlisted seventeen relevant proteins to develop new drugs against the causative agent of Carrion’s disease. Particularly, the protein products of fabI, folA, aroA, trmFO, uppP and murE genes, meet an important number of desirable features that make them attractive targets for new drug development. This data compendium is freely available as a web server (http://target.sbg.qb.fcen.uba.ar/). MAIN CONCLUSION This work represents an effort to reduce the costs in the first phases of B. bacilliformis drug discovery.

ABSTRACT hat codify metallo-β-lactamases (MBL) in clinical isolates of Pseudomona aeruginosa (P. aeruginosa), a cross-sectional study was conducted in the Central Military Hospital (HMC) of Lima, Peru, between January and September, 2016. Seventy-six (76) isolates of P. aeruginosa with diminished sensitivity to carbapenemes and resistant to ceftazidime were analyzed. The phenotype detection of MBL was made by double disc synergy between imipenem and meropenem versus ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), and the identification of the genes was performed by polymerase chain reaction. Of the 76 isolates, 24 (31.6%) were positive for MBL by the phenotype method, genetically confirming all. The blaIMP gene was found in 23/24 (95.8%) and blaVIM in 1/24 (4.2%). No isolate had blaNDM. The blaIMP gene turned out to be the most frequent among clinical isolates of P. aeruginosa not sensitive to carbapenemics at this Hospital.

RESUMEN Con el objetivo de caracterizar y determinar la frecuencia de genes que codifican metalo-β-lactamasas (MBL) en aislados clínicos de Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), se realizó un estudio transversal en el Hospital Militar Central (HMC) de Lima, Perú, entre enero y setiembre del 2016. Se analizaron 76 aislados de P. aeruginosa con sensibilidad disminuida a carbapenémicos y resistentes a ceftazidima. La detección fenotípica de MBL se realizó por el método de sinergia de doble disco entre imipenem y meropenem frente al ácido etilendiaminotetraacético (EDTA), y la identificación de los genes por reacción en cadena de la polimerasa. De los 76 aislados, 24 (31,6 %) fueron positivos para MBL por el método fenotípico, confirmándose genéticamente todos. Se encontró el gen bla IMP en 23/24 (95,8 %) y bla VIM en 1/24 (4,2 %). Ningún aislado presentó bla NDM. El gen bla IMP resultó ser el más frecuente entre los aislados clínicos de P. aeruginosa no sensibles a carbapenémicos en el HMC.

hat codify metallo-β-lactamases (MBL) in clinical isolates of Pseudomona aeruginosa (P. aeruginosa), a cross-sectional study was conducted in the Central Military Hospital (HMC) of Lima, Peru, between January and September, 2016. Seventy-six (76) isolates of P. aeruginosa with diminished sensitivity to carbapenemes and resistant to ceftazidime were analyzed. The phenotype detection of MBL was made by double disc synergy between imipenem and meropenem versus ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), and the identification of the genes was performed by polymerase chain reaction. Of the 76 isolates, 24 (31.6%) were positive for MBL by the phenotype method, genetically confirming all. The blaIMP gene was found in 23/24 (95.8%) and blaVIM in 1/24 (4.2%). No isolate had blaNDM. The blaIMP gene turned out to be the most frequent among clinical isolates of P. aeruginosa not sensitive to carbapenemics at this Hospital.

Con el objetivo de caracterizar y determinar la frecuencia de genes que codifican metalo-β-lactamasas (MBL) en aislados clínicos de Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), se realizó un estudio transversal en el Hospital Militar Central (HMC) de Lima, Perú, entre enero y setiembre del 2016. Se analizaron 76 aislados de P. aeruginosa con sensibilidad disminuida a carbapenémicos y resistentes a ceftazidima. La detección fenotípica de MBL se realizó por el método de sinergia de doble disco entre imipenem y meropenem frente al ácido etilendiaminotetraacético (EDTA), y la identificación de los genes por reacción en cadena de la polimerasa. De los 76 aislados, 24 (31,6 %) fueron positivos para MBL por el método fenotípico, confirmándose genéticamente todos. Se encontró el gen blaIMP en 23/24 (95,8 %) y blaVIM en 1/24 (4,2 %). Ningún aislado presentó blaNDM. El gen blaIMP resultó ser el más frecuente entre los aislados clínicos de P. aeruginosa no sensibles a carbapenémicos en el HMC.

Bartonella bacilliformis is the etiologic agent of Carrion's disease, which if endemic to Peru. Studies on antimicrobial resistance genes from clinical isolates of this pathogen are scarce, and the molecular characteristics of these genes and their region resistance-associated are currently unknown. In this work we made the molecular characterization of the quinolone-resistance, and establish the region (QRDR) for the topoisomerase IV, which is encoded by the parC and parE genes, as well as develop an antimicrobial susceptibility test for B. bacilliformis. 65 Blood samples from La Libertad, Cusco, Ancash and Piura were processed on Blood Agar plates and incubated at 30 °C, 5% CO2. The antimicrobial susceptibility was determined, then the genomic DNA extracted, aforementioned genes amplified, their sequence determined and it analyzed using bioinformatics tools. Six positive cultures were obtained. The isolates were susceptible to Ciprofloxacin (except one strain from Quillabamba _ Cusco, which showed decreased susceptibility) and were resistant to Nalidixic Acid. From the sequence analysis of B. bacilliformis ParC and ParE there have been shown amino acid differences compared to the respective protein sequences from E. coli K12 MG1655, which is likely to confer resistance to Nalidixic Acid but not to Ciprofloxacin. It was determined that B. bacilliformis ParC and ParE proteins QRDRs are comprised between amino acids 67 to 118 and 473 to 530, respectively. The antibiogram and the minimal inhibitory concentration are best assessed using the #1 McFarland standards after a 6-day incubation period

Bartonella bacilliformis es el agente etiológico de la Enfermedad de Carrión, endémica del Perú. Pocas investigaciones han sido realizadas acerca de los genes asociados a la resistencia antimicrobiana en aislados clínicos de este patógeno. Estos genes no están caracterizados molecularmente, ni se conoce la región asociada a dicha resistencia. Por ello, el objetivo del este trabajo fue caracterizar molecularmente la región determinante de la resistencia a las quinolonas (QRDR) en la topoisomerasa IV, que está codificada por los genes parC y parE, así como también desarrollar una prueba de susceptibilidad antimicrobiana para B. bacilliformis. Las muestras sanguíneas de 65 pacientes procedentes de La Libertad, Cusco, Ancash y Piura, se sembraron en placas de agar sangre e incubaron a 30 °C con 5% CO2. Luego se procedió a: (1) determinar la susceptibilidad antimicrobiana y (2) extraer el DNA genómico, amplificar los genes mencionados, secuenciarlos y analizarlos mediante herramientas bioinformáticas. Se obtuvieron 6 cultivos positivos. Los aislados fueron sensibles a la ciprofloxacina (excepto uno procedente de Quillabamba-Cusco, que presentó susceptibilidad disminuida) y resistentes al ácido nalidíxico. Del análisis de las secuencias aminoacídicas de ParC y ParE de B. bacilliformis se concluye que presentan diferencias aminoacídicas en comparación con las secuencias de las proteínas respectivas de E. coli K12 MG1655, que probablemente confieran resistencia al ácido nalidíxico pero no a la ciprofloxacina. Se determinó que las QRDR de las proteínas ParC y ParE de B. bacilliformis están comprendidas entre los aminoácidos 67 al 118 y 473 al 530, respectivamente. El antibiograma y la concentración mínima inhibitoria se evalúan mejor usando inóculos a escala 1 de McFarland y a los 6 días de incubación