Abstract Brachidontes exustus (Mollusca, Mytilidae) is mainly distributed in Central America, where it has been recognized as a _lataforma species. This study aimed to determine whether B. exustus extends beyond the Amazon Barrier and southward along the Brazilian West Atlantic coast. Mitochondrial genes coding for cytochrome-c oxidase, subunit I (COI) and 16S subunit of ribosomal _lataforma__ cid (16S rRNA) were analyzed with _lata parameters on Brazilian populations (Salvador, Arraial do Cabo and Fernando de Noronha) of scorched mussels previously recorded as B. exustus. Multivariate morphometric _latafor showed partial discrimination of species. Molecular _latafor confirmed B. exustus at Salvador, a population highly similar to Cartagena (Colombia), both belonging to the Atlantic Clade of the B. exustus complex. This fact adds evidence to the idea of the Amazon outflow as a semipermeable barrier. In the southeast of Brazil, B. exustus was not found; instead, B. darwinianus is the species represented at Arraial do Cabo (state of Rio de Janeiro), associated with brackish _lataf. Scorched mussels from Fernando de Noronha are most closely related to B. puniceus from Cape Verde with 4.4% differentiation. Demonstrating an independent evolutionary history since at least the beginning of the Pleistocene, its proposed new name is B. noronhensis.

A metodologia para amplificação subtipo-específica por PCR da região transmembrana do gene env (gp41) do HIV-1, descrita por Yagyu e colaboradores, foi testada a partir de DNA proviral de 100 pacientes infectados pelo HIV-1 de Itajaí, Sul do Brasil. Setenta indivíduos apresentaram produtos amplificados e correspondentes aos subtipos B, C, D e F de acordo com a metodologia escolhida. Destes indivíduos, 26 (37,1%) apresentaram a amplificação esperada para o subtipo C de acordo com a metodologia; 42 (60%) apresentaram os produtos esperados para os subtipos B e D, sendo que na etapa seguinte de diferenciação destes subtipos, 16 (22,9%) corresponderam ao subtipo D e 26 (37,1%) ao subtipo B. Dois indivíduos (2,9%) mostraram produtos amplificados após a amplificação específica para o subtipo F. O sequenciamento e a comparação com sequências referências confirmou a subtipagem de HIV-1 C e B obtida pela metodologia. No entanto, indivíduos subtipados erroneamente como HIV-1 D e F pela metodologia, foram classificados pela comparação com sequências referências como subtipos C e B, respectivamente. Em relação aos indivíduos que não mostraram produtos amplificados, a baixa carga viral observada no histórico destes pacientes seria em parte responsável pela dificuldade na subtipagem pela metodologia de PCR, como demonstrado pelo resultado significativo no ANOVA ao testar o efeito da carga viral no sucesso da amplificação. O alinhamento das sequências obtidas com sequências referências de HIV-1 correspondentes à região da gp41 demonstrou que há uma alta diversidade intra-subtipo e que as regiões a partir das quais foram desenhados os oligonucleotídeos iniciadores HIV-1 subtipo-específicos não são conservadas nem suficientemente representativas dos subtipos observados nas populações brasileiras para permitir sua correta identificação. Portanto, esta metodologia não é aplicável para populações virais brasileiras.

The method used by YAGYU et al. for the subtype-specific polymerase chain reaction (PCR) amplification of the gp41 transmembrane region of the human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) env gene, was tested. HIV-1 proviral DNA from 100 infected individuals in Itajaí, South Brazil was used to analyze this method. Seventy individuals were determined according to this method as having PCR products at the expected size for subtypes B, C, D and F. Of these individuals, 26 (37.1%) were observed as having the expected amplification for subtype C, and 42 (60%) were observed as having the expected products for subtypes B and D. Of the subtype B and D amplicons, 16 (22.9%) were classified as subtype D, and 26 (37.1%) were classified as subtype B. Two individuals (2.9%) had amplicons that were observed after subtype F-specific amplification was performed. Sequencing and comparing the patient sequences to reference sequences confirmed the classification of sequences of subtypes C and B. However, sequences that were falsely determined as being D and F in the PCR assay were determined as being subtypes C and B, respectively, by sequence analysis. For those individuals from whom no amplified products were obtained, a low viral load that was indicated in their patient history may explain the difficulty in subtyping by PCR methods. This issue was demonstrated by the results of ANOVA when testing the effect of viral load on the success of PCR amplification. The alignment of the obtained sequences with HIV-1 reference sequences demonstrated that there is high intra-subtype diversity. This indicates that the subtype-specific primer binding sites were not conserved or representative of the subtypes that are observed in the Brazilian populations, and that they did not allow the correct classification of HIV-1 subtypes. Therefore, the proposed method by YAGYU et al. is not applicable for the classification of Brazilian HIV-1 subtypes.

A lontra neotropical de rio Lontra longicaudis (Olfers, 1818), cujo estado de conservação é ainda desconhecido, foi estudada geneticamente na Estação Ecológica do Taim e nas margens do arroio Vargas, RS, sul do Brasil. Amostras de fezes foram coletadas e o DNA foi extraído por um método de sílica-guanidina. Cinco locos de microsatélites foram amplificados por PCR utilizando primers heterólogos previamente descritos para Lutra lutra (Linnaeus, 1758). Dezesseis amostras de fezes de um total de 29 coletadas no Taim e onze das 14 obtidas no arroio Vargas contiveram DNA suficiente para prosseguir com a analise genética. Um total de 49 alelos foram obtidos, dos quais 18 foram exclusivos de indivíduos do Taim e 17 exclusivos dos indivíduos do arroio Vargas. Em três locos (Lut715, Lut733 e Lut818) os indivíduos das duas localidades compartilharam o alelo mais comum. Foi encontrada uma alta diversidade genética (NeTaim=4,1; HoTaim=0,299; HeTaim=0,681; NeVargas=4,9; HoVargas=0,355; HeVargas=0,724), sendo esta maior no arroio Vargas. Uma alta e significativa deficiência de heterozigotos foi observada em quase todos os locos de acordo com o teste do χ2. O teste do χ2 de homogeneidade genética (P<0,001) mostrou diferenças significativas entre as freqüências alélicas das duas localidades. A genotipagem para mais de um loco foi possível em 81,5% das amostras, sendo que somente em 37% destes foi possível a genotipagem para mais de três locos. Foi encontrado um baixo grau de parentesco entre os indivíduos do Taim (R=0,055±0,310), sendo este ainda menor nos indivíduos do arroio Vargas (R=-0,285±0,440). O grau significativo de diferenciação genética (I=0,890; F ST=0,059) entre os indivíduos do Taim e do arroio Vargas sugere a existência de mais de uma população de lontras no extremo sul do Brasil, que provavelmente estejam associadas aos diferentes corpos de água existentes nesta região: a Lagoa Mirim e o sistema de lagoas Cauivá/Flores/Mangueira. A alta diversidade genética e o baixo grau de parentesco dos indivíduos do arroio Vargas nos leva a considerar a possibilidade que o arroio Vargas possa estar atuando como um corredor entre estes corpos de água para a dispesão das lontras.

A genetic study of the neotropical river otter Lontra longicaudis (Olfers, 1818), which has an unknown conservation status, was carried out at the Taim Ecological Station and the margins of the Vargas stream, Rio Grande do Sul, southern Brazil. Faecal samples were collected, and DNA was extracted using a silica-guanidine method. Five microsatellite loci were amplified using PCR with heterologous primers previously described for Lutra lutra (Linnaeus, 1758). Sixteen faecal samples out of 29 from Taim and 11 out of 14 from Vargas stream margins contained enough DNA for genetic analysis. A total of 49 different alleles were found at both localities, from which 18 were exclusively found in individuals from Taim and 17 were exclusives from Vargas individuals. The most common allele was the same at both locations for three loci (Lut715, Lut733, and Lut818). A high level of genetic diversity was found at both sites (NeTaim=4.1, HoTaim=0.299, HeTaim=0.681; NeVargas=4.9, HoVargas=0.355, HeVargas=0.724), being higher at the Vargas stream site. A high and significant level of heterozygote deficiency was observed at most loci according to the χ2 test. The homogeneity χ2 test (P<0.001) showed that there were significant differences in the allele frequencies between the two locations. Genotyping for more than one locus was possible in 81.5% of samples, from which only 37% were possible to genotype for more than three loci. A low degree of relatedness was found among individuals from Taim (R=0.055±0.310), but an even lower value of relatedness was found at the Vargas site (R= -0.285±0.440). The significant degree of differentiation (I=0.890; F ST=0.059) found between Taim and Vargas individuals suggests that there is more than one population of otters in the southern extreme of Brazil, which probably are associated with the water body systems found in this region, the Mirim and the Caiuvá/Flores/Mangueira Lagoons. The high genetic diversity and low relatedness found at the Vargas stream, lead us to believe that the Vargas stream may be acting as a corridor between these water bodies for otter dispersion.