Resumen Los objetivos fueron analizar la estructura y variabilidad genética del bisonte americano con marcadores genéticos de tipo SNP. Se muestrearon 174 bisontes y se analizaron 42,366 SNP distribuidos en los 29 cromosomas. Se estimó la heterocigosis esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (CIP), índice de fijación (FIS), índice de Shannon (IS), desequilibrio de ligamiento y relación de parentesco (Rij; %), así como el tamaño efectivo de población (Ne). Se realizó un análisis de estructura genética para inferir cuántas líneas o genomas (k) definen la población. Se identificó y seleccionó un panel con 2,135 SNP polimórficos, con un promedio de 74 SNP por cromosoma. En el proceso de exclusión, 84.5 % fueron monomórficos, 8.5 % con porcentaje de usables menor a 90 %, 6.3 % con frecuencia del alelo menor inferior a 0.01 y 0.70 % por desequilibrio Hardy-Weinberg (P<0.05). Las estimaciones de IS, Ho, He, FIS y CIP fueron de 0.30, 0.187, 0.182, -0.029 y 0.152, respectivamente. Se generaron 15,051 estimaciones de Rij, el valor promedio de éstas fue 7.6 %, y el 45.1 % de ellas fue igual a cero. El Ne fue de 12.5, señalando un posible incremento de consanguinidad por generación de 4 %. Se identificaron tres líneas genéticas, con proporciones de 0.730, 0.157 y 0.113; dado el origen de la población, se asocian a selección natural o deriva genética. La variabilidad genética, así como los niveles de la Rij, se deben de considerar en esquemas de conservación.
Abstract Controlling for genetic variables to managing conservation populations. Single nucleotide polymorphism (SNP) genetic markers were used to analyze genetic structure and variability in an American bison population in the state of Chihuahua, Mexico. A total of 174 individuals were sampled and analysis done of 42,366 SNP distributed in 29 chromosomes. Estimates were done of expected (He) and observed (Ho) heterozygosity, polymorphic information content (PIC), the fixation index (FST), the Shannon index (SI), linkage disequilibrium (LD), kinship relationships (Rij; %), and effective population size (Ne). A genetic structure analysis was run to infer how many lines or genomes (k) define the studied population. A panel with 2,135 polymorphic SNPs was identified and selected, with an average of 74 SNP per chromosome. In the exclusion process, 84.5 % were monomorphic, 8.5 % had a usable percentage less than 90 %, 6.3 % had a minor allele frequency less than 0.01 and 0.70 % exhibited Hardy-Weinberg disequilibrium (P<0.05). Estimated values were 0.30 for the SI, 0.187 for Ho, 0.182 for He, -0.029 for the FST, and 0.152 for PIC. Of the 15,051 Rij estimates generated, the average value was 7.6 %, and 45.1 % were equal to zero. The Ne was 12.5, indicating a possible increase of 4 % in consanguinity per generation. Three genetic lines were identified (proportions = 0.730, 0.157 and 0.113), and, given the study population’s origin, are probably associated with natural selection or genetic drift. Genetic variability, as well as Rij levels, must be considered in conservation schemes.