Abstract: Since May 2020, we have been conducting a comprehensive study to understand the natural history of SARS-CoV-2 infection in Rio de Janeiro, Brazil. Our focus has been on following families, systematically collecting respiratory tract swabs and blood samples, monitoring symptoms, and gathering data on vaccine status. This paper aims to describe the household cohort across five epidemic waves of SARS-CoV-2, providing an overview of the collected data and a description of the epidemiological, clinical, and immunological characteristics and incidence of SARS-CoV-2 infection. Our cohort includes 691 participants from 189 households. During the five epidemic waves, we detected 606 infections. The incidence density of SARS-CoV-2 infection ranged from 4 (Delta) to 56 (B.1.1.33) per 1,000 person-week, with a peak in wave B.1.1.33 in all age groups. The seroprevalence of SARS-CoV-2 antibodies (IgG anti spike protein) varied from 37%, in the pre-VoC period, to 99%, in the Omicron period, progressively increasing after each wave in a similar manner regardless of age. As we have monitored the cohort continuously since the beginning of the pandemic, we were able to collect data across different scenarios according to the predominant lineage in circulation. Via active monitoring of families, we were able to carry out an epidemiological surveillance on SARS-CoV-2, including its variants, persistence of symptoms, and changes in immunity over time in the population, contributing to knowledge of the natural history of SARS-CoV-2 infection.

Resumen: Desde mayo de 2020 se realiza un estudio exhaustivo con el fin de estimar el curso natural de la infección por SARS-CoV-2 en Río de Janeiro, Brasil. Se aplica un seguimiento a las familias en el cual se recolectan sistemáticamente muestras de sangre y de las vías respiratorias, se controlan los síntomas y se recogen datos sobre el estado de vacunación. Este artículo tiene como objetivo describir la cohorte de hogares durante cinco olas epidémicas de SARS-CoV-2, y proporcionar una visión general de los datos recopilados y una descripción de las características epidemiológicas, clínicas e inmunológicas, y de la incidencia de la infección por SARS-CoV-2. La cohorte incluyó a 691 participantes de 189 hogares. A lo largo de las cinco olas epidémicas, se detectaron 606 infecciones. La densidad de incidencia de la infección por SARS-CoV-2 varió de 4 (Delta) a 56 (B.1.1.33) por cada 1.000 personas por semana, y fue más alta en la ola B.1.1.33 en todos los grupos de edad. La seroprevalencia de anticuerpos contra el SARS-CoV-2 (proteína IgG antipico) varió del 37% en el período anti-VOC al 99% en el período Ómicron y aumentó ola tras ola de manera similar, independientemente de la edad de los participantes. El monitoreo continuo de la cohorte desde el comienzo de la pandemia permitió recopilar datos en diferentes escenarios según la cepa predominante en circulación. A partir del monitoreo activo de las familias, se realizó una vigilancia epidemiológica del SARS-CoV-2, sus variantes, la persistencia de los síntomas y los cambios en la inmunidad de la población a lo largo del tiempo, contribuyendo al conocimiento del curso natural de la infección por SARS-CoV-2.

Resumo: Desde maio de 2020, temos conduzido um estudo abrangente para entender a história natural da infecção por SARS-CoV-2 no Rio de Janeiro, Brasil. Nosso foco tem sido acompanhar as famílias das quais coletamos sistematicamente amostras de sangue e do trato respiratório, monitoramos os sintomas e reunimos dados sobre o status de vacinação. Este artigo tem como objetivo descrever a coorte de domicílios ao longo de cinco ondas epidêmicas de SARS-CoV-2, fornecendo uma visão geral dos dados coletados e uma descrição das características epidemiológicas, clínicas e imunológicas e da incidência da infecção por SARS-CoV-2. Nossa coorte inclui 691 participantes de 189 domicílios. Ao longo das cinco ondas epidêmicas, detectamos 606 infecções. A densidade de incidência da infecção por SARS-CoV-2 variou de 4 (Delta) a 56 (B.1.1.33) a cada 1.000 pessoas por semana e foi mais alta na onda B.1.1.33 em todas as faixas etárias. A soroprevalência de anticorpos contra o SARS-CoV-2 (proteína IgG anti-spike) variou de 37% no período pré-VoC a 99% no período Omicron e aumentou onda após onda de maneira semelhante, independentemente da idade dos participantes. Como monitoramos a coorte continuamente desde o início da pandemia, pudemos coletar dados em diferentes cenários, de acordo com a cepa predominante em circulação. Por meio do monitoramento ativo das famílias, conseguimos conduzir uma vigilância epidemiológica do SARS-CoV-2, de suas variantes, da persistência dos sintomas e das mudanças na imunidade da população ao longo do tempo, contribuindo para o conhecimento da história natural da infecção pelo SARS-CoV-2.

Abstract: Since May 2020, we have been conducting a comprehensive study to understand the natural history of SARS-CoV-2 infection in Rio de Janeiro, Brazil. Our focus has been on following families, systematically collecting respiratory tract swabs and blood samples, monitoring symptoms, and gathering data on vaccine status. This paper aims to describe the household cohort across five epidemic waves of SARS-CoV-2, providing an overview of the collected data and a description of the epidemiological, clinical, and immunological characteristics and incidence of SARS-CoV-2 infection. Our cohort includes 691 participants from 189 households. During the five epidemic waves, we detected 606 infections. The incidence density of SARS-CoV-2 infection ranged from 4 (Delta) to 56 (B.1.1.33) per 1,000 person-week, with a peak in wave B.1.1.33 in all age groups. The seroprevalence of SARS-CoV-2 antibodies (IgG anti spike protein) varied from 37%, in the pre-VoC period, to 99%, in the Omicron period, progressively increasing after each wave in a similar manner regardless of age. As we have monitored the cohort continuously since the beginning of the pandemic, we were able to collect data across different scenarios according to the predominant lineage in circulation. Via active monitoring of families, we were able to carry out an epidemiological surveillance on SARS-CoV-2, including its variants, persistence of symptoms, and changes in immunity over time in the population, contributing to knowledge of the natural history of SARS-CoV-2 infection. Abstract 2020 SARSCoV2 SARSCoV SARS CoV 2 SARS-CoV- Janeiro Brazil families samples symptoms status SARSCoV2, 2, clinical 69 18 households 60 infections Delta (Delta 5 B1133 B 1 33 (B.1.1.33 1000 000 1,00 personweek, personweek person week, week person-week B.1.1.3 groups IgG protein 37 37% preVoC pre VoC period 99 99% pandemic circulation variants population 202 SARS-CoV 6 B113 3 (B.1.1.3 100 00 1,0 B.1.1. 9 20 B11 (B.1.1. 10 0 1, B.1.1 B1 (B.1.1 B.1. (B.1. B.1 (B.1 B. (B. (B

Resumo: Desde maio de 2020, temos conduzido um estudo abrangente para entender a história natural da infecção por SARS-CoV-2 no Rio de Janeiro, Brasil. Nosso foco tem sido acompanhar as famílias das quais coletamos sistematicamente amostras de sangue e do trato respiratório, monitoramos os sintomas e reunimos dados sobre o status de vacinação. Este artigo tem como objetivo descrever a coorte de domicílios ao longo de cinco ondas epidêmicas de SARS-CoV-2, fornecendo uma visão geral dos dados coletados e uma descrição das características epidemiológicas, clínicas e imunológicas e da incidência da infecção por SARS-CoV-2. Nossa coorte inclui 691 participantes de 189 domicílios. Ao longo das cinco ondas epidêmicas, detectamos 606 infecções. A densidade de incidência da infecção por SARS-CoV-2 variou de 4 (Delta) a 56 (B.1.1.33) a cada 1.000 pessoas por semana e foi mais alta na onda B.1.1.33 em todas as faixas etárias. A soroprevalência de anticorpos contra o SARS-CoV-2 (proteína IgG anti-spike) variou de 37% no período pré-VoC a 99% no período Omicron e aumentou onda após onda de maneira semelhante, independentemente da idade dos participantes. Como monitoramos a coorte continuamente desde o início da pandemia, pudemos coletar dados em diferentes cenários, de acordo com a cepa predominante em circulação. Por meio do monitoramento ativo das famílias, conseguimos conduzir uma vigilância epidemiológica do SARS-CoV-2, de suas variantes, da persistência dos sintomas e das mudanças na imunidade da população ao longo do tempo, contribuindo para o conhecimento da história natural da infecção pelo SARS-CoV-2. Resumo 2020 SARSCoV2 SARSCoV SARS CoV 2 SARS-CoV- Janeiro Brasil respiratório vacinação SARSCoV2, 2, epidemiológicas SARSCoV2. 2. 69 18 60 infecções Delta (Delta 5 B1133 B 1 33 (B.1.1.33 1000 000 1.00 B.1.1.3 etárias proteína antispike anti spike anti-spike 37 préVoC pré VoC 99 semelhante pandemia cenários circulação variantes tempo 202 SARS-CoV 6 B113 3 (B.1.1.3 100 00 1.0 B.1.1. 9 20 B11 (B.1.1. 10 0 1. B.1.1 B1 (B.1.1 B.1. (B.1. B.1 (B.1 B. (B. (B

Resumen: Desde mayo de 2020 se realiza un estudio exhaustivo con el fin de estimar el curso natural de la infección por SARS-CoV-2 en Río de Janeiro, Brasil. Se aplica un seguimiento a las familias en el cual se recolectan sistemáticamente muestras de sangre y de las vías respiratorias, se controlan los síntomas y se recogen datos sobre el estado de vacunación. Este artículo tiene como objetivo describir la cohorte de hogares durante cinco olas epidémicas de SARS-CoV-2, y proporcionar una visión general de los datos recopilados y una descripción de las características epidemiológicas, clínicas e inmunológicas, y de la incidencia de la infección por SARS-CoV-2. La cohorte incluyó a 691 participantes de 189 hogares. A lo largo de las cinco olas epidémicas, se detectaron 606 infecciones. La densidad de incidencia de la infección por SARS-CoV-2 varió de 4 (Delta) a 56 (B.1.1.33) por cada 1.000 personas por semana, y fue más alta en la ola B.1.1.33 en todos los grupos de edad. La seroprevalencia de anticuerpos contra el SARS-CoV-2 (proteína IgG antipico) varió del 37% en el período anti-VOC al 99% en el período Ómicron y aumentó ola tras ola de manera similar, independientemente de la edad de los participantes. El monitoreo continuo de la cohorte desde el comienzo de la pandemia permitió recopilar datos en diferentes escenarios según la cepa predominante en circulación. A partir del monitoreo activo de las familias, se realizó una vigilancia epidemiológica del SARS-CoV-2, sus variantes, la persistencia de los síntomas y los cambios en la inmunidad de la población a lo largo del tiempo, contribuyendo al conocimiento del curso natural de la infección por SARS-CoV-2. Resumen 202 SARSCoV2 SARSCoV SARS CoV 2 SARS-CoV- Janeiro Brasil respiratorias vacunación SARSCoV2, 2, epidemiológicas inmunológicas SARSCoV2. 2. 69 18 60 infecciones Delta (Delta 5 B1133 B 1 33 (B.1.1.33 1000 000 1.00 semana B.1.1.3 proteína antipico 37 antiVOC anti VOC 99 similar circulación variantes tiempo 20 SARS-CoV 6 B113 3 (B.1.1.3 100 00 1.0 B.1.1. 9 B11 (B.1.1. 10 0 1. B.1.1 B1 (B.1.1 B.1. (B.1. B.1 (B.1 B. (B. (B

Abstract This study aimed to evaluate the application of thermosonication for the viability of Staphylococcus aureus and the antioxidant activity of HM. The US effect on the S. aureus was measured by counting viable cells in discarded HM immediately before and after different treatments varying time (1, 5 and 10 minutes) and temperature (20, 30, 40, 50 and 60 °C) through surface plating on standard agar. The antioxidant activity evaluation was carried out by 2, 2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) scavenging method. With Regarding microbiological quality, it can be concluded that treatment with US at 60 °C for 10 minutes was the most effective in terms of reducing the viability of S. aureus, in addition to presenting a significant increase in the content of antioxidants when compared to raw and pasteurized milk samples.

BACKGROUND The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.33-derived lineage named N.9 was described recently in Brazil and it’s considered a potential variant of interest (VOI) due to the presence of E484K substitution at the receptor-binding domain (RBD) of the Spike (S) protein. OBJECTIVE To describe the first detection of variant N.9 in Rio de Janeiro State. METHODS SARS-CoV-2 N.9 was confirmed by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR), whole-genome sequencing and phylogenetic analysis. FINDINGS Here, we report two SARS-CoV-2 N.9 lineage strains in Rio de Janeiro. One of them had only the E484K substitution of the six N.9 lineage-defining mutations. Other three strains pre-defined as N.9 have the same genomic profile. These four strains are grouped within the B.1.1.33 lineage and basal to the N.9 lineage in our phylogenetic analysis, and we call them “N.9-like/B.1.1.33 + E484K”. MAIN CONCLUSIONS The phylogenetic analysis shows four independent introductions of N.9 in the state of Rio de Janeiro in October and December 2020, January and March 2021. SARS-CoV-2 N.9 dissemination in the Rio de Janeiro could have been limited by the emergence and dominance of other variants, mainly by the lineage P.2 VOI Zeta that emerged in the same period and co-circulated with N.9, as observed in the neighboring State of São Paulo.