Abstract: Previous studies using Cytochrome-b or ND3-ND4 mitochondrial gene have yielded intriguing evidence about the phylogenetic relationships among populations of Peromyscus furvus; however, those studies each based on phylogenies for a single type of genes, yielded conflicting topologies. In addition, analyses with traditional morphometrics have revealed differences in skull size among certain populations of the species. Therefore, in order to reassess the systematic and taxonomic status of P. furvus, we incorporated a suite of genetic and morphometric characters and employed cladistic analyses. Herein, we present results mostly derived from our genetic analyses (results from the phylogenetic examination of skull size and shape will appear later). Phylogenetic analyses were conducted using four mitochondrial genes (Cytb and ND3-ND4L-ND4) with the respective data analyzed separately or combined, followed by an analysis with genetic and morphometric data (size and shape characters). Most phylogenetic constructions were made with parsimonious methods, but probabilistic methods also were used in the analyses with the genes separated by type. Similar topologies were recovered from all analyses of the Cytb gene and from all parsimony analyses of the NADH genes; however, conflicting topologies were obtained with the probabilistic methods for the NADH genes. Additionally, to better understand the genetic variation in each type of gene, analyses for genetic divergence were conducted within and among genetic groups and haplotype networks were constructed. All the topologies obtained using genetic data questioned the monotypic status of P. furvus, as two additional clades were identified that seemingly correspond to unrecognized entities. The first of these, P. latirostris, occurs in the northern region and could be considered as either a species or subspecies. An unknown Peromyscus species nova that occurs to the south is considered as a valid species. Further, P. furvus s. s. becomes a polytypic species by recognizing at least two subspecies (P. f. angustirostris and P. f. furvus). Phylogenetic analyses also rejected membership of P. melanocarpus and P. ochraventer within the furvus species group. Instead, P. melanocarpus showed a greater affinity to P. mexicanus totontepecus, whereas, P. ochraventer either joined to the clade containing P. melanocarpus and P. m. tototepecus or to Megadontomys cryophilus in a sister clade. Finally, Osgoodomys banderanus (subgenus Haplomylomys) always remained basally positioned and segregated from all members of the subgenus Peromyscus.
Resumen: Estudios previos con los genes mitocondriales citocromo-b y ND3-ND4, han arrojado evidencia intrigante acerca del estado monotípico de Peromyscus furvus; sin embargo cada uno de esos estudios basados en filogenias para un solo tipo de genes, produjeron topologías conflictivas entre ellos. Además, análisis con morfometría tradicional han revelado diferencias en el tamaño del cráneo entre ciertas poblaciones de la especie. Por ende, con el fin de reevaluar el estado sistemático y taxonómico de P. furvus, incorporamos un juego de caracteres genéticos y morfométricos, empleando análisis cladísticos. Aquí presentamos resultados derivados en su mayoría de nuestros análisis genéticos (los resultados del examen filogenético del tamaño y la forma del cráneo aparecerán después). Se utilizaron análisis filogenéticos en cuatro genes mitocondriales (Cytb y ND3-ND4L-ND4) con las respectivas bases de datos por separado o combinadas, seguidos de un análisis con datos genéticos y morfométricos (caracteres de tamaño y forma). La mayoría de las construcciones filogenéticas se realizaron con métodos parsimoniosos, pero también se utilizaron métodos probabilísticos en los análisis con los genes separados por tipo. Se recuperaron topologías similares en todos los análisis del gen Cytb y en todos los análisis de parsimonia con los genes NADH; sin embargo, se obtuvieron topologías en conflicto con los métodos probabilísticos para los genes de la NADH. Además, para entender mejor la variación genética en cada tipo de genes, se condujeron análisis de divergencia genética dentro y entre grupos genéticos y se construyeron redes de haplotipos. Todas las topologías obtenidas utilizando los datos genéticos, cuestionaron el estado monotípico de Peromyscus furvus, ya que se identificaron dos clados adicionales que al parecer, corresponden a entidades sin reconocer. La primera de estas, P. latirostris, ocurre en la región norteña y podría ser considerada ya sea como una especie o como una subespecie. Una species nova de Peromyscus que ocurre hacia el sur se considera como especie válida. Además, P. furvus s. s. se convierte en una especie politípica al reconocerse al menos dos subespecies (P. f. angustirostris y P. f. furvus). Los análisis filogenéticos también rechazaron la pertenecia de P. melanocarpus y P. ochraventer dentro del grupo de especies furvus. En cambio, P. melanocarpus mostró una mayor afinidad hacia P. mexicanus totontepecus, mientras que P. ochraventer se unió, ya sea al clado que contenía a P. melanocarpus y a P. m. tototepecus, o a Megadontomys cryophilus en un clado hermano. Finalmente, Osgoodomys banderanus (subgénero Haplomylomys) siempre permaneció posicionada basalmente y segregada de todos los miembros del subgénero Peromyscus.