Abstract The objective was to know the population structure of Holstein animals in the family dairy system, to identify possible origins of the genetic material, to know the degree of inbreeding and to identify possible traces of selection in the genome, which allow glimpses of the traits that have been improved over the years. The study included 270 animals genotyped with the GGP-50K® chip. After genotype quality control, 43,548 autosomal SNPs were included. To know the population structure, analyses of mixtures and principal components (PCs) were performed. To know genomic inbreeding and detect traces of selection, information on runs of homozygosity (ROH) was used. Mixture analysis was performed with the Admixture software, and PC, ROH and inbreeding analyses were performed with SVS-v7.6.8. Mixture analysis showed evidence of six components, all linked to Holstein bulls families with different country of origin. The PCs did not show stratification of the population by herd. The mean inbreeding coefficient was 0.59 ± 0.53 %. In the regions of the genome with ROHs most frequent in the population (≥20 animals), numerous associations, QTLs and genes related to milk production and composition, fertility parameters, susceptibility to diseases, body conformation, feed efficiency and some characteristics of carcass composition have been reported. The results reflect the existence of a wide genetic diversity in this population and the possibility of carrying out genetic improvement work through selection without affecting inbreeding levels.

Resumen El objetivo fue conocer la estructura poblacional de los animales Holstein del sistema de lechería familiar, identificar posibles orígenes del material genético, conocer el grado de consanguinidad e identificar posibles huellas de selección en el genoma, que permitan vislumbrar las características que se han mejorado a través de los años. El estudio incluyó 270 animales genotipados con el chip GGP-50K®. Después del control de calidad de genotipos, se incluyeron 43,548 SNP autosómicos. Para conocer la estructura poblacional se realizaron análisis de mezclas y componentes principales (CP). Para conocer la consanguinidad genómica y detectar huellas de selección, se usó información de corridas de homocigosidad (ROH). El análisis de mezclas se realizó con el software Admixture, y los de CP, ROH y consanguinidad se realizaron con SVS-v7.6.8. El análisis de mezclas mostró evidencia de seis componentes, todos ligados a familias de sementales Holstein con diferente país de origen. Los CP no evidenciaron estratificación de la población por hato. El coeficiente de consanguinidad promedio fue de 0.59 ± 0.53 %. En las regiones del genoma con ROH más frecuentes en la población (≥20 animales), se han reportado numerosas asociaciones, QTL y genes relacionados con producción y composición de la leche, parámetros de fertilidad, susceptibilidad a enfermedades, conformación corporal, eficiencia alimenticia y algunas características de composición de la canal. Los resultados reflejan la existencia de una amplia diversidad genética en esta población y la posibilidad de realizar trabajos de mejoramiento genético a través de selección sin afectar los niveles de consanguinidad.

SUMMARY Bacterial wilt of tomato caused by Ralstonia solanacearum is a recurring problem in the state of Morelos and other parts of Mexico and the world. Current methods for the control of this bacterial phytopathogen are based on the use of antibiotics that promote the selection of resistant bacteria, and on agrochemicals that are toxic to humans, plants and the environment in general. These control methods degrade the quality of soils by eliminating much of the normal microbiota due to their broad spectrum of action. This situation highlights the need to develop alternative control methods that are aligned with the sustainable development of agriculture. The strict lytic bacteriophages offer an alternative of control due to their high specificity, low toxicity and capacity of auto-amplification. In this paper, the isolation, stability and inhibitory capacity of bacteriophage ФRSP, infective for R. solanacearum are reported. This bacteriophage belongs to the family Mioviridae and generates lysis plates of approximately 0.5 cm in diameter after 24 h of incubation, which continue to increase their size over time. This bacteriophage has the ability to clarify liquid cultures of R. solanacearum at very low multiplicities of infection and is stable in the nutrient solution used for the cultivation of hydroponic tomato, in a pH range from 4 to 11; however, it is unstable in ultrapure water. Results show that the bacteriophage ФRSP presents characteristics that point it as a good candidate to be used as a biocontrol agent against bacterial wilt caused by R. solanacearum.

RESUMEN La marchitez bacteriana del tomate causada por Ralstonia solanacearum es un problema recurrente en el estado de Morelos y otras partes de México y el mundo. Los métodos actuales para el control de este fitopatógeno bacteriano se basan en el uso de antibióticos que promueven la selección de bacterias resistentes y en agroquímicos que son tóxicos para los humanos, las plantas y el medio ambiente en general. Estos métodos de control degradan la calidad de los suelos al eliminar gran parte de la microbiota normal debido a su amplio espectro de acción. Esta situación pone de manifiesto la necesidad de desarrollar métodos de control alternativos que estén alineados con el desarrollo sostenible de la agricultura. Los bacteriófagos líticos ofrecen una alternativa de control debido a su alta especificidad, baja toxicidad y capacidad de auto-amplificación. En este trabajo se reporta el aislamiento, la estabilidad y la capacidad inhibitoria del bacteriófago ФRSP, infectivo para R. solanacearum. Este bacteriófago pertenece a la familia Mioviridae y genera placas de lisis de aproximadamente 0.5 cm de diámetro después de 24 h de incubación, que continúan aumentando su tamaño con el tiempo. Este bacteriófago tiene la capacidad de aclarar los cultivos líquidos de R. solanacearum a muy pocas multiplicidades de infección y es estable en la solución nutritiva utilizada para el cultivo de tomate hidropónico, en un rango de pH de 4 a 11; sin embargo, es inestable en agua ultrapura. Los resultados muestran que el bacteriófago ФRSP presenta características que lo señalan como un buen candidato para ser utilizado como agente de control biológico contra la marchitez bacteriana causada por R. solanacearum.

Abstract. In Morelos state, recently have been observed viral diseases in onion (Allium cepa); one of them is caused by the Iris yellow spot virus (IYSV) which belong to the Bunyaviridae family and the Tospovirus gender and is transmitted by Thrips tabaci Lindeman (Thysanoptera: Thripidae) to onion plants. In 2012, there was a 100 % incidence of IYSV and severity of over 90 % on 2,500 ha of commercial crop. The objective of this research was to identify the presence of IYSV through real time RT-PCR and sequencing of the virus. To accomplish this, leaves were sampled from commercial fields at Tepalcingo, Morelos, from transplanting to harvest. Total RNA extraction was done with TRIzol® Reagent. Virus detection was done using specific primers for the nucleoprotein gen of IYSV giving as a result the amplification of a specific product through real-time RT-PCR, and an expected strip of 896 bp, which after sequencing confirmed 99 % identity with the nucleoprotein gen of the virus. The IYSV virus was detected in onion plants from Tepalcingo, Morelos and the sequence obtained was registered in the database of the GenBank (JX946658).

Resumen. En el estado de Morelos recientemente se han observado enfermedades virales en cebolla (Allium cepa); una de ellas es la mancha amarilla causada por el Iris yellow spot virus perteneciente a la familia Bunyaviridae del género Tospovirus, el cual se trasmite a la cebolla por Thrips tabaci Lindeman (Thysanoptera: Thripidae). En el 2012 la incidencia de esta enfermedad fue de 100 % en las 2,500 ha cultivadas en la entidad con una severidad superior a 90 %. El objetivo de este trabajo fue detectar mediante RT-PCR en tiempo real y secuenciar la presencia de IYSV. Para su identificación se tomaron muestras de hojas de cebolla con manchas amarillentas alargadas, desde el trasplante hasta la cosecha en Tepalcingo, Morelos. La extracción de ARN total se realizó utilizando TRIzol® Reagent. La detección del virus se realizó con primers específicos al gen de la nucleoproteína de IYSV dando como resultado la amplificación de un producto específico mediante RT-PCR en tiempo real y una banda esperada de 896 pb la cual mediante secuenciación confirmó 99 % de identidad con el gen de la nucleoproteína de este virus. El IYSV fue detectado en plantas de cebolla en Tepalcingo, Morelos y su secuencia se registró en la base de datos del GenBank (JX946658).

Abstract: Bacterial wilt caused by Ralstonia solanacearum affects the tomato crop in several parts of México. Knowledge of plant-bacteria interaction might provide tools to control this disease. The expression profiles of genes related with defense in tomato and pathogenicity in R. solanacearum, could allow the identification of essential genes for blocking wilt development. The RT-qPCR technique is suitable to quantify the levels of gene expression. However, it is important to evaluate the efficiency and dynamic range of oligonucleotides to be used in order to rule out the possibility that the differences observed are influenced by technical issues and not only by biological causes. With the aim of identifying oligonucleotide pairs that can perform properly under the experimental conditions used, in this study, the performance of 40 oligonucleotides pairs, both previously reported and de novo synthesized, were evaluated; 23 of these pairs are associated to 16 genes of tomato and 17 are associated to 10 genes of R. solanacearum. Results showed that those oligonucleotides with adequate performance in one laboratory, not always perform adequately under the conditions prevalent in other laboratory, which underlines the importance of reviewing sequences and evaluating each pair of oligonucleotides with the reagents and equipment with which the gene expression levels are going to be evaluated, regardless of previous reports on the performance of such oligonucleotides.

Resumen: La marchitez bacteriana causada por Ralstonia solanacearum afecta al cultivo de tomate (Solanum lycopersicum) de diversas partes de México. El conocimiento de la interacción planta-bacteria puede proporcionar herramientas que ayuden a controlar esta enfermedad. Los perfiles de expresión de genes del tomate relacionados con defensa y de genes de patogenicidad de la bacteria, podrían permitir identificar genes esenciales para el bloqueo o desarrollo de la marchitez. La técnica de RT-qPCR permite cuantificar los niveles de expresión genética; sin embargo, es importante evaluar la eficiencia y el rango dinámico de los oligonucleótidos a utilizar, para descartar la posibilidad de que las diferencias observadas estén influenciadas por aspectos técnicos y no sólo por causas biológicas. Con el objetivo de identificar pares de oligonucleótidos que bajo las condiciones experimentales utilizadas se desempeñen adecuadamente, en este trabajo se evaluó el desempeño de 40 pares de oligonucleótidos, tanto previamente reportados como sintetizados de novo, 23 pares están asociados a 16 genes del tomate, y 17 pares asociados a 10 genes de R. solanacearum. Los resultados mostraron que oligonucleótidos con un desempeño adecuado en un laboratorio no siempre se comportan adecuadamente bajo las condiciones utilizadas en otro laboratorio, lo que subraya la importancia de revisar las secuencias y evaluar cada par de oligonucleótidos con los reactivos y equipo con que se pretende evaluar los niveles de expresión genética, independientemente de los reportes previos sobre el desempeño de tales oligonucleótidos.

Abstract: In ornamental plants propagated in vitro at Tezoyuca Technology Development Center, belonging to FIRA, symptoms of necrosis on leaves and stems during the adaptation stage. The objective of this study was to isolate and to identify the agents related to these plants. Eleven bacterial isolates were obtained from necrotic leaves and stems, from which ADN was extracted using a commercial PCR kit. The PCR products were sequenced and analyzed using the Chromas Lite® program. We search for homology with BLAST after which the following bacteria were identified: Kosakonia oryzae, Pectobacterium cypripedii, Burkholderia tropica, Serratia marcescens, Pantoea dispersa, Erwinia cypripedii, Pantoea agglomerans y Erwinia rhapontici. The last three bacteria are plant disease in phase of acclimation in ornamental plants get in vitro.

Resumen: En plantas ornamentales reproducidas in vitro en viveros del Centro de Desarrollo Tecnológico Tezoyuca perteneciente al FIRA, se detectaron síntomas de necrosamiento en hojas y tallo durante la fase de adaptación. El objetivo de este trabajo fue aislar e identificar los agentes asociados a éstas plantas. De tejido vegetal con síntomas de necrosamiento, se obtuvieron once aislamientos bacterianos, a los que se les extrajo el ADN con el paquete correspondiente para su secuenciación. Todos los productos de PCR se secuenciaron y se analizaron con el programa Chromas Lite®. Utilizando la búsqueda de homología por BLAST se identificaron las siguientes bacterias: Kosakonia oryzae, Pectobacterium cypripedii, Burkholderia tropica, Serratia marcescens, Pantoea dispersa, Erwinia cypripedii, Pantoea agglomerans y Erwinia rhapontici: son de importancia fitosanitaria en su fase de aclimatación in vitro.

Introducción. Desde el punto de vista epidemiológico, las hendiduras faciales son las deformidades orales más comunes alrededor del mundo. Objetivo. Identificar los factores de riesgo hereditarios y socioeconómicos relacionados con la presencia de labio o paladar hendido no asociados a un síndrome. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de casos y controles en el que se incluyeron 208 casos con diagnóstico de labio, paladar hendido o ambos no asociados a un síndrome, los cuales fueron pareados por edad y sexo con 416 controles. Se incluyeron todos los pacientes quirúrgicos atendidos durante el periodo 2002-2004 en el programa estatal de labio o paladar hendido de Campeche, México. Se aplicó un cuestionario en el que se recogió información sobre variables sociodemográficas y socioeconómicas, así como sobre antecedentes hereditarios de labio o paladar hendido no asociados a un síndrome en la familia. Debido a que el diseño fue pareado, el análisis se hizo con regresión logística condicionada. Resultados. En el modelo multivariado para labio o paladar hendido no asociado a un síndrome se identificaron de forma significativa (p<0,05) los siguientes factores de riesgo: nivel socioeconómico bajo (razón de momios, RM=2,02), nacimiento en el sur del estado (RM=3,96), nacimiento en casa (RM=2,51) o nacimiento en hospital público (RM=4,08), antecedentes heredofamiliares paternos (RM=5,38), antecedentes heredofamiliares maternos (RM=4,11), tener otro hijo con labio o paladar hendido en la familia (RM=46,02), presentar algún otro defecto congénito asociado (RM=8,20) e infección en el embarazo (RM=2,90), y como factor protector, el cuidado prenatal y el uso de vitaminas (RM=0,29). Conclusiones. El mayor riesgo en nuestra muestra para labio, paladar hendido o ambos, no asociados a un síndrome, radica en las variables relacionadas con los antecedentes familiares y hereditarios, y las indicadoras de la posición socioeconómica. Se observó un efecto protector del manejo prenatal con vitaminas.

Introduction. From an epidemiological point of view, non-syndromic orofacial clefts are the most common oral congenital deformities worldwide. Objective. Family histories were traced and socioeconomic risk factors were identified for non-syndromic cleft lip with or without cleft palate. Material and methods. A case-control study was carried out with 208 cases of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, and matched by age and sex with 416 controls. Cases were patients attending a referral clinic from 2002 through 2004 in Campeche, Mexico. A questionnaire was administered to collect sociodemographic and socioeconomic variables as well as familial background relevant to non-syndromic cleft lip with or without cleft palate. Conditional logistic regression models were used; adjusted odds ratios and 95% confidence intervals were calculated. Results. In the multivariate model, the following risk factors were identified: 1) low socioeconomic status; 2) birth in the southern region of Campeche state; 3) home delivery or delivery in a publicly funded hospital; 4) occurrence of prior non-syndromic cleft lip with or without cleft palate cases in the father´s or mother´s family: 5) having a sibling with non-syndromic cleft lip with or without cleft palate; 6) the proband having another malformation, and 7) a history of infections during pregnancy. Prenatal care consisting of vitamin supplementation was a protective factor for non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (odds ratio=0.29). Conclusions. A “social gradient in health” was seen to link oral malformation with diet components, and several socioeconomic and socio-demographic factors broadly encompassed in low socioeconomic status. Further characterization of risk factors will guide the assemblage of a pro-active counseling and prevention program for families at risk for non-syndromic cleft lip and cleft palate.

The genomic era is imparting a new impulse to the study of the role of genetic variation in susceptibility to disease. The most common type of genetic variation between individuals is single nucleotide polymorphisms (SNP). The association of SNPs with susceptibility to disease is the current focus of intense research. Recently, the study of SNPs that alter the regulatory mechanisms of gene expression (rSNP) has emerged as a promising field for understanding disease, since this type of variation can have a profound effect on human traits related to susceptibility to disease. The finding and functional characterization of biologically significant rSNPs is advancing our knowledge of genetic determinants for multifactorial disease.

El estudio de la participación de la variación genética en la predisposición a las enfermedades complejas ha cobrado nuevas dimensiones en la era genómica. Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) son el tipo de variación más común entre individuos y su vinculación con enfermedades es motivo de investigación intensa. En fecha reciente, el estudio de los SNP que afectan la expresión genética (rSNP) ha suscitado mayor interés, ya que las diferencias de la expresión genética entre un sujeto y otro pueden modificar el fenotipo. El descubrimiento y caracterización funcional de los rSNP y el estudio de su frecuencia alélica representan un nuevo campo en la búsqueda de determinantes genéticos de enfermedades multifactoriales.

The genomic era is imparting a new impulse to the study of the role of genetic variation in susceptibility to disease. The most common type of genetic variation between individuals is single nucleotide polymorphisms (SNP). The association of SNPs with susceptibility to disease is the current focus of intense research. Recently, the study of SNPs that alter the regulatory mechanisms of gene expression (rSNP) has emerged as a promising field for understanding disease, since this type of variation can have a profound effect on human traits related to susceptibility to disease. The finding and functional characterization of biologically significant rSNPs is advancing our knowledge of genetic determinants for multifactorial disease.

El estudio de la participación de la variación genética en la predisposición a las enfermedades complejas ha cobrado nuevas dimensiones en la era genómica. Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) son el tipo de variación más común entre individuos y su vinculación con enfermedades es motivo de investigación intensa. En fecha reciente, el estudio de los SNP que afectan la expresión genética (rSNP) ha suscitado mayor interés, ya que las diferencias de la expresión genética entre un sujeto y otro pueden modificar el fenotipo. El descubrimiento y caracterización funcional de los rSNP y el estudio de su frecuencia alélica representan un nuevo campo en la búsqueda de determinantes genéticos de enfermedades multifactoriales.