RESUMO: O objetivo do presente trabalho foi o de criar uma ferramenta para mensurar imagens ultrassonográficas da área do olho de lombo em ovinos. Foram capturadas 121 imagens ultrassonográficas de ovinos, a partir das quais foram segmentadas regiões de interesse utilizando o algoritmo u-net. As métricas adotadas para avaliar as segmentações automáticas foram Dicescore e Interseção sobre União. Por fim, foi realizada análise de regressão utilizando os algoritmos AdaBoost Regressor e Random Forest Regressor e o ajuste dos modelos foi avaliado por meio de quadrado médio dos resíduos, erro absoluto médio e coeficiente de determinação (R²). Os valores obtidos para a métrica Dice foram 0,94, e para Interseção sobre União foi 0,89, demonstrando uma alta similaridade entre os valores reais e previstos, variando de 0 a 1. Os valores de quadrado médio dos resíduos, erro absoluto médio e coeficiente de determinação do modelo de regressores indicaram o melhor ajuste para o Random Forest Regressor. O algoritmo U-Net segmentou com eficiência as imagens ultrassonográficas do músculo Longissimus Dorsi, com maior precisão que as medidas realizadas pelo especialista. Essa eficiente segmentação permitiu a padronização das medidas de área de olho de lombo e, consequentemente, a fenotipagem de ovinos de corte em larga escala. RESUMO 12 unet. unet u net. net u-net fim resíduos R². R² R . (R²) 094 94 0,94 089 89 0,89 previstos 1 UNet U Net Dorsi especialista consequentemente escala (R² 09 9 0,9 08 8 0,8 (R 0,

ABSTRACT: The present research created a tool to measure ultrasound images of the rib eye area in sheep. One hundred twenty-one ultrasound images of sheep were captured, with regions of interest segmented using the U-Net algorithm. The metrics adopted to evaluate automatic segmentations were Dicescore and intersection over union. Finally, a regression analysis was performed using the AdaBoost Regressor and Random Forest Regressor algorithms and the fit of the models was evaluated using the Mean Square Residuals, mean absolute error and coefficient of determination. The values obtained for the Dice metric were 0.94, and for Intersection over Union it was 0.89, demonstrating a high similarity between the actual and predicted values, ranging from 0 to 1. The values of Mean Quadratic Residuals, mean absolute error and coefficient The determination of the regressor models indicated the best fit for the Random Forest Regressor. The U-Net algorithm efficiently segmented ultrasound images of the Longissimus Dorsi muscle, with greater precision than the measurements performed by the specialist. This efficient segmentation allowed the standardization of rib eye area measurements and, consequently, the phenotyping of beef sheep on a large scale. ABSTRACT twentyone twenty one captured UNet U Net union Finally Residuals 094 94 0.94 089 89 0.89 1 muscle specialist consequently scale 09 9 0.9 08 8 0.8 0.

ABSTRACT The objective of this study was to assess the genetic structure and diversity of six Santa Inês sheep flocks from the Central-Northern Brazil. A panel of 20 highly polymorphic and informative microsatellite loci was selected and amplified. The following parameters were obtained: overall mean of number of alleles = 15.4; expected heterozygosity (He) = 0.89; polymorphism information content (PIC) = 0.88; discriminatory capacity = 0.95; combined probability of identity = 1.50 × 10−34; and probability of exclusion = 1.00. The flocks with the lowest and the highest degrees of genetic variability were Farm 6 (He = 0.70, PIC = 0.653, and allelic richness [Ar] = 3.76) and Farm 1 (He = 0.89, PIC = 0.882, and Ar = 4.39), respectively. Indications of genetic bottleneck were observed in all flocks, as well as moderate genetic differentiation, with FST = 0.053, RST = 0.096, and Dest = 0.169. The migration rate in all flocks was high, with a trend towards Farm 1. This finding was not in agreement with the substructure found with the Bayesian admixture analysis and corroborated the array obtained with the principal component analysis and the clustering analysis. The results revealed moderate structuring and high genetic diversity in the flocks. However, management strategies should be reviewed, as evidence of bottleneck and genetic erosion was observed. CentralNorthern Central Northern Brazil 2 amplified 15.4 154 15 4 He 0.89 089 0 89 (PIC 0.88 088 88 0.95 095 95 150 50 1.5 10−34 1034 10 34 100 00 1.00 070 70 0.70 0653 653 0.653 [Ar 3.76 376 3 76 0882 882 0.882 4.39, 439 4.39 , 39 4.39) respectively differentiation 0053 053 0.053 0096 096 0.096 0169 169 0.169 However reviewed 15. 0.8 08 8 0.9 09 9 5 10−3 103 1.0 07 7 0.7 065 65 0.65 3.7 37 43 4.3 005 05 0.05 009 0.09 016 16 0.16 0. 10− 06 0.6 3. 4. 0.0 01 0.1

RESUMO: Em programas de melhoramento genético, o uso de informações moleculares garantiu importantes avanços para a melhoria de características de interesse econômico, no âmbito da produção animal. O advento da tecnologia de painéis de SNPs aplicados à seleção genômica ampla (GWS) e associação genômica ampla (GWAS), aliado ao avanço computacional, com o uso de softwares e análises robustas, permitiram melhor compreensão sobre a arquitetura genética dos animais de produção e, consequentemente, maior eficiência na seleção. Nesse contexto, o método estatístico single-step GBLUP tem sido utilizado, frequentemente, na execução da GWS e, mais recentemente, em GWAS, possibilitando predições acuradas e detecção de QTLs, respectivamente. No entanto, em países em desenvolvimento e, em espécies como os ovinos e caprinos, que existe maior dificuldade para a aquisição de dados genômicos, o uso da simulação de dados tem se mostrado eficiente para estudar os principais fatores envolvidos no processo de seleção, como o tamanho da população de treinamento, densidade de chipde SNPs e estratégias de genotipagem, cujos efeitos estão diretamente associados à acurácia da predição de valores genéticos genômicos. Nesta revisão, serão abordados pontos importantes sobre o uso da genômica no melhoramento genético de características produtivas em animais, principais métodos de predição e estimação de efeitos de marcadores moleculares na atualidade, a importância da simulação de dados para a validação desses métodos, bem como as vantagens, os desafios e as limitações no cenário atual da produção animal com o uso da seleção e associação genômica ampla. RESUMO econômico (GWS GWAS , (GWAS) computacional robustas consequentemente contexto singlestep single step utilizado frequentemente recentemente QTLs respectivamente entanto caprinos genômicos treinamento genotipagem revisão atualidade vantagens (GWAS

ABSTRACT: The use of molecular information in breeding programs contributed to important advances in the improvement of traits of economic interest in livestock production. The advent of single nucleotide polymorphism (SNP) panels applied to genome-wide selection (GWS) and genome-wide association studies (GWAS), along with computational advances (e.g., use of powerful software and robust analyses) allowed a better understanding of the genetic architecture of farm animals and increased the selection efficiency. In this context, the statistic method single-step GBLUP has been frequently used to perform GWS, and more recently GWAS analyses, providing accurate predictions and QTL detection, respectively. Nevertheless, in developing countries, species such as sheep and goats, whose genomic data are more difficult to be obtained, the use of data simulation has been efficient in the study of the major factors involved in the selection process, such as size of training population, density of SNP chips, and genotyping strategies. The effects of these factors are directly associated with the prediction accuracy of genomic breeding values. In this review we showed important aspects of the use of genomics in the genetic improvement of production traits of animals, the main methods currently used for prediction and estimation of molecular marker effects, the importance of data simulation for validation of those methods, as well as the advantages, challenges and limitations of the use of GWS and GWAS in the current scenario of livestock production. ABSTRACT (SNP genomewide genome wide (GWS GWAS, , (GWAS) e.g., eg e g (e.g. analyses efficiency context singlestep step detection respectively Nevertheless countries goats obtained process population chips strategies values advantages (GWAS e.g. (e.g e.g

RESUMO: O objetivo deste estudo foi avaliar a influência de diferentes efeitos não-genéticos sobre características indicadoras de habilidade materna em ovelhas da raça Santa Inês. Os dados utilizados incluíram registros de desempenho de 100 cordeiros (machos e fêmeas) filhos de 59 ovelhas, nascidos de 2009 a 2012. As características analisadas foram peso ao nascimento (PN), peso ao desmame (PD), ganho médio diário do nascimento ao desmame (GMND), peso total das crias ao nascer (PTCN) e peso total das crias ao desmame (PTCD). Os efeitos analisados foram ano de nascimento da cria, estação de nascimento, idade da mãe ao parto, peso da mãe ao parto, sexo da cria, tipo de nascimento da cria, interação entre sexo e tipo de nascimento, e interação entre sexo e estação de nascimento. O programa SAS (SAS University Edition, EUA) foi utilizado para o cálculo de análise de variância, médias e coeficientes de correlação de Pearson. Com exceção da estação de nascimento, os demais efeitos avaliados exerceram influência significativa sobre pelo menos uma das características estudadas. As estimativas de correlação variaram de baixa a alta magnitude e foram tanto positivas quanto negativas. O peso da cria ao nascimento foi negativamente correlacionado com o tipo de nascimento e influenciou positivamente todas as outras características de desempenho avaliadas. A habilidade materna de ovelhas Santa Inês foi mais claramente influenciada pela idade e peso da mãe ao parto e pelo tipo de nascimento da cria.

ABSTRACT: The aim of this study was to evaluate the influence of different non-genetic effects on indicator traits for maternal ability in Santa Inês ewes. Data included performance records of 100 lambs (males and females) born from 59 dams, from 2009 to 2012. The analyzed traits were birth weight (BW), weaning weight (WW), average daily gain from birth until weaning (ADGBW), total litter weight at birth (TLWB), and total litter weight at weaning (TLWW). The effects analyzed were the year of birth of the lamb, birth season, dam age at lambing, dam weight at lambing, sex of the lamb, lamb birth type, interaction between sex and birth type, and interaction between sex and birth season. SAS® software (SAS University Edition, USA) was used for calculation of the analysis of variance, means, and Pearson correlation coefficients. With the exception of the birth season, all the other environmental effects evaluated had a significant influence on at least one of the studied traits. The correlation estimates ranged from low to high and were either positive or negative. Birth weight was negatively correlated with the birth type and influenced positively all the other performance traits evaluated. The maternal ability of Santa Inês ewes was more clearly influenced by the age and weight of the dam at lambing, and the lamb birth type.

ABSTRACT The objective of this research was to simulate the genetic gains expected comparing random mating strategies and mate selection by optimum contribution with different penalty levels in the inbreeding rate of Santa Inês sheep. The optimum contribution theory was thus applied to optimize genetic gain in the long term in twelve selection groups by selectively mating 500 females with the respective males, increasingly penalizing the increase in inbreeding in the objective function. Genetic algorithms were used to find the optimum contribution. Optimization was achieved via EVA software. Selection candidates had their contribution defined into four treatments, using different values to weigh the genetic merit and penalize increases in inbreeding. This made it possible to measure the degree of control over those parameters that can be obtained with this methodology. This selection offers different levels of genetic gain, which are achievable from restrictions on the coancestry. The number of males selected and their distribution into selection groups varied according to the penalty attributed to inbreeding in the objective function. Mate selection using optimum contribution should be adopted when aiming to limit the increase in inbreeding. Increasing the exchange of genetic material between groups is recommended to elevate genetic gain and maintain control over inbreeding.

RESUMO Objetivou-se aplicar Chip SNP caprinos 50 K da Illumina para analisar a estrutura genômica populacional em dois rebanhos de caprinos Marota, um particular e outro de conservação oficial, localizados no Piauí, e na investigação de indícios de erosão genética provocada pela raça Anglonubiana nesses rebanhos. Para isso, 86 animais Marota e 10 Anglonubianos foram genotipados. A diversidade genética foi analisada comparando-se alelos de menor frequência (MAF) nos rebanhos. A estrutura populacional e diferenciação genética foram avaliadas utilizando-se abordagem bayesiana, análise de componentes principais (PCA) e o índice de fixação (FST). A diferenciação genética alta (FST = 0,16) foi observada na população Marota em relação à população Anglonubiana. O rebanho particular compartilhou maior número de SNPs fixados com o rebanho Anglonubiano (1024) do que o rebanho de conservação oficial (741). Os resultados da PCA, juntamente com os da análise do Structure, mostraram a presença de genes Anglonubianos nos rebanhos Marota. Logo, conclui-se que elevado nível de polimorfismo e diferenciação genética alta entre caprinos Marota e Anglonubianos caracterizam esses animais como fonte de diversidade genética para a caprinocultura da região; o Chip SNP caprino 50 K da Illumina mostra-se eficiente para análise de estrutura populacional em caprinos Marota; as tecnologias de microarranjos, análises do programa Structure e Análise de Componentes Principais se complementam para ampliar a capacidade de detecção de introgressão gênica em pequenas populações; há indício de introgressão gênica da raça Anglonubiana nos rebanhos de caprinos Marota analisados.

ABSTRACT The aim of this study was to apply the Illumina 50 K goat SNP Chip to analyse population genomic structure in two herds of Marota goats in the State of Piauí, one private and the other an official conservation herd, and to investigate evidence of genetic erosion in these herds caused by the Anglo-Nubian goat. To that end, 86 Marota and 10 Anglo-Nubian animals were genotyped. Genetic diversity was analysed by comparing minor allele frequency (MAF) in the herds. Population structure and genetic differentiation were evaluated using a Bayesian approach, principal component analysis (PCA) and the fixation index (FST). High genetic differentiation (FST = 0.16) was seen in the Marota population in relation to the Anglo-Nubian. The private herd shared a greater number of fixed SNPs with the herd of Anglo-Nubians (1024) than did the conservation herd (741). The results of the PCA, together with those from the analysis carried out using the Structure software, showed the presence of Anglo-Nubian genes in the Marota herds. It can therefore be concluded that the high level of polymorphism and high genetic differentiation between Marota and Anglo-Nubian goats characterise these animals as a source of genetic diversity for goat farming in the region; the Illumina 50 K goat SNP Chip is efficient in population structure analysis in Marota goats; microarray technology, analysis using the Structure software, and Principal Component Analysis complement each other in expanding the ability to detect gene introgression in small populations; there is evidence of the introgression of Anglo-Nubian genes in the herds of Marota goats under analysis.

RESUMO Objetivou-se avaliar a idade da pesagem e a qualidade do ajuste de modelos não lineares a dados longitudinais para descrever o padrão de crescimento de fêmeas Anglonubiana. Pesos de 104 animais do nascimento até 60 meses de idade, foram agrupados em 10 classes, com intervalos de seis meses. Em cada classe estimou-se parâmetros A, B e K com modelos Brody, Gompertz, Logístico e Von Bertalanffy. Realizou-se análise de variância com fatorial (10 classes x 4 modelos) com 104 repetições, considerando-se os três parâmetros como características. Baseou-se na significância da média dos parâmetros nas classes para identificar a melhor idade de pesagem. Não ocorreu interação "classe-modelos". As médias dos três parâmetros nas classes com pesos registrados até 30 meses diferiram entre si (P<0,05), indicando influência de pesagens inferior a essa idade na curva estimada, independente do modelo. Para identificar modelos com melhor ajuste aos dados, utilizou-se os valores do QMR, DMA, R2 e RC que cada um apresentou na classe com pesagens até 30 meses. Constatou-se como sequência de melhor ajuste: Logístico, Brody, Von Bertalanffy e Gompertz. O modelo Logístico estima menor peso assintótico e Brody o maior. Pesagens até 30 meses de idade se adequam à análise do padrão de crescimento de cabras com modelos não lineares.

ABSTRACT The objective of this study was to determine the optimum age at last weighing and compare the goodness of fit of nonlinear models used to fit longitudinal weight-age data to describe the growth pattern of Anglo-Nubian does. Weights of 104 animals from birth to 60 months of age were grouped into 10 age groups at six-month intervals. In each age group, parameters A (asymptotic weight), B (integration constant), and K (maturity index) were estimated using the Brody, Gompertz, logistic, and von Bertalanffy models. Data were analyzed using analysis of variance in a factorial design (10 age groups × 4 nonlinear models). The age group × model interaction was not significant. Mean estimates of A, B, and K were significantly different between age groups up to 30 months (p < 0.05), indicating that the estimated curve is affected by weights taken before this age independent of the model. The values of mean squared error (MSE), mean absolute deviation (MAD), coefficient of determination (R2) and Rate of convergence (RC) at each age group up to 30 months were compared to determine the goodness of fit of nonlinear models. The ranking of fit was logistic, Brody, von Bertalanffy, and Gompertz. The logistic and Brody models respectively estimated the smallest and largest asymptotic weight. Longitudinal weight records taken until 30 months of age are most appropriate for estimating the growth of Anglo-Nubian does using nonlinear models.

ABSTRACT The present study was carried out to evaluate the phenotypic diversity between fighting cocks; roosters of the naturalized ecotypes Graúna Dourada, Brejeira, Teresina, and Nordestina; roosters of the Sertaneja genetic (synthetic) group; and family-farmed roosters via descriptive and multivariate analyses. The qualitative traits evaluated by descriptive analysis indicated a prevalence of single comb in the Graúna Dourada, Teresina, Nordestina, and Sertaneja ecotypes, whereas the Brejeira ecotype, fighting cocks, and family-farmed roosters have a pea-type comb, which can be viewed as a sign of introgression of the fighting cock in flocks of the region. Dark plumage prevailed across the groups. The quantitative traits subjected to multivariate analysis by clustering criteria placed the four ecotypes and the synthetic type in a single group, the family-farmed animals were allocated to another group, and, lastly, the fighting cocks were placed in a third group. These results were similar to those generated by principal component analysis, which indicated body length, wingspan, and body weight as the traits of greatest variability to discriminate the different groups. It is important to stress the risk of genetic erosion to which naturalized chicken populations are exposed as a consequence of the introgression of fighting cocks in naturalized-chicken rearing facilities.

Resumo: O objetivo deste trabalho foi caracterizar fenotipicamente caprinos crioulos das raças Moxotó, Azul, Canindé, Repartida, Marota e Graúna, em comparação às raças exóticas Boer, Anglo Nubiana e Alpina, para identificar grupos genéticos de maior potencial para qualidade de carcaça e resistência à verminose. Dados de medidas morfométricas foram obtidos quanto à contagem de ovos de vermes por grama de fezes (OVGF), ao escore Famacha, às medidas de carcaça e ao peso corporal de 308 animais de uma fazenda no Estado do Piauí. Os caprinos Repartida apresentaram a maior média de altura de cernelha (61,55 cm) e altura de garupa (62,16 cm), e os caprinos Moxotó, o maior comprimento de orelha (13,45 cm). A raça Moxotó apresentou as maiores médias de carcaça e peso corporal. O menor peso corporal médio foi dos caprinos Azul (24,35 kg), e o menor valor de OVGF foi o dos caprinos Repartida (200 ovos por grama de fezes). Para o escore Famacha, a média foi 2,77. O método da ligação média foi o que melhor resumiu a informação dos dados morfométricos e de carcaça. O uso de medidas morfométricas e de carcaça apresentou resultados satisfatórios na caracterização fenotípica dos animais. Os caprinos crioulos, considerados resistentes à verminose e com características de carcaça de boa qualidade, poderão ser indicados para programas de conservação e melhoramento genético.

Abstract: The objective of this work was to phenotypically characterize creole goats of the Moxotó, Azul, Canindé, Repartida, Marota, and Graúna breeds, comparing them with the Boer, Anglo Nubian, and Alpine exotic breeds, to identify the genetic groups of greater potential for carcass quality and resistance to infection caused by worm. Data on morphometric measurements were obtained for the count of worm eggs in grams of feces (WEGF), Famacha score, carcass measurements, and body weight from 308 animals, in a farm in the state of Piauí, Brazil. Repartida goats showed the highest average for wither height (61.55 cm) and rump height (62.16 cm), and Moxotó goats had the greatest ear length (13.45 cm). The Moxotó breed showed the highest means for carcass and body weight. The lowest average for body weight was observed in Azul goats (24.35 kg), and the lowest WEGF was detected in Repartida goats (200 eggs per gram of feces). The average Famacha score was 2.77. Average linkage was the method that best summarized the information on the morphometric and carcass data. The use of morphometric and carcass measurements provides satisfactory results in the phenotypic characterization of the animals. The Brazilian creole goats, which are considered resistant to worm infection and show high-quality carcass traits, may be indicated for conservation and genetic breeding programs.

RESUMO: O objetivo deste estudo foi estimar componentes de variância e parâmetros genéticos para marmoreio na área de olho de lombo (MOL) e escore de condição corporal (ECC) usando Inferência Bayesiana por meio dos modelos animais linear misto e de limiar. Os dados foram obtidos em rebanhos de ovinos da raça Santa Inês criados no Meio-Norte do Brasil. As análises, considerando os métodos de Monte Carlo, foram realizadas com cadeias de Markov a partir de 500000 ciclos. Considerou-se burn-in inicial de 200000 ciclos com valores tomados a cada 250 ciclos, obtendo-se 1200 amostras. Os desvios do erro de Monte Carlo foram baixos para as herdabilidades médias em todas as cadeias, tanto pelo modelo linear quanto de limiar. As variâncias aditivas, estimadas pelo modelo de limiar, foram maiores que aquelas obtidas pelo modelo linear. O marmoreio na área de olho de lombo e o escore da condição corporal podem ser usados como critérios de seleção para obter progresso genético em ovinos da raça Santa Inês.

ABSTRACT: The aim of this study was to estimate the variance components and genetic parameters for marbling in the ribeye area (MRA) and body condition score (BCS) using Bayesian inference via mixed linear and threshold animal models. Data were obtained from Santa Ines breed sheep reared in the Brazilian Mid-North region. Analyses considering the Monte Carlo methods were performed with Markov chains from 500000 cycles onward. A 200000-cycle initial burn-in was considered with values taken at every 250 cycles, in a total of 1200 samples. The Monte Carlo Error deviations were low for the means heritability in all chains by both linear and threshold models. Additive variances estimated by threshold model were higher than those estimated by the linear model. Marble meat from the ribeye area and body condition score can be used as selection criteria to obtain genetic progress in Santa Inês sheep.

RESUMO Objetivou-se avaliar a influência de efeitos ambientais sobre medidas corporais, peso e características de qualidade de carcaça, com estrutura de mensurações repetidas no tempo, em ovinos de diferentes grupos genéticos. Foram realizadas coletas do nascimento aos 180 dias de idade, durante os anos de 2012 e 2013, em 92 cordeiros de 3 grupos genéticos, sendo 29 da raça Santa Inês, 43 mestiços Dorper x Santa Inês e 20 mestiços Dorper x Morada Nova, pertencentes a dois rebanhos. Foram mensuradas área e profundidade de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, altura da cernelha, comprimento corporal, profundidade torácica e peso corporal. O modelo estatístico considerou os efeitos de período de coleta, tipo de nascimento, sexo, rebanho, grupo genético, idade do animal no momento da mensuração como covariável, em efeitos linear e quadrático, e as interações entre os diferentes efeitos. Foram testadas diferentes estruturas para modelar a matriz de (co) variância residual. A estrutura que melhor se ajustou aos dados foi a Simetria Composta. A interação entre grupo genético e idade como efeito linear e quadrático foi significativamente importante para modelar as características estudadas. Os efeitos ambientais de propriedade, tipo de nascimento, grupo genético e período da mensuração influenciaram as características de carcaça, medidas corporais e peso. O grupo genético oriundo do cruzamento Dorper x Morada Nova apresentou menor tamanho corporal e melhores características de carcaça.

SUMMARY The purpose of this study was to evaluate the influence of environmental effects on body measurements, weight and carcass quality traits with structure of repeated measurements over time in sheep from different genetic groups. Collections were carried out from lamb in until 180 days of age, during the years 2012 and 2013, in 92 lambs from three genetic groups – 29from Santa Inês breed, 43 crossbred Dorper x Santa Inês, and 20 crossbred Dorper x Morada Nova – belonging to two flocks. Loin eye area, loin depth, subcutaneous fat thickness, height at withers, body length, thoracic depth, and body weight were measured. The effects of collection period, type of birth, sex, flock, genetic group, age of the animal at the time of measurement as a covariate in linear and quadratic effects, and interactions between the different effects were considered in the statistical model. Different structures were tested for modeling the residual (co) variance matrix. The structure that best fit the data was the Composed Symmetry. The interaction between genetic group and age as linear and quadratic effect was significantly important for modeling the traits studied. The environmental effects of the flock, type of birth, genetic group, and collection period influenced carcass traits, body measurements and weight. The genetic group originated from the Dorper x Morada Nova cross showed lower body size and better carcass traits.

Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar estratégias de seleção simulada pela contribuição genética ótima quanto ao ganho genético, com restrição sobre a coancestria, para a característica peso aos 84 dias idade, em ovinos Santa Inês. As análises foram definidas conforme um algoritmo de evolução diferencial, que otimizou uma função-objetivo composta pelo mérito genético e a coancestria média dos animais candidatos à reprodução. A estratégia definida como ótima indicou a utilização de 19 carneiros, o que resultaria em ganho médio esperado de 1,1259 unidades de desvio-padrão, e coancestria igual a 0,0249 (estratégia 5). Em comparação à seleção com base apenas no valor genético, a estratégia ótima reduziu a coancestria em 12%, e o ganho genético, em apenas 3%. A seleção de ovinos pela contribuição genética ótima oferece diferentes níveis de ganho genético, que são atingíveis a partir de restrições sobre a coancestria. Assim, é possível minimizar a coancestria, ou restringi-la em um valor pré-definido, e maximizar o ganho genético simultaneamente com o uso da contribuição genética ótima.

Abstract: The objective of this work was to evaluate strategies of simulated selection by optimum contribution for the genetic gain, with restriction on coancestry, for the weight trait of 84-day old Santa Ines sheep. The analyses were performed using a differential evolution algorithm, which optimized an objective function accounting for average coancestry of the candidate animals for reproduction and genetic merit. The optimal selection strategy indicated the use of 19 rams, which would result in an expected average gain of 1.1259 units of standard deviation, and coancestry equal to 0.0249 (strategy 5). Compared to the selection based only on breeding values, the optimum strategy reduced the coancestry by 12%, and the genetic gain by only 3%. The selection of sheep by the optimum contribution offers different levels of genetic gain, which are achievable from restrictions on the coancestry. Therefore, it is possible to minimize the coancestry, or restrict it to a predefined value, and maximize the genetic gain while using the optimum contribution.

ResumoObjetivou-se avaliar a diversidade genética de ovinos Santa Inês em fazendas no Estado do Piauí, utilizando marcadores RAPD. Foram analisados 164 espécimes pertencentes a seis municípios das mesorregiões Centro-Norte e Sudoeste. Após a obtenção do DNA, avaliou-se o potencial de 34 iniciadores, dos quais apenas cinco mostraram bandas passíveis de análise. Foram amplificados 37 locos distintos, sendo 36 polimórficos. Apesar do alto polimorfismo geral (97,2%) a taxa de polimorfismo intrapopulacional foi reduzida (média = 69,82%/população), mostrando que o conjunto dos rebanhos apresenta alta diversidade, mas que cada população isolada pode estar sofrendo efeitos da endogamia. Os índices de diversidade genética (Hs) e de endogamia (f) apresentaram, respectivamente, valores de 0,289 e 0,172. Ambos indicaram excesso de homozigotos e consanguinidade positiva dentro das fazendas. A composição dos rebanhos amostrados quase exclusivamente por fêmeas pode ser a justificativa para esses resultados, onde as proles são compostas principalmente por meio-irmãos. Os resultados acima citados foram confirmados pelos testes de AMOVA (ΦST= 0,199), que mostrou diferenças genéticas significativas entre fazendas, e pelas análises do programa Structure, que indicaram a presença de três grupos genéticos distintos, podendo esta ser uma evidência da presença de animais pertencentes ao “Novo Santa Inês”, entre os ovinos amostrados.

AbstractThis study aimed to evaluate the genetic diversity of Santa Inês sheep in Piauí state farms using RAPD markers. A total of 164 specimens belonging to six cities of Central-Northern and Southwestern regions were analyzed. After isolating the DNA, we assessed the potential of 34 primers, of which only five showed bands with sufficient resolution. Thirty-seven distinct loci were amplified, of which 36 were polymorphic. Despite the overall high polymorphism (97.2%) the rate of polymorphism within each population was reduced (mean = 69.82%/population), showing that all the herds have a high diversity but that each isolated population may be suffering the effects of inbreeding. The indices of genetic diversity (Hs) and inbreeding (f) showed, respectively, values of 0.289 and 0.172. Both showed homozygote excess and positive consanguinity within the farms. The composition of the sampled herds almost exclusively by females may be the explanation for these results, where half-brothers compose most of the offspring. The above results were confirmed by AMOVA tests (ΦST = 0.199), which showed significant genetic differences between farms. Also, the analysis of Structure software indicated the presence of three distinct genetic groups, which may characterize the occurrence of animals belonging to the "New Santa Inês" among the sampled sheep.

O objetivo deste trabalho foi identificar o modelo com melhor ajuste aos dados de produção de leite, gordura, proteína e sólidos totais para cabras leiteiras, bem como associar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes para κ-caseína (κ-CSN3) e β-lactoglobulina (β-LG) aos parâmetros das curvas de produção e qualidade do leite. Foram avaliados 4.160 registros de produção de leite, gordura, proteína e sólidos totais de cabras das raças Alpina, Saanen e mestiça, no Estado de Antioquia, na Colômbia. Os modelos não lineares com melhor ajuste à estrutura dos dados foram os de Nelder, para produção de leite, e de Cappio-Borlino, para qualidade do leite. As análises de associação mostraram efeito significativo do SNP κ-CSN3 sobre o pico de produção, a produção inicial e a persistência das características qualitativas do leite. Já o SNP β-LG apresentou efeito significativo sobre os picos de produção de leite e gordura, e sobre o tempo necessário para atingir o pico de produção de proteína. A identificação e a estimação da influência dos marcadores SNP avaliados sobre as curvas de lactação e a qualidade do leite podem contribuir para a seleção de caprinos leiteiros.

The objective of this work was to identify the model that best fits production data of milk, fat, protein, and total solids for dairy goats, as well as to associate single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the genes for κ-casein (κ-CSN3) and β-lactoglobulin (β-LG) with parameters from lactation and milk-quality curves. A total of 4,160 production records of milk, fat, protein, and total solids from goats of the Alpine, Saanen, and crossbred breeds, in the state of Antioquia, Colombia, were evaluated. The nonlinear models with the best fit to data structure were Nelder's, for milk yield, and Cappio-Borlino's, for milk quality. Association analyzes showed significant effect of the SNP κ-CSN3 on production peak, initial production, and persistence of milk-quality traits. The SNP β-LG had significant effect on the peaks of milk and fat yield, and on the time required to reach the peak of protein yield. The identification and estimation of the influence of the evaluated SNP markers on lactation and milk-quality curves can contribute for dairy goat selection.

Objetivou-se descrever o quantitativo, distribuição e estrutura do rebanho de ovino da raça Santa Inês no estado do Piauí. Foram analisados dados de registros genealógicos da raça Santa Inês, mantidos pela Associação Brasileira de Criadores de Ovinos (ARCO), referentes ao período de 1992 a 2012. Foram realizadas análises estatísticas descritivas de modo a conhecer como o rebanho Santa Inês está estruturado. Foi realizada a classificação do rebanho quanto a sua estrutura organizacional, determinada com base na origem e uso dos reprodutores, utilizando-se o programa ENDOG. v.4.8. O registro dos animais da raça Santa Inês, no Piauí, teve inicio em 1990, e a maior representatividade foi verificada no período de 1993 a 2001. Quanto à estrutura dos rebanhos, 56,8% foram classificados como rebanhos multiplicadores (estrato intermediário da pirâmide) e 43,2% como rebanhos comerciais (base da pirâmide), sendo que não se observou nenhum rebanho núcleo e nem isolado. A falta de rebanhos núcleo da raça no Estado pode ser uma das causas da redução do número de animais registrados nos últimos anos no Piauí.

This study aimed to describe the quantity, distribution and structure of the Santa Inês sheep flock in the Piauí state. We analyzed data of genealogical records of Santa Inês variety, maintained by the Brazilian Association of Breeders Sheep (ARCO), from 1992 to 2012. Descriptive statistical analyzes were performed in order to know how the Santa Inês herd is structured. We classified the herd according to its organizational structure, determined according to the origin and the use of the breeders, using the program ENDOG.v.4.8. The registration of animals of Santa Ines variety, in Piauí, started in 1990, and highest representation was verified in the period from 1993 to 2001. As for the structure of the herds, 56.8% were classified as multiplying livestocks (intermediate stratum of the pyramid) and 43.2% as commercial herds (base of the pyramid), and there was neither nucleus nor isolated herds. The lack of nucleus herds of Santa Inês variety in the state may be one of the causes of the reduction in the number of animals recorded in recent years in Piauí.