ABSTRACT Introduction: Vibrio cholerae non-O1 constitutes a potential pathogen that causes intestinal and extraintestinal infections. These constitute reservoirs of virulence and antimicrobial resistance genes, allowing isolates of Vibrio cholerae non-O1 to become choleric and epidemic. In Cuba, since 1980 the National Reference Laboratory- EDA of the ¨Pedro Kourí¨ Institute has been monitoring this agent. Between 2012-2016, suspected cases of cholera are reported, and epidemic and non-epidemic serogroups are circulating. This study aims to investigate the isolates that circulated between 2012-2019, in terms of: spatio-temporal distribution, variations in pathogenic potential and antimicrobial resistance. Methods: It was carried out an analytical cross-sectional study that included 80 isolates. They were carried out confirmation of genus, species and serotype, temporal-spatial distribution, detection of virulence factors and susceptibility to nine antimicrobials. It was determined the relationship between virulence phenotype and multi-resistance. Results: It was demonstrated a spatial heterogeneity pattern, with a predominance of detection in the eastern region, and an increase in enzymatic virulence factors and biofilm formation in the period. They were observed the highest resistance values for trimethoprim/sulfamethoxazole and for ampicillin, while they were demonstrated percentages below 5%. for doxycycline, azithromycin and ciprofloxacin. It was verified the circulation of multiresistant isolates with patterns that include the antimicrobials of choice in the treatment of V. cholerae diarrhea, and it was found no association between the presence of virulence factors and multiresistance. Conclusion, the analysis of the behavior of ADD in Cuba based on the spatio- temporal distribution of Vibrio cholerae non-O1 pathogenic and multi-resistant provides fundamental elements for the construction of risk maps and allows the timely prediction of future outbreak scenarios.

RESUMEN Introducción: Vibrio cholerae no-O1 constituye un patógeno potencial causante de infecciones intestinales y extraintestinal. Estos constituyen reservorios de genes de virulencia y de resistencia a los antimicrobianos, permitiendo que aislados de Vibrio cholerae no-O1 se conviertan en coléricos y epidémicos. En Cuba, desde 1980 el Laboratorio Nacional de Referencia-EDA del Instituto Pedro Kourí realiza la vigilancia de este agente. Entre 2012-2016 se notifican casos sospechosos de cólera, y circulan serogrupos epidémicos y no epidémicos. Este estudio se propone investigar los aislados que circularon entre 2012-2019, en cuanto a: la distribución espacio-temporal, las variaciones en el potencial patogénico y la resistencia a los antimicrobianos. Métodos: Se realizó un estudio analítico de corte trasversal que incluyó 80 aislados. Se realizó la confirmación en género, especie y serotipo, la distribución temporo-espacial, la detección de factores de virulencia y la susceptibilidad frente a 9 antimicrobianos. Se determinó la relación entre el fenotipo de virulencia y la multirresistencia. Resultados: Se demostró un patrón de heterogeneidad espacial, con predominio de la detección en la región oriental, y un incremento de los factores de virulencia enzimáticos y la formación de biopelícula en el periodo. Los mayores valores de resistencia se evidenciaron para el trimetoprim/sulfametoxazol y para la ampicilina, mientras que para la doxiciclina, azitromicina y ciprofloxacina se demostraron porcentajes por debajo del 5 %. Se constató la circulación de aislados de multirresistentes con patrones que incluyen los antimicrobianos de elección en el tratamiento de las diarreas por Vibrio cholerae, y no se evidenció asociación entre la presencia de los factores de virulencia y la multirresistencia. Como conclusión el análisis del comportamiento de las enfermedades diarreicas agudas en Cuba a partir de la distribución espacio-temporal de V. cholerae no-O1 patogénico y multirresistente aporta elementos fundamentales para la construcción de mapas de riesgo y permite la predicción oportuna de futuros escenarios de brotes.

ABSTRACT Introduction: Cholera is an acute intestinal infection caused by toxigenic strains of Vibrio choleare. The rapid dissemination and emergence of the multiresistance that characterizes this pathogen could interfere with the success of antimicrobial therapy, so it is a priority to monitor changes in susceptibility patterns, as a transcendental part of the resistance control policy antimicrobial. Objective: To determine the behavior of antimicrobial resistance against the antimicrobials of interest used in the treatment, the presence of enzymatic virulence factors and whether there is a relationship between them. Methods: A descriptive cross-sectional study was conducted during July 2012 to December 2015. Where 500 isolates belonging to the cepary of the National Reference Laboratory for Acute Diarrheal Diseases of the Institute of Tropical Medicine "Pedro Kourí", from outbreaks of EDA of the national network of Microbiology laboratories in Cuba. Conventional phenotypic methods were applied to determine the behavior of antimicrobial resistance, the presence of enzymatic factors and their relationship with antimicrobial resistance. Results: The highest percentages of sensitivity were obtained against azithromycin (98%), doxycycline (96%) and ciprofloxacin (93%) and resistance to ampicillin (100%) and trimethoprim-sulfamethoxazole (99.4%). 44 isolated (8.8%) multi-resistant were found. All isolates had at least two extracellular enzymes as virulence factors, the most frequent: gelatinase (96%) and lecithinase (95%). Conclusions: There is a direct and proportional relationship between the presence of virulence factors and antimicrobial resistance, synergism that arises greater pathogenicity of the isolates studied from epidemic outbreaks.

RESUMEN Introducción: El cólera es una infección intestinal aguda causada por cepas toxigénicas de Vibrio choleare. La rápida diseminación y emergencia de la multirresistencia que caracteriza a este patógeno, podría interferir en el éxito de la terapia antimicrobiana, por lo que constituye una prioridad monitorear los cambios en los patrones de susceptibilidad, como parte trascendental de la política de control de la resistencia antimicrobiana. Objetivo: Determinar el comportamiento de la resistencia antimicrobiana frente a los antimicrobianos de interés empleados en el tratamiento, la presencia de factores de virulencia enzimáticos y si existe relación entre ambos. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal durante julio de 2012 a diciembre de 2015. Se estudiaron 500 aislamientos pertenecientes al cepario del Laboratorio Nacional de Referencia de Enfermedades Diarreicas Agudas del Instituto de Medicina Tropical “Pedro Kourí”, procedentes de brotes de enfermedades diarreicas agudas de la red nacional de laboratorios de Microbiología de Cuba. Se aplicaron métodos convencionales fenotípicos para determinar el comportamiento de la resistencia antimicrobiana, la presencia de factores enzimáticos y la relación de estos con la resistencia antimicrobiana. Resultados: Los mayores porcentajes de sensibilidad se obtuvieron frente a azitromicina (98 %), doxiciclina (96 %) y ciprofloxacina (93%) y de resistencia frente a ampicilina (100 %) y trimetoprim-sulfametoxazol (99,4 %). Se encontraron 44 aislados (8,8 %) multirresistente. Todos los aislamientos poseían al menos dos enzimas extracelulares como factores de virulencia, las más frecuentes: gelatinasa (96 %) y lecitinasa (95 %). Conclusiones: Se evidencia una relación directa y proporcional entre la presencia de los factores de virulencia y resistencia antimicrobiana, sinergismo que surgiere mayor patogenicidad de los aislados estudiados procedentes de brotes epidémicos.

ABSTRACT Introduction: Acute diarrheal disease is a frequent cause of morbidity and mortality in developing countries. One of the leading causes is diarrheagenic Escherichia coli, which affects patients at extreme ages and with immunodeficiencies. Objective: Identify the most active pathotypes of diarrheagenic Escherichia coli and the antimicrobial resistance phenotypes expressed by the prevailing pathotype. Methods: A study was conducted from July 2012 to February 2014 of 184 isolates obtained from 15 provincial Hygiene, Epidemiology and Microbiology Centers in Cuba and the Isle of Youth. Identification of the genus, species and pathotypes was based on conventional and molecular diagnostic methods. Determination of antimicrobial susceptibility was performed by the Bauer-Kirby method in compliance with guidelines from the Clinical and Laboratory Standards Institute of 2013. Results: A total 108 (58%) diarrheagenic Escherichia coli were identified. The following pathotypes were confirmed: Multiplex PCR 1 revealed 5 (6%) enteropathogenic, 4 (4%) enterotoxigenic and 0 (0%) enterohemorrhagic Escherichia coli. Multiplex PCR 2 found 72 (82%) enteroaggregative Escherichia coli, which was the prevailing type in the study. PCR 3 (simple) detected 7 (8%) enteroinvasive Escherichia coli. 100% of the prevailing pathotype displayed resistance to at least one of the antimicrobials tested, a single resistance pattern to two antimicrobials, and nine multiresistance patterns. Conclusions: The study showed the importance of the use of rapid molecular tests to confirm diarrheagenic E. coli pathotypes, which cause mild dehydration, serious complications and death. Identification could be done of the four most common pathotypes and enteroaggregative E. coli, the one with the highest incidence in the study population. The prevailing pathotype displayed high percentages of antimicrobial resistance to beta-lactams and good antimicrobial sensitivity to third-generation cephalosporins and aminoglycosides. The study contributed knowledge not revealed by previous research about Cuban isolates. Such information is considered to be highly valuable for clinicians, pediatricians and epidemiologists in the country.

RESUMEN Introducción: En los países en vías de desarrollo las enfermedades diarreicas agudas son causa frecuente de morbilidad y mortalidad. Entre las primeras causas se encuentra Escherichia coli diarrogénicos, que afecta a pacientes en edades extremas de la vida y con inmunodeficiencias. Objetivo: Identificar los patotipos de Escherichia coli diarrogénicos que más inciden y los fenotipos de resistencia antimicrobiana expresados por el patotipo predominante. Métodos: Se estudiaron 184 aislamientos procedentes de 15 centros provinciales de Higiene, Epidemiología y Microbiología de Cuba e Isla de la Juventud. La investigación se realizó desde julio de 2012 hasta febrero de 2014. La identificación de género, especie y patotipos fue realizada por métodos de diagnóstico convencional y molecular. La determinación de la susceptibilidad antimicrobiana se realizó por el método de Bauer y Kirby, y las normas del Clinical and Laboratory Institute Standards de 2013. Resultados: Se identificaron 108 (58 %) Escherichia coli diarrogénicos. Los patotipos confirmados fueron: en la PCR múltiple 1, 5 (6 %) de Escherichia coli enteropatogénico, 4 (4 %) de enterotoxigénico y 0 (0 %) de enterohemorrágico. La PCR múltiple 2 reveló 72 (82 %) Escherichia coli enteroagregativo, que resultó el predominante en el estudio. La PCR 3 (simple) detectó 7 (8 %) de enteroinvasivo. El 100 % del patotipo predominante mostró resistencia, al menos a un antimicrobiano de los probados, un solo patron de resistencia a dos antimicrobianos, y nueve patrones de multirresistencia. Conclusiones: El estudio demuestra la importancia del uso de pruebas moleculares rápidas para la confirmación de los patotipos de E. coli diarrogénicos, los que provocan deshidratación ligera, complicaciones graves y la muerte. Se logra identificar los cuatro patotipos más frecuentes y E. coli enteroagregativo, el de mayor incidencia en la población estudiada. El patotipo predominante mostró altos porcentaje de resistencia antimicrobiana a betalactámicos y buena sensibilidad antimicrobiana a los aminoglucósidos y cefalosporinas de tercera generación. La investigación aporta conocimientos, no revelados en estudios anteriores con aislados cubanos, lo que es considerado de alto valor para los clínicos, pediatras y epidemiólogos del país.

ABSTRACT Vibrio cholerae non-O1, non-O139 is the third bacterium group from the genus Vibrio most commonly causing diarrhea. It survives in aquatic environments, using the formation of biofilm as a survival mechanism facilitating the transmission of diarrheal disease. Multi-drug resistant V. cholerae isolates have been characterized since the year 1977, and some of the mechanisms involved include the production of extended-spectrum β-lactamases (ESBLs). The purpose of the study was to determine the formation of biofilm in Cuban isolates of V. cholerae non-O1, non-O139 causing acute diarrheal disease (ADD), and detect the production of ESBLs in those with total or intermediate resistance to ampicillin. A descriptive cross-sectional study was conducted from January 2014 to June 2015. The study sample was 55 previously characterized isolates obtained from the strain collection at the ADD National Reference Laboratory of Pedro Kourí Institute. For phenotypic determination of ESBLs, 43 were studied which were known to be susceptible to ampicillin. 54.5 % of the isolates tested positive for biofilm formation, with a predominance of those classified as moderate (46.6 %) and weak (36.6 %) biofilm producers. Of the 34 isolates resistant to ampicillin, 26.5 % were positive for ESBL production. Of the 9 with intermediate ampicillin resistance, 44.4 % were positive. The results of the present study contribute knowledge about their ability to persist in the environment, and provide insight into antimicrobial resistance mechanisms.

RESUMEN Vibrio cholerae no-O1, no-O139 es el tercer grupo de bacterias del género Vibrio que con más frecuencia producen diarreas. Sobrevive en los ambientes acuáticos, utilizando la formación de biopelícula como mecanismo de supervivencia que propicia la transmisión de la enfermedad diarreica. Desde 1977 se caracterizan aislados de V. cholerae con resistencia múltiple, y algunos de los mecanismos involucrados incluyen la producción de β-lactamasas de espectro extendido (BLEE). Este trabajo tuvo como objetivo determinar la formación de biopelícula en los aislados cubanos de V. cholerae no-O1, no-O139, causantes de enfermedad diarreica aguda (EDA), y detectar la producción de BLEE en aquellos con resistencia total e intermedia a ampicilina. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal, entre enero 2014 y junio 2015. Se estudiaron 55 aislados caracterizados previamente, que formaban parte del cepario del Laboratorio Nacional de Referencia de EDA del Instituto “Pedro Kourí”. Para la determinación fenotípica de BLEE se estudiaron 43, de los que ya se conocía su susceptibilidad a ampicilina. El 54,5 % de los aislados resultaron positivos a la formación de biopelícula, y predominaron los clasificados como formadores moderados (46,6 %) y débiles (36,6 %). De los 34 resistentes a ampicilina, 26,5 % resultaron positivos a la producción de BLEE. En el caso de los nueve aislados con resistencia intermedia a ampicilina, 44,4 % resultaron positivos. Los resultados del presente estudio contribuyen al conocimiento sobre la capacidad que tienen de persistir en el ambiente y permiten profundizar sobre los mecanismos de resistencia a los antimicrobianos.

Abstract OBJECTIVE: To describe the frequency of the TMPRSS2 gene and its variants in a prostate cancer-free Southwestern Colombian population. MATERIALS AND METHODS: An observational study was conducted that included cancer-free persons, regardless of age, from Southwestern Colombia. Blood samples were drawn from the patients for DNA extraction. Blood drops were collected and dried on filters and immersed in phosphate buffer, utilizing the DNeasy kit. The preparation process was carried out using the TruSeq Exome Library Prep® kit and the resulting libraries were normalized with the TruSeq Rapid Exome® kit. The commercial kits were provided by Illumina®. We sequenced the full exome and identified the variants associated with the TMPRSS2 gene. Descriptive statistics were employed for the data analysis. RESULTS: The study population was made up of 162 persons from whom 7,315,466 sequence data were obtained. The TMPRSS2 gene was found in 414 data (4.3%). The most common SNP was rs140530035 (32.1%) and the most relevant SNP sequenced was rs12329760 (10.6%). CONCLUSION: TMPRSS2 was not frequent in the population studied. The most important polymorphism associated with the TMPRSS2 gene was rs12329760.

Resumen OBJETIVO: Estimar la prevalencia del gen TMPRSS2, y sus variantes, en pacientes libres de cáncer de próstata de una población del suroeste de Colombia. MATERIALES Y MÉTODOS: Estudio observacional, al que se incluyeron pacientes libres de cáncer de próstata, sin importar su edad, residentes de una población del sudoeste de Colombia. Se recolectaron muestras de sangre para extraer el ADN mediante filtros, inmersos en una solución tampón de fosfato, para evaluarse en el equipo comercial DNeasy. Para la lectura de resultados se utilizó el manual TruSeq Exome Library Prep® y se normalizaron con TruSeq Rapid Exome®, proporcionados por Illumina®. Se obtuvo la secuenciación del exoma completo y se identificaron las variantes asociadas con el gen TMPRSS2. Para el análisis de los datos se implementó estadística descriptiva. RESULTADOS: Se registraron 162 pacientes, de quienes se obtuvieron 7,315,466 datos de secuenciación. El gen TMPRSS2 se encontró en 414 datos (4.3%). El SNP más común fue rs140530035 (32.1%) y el secuenciador más relevante rs12329760 (10.6%). CONCLUSIÓN: la identificación del gen TMPRSS2 no es frecuente en pacientes libre de cáncer de próstata del suroeste de Colombia. El polimorfismo rs12329760 tuvo mayor relación con el gen TMPRSS2.

Resumen Introducción. El cáncer de próstata es una patología importante en la salud pública y tiene alto impacto mundial. El conocimiento y manejo de esta enfermedad debe ser del dominio de todo médico general y especialista que tenga a cargo pacientes que la padezcan. Objetivo. Obtener una visión actualizada de la epidemiología, los factores de riesgo, la clasificación, el diagnóstico y el tratamiento del cáncer de próstata. Materiales y métodos. Se realizó una búsqueda en las bases de datos Embase y MEDLINE desde enero del 2000 hasta marzo del 2017 mediante la cual se hizo un recorrido a través de las condiciones de riesgo, tamizaje, diagnóstico, nuevos biomarcadores y tratamiento del cáncer de próstata. Resultados. Factores genéticos y medioambientales son foco de estudio en la actualidad. La sospecha diagnóstica del cáncer de próstata sigue siendo con el antígeno específico prostético y el tacto rectal y su diagnóstico se debe hacer con la biopsia de próstata. Se han hecho cambios importantes en cuanto a la clasificación y tratamiento de los pacientes con esta enfermedad. Conclusión. Existe mucha investigación en curso y por venir sobre la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de esta condición tan importante, relevante y pertinente para los hombres alrededor del mundo.

Abstract Introduction: Prostate cancer is a major public health concern with a high impact worldwide. Knowledge and management of this disease should be mastered by general practitioners and specialists who treat patients with this pathology. Objective: To obtain an updated and detailed review of the epidemiology, risk factors, classification, diagnosis and treatment of prostate cancer. Materials and methods: A search was carried out in the Embase and MEDLINE databases from January 2000 to March 2017, comprising risk factors, screening, diagnosis, new biomarkers and treatment of prostate cancer. Results: Genetic and environmental factors are currently the focus of studies. Prostate-specific antigen and digital rectal examination are still used to suspect prostate cancer, while diagnosis is achieved with a prostate biopsy. Important changes have been made regarding the classification and treatment of patients with this disease. Conclusion: Significant changes have been made in the area. Several ongoing and upcoming researches on prevention, diagnosis and treatment of this condition are available, which are relevant for men around the world.

Resumen Objetivo: Analizar la complejidad de la expresión génica en tejido adiposo de genes asociados con obesidad, mediante simulación computacional con diferentes herramientas bioinformáticas. Métodos: Después de una búsqueda bibliográfica en PubMed, se seleccionaron 37 genes asociados con obesidad con fold change mayor a 1,5. A partir del cálculo de valores de los z-score obtenidos de experimentos de micromatrices de ADN de muestras de tejido adiposo de personas obesas y de control, se construyó una red de interacción con el programa Cytoscape 3.2. La información detallada sobre las características genómicas de estos genes se extrajo de las bases de datos Genome Browser de la UCSC y del NCBI. Utilizando herramientas de análisis de multivariado, se hizo un análisis de componentes principales y uno de agrupación. Resultados: La red construida mostró que los genes con mayor número de interacciones fueron: 1) el factor nuclear respiratorio (NRF1), 2) el canal activado de potasio activado por calcio alfa 1 (KCNMA1) y 3) la sintasa de ácidos grasos (FASN). Los que tuvieron mayores valores de expresión fueron: 1) el factor de crecimiento endotelial vascular A (VEGFA), 2) la dioxigenasa dependiente de alfa-cetoglutarato (FTO) y 3) el regulador de crecimiento neuronal 1 (NEGR1). Las proteínas IL6, BDNF y HLC tuvieron los mayores valores de interacción con IL6R, NRF1 y ACACB, respetivamente. Las categorías ontológicas más importantes se relacionaron con procesos metabólicos de lipoproteínas, el ciclo de los ácidos tricarboxílicos, la activación de las MAP-quinasas y la cascada JNK. Conclusiones: En su conjunto los resultados obtenidos de sobreexpresión diferencial de genes asociados con el metabolismo de lípidos en el tejido adiposo de personas obesas podría ser un criterio para discriminar a nivel de diagnóstico esta patología.

Summary Objective: To analyze the complexity of gene expression in the adipose tissue of genes associated with obesity, by computer simulation with different bioinformatics tools. Methods: After conducting a PubMed literature search, 37 genes associated with obesity with a fold change greater than 1.5 were selected. An interaction network was cons tructed using the Cytoscape 3.2 program from the calculation of z-score values obtained from DNA microarray experiments of adipose tissue samples collected from obese and control people. Detailed information on the genomic characteristics of these genes was extracted from the UCSC and NCBI Genome Browser databases. Using multivariate analysis tools, a principal component analysis and a cluster analysis were carried out. Results: The constructed network showed that the genes with the greatest number of interactions were: 1) the nuclear respiratory factor (NRF1), 2) the activated channel of potassium activate by calcium alpha 1 (KCNMA1), and 3) the fatty acid synthase (FASN). Those with the higher expression values were: 1) vascular endothelial growth factor A (VEGFA), 2) alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase (FTO), and 3) neuronal growth regulator 1 (NEGR1). The IL6, BDNF and HLC proteins had the highest interaction values with IL6R, NRF1 and ACACB, respectively. The most important ontological categories were related to lipoprotein metabolic processes, the tricarboxylic acid cycle, the activation of the MAP kinases, and the JNK cascade. Conclusions: As a whole, the results obtained from differential overexpression of genes associated with lipid metabolism in the adipose tissue of obese people could be a criterion to discriminate this pathology at a diagnostic level.

Resumo Objetivo: Analisar a complexidade da expressão gênica no tecido adiposo de genes associados com obesidade, por meio de simulação por computador com diferentes ferramentas bioinformáticas. Métodos: Após uma busca bibliográfica em PubMed, foram selecionados 37 genes associados com obesidade com fold change superior a 1,5. A partir do cálculo de valores dos z-score obtidos de experimentos de micro matrizes de ADN de amostras de tecido adiposo de pessoas obesas e de controle, construiu-se uma rede de interação com o programa Cytoscape 3.2. A informação detalhada sobre as características genômicas destes genes foi obtida das bases de dados Genome Browser da UCSC e do NCBI. Utilizando ferramentas de análise de multivariado, fez-se uma análise de componentes principais e um de agrupação. Resultados: A rede construída mostrou que os genes com maior número de interações foram: 1) o fator nuclear respiratório (NRF1), 2) o canal ativado de potássio ativado por cálcio alfa 1 (KCNMA1) e 3) ácido graxo sintase (FASN). Os que tiveram maiores valores de expressão foram: 1) o fator de crescimento endo-telial vascular A (VEGFA), 2) a dioxigenase dependente de alfa-cetoglutarato (FTO) e 3) o regulador de crescimento neuronal 1 (NEGR1). As proteínas IL6, BDNF e HLC tiveram os maiores valores de interação com IL6R, NRF1 e ACACB, respectivamente. As categorias ontológicas mais importantes se relacionaram com processos metabólicos de lipoproteínas, o ciclo dos ácidos tri carboxílicos, a ativação das MAP-quinases e a cascata JNK. Conclusões: Em seu conjunto, os resultados obtidos de superexpressão diferencial de genes associados com o metabolismo de lipídios no tecido adiposo de pessoas obesas poderia ser um critério para discriminar a nível de diagnóstico esta patologia.

ABSTRACT INTRODUCTION In the Caribbean region, acute diarrheal diseases caused by the Vibrio genus have increased in recent years, following the 2010 earthquake in Haiti. Based on its capsular lipopolysaccharide, Vibrio cholerae is classified into more than 200 serogroups, divided into O1, O139 and non-O1, non-O139. Non-O1 serogroups produce clinical features ranging from mild diarrhea to severe dehydration. In Cuba, circulation of non-O1, non-O139 V. cholerae has been reported both in outbreaks and sporadic cases. OBJECTIVE Describe the antimicrobial susceptibility of V. cholerae to the drugs of interest used in its treatment and verify the presence of enzymatic virulence factors. METHODS A descriptive, cross-sectional study was conducted in January through November 2014, based on 125 non-O1, non-O139 V. cholerae isolates obtained during 2013 and 2014 from patients with acute diarrheal disease (isolates from the National Reference Laboratory for Acute Diarrheal Diseases of the Pedro Kouri Tropical Medicine Institute, Havana). Bacteriological identification was performed according to conventional methods. Antimicrobial susceptibility was determined by the Bauer-Kirby agar diffusion method. The technique described by Robinson in 1986 was used to determine virulence factors, hemolytic activity and enzyme factors (DNase, elastase, gelatinase), and Karagozova’s method for the enzyme lecithinase. RESULTS Highest percentages of sensitivity were obtained for azithromycin (98.4%), doxycycline (97.6%) and ciprofloxacin (96.8%), and highest resistance values for ampicillin (60%), sulfonamide (46.4%) and trimethoprim–sulfamethoxazole (32%). Six resistance patterns were detected, four found in Cuba for the first time, as well as six patterns of multidrug resistance (4.8%). All isolates had at least two extracellular enzymes as virulence factors. The most frequent were gelatinase (90.4%) and lecithinase (77.6%). The percentage of virulence factors was lower in the group of isolates resistant to ≥2 antimicrobials. An inverse relationship was found between presence of enzymatic virulence factors and resistance in the isolates studied. CONCLUSIONS The results suggest that azithromycin, doxycycline and ciprofloxacin should continue to be used for treatment of V. cholerae-caused infections, and confirmed the presence of four new resistance patterns in isolates circulating in Cuba.

Introducción: La preeclampsia continúa siendo la primera causa de morbimortalidad perinatal. El conocimiento sobre su etiología molecular se ha incrementado en los últimos años debido al avance en la aplicación de las ciencias "ómicas". Ello ha llevado a identificar genes candidatos que participarían en su patogénesis. Objetivo: Identificar y caracterizar estructural y funcionalmente genes expresados en placenta que se asocian con preeclampsia. Métodos: A partir de una revisión de literatura de los últimos diez años, se identificaron 16 genes cuya expresión en placenta estaba asociada con la patología. Se realizó la minería de datos incluyendo las siguientes variables: número de genes, tamaño de los genes, número de exones codificantes, islas CpG y las familias de los diferentes elementos repetidos en una ventana de 100Kbp. Mediante un análisis bioinformático, usando los diferentes recursos del NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) y del Genome Browser de UCSC (http://genome.ucsc.edu/). Adicionalmente se usó el portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome) se determinaron los niveles de expresión de cada gen por tejidos. Resultados: Se registraron diferencias en la cromatina que contiene las familias de elementos no codificantes de los genes asociados en comparación con los controles (Prueba de Kruskall-Wallis, P= 0.0341824). Los genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA y ENG fueron los que registraron el mayor puntaje z en placentas preeclámpsicas. Conclusión:La aplicación de las herramientas bioinformáticas se convierte en un instrumento potente para el análisis integrado de la expresión de genes y su papel en la patogénesis de la PE. Esto conllevaría a la identificación temprana de mujeres afectadas.

Introduction: Preeclampsia still is the main cause of perinatal morbi-mortality; due to the advance in the application of the omics sciences the knowledge about its molecular etiology has increased in the last years, this has led to the identification of candidate genes, which would be involved in its pathogenesis. Objective: To identify those genes, expressed in placenta that are associated with preeclampsia and compare their structural and functional characteristics. Methods: From a literature review, 16 genes were found, whose expression in placenta was associated to the pathology. Data mining was performed including the following genomic variables: number of genes, genomic size, coding exon count, CpG islands and repeat elements in a 100Kbp window. For the Bioinformatics analysis, we used different resources of the NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) and the UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/). Furthermore, the portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome) Was used to determine the expression levels of each gene per tissue. Results: Significant differences were found for the non-coding elements of the chromatin in that associated genes, in comparison with controls (Kruskall-Wallis test, P= 0.0341824). The genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA and ENG were the ones with the highest z- score values in preeclampsic placenta. Conclusion: The application of computational tools has become a powerful instrument for the integrated analysis of gene expression and its role in the pathogenesis of PE. This would lead to an early detection of affected women.

Introdução: A pré-eclâmpsia ainda é a principal causa perinatal Morbi-mortalidade; devido ao avanço na aplicação das ciências "ómicas" o conhecimento sobre sua etiologia molecular tem aumentado nos últimos anos, Isto levou à identificação de genes candidatos, que estariam envolvidos na sua Patogênese. Objetivo: Para identificar esses genes, Expresso em placenta que está associada à pré-eclâmpsia e comparar as suas características estruturais e funcionais. Métodos: A partir de uma revisão da literatura, foram encontrados 16 genes, cuja expressão na placenta foi asociada à patología. Extração de dados Foi realizada incluindo as seguintes variáveis genómicas: Número de genes, tamanho genômico, exon contagem de codificação, CpG ilhas e repetir elementos em uma janela de 100Kbp. Para a análise bioinformática, Utilizamos diferentes recursos do NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) e do UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/). Além disso, o portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome) foi utilizado para determinar os níveis de expressão de cada gene por tecido. Resultados: Se encontrou diferenças significativas para os elementos não codificantes da cromatina nos genes associados, Em comparação com os controlos (teste de Kruskall-Wallis, P = 0,0341824). Os genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA e ENG foram os que apresentaram os maiores valores de z-score na placenta pré-eclâmpsica. Conclusão: A aplicação de ferramentas computacionais tornou-se um poderoso instrumento para a análise integrada da expressão gênica e seu papel na patogênese da PE. Isso levaria a uma detecção precoce das mulheres afetadas.

Introducción: La información de la expresión de genes consignada en bases de datos, ha permitido extraer y analizar información acerca procesos moleculares implicados tanto en la homeostasis cerebral y su alteración en algunas neuropatologías. Objetivos: Correlacionar los niveles de transcripción de 19 genes localizados en la región crítica del cromosoma 21, asociada a Síndrome de Down (DSCR), con la localización cerebral y su coexpresión en diferentes subestructuras del cerebro humano. Métodos: A partir de valores de expresión génica disponibles en la base de datos del proyecto cerebro humano del Atlas del Cerebro del "Allen Institute for Brain Sciences" (http://human.brain-map.org/), se construyeron perfiles de expresión de 19 genes DSCR en 42 subestructuras cerebrales. Además, utilizando métodos estadísticos multivariados se analizaron los patrones de coexpresión de genes DSCR en el cerebro normal. Resultados: En el núcleo caudado, el núcleo accumbens y el putamen además de las Áreas centrales 2, 3 y 4, se determinaron los valores de expresión más elevados para los genes incluidos RCAN1, que codifica para una proteína involucrada en el proceso de transducción de señales de SNC; PCP4 cuya proteína interviene en la unión a la calmodulina y TTC3 una proteína que interviene en la diferenciación de neuronas. Las subestructuras identificadas con una elevada expresión de estos genes, están asociadas con procesos de aprendizaje, en diferentes tipos de memoria y habilidades motoras. Conclusiones: La regulación de la expresión de los genes DSCR es clave para mantener la homeostasis cerebral, especialmente en aquellas áreas de mayor expresión, las cuales están asociadas con procesos sumamente importantes.

Background: The information of gene expression obtained from databases, have made possible the extraction and analysis of data related with several molecular processes involving not only in brain homeostasis but its disruption in some neuropathologies; principally in Down syndrome and the Alzheimer disease. Objective: To correlate the levels of transcription of 19 genes located in the Down Syndrome Critical Region (DSCR) with their expression in several substructures of normal human brain. Methods: There were obtained expression profiles of 19 DSCR genes in 42 brain substructures, from gene expression values available at the database of the human brain of the Brain Atlas of the Allen Institute for Brain Sciences", (http://human.brain-map.org/). The co-expression patterns of DSCR genes in brain were calculated by using multivariate statistical methods. Results: Highest levels of gene expression were registered at caudate nucleus, nucleus accumbens and putamen among central areas of cerebral cortex. Increased expression levels of RCAN1 that encode by a protein involved in signal transduction process of the CNS were recorded for PCP4 that participates in the binding to calmodulin and TTC3; a protein that is associated with differentiation of neurons. That previously identified brain structures play a crucial role in the learning process, in different class of memory and in motor skills. Conclusion: The precise regulation of DSCR gene expression is crucial to maintain the brain homeostasis, especially in those areas with high levels of gene expression associated with a remarkable process of learning and cognition.

La población actual del departamento del Cauca es el resultado de la mezcla de tres poblaciones parentales (europea, amerindia y africana). En este estudio se determinó la composición genética de 306 residentes del departamento mediante la utilización de 34 variantes autosómicas, 9 variantes en el cromosoma X, 6 en el ADNmt y 8 en el cromosoma Y. Los análisis de las variantes autosómicas y del cromosoma X revelaron que la población europea y la amerindia han contribuido en mayor proporción al actual acervo genético de la población estudiada. Los resultados de las variantes en el ADNmt y del cromosoma Y sugieren un fuerte sesgo sexual (flujo génico asimétrico) en el proceso de mezcla, en el que los cruces interétnicos fueron principalmente entre los colonizadores europeos y las mujeres nativas.

The contemporary population of the Province of Cauca is the result of the admixture between three parental populations (European, Amerindian and African). Genetic composition was determined in 306 residents of the Province with the use of 34 autosomal markers, 9 markers in chromosome X, 6 and 8 mtDNA in chromosome Y. Autosomal and X chromosome data indicate that both European and Amerindian populations have contributed to a greater extent to the current genetic pool of the population. The mtDNA and the Y chromosome data, indicate a strong sexual bias (asymmetrical gene flow) in the admixing process, where interethnic crosses were mainly between European men and native women.

INTRODUCTION: the acute diarrheal diseases are one of the main causes of morbidity and mortality in children aged under 5 years and in the general population; this demands a great deal of care in the healthcare services. The situation worsens due to the overuse of antimicrobials and the development of bacterial resistance, being the latter an emerging health problem in different areas of the world. Among the causative microorganisms of acute diarrheal diseases are those of Aeromonas genus, recognized as second risk emerging pathogens. OBJECTIVES: to determine the most frequently isolated Aeromonas species in fecal samples from acute diarrheal patients and their antimicrobial susceptibility. METHODS: the Bauer-Kirby´s method allowed identifying the susceptibility to several antimicrobials of 100 isolated samples coming from the provincial hygiene and epidemiology centers during 2007 and 2008. RESULTS: identification of the species was accomplished in 67% of isolates, being A. caviae (33 %) y A. hydrophila (29 %) the predominant species. It was demonstrated that 100% of isolates got resistant to at least one of the studied antimicrobials. Drug resistance to cefalotine, sulfonamides and nalidixic acid showed the highest percentages. CONCLUSIONS: tetracycline and chloramphenicol are recommended as the drugs of choice for treating intestinal infections caused by these microorganisms in Cuba.

INTRODUCCIÓN: las enfermedades diarreicas agudas constituyen una de las principales causas de morbilidad y mortalidad en los niños menores de 5 años y en la población general, esto ocasiona una gran demanda de atención en los servicios de salud. La situación se agrava por el abuso de los antimicrobianos y el desarrollo de resistencia bacteriana, suceso que hoy día constituye un problema emergente de salud en diversas regiones del mundo. Entre los microorganismos causantes de enfermedades diarreicas agudas se encuentran los pertenecientes al género Aeromonas, los cuales han sido reconocidos como patógenos emergentes de riesgo II. OBJETIVOS: determinar las especies de Aeromonas más frecuentemente aisladas a partir de muestras de heces de pacientes con enfermedades diarreicas agudas y su susceptibilidad antimicrobiana. MÉTODOS: se determinó la susceptibilidad mediante el método de Bauer-Kirby frente a diferentes antimicrobianos a 100 aislamientos remitidos desde los centros provinciales de higiene y epidemiología del país durante 2007-2008. RESULTADOS: En 67 % de los aislamientos se logró la identificación hasta especie, se observó el predominio de A. caviae (33 %) y A. hydrophila (29 %). Se demostró que 100 % de los aislamientos resultaron resistentes al menos a un antimicrobiano de los investigados. El porcentaje más elevado de resistencia se observó frente a la cefalotina, las sulfonamidas y el ácido nalidíxico. CONCLUSIONES: se propone a la tetraciclina y el cloranfenicol como fármacos de elección para el tratamiento de las infecciones intestinales producidas por estos microorganismos en Cuba.