Resumen Introducción: La tuberculosis es un problema de salud pública; su control requiere diagnóstico temprano y tratamiento oportuno. Xpert MTB/RIF® es una tecno logía diagnóstica basada en PCR en tiempo real, detecta el Complejo Mycobacterium tuberculosis y la susceptibilidad a rifampicina. Objetivo: Determinar la contribución del Xpert MTB/RIF y su costo-efectividad en la detección de tuberculosis y la resistencia a rifampicina en muestras respirato rias al compararlo con métodos de diagnóstico no moleculares Materiales y Métodos: Se analizaron 1.574 muestras de pacientes con sospecha de tuberculosis pulmonar que fueron procesadas para microscopía con coloración fluorescente de auramina-rodamina, Xpert MTB/RIF y cultivo en BACTEC MGIT 960. Los resultados obtenidos se compararon entre los métodos no moleculares y los moleculares para la detección de M. tuberculosis y susceptibilidad a rifampicina y se realizó un análisis comparativo de costos y costo efectividad. Resultados: 19,2% de las muestras fueron positivas por alguna de las técnicas usadas. Xpert MTB/RIF detectó M. tuberculosis en 90,4% del total de muestras positivas con un índice Kappa de 0,77 (IC95%: 0,74-0,82) comparado con el cultivo. La resistencia a rifampicina por Xpert fue 8,1%, sensibilidad 94,1% (IC95%: 73,0-99,0%), especificidad 98,4% (IC95%: 95,5-99,5%) y Kappa de 0,88 (IC95%: 0,76-1,00). La razón incremental de costo efectividad (RICE) fue menor en Xpert MTB/RIF comparada con el cultivo. Conclusión: Xpert MTB/RIF es una prueba eficiente y costo efectiva en la detección de casos de M. tuberculosis en muestras pulmonares comparado con los mé todos de diagnóstico basados en cultivo, sin embargo y a diferencia del Xpert MTB/RIF, estos pueden aportar en el diagnóstico con el aislamiento de especies de micobacterias no tuberculosas y la susceptibilidad a isoniazida y otros medicamentos.

Abstract Introduction: Tuberculosis is a public health problem its control requires early diagnosis and timely treatment. Xpert MTB/RIF is a real-time PCR based diagnostic technology, detects the Mycobacterium tuberculosis complex and rifampicin resistance. Objective: To determine the contribution of Xpert MTB/RIF and its cost-effectiveness in the detection of potential positive cases for tuberculosis and resistance to rifampicin in respiratory samples comparatively with diagnostic non molecular methods Materials and Methods: From 2013 to 2015, 1.574 clinical samples of patients with suspected pulmonary tuberculosis were evaluated by smear microscopy using auramina-rodamina stain, Xpert and culture in liquid medium BACTEC MGIT 960®. Results: 19,2% of the samples were positive for any of the methods used, Xpert detected M. tuberculosis in 90,4% of the positive samples and the concordance between Xpert and cultures had a Kappa index of 0,71 (IC95%: 0,62-0,72). Xpert identified resistance to rifampicin in 8,1% of the clinical samples studied with a sensitivity 94.1% (IC95%: 73,0-99,0%), specificity 98,4% (IC95%: 95,5-99,5%) and Kappa index 0,88 (IC95%: 0,76-1,00). Xpert had an incremental cost effectiveness ratio lower than culture (RICE). Conclusion: Xpert MTB/Rif is efficient diagnostic technique and comparable with culture in cost effectiveness for pulmonary tuberculosis diagnosis. However, culture based methods, in contrast to Xpert, may allow the isolation and identification of non tuberculosis mycobacterial species and the possibility to perform susceptibility for other antituberculous drugs.

Introducción. Una parte de los aislamientos de Mycobacterium tuberculosis multirresistente también presenta resistencia a la etionamida. Es importante determinar si la resistencia a la isoniacida es independiente o se cruza con la resistencia a la etionamida, ya que si sucede lo segundo habría que reevaluar el tratamiento antituberculoso de segunda línea. La prueba molecular GenoType MTBDR plus ® detecta las mutaciones asociadas con la resistencia a isoniacida y podría detectar la resistencia cruzada a la etionamida. Objetivo. Evaluar la prueba GenoType MTBDR plus ® y comparar su desempeño con el de la secuenciación, en la detección de mutaciones en el gen katG y en el promotor inhA en aislamientos clínicos de M. tuberculosis multirresistente. Materiales y métodos. Se utilizaron el estuche comercial GenoType MTBDR plus 1.0 ® y la secuenciación para evaluar mutaciones en el gen katG y en el promotor inhA en 30 aislamientos de M. tuberculosis multirresistente con resistencia a la etionamida. La cepa de laboratorio H37Rv y tres aislamientos sensibles a los medicamentos de primera línea, sirvieron de control. Resultados. Al comparar los resultados de la secuenciación y de la prueba GenoType MTBDR plus ® , el índice kappa fue de 1. Todos los aislamientos resistentes a la isoniacida y la etionamida tenían las mutaciones detectadas con la prueba GenoTypeMTBDR plus ® en el gen katG, y 40 % de ellos, las detectadas en el promotor inhA. Mediante secuenciación se encontraron, además, mutaciones en katG en posiciones diferentes a las detectadas por la prueba GenoType MTBDR plus ® . Conclusión. La prueba GenoTypeMTBDR plus ® tiene la capacidad de detectar rápidamente la resistencia a isoniacida. Además, los resultados del estudio sugieren que también podría utilizarse como prueba de tamización para detectar la resistencia cruzada a etionamida.

Introduction: A variable proportion of isolates of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis also presents resistance to ethionamide. It is important to determine whether resistance to isoniazid is independent or crossed with resistance to ethionamide, given that this could lead to the re-evaluation of second-line anti-tuberculosis treatment. The GenoType MTBDR plus ® molecular test is used for the detection of MDR-MTB, as it identifies mutations associated with resistance to isoniazide and could detect cross-resistance with ethionamide. Objective: To evaluate the performance of GenoType MTBDR plus ® in comparison with sequencing in the detection of mutations in gene katG and promotor inhA in clinical isolates of multidrug-resistant M. tuberculosis . Materials and methods: The GenoType MTBDR plus 1.0 ® commercial kit and sequencing were used to evaluate mutations in gene katG and promotor inhA in 30 multidrug-resistant M. tuberculosis isolates that were resistant to ethionamide. The laboratory strain H37Rv and three pan-sensitive isolates acted as controls. Results: The kappa index for the comparison between the results of sequencing and GenoType MTBDR plus ® was 1. All the isolates resistant to isoniazid and ethionamide had the mutations detected by GenoTypeMTBDR plus ® in the katG gene and 40% of them in promotor inhA. Sequencing also revealed katG mutations in positions different to those detected by GenoType MTBDR plus ® . Conclusion: GenoType MTBDR plus ® is able to detect resistance to isoniazid rapidly. Our results suggest that it could also be used to screen for cross-resistance with ethionamide.

The frequency of the Beijing genotype of Mycobacterium tuberculosis as a cause of tuberculosis (TB) in South America was determined by analyzing genotypes of strains isolated from patients that had been diagnosed with the disease between 1997 and 2003 in seven countries of the subcontinent. In total, 19 of the 1,202 (1.6%) TB cases carried Beijing isolates, including 11 of the 185 patients from Peru (5.9%), five of the 512 patients from Argentina (1.0%), two of the 252 Brazilian cases (0.8%), one of the 166 patients from Paraguay (0.6%) and none of the samples obtained from Chile (35), Colombia (36) and Ecuador (16). Except for two patients that were East Asian immigrants, all cases with Beijing strains were native South Americans. No association was found between carrying a strain with the Beijing genotype and having drug or multi-drug resistant disease. Our data show that presently transmission of M. tuberculosis strains of the Beijing genotype is not frequent in Latin America. In addition, the lack of association of drug resistant TB and infection with M. tuberculosis of the Beijing genotype observed presently demands efforts to define better the contribution of the virulence and lack of response to treatment to the growing spread of Beijing strains observed in other parts of the world.

El conocimiento derivado del genoma de Mycobacterium tuberculosis, junto con el desarrollo de sofisticados sistemas para la manipulación genética del bacilo, ofrece la mayor promesa para el desarrollo de herramientas nuevas y más eficientes para prevenir y controlar la tuberculosis. Se han desarrollado métodos más eficientes para la inactivación de genes micobacterianos que se han convertido en el pilar de la genómica funcional micobacteriana. La generación de mutantes mediante la inactivación génica, apoyada directa o indirectamente por el desciframiento del genoma micobacteriano, ha permitido la generación de un número significativo de mutantes de M. tuberculosis. En algunos casos, el análisis de estas mutantes ha establecido relaciones entre los productos génicos y sus funciones en la fisiología y la patogenicidad de la micobacteria. En esta revisión se describen los estudios más representativos basados en dichas mutantes.

Gene inactivation in Mycobacterium tuberculosis and its use in tuberculosis control and prevention Availability of the M. tuberculosis genome sequence and the development of sophisticated systems for genetic manipulation of bacilli offer the potential for new and effective tools to prevent and control tuberculosis. Efficient methods to inactivate mycobacterial genes have been developed. These methods have become the cornerstone for the application and development of mycobacterial functional genomics. Specific mutants are generated to establish the role of targetted genes associated with mycobacterial physiology and pathogenesis. Gene inactivation, supported directly or indirectly by the deciphering of the mycobacterial genome, has permitted the generation of large numbers of M. tuberculosis mutants. Analysis of these mutants has (in some cases) established relationships between gene products and their role in mycobacterial physiology and pathogenesis.