ABSTRACT Introduction Clostridium difficile is an important cause of diarrhoea, particularly in patients receiving antibiotic therapy. Recent studies have shown that a substantial proportion of C. difficile infections are acquired in the community, as a zoonotic disease. Brazil is a large exporter of meat and so far no study has evaluated meat contamination with C. difficile spores. Methods Here we analysed 80 retail meat products purchased from local supermarkets in a Brazilian metropolis (Porto Alegre, Southern Brazil). Samples from these products were grown in anaerobic conditions, and tested with a real time polymerase chain reaction test. Results Contamination with C. difficile spores was not found in the study. Bacteria isolated from meat included Streptococcus gallolyticus, Lactobacillus plantarum, Enterococcus gallinarum and Pediococcus acidilactici. Discussion Close vigilance is required in order to guarantee the quality of Brazilian retail meat in the long term.

As doenças de veiculação alimentar representam um problema de ordem global. No Brasil, o patógeno mais prevalente em surtos de intoxicação alimentar é a Salmonella sp. (14,4%), seguido pelo Staphylococcus aureus (7,7%), Escherichia coli (6,5%) e Bacillus cereus (3,1%). Com o objetivo de realizar uma análise regional detalhada da intoxicação alimentar, examinamos os relatórios de 253 surtos, notificados à equipe de Vigilância de Alimentos da Coordenadoria Geral de Vigilância em Saúde de Porto Alegre, Rio Grande do Sul, entre 2003 e 2013. Ao contrário do que é notificado no Brasil, em Porto Alegre, identificamos como principal agente etiológico, o Bacillus cereus (32,2%) e de acordo com os sintomas dos pacientes, a maioria dos casos esteve associada à produção de enterotoxina. A maioria dos surtos foram associados à ingestão de alimentos que continham cereais ou molhos mantidos à temperatura ambiente durante o armazenamento ou preparação. O uso compulsório de ovos pasteurizados em Porto Alegre pode explicar a relativa escassez de surtos de Salmonella sp. no município.

Foodborne diseases are a global concern. In Brazil, the most prevalent pathogen found in foodborne outbreaks is Salmonella sp. (14.4%), followed by Staphylococcus aureus (7.7%), Escherichia coli (6.5%), and Bacillus cereus (3.1%). With the aim to perform a regional detailed analysis of foodborne intoxication, we analyzed 253 outbreaks’ profile reports to Food Surveillance team of the General Secretariat of Health Surveillance of Porto Alegre, Rio Grande do Sul State, between 2003 and 2013. In contrast to what was most notified in Brazil, in Porto Alegre the main outbreak agent identified was Bacillus cereus (32.2%) and, based on the patient symptoms, most cases were linked to enterotoxin production. The majority of the outbreaks were linked to the ingestion of food containing cereals or sauces poorly kept at environment temperature during the stock or preparation. We believe that, due to the compulsory use of pasteurized eggs in our city, Salmonella sp. outbreaks are less important here.

Las enfermedades transmitidas a través de la comida son una preocupación de carácter global. En Brasil, el patógeno encontrado de forma más prevalente en los brotes de epidemias alimentarias es la Salmonella sp. (14,4%), seguida por el Staphylococcus aureus (7,7%), Escherichia coli (6,5%), y el Bacillus cereus (3,1%). Con el fin de realizar un análisis regional detallado de los brotes de infecciones alimentarias, analizamos el perfil de 253 brotes, registrados por el servicio de Vigilancia Alimentaria de la Secretaría General de Vigilancia en Salud de Porto Alegre, Rio Grande do Sul, entre 2003 y 2013. En contraste con lo que fue más notificado en Brasil, en Porto Alegre el principal agente causante de brotes fue identificado como el Bacillus cereus (32.2%) y, basado en los síntomas del paciente, la mayoría de los casos estaban relacionados con la producción de la enterotoxina. Muchos de los brotes estaban relacionados con la ingesta de comida que contenía cereales o salsas mal conservadas a temperatura ambiente durante el almacenaje o la preparación. Creemos que, debido a la utilización obligatoria de huevos pasteurizados en nuestra ciudad, los brotes de Salmonella sp. son menos relevantes aquí.

As doenças de veiculação alimentar representam um problema de ordem global. No Brasil, o patógeno mais prevalente em surtos de intoxicação alimentar é a Salmonella sp. (14,4%), seguido pelo Staphylococcus aureus (7,7%), Escherichia coli (6,5%) e Bacillus cereus (3,1%). Com o objetivo de realizar uma análise regional detalhada da intoxicação alimentar, examinamos os relatórios de 253 surtos, notificados à equipe de Vigilância de Alimentos da Coordenadoria Geral de Vigilância em Saúde de Porto Alegre, Rio Grande do Sul, entre 2003 e 2013. Ao contrário do que é notificado no Brasil, em Porto Alegre, identificamos como principal agente etiológico, o Bacillus cereus (32,2%) e de acordo com os sintomas dos pacientes, a maioria dos casos esteve associada à produção de enterotoxina. A maioria dos surtos foram associados à ingestão de alimentos que continham cereais ou molhos mantidos à temperatura ambiente durante o armazenamento ou preparação. O uso compulsório de ovos pasteurizados em Porto Alegre pode explicar a relativa escassez de surtos de Salmonella sp. no município.

Foodborne diseases are a global concern. In Brazil, the most prevalent pathogen found in foodborne outbreaks is Salmonella sp. (14.4%), followed by Staphylococcus aureus (7.7%), Escherichia coli (6.5%), and Bacillus cereus (3.1%). With the aim to perform a regional detailed analysis of foodborne intoxication, we analyzed 253 outbreaks’ profile reports to Food Surveillance team of the General Secretariat of Health Surveillance of Porto Alegre, Rio Grande do Sul State, between 2003 and 2013. In contrast to what was most notified in Brazil, in Porto Alegre the main outbreak agent identified was Bacillus cereus (32.2%) and, based on the patient symptoms, most cases were linked to enterotoxin production. The majority of the outbreaks were linked to the ingestion of food containing cereals or sauces poorly kept at environment temperature during the stock or preparation. We believe that, due to the compulsory use of pasteurized eggs in our city, Salmonella sp. outbreaks are less important here.

Las enfermedades transmitidas a través de la comida son una preocupación de carácter global. En Brasil, el patógeno encontrado de forma más prevalente en los brotes de epidemias alimentarias es la Salmonella sp. (14,4%), seguida por el Staphylococcus aureus (7,7%), Escherichia coli (6,5%), y el Bacillus cereus (3,1%). Con el fin de realizar un análisis regional detallado de los brotes de infecciones alimentarias, analizamos el perfil de 253 brotes, registrados por el servicio de Vigilancia Alimentaria de la Secretaría General de Vigilancia en Salud de Porto Alegre, Rio Grande do Sul, entre 2003 y 2013. En contraste con lo que fue más notificado en Brasil, en Porto Alegre el principal agente causante de brotes fue identificado como el Bacillus cereus (32.2%) y, basado en los síntomas del paciente, la mayoría de los casos estaban relacionados con la producción de la enterotoxina. Muchos de los brotes estaban relacionados con la ingesta de comida que contenía cereales o salsas mal conservadas a temperatura ambiente durante el almacenaje o la preparación. Creemos que, debido a la utilización obligatoria de huevos pasteurizados en nuestra ciudad, los brotes de Salmonella sp. son menos relevantes aquí.

RESUMO Introdução: O complexo Acinetobacter calcoaceticus-baumannii (ABC) inclui cinco espécies, sendo A. baumannii a mais importante clinicamente por carrear muitos mecanismos de resistência aos carbapenêmicos, sobretudo as oxacilinases. Objetivos: Os objetivos deste estudo foram identificar as espécies do complexo ABC, avaliar o perfil de suscetibilidade e investigar a presença de oxacilinases em isolados resistentes aos carbapenêmicos provenientes de quatro estados brasileiros. Métodos: No período do estudo, foram coletados 92 isolados do Rio Grande do Sul (RS), do Rio de Janeiro (RJ), do Paraná (PR) e de São Paulo (SP). Os isolados foram identificados por matrix-assisted laser desorption ionization-time of fight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) e sequenciamento do gene gyrB. A avaliação da suscetibilidade foi realizada por disco-difusão e microdiluição de caldo. A presença de oxacilinases foi realizada por reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex in house. Resultados: Noventa e um (99%) isolados foram identificados como A. baumannii por MALDI-TOF e pelo sequenciamento. A maioria dos isolados (56; 61%) apresentou resistência aos seis agentes antimicrobianos testados. Três isolados foram resistentes à polimixina B [concentração inibitória mínima (CIM) ≥ 4 µg/ml). Oitenta (87%) isolados foram positivos para OXA-23 e 12, (13%) para OXA-24. Conclusão: Nossos resultados confirmam a disseminação do gene blaOXA-23 no Brasil e sugerem a recente emergência e disseminação do gene blaOXA-24, uma vez que ele foi identificado em três dos quatro estados amostrados.

ABSTRACT Introduction: The Acinetobacter calcoaceticus-baumannii (ABC) complex includes five species, and the A. baumannii is the most important of them because it carries mechanisms of carbapenems resistance, especially the oxacillinases. Objectives: The objectives of this study were to identify the species of the ABC complex, to evaluate the susceptibility profile and to investigate the presence of oxacillinases in carbapenems-resistant isolates from four Brazilian States. Methods: In the study period, 92 isolates from Rio Grande do Sul (RS), Rio de Janeiro (RJ), Paraná (PR) and São Paulo (SP) were collected. The isolates were identified by matrix-assisted laser desorption ionization-time of fight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and sequencing of gyrB gene. Evaluation of susceptibility was performed by disk diffusion and broth microdilution. The presence of oxacillinases was performed by in-house multiplex polymerase chain reaction (PCR). Results: Ninety-one (99%) isolates were identified as A. baumannii by MALDI-TOF and sequencing. The majority of isolates (56; 61%) showed resistance to the six antimicrobial agents tested. Three isolates were resistant to polymyxin B [minimum inhibitory concentration (MIC) ≥ 4 µg/ml). Eighty (87%) isolates were positive to OXA-23-like, and twelve (13%) isolates to OXA-24-like. Conclusion: Our findings confirm the knowledge about the dissemination of the blaOXA-23 gene in Brazil and suggest the recent emergence and spread of blaOXA-24 gene, since it was identified in three of the four sampled states.

Resumo Em um cenário de mudanças climáticas e crise dos estoques pesqueiros associado ao incremento da demanda mundial pelo consumo de peixes e derivados, a criação de espaços protegidos continua a ser a principal ferramenta política para conservação da biodiversidade marinha. Mobilizando a teoria geral dos conflitos e a teoria ator-rede, este artigo discute os mecanismos e processos sociais que influenciam a organização de espaços calcados na conservação ambiental e busca compreender quais são e como se estabelecem os diferentes tipos de interações necessárias para promover a transformação territorial nessas áreas. Para isso, compara-se a situação de espaços em disputa em dois conflitos de uma Área de Proteção Ambiental Marinha no sul do Brasil - conflitos “da Pesca” e “do Porto” -, nos períodos precedente e subsequente ao estabelecimento desses conflitos. Apesar de a mudança social ter ocorrido em ambos os casos, a transformação territorial só se concretizou no segundo.

Abstract Within a context of climate change and crisis in fish stocks associated to the increase in the global demand for fish and its derivatives, the creation of protected spaces continues to be the main policy tool for the conservation of marine biodiversity. By deploying the general theory of conflict and actor-network theory, this article discusses the social mechanisms and processes that influence the organization of spaces with a view to enhance environmental conservation, as well as understand and establish different types of interactions needed to promote territorial transformation in these areas. To do so, it compares spaces in dispute in two situations of conflict in the field of marine environmental protection in Southern Brazil - conflicts of “fishing” and of “port”, both before and after these conflicts arose. Although social changes have occurred in both cases, territorial transformation only took place in the latter case.

Resumen En un contexto de cambio climático y crisis de los recursos pesqueros asociada a la explosión de la demanda mundial de consumo de pescado, la creación de áreas protegidas sigue siendo la principal herramienta política para la conservación de la biodiversidad marina. Este artículo discute los procesos sociales que influyen en la organización de espacios protegidos y busca entender cuáles son y cómo se establecen los diferentes tipos de interacciones necesarias para promover la transformación territorial en estas áreas. Para ello, se compara la situación de los espacios en disputa en dos situaciones conflictivas de una Área de Protección Ambiental en el sur de Brasil - conflictos “Pesca” y “Puerto” - en los períodos anteriores y posteriores a estos conflictos. Aunque el cambio social se produjo en ambos casos, la transformación espacial se concretizó sólo en el segundo.

Abstract Acinetobacter baumannii is widely recognized as an important pathogen associated with nosocomial infections. The treatment of these infections is often difficult due to the acquisition of resistance genes. A. baumannii presents a high genetic plasticity which allows the accumulation of these resistance determinants leading to multidrug resistance. It is highlighted the importance of the horizontal transfer of resistance genes, through mobile genetic elements and its relationship with increased incidence of multidrug resistant A. baumannii in hospitals. Considering that resistance to carbapenems is very important from the clinical and epidemiological point of view, the aim of this article is to present an overview of the current knowledge about genetic elements related to carbapenem resistance in A. baumannii such as integrons, transposons, resistance islands and insertion sequences.

Over the last decade, Acinetobacter baumannii resistant to carbapenems has emerged in many medical centres and has been commonly associated with high morbimortality. In Brazil, this resistance is mainly attributed to the spread of OXA-23-producing clones and, to a lesser extent, to OXA-143-producing clones. Here, we describe, for the first time, two OXA-72-producing A. baumannii isolates in southern Brazil to a broad spectrum of antibiotics, except polymyxin B and tigecycline. Molecular typing by multilocus sequence typing (MLST) demonstrated that both OXA-72-producing isolates belong to a new sequence type (ST), ST730, which was recently identified in OXA-23-producing A. baumannii isolates in São Paulo, Brazil. We demonstrate that the two A. baumannii ST730 isolates carrying blaOXA-72share a common ancestral origin with the blaOXA-23producers in Brazil. This observation reinforces the importance of strain-typing methods in order to clarify the dynamics of the emergence of new clones in a geographic region.

Burkholderia cenocepacia may cause serious infections in patients with cystic fibrosis, and this microorganism can be highly transmissible. Pulsed-field gel electrophoresis is widely used to study the dynamics of strain spread in cystic fibrosis patients. The aim of this work was to perform pulsed-field gel electrophoresis-based molecular typing of B. cenocepacia isolates to evaluate the epidemiology of this species at our hospital. A total of 28 isolates from 23 cystic fibrosis patients were analyzed. Initially, we compared isolates obtained from the same patient at different periods of time. We then compared the pulsed-field gel electrophoresis profiles of 15 IIIA isolates, and in a third analysis, evaluated the genetic profile of 8 IIIB isolates from different patients. The pulsed-field gel electrophoresis profiles of isolates from the same patient indicated that they are genetically indistinguishable. Analysis of isolates from different patients revealed the presence of multiple clonal groups. These results do not indicate cross-transmission of a unique clone of B. cenocepacia among cystic fibrosis patients, although this has been observed in some patients. Our findings highlight the importance of adequate patient follow-up at cystic fibrosis centers and adherence to management and segregation measures in cystic fibrosis patients colonized with B. cenocepacia.

Descrevemos a ocorrência dos genes de metalo-beta-lactamases (MBL) blaSPM-1 e blaIMP-1 em isolados clínicos de Pseudomonas aeruginosa resistentes ao imipenem e/ou ceftazidima obtidos em três hospitais universitários de Porto Alegre, Brasil. A produção de MBL foi observada através de técnica fenotípica e os genes foram detectados pelo método de PCR.

We described the ocurrence of metallo-beta-lactamases (MBL) genes blaSPM-1 and blaIMP-1 in clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa resistant to imipenem and/or ceftazidime obtained from three universitary hospitals in the city of Porto Alegre, Brazil. The MBL production was screened by phenotypic test and the genes were detected by PCR.

As temperaturas baixas que ocorrem durante o cultivo do arroz na Região Sul do Brasil causam prejuízos ao rendimento e à qualidade dos grãos de arroz. Genótipos tolerantes a baixas temperaturas seriam uma alternativa para minimizar tais prejuízos. Desse modo, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a tolerância ao frio em famílias mutantes de arroz (geração M4) nos períodos, vegetativo e reprodutivo, como forma de identificação de variabilidade genética para o caráter. Para a avaliação das famílias mutantes quanto à tolerância ao frio, no período vegetativo, foram utilizadas 10 sementes de cada família colocadas em bandejas celuladas, sendo as plântulas mantidas em casa de vegetação à temperatura de 13 ºC por 10 dias em sala climatizada, com fotoperíodo de 12 horas. A avaliação do período reprodutivo consistiu na aplicação de frio na antese, sendo caracterizada por um estresse de 15 ºC por sete dias. Pelos resultados verificou-se que no período vegetativo, seis famílias tiveram 0-20% de redução na estatura, com um elevado grau de tolerância. Para o período reprodutivo não foram encontradas famílias com tolerância superior à testemunha diamante.

Low temperatures that occur during the cultivation of rice in the Southern region of Brazil cause reductions in to the yield and quality of the rice grain. Genotypes tolerant to low temperatures would be an alternative to minimize these problems. In the present work cold tolerance was evaluated in rice families (M4 generation) in the vegetative and reproductive phases, in order to identify possible genetic variability. For the evaluation in the vegetative stage, 10 seeds from each family were placed in cell trays and kept at 13 ºC for 10 days in controlled chamber with 12 hour day light. The evaluation at the reproductive stage consisted of the application of low temperature at anthesis, by a stress of 15 ºC for 7 days. The results suggest that in the vegetative phase, 6 families presented 0-20% reduction in stature, showing a high degree of tolerance. For the reproductive phase there were no families showing higher tolerance than the tolerant control.

Os objetivos deste trabalho foram: determinar o padrão de resistência/suscetibilidade de 20 genótipos de aveia a 40 isolados de Puccinia coronata f. sp. avenae, coletados em três municípios do Rio Grande do Sul; o padrão de virulência/avirulência desses isolados contra os genótipos de aveia; e indicar genitores para a geração de populações com elevada resistência à ferrugem-da-folha. Os padrões de resistência de Puccinia coronata f. sp. avenae e o de virulência/avirulência dos isolados foram determinados pela avaliação da reação desencadeada pela aspersão dos isolados deste fungo em plântulas de genótipos de aveia. A seleção de genitores foi baseada no índice de complementação de cultivares, proposto neste trabalho. Os genótipos que expressaram resistência ao maior número de isolados foram FAPA6, URS20, UPFA20, CFT1 e FAPA5, ao passo que os genótipos UFRGS15, UPF15, UPF18, UPF19 e UPF16 evidenciaram suscetibilidade ao maior número de isolados. Os cruzamentos mais indicados entre os genótipos estudados são: FAPA6 x Albasul, URS22 x FAPA6, CFT1 x URPEL15 e CFT1 x UFRGS19.

The objectives of this work were: to determine the resistance/susceptibility pattern of 20 elite oat genotypes to 40 isolates of Puccinia coronata f. sp. avenae; to determine the pattern of virulence/avirulence of isolates collected in three counties of Rio Grande do Sul to the oat genotypes studied; and to indicate potential parents for the generation of populations with high crown rust resistance. The resistance pattern of oat genotypes and the virulence/avirulence of the fungi were determined by the analysis of the reaction incited by the inoculation of Puccinia coronata f. sp. avenae isolates into seedlings of oat genotypes. The selection of genitors was based on the cultivar complementation index proposed in this work. Genotypes expressing resistance to the larger number of isolates were FAPA6, URS20, UPFA20, CFT1 and FAPA5, while UFRGS15, UPF15, UPF18, UPF19 and UPF16 were susceptible to a higher number of isolates. The following crosses are indicated: FAPA6 x Albasul, URS22 x FAPA6, CFT1 x URPEL15 and CFT1 x UFRGS19.

Estudos de diversidade e estrutura genética de populações de patógenos por meio de genes de resistência conhecidos são importantes, por permitirem o acesso de forma direta aos genes de virulência/avirulência dos indivíduos das diferentes populações-alvo. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade e a estrutura genética de três populações de Puccinia coronata f. sp avenae Fraser & Led do Estado do Rio Grande do Sul, por meio da utilização do padrão fenotípico de virulência/avirulência de 40 isolados a 25 genes Pcs. Os resultados obtidos evidenciaram que apesar da elevada variabilidade em virulência dos isolados sul-brasileiros, a população apresenta diversidade genética moderada, principalmente em função da alta virulência dos isolados. Praticamente, não existem diferenças nas freqüências dos genes de virulência nos isolados coletados em Capão do Leão, Eldorado do Sul e Passo Fundo, ou seja, não existe estruturação entre as populações, o que implica na necessidade da adoção de uma estratégia única de controle da moléstia nos três locais.

Studies on the genetic diversity and structure of pathogen populations by mean of known resistance genes are important as they allow the direct access to virulence/avirulence genes of individuals in target populations. Therefore, the goal of this work was to characterize the genetic diversity and structure of three Puccinia coronata f. sp avenae Fraser & Led populations from the State of Rio Grande do Sul by using a standard phenotypical assay of virulence/avirulence of 40 isolates to 25 Pcs genes. The results indicated that despite of the high variability for virulence of Southern brazilian isolates, the population showed a moderate genetic diversity, mainly as a function of the high virulence presented by the isolates. Basically, no difference was found in the frequency of virulence genes among the isolates collected in Capão do Leão, Eldorado do Sul and Passo Fundo counties, suggesting that the pathogen populations are not structured. The results indicated the need of a strategy for disease control in these three locations.

O arroz é uma cultura amplamente cultivada em todo o mundo. Além da importância econômica e social, essa espécie possui atributos biológicos que a tornam modelo para a pesquisa básica. Nos últimos anos pelo menos três projetos de sequenciamento foram anunciados gerando informações valiosas. Mutantes constituem-se numa importante ferramenta para estudos de ação, função e regulação gênica. Este trabalho objetivou-se a mensurar o efeito da indução de mutação com Co60, sobre caracteres agronômicos em famílias M3 derivadas da cultivar BRS 7 "Taim". Sementes de 186 famílias e da cultivar BRS "Taim", foram semeadas no campo e avaliadas para estatura de planta, ciclo, número de panículas, número de afilhos e índice de afilhos férteis. Para a separação das famílias realizou-se uma análise multivariada e teste de agrupamento de médias, utilizando o método de Scott-Knott. Pela similaridade genética e o teste de Scott-Knott constatou-se variação entre famílias para todos os caracteres avaliados, sendo que três famílias (M3 149, M3 152 e M3 165) foram superiores para pelo menos quatro características.

Rice is a major worldwide-cultivated crop. Besides it's the economical and social importance, this species have biological features that make it a model for basic studies. In the last years at least three sequencing project were announced generating valuable information. Mutants may be a powerful tool to study gene action, function and regulation. The goal of this study was to measure radiation effects on agronomical traits M3 mutated families derived from the rice cultivar BRS 7 "Taim". Seeds from 186 M3 families and from the cultivar BRS 7 "Taim", were sowed in the field and evaluated for plant height, cycle, tiller number, panicle number and panicle per tiller. For genotype separation a multivariate analysis and the Scott-Knott test were performed. Genetic similarity and Scott-Knott tests have show a great variation among families for all traits evaluated, but three families (M(3)149, M(3)152 and M(3)165) were superior for at least four traits.