Resumo Os morcegos apresentam grande importância na homeostasia dos ecossistemas e são hospedeiros de uma rica diversidade de micro-organismos como bactérias, vírus e fungos com potencial patogênico. Portanto, este estudo visou isolar fungos presentes em amostras biológicas de morcegos na cidade de Sinop - MT, que possui grandes áreas de desmatamento devido à urbanização e agricultura. Foram capturados 48 morcegos de diferentes espécies, em onze fragmentos florestais urbanos definidos de acordo com fluxo de pessoas e animais domésticos, para obtenção de amostras biológicas. Essas amostras foram processadas e submetidas aos cultivos microbiológicos, para isolamento e identificação dos gêneros dos fungos. Dos 48 morcegos, 34 (70,83%) foram positivos para pelos menos um gênero de fungo, sendo 18 (37,5%) fêmeas e 16 (33,33%) machos, e os gêneros isolados a partir das amostras biológicas foram Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp. e Candida sp., que podem ser causadores de infecções oportunistas. Desse total, a espécie que apresentou maior positividade para pelo menos um gênero de fungo foi Molossus molossus com 21 (43,8%). Nossos resultados demonstram que os morcegos capturados nos fragmentos florestais urbanos na cidade de Sinop - MT, podem atuar como agentes veiculadores de fungos com potencial patogênico, aumentando assim o risco de exposição e aquisição de infecções fúngicas oportunistas por pessoas e animais domésticos.

Abstract Bats are important for the homeostasis of ecosystems and serve as hosts of various microorganisms including bacteria, viruses, and fungi with pathogenic potential. This study aimed to isolate fungi from biological samples obtained from bats captured in the city of Sinop (state of Mato Grosso, Brazil), where large areas of deforestation exist due to urbanization and agriculture. On the basis of the flow of people and domestic animals, 48 bats were captured in eleven urban forest fragments. The samples were processed and submitted to microbiological cultures, to isolate and to identify the fungal genera. Thirty-four (70.83%) of the captured bats were positive for fungi; 18 (37.5%) and 16 (33.33%) of these bats were female and male, respectively. Penicillium sp., Scopulariopsis sp., Fusarium sp., Aspergillus sp., Alternaria sp., Cryptococcus sp., Trichosporon sp., and Candida sp., which may cause opportunistic infections, were isolated. The bat species with the highest number of fungal isolates was Molossus molossus: 21 isolates (43.8%). According to our results, bats captured in urban forest fragments in Sinop harbor pathogenic fungi, increasing the risk of opportunistic fungal infections in humans and domestic animals.