Mussels (Mytilus spp.) are one of the most cultivated and commercialized bivalves in southern Chile; culture is currently supplied almost entirely from wild-caught seed obtained from relatively few collection centers. The genetic diversity and differentiation of the blue mussel in southern Chile was investigated by sampling six locations: one natural bank and five seed collection centers. Nine polymorphic microsatellite (SSR) loci were genotyped (Mgu1, Mgu3, MT203, MT282, Mg15, Mg56, Med737, MIT02 and MGE005). We found 75 different alleles, six of which were private alleles. Of the analyzed loci, 45 of 54 tests performed deviated from Hardy-Weinberg equilibrium after sequential Bonferroni correction (P < 0.05), revealing significant heterozygote deficiencies. The polymorphic information content (PIC) ranged from 0.322 (MGE005) to 0.893 (Mgu1). Despite the long distance between some sampling sites (up to 1360 km), genetic differentiation among the sites was low (F ST = 0.043, P < 0.0001). The Bayesian cluster analysis (STRUCTURE) indicated two probable clusters, while the non-parametric cluster analysis (AWclust) identified two to four clusters. Both analyses showed a high level of admixture within clusters. Our results indicate that blue mussels in southern Chile show lower genetic diversity than in other countries, low inbreeding levels, and limited genetic differentiation among locations.

Los mejillones (Mytilus spp.) constituyen unos de los bivalvos más cultivados y comercializados en el sur de Chile. Su cultivo está actualmente abastecido completamente con semillas obtenidas desde el medio natural, de relativamente pocos centros de captación. La diversidad y diferenciación genética de los mejillones en el sur de Chile fue investigada muestreando seis lugares, un banco natural y cinco centros de captación de semilla. Se genotiparon nueve loci microsatélite (SSR) polimórficos (Mgu1, Mgu3, MT203, MT282, Mg15, Mg56, Med737, MIT02 y MGE005). Se encontraron 75 alelos diferentes, seis de ellos fueron alelos privados. En los loci analizados, 45 de los 54 test realizados mostraron desviación significativa (P < 0,05) del equilibrio de Hardy-Weinberg después de la corrección secuencial de Bonferroni, revelando un significativo déficit de heterocigotos. El contenido de información polimórfica (PIC) varió entre 0,322 (MGE005) y 0,893 (Mgu1). A pesar de la gran distancia entre algunos sitios de muestreo (hasta 1.360 km), la diferenciación genética entre ellos fue baja (F ST = 0,043; P = 0,00). El análisis Bayesiano de agrupamiento (STRUCTURE) indicó que la estructura poblacional más probable consiste en dos grupos, en tanto el análisis de agrupamiento no paramétrico (AWclust) identificó entre dos y cuatro grupos, ambos análisis mostraron un alto nivel de mezcla dentro de los grupos. Estos resultados indican que los mejillones del sur presentan menor diversidad genética que en otros países, baja endogamia y diferenciación genética entre localidades.

The rainbow trout Oncorhynchus mykiss, was first introduced in Chile between 1905 and 1920 and is currently widely distributed in Chile from Antofagasta (23°S) to Patagonia (55°S). The broad range of the geographic and climatic distributions of this species in Chile offers a unique opportunity to study the effect of naturalization of an introduced species on its genetic variability. It is of particular importance to observe the genetic variability of populations in the northern range of this species distribution, in a transition zone where a Mediterranean-type climate changes to an arid climate. The present study analyzed allozymic variability and distribution within and between populations of O. mykiss from the river basins of Elqui and Limari rivers, and six culture strains, using starch-gel protein electrophoresis. Populations were found to be in Hardy-Weinberg equilibrium and the average values of He (0.045), polymorphism (13.9%) and allele per locus (1.19) are similar to rainbow trout in its native distributional range. About 77.8% of the genetic variability was within population, similar to the variability reported for wild populations in the northern hemisphere. However, a marked genetic differentiation between wild populations was also found. This is likely to be the consequence of initial founder effects followed by subsequent introgression of resident populations caused by reseeding with trout of different origins in both basins.

La trucha arcoíris, Oncorhynchus mykiss, fue introducida en Chile entre 1905 y 1920, y actualmente está ampliamente distribuida entre Antofagasta (23°S) y la Patagonia (55°S). El amplio rango de distribución geográfica y climática de esta especie en Chile ofrece una oportunidad singular para estudiar los efectos de la naturalización de una especie introducida sobre su variabilidad genética. Es de particular importancia observar la variabilidad genética de las poblaciones de esta especie en el rango norte de distribución, una zona de transición de un clima tipo mediterráneo a una condición árida. El presente estudio analizó la variabilidad aloenzimática dentro y entre poblaciones de O. mykiss en las cuencas hidrográficas de los ríos Elqui y Limarí, así como seis cepas de truchas comerciales, usando electroforesis de proteínas en geles de almidón. Las poblaciones analizadas se encontraban en equilibrio de Hardy-Weinberg, con valores de heterocigosidad esperada (0,045), polimorfismo (13,9%) y alelos por locus (1,19) similares a los de la especie en su rango nativo de distribución. Aproximadamente el 77,8% de la variabilidad genética fue intrapoblacional, similar a lo informado para poblaciones silvestres de esta especie en el hemisferio norte. Esto probablemente es consecuencia de efectos fundadores iniciales seguidos por introgresiones subsecuentes de las poblaciones residentes debidas a resiembras con truchas de diferentes orígenes en ambas cuencas.

Mussels are one of the most cultivated and commercialized bivalves worldwide and in southern Chile its culture represent an important economic activity. The species identification within the Mytilus genera, by morphological features, is unreliable, so we used a polymorphism RFLP in the gene encoding the polyphenolic adhesive protein as a species-specific genetic marker to describe Mytilus species diversity in southern Chile, and evaluate possible applications in traceability, food quality and safety. Using Me 15-16 marker most mussels were M. chilensis, finding no other pure individuals; however, putative hybrids of M. chilensis x M. trossulus and M. chilensis x M. galloprovincialis were detected. There was no evidence of M. edulis. The presence of the M. trossulus allele, faraway from its distribution area, demands further analysis with different genetic markers to allow a better understanding of its origin. In addition, the correspondence between markers that distinguishes northern from southern hemisphere M. galloprovincialis, with those who discriminates between M. chilensis and M. galloprovincialis would contribute to the taxonomic status of Chilean blue mussels. In Chile, the genetic composition of Mytilus indicates that geographical origin of mussels and its traceability cannot be established merely from the identification of the species. The use of other markers would be required.

Los mejillones son una de las especies de bivalvos más cultivadas y comercializadas, en el sur de Chile donde su cultivo representa una actividad económica importante. La identificación de la especie dentro del género Mytilus, basada en las características morfológicas no es confiable por lo que se utilizó un polimorfismo RFLP en el gen que codifica la proteína adhesiva polifenólica como marcador genético específico de la especie para describir la diversidad de especies Mytilus en el sur de Chile, y evaluar posibles aplicaciones en trazabilidad, calidad e inocuidad de los alimentos. Usando el marcador Me 15-16, la mayoría de los mejillones fueron M. chilensis, no se encontraron individuos puros de otras especies. Sin embargo, se detectaron híbridos putativos M. chilensis x M. trossulus y M. chilensis x M. galloprovincialis. No se encontró evidencia de M. edulis. La presencia del alelo de M. trossulus, lejos de su área de distribución, requiere de análisis posteriores con diferentes marcadores genéticos para entender su origen. Además, conocer la correspondencia entre marcadores que distinguen M. galloprovincialis del hemisferio norte y sur con aquellos que discriminan entre M. chilensis y M. galloprovincialis contribuirá al estatus taxonómico del mítilido chileno. La composición genética de Mytilus en Chile no permite establecer su origen geográfico ni la trazabilidad, basándose solo en la identificación de la especie y se requiere el uso de otros marcadores.

Spawning time in salmonids is a sex-limited quantitative trait that can be modified by selection. In rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), various quantitative trait loci (QTL) that affect the expression of this trait have been discovered. In this study, we describe four microsatellite loci associated with two possible spawning time QTL regions in coho salmon (Oncorhynchus kisutch). The four loci were identified in females from two populations (early and late spawners) produced by divergent selection from the same base population. Three of the loci (OmyFGT34TUF, One2ASC and One19ASC) that were strongly associated with spawning time in coho salmon (p < 0.0002) were previously associated with QTL for the same trait in rainbow trout; a fourth loci (Oki10) with a suggestive association (p = 0.00035) mapped 10 cM from locus OmyFGT34TUF in rainbow trout. The changes in allelic frequency observed after three generations of selection were greater than expected because of genetic drift. This work shows that comparing information from closely-related species is a valid strategy for identifying QTLs for marker-assisted selection in species whose genomes are poorly characterized or lack a saturated genetic map.