Pneumocystis jirovecii is a frequent opportunistic pathogen in HIV/AIDS. The inability to culture this species prevents from acquiring deeper knowledge about its biology, drug susceptibility as well as the epidemiology of the disease that it produces. Pneumocystosis diagnosis in Cuba is suspected, based on the clinical and radiological findings which often lead to misdiagnosis since other microorganisms produce symptoms, signs and radiological patterns similar to this infection. Currently, the status on drug resistance is unknown and there are no means to evaluate the resistance to the recommended drugs. On the other hand, no studies on the distribution of P. jirovecii of genotypes in the country have been described. The results of the present study allows: a) to describe for the first time in the literature a new genotype of mitochondrial small RNA ribosomal subunit (160A/196T), b) to suggest a narrow circulation of the pathogen in Cuba; and c) to assume a very low prevalence of sulfamide resistance linked to mutations of P. jirovecii in our country. The results obtained constitute highly valuable knowledge of pneumocystosis in Cuba, as well as worldwide since they provide new information that can be used to a better disease management.

Pneumocystis jirovecii es un agente patógeno oportunista que frecuentemente afecta a los enfermos con el VIH/sida. La imposibilidad de su cultivo limita el conocimiento profundo de su biología, susceptibilidad a los fármacos, y la epidemiología de la neumocistosis que provoca. En Cuba, se diagnostica mediante la información clínico-radiológica del paciente; pero esta puede ser inespecífica y acarrear errores, pues otros microorganismos provocan síntomas, signos y patrones radiológicos similares a los de esa infección. A su vez, no poder evaluar la resistencia a los medicamentos es un obstáculo en el tratamiento completo al paciente con VIH/sida. Ningún estudio describe la distribución de los genotipos de P. jirovecii en Cuba. Los resultados que se presentan a) revelan un nuevo genotipo (160A/196T) del gen que codifica para la subunidad menor del ARNr, b) sugieren una circulación restringida del agente patógeno en Cuba, c) e indican que la prevalencia de P. jirovecii con mutaciones vinculadas con su resistencia a sulfamidas es muy baja en nuestro medio. Tales resultados son de extraordinario valor no solo para el conocimiento de la neumocistosis en Cuba y en el mundo, sino también para el tratamiento integral a pacientes con VIH/sida.

The objective of the present study is to standardize a real-time based polymerase chain reaction system in order to detect and quantify 7 high risk human papillomavirus in different clinical samples from patients suspected of this type of infection. The validation of a 5´ exonuclease fluorescent probe real-time PCR assay (TaqMan format) for the detection and quantification of the 7 most frequent HR-HPV types (16, 18, 31, 33, 45, and 58) which account for over 87% of cervical carcinomas world-wide was carried out. Simultaneous PCR reactions are required to detect the designated HPV types. Specificity tests for each HPV type and other DNA viruses were performed. Standard external curve constructions were achieved, which allow determining the number of target DNA copies in the previously HPV tested samples. HPV 16 and 18 standard curves were obtained from purified genomic DNA of SiHa and HeLa cell lines, respectively. The pattern curves were constructed on the basis of each of the resulting standard DNA, which showed good linear correlation (r = -0, 99) and low error values. The lower detection limit was 10 copies for both HPV 16 and 18. No cross reactions between HPV types and other DNA viruses were observed. Real-Time Polymerase Chain Reaction system, standardized for 7 HPV types, proved to be a rapid, specific and highly sensitive system for better diagnosis and follow-up of patients with high grade intraepithelial lesions. In addition, this assay will allow the development of coming researches in relation with the prevalence and pathogenesis of human papillomavirus infections in different samples from Cuban patients.

El objetivo de este trabajo fue normalizar e implementar un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real, para determinar la carga viral de 7 genotipos de papilomavirus humano (PVH) de alto riesgo oncogénico. Se evaluó la especificidad del sistema y se construyeron las curvas estándar para PVH 16 y 18, que se emplearon para la cuantificación de ADN viral en diferentes muestras de pacientes identificados como positivos a PVH, mediante reacción en cadena de la polimerasa (RCP) cualitativa y secuenciación nucleotídica. Se obtuvieron dos curvas estándar para PVH 16 y 18, a partir del ADN genómico de las líneas celulares SiHa y HeLa, las que mostraron una buena correlación lineal ( r = -0,99) y valores bajos de error. El límite inferior de detección a partir del ADN de las líneas celulares fue de hasta 10 copias para ambos genotipos. No se obtuvo reacción cruzada entre los diferentes tipos de PVH ni con otros virus ADN. La reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RCP-TR) normalizada probó ser un sistema simple, rápido, específico y altamente sensible. Además, permitirá desarrollar investigaciones sobre la prevalencia de infección por PVH en Cuba, con vistas a la aplicación de las vacunas que se encuentran disponibles en el mercado internacional, así como la evaluación de otros candidatos vacunales diseñados en el futuro.

DNA extraction from paraffin-embedded tissue (PET) is a critical step for many molecular techniques. Several protocols have been carried out for this objective according to the literature. In the present study, the performances of three DNA extraction methods from PET were compared to establish the optimal protocol for our laboratory. Ten lymph nodes from ten patients dying of AIDS were investigated. Histological and bacteriological studies were performed in lymph nodes samples. DNA was extracted using three methods: boiling for 20 minutes in distilled water (Method A); boiling for 30 minutes in 5% Chelex-100 resin solution (Method B) and a 4-hours lasting proteinase K digestion (Method C). PCR with specific sequence (IS 6110) were evaluated for the identification of Mycobacterium tuberculosis in PET. The DNA extract by the three methods was degraded. Statistical differences were observed when three DNA extraction methods were compared according to the purity of extracted DNA. Only with Methods B and C successful amplification was obtained. The last method (C) was the more time consuming of all. These results demonstrated that the Chelex-100 DNA extraction method (Method B), which uses a quelating resin, is useful as a routine method to achieve DNA extraction with good enough quality and quantity in a short period of time from PET. Method B is a good option in molecular pathology research.

La extracción de ADN de tejidos embebidos en parafina (TEP) es crucial en muchos estudios moleculares. Varios han sido los protocolos utilizados para conseguir tal propósito. En esta investigación se compararon tres métodos de extracción de ADN con la finalidad de seleccionar uno para el trabajo en nuestro laboratorio. Se tomaron diez ganglios linfáticos de diez fallecidos por sida, para su estudio histológico y bacteriológico. El ADN se extrajo por calentamiento a 100 °C (método A); con el empleo de resina quelante Chelex-100 (método B) y por digestión con proteinasa K (método C). Para la identificación de Mycobacterium tuberculosis se amplificó una región de la secuencia específica de inserción IS 6110, mediante la reacción en cadena de la polimerasa. El ADN de los TEP se obtuvo degradado, con diferencias significativas de pureza. Solo se logró amplificación con los métodos B y C; este último fue el más laborioso. El método que requirió resina quelante Chelex-100 (método B) fue el más útil: se obtuvo ADN con calidad y cantidad suficiente en un menor tiempo. Por tanto, este método puede ser considerado como una buena opción en patología molecular.

Dengue is considered the most important arthropod-borne viral disease in humans and is caused by any of the four dengue virus (DENV-1-4) serotypes. DENV may cause the potentially fatal disease named dengue hemorrhagic fever/dengue shock syndrome (DHF/DSS). Although apoptosis has been implicated in DHF/DSS pathogenesis, the in vivo mechanisms have not been largely explored yet. In this study, formalin fixed and paraffin embedded tissues of eight fatal DHF/DSS cases from two Cuban dengue epidemics were examined, in 1997 by DENV-2 and 2001 by DENV-3. We detected DENV antigens by an immunohistochemistry assay and apoptotic cells by the TUNEL, (Terminal deoxynucleotydil Transferase-mediated dUTP nick-end labelling) technique in sections from different organs. Apoptosis was demonstrated in six out of the eight studied fatal cases. Apoptotic cells were observed in brain, intestine, liver and lung. This is the first report in literature demonstrating apoptosis in white blood cells, brain cells, and endothelial cells from the intestinal and pulmonary microvasculature from DENV infected individuals. Interestingly, it is likely that apoptotic microvascular endothelial cells were associated to plasma leakage manifested by the studied subjects. These results suggest that apoptosis may contribute to DHF/DSS pathophysiology. More studies are necessary to clarify the apoptotic cell death implications in DHF/DSS pathogenesis.

Two cases with hyperinfection syndrome caused by Strongyloides stercoralis in the development of HIV/AIDS were reported. These patients had a severe immunodepression with lymphocyte counts of the subpopulation of CD4+ T cells under 200 cells/mm³. In the first case, a predominance of respiratory manifestations was observed and numerous Strongyloides rhabditiform larvae were found in sputum and faeces. In the second case, the neurological manifestations were more common, but only a larva of Strongyloides stercoralis could be detected per microscopic field (100X of magnification) in faeces. Both individuals in spite of the applied therapeutics had a fatal end. The importance of this paper is to be aware of the possibility of an infection disseminated by this helminth in some patients, and to be ready for a suitable diagnosis and an adequate treatment or prevention of the fatal consequences of the infection caused by this nematode.

Se presentó el reporte de 2 casos que desarrollaron un síndrome de hiperinfección por Strongyloides stercoralis en el desarrollo del VIH/SIDA. Estos pacientes tenían una inmunodepresión severa con conteos de linfocitos de la subpoblación T CD4+ por debajo de 200 células/mm³. En el primer caso predominaron las manifestaciones respiratorias, donde se encontraron incontables larvas rabditoides de Strongyloides tanto en los esputos como en las heces. En el segundo caso fueron más comunes las manifestaciones neurológicas, pero solo se pudo detectar una larva de Strongyloides stercoralis por campo microscópico (100X de aumento) en heces. Ambos individuos, a pesar de la terapéutica aplicada, tuvieron un desenlace fatal. La importancia de este trabajo radica en tomar conciencia de la posibilidad de una infección diseminada por este helminto en algunos pacientes y estar alertas para un oportuno diagnóstico, y adecuado tratamiento o prevención de las fatales consecuencias de la infección por este nematodo.

The morphology and histology of the digestive tract of Gambusia puncticulata and Girardinus metallicus fishes used in the biological control of mosquito larvae in Cuba, were described and compared. They were related to the food habits of each species. Gambusia puncticulata has a short and thick intestine, which is characteristic of the carnivorous species, whereas Girardinus metallicus has an elongate and thin spiral rolled up intestine as it corresponds to the omnivorous fishes. It was observed that the histological pattern of the intestine in both species is very simple; however, Gambusia puncticulata presented a great number of ramified microhairiness on comparing it with Girardinus metallicus, which increases this way the digestive yield of its relatively shorter digestive tract.

Se describió y comparó la morfología e histología del tubo digestivo de Gambusia puncticulata y Girardinus metallicus, peces utilizados en el control biológico de larvas de mosquitos en Cuba, y se relacionó con los hábitos alimentarios de cada especie. Gambusia puncticulata tiene un intestino corto y grueso, característico de las especies carnívoras y Girardinus metallicus posee un intestino alargado y delgado arrollado en forma de espiral como corresponde a los peces omnívoros. Se observó que el patrón histológico del intestino en ambas especies es muy simple, sin embargo, Gambusia puncticulata presentó gran cantidad de microvellosidades de tipo ramificadas, al compararla con Girardinus metallicus, lo que aumenta de esta forma el rendimiento digestivo de su relativamente más corto, tubo digestivo.

A 64 years-old patient, who was a farmer suffering from chronic fever for two years, loss of weight and acute asthenia, was studied. He was admitted to "Pedro Kourí" Tropical Medicine Institute where the studies were conducted and revealed a globular sedimentation rate of 116 mm in 2 hours, and anemia of 9,8g% hemoglobin. The laparoscopic study indicated hepatic granulomatosis that was confirmed by hepatic biopsy in which a sample was taken from the liver to be microbiologically and cytologically examined. By microbiological methods, a non-pigmented slowly-growing strain was isolated, which was classified by conventional diagnostic techniques for the non-tuberculous mycobacteria classification and the alternative diagnosing technique known as bidimensional thin layer chromatography to confirm the previous classification and set the mycolic acid patterns. The isolated strain belonged to group III of Rynyon and was identified as Mycobacterium avium-intracellulare

Se estudió un paciente, de profesión obrero agrícola de 64 años de edad y que refería padecer fiebre crónica desde hacía 2 años, pérdida de peso y marcada astenia. Se ingresó en el Instituto de Medicina Tropical "Pedro Kourí" y en los estudios realizados se encontró una velocidad de sedimentación globular de 116 mm en 2 h, anemia de 9,8 g % de hemoglobina. El estudio laparoscópico se concluyó como una granulomatosis hepática, lo que se confirmó por biopsia hepática en la cual se tomó muestra de hígado para estudio microbiológico y citológico. Microbiológicamente se logra el aislamiento de una cepa no pigmentada de crecimiento lento, la cual fue clasificada por técnicas diagnósticas convencionales establecidas para la clasificación de micobacterias no tuberculosas y la técnica alternativa diagnóstica de cromatografía en capa delgada bidimensional, con el objetivo de reafirmar la clasificación realizada y establecer el patrón de las fracciones de ácidos micólicos. La cepa aislada fue identificada como perteneciente al grupo III de Runyon y clasificada como Mycobacterium avium-intracellulare.

During the epidemic neuropathy occurred in Cuba from 1992 to 1993, viral isolations antigenically connected with Coxsackie viruses were obtained from the cerebrospinal fluid of patients. Virological, epidemiological, toxicologic, nutritional, immunological and histopathological investigations were made. Though the disease was related to toxic and nutritional factors, it has been impossible to identify the cause of the epidemic. Taking into consideration the results of the different investigations, we have formulated a comprehensive and multifactorial hypothesis to explain the physiopathological mechanism of the participation of the isolated viruses as mediators in a process of autoimmunity of the pathogeny of the disease.

Durante la neuropatía epidémica ocurrida en Cuba en los años 1992 y 1993, se obtuvieron del líquido cefalorraquídeo de pacientes aislamientos virales relacionados antigénicamente con los virus Coxsackie. Conjuntamente con las investigaciones virológicas se efectuaron otras de tipo epidemiológicas, toxicológicas, nutricionales, inmunológicas e histopatológicas. A pesar que la enfermedad estuvo unida a factores tóxico-nutricionales, no ha sido posible identificar la causa de la epidemia. Teniendo en consideración los resultados obtenidos en las distintas investigaciones, hemos formulado una hipótesis integral, multifactorial, para explicar el mecanismo fisiopatológico de la participación de los virus aislados como mediadores de un proceso de autoinmunidad en la patogenia de la enfermedad.