Resumo Este estudo apresenta um novo método para construir árvores filogenéticas, combinando tanto as Sequências Repetitivas Simples (SSRs) quanto os alinhamentos de sequência. O objetivo deste trabalho é apresentar o programa DendroSSR por meio de um estudo de caso envolvendo diversas espécies de Aspergillus. Para mostrar como o programa DendroSSR funciona a fim de resolver relações complicadas de espécies em árvores filogenéticas, empregamos a espécie Aspergillus como exemplo de caso de pesquisa. O DendroSSR utiliza uma técnica contendo várias fases, começando com detecção de SSRs, computação de similaridades de SSRs, alinhamento de sequências, construção de uma matriz de distância baseada na similaridade de SSRs e alinhamentos de sequências e, em seguida, agrupamento hierárquico e apresentação das descobertas em um dendrograma. Às vezes, os alinhamentos de sequência sozinhos podem não fornecer informações adequadas para gerar uma árvore filogenética a fim de resolver relações complicadas de espécies. Portanto, estabelecer uma matriz de distância, que é formada pela adição de similaridade de SSRs entre sequências ao alinhamento de sequência tradicional, ajuda substancialmente o processo e resolve as conexões de espécies complexas em árvores filogenéticas. Além disso, pode ser difícil distinguir relações complexas entre espécies ao estudar sequências conservadas, o que pode levar a uma representação incompleta de suas relações evolutivas. Essas limitações são abordadas pelo DendroSSR, que oferece uma técnica para produzir árvores filogenéticas ao incorporar a similaridade de SSRs entre as espécies na abordagem de geração de árvores filogenéticas. Como se sabe, os SSRs estão amplamente dispersos nos genomas das espécies e exibem grande variação. Portanto, os SSRs podem apoiar o conhecimento obtido a partir de alinhamentos de sequências, fornecendo mais informações sobre variação genética e até mesmo relações evolutivas. O uso da análise DendroSSR pode ser considerado para a criação de árvores filogenéticas como uma estratégia complementar ou secundária entre as espécies sob exame em circunstâncias em que a análise filogenética tradicional falha em esclarecer as complexas relações filogenéticas das espécies. (SSRs pesquisa fases seguida dendrograma vezes Portanto disso conservadas evolutivas sabe
Abstract This study introduces a new method to construct phylogenetic trees by combining both of the Simple Sequence Repeats (SSRs) and sequence alignments. The purpose of this work is to present the DendroSSR program and show it via a case study involving diverse Aspergillus species. To show how the DendroSSR program works to resolve complicated species relationships in phylogenetic trees, we employed the Aspergillus species as an example of a research case. The DendroSSR employs a technique containing multiple phases beginning with, detecting SSRs, computing SSRs similarities, sequences alignment, building a distance matrix based on SSRs similarity and sequences alignments, and then hierarchical clustering, and presenting the findings in a dendrogram. Sometimes sequence alignments alone may not give adequate information to generate a phylogenetic tree to resolve complicated species relationships. Therefore, establishing a distance matrix that is formed of addition of SSRs similarity across sequences to the traditional sequence alignment helps the process substantially and resolves the connections of complex species on phylogenetic trees. Additionally, it may be hard to distinguish complex relationships across species when studying conserved sequences, which could lead to an incomplete representation of their evolutionary relationships. These limitations are addressed by DendroSSR, which offers a technique to produce phylogenetic trees by incorporating SSRs similarity across species into the approach of generating phylogenetic trees. As it is known, SSRs are extensively scattered across the genomes of species and exhibit a great variation. Therefore, SSRs may support the knowledge gathered from sequence alignments by providing more information on genetic variation and even evolutionary relationships. The use of DendroSSR analysis might be considered for creating phylogenetic trees as a complementary or secondary strategy among the species under examination in circumstances where traditional phylogenetic analysis fails to clarify the species complex phylogenetic relationships. (SSRs with similarities clustering dendrogram Therefore Additionally known