Resumen La mastitis bovina es una enfermedad que afecta a las ganaderías de pequeños y medianos productores de los cantones Cayambe y Pedro Moncayo, Provincia de Pichincha-Ecuador. El tratamiento de esta enfermedad resulta complicado debido a la variedad de microorganismos que la provocan. El presente estudio se enfocó en la determinación molecular por medio de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de los agentes etiológicos de la mastitis. Esta técnica presenta múltiples ventajas al reconocer familia, género y especie de microorganismos, y es un método capaz de detectar genes de resistencia de antibióticos, lo que resulta importante al momento de diagnosticar y tratar enfermedades. El objetivo de esta investigación se centró en la identificación de bacterias causantes de la mastitis bovina, utilizando pruebas bioquímicas y moleculares. Las pruebas bioquímicas como tinción Gram, Catalasa, Coagulasa, y Agar Manitol Sal fueron eficientes para obtener cepas puras y determinar el género de algunas bacterias. Se utilizaron primers específicos (RNA16S) para la identificación molecular de 9 agentes etiológicos causantes de la enfermedad en las unidades productivas. Los microorganismos encontrados fueron; Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, la mayoría presentes en mastitis clínica. Para detectar genes de resistencia se utilizaron primers específicos, de los cuales 7 muestras presentaron el gen para resistencia a blaTEM (β-lactámicos) y 6 muestras presentaron el gen para resistencia a tetA (tetraciclinas). Se identificó multirresistencia en las especies: Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

Abstract Bovine mastitis is a disease that affects the farms of small and medium producers in the cantons of Cayambe and Pedro Moncayo, Pichincha Province-Ecuador. Treating this disease is not easy due to the different microorganisms that cause it. This study focused on the molecular determination by means of polymerase chain reaction (PCR) of the etiological agents of mastitis, having multiple advantages when recognizing family, gender and species of microorganisms. It is a method capable of detecting resistance genes of antibiotics, an important analysis when diagnosing and treating diseases. The aim of this research is to identify bacteria causing bovine mastitis by using biochemical and molecular tests. Biochemical tests such as: Gram staining, Catalase, Coagulase, and Mannitol Salt Agar were efficient to obtain pure strains and determine the gender of some bacteria. Specific primers (RNA16S) were used for the molecular identification of 9 etiological agents causing the disease in the productive units. The microorganisms found were Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, mostly present in clinic mastitis. To detect resistance genes, specific primers were used, of which 7 samples presented the gene for resistance to blaTEM (β-lactam) and 6 samples presented the gene for resistance to tetA (tetracyclines). Multi-resistance was identified in the species Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

RESUMO Introdução: Embora a maioria dos indivíduos recupere após a infeção aguda por SARS-CoV-2, outros podem apresentar sintomas persistentes com potenciais consequências a médio e longo prazo no desempenho de atividades e participação, com eventuais implicações na sua aptidão para o trabalho. Objetivo: Analisar a persistência de sintomas aos doze meses após infeção por SARS-CoV-2 e perceção do nível de desempenho em atividades e participação em situações de vida de trabalhadores do setor industrial numa empresa da Região de Aveiro. Metodologia: Estudo observacional, desenvolvido num Serviço de Saúde Ocupacional de uma empresa industrial da região de Aveiro, incluindo trabalhadores com teste SARS-COV-2 RT-PCR/TRAg positivo, entre outubro/2020-janeiro/2022. Após sinalização da infeção, a Equipa de Saúde Ocupacional aplicou um questionário recolhendo as variáveis sociodemográficas, uma lista de sintomas comuns durante a fase aguda da infeção por SARS-COV-2 e a funcionalidade percebida avaliada pela versão portuguesa da WHODAS 2.0-PT12 (onde '12 pontos' significa a maior funcionalidade). Aos doze meses, preencheram outra lista de sintomas persistentes após a infeção por SARS-CoV-2 e novamente a WHODAS 2.0-PT12. A análise dos dados incluiu estatística descritiva e regressão logística univariada e multivariada. A condução da análise foi realizada com o software JASP 0,16.3. Resultados: Oitenta e cinco trabalhadores encontravam-se infetados com SARS-CoV-2, com idade média de 36,1±9,8anos, 77,7% eram do sexo masculino, 36,7% possuíam escolaridade superior e 17,7% relataram pelo menos uma condição crónica. Aos doze meses, trinta trabalhadores (35,3%) relataram sintomas persistentes, sendo a fadiga (27,7%) e artralgia (14,4%) os mais mencionados. A média da WHODAS 2.0 nos dois momentos de avaliação foi 19,2±8,0 vs 15,7±5,0. Foram encontradas associações significativas entre os itens da WHODAS 2.0 e os sintomas persistentes fadiga, cefaleia, tosse, mialgia, artralgia e doença crónica prévia. Conclusões: Os sintomas persistentes doze meses após a infeção aguda por SARS-CoV-2 têm repercussão na autoperceção do desempenho em algumas atividades e participação em situações de vida dos trabalhadores. A equipa de saúde ocupacional deve realizar a vigilância contínua da saúde do trabalhador infetado, avaliando a presença de sintomas persistentes desta infeção e poderá implementar um programa de intervenção individualizado, que minimize o impacto da persistência dos sintomas no seu desempenho laboral, assim como, em atividades e participação em situações de vida.

ABSTRACT Introduction: Although most individuals recover after acute infection by SARS-CoV-2, others may suffer from persistent symptoms with potential medium and long-term consequences on the performance of activities and participation, with possible implications for their fitness for work. Objective: To analyze the persistence of symptoms twelve months after SARS-CoV-2 infection, and the perception of the performance level in activities and participation in life situations, of workers in a company of the industrial sector in the Aveiro Region. Methodology: An observational study, developed in an Occupational Health Service of an industrial company in the region of Aveiro, including workers with positive SARS-COV-2 RT-PCR/TRAg test, between October/2020-January/2022. After signaling the infection, the Occupational Health Team applied a questionnaire collecting sociodemographic variables, a list of common symptoms during the acute phase of infection by SARS-COV-2, and the perceived functionality assessed by the Portuguese version of WHODAS 2.0-PT12 (where '12 points' means the most functionality). At twelve months, they filled out another list of persistent symptoms after SARS-CoV-2 infection and again WHODAS 2.0-PT12. Data analysis included descriptive statistics and univariate and multivariate linear regression. The analysis was conducted with the software JASP 0.16.3. Results: Eighty-five workers were infected with SARS-CoV-2, with a mean age of 36.1± 9.8years, 77.7% were male, 36.7% had higher education and 17.7% reported at least one chronic condition. At twelve months, thirty workers (35.3%) reported persistent symptoms, with fatigue (27.7%) and arthralgia (14.4%) being the most mentioned. The mean WHODAS 2.0 in the two evaluation moments was 19.2±8.0 vs 15.7±5.0. Significant associations between WHODAS 2.0 items and persistent symptoms of fatigue, headache, cough, myalgia, arthralgia, and previous chronic disease were found. Conclusions: Persistent symptoms twelve months after acute SARS-CoV-2 infection have repercussions on workers' self-perception of performance in some activities and participation in life situations. The occupational health team can implement continuous surveillance of the infected worker's health, assess the presence of persistent symptoms of this infection, and implement an individualized rehabilitation program, which minimizes the impact of the persistence of symptoms on their work performance, and in activities and participation in life situations.

ABSTRACT Introduction: neonatal herpes is a rare entity associated with high morbidity and mortality. The probability of transmission to the newborn ranges from 5% to 85%. The diagnosis is difficult due to the lack of clinical signs, unreliable serology and the non-availability of PCR in public services in developing countries. IgM in pregnant women could be used as a suspected marker to evaluate the neonate. Objective: To characterize newborn children of pregnant women with positive IgM for HSV 1-2 and the prevalence of encephalitis in infants. Materials and methods: Observational, descriptive, prospective study, carried out from May 2020 to October 2021. Newborns (NB) of mothers with positive IgM for Herpes Virus Simplex (HSV) from the second half of pregnancy were included. In newborns, IgG and IgM were performed, and in addition, PCR-RT for HSV 1-2 in blood and/or CSF, excluding those born in other hospitales and/or without maternal serology data. Results: We included 36 patients. Maternal age was 28 years (DS + 4), 5% with a history of HSV. 61% were delivered via cesarean section, 36% were premature, 13% had IUGR. 22% of the newborns had acute symptoms. 19% had thrombocytopenia, 44% had GOT alteration. 63% were PCR positive for HSV in serum and 44% were CSF-positive. Hemorrhage, hydrocephalus and leukomalacia were found in 27%. No differences were found in clinical expression by type of delivery. Conclusions: Newborns born to pregnant women with positive IgM for HSV from the second half of pregnancy or peripartum, presented HSV infection as determined by PCR in blood or CSF, regardless of the route of delivery. Serological diagnosis in pregnant women allows early screening, diagnosis and treatment of the NB.

RESUMEN Introducción: El herpes connatal es una entidad infrecuente asociada a elevada morbimortalidad. La probabilidad de transmisión al recién nacido va de 5% al 85%. El diagnóstico se dificulta por falta de clínica, serología no confiable y por la no disponibilidad de PCR en los servicios públicos de países en vías de desarrollo. La IgM en gestantes podría ser utilizada como un marcador de sospecha para evaluar al neonato. Objetivo: Caracterizar a los recién nacidos, hijos de gestantes con IgM positiva para HVS 1-2 y la frecuencia de encefalitis en los infantes. Materiales y métodos : Estudio observacional, descriptivo, prospectivo, realizado de mayo de 2020 a octubre de 2021. Se incluyeron recién nacidos (RN) de madres con IgM positiva para Herpes Virus Simplex (HVS) a partir de la segunda mitad del embarazo. En el RN se realizó serología IgG e IgM, y además, PCR- RT para HVS 1-2 en sangre y/o LCR, excluyéndose los nacidos en otras maternidades y/o sin datos de serología materna. Resultados: 36 pacientes. Edad materna 28 años (DS + 4), 5% con antecedentes de HVS, 61% cesárea. 36% prematuros, 13% RCIU. Síntomas agudos en el RN 22%. De ellos, 19% plaquetopenia, 44% alteración de GOT. 63% PCR HVS en sangre y 44% en LCR. Se encontró hemorragia, hidrocefalia, leucomalacia en 27%. No se encontró diferencias en la expresión clínica por tipo de parto. Conclusiones: Los RN hijos de gestantes con IgM positiva para VHS desde la segunda mitad del embarazo o periparto, presentaron infección por VHS determinada por PCR en sangre o LCR, independiente de la vía del parto. El diagnóstico serológico en embarazadas permite la pesquisa, diagnóstico y tratamiento temprano del RN.

Abstract Objective: Genital herpes (GH) is one of the most common sexual transmitted infections. Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) genital infections have been increasing, with a shift toward its predominance in many developed countries. The aim of this study was to characterize the population with GH diagnosed in Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisbon, Portugal. Methods: A retrospective analysis of all laboratory-confirmed diagnosis of GH between 2017 and 2021 was conducted. The diagnosis was established by real-time polymerase chain reaction, in samples collected by swabbing suspicious mucocutaneous lesions. Medical records of included patients were reviewed and data of interest analyzed. Results: During the studied period, a total of 239 patients were diagnosed with GH, from which 76.6% (n = 183) were caused by HSV type 2 (HSV-2). Most patients were men (68%; n = 163), with a mean age of 35.7 years. Compared to the group diagnosed with HSV-2, the mean age was significantly lower in the HSV-1 group (28.6 years vs. 37.9; p < 0.001) and the proportion of patients with first clinical manifestations of GH was significantly higher in the latest (67.8% vs. 30%; p < 0.001). Concomitant infection with human immunodeficiency virus was detected in 17.6% of the subjects, being significantly more prevalent among men and within the HSV-2 group (p = 0.018). Conclusions: HSV-2 remained the most common cause of GH throughout the study. Even so, similar to other European studies, HSV-1 patients were younger and the proportion of initial infection in this group was significantly higher.

Resumo Objetivo: O herpes genital (HG) é uma das infeções sexualmente transmissíveis (IST) mais comuns. As infeções genitais pelo vírus herpes simples tipo 1 (HSV-1) têm aumentado, com uma mudança no sentido da sua predominância em muitos países desenvolvidos. O objetivo deste estudo foi caracterizar a população com HG diagnosticada no Centro Hospitalar Universitário de Lisboa Central, Lisboa, Portugal. Métodos: Foi realizada uma análise retrospetiva dos diagnósticos de HG confirmados laboratorialmente entre 2017 e 2021. O diagnóstico foi estabelecido por PCR em tempo real, em amostras colhidas por zaragatoa de lesões mucocutâneas suspeitas. Foram revistos os registos clínicos dos doentes incluídos e analisados os dados de interesse. Resultados: No período de estudo, 239 doentes foram diagnosticados com HG, dos quais 76.6% (n = 183) foram causados pelo HSV tipo 2 (HSV-2). A maioria dos doentes eram do sexo masculino (68%; n = 163), com idade média de 35.7 anos. Em comparação com o grupo diagnosticado com HSV-2, a idade média foi significativamente menor no grupo HSV-1 (28.6 anos vs. 37.9; p < 0.001) e a proporção de doentes com manifestação clínica inicial de HG foi significativamente maior neste último (67.8% vs. 30%; p < 0.001). A infeção concomitante pelo vírus da imunodeficiência humana foi detetada em 17.6% dos indivíduos, sendo significativamente mais prevalente entre homens e no grupo HSV-2 (p = 0.018). Conclusões: O HSV-2 foi a causa mais comum de HG durante todo o estudo. Ainda assim, à semelhança de outros estudos europeus, os doentes com HSV-1 eram mais jovens e a proporção de infeção inicial neste grupo foi significativamente maior.

BACKGROUND: Patterns of SARS-CoV-2 spread have varied by geolocation, with differences in seroprevalence between urban and rural areas, and between waves. Household spread of SARS-CoV-2 is a known source of new COVID-19 infections, with rural areas in sub-Saharan Africa being more prone than urban areas to COVID-19 transmission because of limited access to water in some areas, delayed health-seeking behaviour and poor access to care OBJECTIVES: To explore SARS-CoV-2 infection incidence and transmission in rural households in South Africa (SA METHODS: We conducted a prospective household cluster investigation between 13 April and 21 July 2021 in the Matjhabeng subdistrict, a rural area in Free State Province, SA. Adults with SARS-CoV-2 confirmed by polymerase chain reaction (PCR) tests (index cases, ICs) and their household contacts (HCs) were enrolled. Household visits conducted at enrolment and on days 7, 14 and 28 included interviewer-administered questionnaires and respiratory and blood sample collection for SARS-CoV-2 PCR and SARS-CoV-2 immunoglobulin G serological testing, respectively. Co-primary cases were HCs with a positive SARS-CoV-2 PCR test at enrolment. The incidence rate (IR), using the Poisson distribution, was HCs with a new positive PCR and/or serological test per 1 000 person-days. Associations between outcomes and HC characteristics were adjusted for intra-cluster correlation using robust standard errors. The secondary infection rate (SIR) was the proportion of new COVID-19 infections among susceptible HCs RESULTS: Among 23 ICs and 83 HCs enrolled, 10 SARS-CoV-2 incident cases were identified, giving an IR of 5.8 per 1 000 person-days (95% confidence interval (CI) 3.14 - 11.95). Households with a co-primary case had higher IRs than households without a co-primary case (crude IR 14.16 v. 1.75, respectively; p=0.054). HIV infection, obesity and the presence of chronic conditions did not materially alter the crude IR. The SIR was 15.9% (95% CI 7.90 - 29.32). Households with a lower household density (fewer household members per bedroom) had a higher IR (IR 9.58; 95% CI 4.67 - 21.71) than households with a higher density (IR 3.06; 95% CI 1.00 - 12.35 CONCLUSION: We found a high SARS-CoV-2 infection rate among HCs in a rural setting, with 48% of households having a co-primary case at the time of enrolment. Households with co-primary cases were associated with a higher seroprevalence and incidence of SARS-CoV-2. Sociodemographic and health characteristics were not associated with SARS-CoV-2 transmission in this study, and we did not identify any transmission risks inherent to a rural setting

Resumo O burro doméstico possui um papel fundamental como animal de tração na economia rural do Paquistão, onde a população desse animal está aumentando a cada ano. A região de controle de mtDNA completa de 40 burros amostrados aleatoriamente foi ampliada por PCR e sequenciada bidirecionalmente por intermédio de primers específicos. Haplótipos distintos de mtDNA obtidos no estudo atual (KY446001 − KY446011) foram submetidos a medidas de haplótipo (h) e diversidade de nucleotídeos (π) por meio de DnaS, bem como análises filogenéticas, de rede e AMOVA. Havia um total de 27 sítios polimórficos presentes em 11 haplótipos de mtDNA exclusivos dos 40 animais estudados de diferentes regiões. A rede de união de vizinhos e a rede de união mediana ilustram a divisão de todos esses haplótipos em duas linhagens núbias e somalis bem definidas, confirmando a origem materna africana do burro doméstico do Paquistão. Os parâmetros de diversidade h (0,967 ± 0,037) e π (0,02917 ± 0,00307) revelaram altos níveis de diversidade genética em burros paquistaneses. AMOVA demonstrou apenas 1% de diferenças genéticas entre as duas linhagens maternas de mtDNA, apontando a falta de subestrutura populacional em burros paquistaneses, como é o caso da população mundial de burros domésticos. Os burros paquistaneses têm origem materna africana e altos níveis de diversidade de mtDNA. A alta diversidade genética pode ser por causa da reprodução não seletiva e de heteroplasmia. Aqui, fornecemos o primeiro relatório sobre a diversidade do mtDNA da região de controle em burros domésticos do Paquistão.

Abstract Domestic donkey plays a key role as a draft animal in rural economy of Pakistan where its population is increasing every year. The complete mtDNA control region of forty randomly sampled donkeys was PCR- amplified and sequenced bi-directionally using specific primers. Distinct mtDNA haplotypes obtained in the current study (KY446001−KY446011) were subjected to haplotype (h) and nucleotide diversity (π) measures using DnaS as well as to phylogenetic, Network, and AMOVA analyses. There were a total 27 polymorphic sites present within 11 unique mtDNA haplotypes from the studied 40 animals from different regions. Neighbor-joining network and median-joining network both illustrated the splitting of all these haplotypes into two well-defined Nubian and Somali lineages, confirming African maternal origin of Pakistani domestic donkey. Diversity parameters h (0.967± 0.037) and π (0.02917± 0.00307) were found to reveal high levels of genetic diversity in Pakistani donkeys. AMOVA demonstrated only 1% of genetic differences between two mtDNA maternal lineages, pointing to lack of population substructure in Pakistani donkeys as is the case with worldwide domestic donkey population. Pakistani donkeys have African maternal origin and high levels of mtDNA diversity. High genetic diversity may be due to non-selective breeding and heteroplasmy. We herein provide the first report on mtDNA diversity of control region in Pakistani domestic donkey.

Resumo O Paquistão é um país agrícola, onde a pesca desempenha um papel muito importante para o desenvolvimento econômico. Diferentes doenças são prevalentes em peixes do Paquistão, mas as informações relacionadas aos agentes causadores não são bem conhecidas. Tendo em vista a importância dos patógenos bacterianos como agentes causadores de múltiplas doenças em peixes, o presente estudo foi conduzido para identificação, caracterização e análise de genes de virulência de isolados de Aeromonas spp. de peixes doentes. Foram coletadas 50 amostras de peixes com múltiplas indicações clínicas em diferentes fazendas do distrito de Kasur, Punjab, Paquistão. Para isolar Aeromonas spp., as amostras foram enriquecidas e inoculadas em meio de isolamento. Os isolados foram identificados e caracterizados por diferentes testes bioquímicos, kit Analytical Profile Index (API) 20E, e ensaios de reação em cadeia da polimerase (PCR). Todos os isolados foram selecionados para três genes de virulência putativos, incluindo aerolisina (aer), hemolisina (hyl) e enterotoxina citotônica termolábil (alt). Sete isolados de Aeromonas hydrophila foram recuperados e identificados com base no API 20E. Esses isolados foram posteriormente confirmados como A. hydrophila de acordo com ensaios de PCR. Três isolados indicaram a presença de genes de virulência (alt e hyl), enquanto o gene aerolisina (aer) não esteve presente em nenhum dos isolados de A. hydrophila. O presente estudo confirmou A. hydrophila como o agente causador da síndrome ulcerativa epizoótica e septicemia móvel por Aeromonas em fazendas de peixes, no distrito de Kasur, Punjab, Paquistão. Além disso, a detecção de dois genes de virulência (alt e hyl) em isolados de A. hydrophila é uma ameaça para os consumidores de peixes da área de estudo.

Abstract Pakistan is an agricultural country and fisheries play a very important role in the economic development of the country. Different diseases are prevalent in Pakistani fish but information related to the causative agents is not well-known. Keeping in view the significance of bacterial pathogens as the causative agents of multiple fish diseases, the present study was conducted for identification, characterization and analysis of virulence genes of Aeromonas spp. isolated from diseased fishes. A total of fifty fish samples having multiple clinical indications were collected from different fish farms of district Kasur, Punjab Pakistan. For isolation of Aeromonas spp. samples were enriched and inoculated on Aeromonas isolation medium. Isolates were identified and characterized by different biochemical tests, Analytical Profile Index (API) 20E kit and Polymerase Chain Reaction (PCR) assays. All isolates were screened for three putative virulence genes including aerolysin (aer), haemolysin (hyl) and heat labile cytotonic enterotoxin (alt). Seven isolates of Aeromonas (A.) hydrophila were retrieved and identified based on API 20E. These isolates were further confirmed as A. hydrophila on the basis of PCR assays. Three isolates were detected positive for the presence of virulence genes (alt and hyl). Whereas aerolysin (aer) gene was not present in any of A. hydrophila isolates. The present study confirmed A. hydrophila as the causative agent of epizootic ulcerative syndrome and motile Aeromonas septicemia in fish farms of district Kasur, Punjab Pakistan. Moreover, detection of two virulence genes (alt and hyl) in A. hydrophila isolates is a threat for fish consumers of study area.

Resumo O amarelecimento letal (LY) é uma doença que afecta o coqueiro e outras espécies de palmeiras. Está associada a fitoplasmas do grupo 16SrIV e o único vector de insectos notificado até agora para este patogéneo é o Haplaxius crudus. O H. crudus está presente no México e foi associado aos fitoplasmas do grupo 16SrIV, no entanto, não foi detectável durante um surto de LY na costa de Yucatan, México, sugerindo a existência de outras espécies de vectores. Para testar esta hipótese foi realizado um levantamento de insectos e um total de 3074 insectos foram capturados durante um ano de amostragem mensal. Dez ordens taxonómicas foram identificadas nesta amostra, sendo Hemiptera a mais abundante (N=2094), e estas foram classificadas em nove famílias. A colpoptera sp. da família Nogodinidae era a mais abundante, representando 56% do número total de insectos amostrados e 23% destas amostras resultaram positivos para o fitoplasma LY por detecção por PCR. A comparação BLAST, RFLP virtual e análises filogenéticas dos amplicons sequenciados relacionam o fitoplasma detectado com o subgrupo 16SrIV-A. Os resultados aqui apresentados sugerem que Colpoptera sp. poderia ser considerado como um novo vector putativo dos fitoplasmas causadores de LY no México e um candidato a investigação adicional.

Abstract Lethal yellowing (LY) is a disease that affects coconut and other palm species. It is associated to phytoplasmas of the group 16SrIV and the only reported insect vector for this pathogen so far is Haplaxius crudus. H. crudus is present in Mexico and has been associated to 16SrIV phytoplasmas, however, it was not detectable during a LY outbreak in the coast of Yucatan, Mexico, suggesting the existence of other vector species. To test this hypothesis a survey of insects was carried out and a total of 3074 insects were captured during a year of monthly sampling. Ten taxonomic orders were identified in this sample, Hemiptera being the most abundant (N=2094), and these were classified into nine families. The leafhopper Colpoptera sp. from to the Nogodinidae family was de most abundant representing 56% of the total number of insects sampled and 23% of these samples resulted positive for LY phytoplasma by PCR detection. The BLAST comparison, virtual RFLP and phylogenetic analyses of the sequenced amplicons relate the detected phytoplasma to the subgroup 16SrIV-A. The findings presented herein suggest that Colpoptera sp. could be considered as a new putative vector of the LY-causing phytoplasmas in Mexico and a candidate for further research.

Resumo O presente estudo descreve a presença de Bacillus cereus em alimentos contaminados de origem animal e prontos para consumo humano, com destaque para seus fatores de contribuição de virulência por meio da detecção de seus genes de virulência, além da identificação de seu sequenciamento. Trezentas e sessenta amostras de alimentos categorizados como produtos cárneos (228) e produtos lácteos (132) foram examinadas para isolamento de B. cereus, e todos esses isolados foram confirmados por testes bioquímicos. Dezoito cepas obtidas de diferentes amostras de alimentos foram examinadas para a presença de uma série de genes de virulência (genes nheA, cytK, entFM, bceT e hblC) usando o método de PCR uniplex. Além disso, as cepas de B. cereus foram avaliadas para o sequenciamento dos genes descritos. De forma geral, 24,44% (88/360) das amostras de alimentos classificados como produtos cárneos (11,11%; 40/360) e produtos lácteos (13,33%; 48/360) transportavam B. cereus, de acordo com as propriedades culturais e bioquímicas, com média geométrica de 1,5 × 10 7 ± 0,15 CFU/g ou mL. Os resultados revelaram que todos os nossos isolados tinham um ou mais genes de virulência (enterotoxina). Em nossa pesquisa, os genes mais predominantes foram nheA (100%), seguidos de cytK (61,11%), entFM (33,33%), bceT (11,11%) e hblC (5,56%). O método molecular detectou que, no geral, 5 cepas (27,78%) apresentavam apenas 1 gene (nheA) e 7 cepas (38,88%) continham 2 genes que foram classificados como 5 cepas (27,78%) (nheA e cytK), 2 cepas (11,11%) possuíam (nheA e entFM). Além disso, 5 cepas (27,78%) continham 3 genes classificados como 3 cepas (16,67%) hospedados (nheA, cytK e entFM), 1 cepa (5,56%) tinha (nheA, cytK e hblC) e 1 cepa (5,56%) teve (nheA, cytK e bceT). Apenas 1 cepa (5,56%) carregava 4 genes de virulência testados (nheA, cytK, entFM e bceT). As sequências de nucleotídeos (genes bceT, cytK, entFM, hblC e nheA) de cepas de B. cereus foram depositadas no GenBank sob o número de acesso (MW911824, MW911825, MW911826, MW911827 e MW911828), respectivamente. Nosso estudo foi estabelecido para indicar a virulência de B. cereus em carnes e produtos lácteos prontos para consumo humano como resultado de ações higiênicas deficientes. Portanto, deve ser estabelecido um plano com boas medidas de higiene para evitar sérios problemas de saúde humana por causa da ingestão de tais produtos.

Abstract The current study describes the presence of Bacillus cereus (B. cereus) in contaminated foods of animal source and ready for human consumption with highlighting on their virulence contributing factors by detection of its virulence genes in addition to identification of their sequencing. Three hundred sixty food samples categorized as (228) meat products and (132) milk products were examined for B. cereus isolation and all of these isolates were confirmed by biochemical tests. Eighteen strains obtained from different food samples were examined for the attendance of a number of virulence genes (nheA, cytK, entFM, bceT and hblC genes) using uniplex PCR method. Furthermore, the B. cereus strains were valued for the sequencing of described genes. Generally 24.44% (88/360) food samples classified as 11.11% (40/360) meat products and 13.33% (48/360) milk products carried B. cereus according to cultural and biochemical properties, with geometric mean (1.5×107±0.15 CFU/g or mL) . The highest counts (above 105 CFU/g or mL) were originated from milk products (with geometric mean 2.2×107±0.22 CFU/g or mL) more than meat products (with geometric mean 1×107±0.19 CFU/g or mL). The results revealed that all of our isolates had one or more virulence (enterotoxin) genes. In our research, the most predominant genes were nheA (100%), followed by cytK (61.11%), entFM (33.33%), bceT (11.11%) then hblC (5.56%). Molecular method detected that overall, 5 strains (27.78%) harbored only 1 gene (nheA), 7 strains (38.88%) harbored 2 genes which classified as 5 strains (27.78%) (nheA and cytK), 2 strains (11.11%) have (nheA and entFM). Moreover, 5 strains (27.78%) have 3 genes classified as 3 strains (16.67%) harbored (nheA, cytK and entFM), 1 strain (5.56%) had (nheA, cytK and hblC), and 1 strain (5.56%) had (nheA, cytK and bceT). Only 1 strain (5.56%) carried 4 tested virulence genes (nheA, cytK, entFM and bceT) genes. The most prevalent gene in meat and dairy foods was nheA (100%). The nucleotide sequences of (bceT, cytK, entFM, hblC and nheA genes) of B. cereus strains were deposited in GenBank under accession no. (MW911824, MW911825, MW911826, MW911827 and MW911828), respectively. Our study was established to indicate the presence of virulent B. cereus in meat and milk products ready for human consumption as a result of deficient hygienic actions. So, a plain for good hygienic measures should be modified to avoid causing serious health problems to human due to ingestion of such products.

Resumo A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) é a principal causa de fibrose hepática progressiva e cirrose, com risco elevado de desenvolvimento de carcinoma hepatocelular (HCC). As plantas medicinais vêm sendo utilizadas para benefícios à saúde humana há vários anos, mas seu potencial terapêutico precisa ser explorado. O principal objetivo deste estudo foi descobrir as características antivirais e anticancerígenas in vitro da proteína bruta total de Iberis gibraltarica contra HCV e HCC. A proteína bruta total de Iberis gibraltarica foi isolada e quantificada. O nível de citotoxicidade foi medido contra a linha celular HepG2 e não apresenta citotoxicidade significativa na concentração de 504µg/ml. O efeito anti-HCV foi determinado por quantificação absoluta através do método RT-PCR em tempo real e o título viral foi reduzido em até 66% de forma dose-dependente contra a proteína total de Iberis gibraltarica. O potencial anticancerígeno de Iberis gibraltarica também foi examinado através de estudos de expressão de mRNA dos genes AFP e GPC3 contra a proteína total de células HepG2 tratadas com Iberis gibraltarica. Os resultados mostram até 90% da expressão de regulação negativa de AFP e GPC3. Os resultados obtidos indicam o potencial terapêutico da proteína total de Iberis gibraltarica contra HCV e carcinoma hepatocelular in vitro.

Abstract Hepatitis C virus infection (HCV) is the foremost reason of progressive hepatic fibrosis and cirrhosis, with an elevated risk of hepatocellular carcinoma (HCC) development. Medicinal plants have been used for human health benefits for several years, but their therapeutic potential needs to be explored. The main objective of this study was to figure out the in vitro antiviral and anticancer characteristics of total crude protein of Iberis gibraltarica against HCV and HCC. Total crude protein of Iberis gibraltarica was isolated and quantified. The level of cytotoxicity was measured against the HepG2 cell line and it shows no significant cytotoxicity at the concentration of 504µg/ml. The anti-HCV effect was determined by absolute quantification via real time RT-PCR method and viral titer was reduced up to 66% in a dose dependent manner against the total protein of Iberis gibraltarica. The anticancer potential of Iberis gibraltarica was also examined through mRNA expression studies of AFP and GPC3 genes against the total protein of Iberis gibraltarica-treated HepG2 cells. The results show up to 90% of the down-regulation expression of AFP and GPC3. The obtained results indicate the therapeutic potential of total protein of Iberis gibraltarica against HCV and hepatocellular carcinoma in vitro.

Resumo Diversidade molecular, morfológica, perfil químico qualitativo e atividade antioxidante de fungos filamentosos do trato digestivo de Phylloicus sp. (Trichoptera: Calamoceratidae). Este estudo visou identificar por análises molecular, morfológica, química e por extrato antioxidante, fungos filamentosos isolados do trato digestivo de Phylloicus sp, um inseto aquático que vive entre folhagens em riachos tropicais, e participam junto com os fungos da decomposição de substratos vegetais em habitats aquáticos. Larvas de insetos de Phylloicus sp. foram coletadas em riachos no Estado do Tocantins, Brasil. Os fungos foram isolados a partir do trato digestivo das larvas após desinfecção e dissecção, depois descritos e purificados para fins de identificação e testes para atividade antioxidante. A identidade molecular foi realizada do sequenciamento ITS1 e ITS4, TUB e TEF. Os extratos fúngicos foram produzidos em solução etanólica 70% e posterior liofilização. Para análise de grupos químicos dos extratos, foi realizada cromatografia em camada delgada (CCD) em duas fases móveis e diferentes reveladores. A morfologia foi realizada por microscopia óptica corada com Azul de Toluidina e a mensuração realizada no programa ImageJ. A atividade antioxidante realizada em CCD e por método quantitativo para os radicais DPPH e peróxido de hidrogênio (H2O2). Foram identificados quatro fungos: Endomelanconiopsis endophytica, Myxospora musae, Neopestalotiopsis cubana e Fusarium pseudocircinatum. Na CCD foi evidenciado várias manchas com fase móvel acetona/clorofórmio e reveladores UV 254 nm e vapor de I2. Os extratos fúngicos demonstram ação antioxidante para redução do radical livre DPPH e em especial para H2O2 acima de 50%, E. endophytica 91.6%, M. musae 87.8%, N. cubana 89.5% e 92.3% para F. pseudocircinatum. Este estudo demonstrou que a técnica molecular por PCR foi satisfatória para identificação dos fungos, e os extratos com inúmeros grupos químicos e potentes agentes redutores. Com isso, trabalhos futuros deverão ser realizados avaliando essas quatro espécies para uso industrial.

Abstract This study aimed to identify by molecular analysis, morphology, chemistry and antioxidant extracts of filamentous fungi isolated from the digestive tract of Phylloicus sp, an aquatic insect that lives on leaf packages in tropical streams and participates together with fungi of the decomposition of plant substrates in aquatic habitats. Insect larvae of Phylloicus sp. were collected in streams in the state of Tocantins, Brazil. Fungi were isolated from the digestive tract of larvae after disinfection and dissection, then described and purified for identification purposes and testing for antioxidant activity. Molecular identity was performed of ITS1 and ITS4, TUB e TEF sequencing. Fungal extracts were produced in 70% ethanol solution and later lyophilized. For analysis of chemical groups of extracts, thin layer chromatography (TLC) was performed in two mobile phases and different developers. Morphology was performed by optical microscopy stained with Toluidine Blue and measurement performed using the ImageJ program. Antioxidant activity performed in TLC and by quantitative method for DPPH and hydrogen peroxide (H2O2) radicals. Four fungi were identified: Endomelanconiopsis endophytica, Myxospora musae, Neopestalotiopsis cubana and Fusarium pseudocircinatum. The TLC showed several spots with acetone/chloroform mobile phase and UV 254 nm developers and I2 vapor. Fungal extracts demonstrate antioxidant action to reduce the DPPH free radical and especially for H2O2 above 50%, E. endophytica 91.6%, M. musae 87.8%, N. cubana 89.5% and 92.3% for F. pseudocircinatum. This study demonstrated that the molecular technique by PCR was satisfactory for identifying fungi, and extracts with numerous chemical groups and potent reducing agents. Thus future work, should be carried out evaluating these four species for industrial use.

Resumo A produção de plantas transgênicas com características agronômicas e hortícolas desejadas vem ganhando grande importância por atender às demandas da crescente população. A transformação genética também é um passo fundamental para estudar os fundamentos das ciências das plantas. Foram desenvolvidos e utilizados diferentes protocolos de transformação, que são confiáveis e eficientes. Esses protocolos usaram genes de resistência a antibióticos ou herbicidas incorporados ao gene de interesse para identificar plantas transformadas e não transformadas. Esses genes marcadores podem representar uma ameaça ao ser humano e ao meio ambiente. O uso de marcadores visuais permite a observação direta e fácil de plantas transformadas com mais precisão. No estudo atual, foi projetado um cassete de genes com o gene da hidroxilase de produção de pigmentos (PPH) sob promotor específico de fibra (GhSCFP) e terminador NOS a jusante. Após verificar a eficiência estrutural e funcional do gene otimizado por códons usando ferramentas de bioinformática, o cassete foi enviado para síntese química a partir de fonte comercial. O cassete do gene do pigmento (PPH_CEMB), clonado em pCAMBIA-1301, foi transformado em Agrobacterium por eletroporação. O método de imersão floral mediado por Agrobacterium foi usado para transformar a inflorescência de Camelina sativa. Após a formação de sementes, foi observado um total de 600 sementes com mudança de cor, das quais 19 desenvolveram uma coloração marrom-avermelhada, enquanto as 581 restantes permaneceram amarelas. A eficiência de transformação calculada com base na mudança de cor foi de 1%. A análise de PCR das folhas obtidas após a semeadura de sementes avermelhadas confirmou a transformação do gene produtor de pigmentos, enquanto não foi observada amplificação por PCR em folhas de plantas de sementes do tipo selvagem. A partir dos resultados, é evidente que a transformação da inflorescência de C. sativa mediada por Agrobacterium é uma técnica muito eficiente e favorável ao ambiente não só para a detecção de plantas transformadas, mas também para estudar processos celulares básicos.

Abstract Production of transgenic plants with desired agronomic and horticultural traits has gained great importance to fulfill demands of the growing population. Genetic transformation is also a fundamental step to study basics of plant sciences. Different transformation protocols have been developed and used which are reliable and efficient. These protocols used antibiotic or herbicide resistance genes incorporated along with gene of interest to identify transformed plants from non-transformed ones. These marker genes may pose a threat to human and environment. Use of visual markers enables direct and easier observation of transformed plants with more precision. In current study a gene cassette with ‘pigment production hydroxylase (PPH) gene under fiber specific promoter (GhSCFP) and downstream Nos-terminator was designed. After checking the structural and functional efficiency of codon optimized gene using bioinformatics tools, the cassette was sent for chemical synthesis from commercial source. The pigment gene cassette (PPH_CEMB), cloned in pCAMBIA-1301, was transformed into Agrobacterium through electroporation. Agrobacterium-mediated floral dip method was used to transform Camelina sativa inflorescence. After seed setting a total of 600 seed were observed for change in color and out of these, 19 seeds developed a reddish-brown coloration, while the remaining 581 seeds remained yellow. The transformation efficiency calculated on basis of color change was 1.0%. PCR analysis of leaves obtained after sowing reddish seeds confirmed the transformation of pigment production gene, while no PCR amplification was observed in leaves of plants from wild type seeds. From the results it is evident that Agrobacterium-mediated transformation of C. sativa inflorescence is very efficient and environment friendly technique not only for detection of transformed plants but also to study basic cellular processes.

Resumo A fibrose hepática é a fase inicial de qualquer doença hepática crônica, e em sua fase final desenvolve-se para cirrose. As doenças hepáticas crônicas são uma questão de saúde global crucial e a causa de aproximadamente 2 milhões de mortes por ano em todo o mundo. A cirrose, hoje em dia, é a 11ª causa mais comum de morte globalmente. O tratamento da célula-tronco mesenquimal (MSCs) é uma maneira eletiva de tratar a doença hepática aguda e crônica. O objetivo deste estudo é melhorar o potencial terapêutico dos MSCs combinados com a melatonina (MLT) para superar a fibrose hepática induzida por CCl4 e também investigar o impacto individual da melatonina e MSCs contra o comprometimento do fígado induzido por CCl4 no modelo animal. Os ratos BALB / C fêmeas foram usados como modelo de animal fibrótico de fígado induzido por CCl4. Cinco grupos de modelo animal foram feitos: Controle Negativo, Controle Positivo, CCl4 + MSCs Tratados Grupo, Grupo Tratado CCl4 + MLT e Grupo Tratado CCl4 + MSCs + MLT. MSCs cultivados da medula óssea dos ratos foram transplantados para o modelo de camundongos de fígado induzido por CCl4, individualmente, bem como em conjunto com a melatonina. Duas semanas após a administração MSCs e MLT, todos os grupos de camundongos foram sacrificados para o exame. Os resultados morfológicos e histopatológicos mostraram que a terapia combinada do MSCs + MLT mostrou impacto benéfico substancial no modelo ferido no fígado induzido pelo CCl4, em comparação com o MSCs e o MLT individualmente. A redução bioquimicamente considerável foi observada em bilirrubina sérica e níveis ALT de ratinhos tratados com MLT + MSCs, em comparação com outros grupos. Os resultados de PCR mostraram regulação negativa do BAX e regulação positiva do BCL-XL e da albumina, confirmando um efeito terapêutico significativo do MSCs + MLT na fibrose hepática induzida por CCl4. Dos resultados, conclui-se que a terapia combinada de MSCs e MLT mostram um forte efeito terapêutico na fibrose hepática induzida por CCl4, em comparação com MSCs e MLT individualmente.

Abstract Liver fibrosis is initial stage of any chronic liver disease and its end stage is develops into cirrhosis. Chronic liver diseases are a crucial global health issue and the cause of approximately 2 million deaths per year worldwide. Cirrhosis is currently the 11th most common cause of death globally. Mesenchymal stem cell (MSCs) treatment is the best way to treat acute and chronic liver disease. The aim of this study is to improve the therapeutic potential of MSCs combined with melatonin (MLT) to overcome CCl4-induced liver fibrosis and also investigate the individual impact of melatonin and MSCs against CCl4-induced liver impairment in animal model. Female BALB/c mice were used as CCL4-induced liver fibrotic animal model. Five groups of animal model were made; negative control, Positive control, CCl4+MSCs treated group, CCl4+MLT treated group and CCl4+MSCs+MLT treated group. Cultured MSCs from mice bone marrow were transplanted to CCl4-induced liver injured mice model, individually as well as together with melatonin. Two weeks after MSCs and MLT administration, all groups of mice were sacrificed for examination. Morphological and Histopathological results showed that combined therapy of MSCs+MLT showed substantial beneficial impact on CCl4-induced liver injured model, compared with MSCs and MLT individually. Biochemically, considerable reduction was observed in serum bilirubin and ALT levels of MLT+MSC treated mice, compared to other groups. PCR results shown down-regulation of Bax and up-regulation of Bcl-xl and Albumin, confirm a significant therapeutic effect of MSCs+MLT on CCI4-induced liver fibrosis. From the results, it is concluded that combined therapy of MSCs and MLT show strong therapeutic effect on CCL4-induced liver fibrosis, compared with MSCs and MLT individually.

Resumo Pseudomonas fluorescens é uma das principais causas de doenças septicêmicas em peixes de água doce, causando graves perdas econômicas e diminuindo a eficiência da fazenda. Assim, esta pesquisa teve como objetivo investigar a ocorrência de P. fluorescens em peixes de tilápia-do-nilo (O. niloticus) no Egito, sequenciamento do gene 16S rDNA e suscetibilidade antimicrobiana. Cepas de P. fluorescens foram detectadas em 32% (128\400) de peixes tilápia-do-nilo aparentemente saudáveis (9%; 36\400) e doentes (23%; 92\400). A maior prevalência foi observada nas brânquias dos peixes, 31,3%, seguida pelo intestino 26,9%, fígado 24,2% e rins 17,6%. Os resultados da PCR para o gene 16SrDNA de P. fluorescens mostraram o gene 16SrDNA em 30% dos isolados examinados. Além disso, a homogeneidade e uma forte relação entre cepas de P. fluorescens foi confirmada usando sequências de 16SrDNA. Além da responsabilidade do gene 16SrDNA na virulência de P. fluorescens. Os resultados dos testes de suscetibilidade antimicrobiana revelaram que todas as cepas foram resistentes à piperacilina (100%), seguida pela ceftazidima (29,7%) e cefepima (25,8%). As cepas de P. fluorescens foram altamente sensíveis à cefotaxima (74,2%), seguida pela ceftriaxona e levofloxacina (70,3% cada). Curiosamente, 29,7% das cepas de P. fluorescens eram multirresistentes a antimicrobianos (MAR).

Abstract Pseudomonas fluorescens is one of the main causes of septicemic diseases among freshwater fish, causing severe economic losses and decreasing farm efficiency. Thus, this research was aimed to investigate the occurrence of P. fluorescens in Nile Tilapia (O. niloticus) fish in Egypt, gene sequencing of 16SrDNA gene, and antimicrobial susceptibility. P. fluorescens strains were detected in 32% (128\400) of apparently healthy (9%; 36\400) and diseased (23%; 92\400) Nile tilapia fish. The highest prevalence was observed in gills of fish, 31.3% followed by intestine 26.9%, liver 24.2%, and kidneys 17.6%. The PCR results for the 16SrDNA gene of P. fluorescens showed 16SrDNA gene in 30% of examined isolates. Moreover, Homogeny and a strong relationship between strains of P. fluorescens was confirmed using 16SrDNA sequences. Beside the responsibility of 16SrDNA gene on the virulence of P. fluorescens. The results of antimicrobial susceptibility tests revealed that all strains were resistant to piperacillin (100%), followed by ceftazidime (29.7%), and cefepime (25.8%). The strains of P. fluorescence were highly sensitive to cefotaxime (74.2%), followed by ceftriaxone and levofloxacin (70.3% each). Interestingly, 29.7% of strains of P. fluorescens were multiple antimicrobial-resistant (MAR).

Resumo Mutações de ocorrência natural na proteína morfogenética 15 (BMP15) estão associadas à diminuição da taxa de ovulação (TO), tamanho da ninhada (TN) e esterilidade. Estudar a BMP15 na raça Cholistani para elevar o status socioeconômico e o conhecimento da criação de ovinos Cholistani no sul de Punjab, Paquistão. Em nosso estudo, 50 ovelhas Cholistani inférteis sem parentesco sanguíneo foram rastreadas para mutações BMP15. Para tanto, um DNA de alta qualidade foi extraído do sangue dessas ovelhas, seguido de concepção do primer, amplificação da reação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento de DNA e análises in silico. Do total de 50 amostras, 9, incluindo caso 1 (T3), caso 2 (T8), caso 3 (T17), caso 4 (T22), caso 5 (T25), caso 6 (T33), caso 7 (T40), caso 8 (T44) e caso 9 (T47), foram consideradas positivas para uma variedade de mutações BMP15 novas e já relatadas. Mais análises in silico das mutações observadas mostraram o impacto funcional dessas mutações em diferentes características (peso molecular, PI teórico, meia-vida estimada, índice de instabilidade, localização subcelular e confirmação 3D) das proteínas codificadas, possivelmente alterando a funcionalidade normal. Nossos achados confirmaram o possível papel essencial das mutações BMP15 na infertilidade de ovelhas Cholistani.

Abstract Naturally occurring mutations in morphogenetic protein 15 (BMP15) are associated with decreased ovulation rate (OR), litter size (LS), and sterility. It is of a great interest to elucidate BMP15 gene in Cholistani sheep breed to uplift socio-economic status and the knowledge of Cholistani sheep breeding in Southern Punjab, Pakistan. In our study, a total of 50 infertile Cholistani sheep aged between 2-6 years and having no blood relation were screened for BMP15 mutations. For this purpose, a high-quality DNA was extracted from the blood of sheep followed by primer designing, Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification, DNA sequencing, and in silico analyses. Out of total 50 samples, 9 samples including case 1 (T3), case 2 (T8), case 3 (T17), case 4 (T22), case 5 (T25), case 6 (T33), case 7 (T40), case 8 (T44), and case 9 (T47) were found positive for a variety of already reported and novel BMP15 mutations. Further in silico analyses of the observed mutations have shown the functional impact of these mutations on different characteristics (molecular weight, theoretical PI, estimated half-life, instability index, sub-cellular localization, and 3D confirmation) of the encoded proteins, possibly altering the normal functionality. In a nutshell, findings of this study have confirmed the possible essential role of the BMP15 mutations in the infertility of the Cholistani sheep.