RESUMEN El cáncer de cuello uterino es el cuarto cáncer más frecuente en mujeres en el mundo y a nivel mundial, el VPH 16 se encuentra presente en aproximadamente el 60% de los casos. A la fecha, las variantes de VPH 16 se clasifican en 4 linajes y 16 sublinajes asociándose algunas variantes con severidad de lesión. La secuenciación de la región LCR y del gen E6 es utilizada para la clasificación de variantes. Por ello, el objetivo fue optimizar 2 PCRs convencionales para detectar la región LCR y una PCR para el gen E6. Para ello, se utilizaron muestras positivas para VPH 16, cebadores específicos para la región LCR y el gen E6. Se probaron las reacciones a diferentes temperaturas de anillamientos. La concentración de MgCl2, dNTP y cebadores fueron determinadas siguiendo las recomendaciones del fabricante de la enzima ADN polimerasa utilizada. Para la amplificación de la región LCR y el gen E6 del VPH 16, se observaron mejores resultados a una temperatura de anillamiento de 57°C y 50°C, respectivamente. La concentración de MgCl2 utilizada en ambas reacciones fue de 1,5mM, la de dNTP 0,2mM y la de cebadores 0,2uM. La optimización de la reacción de PCR permitirá obtener amplicones aptos para secuenciación, a fin de determinar las variantes génicas y posteriormente evaluar funcionalidad y actividad transcripcional que puedan estar relacionadas con la patogénesis cervical.

ABSTRACT Cervical cancer is the fourth most common cancer in women in the world and worldwide HPV 16 is present in approximately 60% of cases. To date, HPV 16 variants are classified into 4 lineages and 16 sublineages, with some variants being associated with lesion severity. Sequencing of the LCR region and the E6 gene is used for variant classification. Therefore, the objective was to optimize two conventional PCRs to detect the LCR region and one PCR for the E6 gene. For this purpose, HPV 16 positive samples, specific primers for the LCR region and the E6 gene were used. The reactions were tested at different alignment temperatures. The concentration of MgCl2, dNTP, and primers was determined following the recommendations of the manufacturer of the DNA polymerase enzyme used. For amplification of the LCR region and the HPV 16 E6 gene, the best results were observed at an annealing temperature of 57°C and 50°C, respectively. The concentration of MgCl2 used in both reactions was 1.5mM, dNTP 0.2mM and primers 0.2uM. The present optimization will be used to sequence the amplified products to determine the variants and subsequently evaluate the functionality and transcriptional activity in order to relate it to cervical pathogenesis.

RESUMEN Las enfermedades y los trastornos son una de las principales limitaciones de los cultivos de aguacate para la exportación y el mercado nacional. Sin embargo, estos factores limitantes son poco estudiados en países tropicales como Colombia. El objetivo de este trabajo fue evaluar un enfoque polifásico para el diagnóstico de patologías y trastornos asociados al aguacate cv. Hass en viveros y lotes en Antioquia, Colombia. Los resultados permitieron la identificación de varias enfermedades y trastornos presentes en diferentes tejidos en todas las etapas de desarrollo del cultivo. La enfermedad de la pudrición de la raíz se asoció a 10 microorganismos y dos trastornos abióticos. Diferentes órganos y tejidos de las plantas de aguacate fueron afectados por patógenos como Lasiodiplodia theobromae, Colletotrichum gloeosporioides sensu lato y Phytophthora palmivora. Se identiicaron patógenos no reportados previamente en Colombia como P. palmivora, Fusarium oxysporum sensu lato, Phytopythium vexans, Phomopsis sp. y Pythium cucurbitacearum. Por otra parte, se caracterizaron trastornos abióticos como hipoxia-anoxia, la atrofia de la raíz, las quemaduras en fruta por el sol y el daño por granizo. No se identificó la etiología del anillamiento del pedúnculo. El diagnóstico polifásico de patologías y trastornos es un enfoque apropiado como parte de un programa de manejo integrado de enfermedades en el cultivo de aguacate cv. Hass. Este trabajo es una herramienta de consulta en aspectos básicos asociados a la detección de desórdenes y patologías en aguacate y la taxonomía de los microorganismos implicados.

ABSTRACT Diseases and disorders are one of the main limitations of avocado crops for export and national markets. However, they are poorly studied in tropical countries such as Colombia. The objective of this research was to evaluate a polyphasic approach for the diagnosis of pathologies and disorders associated with avocado cv. Hass in nurseries and crop fields located in Antioquia, Colombia. Results allowed the identification of several diseases and disorders present on different tissues in all stages of plant development. The root rot disease was associated with 10 microorganisms and two abiotic disorders. Different organs and tissues of avocado plants were affected by pathogens such as Lasiodiplodia theobromae, Colletotrichum gloeosporioides sensu lato, and Phytophthora palmivora. Pathogens that had not been previously reported in Colombia were identiied, and among them P. palmivora, Fusarium oxysporum sensu lato, Phytopythium vexans, Phomopsis sp., and Pythium cucurbitacearum stand out. Abiotic disorders such as hypoxiaanoxia, root atrophy, fruit sunburn, and hailstorm damage were also identified. The etiology of peduncle ringing was not identified. Polyphasic diagnosis of pathologies and disorders is an appropriate approach as part of an integrated disease management program in avocado cv. Hass crop. This work is a reference tool on basic aspects associated with the detection of disorders and pathologies in avocado and the taxonomy of the microorganisms involved.

Certification as bird bander implies to validate the level of knowledge and experience of people with regard to a consolidated standard of work in the exercise of capture, banding, handling, and release of birds, in order to promote the safety of the bird, the security of the bander and the quality of the data collected. The North American Banding Council (NABC) is a non-profit organization that includes diverse organizations of research, conservation and management of North American avifauna. Continuing with its mission to promote responsible bird-banding practices under standardized and ethical criteria, in a joint effort with the Centro de Ornitologia y Biodiversidad (CORBIDI) and other related institutions, the first three NABC certification sessions were recently held in Peru. This work tries to answer some of the most frequent questions related to these certification events and the bird banding efforts promoted by the Programa de Anillamiento CORBIDI (PAC).

La certificación como anillador de aves consiste en validar el nivel de conocimiento y experiencia de personas frente a un estándar consolidado de trabajo en el ejercicio de la captura, anillado, manejo, y liberación de aves, con el fin de promover la seguridad del ave, la seguridad del anillador y la calidad de los datos colectados. El Consejo Norteamericano de Anillado (NABC) es una organización sin fines de lucro, engloba a diversas organizaciones de investigación, conservación y gestión de la avifauna en Norteamérica. Continuando con su principal misión de promover prácticas responsables de la técnica del anillado de aves bajo criterios estandarizados y éticos, en un trabajo conjunto con el Centro de Ornitología y Biodiversidad (CORBIDI) y otras instituciones afines, entre el 2017 y el 2018 se han desarrollado las tres primeras sesiones de certificación NABC en el Perú. El presente trabajo intenta responder algunas de las preguntas más frecuentes relacionados con estas sesiones de certificación, así como los esfuerzos del anillado de aves promovidos por el Programa de Anillamiento CORBIDI (PAC).

A protocol for molecular characterization of soil microbial communities of tropical ecosystems (Tropical Dry Forest, TDF; Tropical Dry Scrub, TDS and Tropical Montane Forest, TMF) in southern Ecuador, was optimized. These ecosystems were selected due to their great biological interest, its high biodiversity and its vulnerability. Total genomic DNA from soil samples was isolated and then a polymerase chain reaction (PCR) was performed in order to amplify conserved regions of fungal and bacterial genome (using universal primers; ITS F-1 - 5.8S, EUB338 - EUB 518; fungal and bacteria; respectively). We evaluated the effect of some parameters to reach the maximum efficiency of PCR. The results suggest that the DNA starting concentration was the variable with the highest impact on the reaction efficiency. We therefore identified the optimal dilutions per soil type: 1:2, 1:5, 1:20 of the starting DNA preparation for TDS, TDF, and TMF respectively. Furthermore, the efficiency was increased when we determined the optimal concentration of MgCl2 and optimal annealing temperature for every soil type. The obtained average DNA concentration varies between ecosystems, being higher in the samples from TMF. This reflects the presence of higher microbial biomass in soils of this ecosystem compared to TDF and TDS. We, conclude that extrapolating parameters from one soil type to another which affect the PCR efficiency may result in errors. Our results suggest that it is necessary to standardize various parameters, taking into account the soil type and the conserved region of the genome to be amplified. Besides, we could verify that DNA concentration could be a consistent variable to estimate or compare the microbial biomass in different soil types.

Se optimizó un protocolo para la amplificación, mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), del ADN de hongos y bacterias totales como punto base en el estudio molecular de las comunidades microbianas del suelo presentes en tres ecosistemas evaluados; Bosque seco tropical (BST), Matorral seco tropical (MST) y Bosque montano tropical (BMT). Estos ecosistemas son de gran interés biológico debido a su alta biodiversidad y a que han sido reconocidos dentro de los hábitats más amenazados del mundo. Se aisló ADN de muestras de suelo y se amplificó parte de la región conservada en los genomas de hongos y bacterias totales (ITS F-1 - 5.8S y EUB338 - EUB 518; respectivamente). Se estudió el efecto de diversos parámetros en la eficiencia de la PCR. Se observó que la concentración de ADN de partida fue el factor determinante por tipo de ecosistema; se identificaron las diluciones óptimas por cada tipo de suelo; 1:2, 1:5, 1:20 de ADN (MST, BST y BMT, respectivamente). Además, la eficiencia también se vio incrementada cuando determinamos un óptimo de concentración de MgCl2 y temperatura de anillamiento por tipo de suelo. La concentración media de ADN obtenido varió entre ecosistemas siendo mayor en las muestras del BMT. Ello refleja la presencia de mayor biomasa microbiana en los suelos de este ecosistema comparado con el BST y MST. Nosotros concluimos que extrapolar parámetros de un suelo a otro puede generar errores que afectan la eficiencia de la PCR. Así, nuestros resultados sugieren que es necesario hacer una optimización de varios parámetros de la PCR teniendo en cuenta el tipo de suelo y la región conservada del genoma que se desea amplificar. Además, pudimos verificar que la concentración de ADN es una variable consistente para estimar y comparar la biomasa microbiana de suelos en ecosistemas contrastados.

Currently, many monovarietal vineyards present a minority of mixed cultivars. Some of these cultivars are unknown and could represent an opportunity to discover new and potentially useful genotypes both for research and production purposes. In a 'Carmenère' vineyard planted in 1994 in Palmilla (Colchagua Valley, Chile), a minority presence of other cultivars was found. The present work covers for the first time the identification and characterization of one of these cultivars, which presented a very poor fruit set. Through classic ampelography, it was not possible to associate the studied cultivar with any known cultivar in Chile. However, through a simple sequence repeats (SSR) comparison against the database of the INRA Germplasm Repository "Domaine de Vassal" in France, the cultivar was identified as a triploid accession named 'Folle Blanche Faux' (Vitis vinifera L.) that was previously found in Chile during the season of 1950-1951. This cultivar presents earlier bud breaking than 'Carmenère', has morphologically complete flowers, and shows a physiological disorder around the fruit set, leading to partial or complete bunch necrosis under the environmental conditions of Palmilla. This cultivar contributes to the genotypic richness present in Chile and might be an interesting tool for physiological and molecular studies. It also could become productive under other environmental conditions (i.e., environmental conditions that favor a good fruit set) or by the application of adequate vineyard practices, such as cane girdling at bloom time.

Actualmente, muchos viñedos monovarietales presentan mezclas de otros cultivares en proporciones menores. Algunos de estos cultivares son desconocidos y podrían representar una oportunidad para descubrir genotipos nuevos y potencialmente útiles en investigación y/o producción. En un viñedo cv. 'Carmenère', plantado en 1994 en la comuna de Palmilla (Valle de Colchagua, Chile), se determinó la presencia minoritaria de otros cultivares. El presente trabajo cubre por primera vez la identificación y caracterización de uno de estos cultivares, el cual presentó una muy pobre fructificación. A través de ampelografía clásica, no fue posible asociar el cultivar en estudio a ningún cultivar conocido en Chile. Sin embargo, a través de una comparación de marcadores moleculares microsatélites con la base de datos del Repositorio de Germoplasma de Vid del INRA "Domaine de Vassal" en Francia, fue identificado como un acceso triploide llamado 'Folle Blanche Faux' (Vitis vinifera L.), el cual había sido descubierto en Chile previamente durante la temporada 1950-1951. Este cultivar presenta una brotación más precoz que la del cv. 'Carmenère', posee flores morfológicamente completas y muestra un notorio desorden fisiológico en su fructificación, el cual se manifiesta a través de una necrosis de racimo parcial o completa, bajo las condiciones ambientales de Palmilla. Este cultivar contribuye a la riqueza genotípica presente en Chile y eventualmente podría llegar a ser una herramienta interesante para estudios fisiológicos y moleculares. Adicionalmente, podría volverse productiva bajo otras condiciones ambientales (i.e. condiciones ambientales que favorezcan una buena cuaja frutal) o por la aplicación de prácticas vitícolas adecuadas, como el anillamiento de cargadores durante la floración.

La información que se obtiene de la recaptura de aves anilladas ha servido históricamente para deducir sus rutas migratorias, además de muchos otros aspectos fundamentales sobre su historia de vida. Este artículo analiza la información sobre individuos de especies migratorias neotropicales recapturadas en los departamentos de Atlántico y Magdalena, disponible en la base de datos del Laboratorio de Anillamiento de Aves de Norteamérica, del período comprendido entre 1923 y 2011. Para el área de estudio se encontraron 707 individuos pertenecientes a catorce especies de aves acuáticas, entre las que se destacan Anas discors y Thalasseus maximus, por el mayor número de individuos recapturados, al igual que otras especies como Anas americana, Anas acuta y Sterna dougalli, con escasos registros en Colombia. El análisis realizado aporta al conocimiento sobre la distribución de estas especies en el país, y permite evaluar su estatus migratorio, como es el caso de Eudocimus albus, especie para la cual se determinó que presenta tanto poblaciones residentes como migratorias en Colombia. Con este documento se intenta promover el uso de la información existente sobre aves recapturadas y señalar cómo el desconocimiento sobre el fin de marcar las aves por parte de los habitantes del área de estudio ha ocasionado la persecución de aves anilladas, su comercio ilegal e intercambio de anillos entre especies.

Information obtained from the recoveries of banded birds has historically been used to deduce their migratory routes and other key aspects of their life histories. This paper analyses information on Neotropical migratory species recaptured in the Colombian provinces of Atlántico and Magdalena between 1923 and 2011, using data obtained from the U. S. Bird Banding Laboratory. In this area 707 individuals of 14 species of waterbirds were encountered, among which were blue-winged teal (Anas discors) and royal tern (Thalasseus maximus) with the largest number of encountered individuals, as well as species with few records in Colombia: American wigeon (Anas americana), Northern pintail (Anas acuta), and roseate tern (Sterna dougalli). This analysis contributes to knowledge about the distribution of several species occurring in the country and assesses their migratory status; for instance, we determined that Eudocimus albus has both migratory and resident populations in Colombia. This paper attempts to promote the use of existing data on recaptured birds, and to bring attention to the fact that people who inhabit the study area are unaware of the bird banding goals, which has resulted in hunting of banded birds, illegal pet trade, and removal of the bands from birds.

Oncideres ocularis (Cerambycidae) es un escarabajo “corta palo” que tiene potencial para convertirse en plaga en plantaciones forestales de Fabaceae. La diversidad de los agroecosistemas puede afectar a las poblaciones de insectos plaga y sus enemigos naturales. El cultivo intercalado puede proporcionar recursos, como alimentos, presas alternativas, hospederos y refugio para los enemigos naturales. El objetivo de este trabajo fue verificar si el número de larvas y la acción de los enemigos naturales de este corta palo varían a lo largo de la rama anillada y con los diferentes métodos de plantación. Se colectaron ramas frescas de Acacia mangium anilladas por Oncideres ocularis en dos tipos de plantaciones, un monocultivo y otro intercalado con eucalipto y Brachiaria spp. Las larvas muertas y vivas fueron retiradas de las galerías a lo largo de la rama (secciones basal, media y apical). El número de larvas fue diferente entre las secciones de la rama anillada para todas las variables analizadas. La sección de la rama anillada afectó a todas las variables. Aunque el número total de larvas de O. ocularis no fue diferente entre los dos tipos de plantación, la supervivencia de las larvas fue mayor en el cultivo intercalado que en el monocultivo. El tipo de plantación afectó también a la acción de los depredadores de las larvas en los primeros estadios, además de variar a lo largo de la rama. En los sistemas con eucaliptos, acacias y pastos intercalados, los depredadores pueden ser incapaces de reducir la población de este “corta palo”.

Oncideres ocularis (Cerambycidae) is a twig girdler beetle with potential to become a pest of Fabaceae forest plantations. The diversity of agroecosystems can affect populations of insect pests and their natural enemies, and intercropping may provide resources such as food, alternative prey and hosts, and shelter for the natural enemies. The objective of this work was to verify if the number of larvae and the action of natural enemies of this twig girdler vary along the girdled branch and with the different plantation methods. Fresh branches of Acacia mangium girdled by O. ocularis were collected at two types of plantations, a monoculture and an intercropping with eucalyptus and Brachiaria spp. The dead and living larvae were removed from the galleries along the branch (basal, middle, and apical sections). The number of larvae was different between sections of the girdled branch for all variables analyzed. The total number of larvae of O. ocularis did not differ between the types of plantation, but larvae survival was significantly higher in the intercropping than in monoculture. The type of plantation also affected the action of predators on larvae in the early instars, besides varying along the branch. In intercropping systems with eucalyptus, acacia, and grasses, the predators may not be able to reduce the population of this twig girdler.

Knowledge of molt and plumage patterns for Neotropical birds is incipient. Taking into account its usefulness to determine age and sex reliably in birds, I present data for some morphometric variables and external characters of Mionectes olivaceus (Tyrannidae), evaluate its ability to differentiate among age and sex and suggest a fast and reliable method for sex and age identification. I measured 106 museum specimens of four subspecies, among which I found no morphometric differences. I found important differences between sexes and ages. Though rectrix length and wing chord did vary between sexes, as has been reported for other members of the genus Mionectes, they did not contribute to group formation in three discriminant function analyses. Beak depth and two measures of the ninth primary emargination were the most relevant variables for ageing and sexing. These variables allowed the analysis to correctly classify more than 75 % of all the cases evaluated. Long and deep emarginations, deep beaks and truncated external rectrices are key characters to age determination. Beak depth is the key character to differentiate among sexes, along with length and depth of the ninth primary emargination. Results from this kind of studies provide invaluable tools for an accurate and fast identification, which are essential requirements in demographic and ecological studies or in banding and monitoring programs.

El conocimiento de los patrones de muda y de los caracteres del plumaje de las aves del Neotrópico es incipiente. Teniendo en cuenta su utilidad para determinar la edad y el sexo de manera confiable en aves, en este trabajo se documentan algunas variables morfométricas y caracteres externos de Mionectes olivaceus (Tyrannidae), se evalúa su capacidad para diferenciar entre individuos de distinta edad y sexo y se propone un método rápido y confiable para tal fin. Se estudiaron 106 especímenes de museo de cuatro subespecies, entre las cuales no se encontraron diferencias morfométricas. Se identificaron importantes diferencias entre sexos y edades. Aunque la longitud de las rectrices y la cuerda alar variaron entre sexos, como se reporta para otros congéneres, no aportaron para la formación de los grupos en tres análisis discriminantes. La altura del pico y dos medidas de las emarginaciones presentes en la novena primaria resultaron ser definitivas para la determinación de edad y sexo. Estas variables permitieron que en los tres análisis más del 75% de los casos fueran clasificados correctamente. La presencia de emarginaciones largas y profundas, picos altos y rectrices externas truncadas en su ápice son caracteres clave para determinar la edad. La altura del pico es la característica clave para diferenciar entre sexos, ayudado de la longitud y profundidad de las emarginaciones de la novena primaria. Los resultados de este tipo de estudios constituyen una herramienta valiosa para una identificación certera y rápida, requisitos indispensables en estudios demográficos y ecológicos o en programas de anillamiento y monitoreo.

Introducción. Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae y Neisseria meningitidis son los principales patógenos humanos causantes de meningitis. Objetivo. Se evaluaron los iniciadores omp2, lytA y crgA en el desarrollo de una reacción en cadena de la polimerasa múltiple, para la identificación simultánea de los tres principales microorganismos responsables de la meningitis bacteriana. Materiales y métodos. Se evaluaron en un formato de PCR múltiple los iniciadores para la proteína de membrana externa (omp2, 1.000 pb) de H. influenzae, la autolisina A (LytA, 395 pb) de S. pneumoniae y el gen regulador de contacto A (cgrA, 230 pb) de N. meningitidis y se determinó la sensibilidad y la especificidad de la técnica. Resultados. Se obtuvieron resultados reproducibles con una concentración de 50 nM de cada uno de los tres iniciadores y una temperatura de anillamiento de 57°C obteniendo una sensibilidad de 12,5 fg para H. influenzae y S. pnemoniae y de 3,12 fg para N. meningitidis. No se presentaron reacciones cruzadas con otros microorganismos causantes de meningitis o relacionados con los géneros. Conclusión. Los resultados de sensibilidad y especificidad sugieren que los iniciadores evaluados pueden ser utilizados para el desarrollo de una PCR en formato múltiple que permita la identificación de los tres principales patógenos causantes de meningitis.

Introduction: Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae and Neisseria meningitidis are the main human pathogens that cause meningitis. Objective: Primers omp2, lytA and crgA were evaluated with H. influenzae, S. pnumoniae and N. meningitidis DNA in a multiplex PCR, determining the sensitivity and the specificity of the technique. Materials and methods: Primers for H. influenzae outer membrane protein (omp2, 1000 pb), S. pneumoniae autolysin (lytA, 395 pb) and N. meningitidis, contact regulated gene (crgA, 230 pb) were evaluated in a multiplex PCR, determining the sensitivity and the specificity of the technique. Results: Reproducible results were obtained with 50 nM of each of the three primers and annealing temperature of 57°C in the multiplex PCR, obtaining a sensitivity of 12.5 fg for H. influenzae and S. pneumoniae and 3.12 fg for N. meningitidis. No cross reactions with other microorganisms agents of meningitis or related with the genera, appeared. Conclusions: The results for sensitivity and specificity suggest that the evaluated primers can be used for the development of a PCR in a multiplex format to the identification of the three main pathogens that cause meningitis.