Abstract Microsatellites or Single Sequence Repeats (SSRs) are extensively employed in plant genetics studies, using both low and high throughput genotyping approaches. Motivated by the importance of these sequences over the last decades this review aims to address some theoretical aspects of SSRs, including definition, characterization and biological function. The methodologies for the development of SSR loci, genotyping and their applications as molecular markers are also reviewed. Finally, two data surveys are presented. The first was conducted using the main database of Web of Science, prospecting for articles published over the period from 2010 to 2015, resulting in approximately 930 records. The second survey was focused on papers that aimed at SSR marker development, published in the American Journal of Botany's Primer Notes and Protocols in Plant Sciences (over 2013 up to 2015), resulting in a total of 87 publications. This scenario confirms the current relevance of SSRs and indicates their continuous utilization in plant science.

Malpighia emarginata Sessé e Mociño ex DC., ou acerola, é uma planta silvestre originada do sul do México, América Central e região norte da América do Sul. A espécie foi introduzida no Brasil há cerca de 60 anos e o País é o maior produtor mundial. Embora os frutos da acerola tenham alto valor comercial, pois são uma importante fonte natural de vitamina C, pouco se conhece sobre os cromossomos da espécie. Estudos prévios mostraram que a maioria das espécies de Malpighia é diploide, incluindo M. emarginata com 2n = 20. No presente trabalho, foi confirmado o número cromossômico da acerola e foi descrito, pela primeira vez, o seu cariótipo, provendo a identificação dos homólogos para a construção do ideograma. Os cromossomos da acerola são pequenos (1,71 a 2,56 µm) e metacêntricos, com exceção do cromossomo 2, que foi classificado como submetacêntrico. Além disso, definiu-se um protocolo para produzir plântulas enraizadas in vitro para estudos mitóticos, o qual pode, igualmente, ser usado para a micropropagação da acerola.

Malpighia emarginata Sessé & Mociño ex DC. or West Indian cherry (acerola) is a wild plant originated in southern Mexico, Central America and the northern region of South America. The species was introduced to Brazil about 60 years ago and now the country is the world's biggest producer. Even though the fruits of acerola have high commercial value, as they are an important source of the natural vitamin C, very little chromosome information is available for this species. Previous studies showed that most Malpighia species are diploids, including M. emarginata with 2n = 20. In the present paper, the chromosome number of acerola was confirmed, and for the first time, its karyotype was described, providing the identification of the homologues for the ideogram construction. The acerola chromosomes are small (1.71 to 2.56 µm) and metacentric with the exception of chromosome 2 that is classified as submetacentric. In addition, it is recommended a protocol to produce rooted-plantlets in vitro for mitotic studies that could be also used for micropropagation of acerola.

A ocratoxina A é uma micotoxina frequentemente encontrada em uma grande variedade de produtos alimentares e apresenta efeitos nefrotóxicos e potencial carcinogênico para animais e humanos. É naturalmente produzida por algumas espécies fúngicas, como Aspergillus carbonarius, que é considerado um potente produtor. Apesar disso, o número de estudos que visam identificar genes que são essenciais para a biossíntese de ocratoxina em A. carbonarius é ainda reduzido. Um mutante de A. carbonarius com baixa produção de ocratoxina A previamente obtido por transformação mediada por Agrobacterium tumefaciens foi investigado com o objetivo de encontrar uma associação entre o gene interrompido e a biossíntese desta micotoxina. Os resultados mostraram a ocorrência de uma junção não exata entre o T-DNA e o DNA genômico do fungo durante o evento de integração. A integração do T-DNA no genoma do mutante T188 provocou deleção de 727 nucleotídeos. Esta deleção inclui uma porção final do gene coativador de splicing e uma região não-codificante entre este gene e o gene F-actina. A expressão relativa do gene coativador de splicing na linhagem selvagem cultivada em quatro diferentes meios mostrou associação entre a quantidade de ocratoxina A e os níveis dos transcritos.

Ochratoxin A is a mycotoxin produced by some fungi species. Among them, Aspergillus carbonarius is considered a powerful producer. Genes involved in the ochratoxin A biosynthesis pathway have been identified in some producer species. However, there are few studies that purpose to identify these genes in A. carbonarius. The use of insertion mutants to identify genes associated with certain properties has been increased in the literature. In this work, the region of T-DNA integration was investigated in one A. carbonarius ochratoxin-defective mutant previously obtained by Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation, in order to find an association between interrupted gene and the biosynthesis of ochratoxin A. The integration occurred in a gene that possibly encodes a splicing coactivator protein. The analysis of the relative expression of the splicing coativator gene from A. carbonarius wild type strain in four different media showed high correlation between the transcript levels and the ochratoxin A production.

Este estudo avaliou a ocorrência de um efeito inibitório potencializado quando da aplicação combinada do óleo essencial de O. vulgare e ácido acético sobre Staphylococcus aureus através da determinação Concentração Inibitória Fracional (FIC) e de ensaios de tempo de morte em caldo nutriente, caldo base carne e em um modelo alimentar (pedaços de carne). O ácido acético mostrou um valor de CIM e CBM de 0,6 e 1,25 µL.mL-1, respectivamente. Estudos prévios encontraram valores de CIM e CBM para o óleo essencial de O. vulgare sobre as cepas teste de S. aureus de 1,25 e 1,5 µL.mL-1, respectivamente. Valores de índices de CIF da mistura do óleo essencial e ácido acético na concentração de CIM x ½ foram £ 1,0 caracterizando uma interação de adição. Nenhum efeito sinérgico foi encontrado nos ensaios de tempo de morte. O efeito anti-estafilocócico dos antimicrobianos isolados ou em combinação (CIM x ½) foi menor quando aplicado em carne em comparação a sua adição em caldo nutriente e caldo carne. A efetiva combinação de óleos essenciais e outros agentes preservativos pode ser reconhecida como uma alternativa promissora para a indústria de alimentos, podendo viabilizando a diminuição de doses de antimicrobianos aplicadas para inibir o crescimento microbiano em alimentos.

This study evaluated the occurrence of an enhancing inhibitory effect of the combined application of Origanum vulgare L. essential oil and acetic acid against Staphylococcus aureus by the determination of Fractional Inhibitory Concentration (FIC) index and kill-time assay in nutrient broth, meat broth and in a food model (meat pieces). Acetic acid showed MIC and MFC of 0.6 and 1.25 µL.mL-1, respectively. For O. vulgare essential oil MIC and MBC were 1.25 and 2.5 µL.mL-1, respectively. FIC indexes of the mixture of essential oil and acetic acid at MIC x ½ were £ 1.0, showing an additive effect. No synergy was found at kill-time study. Anti-staphylococcal effect of the antimicrobials alone or in mixture (MIC x ½) was lower in meat than in nutrient and meat broths. The effective combination of essential oils and organic acids could appear as an attractive alternative for the food industry, as the doses to inhibit the microbial growth in foods can be lowered.

O vírus do mosaico do caupi (Cowpea aphid-borne mosaic virus - CABMV) é um potyvirus que causa uma das mais importantes doenças do maracujazeiro no Brasil. O vírus é transmitido por diversas espécies de afídeos de maneira não persistente, não circulativa. A reação de 16 espécies de Passiflora à infecção com quatro isolados brasileiros do CABMV, por meio de inoculação mecânica foi avaliada em condições de casa-de-vegetação. Somente a espécie selvagem P. suberosa foi resistente à infecção com todos os isolados do CABMV, em dois ensaios independentes. Plantas de P. suberosa enxertadas em plantas de P. edulis f. flavicarpa infectadas com o CABMV também não desenvolveram sintomas da doença. O vírus também não foi detectado por RT-PCR nas folhas superiores das plantas, sugerindo que essa espécie é imune ao CABMV.

Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV) is a potyvirus that causes the most serious virus disease of passion fruit crops in Brazil. It is transmitted by several species of aphids in a non-persistent, non-circulative manner. The reaction of 16 species of Passiflora to infection by mechanical inoculation with four Brazilian isolates of CABMV was evaluated under greenhouse conditions. Only P. suberosa, a wild species, was resistant to infection by all virus isolates, in two independent assays. P. suberosa grafted onto infected P. edulis f. flavicarpa did not develop symptoms; neither was the virus detected by RT-PCR in the upper leaves, suggesting that this species is immune to CABMV.

A família Passifloraceae é representada por espécies de origem tropical e subtropical. Passiflora é o gênero mais rico, com aproximadamente 450 espécies, cerca de 200 delas nativas do Brasil. Recentes estudos cariológicos têm relatado o número básico de cromossomos para o gênero Passiflora como sendo x = 6, enquanto x = 9, x = 10 e x = 12 foram considerados números básicos secundários. Altas taxas de fertilidade são observadas na maioria das espécies de Passiflora, uma vez que o índice meiótico e a viabilidade polínica apresentam-se acima de 90%.Comportamento meiótico irregular tem sido descrito para alguns taxas. Grãos de pólen inviáveis foram observados em espécies diplóides. O tamanho do genoma varia de 1,83 a 5,36 pg, e variação interespecífica significativa tem sido observada. Estudos usando a metodologia de hibridização in situ (FISH) tem demonstrado haver de dois a três sites de DNAr 45S e um site de DNAr 5S nas espécies analisadas. Nesta revisão, informações sobre os estudos acima mencionados são apresentados e discutidos em detalhes.

The Passifloraceae is represented by species of tropical and subtropical origin. The Passiflora is the richest genus with approximately 450 species, 200 of them being native to Brazil. Recent karyological studies have reported the basic chromosome number for the Passiflora genus as x = 6, whereas x = 9, x = 10 and x = 12 were established as secondary basic numbers. High rates of fertility occur in most Passiflora species, since both meiotic index and pollen viability are above 90%. Unusual meiotic behavior has been described in some taxa. Unviable pollen were observed in some diploids species. The genome size varies from 1.83 to 5.36 pg, and significant interspecific variance has been observed. Studies using the FISH methodology have shown that there are two to three rDNA 45S sites and one 5S site in the species analyzed. In this review, information about the above-mentioned studies is presented and discussed in detail.

Microsatellites, or simple sequence repeats (SSRs), have been the most widely applied class of molecular markers used in genetic studies, with applications in many fields of genetics including genetic conservation, population genetics, molecular breeding, and paternity testing. This range of applications is due to the fact that microsatellite markers are co-dominant and multi-allelic, are highly reproducible, have high-resolution and are based on the polymerase chain reaction (PCR). When first introduced, the development of microsatellite markers was expensive but now new and efficient methods of repetitive sequence isolation have been reported, which have led to reduced costs and microsatellite-technology has been increasingly applied to several species, including non-model organisms. The advent of microsatellite markers revolutionized the use of molecular markers but the development of biometric methods for analyzing microsatellite data has not accompanied the progress in the application of these markers, with more effort being need to obtain information on the evolution of the repetitive sequences, which constitute microsatellites in order to formulate models that fit the characteristics of such markers. Our review describes the genetic nature of microsatellites, the mechanisms and models of mutation that control their evolution and aspects related to their genesis, distribution and transferability between taxa. The implications of the use of microsatellites as a tool for estimating genetic parameters are also discussed.

O objetivo deste trabalho foi produzir híbridos somáticos entre laranjas doces e toranjas. Após fusão de protoplastos embriogênicos de laranja doce com protoplastos derivados de mesófilo foliar de toranjas, plantas foram regeneradas por embriogênese somática e aclimatizadas em casa de vegetação. Os híbridos laranja 'Hamlin' + toranja 'Indian Red' e laranja 'Hamlin' + toranja 'Singapura' foram confirmados pela morfologia foliar, contagem do número de cromossomos e análise molecular. Esses híbridos apresentam potencial para serem testados como porta-enxertos tolerantes a declínio, tristeza e doenças causadas por Phytophthora, bem como em programas de melhoramento de porta-enxertos.

This work had as objective to produce citrus somatic hybrids between sweet oranges and pummelos. After chemical fusion of sweet orange embryogenic protoplasts with pummelo mesophyll-derived protoplasts, plants were regenerated by somatic embryogenesis and acclimatized in a greenhouse. The hybrids of 'Hamlin' sweet orange + 'Indian Red' pummelo and 'Hamlin' sweet orange + 'Singapura' pummelo were confirmed by leaf morphology, chromosome counting and molecular analysis. These hybrids have potential to be used directly as rootstocks aiming blight, citrus tristeza virus, and Phytophthora-induced disease tolerance, as well as for rootstocks improvement programs.

A regeneração in vitro de Arachis retusa foi avaliada visando à renovação e conservação de germoplasma. A estabilidade genética de plantas derivadas de eixos embrionários e segmentos apicais foi avaliada por RAPD. Foram analisados dez oligonucleotídeos decâmeros arbitrários, dos quais cinco foram selecionados. Noventa regiões genômicas foram avaliadas, com uma média de 18 loci por clone. Todos os segmentos amplificados foram monomórficos. Estes resultados indicam que as plantas são geneticamente estáveis nas regiões genômicas examinadas e que ambos os processos são adequados para a conservação in vitro do germoplasma de Arachis.

In vitro regeneration of Arachis retusa was examined for the purpose of germplasm renewal and conservation. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting was used to evaluate the genetic stability of plants derived from embryo axes and apical segments. Ten arbitrary decamer primers were screened and five of them were selected. Ninety genomic regions were evaluated, with an average of 18 loci per clone. All amplified segments were monomorphic. The results indicate that recovered plants are genetically stable at the assessed genomic regions and that both regeneration processes are suitable for in vitro germplasm preservation of Arachis species.

A alfafa é uma das espécies mais freqüentemente estudadas do ponto de vista da produção de embriões somáticos derivados da cultura de tecidos. Neste trabalho, cinco cultivares de alfafa foram analisados com referência à capacidade de regenerar plantas a partir de culturas de protoplastos via embriogênese somática. Regeneração de plantas a partir de protoplastos isolados de folhas da cultivar Rangelander foi obtida usando-se um protocolo definido para embriogênese somática derivada de suspensões celulares de alfafa. Em função da sua alta eficiência, recomenda-se o uso deste procedimento para transformação genética de alfafa mediada por eletroporação de protoplastos.

Alfalfa is one of the most frequently studied species from the production of tissue culture-derived embryos point of view. In this study, five alfalfa cultivars were analyzed with reference to their ability to regenerate plants from protoplast cultures via somatic embryogenesis. Plant regeneration from leaf-derived protoplasts isolated from the cultivar Rangelander was achieved using a protocol defined for alfalfa cell suspension-derived embryogenesis. Because of its high efficiency, this procedure is recommended for protoplast electroporation-mediated genetic transformation of alfalfa.

Foram conduzidos experimentos visando à otimização de procedimentos para preparações citológicas de pontas de raiz com alta freqüência de metáfases mitóticas, apresentando cromossomos com morfologia nítida, em espécies pertencentes a dois gêneros de plantas, Passiflora (Passifloraceae) e Crotalaria (Leguminosae). Para o acúmulo de metáfases, bem como de prófases e prometáfases com cromossomos bem condensados, foram avaliados pré-tratamentos de raízes, em que foram utilizadas diferentes combinações de 8-hidroxiquinolina, inibidor do fuso mitótico, com cicloheximida, inibidor da síntese protéica. As preparações foram coradas pelo método de Feulgen. Os melhores resultados foram obtidos com o tratamento com 8-hidroxiquinolina a 300ppm combinado com cicloheximida a 3,125ppm, por 1 hora e 30 minutos para as espécies de Passiflora, e a combinação de 8-hidroxiquinolina a 300ppm + cicloheximida a 6,25ppm também durante 1 hora e 30 minutos para as espécies de Crotalaria. Esta investigação ilustra a situação de dois gêneros de plantas em que a adequação de pré-tratamentos diferiu entre os grupos, e é fundamental para estudos envolvendo comparação do cariótipo das espécies, sobretudo para a detecção de marcadores cromossômicos evidenciados por meio de métodos diversos de citogenética (bandamento-C, bandamento com fluorocromos e hibridação in situ fluorescente).

Experiments were carried out aiming to optimize procedures for cytological preparations of root tips with high frequency of metaphase cells showing clear features of chromosome morphology, in species belonging to two genera of plants, Passiflora (Passifloraceae) and Crotalaria (Leguminosae). For the accumulation of metaphases, as well as prophases and prometaphases with well condensed chromosomes, pretreatments of root tips with different combinations of 8-hydroxiquinoline, a mitotic fuse inhibitor and with cycloheximide, a protein synthesis inhibitor, were evaluated in Feulgen stained preparations. The treatments with 8-hydroxiquinoline at 300ppm + cycloheximide at 3.125ppm, and with 8hydroxiquinoline at 300ppm + cycloheximide at 6.25ppm, both for 1 hour and 30 minutes, were more effective respectively for Passiflora and Crotalaria species. This investigation illustrates a case of differences of pretreatment procedures between two genera of plants, as well as represents a basic work for studies involving the comparison of the karyotype of species belonging to these genera, and especially, for the detection of chromosome markers via several cytogenetic methods (C-banding, fluorescent-chromosome banding and in situ hybridization).

A modified reciprocal recurrent selection (RRS) method, which employed one cycle of high-intensity selection, was applied to two tropical maize (Zea mays L.) populations, BR-105 and BR-106, originating the improved synthetics IG-3 and IG-4, respectively. In the present study the effects of this kind of selection on the genetic structure of these populations and their synthetics were investigated at 30 microsatellite (SSR) loci. A total of 125 alleles were revealed. A reduction in the number of alleles was observed after selection, as well as changes in allele frequencies. In nearly 13% (BR-105) and 7% (BR-106) of the loci evaluated, the changes in allele frequencies were not explained, exclusively due to the effects of genetic drift. The effective population sizes estimated for the synthetics using 30 SSR loci were similar to those theoretically expected after selection. The genetic differentiation (G ST) between the synthetics increased to 77% compared with the original populations. The estimated R ST values, a genetic differentiation measure proper for microsatellite data, were similar to those obtained for G ST. Despite the high level of selection applied, the total gene diversity found in the synthetics allows them to be used in a new RRS cycle.

In order to verify whether genetic distance (GD) is associated with population mean (PM), genetic variance (GV) and the proportion of superior progenies generated by each cross in advanced generations of selfing (PS), the genetic distances between eight soybean lines (five adapted and three non-adapted) were estimated using 213 polymorphic RAPD markers. The genetic distances were partitioned according to Griffing's Model I Method 4 for diallel analysis, i.e., GDij = GD+ GGDi+ GGDj + SGDij. Phenotypic data were recorded for seed yield and plant height for 25 out of 28 populations of a diallel set derived from the eight soybean lines and evaluated from F2:8 to F2:11 generations. No significant correlation for seed yield was detected between GD and GV, while negative correlations were detected between GD and PM and between GD and PS (r = -0.74** and -0.75**, respectively). Similar results were observed for the correlation between GGDi + GGDj and PM and between GGDi + GGDj and PS (r = -0.78** and -0.80**, respectively). No significant correlation was detected for plant height. The magnitudes of the correlations for seed yield were high enough to allow predictions of the potential of the populations based on RAPD markers.

O milho (Zea mays L.) é uma das culturas em que a variabilidade genética tem sido extensivamente estudada com base em locos isoenzimáticos. A variabilidade genética das populações de milho BR-105 e BR-106, e dos sintéticos IG-3 e IG-4, obtidos após um ciclo de seleção recorrente de elevada intensidade, foi investigada para sete locos isoenzimáticos. Foram identificados 20 alelos, sendo que a maioria dos alelos exclusivos foi detectada na população BR-106. Um ciclo de seleção recorrente recíproca (RRS) causou reduções de 12% no número de alelos em ambas populações. Mudanças nas freqüências alélicas foram observadas entre populações e sintéticos, principalmente para o loco Est 2. As populações mostraram similaridade para número de alelos por loco, porcentagem de locos polimórficos, e para heterozigosidade observada e esperada. Houve decréscimo nas estimativas da variabilidade dos sintéticos em conseqüência dos efeitos da deriva genética e redução do tamanho efetivo populacional. A distribuição da diversidade genética dentro e entre as populações revelou que a maior parte da diversidade permaneceu dentro delas, i.e. BR-105 x BR-106 (G ST = 3,5%) e IG-3 x IG-4 (G ST = 4,0%). A distância genética entre as populações e os sintéticos aumentou em torno de 21%. Houve aumento na divergência genética entre as populações, porém sem comprometer novos procedimentos de seleção.

Maize (Zea mays L.) is one of the crops in which the genetic variability has been extensively studied at isoenzymatic loci. The genetic variability of the maize populations BR-105 and BR-106, and the synthetics IG-3 and IG-4, obtained after one cycle of a high-intensity reciprocal recurrent selection (RRS), was investigated at seven isoenzymatic loci. A total of twenty alleles were identified, and most of the private alleles were found in the BR-106 population. One cycle of reciprocal recurrent selection (RRS) caused reductions of 12% in the number of alleles in both populations. Changes in allele frequencies were also observed between populations and synthetics, mainly for the Est 2 locus. Populations presented similar values for the number of alleles per locus, percentage of polymorphic loci, and observed and expected heterozygosities. A decrease of the genetic variation values was observed for the synthetics as a consequence of genetic drift effects and reduction of the effective population sizes. The distribution of the genetic diversity within and between populations revealed that most of the diversity was maintained within them, i.e. BR-105 x BR-106 (G ST = 3.5%) and IG-3 x IG-4 (G ST = 4.0%). The genetic distances between populations and synthetics increased approximately 21%. An increase in the genetic divergence between the populations occurred without limiting new selection procedures.

Realizou-se uma análise anatômica comparativa da embriogênese somática em dois genótipos de soja (Glycine max (L.) Merrill). Os embriões somáticos foram obtidos a partir de explantes cotiledonares excisados de embriões zigóticos imaturos do genótipo PI 123439, adaptado às condições tropicais, e ‘Williams 82’. O meio utilizado para indução da embriogênese somática constituiu-se de sais de Murashige e Skoog,1962, e vitaminas de Gamborg et al., 1968 (MSB) suplementado com 0,8 mg.L-1 de 2,4-D (PI 123439) e 40 mg.L-1 (‘Williams 82’). Estruturas globulares originaram-se a partir de divisões celulares nas camadas subepidérmicas do mesofilo cotiledonar e foram constituídas por células meristemáticas. No genótipo PI 123439, as estruturas globulares apresentaram diferenciação traqueal entre as células meristemáticas e seguiram processos morfogenéticos distintos, dependendo da sua localização ao longo do explante. Para ‘Williams 82’ foram observadas estruturas globulares ao longo de toda a superfície dos explantes cotiledonares. Estas estruturas não apresentaram diferenciação traqueal entre as células meristemáticas e deram origem a embriões somáticos. Esses embriões mostraram uma variedade morfológica, sendo classificados com base no formato e número de cotilédones. A capacidade de conversão dos diferentes tipos morfológicos foi discutida.

A comparative anatomical analysis of somatic embryogenesis in two soybean (Glycine max (L.) Merrill) genotypes was carried out. The somatic embryos were originated from cotyledonary explants obtained from immature zygotic embryos. The medium used for somatic embryogenesis induction was Murashige and Skoog, 1962, salts and Gamborg et al., 1968, vitamins (MSB) supplemented with 0.8 mg.L-1 of 2,4-D for genotype PI 123439 and 40 mg.L-1 of 2,4-D for ‘Williams 82’. Globular structures, constituted by meristematic cells, originated from subepidermal cell divisions of the cotyledonary mesophyll. In PI 123439, the globular structures presented tracheary differentiation among meristematic cells and they could follow distinct morphogenetic process depending on their location along the explant. For ‘Williams 82’ it was observed globular structures along the cotyledonary explant surface. They gave rise to somatic embryos. These embryos showed different morphologies and they were classified based on their shape and number of cotyledons. The ability of these morphological types to convert to plantlets was discussed.