ABSTRACT Brazil experienced one of the fastest increasing numbers of coronavirus disease (COVID-19) cases worldwide. The Sao Paulo State (SPS) reported a high incidence, particularly in Sao Paulo municipality. This study aimed to identify clusters of incidence and mortality of hospitalized patients with severe acute respiratory syndrome for COVID-19 in the SPS, in 2020–2021, and describe the origin flow pattern of the cases. Cases and mortality risk area clusters were identified through different analyses (spatial clusters, spatio-temporal clusters, and spatial variation in temporal trends) by weighting areas. Ripley’s K12-function verified the spatial dependence between the cases and infrastructure. There were 517,935 reported cases, with 152,128 cases resulting in death. Of the 470,441 patients hospitalized and residing in the SPS, 357,526 remained in the original municipality, while 112,915 did not. Cases and death clusters were identified in the Sao Paulo metropolitan region (SPMR) and Baixada Santista region in the first study period, and in the SPMR and the Campinas, Sao Jose do Rio Preto, Barretos, and Sorocaba municipalities during the second period. We highlight the priority areas for control and surveillance actions for COVID-19, which could lead to better outcomes in future outbreaks.

OBJECTIVES: To describe retrospectively severe hospitalized cases and deaths related to the COVID-19 epidemic in the state of São Paulo, starting from the date of the first record with symptoms onset on 02/10/2020 up to 05/20/2021 records. METHODS: This is a descriptive study. The data source used was from the Influenza Epidemiological Surveillance System (SIVEP-Gripe). The rates of incidence, mortality and accumulated incidence in the period were calculated, stratified by age group and Regional Health Department (DRS). In addition, severe cases were geocoded to analyze their spread across the state; and the Effective R, which determines the spread potential of a virus within a population, was calculated. RESULTS: There was a significant increase in severe cases and deaths recorded in the period of one year, with incidence and mortality rates being heterogeneous within the state. The most critical periods regarding the incidence of severe cases occurred between May and July 2020 and between March and April 2021. The DRSs in São José do Rio Preto, Grande São Paulo and Araçatuba concentrated the highest incidence and mortality rates. Severe cases and deaths were more frequent in men and in the population over 60 years, while the main risk conditions related to deaths were heart disease (59%) and diabetes (42,8%). CONCLUSIONS: These results not only provide a detailed profile for more efficient control action plan, but will also allow the historical understanding of the COVID-19 evolution within the state of São Paulo.

OBJETIVOS: Descrever, de forma retrospectiva, os casos graves hospitalizados e óbitos relacionados à epidemia de COVID-19 no estado de São Paulo, desde a data do primeiro registro com início de sintomas em 10/02/2020 até registros disponíveis em 20/05/2021. MÉTODOS: Trata-se de um estudo descritivo realizado por meio da base de dados do Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe (SIVEP-Gripe). Foram calculadas as taxas de incidência, mortalidade e incidência acumulada no período, estratificadas por faixa etária e Departamento Regional de Saúde (DRS). Os casos graves foram geocodificados para análise de seu espalhamento pelo estado e foi calculado o R Efetivo, que estima o potencial de propagação de um vírus dentro de uma população. RESULTADOS: Houve um aumento significativo dos casos graves e óbitos registrados no período de um ano, sendo que as taxas de incidência e mortalidade foram heterogêneas dentro do estado. Os períodos mais críticos em relação à incidência de casos graves ocorreram entre maio e julho de 2020 e entre março e abril de 2021. Os DRS de São José do Rio Preto, Grande São Paulo e Araçatuba concentraram as maiores taxas de incidência e mortalidade. Os casos graves e óbitos foram mais frequentes nos homens e na população acima de 60 anos, e as principais condições de risco relacionadas aos óbitos foram cardiopatia (59%) e diabetes (42,8%). CONCLUSÕES: Espera-se que esses resultados ofereçam embasamento e possam contribuir para uma ação de controle mais eficiente, além de permitir o entendimento histórico da evolução da COVID-19 no estado.

Abstract INTRODUCTION: Ourinhos is a municipality located between the Pardo and Paranapanema rivers, and it has been characterized by the endemic transmission of schistosomiasis since 1952. We used geospatial analysis to identify areas prone to human schistosomiasis infections in Ourinhos. We studied the association between the sewage network, co-occurrence of Biomphalaria snails (identified as intermediate hosts [IHs] of Schistosoma mansoni), and autochthonous cases. METHODS: Gi spatial statistics, Ripley’s K12-function, and kernel density estimation were used to evaluate the association between schistosomiasis data reported during 2007-2016 and the occurrence of IHs during 2015-2017. These data were superimposed on the municipality sewage network data. RESULTS: We used 20 points with reported IH; they were colonized predominantly by Biomphalaria glabrata, followed by B. tenagophila and B. straminea. Based on Gi statistics, a significant cluster of autochthonous cases was superimposed on the Christoni and Água da Veada water bodies, with distances of approximately 300 m and 2200 m from the points where B. glabrata and B. straminea were present, respectively. CONCLUSIONS: The residence geographical location of autochthonous cases allied with the spatial analysis of IHs and the coverage of the sewage network provide important information for the detection of human-infection areas. Our results demonstrated that the tools used for direct surveillance, control, and elimination of schistosomiasis are appropriate.

RESUMO: Objetivo: Descrever, de forma retrospectiva, os casos graves de pacientes hospitalizados e os óbitos relacionados à epidemia de COVID-19 no estado de São Paulo, desde a data do primeiro registro, com início de sintomas em 10 de fevereiro de 2020 até registros disponíveis em 20 de maio de 2021. Métodos: Trata-se de um estudo descritivo realizado por meio da base de dados do Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe. Foram calculadas as taxas de incidência, mortalidade e incidência acumulada no período, estratificadas por faixa etária e agrupadas de acordo com cada Departamento Regional de Saúde. Os casos graves foram geocodificados para a análise de seu espalhamento pelo estado e foi calculado o R efetivo, que estima o potencial de propagação de um vírus em uma população. Resultados: Houve aumento significativo dos casos graves e óbitos registrados no período de um ano, e as taxas de incidência e mortalidade foram heterogêneas no estado. Os períodos mais críticos em relação à incidência de casos graves ocorreram entre maio e julho de 2020 e entre março e abril de 2021. Os Departamentos Regionais de Saúde de São José do Rio Preto, Grande São Paulo e Araçatuba concentraram as maiores taxas de incidência e mortalidade. Os casos graves e óbitos foram mais frequentes nos homens e na população acima de 60 anos, e as principais condições de risco relacionadas aos óbitos foram cardiopatia (59%) e diabetes (42,8%). Conclusões: Espera-se que esses resultados ofereçam embasamento e possam contribuir para uma ação de controle mais eficiente da COVID-19, além de permitir o entendimento histórico de sua evolução no estado.

ABSTRACT: Objectives: To retrospectively describe severe cases of hospitalized patients and deaths related to the COVID-19 epidemic in the state of São Paulo, starting from the date of the first record, with symptoms onset on 02/10/2020 up to 05/20/2021. Methods: This is a descriptive study carried out using the Influenza Epidemiological Surveillance System (Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe - SIVEP-Gripe) database. The rates of incidence, mortality, and accumulated incidence in the period were calculated, stratified by age group and Regional Health Department (RHD). In addition, severe cases were geocoded to analyze their spread across the state; and the Effective R, which determines the spread potential of a virus within a population, was calculated. Results: There was a significant increase in severe cases and deaths recorded in the period of one year, with incidence and mortality rates being heterogeneous within the state. The most critical periods regarding the incidence of severe cases occurred between May and July 2020 and between March and April 2021. The RHD in São José do Rio Preto, Expanded São Paulo, and Araçatuba concentrated the highest incidence and mortality rates. Severe cases and deaths were more frequent in men and in the population over 60 years, while the main risk conditions related to deaths were heart disease (59%) and diabetes (42,8%). Conclusions: These results not only provide a detailed profile for more efficient control action plan, but will also allow the historical understanding of the COVID-19 evolution within the state of São Paulo.

RESUMO: Objetivo: Descrever, de forma retrospectiva, os casos graves de pacientes hospitalizados e os óbitos relacionados à epidemia de COVID-19 no estado de São Paulo, desde a data do primeiro registro, com início de sintomas em 10 de fevereiro de 2020 até registros disponíveis em 20 de maio de 2021. Métodos: Trata-se de um estudo descritivo realizado por meio da base de dados do Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe. Foram calculadas as taxas de incidência, mortalidade e incidência acumulada no período, estratificadas por faixa etária e agrupadas de acordo com cada Departamento Regional de Saúde. Os casos graves foram geocodificados para a análise de seu espalhamento pelo estado e foi calculado o R efetivo, que estima o potencial de propagação de um vírus em uma população. Resultados: Houve aumento significativo dos casos graves e óbitos registrados no período de um ano, e as taxas de incidência e mortalidade foram heterogêneas no estado. Os períodos mais críticos em relação à incidência de casos graves ocorreram entre maio e julho de 2020 e entre março e abril de 2021. Os Departamentos Regionais de Saúde de São José do Rio Preto, Grande São Paulo e Araçatuba concentraram as maiores taxas de incidência e mortalidade. Os casos graves e óbitos foram mais frequentes nos homens e na população acima de 60 anos, e as principais condições de risco relacionadas aos óbitos foram cardiopatia (59%) e diabetes (42,8%). Conclusões: Espera-se que esses resultados ofereçam embasamento e possam contribuir para uma ação de controle mais eficiente da COVID-19, além de permitir o entendimento histórico de sua evolução no estado.

ABSTRACT: Objectives: To retrospectively describe severe cases of hospitalized patients and deaths related to the COVID-19 epidemic in the state of São Paulo, starting from the date of the first record, with symptoms onset on 02/10/2020 up to 05/20/2021. Methods: This is a descriptive study carried out using the Influenza Epidemiological Surveillance System (Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe - SIVEP-Gripe) database. The rates of incidence, mortality, and accumulated incidence in the period were calculated, stratified by age group and Regional Health Department (RHD). In addition, severe cases were geocoded to analyze their spread across the state; and the Effective R, which determines the spread potential of a virus within a population, was calculated. Results: There was a significant increase in severe cases and deaths recorded in the period of one year, with incidence and mortality rates being heterogeneous within the state. The most critical periods regarding the incidence of severe cases occurred between May and July 2020 and between March and April 2021. The RHD in São José do Rio Preto, Expanded São Paulo, and Araçatuba concentrated the highest incidence and mortality rates. Severe cases and deaths were more frequent in men and in the population over 60 years, while the main risk conditions related to deaths were heart disease (59%) and diabetes (42,8%). Conclusions: These results not only provide a detailed profile for more efficient control action plan, but will also allow the historical understanding of the COVID-19 evolution within the state of São Paulo.

Resumo: Foi realizado estudo morfológico e molecular de Biomphalaria occidentalis, B. oligoza, B. peregrina, B. schrammi, B. straminea e B. tenagophila coletados em 55 pontos situados ao longo da bacia hidrográfica do Alto Rio Tietê a sudoeste do Brasil. A análise morfológica levou em consideração aspectos da concha, manto, órgãos excretores e sistema reprodutor. Os dados moleculares incluíram 122 sequências do gene mitocondrial Citocromo C Oxidase I (COI). Nossos resultados mostram que alguns caracteres da concha, bem como outros relacionados ao manto e ao sistema reprodutor foram aqui considerados fundamentais na determinação das seis Biomphalaria tratadas neste estudo. A utilização do DNA Barcode simultaneamente com a taxonomia morfológica gerou resultados mais fidedignos, demonstrando ser uma abordagem bastante útil, inclusive, para os serviços de vigilância malacológica.

Abstract: Morphological and molecular identifications were carried out for Biomphalaria occidentalis, Biomphalaria oligoza, Biomphalaria peregrina, Biomphalaria schrammi, Biomphalaria straminea and Biomphalaria tenagophila collected from 55 sites located along the upper basin of Tietê River in the Southeast Region of Brazil. Morphological analysis considered aspects of the shell, mantle, excretory organs and reproductive system. Molecular data included 122 sequences of Cytochrome C Oxidase I gene (COI). Our results showed that some shell characters, as well as other characters related to the mantle and the reproductive system, are fundamental for the identification of the six Biomphalaria species included in this study. The use of DNA barcoding together with morphological taxonomy generated more reliable results, proving to be a very useful approach, even for malacological surveillance services.

Resumo: A região do Médio Rio Paranapanema, em São Paulo, Brasil abriga uma diversidade significativa das espécies de Biomphalaria. É também uma região vulnerável a impactos ambientais e de saúde, como a esquistossomose. Este estudo atualiza dados sobre a distribuição de caramujos de água doce em ecossistemas de uma porção da Bacia do Médio Rio Paranapanema, com ênfase no gênero Biomphalaria. Os caramujos foram coletados de 114 corpos distintos de água doce, entre 2015 e 2018. Exemplares pertencentes ao gênero Biomphalaria foram identificados de acordo com características morfológicas e moleculares, enquanto animais de outros gêneros (Drepanotrema, Lymnaea, Melanoides, Physa e Pomacea) foram identificados somente de acordo com características da concha. Ferramentas de análise geoespaciais foram utilizadas para atualizar os sítios de colonização dos caramujos e, consequentemente, auxiliar na identificação de possíveis pontos críticos para hospedeiros intermediários da esquistossomose. As sequências do gene COI relacionadas ao DNA barcode foram testadas quanto à similaridade com sequências encontradas no GenBank, por análise filogenética sob maxima verossimilhança, e analisadas em ABDG, bPTP e GMYC para a delimitação de espécies putativas. Dos 10.722 moluscos coletados, 86,7% pertenciam a família Planorbidae (75,5% Biomphalaria e 11,2% Drepanotrema) e 13,3% a Lymnaea spp., Melanoides spp., Physa spp. e Pomacea spp. A comparação das sequências taxonômicas de COI com o banco de dados de nucleotídeos do NCBI, e a análise filogenética usada para testar a monofilia dos grupos, resultaram em delimitações taxonômicas comparáveis à delimitação morfológica. As espécies B. glabrata e B. tenagophila estão heterogeneamente distribuídas ao longo da área de estudo. B. glabrata foi identificada em apenas cinco coleções de água doce, quatro delas em Ourinhos, enquanto B. tenagophila predominou em Ipaussu. Por outro lado, B. straminea, B. occidentalis e B. peregrina estão distribuídas uniformemente na área de estudo.

Abstract: The Middle Paranapanema River region of São Paulo, Brazil is home to significant diversity of Biomphalaria species and is very vulnerable to health and environmental impacts such as schistosomiasis. This study updates freshwater malacological surveys for ecosystems in one portion of the Middle Paranapanema River Basin, with emphasis on the genus Biomphalaria. Snails were collected from 114 distinct bodies of water between 2015 and 2018. Biomphalaria specimens were identified according to morphological and molecular characteristics, while animals in other genera (Drepanotrema, Lymnaea, Melanoides, Physa and Pomacea) were identified solely according to shell characteristics. A geographic information system was used to update intermediate host colonization sites and consequently assist in identifying probable hotspots for intermediate hosts of schistosomiasis. The sequences of the COI gene relating to the DNA barcode stretch were tested for similarity against sequences found in GenBank, for monophyly through Maximum Likelihood phylogenetic inference, and analyzed in ABDG, bPTP and GMYC for the delimitation of putative species. Of the 10,722 snails collected, 86.7% were in the Planorbidae family (75.5% Biomphalaria and 11.2% Drepanotrema) and 13.3% were other non-Planorbidae species (Lymnaea, Melanoides, Physa and Pomacea). The taxonomic COI reference sequences in the NCBI nucleotide database used for DNA sequence comparison, and phylogenetic analysis used to test the monophyly of the groups, resulted in more reliable taxonomic units than delimitation of the COI sequences in MOTUs using statistical taxonomic models. Analysis of the species distribution shows that B. glabrata and B. tenagophila are heterogeneously distributed in the study area. B. glabrata colonizes only five water bodies, in the study area, most of them in Ourinhos, while B. tenagophila predominates in water bodies in Ipaussu. Contrasting with this, B. straminea, B. occidentalis and B. peregrina are evenly distributed throughout the study area.

Abstract INTRODUCTION: The Middle Paranapanema watershed is known for the transmission of schistosomiasis, and there have been autochthonous cases since 1952. This study aimed to describe this disease in space and time and evaluate its current importance as a public health problem. METHODS: Thematic maps showing the risk areas for transmission of schistosomiasis, using scan statistics, and flow maps were created in the period 1978-2016. Incidence was calculated, and the existence of spatial dependence between autochthonous and imported cases was evaluated using Ripley’s K12-function. Species of snails were identified in high-risk clusters. RESULTS: A total of 1,511 autochthonous cases were reported in eight of the 25 municipalities in the study area, of which 92.8% occurred in Ourinhos. A total of 2,189 imported cases were reported (27% in Ourinhos and 20% in Assis), mainly originating in the states of Paraná and Minas Gerais. Clusters of autochthonous and imported cases with higher risk were identified in Ourinhos, Assis and Ipaussu. However, over the years, the cases began to occur in low density in Ourinhos and no longer in other municipalities in the region. The cluster detected in the period 2007-2016 in Ourinhos still has risk for the transmission of schistosomiasis. K12-function analysis indicated positive spatial dependence between autochthonous and imported cases. CONCLUSIONS: The study showed that, currently, schistosomiasis as a public health problem in Middle Paranapanema is restricted to Ourinhos. This fact may be related to the presence of Biomphalaria glabrata at a specific point and low coverage of basic sanitation.

Neste trabalho analisamos a distribuição atual de caramujos do gênero Biomphalaria nos setores norte e sul da planície fluvial da costa litorânea de São Paulo. A região está inserida numa extensa planície costeira inundável. Os dados de 29 sítios de coletas confirmam que a coleção de água doce em ambos os setores é colonizada por Biomphalaria tenagophila e Biompalaria straminea. Ambas as espécies são hospedeiras intermediárias naturais do Schistosoma mansoni. A abundânciade B. straminea em sítios de coleta em que foram registrados recentemente apenas B. tenagophila, indica o potencial de expansão de B. straminea na região. A análise quantitativa de espécimes/espécie demonstra que o crescimento local das populações de B. tenagophila ocorre em períodos de baixa pluviosidade. Há maior risco de dispersão das populações de B. tenagophila entre diferentes coleções de água em períodos úmidos, quando a alta pluviosidade promove a cheia dos principais rios e inundações decorrentes do escoamento de água da Serra do Mar para a planície costeira. O aumento da temperatura causada por alterações climáticas globais, e consequentemente o aumento de cheias e inundações, deve interferir na distribuição dos caramujos na planície fluvial do litoral, com risco de alteração na transmissão autóctone da esquistossomose nesta região.

We analyze the current distribution of snails from genus Biomphalaria in the north and south of the coastal fluvial plain in the state of São Paulo, which is part of a large coastal floodplain. Data from twenty-nine collection sites confirmed that the freshwater body in both regions is colonized by Biomphalaria tenagophila and Biomphalaria straminea, which are natural intermediate hosts of Schistosoma mansoni. The abundance of B. straminea in collection sites where only B. tenagophila had previously been recorded indicates the potential for B. straminea to expand in the region. While quantitative analysis of the number of specimens per species showed that local growth of B. tenagophila populations occurs during periods with little rainfall, there is a greater risk of B. tenagophila populations spreading between different water bodies during rainy periods, when heavy rainfall results in water levels rising in the main rivers and flooding caused by water flowing from the Serra do Mar mountain range to the coastal plain. The temperature increase caused by global climate changes and the consequent increasing frequency of high-water levels and floods can be expected to affect the distribution of these snails on the coastal fluvial plain, leading to the risk of a change in the autochthonous transmission pattern of schistosomiasis in the region.