Chloroquine is a drug belonging to the aminoquinoline family that is widely used for treating diseases such as lupus, cancer, and malaria. In this sense, the present work describes the development of a simple method based on electrogenerated chemiluminescence (ECL) and a screen-printed carbon electrode (SPE) modified with carbon black for chloroquine determination. The carbon black modified SPE was characterized by scanning electron microscopy, Raman spectroscopy, cyclic voltammetry and linear sweep voltammetry to obtain the ECL-potential curves. The ECL method is based on the chemiluminescence resulting from the interaction between chloroquine and the tris(2’2-bipyridyl) ruthenium(II) complex. Under optimized experimental conditions, the method showed a wide linear working range between 0.5 and 500 µmol L-1. The method presented good precision and accuracy in drug samples used in the treatment of malaria and artificial urine sample, showing recovery values from 100 to 103% and 99 to 103%, respectively.

Resumo Doru luteipes (Scudder, 1876) é um predador onívoro, que encontra na planta do milho diferentes recursos alimentares: ovos de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith, 1797), uredósporos de Puccinia polysora (Underw, 1897) e pólen. Para definição da relevância desse predador como agente de controle biológico, conhecer a sobrevivência e preferência alimentar é essencial. Nós hipotetizamos que o comportamento de forrageamento e a capacidade de predação de D. luteipes podem ser afetados quando uma mesma planta oferece ovos, uredósporos e pólen, concomitantemente. A sobrevivência de D. luteipes na fase de ninfa e sua preferência entre os recursos alimentares, frequentemente disponíveis nas plantas de milho, foram determinados. Para verificar a sobrevivência de D. luteipes, ninfas recém eclodidas foram alimentadas exclusivamente com 1- uredósporos de P. polysora, 2- ovos de S. frugiperda, 3- pólen de milho, 4- combinação de uredósporos + ovos e 5- dieta artificial (controle). Em outro experimento, ninfas e adultos de D. luteipes com 24 e 48 horas de jejum foram liberadas individualmente, em recipientes contendo quatro dietas: 1- uredósporos de P. polysora, 2- ovos de S. frugiperda, 3- pólen de milho, 4- dieta artificial e mantidas durante 10 min, sendo avaliados a escolha pelo alimento e o tempo de alimentação. A alimentação exclusiva com ovos de S. frugiperda ocasionou baixa sobrevivência das ninfas (8%), porém a combinação de uredósporos de P. polysora + ovos de S. frugiperda possibilitou sobrevivência de 58,3%. D. luteipes preferiu se alimentar durante o período noturno e as maiores proporções de escolhas das ninfas e dos adultos ocorreram no pólen e na dieta, sendo que os adultos gastaram mais tempo se alimentando de pólen. Estas descobertas indicam que as escolhas tróficas de D. luteipes são relevantes para compreender sua contribuição como agente de controle de insetos-praga e doença fúngicas em milho.

Abstract Doru luteipes (Scudder, 1876) is an omnivorous predator that finds different food resources in the corn plant: eggs of Spodoptera frugiperda (J.E. Smith, 1797), uredospores of Puccinia polysora (Underw, 1897), and pollen. Knowing the survival and food preferences of this predator is essential to define its relevance as a biological control agent. We hypothesize that the foraging behavior and predatory capacity of D. luteipes may be affected when several food resources, especially eggs of S. frugiperda, uredospores of P. polysora, and pollen are concurrently in the same plant. The survival of D. luteipes in the nymph stage and their preference among food resources, often available in corn plants, were determined. To verify the survival of D. luteipes, newly hatched nymphs were fed exclusively with 1- uredospores of P. polysora, 2- eggs of S. frugiperda, 3- corn pollen, 4- a combination of uredospores + eggs, and 5- artificial diet (control). In another experiment, nymphs and adults of D. luteipes with 24 and 48 hours of fasting were individually released in the center of a container with four diets: 1- uredospores of P. polysora, 2- eggs of S. frugiperda, 3- corn pollen, 4- artificial diet, and maintained for 10 minutes, to evaluate the food choice and feeding time. The exclusive feeding with S. frugiperda eggs caused low nymph survival (8%), but the combination of P. polysora uredospores + S. frugiperda eggs allowed 58.3% survival. D. luteipes preferred feeding during the nighttime and the most significant proportions of choices by nymphs and adults were for pollen and diet, with adults spending more time eating pollen. These findings indicate that the trophic choices of D. luteipes are relevant to understand its contribution as an agent to control pest insects and fungal diseases in corn.

RESUMEN Las poblaciones silvestres de plantas endémicas presentes en los ecosistemas del noroeste de México muestran variabilidad entre las de la misma especie. El torote prieto (Bursera laxiflora) es una planta con usos medicinales. El objetivo de este trabajo fue evaluar la existencia de ejemplares de torote prieto y realizar mediciones dasométricas en dos sitios silvestres. Los resultados obtenidos de acuerdo a la población de torote prieto en cada sitio arrojaron para el S1 la presencia de 74 plantas ha-1, mientras que en el S2 fueron 58 plantas ha-1, con una diferencia del 21,32%. Dichas poblaciones muestran que en el S1 se observa un ejemplar cada 135,13 m2 y en el S2 una planta cada 172,41 m2. Las mediciones dasométricas evaluadas no presentaron diferencias significativas (P > 0,05). En relación con la altura, en el S1 se observó un promedio de 2,52 metros, mientras que en el S2 las plantas alcanzaron 2,25 metros. En la cobertura aérea el promedio para S1 fue de 4,54 m2, mientras que en el S2 de 3,64 m2. Con respecto al promedio de la cobertura basal, las plantas evaluadas para el S1 presentaron 283,45 cm2 y en el S2 190,24 cm2. Los resultados obtenidos en esta evaluación demostraron que las plantas tienen el mismo comportamiento en su altura, cobertura aérea y basal. Por lo tanto, las plantas son similares en su estructura fenotípica en ambos sitios.

ABSTRACT The wild populations of endemic plants present in the ecosystems of northwestern Mexico show variability between populations of the same species. The black torote (Bursera laxiflora) is a plant with medicinal uses. The objective of this work was to evaluate the existence of black bull specimens as well as dasometric measurements in two wild sites. The results obtained according to the population of black torote in each site, for S1, there were 74 plants ha- 1 while in S2 there were 58 plants ha- 1 , showing an increase of 21.32% in S1, these populations show that in S1 there is one specimen in every 135.13 m 2 and in S2 a plant is located in every 172.41 m2. The evaluated dasometric measurements did not show significant differences (P> 0.05), in relation to height, in S1 an average of 2.52 meters was presented, in S2 the plants presented 2.25 meters. The average aerial coverage for S1 was 4.54 m2, while for S2 the average was 3.64 m2. Regarding the average basal coverage, the plants evaluated for S1 showed 283.45 cm 2 and S2 was 190.24 cm 2 . The results obtained in this evaluation show that the plants have the same bghavior in their height, aerial and basal coverage, therefore the plants are similar in their phenotypic structure in both sites.

Chikungunya virus (CHIKV) is a re-emerging disease caused by an alphavirus of the Togaviridae family. Since its first description in 1952, the disease has spread worldwide, affecting populations in both tropical and temperate countries. To date, there is no licensed vaccine or specific pharmacological treatment. Therefore, there is an increasing urgency in developing new antiviral drugs capable of specifically inhibiting viral replication. In the present work, we report the synthesis and antiviral activity evaluation of nineteen naphthoquinone derivatives, containing a sulfonamide or sulfonate group. Cell viability assays indicated a low toxic potential for all tested compounds and inhibitory assays against CHIKV identified five compounds with potent activity. The compounds were also evaluated for their virucidal potential, and the results demonstrated that compound 11a exhibited a virucidal effect higher than 70% in the treatment with 20 µM. Furthermore, in silico studies were performed to predict the antiviral drug targets.

The study of the spectrum of light has increased its range of action in the field of chemistry, with the help of several advanced equipment and innovative techniques that have become a strong ally of analytical chemistry. However, the simplicity of obtaining results integrated with mobile devices appears as an interesting path to be taken in the field of chemical analysis. This work addresses the dissemination of an application called REDGIM for smartphones on the Android platform capable of working with multivariate image analysis using chemometric methods through the luminous intensities of photos and R (red), G (green) and B (blue) channels. In order to show the potential of REDGIM, we propose two applications using the partial least squares (PLS) regression method: 1) quantification of free chlorine in tap water; and 2) quantification of cannabinol, (CBN, a type of cannabinoid) in marijuana and hashish samples. The free chlorine concentration obtained for two investigated samples was 0.73 and 0.74 mg L-1 and 0.74 and 0.76 mg L-1 by the spectrophotometer and by the application (container: cuvette), respectively. For the quantification of CBN in marijuana and hashish samples, the mean concentration ranged from 6.137 to 8.823 mg mL-1. The results obtained by the application are compatible with results from traditional techniques, such as UV-Vis spectrophotometry, for example. Therefore, REDGIM was proved to be a simple and accessible technological tool for the scientific community, being viable for chemical tests of a multivariate nature.

Resumo Relatamos a descoberta de que o predador Doru luteipes (Scudder, 1876) (Dermaptera: Forficulidae) se alimenta de uredosporos de Puccinia polysora Underw, o agente causal da ferrugem polisora que é uma doença primária que afeta a cultura do milho no Brasil. Realizamos experimentos em laboratório e em casa de vegetação para testar o efeito da fungivoria de D. luteipes (1º/2º e 3º/4º iìstares e adultos) sobre a concentração de uredosporos de P. polysora. Todos os ensaios mostraram uma redução significativa da concentração inicial de uredosporos. Houve uma redução na concentração de uredosporos com o aumento do número de D. luteipes alimentando-se deles. Também testamos o consumo de uredosporos quantificando sua porcentagem nas fezes de D. luteipes. Ninfas do 2º e 4º ínstar, assim como adultos, alimentaram-se de 88%, 85% e 83,8% dos uredosporos, respectivamente. Para ninfas do 3º ínstar, a porcentagem de consumo de uredosporos (75,6%) foi estatisticamente significativo em comparação com os outros grupos. No experimento em casa de vegetação, aos 28 dias após a inoculação das plantas com 9,9 x 104 uredosporos, a porcentagem de consumo de uredosporos foi de 81,7%. Nossos resultados confirmaram a fungivoria de D. luteipes em uredosporos de P. polysora. Este é o primeiro relato de fungivoria de D. luteipes, que pode ter papel importante no controle biológico de P. polysora em milho.

Abstract We report the discovery that the earwig predator Doru luteipes (Scudder, 1876) (Dermaptera: Forficulidae) feed on Puccinia polysora Underw uredospore, the causal agent of Southern Rust of Corn (SRC), which is a primary disease affecting the maize crop in Brazil. We performed experiments in laboratory and greenhouse to test the effect of D. luteipes (1st/2nd and 3rd/4th instars, and adults) fungivory on the P. polysora uredospore concentration. All trials showed a significant reduction of the initial concentration of uredospore. There was a reduction in uredospore concentration with increase in number of D. luteipes feeding on them. We also tested the uredospore consumption by quantifying its percentage in the feces of D. luteipes. Nymphs of the 2nd, 4th instar and adults fed 88%, 85%, and 83.8% of the uredospore, respectively. For nymphs of the 3rd instar, the percentage of uredospore consumption (75.6%) was statistically significant compared with the other groups. In greenhouse experiment, at twenty-eight days after plant inoculation with 9.9 x 104 uredospores, the percentage of uredospore consumption was 81.7%. Our results confirmed the fungivory of D. luteipes on P. polysora uredospore. This is the first report of D. luteipes fungivory, which may play an important role in the biological control of P. polysora in corn.

Resumo Hymenaea martiana é uma espécie popularmente conhecida no Nordeste do Brasil como “jatobá” e usada na medicina popular para tratar a dor e a inflamação. O objetivo deste trabalho foi avaliar a atividade antinociceptiva e anti-inflamatória de H. martiana. No presente estudo, foram avaliados os efeitos do extrato etanólico bruto (Hm-EtOH) e da fração acetato de etila (Hm-AcOEt) em modelos de nocicepção e inflamação em camundongos. Foram utilizados estímulos químicos (contorções abdominais induzidas por ácido acético e teste da formalina) e estímulo térmico (teste da placa quente) para avaliação da atividade antinociceptiva, enquanto no perfil anti-inflamatório foi utilizado o teste do edema de pata induzido por carragenina e migração de leucócitos para a cavidade peritoneal. A presença do flavonoide astilbina nas amostras foi caracterizada através de análise por CLAE-DAD-EM. Hm-EtOH e o Hm-AcOEt (100, 200 e 400 mg.kg-1, i.p.) reduziram significativamente o número de contorções abdominais e diminuíram o tempo de lambida da pata no teste da formalina. No teste da placa quente, houve aumento do tempo de latência dos animais. Hm-EtOH e Hm-AcOEt inibiram significativamente o aumento do edema após a administração de carragenina, bem como inibiram a migração de leucócitos no teste de peritonite. A análise por CLAE-DAD-EM de Hm-EtOH e Hm-AcOEt revelou a presença do flavonoide astilbina nas amostras. De acordo com os resultados deste estudo, tanto Hm-EtOH quanto o Hm-AcOEt possuem atividades antinociceptiva e anti-inflamatória, o que pode estar relacionado à presença do flavonoide. Os resultados reforçam o uso popular desta planta.

Abstract Hymenaea martiana is a species popularly known in Northeastern Brazil as “jatobá” and used in folk medicine to treat pain and inflammation. The aim of this work was to evaluate the antinociceptive and anti-inflammatory activity of H. martiana. In the present study, we carried out an investigation about the effects of the crude ethanolic extract (Hm-EtOH) and the ethyl acetate fraction (Hm-AcOEt) in models of nociception and inflammation in mice. Chemical (acetic acid-induced writhing and formalin) and thermal stimuli (hot plate) were used for the evaluation of antinociceptive activity, while for the anti-inflammatory profile paw edema induced by carrageenan was used, along with leukocyte migration to the peritoneal cavity. The presence of the flavonoid astilbin in the samples was characterized through HPLC-DAD-MS analysis. Hm-EtOH and Hm-AcOEt (100, 200 and 400 mg.kg-1, i.p.) significantly reduced the number of abdominal contortions and decreased the paw licking time in the formalin test. In the hot plate, the extract increased the latency time of animals. Hm-EtOH and Hm-AcOEt inhibited significantly the increase in the edema after the administration of carrageenan. Hm-EtOH and Hm-AcOEt inhibited leukocyte migration in the peritonitis test. HPLC-DAD-MS analysis of Hm-EtOH and Hm-AcOEt revealed the presence of the flavonoid astilbin in the samples. According to the results of this study, both Hm-EtOH and Hm-AcOEt have antinociceptive and anti-inflammatory activities, which could be related with the presence of flavonoid in the extracts. The results reinforce the popular use of this plant.

Resumo Os ácaros nasais são comumente encontrados em beija-flores (Apodiformes). Na maioria dos casos, os ácaros foram relatados como endoparasitas, parasitando o sistema respiratório, particularmente as câmaras nasais anteriores, a laringe, a traqueia, os pulmões e os sacos aéreos e conjuntivais. No entanto, alguns ácaros são transportados apenas por beija-flores, pois flores servem como fonte de nutrientes para esses pequenos ácaros, assim como para Apodiformes tropicais alimentados de néctar em seu habitat natural. De agosto de 2012 a maio de 2014, beija-flores foram capturadas com redes de neblina e examinadas quanto à presença de ácaros nasais (identificados de acordo com chaves específicas) nos biomas Pantanal e Cerrado, no estado do Mato Grosso, Centro-Oeste do Brasil. No total, 76 exemplares Apodiformes da família Trochilidae foram capturados e 20 fêmeas de ácaros nasais, identificados como pertencentes ao gênero Rhinoseius, foram coletados de oito hospedeiros (10,5%), das seguintes espécies: Amazilia fimbriata, Amazilia versicolor, Eupetonema macroura e Thalurania furcata. Rhinoseius spp. foi relatado em muitos ecossistemas nas Américas, incluindo o Brasil, no entanto, este é o primeiro relato em Apodiformes do bioma Pantanal. Os ácaros foréticos não são responsáveis por danos diretos à população de Apodiformes, pois não são patogênicos. No entanto, eles competem por comida com beija-flores e diminuem a quantidade de comida disponível no ambiente. Eles também afetam a dinâmica reprodutiva das plantas, se alimentam de pólen e interferem nas interações da biodiversidade em que vivem.

Abstract Nasal mites are commonly found in hummingbirds (Apodiformes). In most cases, endoparasitic mites were reported to parasitize the respiratory system, particularly the anterior nasal chambers, larynx, trachea, lungs, and the air and conjunctival sacs. However, some mites are only carried by hummingbirds, because flowers serving as a nutrient source for these small mites, such as for Apodiformes, a tropical nectar-feeding in their natural habitat. From August 2012 to May 2014, humminbirds were captured using mist nets, and examined for the presence of nasal mites (identified according to specific keys) in the Pantanal, and Cerrado biomes, from the Mato Grosso state, midwestern Brazil. Overall, 76 Apodiform specimens, from the Trochilidae family were captured, and 20 female nasal mites, identified as being from the Rhinoseius genus, were collected from eight hosts (10.5%), of the following species: Amazilia fimbriata, Amazilia versicolor, Eupetonema macroura, and Thalurania furcata. The Rhinoseius spp. has been reported on, in many ecosystems in the Americas, including Brazil, however, this is the first report on Apodiformes from the Pantanal biome. Phoretic mites are not responsible for direct damage to the population of Apodiformes, as they are not pathogenic. However, they compete for food with hummingbirds and decrease the quantity of food available in the environment. They also affect the reproductive dynamics of plants, feed on pollen, and interfere with the intricacies of the biodiversity where they live.

ABSTRACT The objective was to evaluate the insecticidal activity of essential oils Citrus aurantium (Linnaeus) (Rutaceae), Citrus sinensis (Linnaeus) (Rutaceae) and the majoritary component Limonene; and essential oils Piper spp. (Linnaeus) (Piperaceae); Syzygium aromaticum (Merrill & Perry) (Myrteraceae); Cinnamomum zeylanicum (Presl) (Lauraceae); Zingiber officinale (Roscoe) (Zingiberaceae) and Rosmarinus officinalis (Linnaeus) (Lamiaceae) about first instar larvae of H. armigera. The extraction of essential oils was performed by hydrodistillation technique using the Clevenger modified. Provided 2 mL of the solution of each essential oil at 2% (v.v -1 ) concentration on first instar larvae of H. armigera, using an airbrush with pressure 15 lb/in 2 . Ten rep licates were performed for each treatment, with 10 caterpillars per replicate. It was evaluated the acute toxicity of essential oils by dead caterpillars count after 48 hours treated. Essential oils C.aurantium, the majoritary component Limonene, C. sinensis, R. officinalis, C. zeylanicum, S. aromaticum, Z. officinale and Piper spp. showed mortality of97, 94, 87, 9, 8, 3, 2 and 0% respectively. Essential oils of Citrus spp. genus were emphasized showing the highest percentage of mortality, being an alternative for developing new active molecules form organic compounds, which can be incorporated into a biological control program for H. armigera.

RESUMEN El objetivo de este estudio fue evaluar la actividad insecticida de los aceites esenciales Citrus aurantium (Linnaeus) (Rutaceae), Citrus sinensis (Linnaeus) (Rutaceae) y el componente mayoritario Limoneno, y aceites esenciales Piper spp. (Linnaeus) (Piperaceae), Syzygium aromaticum (Merrill & Perry) (Myrteraceae), Cinnamomum zeylanicum (Presl) (Lauraceae), Zingiber officinale (Roscoe) (Zingiberaceae) y Rosmarinus officinalis (Linnaeus) (Lamiaceae) sobre larvas de primer instar de H. armígera. La extracción de los aceites esenciales se realizó mediante la técnica de hidrodestilación utilizando el Clevenger modificado. Se proporcionaron 2 ml de la solución de cada aceite esencial a una concentración del 2% (v.v^1) sobre larvas de primer instar de H. armígera, utilizando un aerógrafo con presión de 15 lb/in2. Se realizaron diez réplicas por cada tratamiento, con diez larvas por cada repetición. Se evaluó la toxicidad aguda de los aceites esenciales mediante el recuento de larvas muertas después de 48 horas de ser tratadas. Los aceites esenciales C. aurantium, el componente mayoritario Limoneno, C. sinensis, R. officinalis, C. zeylanicum, S. aromaticum, Z. officinale y Piper spp. mostraron mortalidad de 97, 94, 87, 9, 8, 3, 2 y 0%, respectivamente. Los aceites esenciales del género Citrus spp. presentaron un alto porcentaje de mortalidad, y son una alternativa para el desarrollo de nuevas moléculas activas a partir de compuestos orgánicos, que pueden incorporarse dentro de un programa de control biológico para H. armígera.

Abstract Selaginella convoluta (Arn.) Spring is a species popularly known as “jericó”, and used in folk medicine as analgesic and anti-inflammatory. This study aimed to investigate in mice the antinociceptive and anti-inflammatory activities of the hexane (Sc-Hex) and chloroform (Sc-CHCl3) fractions (100, 200 and 400 mg/kg) obtained by partition of crude ethanol extract from S. convoluta. The preliminary phytochemical analysis of the fractions was performed. Antinociceptive activity was evaluated by writhing, formalin and hot-plate tests. Anti-inflammatory activity was evaluated using carrageenan-induced pleurisy. The rota-rod test was used to evaluate motor coordination. Preliminary phytochemical screening showed that the Sc-Hex and the Sc-CHCl3 were positive for the presence of flavonoids, anthracene derivatives, quinones, triterpenes and steroids. Inhibition of writhing was observed for fractions tested. The Sc-Hex at all doses tested was effective in reducing the nociceptive behavior produced by formalin only in the second phase. However, the Sc-CHCl3 decreased the paw licking time in the first and second phases. In the hot plate no significant effect was observed for any fraction. In the rota-rod test, treated mice did not demonstrate any significant motor performance changes. In the carrageenan-induced pleurisy, Sc-CHCl3 (200 mg/kg) reduced cell migration to the pleural cavity. These results reveal the antinociceptive properties of S. convoluta , which support, in part, its traditional use, since the fractions did not presented significant activity in the inflammatory response profile. We further verify that this antinociceptive effect could be by activation of nociceptive peripheral pathway.

Resumo Selaginella convoluta é uma espécie popularmente conhecida como “jericó”, e usada na medicina popular como analgésica e anti-inflamatória. Este estudo teve como objetivo investigar em camundongos as atividades antinociceptiva e anti-inflamatória das frações hexânica (Sc-Hex) e clorofórmica (Sc-CHCl3) (100, 200 e 400 mg/kg) obtidas por partição do extrato etanólico bruto de S. convoluta . A análise fitoquímica preliminar das frações foi realizada. A atividade antinociceptiva foi avaliada pelos testes de contorções abdominais, formalina e placa quente. A atividade anti-inflamatória foi avaliada usando pleurisia induzida por carragenina. O teste do rota-rod foi utilizado para avaliar a coordenação motora. A triagem fitoquímica preliminar mostrou que Sc-Hex e Sc-CHCl3 apresentaram reação positiva para a presença de flavonoides, derivados antracênicos, quinonas, triterpenos e esteroides. A inibição das contorções foi observada para as frações testadas. Sc-Hex em todas as doses testadas foi efetivo na redução do comportamento nociceptivo produzido pela formalina somente na segunda fase. No entanto, Sc-CHCl3 diminuiu o tempo de lambida da pata na primeira e segunda fases. Na placa quente, nenhum efeito significativo foi observado para qualquer fração. No teste do rota-rod os camundongos tratados não demonstraram mudanças significativas na coordenação motora. Na pleurisia induzida por carragenina, Sc-CHCl3 (200 mg/kg) reduziu a migração celular para a cavidade pleural. Estes resultados revelam a propriedade antinociceptiva de S. convoluta, justificando, em parte, seu uso tradicional, uma vez que os extratos não apresentaram atividade significativa no perfil de resposta inflamatória. Verificamos ainda que esse efeito antinociceptivo mostrou-se ligado à ativação da via periférica nociceptiva.

Abstract DNA alignment is a key process in the assembly of genomes from the millions of short reads that are produced by massive parallel sequencing machines. Such a process is usually done by means of high spatial and temporal complexity algorithms, which takes hours to deliver the results as well as tens of GB of RAM. This has prompted the search for new algorithms and/or strategies that allow shorter runtimes, while using minimal memory footprint. In this article, we present ABPSE, a new DNA aligner that combines the Ferragina and Manzini algorithm (or FM indexes) and the Myers algorithm, by means of the seed and extend strategy. In the seeding, the FM indices allow a rapid calculation of the regions with high probability of alignment. In the extension, the Myers algorithm refines the alignment using operations based on bit vectors. It simultaneously calculates several cells of the dynamic programming matrix. The results show 96.1% of correctly aligned reads, an acceleration factor of 2.45x in relation to BWA-SW and a memory footprint of only 7.6 GB when aligning the entire human genome.

Resumen La alineación de ADN es un proceso clave para la reconstrucción de genomas, a partir de los millones de lecturas cortas producidas por las máquinas de secuenciación paralela masiva. Tal proceso suele realizarse mediante algoritmos con elevada complejidad espacial y temporal, requiriendo varias horas para entregar los resultados, así como decenas de GB de RAM. Esto ha motivado la búsqueda de nuevos algoritmos y/o estrategias que permitan disminuir los tiempos de ejecución, mientras se utilizan recursos mínimos de memoria. En este artículo se presenta ABPSE, un nuevo alineador de ADN que combina el algoritmo de Ferragina y Manzini (o índices de FM) y el algoritmo de Myers, mediante la estrategia siembra y extiende. En la siembra, los índices de FM permiten calcular de manera rápida regiones con alta probabilidad de alineación; mientras que en la extensión, el algoritmo de Myers refina la alineación utilizando operaciones basadas en vectores de bits, calculando simultáneamente varias celdas de la matriz de programación dinámica. Los resultados muestran un 96.1% de lecturas alineadas correctamente, un factor de aceleración de 2.45x en relación a BWA-SW y un uso de memoria de apenas 7.6 GB, cuando se alinea el genoma humano completo.

Acacia mangium Willd. é uma espécie arbórea, exótica, que possui potencial para exploração de produtos florestais madeireiros no Brasil. Como esta se propaga, principalmente, via sexuada torna-se relevante o tratamento fitossanitário das sementes destinadas à produção de mudas. Assim, este estudo objetivou avaliar os efeitos do tratamento térmico via calor úmido na qualidade sanitária e fisiológica de sementes de A. mangium. Para tanto, as sementes foram tratadas em água aquecida à temperatura de 70ºC durante os períodos de exposição de 0, 10, 15 e 20 minutos. Em seguida, as mesmas foram submetidas à análise sanitária e ao teste de germinação. Com base na análise sanitária os fungos dos gêneros Aspergillus sp., Penicillium sp., Pestalotia sp., Cladosporium sp., Alternaria sp., Fusarium sp. e Botrytis sp.estavam associados às sementes. O tratamento térmico com calor úmido à temperatura de 70°C durante 10 a 15 minutos de exposição superou a dormência e reduziu a ocorrência de fungos associados às sementes de A. mangium.

Acacia mangium Willd. is an arboreal and exotic species, which has potential for exploitation of timber products in Brazil. As it spreads mainly through sexual reproduction, it becomes relevant the phytosanitary treatment of seeds for the production of seedlings. Therefore, this study aimed to evaluate the effects of thermal treatment humid heat on health and physiological quality of A. mangium seeds. Thus, the seeds were thermal treated in water heated to 70° C during 0, 10, 15 and 20 minutes of exposure. Then, the seeds were subjected to germination test and seed health. The seed health analysis revealed that fungi of the genre Aspergillus sp., Penicillium sp., Pestalotia sp., Cladosporium sp., Alternaria sp., Fusarium sp. and Botrytis sp., were associated with seeds. The thermal treatment with humid heat at a temperature of 70°C for 10 to 15 minutes of exposure overcame the physical dormancy of seeds of A. mangium and reduced occurrence of fungal species.

Resumo Este estudo foi realizado para avaliar as atividades antibacteriana, citotóxica e antioxidante de extratos de Morus nigra L. HPLC foi utilizado para determinar o perfil de compostos fenólicos do extrato etanólico bruto (Mn-EtOH). O efeito antibacteriano foi avaliado através do método de microdiluição. A citotoxicidade foi testada contra linhagens celulares de tumores humanos utilizando o ensaio do brometo de 3-(4,5-dimetil-2-tiazolil)-2,5-difenil-2H-tetrazólio (MTT). O conteúdo total de compostos fenólicos e flavonoides também foi avaliado por meio dos métodos de Folin-Ciocalteu e cloreto de alumínio, respectivamente. A atividade antioxidante dos extratos foi avaliada por meio do sequestro do radical livre 2,2-difenil-1-picrilhidrazil (DPPH) e co-oxidação do sistema β-caroteno-ácido linoleico. A presença de compostos fenólicos em Mn-EtOH foi confirmada utilizando HPLC. Os extratos mostraram atividade contra a maioria dos microrganismos testados. Os extratos não mostraram qualquer efeito antiproliferativo expressivo na avaliação da citotoxicidade. O conteúdo fenólico total mais significativo foi de 153,00 ± 11,34 mg de equivalente de ácido gálico/g para o extrato acetato de etila (AcOEt). O conteúdo de flavonoides totais foi de 292,50 ± 70,34 mg de equivalente de catequina/g para o extrato AcOEt, que apresentou a melhor atividade antioxidante (IC50 50,40 ± 1,16 mg/mL) para o sequestro do DPPH. Podemos concluir que esta espécie apresenta forte atividade antibacteriana e antioxidante, bem como fraca atividade citotóxica.

Abstract This study was carried out to assess the antibacterial, cytotoxic and antioxidant activities of extracts of Morus nigra L. HPLC was used to determine the fingerprint chromatogram of the crude ethanolic extract (Mn-EtOH). The antibacterial effect was assessed through the method of microdilution. The cytotoxicity was tested against human tumour cell lines using the 3-(4,5-dimethyl-2-thiazolyl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazolium bromide (MTT) assay. The total phenolic and flavonoid contents were also assessed through the Folin-Ciocalteu and aluminum chloride methods, respectively. Antioxidant activities of the extracts were evaluated by using 2,2-diphenyl-1-picrylhydrazil (DPPH) radical scavenging and β-carotene-linoleic acid bleaching methods. The presence of phenolic compounds in Mn-EtOH was confirmed using HPLC. The extracts showed activity against most microorganisms tested. The extracts did not show any expressive antiproliferative effect in the assessment of cytotoxicity. The most significant total phenolic content was 153.00 ± 11.34 mg of gallic acid equivalent/g to the ethyl acetate extract (AcOEt). The total flavonoid content was 292.50 ± 70.34 mg of catechin equivalent/g to the AcOEt extract, which presented the best antioxidant activity (IC50 50.40 ± 1.16 μg/mL) for DPPH scavenging. We can conclude that this species shows strong antibacterial and antioxidant activities, as well as weak cytotoxic effects.

Os testes bioquímicos baseados na integridade de membranas são importantes na verificação do potencial fisiológico de lotes de sementes. Assim, este trabalho teve por objetivo determinar a viabilidade de testes bioquímicos de condutividade elétrica e de lixiviação de potássio na avaliação do vigor de sementes de Mimosa caesalpiniifolia. No teste de condutividade elétrica utilizaram-se duas amostras de sementes (25 e 50), dois volumes de água deionizada (50 e 75 mL), duas temperaturas (25 e 30 ºC) e cinco períodos de embebição (4, 8, 12, 16 e 24-h). Nos testes de condutividade elétrica e lixiviação de potássio, cinco lotes de sementes foram embebidos separadamente durante 4 e 8-h à temperatura de 30 °C. Os testes bioquímicos de condutividade elétrica e de lixiviação de potássio mostraram ser eficientes na avaliação do vigor de sementes de M. caesalpiniifolia, quando realizados com 25 sementes imersas em 50 mL de água deionizada, durante 8-h à temperatura de 30 °C.

Biochemical tests based on membrane integrity are important in selecting the physiological potential of seed lots. Thus, the objective of this work was to adapt methodologies of biochemical tests of electric conduction and potassium leaching in the evaluation of the vigor of Mimosa caesalpiniifolia seeds. Two quantity of seeds (25 and 50), two volumes of deionized water (50 and 75 mL), two temperatures (25 and 30 °C) and five soaking periods (4, 8, 12, 16 and 24-h) where used for the validity of electrical conductivity test. The potash leaching test was carried out with five seed lots in the periods of 4 and 8-h of soaking under a temperature of 30 °C. The biochemical tests of electric conduction and potassium leaching were efficient in the evaluation of vigor of M. caesalpiniifolia seeds, when 25 seeds were immersed in 50 mL of deionized water, during a period of 8-h at 30 °C.

Resumo Fundamento: O número de síndromes genéticas descritas que apresentam alguma forma de cardiopatia e manifestações oculares associadas é grande. Contudo, estas síndromes ainda não foram reunidas e sintetizadas para melhor consulta e comparação. Objetivo: O objetivo deste trabalho é sistematizar a literatura, avaliando evidências disponíveis sobre síndromes que cursam com cardiopatia congênita associada a alterações oculares, salientando os tipos de alterações anatômicas e funcionais descritas. Métodos: Dois pesquisadores independentes fizeram uma busca sistemática utilizando as bases eletrônicas Medline (PubMed, Embase, Cochrane, Lilacs), de trabalhos publicados até o mês de janeiro de 2016. Os critérios de elegibilidade utilizados pelos autores incluíram somente artigos publicados sob a forma de relatos de caso ou revisão, que abordassem a associação de alterações oftalmológicas e cardiológicas em pacientes menores de 18 anos e que apresentassem alguma síndrome genética. Resultados: As síndromes genéticas mais frequentes foram: Síndrome de Down, Síndrome Velo-cardio-facial / DiGeorge, Síndrome de Charge e Síndrome de Noonan. Entre as malformações cardíacas, a comunicação interatrial (77,4%), a comunicação interventricular (51.6%), a persistência do canal arterial (35,4%), estenose da artéria pulmonar (25,8%) e a tetralogia de Fallot (22,5%) foram as mais associadas com achados oculares. Conclusão: Devido à sua variedade clínica, as malformações cardíacas congênitas revelam defeitos que evoluem de maneira assintomática até aqueles que provocam grande morbimortalidade. Dessa forma, encontrar características extra-cardíacas que, de alguma maneira, possam auxiliar no diagnóstico da doença ou revelar a gravidade dessa enfermidade tornam-se de grande relevância.

Abstract Background: Numerous genetic syndromes associated with heart disease and ocular manifestations have been described. However, a compilation and a summarization of these syndromes for better consultation and comparison have not been performed yet. Objective: The objective of this work is to systematize available evidence in the literature on different syndromes that may cause congenital heart diseases associated with ocular changes, focusing on the types of anatomical and functional changes. Method: A systematic search was performed on Medline electronic databases (PubMed, Embase, Cochrane, Lilacs) of articles published until January 2016. Eligibility criteria were case reports or review articles that evaluated the association of ophthalmic and cardiac abnormalities in genetic syndrome patients younger than 18 years. Results: The most frequent genetic syndromes were: Down Syndrome, Velo-cardio-facial / DiGeorge Syndrome, Charge Syndrome and Noonan Syndrome. The most associated cardiac malformations with ocular findings were interatrial communication (77.4%), interventricular communication (51.6%), patent ductus arteriosus (35.4%), pulmonary artery stenosis (25.8%) and tetralogy of Fallot (22.5%). Conclusion: Due to their clinical variability, congenital cardiac malformations may progress asymptomatically to heart defects associated with high morbidity and mortality. For this reason, the identification of extra-cardiac characteristics that may somehow contribute to the diagnosis of the disease or reveal its severity is of great relevance.