ABSTRACT Introduction. Mycoplasma pneumoniae is a common cause of respiratory tract infections in humans and, less frequently, extrapulmonary infections are described. In Cuba, the diagnosis of Mycoplasma pneumoniae is only done in the National Reference Laboratory of Mycoplasmas (NRL-M) at IPK and, until 2012, this species had only been detected in 2 studies. Methods. Methods were implemented for the Mycoplasma pneumoniae diagnosis, the antimicrobial susceptibility determination, and the antimicrobial resistance molecular detection. Descriptive studies were conducted for the Mycoplasma pneumoniae detection in patients with respiratory symptomatology, for the antimicrobial susceptibility patterns of clinical isolates, the macrolide resistance detection in positive clinical samples, and the detection of Mycoplasma pneumoniae genotypes. Results and Discussion. Mycoplasma pneumoniae was detected in 5.2 % (96/1836) of patients with Severe Acute Respiratory Infections and Influenza-like illness, all negative to respiratory virus. Mycoplasma pneumonia was demonstrated in 25.8 % (31/120) of children with coqueluchoid syndrome, 23 % (17/74) of children with interstitial pneumonia, and 60% (9/15) of children with non-controlled asthma. The macrolide resistance in Mycoplasma pneumoniae was showed in Cuba for the first time, detected in a 22.5%, and confirmed by the demonstration of the associated molecular mechanisms. The Mycoplasma pneumoniae genotypes circulating in the country were described and 5 new sequence types were identified. It was concluded that these pieces of scientific evidence support the pathogenic role of this species and suggest the necessity of an active surveillance.

RESUMEN Introducción. Mycoplasma pneumoniae constituye una causa frecuente de infecciones del tracto respiratorio en humanos, y en menor frecuencia, se describen infecciones extrapulmonares. En Cuba el diagnóstico de Mycoplasma pneumoniae solo se realiza en el Laboratorio Nacional de Referencia de Micoplasmas (LNR-M) del IPK, y hasta el año 2012 solo se habían realizado 2 estudios donde se detectó esta especie. Métodos. Se implementaron métodos para el diagnóstico de Mycoplasma pneumoniae, la determinación de la susceptibilidad antimicrobiana, así como para la detección molecular de resistencia antimicrobiana. Se realizaron estudios descriptivos para la detección de Mycoplasma pneumoniae en pacientes con sintomatología respiratoria, de los patrones de susceptibilidad antimicrobiana de aislados clínicos, la detección de resistencia a macrólidos a partir de muestras clínicas positivas, y la detección de genotipos de Mycoplasma pneumoniae. Resultados y Discusión. Se detectó Mycoplasma pneumoniae en el 5,2 % de pacientes con Infección Respiratoria Aguda Grave y Enfermedad Tipo Influenza, todos negativos a virus respiratorios. Se demostró Mycoplasma pneumoniae en el 25,8 % de niños con síndrome coqueluchoide, el 23 % de niños con neumonía intersticial y el 60 % de niños con asma no controlada. Se demostró por primera vez en Cuba la resistencia a macrólidos en Mycoplasma pneumoniae, detectándose en un 22,5 %, y se confirmó mediante la demostración de los mecanismos moleculares asociados. Se describieron los genotipos de Mycoplasma pneumoniae circulantes en el país, identificándose 5 secuencias tipo nuevas. Se concluyó que estas evidencias científicas confirman el papel patogénico de esta especie y sugieren la necesidad de una vigilancia activa.

ABSTRACT Introduction: Upon appearance of the first COVID-19 cases in Cuba, early identification of patients at risk of developing severe forms of the disease became a necessity. Objective: Describe the clinical behavior of COVID-19 in patients admitted to Pedro Kourí Tropical Medicine Institute and identify factors associated to severity. Methods: A presentation was made of the first 73 COVID-19 cases admitted to Pedro Kourí Tropical Medicine Institute from 11 March to 5 May 2020. The patients were divided into two groups: severe and mild disease. A comparison was made of clinical, demographic, laboratory and imaging variables at admission, and their possible association to disease severity. Results: Seven patients (9.6%) were critically ill; five died. Age > 60 years, more than one comorbidity, arterial hypertension and bronchial asthma were more common among critical patients. Fever for more than six days (p= 0.00), dyspnea (p= 0.00), presence of humid stertors (p= 0.00), respiratory rate > 24/min (p= 0.00) and lymphocytes < 0.8 x109/l (p= 0.00), ferritin > 500 µg/L (p =0.00), C-reactive protein 10 μg/l (p= 0.01) and LDH 500 U/l (p= 0.01) were related to disease severity. 18.2% of the chest radiographs showed alterations, with a predominance of bilateral foci of inflammatory condensation. The most common complications were respiratory distress, shock, bacterial sepsis and heart disorders. Conclusions: Some clinical and laboratory characteristics identifiable at admission may be associated to disease severity, which makes them useful for risk stratification and the appropriate management of patients.

RESUMEN Introducción: Con los primeros casos de COVID-19 en Cuba era necesario el reconocimiento temprano de los pacientes con riesgo de evolucionar hacia formas graves de la enfermedad. Objetivo: Describir el comportamiento clínico de la COVID-19 en pacientes hospitalizados en el Instituto de Medicina Tropical “Pedro Kourí” e identificar factores asociados a la gravedad. Métodos: Se presentaron los primeros 73 casos de COVID-19 hospitalizados en el Instituto de Medicina Tropical “Pedro Kourí” desde el 11 de marzo al 5 mayo de 2020. Los pacientes se clasificaron en dos grupos: graves y con enfermedad ligera. Se compararon variables clínicas, demográficas, de laboratorio e imagenológicas en el momento del ingreso, y su posible asociación con la gravedad de la enfermedad. Resultados: Hubo siete pacientes graves (9,6 %), cinco fallecieron. La edad > 60 años, tener más de una comorbilidad, hipertensión arterial y asma bronquial, fueron más frecuentes en pacientes graves. La fiebre más de seis días (p= 0,00), disnea (p= 0,00), presencia de estertores húmedos (p= 0,00), frecuencia respiratoria > 24/min (p= 0,00) y valores de linfocitos < 0,8 x109/L (p= 0,00), de ferritina > 500µg/L (p =0,00), proteína C reactiva ( 10μg/L (p= 0,01) y LDH ( 500 U/L (p= 0,01) se relacionaron con la gravedad. El 18,2 % de las radiografías de tórax mostró alteraciones, con predominio de focos de condensación inflamatoria bilateral. Las complicaciones más frecuentes fueron: distrés respiratorio, choque, sepsis bacteriana y afecciones cardíacas. Conclusiones: Existen características clínicas y de laboratorio, identificables al ingreso, que están relacionadas con la gravedad de la enfermedad; lo que puede ser útil para la estratificación del riesgo y el manejo adecuado de los pacientes.

ABSTRACT Introduction: Bacterial diseases are one of the most important causes of morbidity and mortality in patients infected with human immunodeficiency virus (HIV). To this event are added nowadays infections associated with health services, a scenario aggravated by the emergence of bacteria with multi-resistance, which negatively impact human health. Objective: Characterize bacterial infections in Cuban HIV patients, admitted to the hospital center of "Pedro Kourí" Institute of Tropical Medicine between January 2014 and December 2017. Methods: A cross-sectional study with analytical component was conducted consisting of 538 HIV-1 positive patients diagnosed with bacterial infection detected by microbiological isolation. Results: Bacterial infections at the airway level in patients with HIV and CD4≤ 200cel/mm3 were the most common events. The highest positivity was demonstrated in samples of blood culture and bacteriological sputus with 40.1% and 36.1%, respectively. 69.7% of isolations showed healthcare-associated infection revealing statistically significant association with selected risk factors (prolonged hospital stays and devices use), as well as infection with gram-negative bacteria and coagulase-positive staph. Conclusions: Bacterial infections are common in HIV patients with severe immunosuppression and pneumonia is its main cause. There is a high incidence of healthcare-associated infection, which shows statistically significant association with prolonged hospital stays and devices use, also reveal association with isolations of gram-negative bacteria and coagulase-positive staph.

RESUMEN Introducción: Las enfermedades bacterianas representan una de las causas más importantes de morbilidad y mortalidad en los pacientes infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH). Ha este suceso se adicionan hoy las infecciones asociadas a los servicios sanitarios, escenario agravado por la aparición de bacterias con multirresistencia, las que impactan negativamente sobre la salud humana. Objetivo: Caracterizar las infecciones bacterianas en pacientes cubanos con el VIH, ingresados en el centro hospitalario del Instituto de Medicina Tropical “Pedro Kourí”, entre enero de 2014 y diciembre del 2017. Métodos: Se realizó un estudio de corte transversal con componente analítico cuyo universo estuvo constituido por 538 pacientes seropositivos en VIH-1 con diagnóstico de infección bacteriana documentada por aislamiento microbiológico. Resultados: Las infecciones bacterianas a nivel de vías respiratorias en pacientes con VIH y CD4 ≤ 200 cel/mm3 resultaron los eventos más frecuentes. Se demostró la mayor positividad en muestras de hemocultivo y esputos bacteriológicos 40,1 % y 36,1 % respectivamente. El 69,7 % de los aislamientos evidenciaron infección asociada a la asistencia sanitaria revelando asociación estadísticamente significativa con factores de riesgo seleccionados (estadías hospitalarias prolongadas y uso de dispositivos), además con la presencia de infección por bacterias gramnegativas y estafilococos coagulasa positivo. Conclusiones: Las infecciones bacterianas son frecuentes en pacientes VIH con inmunodepresión severa y su causa principal son las neumonías. Existe alta incidencia de infección asociada a la asistencia sanitaria, las que muestran asociación estadísticamente significativa con las estadías hospitalarias prolongadas y el uso de dispositivos, también revelan asociación con aislamientos de bacterias gramnegativas y estafilococos coagulasa positivo.

ABSTRACT Introduction: Bacterial diseases are one of the most important causes of morbidity and mortality in patients infected with human immunodeficiency virus (HIV). To this event are added nowadays infections associated with health services, a scenario aggravated by the emergence of bacteria with multi-resistance, which negatively impact human health. Objective: Characterize bacterial infections in Cuban HIV patients, admitted to the hospital center of "Pedro Kourí" Institute of Tropical Medicine between January 2014 and December 2017. Methods: A cross-sectional study with analytical component was conducted consisting of 538 HIV-1 positive patients diagnosed with bacterial infection detected by microbiological isolation. Results: Bacterial infections at the airway level in patients with HIV and CD4≤ 200cel/mm3 were the most common events. The highest positivity was demonstrated in samples of blood culture and bacteriological sputus with 40.1% and 36.1%, respectively. 69.7% of isolations showed healthcare-associated infection revealing statistically significant association with selected risk factors (prolonged hospital stays and devices use), as well as infection with gram-negative bacteria and coagulase-positive staph. Conclusions: Bacterial infections are common in HIV patients with severe immunosuppression and pneumonia is its main cause. There is a high incidence of healthcare-associated infection, which shows statistically significant association with prolonged hospital stays and devices use, also reveal association with isolations of gram-negative bacteria and coagulase-positive staph.

RESUMEN Introducción: Las enfermedades bacterianas representan una de las causas más importantes de morbilidad y mortalidad en los pacientes infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH). Ha este suceso se adicionan hoy las infecciones asociadas a los servicios sanitarios, escenario agravado por la aparición de bacterias con multirresistencia, las que impactan negativamente sobre la salud humana. Objetivo: Caracterizar las infecciones bacterianas en pacientes cubanos con el VIH, ingresados en el centro hospitalario del Instituto de Medicina Tropical “Pedro Kourí”, entre enero de 2014 y diciembre del 2017. Métodos: Se realizó un estudio de corte transversal con componente analítico cuyo universo estuvo constituido por 538 pacientes seropositivos en VIH-1 con diagnóstico de infección bacteriana documentada por aislamiento microbiológico. Resultados: Las infecciones bacterianas a nivel de vías respiratorias en pacientes con VIH y CD4 ≤ 200 cel/mm3 resultaron los eventos más frecuentes. Se demostró la mayor positividad en muestras de hemocultivo y esputos bacteriológicos 40,1 % y 36,1 % respectivamente. El 69,7 % de los aislamientos evidenciaron infección asociada a la asistencia sanitaria revelando asociación estadísticamente significativa con factores de riesgo seleccionados (estadías hospitalarias prolongadas y uso de dispositivos), además con la presencia de infección por bacterias gramnegativas y estafilococos coagulasa positivo. Conclusiones: Las infecciones bacterianas son frecuentes en pacientes VIH con inmunodepresión severa y su causa principal son las neumonías. Existe alta incidencia de infección asociada a la asistencia sanitaria, las que muestran asociación estadísticamente significativa con las estadías hospitalarias prolongadas y el uso de dispositivos, también revelan asociación con aislamientos de bacterias gramnegativas y estafilococos coagulasa positivo.