As principais hipóteses propostas para explicar as formações de barreiras separando populações e causando diferenciações de espécies na Amazônia são baseadas em diferentes fatores (a maioria históricos), como os seguintes: 1) Mudanças na distribuição da terra e mar ou na paisagem devido a movimentos tectônicos ou flutuações do nível do mar (hipótese Paleogeográfica); 2) o efeito de barreiras dos rios amazônicos (hipótese de Rios); 3) uma combinação de efeitos de barreiras de rios largos e mudanças vegetacionais no norte e sul da Amazônia (hipótese de Refúgio-rios), 4) o isolamento dos blocos de floresta úmida das áreas de relevo de superfície na periferia da Amazônia separadas por florestas secas, savanas e outros tipos de vegetação intermediária durante os períodos climáticos secos do Terciário e Quaternário (hipótese de Refúgios), 5) mudanças na densidade do dossel devido a mudanças climáticas (hipótese de Densidade do dossel), 6) o isolamento e especiação de populações animais em pequenas áreas montanhosas na Amazônia devido a flutuações climáticas sem maiores mudanças vegetacionais (hipótese de Museu), 7) interações competitivas entre espécies e isolamentos de espécies locais em regiões periféricas da Amazônia devido a invasão e contra-invasão durante períodos frios/quentes do Pleistoceno (hipótese Distúrbio-vicariante), e 8) especiação parapátrica através de acentuados gradientes ambientais sem separação das respectivas populações (hipótese de Gradiente). Muitas dessas hipóteses provavelmente são relevantes para diferentes graus de processos de especiação em diferentes grupos da fauna ou durante diferentes períodos geológicos. O modelo básico de paleogeografia refere-se principalmente a diferenciação faunística durante o terciário e em combinação com a hipótese de Refúgio. Os ciclos de Milankovitch que levam a mudanças climáticas-vegetacionais globais afetaram os biomas do mundo não apenas durante o Pleistoceno mas também durante o Terciário e períodos geológicos anteriores. Novas evidências geocientíficas para o efeito dos períodos climáticos secos na Amazônia suportam as predições da hipótese de Refúgios. A hipótese de distúrbio-vicariância refere-se aos presumidos efeitos das fases climáticas frio/quente ocorridos somente no pleistoceno e é de relevância geral limitada, pois a maioria das espécies se originam antes, provavelmente através de trocas paleogeográficas e a formação de refúgios ecológicos durante o Terciário.

The main hypotheses proposed to explain barrier formation separating populations and causing the differentiation of species in Amazonia during the course of geological history are based on different factors, as follow: (1) Changes in the distribution of land and sea or in the landscape due to tectonic movements or sea level fluctuations (Paleogeography hypothesis), (2) the barrier effect of Amazonian rivers (River hypothesis), (3) a combination of the barrier effect of broad rivers and vegetational changes in northern and southern Amazonia (River-refuge hypothesis), (4) the isolation of humid rainforest blocks near areas of surface relief in the periphery of Amazonia separated by dry forests, savannas and other intermediate vegetation types during dry climatic periods of the Tertiary and Quaternary (Refuge hypothesis), (5) changes in canopy-density due to climatic reversals (Canopy-density hypothesis) (6) the isolation and speciation of animal populations in small montane habitat pockets around Amazonia due to climatic fluctuations without major vegetational changes (Museum hypothesis), (7) competitive species interactions and local species isolations in peripheral regions of Amazonia due to invasion and counterinvasion during cold/warm periods of the Pleistocene (Disturbance-vicariance hypothesis) and (8) parapatric speciation across steep environmental gradients without separation of the respective populations (Gradient hypothesis). Several of these hypotheses probably are relevant to a different degree for the speciation processes in different faunal groups or during different geological periods. The basic paleogeography model refers mainly to faunal differentiation during the Tertiary and in combination with the Refuge hypothesis. Milankovitch‡ cycles leading to global main hypotheses proposed to explain barrier formation separating populations and causing the differentiation of species in Amazonia during the course of geological history are based on different factors, as follow: (1) Changes in the distribution of land and sea or in the landscape due to tectonic movements or sea level fluctuations (Paleogeography hypothesis), (2) the barrier effect of Amazonian rivers (River hypothesis), (3) a combination of the barrier effect of broad rivers and vegetational changes in northern and southern Amazonia (River-refuge hypothesis), (4) the isolation of humid rainforest blocks near areas of surface relief in the periphery of Amazonia separated by dry forests, savannas and other intermediate vegetation types during dry climatic periods of the Tertiary and Quaternary (Refuge hypothesis), (5) changes in canopy-density due to climatic reversals (Canopy-density hypothesis) (6) the isolation and speciation of animal populations in small montane habitat pockets around Amazonia due to climatic fluctuations without major vegetational changes (Museum hypothesis), (7) competitive species interactions and local species isolations in peripheral regions of Amazonia due to invasion and counterinvasion during cold/warm periods of the Pleistocene (Disturbance-vicariance hypothesis) and (8) parapatric speciation across steep environmental gradients without separation of the respective populations (Gradient hypothesis). Several of these hypotheses probably are relevant to a different degree for the speciation processes in different faunal groups or during different geological periods. The basic paleogeography model refers mainly to faunal differentiation during the Tertiary and in combination with the Refuge hypothesis. Milankovitch cycles leading to global climatic-vegetational changes affected the biomes of the world not only during the Pleistocene but also during the Tertiary and earlier geological periods. New geoscientific evidence for the effect of dry climatic periods in Amazonia supports the predictions of the Refuge hypothesis. The disturbance-vicariance hypothesis refers to the presumed effect of cold/warm climatic phases of the Pleistocene only and is of limited general relevance because most extant species originated earlier and probably through paleogeographic changes and the formation of ecological refuges during the Tertiary.

AS FLUTUAÇÕES climático-vegetacionais causadas pelos ciclos astronômicos de Milan-kovitch provocaram mudanças globais na distribuição de florestas tropicais e demais vegetações não-florestais antes e durante o Cenozóico (Terciário-Quaternário). Os biomas continentais de florestas e vegetações não-florestais mudaram continuamente sua distribuição durante o seu passado geológico, fragmentando-se em blocos isolados, expandindo-se e juntando-se novamente sob condições climáticas alternadas entre secas e úmidas. Entretanto, durante as diversas fases climáticas, comunidades de plantas e animais fragmentaram-se e as espécies mudaram suas distribuições de maneira individual. Existem, para o Quaternário, dados de campo indicando mudanças na vegetação da Amazônia. A teoria dos Refúgios postula a persistência de grandes manchas de florestas tropicais úmidas durante os períodos secos do Terciário e do Quaternário, especialmente aquelas localizadas próximo de superfícies rebaixadas, sobretudo nas porções periféricas da Amazônia. Essas áreas são, provavelmente, a origem de muitas espécies e subespécies de plantas e animais existentes hoje em dia. Os "refúgios" úmidos podem ter sido separados por vários tipos de savana e florestas secas, como também por outros tipos de vegetação intermediária de climas sazonalmente secos. A quantidade e o tamanho dos refúgios durante os diferentes períodos de seca continuam desconhecidos. Indícios biogeográficos da existência de refúgios florestais anteriores incluem áreas de endemismo e zonas de contato entre espécies e subespécies de pássaros e outros animais da floresta amazônica nitidamente definidos. Essas áreas representam zonas de distinta descontinuidade biogeográfica num ambiente florestal contínuo. Modelos alternativos para a formação de barreiras na Amazônia que conduzem à especiação alopátrica incluem as seguintes hipóteses: do Rio, dos Refúgios do Rio, da Densidade do Dossel, da Perturbação da Vicariânia, do Museu e várias hipóteses paleogeográficas, das quais alguns aspectos poderiam ser aplicáveis a certos períodos na evolução da biota.