Abstract: Since May 2020, we have been conducting a comprehensive study to understand the natural history of SARS-CoV-2 infection in Rio de Janeiro, Brazil. Our focus has been on following families, systematically collecting respiratory tract swabs and blood samples, monitoring symptoms, and gathering data on vaccine status. This paper aims to describe the household cohort across five epidemic waves of SARS-CoV-2, providing an overview of the collected data and a description of the epidemiological, clinical, and immunological characteristics and incidence of SARS-CoV-2 infection. Our cohort includes 691 participants from 189 households. During the five epidemic waves, we detected 606 infections. The incidence density of SARS-CoV-2 infection ranged from 4 (Delta) to 56 (B.1.1.33) per 1,000 person-week, with a peak in wave B.1.1.33 in all age groups. The seroprevalence of SARS-CoV-2 antibodies (IgG anti spike protein) varied from 37%, in the pre-VoC period, to 99%, in the Omicron period, progressively increasing after each wave in a similar manner regardless of age. As we have monitored the cohort continuously since the beginning of the pandemic, we were able to collect data across different scenarios according to the predominant lineage in circulation. Via active monitoring of families, we were able to carry out an epidemiological surveillance on SARS-CoV-2, including its variants, persistence of symptoms, and changes in immunity over time in the population, contributing to knowledge of the natural history of SARS-CoV-2 infection.

Resumen: Desde mayo de 2020 se realiza un estudio exhaustivo con el fin de estimar el curso natural de la infección por SARS-CoV-2 en Río de Janeiro, Brasil. Se aplica un seguimiento a las familias en el cual se recolectan sistemáticamente muestras de sangre y de las vías respiratorias, se controlan los síntomas y se recogen datos sobre el estado de vacunación. Este artículo tiene como objetivo describir la cohorte de hogares durante cinco olas epidémicas de SARS-CoV-2, y proporcionar una visión general de los datos recopilados y una descripción de las características epidemiológicas, clínicas e inmunológicas, y de la incidencia de la infección por SARS-CoV-2. La cohorte incluyó a 691 participantes de 189 hogares. A lo largo de las cinco olas epidémicas, se detectaron 606 infecciones. La densidad de incidencia de la infección por SARS-CoV-2 varió de 4 (Delta) a 56 (B.1.1.33) por cada 1.000 personas por semana, y fue más alta en la ola B.1.1.33 en todos los grupos de edad. La seroprevalencia de anticuerpos contra el SARS-CoV-2 (proteína IgG antipico) varió del 37% en el período anti-VOC al 99% en el período Ómicron y aumentó ola tras ola de manera similar, independientemente de la edad de los participantes. El monitoreo continuo de la cohorte desde el comienzo de la pandemia permitió recopilar datos en diferentes escenarios según la cepa predominante en circulación. A partir del monitoreo activo de las familias, se realizó una vigilancia epidemiológica del SARS-CoV-2, sus variantes, la persistencia de los síntomas y los cambios en la inmunidad de la población a lo largo del tiempo, contribuyendo al conocimiento del curso natural de la infección por SARS-CoV-2.

Resumo: Desde maio de 2020, temos conduzido um estudo abrangente para entender a história natural da infecção por SARS-CoV-2 no Rio de Janeiro, Brasil. Nosso foco tem sido acompanhar as famílias das quais coletamos sistematicamente amostras de sangue e do trato respiratório, monitoramos os sintomas e reunimos dados sobre o status de vacinação. Este artigo tem como objetivo descrever a coorte de domicílios ao longo de cinco ondas epidêmicas de SARS-CoV-2, fornecendo uma visão geral dos dados coletados e uma descrição das características epidemiológicas, clínicas e imunológicas e da incidência da infecção por SARS-CoV-2. Nossa coorte inclui 691 participantes de 189 domicílios. Ao longo das cinco ondas epidêmicas, detectamos 606 infecções. A densidade de incidência da infecção por SARS-CoV-2 variou de 4 (Delta) a 56 (B.1.1.33) a cada 1.000 pessoas por semana e foi mais alta na onda B.1.1.33 em todas as faixas etárias. A soroprevalência de anticorpos contra o SARS-CoV-2 (proteína IgG anti-spike) variou de 37% no período pré-VoC a 99% no período Omicron e aumentou onda após onda de maneira semelhante, independentemente da idade dos participantes. Como monitoramos a coorte continuamente desde o início da pandemia, pudemos coletar dados em diferentes cenários, de acordo com a cepa predominante em circulação. Por meio do monitoramento ativo das famílias, conseguimos conduzir uma vigilância epidemiológica do SARS-CoV-2, de suas variantes, da persistência dos sintomas e das mudanças na imunidade da população ao longo do tempo, contribuindo para o conhecimento da história natural da infecção pelo SARS-CoV-2.

Resumo A Amazônia tem passado por um intenso processo de urbanização em anos recentes, produzindo transformações na organização espacial da região que podem estar refletindo no padrão espaço temporal da malária urbana. O objetivo deste trabalho é compreender como o processo de produção do espaço urbano do município de Porto Velho-RO, tem corroborado para a ocorrência e manutenção da malária urbana. Os dados levantados no Sistema de Vigilância Epidemiológica (SIVEP-Malária) possibilitaram o cálculo do Índice Parasitário Anual (IPA) de malária para os bairros da cidade de Porto Velho dos anos de 2005 a 2018 e a construção de duas tipologias da paisagem do espaço urbano. A primeira considerou o processo de produção do espaço urbano de Porto Velho; a segunda se baseou nas condições de receptividade para o vetor da malária. A ocorrência da malária em Porto Velho vem declinando de forma diferenciada ao longo do território, havendo uma tendência de permanência nas áreas periurbanas com maior densidade de vegetação e hidrografia.

Abstract Due to intense ongoing urbanization in the Amazon, the urban pattern of malaria may be changing, both in its spatial distribution and epidemiological profile. The purpose of this paper is to analyze how the process of production of urban space in Porto Velho, the capital of the state of Rondonia, Brazil has contributed to the occurrence and maintenance of urban malaria. Using data collected from the Malaria Epidemiological Surveillance System (SIVEP-Malaria), we calculated malaria indices for the districts of Porto Velho from 2005 to 2018. We also developed two typologies for classifying urban space based on functional characteristics and features of the landscape. While the former considers characteristics of urban space in Porto Velho, the latter is based on suitability for malaria vectors. We found that the annual parasite index declined in Porto Velho during the study period. However, changes in the index were not uniform across the districts of the city. Periurban areas showed no decline in the index, which we attribute to these areas’ high vegetation density and hydrological characteristics.

Resumo A Amazônia tem passado por um intenso processo de urbanização em anos recentes, produzindo transformações na organização espacial da região que podem estar refletindo no padrão espaço temporal da malária urbana. O objetivo deste trabalho é compreender como o processo de produção do espaço urbano do município de Porto Velho-RO, tem corroborado para a ocorrência e manutenção da malária urbana. Os dados levantados no Sistema de Vigilância Epidemiológica (SIVEP-Malária) possibilitaram o cálculo do Índice Parasitário Anual (IPA) de malária para os bairros da cidade de Porto Velho dos anos de 2005 a 2018 e a construção de duas tipologias da paisagem do espaço urbano. A primeira considerou o processo de produção do espaço urbano de Porto Velho; a segunda se baseou nas condições de receptividade para o vetor da malária. A ocorrência da malária em Porto Velho vem declinando de forma diferenciada ao longo do território, havendo uma tendência de permanência nas áreas periurbanas com maior densidade de vegetação e hidrografia.

Abstract Due to intense ongoing urbanization in the Amazon, the urban pattern of malaria may be changing, both in its spatial distribution and epidemiological profile. The purpose of this paper is to analyze how the process of production of urban space in Porto Velho, the capital of the state of Rondonia, Brazil has contributed to the occurrence and maintenance of urban malaria. Using data collected from the Malaria Epidemiological Surveillance System (SIVEP-Malaria), we calculated malaria indices for the districts of Porto Velho from 2005 to 2018. We also developed two typologies for classifying urban space based on functional characteristics and features of the landscape. While the former considers characteristics of urban space in Porto Velho, the latter is based on suitability for malaria vectors. We found that the annual parasite index declined in Porto Velho during the study period. However, changes in the index were not uniform across the districts of the city. Periurban areas showed no decline in the index, which we attribute to these areas’ high vegetation density and hydrological characteristics.