Técnicas tradicionais de identificação de microorganismos ruminais utilizando metodologias de cultivo conseguem identificar um pequeno grupo de bactérias. Técnicas de identificação molecular têm sido amplamente utilizadas em ecossistemas microbiológicos e adaptadas em estudos com ruminantes. Fundamentado no conhecimento atual, uma abordagem mais holística é necessária para descrever vários grupos funcionais de microorganismos dentro do contexto de como eles influenciam e são influenciados dentro do ecossistema ruminal (associação de grupos de microrganismos). Essa perspectiva é aplicada a questões relacionadas com a digestibilidade da fibra, quando o nível de concentrado ou gorduras insaturadas é elevado na dieta, para bovinos de altas produções de carne e leite. Essas mesmas populações microbianas devem ajudar a fornecer fatores de crescimento para as bactérias fibrolíticas enquanto competem com as bactérias hiperprodutoras de amônia de tal forma que haveria menor necessidade de degradação excessiva de proteínas no rúmen como um fator de segurança. Além disso, estas mesmas condições alimentares influenciam os processos de biohidrogenação e metanogênese. Depois de contabilizar as estruturas da população de bactérias, protozoários, bactérias metanogênicas e até mesmo fungos, os esforços para integrar a base molecular da microbiota ruminal com as condições alimentares deverá permitir-nos explicar melhor e, portanto, prever as condições que irão melhorar a eficiência alimentar e reduzir o impacto ambiental dos ruminantes em sistemas de produção.

Because cultivation-based approaches to assess rumen microbiology assess only the minority of microbial groups and can miss opportunities to assess important functions, molecular-based approaches have flourished in microbial ecology and have been adapted to the rumen. Current approaches are described herein, specifically for a robust adaptation to nutrition studies or future opportunities. These included automated profiling techniques, density gradient gel electrophoresis, and future adaption of microarray or high-throughput sequencing technologies. Based on current knowledge, a more holistic approach is needed to describe various functional groups of microbes within the context of how they influence, and are influenced by, the whole consortium (combination of microbial groups). Such a perspective is applied to issues related to increasing fiber digestibility when feeding concentrate or unsaturated fats to high producing beef and dairy cattle. These same microbial populations should help to provide growth factors for fibrolytic bacteria while competing against the hyperammonia-producing bacteria such that there would be less need for excessive rumen-degraded protein as a safety factor. Moreover, these same dietary conditions influence the processes of biohydrogenation and methanogenesis. After accounting for population structures of bacteria, protozoa, methanogenic archaea, and even fungi, efforts to integrate molecular-based rumen microbial ecology with dietary conditions should allow us to better explain and therefore predict conditions that will improve feed efficiency and reduce environmental impact of ruminant production systems.