Objective: To carry out a technical-economic analysis of a plant for the production of RNA vaccines against COVID-19 to cover the local Peruvian demand. Materials and methods: With the use of a specialized software in bioprocesses and local resource costs, it was possible to simulate a whole bioprocess: i) Primary manufacturing (RNA synthesis, purification using tangential filtration, size exclusion chromatography and lipid encapsulation (RNA-LNP), which allowed to produce up to 0.019Kg of RNA-LNP/batch; and ii) Secondary Manufacturing (dispensing and filling of vials). In this way, fixed investment costs (CaPex), operating costs per batch (OpEx) and packaging costs (CE) were calculated. Results: Based on the simulated model, to cover the total demand (32.6 million Peruvian citizens → 100 million doses → ~ 3Kg of synthetic RNA) will require 160 batches produced in a period of 10 months in a single facility. The total investment estimated for the plant is US$791.2 million: CaPex [US $ 91.5 million (68.8% correspond to validation actions and start-up activities)]; OpEx per lot [US $ 4.14 million (97.7% associated with input costs)] which would amount to US$ 662.7 million (160 lots) and one CE: US $ 37 million. The estimated cost per dose was calculated at US$ 7.91. Conclusions: The simulation of bioprocesses gives us an approximation of the technical-economic component to establish investment opportunities in a plant that produces RNA vaccines in Peru, serving as an input for other plants that produce biologics that meet the demands of national public health.

Objetivo: Realizar un análisis técnico-económico de una planta de producción de vacunas ARN contra el COVID-19 para cubrir la demanda local peruana. Materiales y métodos: Con el uso de un software especializado en bioprocesos y costeos de recursos locales se logró simular un proceso de producción compuesto: i) Manufactura primaria (Síntesis de ARN, purificación empleando filtración tangencial, cromatografía de exclusión por tamaño y encapsulamiento lipídico (ARN-LNP); lo cual permitió producir hasta 0.019Kg de ARN–LNP/lote; y ii) Manufactura Segundaria (dispensación y llenado de viales). De esta forma se calcularon costos de inversión fijo (CaPex), costos operativos por lote (OpEx) y costos de envasado (CE). Resultados: En base al modelo simulado, para cubrir la demanda total (32.6 millones de ciudadanos → 100 millones de dosis → ~3Kg de ARN sintético) se requerirán de 160 lotes producidos en un periodo de 10 meses en una sola facilidad. La inversión total estimada para la planta es de US$791.2 millones: CaPex [US$91.5 millones (68.8% corresponden a acciones de validación e inicio de actividades)]; un OpEx por lote [US$4.14 millones (97.7% asociados a gastos de insumos)] lo que ascenderían un monto de US$662.7 millones (160 lotes) y un CE: US$37 millones. El costo estimado por dosis fue calculado en US$7.91. Conclusiones: La simulación de bioprocesos nos brinda una aproximación del componente técnico-económico para establecer oportunidades de inversión en una planta productora de vacunas de ARN en el Perú, sirviendo como insumo para otras plantas productoras de biológicos que cubran las demandas de salud pública nacional.

ABSTRACT The global spread of carbapenemases is a significant public health concern. The aim of this report is to describe the presence of KPC-type carbapenem-resistant genes and enterobacteria isolated in 12 hospitals and forwarded to the Peruvian National Institute of Health’s National Infection Reference Laboratory during the period between 2013 and 2017. The strains were identified by conventional methods; antimicrobial resistance was determined by phenotypic and biochemical methods. The presence of resistant genes was detected by conventional PCR. Eighty-three (83) strains harboring carbapenemases were identified: 26 (31.3%) carrying the blaKPC gene, 56 (67.5%) the blaNDM gene, and one strain (1.2%) with the blaIMP gene. This is the first report that shows the circulating carbapenemases genes in Hospitals in Peru of cases submitted for their confirmation to the National Reference Laboratory, so it is necessary to improve the surveillance to better understand their situation in our country.

RESUMEN La diseminación global de carbapenemasas es de importancia en la salud pública. El objetivo del estudio es describir la presencia de genes de resistencia a carbapenémicos tipo KPC y metalobetalactamasas en enterobacterias aisladas de 12 hospitales y remitidos al Laboratorio de Referencia Nacional de Infecciones Intrahospitalarias del Instituto Nacional de Salud de Perú durante los años 2013 al 2017. Las cepas fueron identificadas por métodos convencionales, la resistencia antimicrobiana fue determinada por métodos fenotípicos, bioquímicos y la presencia de genes de resistencia, se detectaron por PCR convencional. Se identificaron 83 cepas con carbapenemasas: 26 (31,3 %) portando el gen blaKPC, 56 (67,5 %) el gen blaNDM y una (1,2 %) cepa con el gen blaIMP. Es el primer reporte que da a conocer los genes de carbapenemasas circulantes en hospitales de Perú, por lo que se requiere mejorar la vigilancia para tener un mejor conocimiento de la situación en Perú.

The global spread of carbapenemases is a significant public health concern. The aim of this report is to describe the presence of KPC-type carbapenem-resistant genes and enterobacteria isolated in 12 hospitals and forwarded to the Peruvian National Institute of Health’s National Infection Reference Laboratory during the period between 2013 and 2017. The strains were identified by conventional methods; antimicrobial resistance was determined by phenotypic and biochemical methods. The presence of resistant genes was detected by conventional PCR. Eighty-three (83) strains harboring carbapenemases were identified: 26 (31.3%) carrying the blaKPC gene, 56 (67.5%) the blaNDMgene, and one strain (1.2%) with the blaIMP gene. This is the first report that shows the circulating carbapenemases genes in Hospitals in Peru of cases submitted for their confirmation to the National Reference Laboratory, so it is necessary to improve the surveillance to better understand their situation in our country.

La diseminación global de carbapenemasas es de importancia en la salud pública. El objetivo del estudio es describir la presencia de genes de resistencia a carbapenémicos tipo KPC y metalobetalactamasas en enterobacterias aisladas de 12 hospitales y remitidos al Laboratorio de Referencia Nacional de Infecciones Intrahospitalarias del Instituto Nacional de Salud de Perú durante los años 2013 al 2017. Las cepas fueron identificadas por métodos convencionales, la resistencia antimicrobiana fue determinada por métodos fenotípicos, bioquímicos y la presencia de genes de resistencia, se detectaron por PCR convencional. Se identificaron 83 cepas con carbapenemasas: 26 (31,3 %) portando el gen blaKPC, 56 (67,5 %) el gen blaNDM y una (1,2 %) cepa con el gen blaIMP. Es el primer reporte que da a conocer los genes de carbapenemasas circulantes en hospitales de Perú, por lo que se requiere mejorar la vigilancia para tener un mejor conocimiento de la situación en Perú.

Objective: To characterize the molecular features of seven extended-spectrum betalactamase-producing (ESBL) strains of Klebsiella pneumoniae in patients with bacteremia during a nosocomial outbreak in a neonatal unit in Lima, Peru. Methods: Genotyping was performed using Eric-PCR, Rep-PCR and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) to evaluate clonality. Disk diffusion test showed that all seven strains were ESBL producing strains. Results: The three-genotyping methods showed that five out of seven strains were genetically related to a single clone. Conclusions: The study represents the first attempt to apply genotyping methods to study nosocomial outbreaks in neonatal units in Lima, and reveals clonal transmission of ESBL producing strains of K. pneumoniae

Objetivo: Caracterizar por métodos de microbiología y biología molecular siete cepas de Klebsiella pneumoniae productoras de BLEE, de pacientes con bacteremia y sospechosos de pertenecer a un brote de infección intrahospitalaria en el servicio de neonatología de un hospital de Lima-Perú. Material y métodos: Se realizó la genotipificación de los aislamientos por Eric-PCR, Rep-PCR y Electroforesis en Gel de Campo Pulsado (PFGE) con el fin de determinar la relación clonal. El análisis de susceptibilidad antimicrobiana por el método de Difusión de Doble Disco (DDD) mostró que los siete aislamientos eran portadores de β-lactamasas de Espectro extendido (BLEE). Resultados: Los tres métodos de genotipificación, Eric-PCR, PCR-Rep y el método estándar de oro PFGE demostraron relación clonal entre cinco de los aislamientos, revelando que todas pertenecían a una única cepa o clona de K. pneumoniae; mientras que los dos aislamientos restantes también provenían de una misma cepa, pero muy diferente genéticamente a la cepa inicial de 5 aislamientos. Conclusiones: Este estudio revela la transmisión clonal de algunas cepas de K. pneumoniae portadoras de BLEE en el servicio de neonatología de un hospital de Lima-Perú, y pone de manifiesto la utilidad de las técnicas de biología molecular para la investigación de brotes hospitalarios y para la vigilancia epidemiológica. Este es el primer reporte de aplicación del análisis de genotipificación por PFGE a la investigación de brotes hospitalarios de Klebsiella pnuemoniae en un hospital peruano.

Foodborne diseases and other enteric infections often occur as outbreaks and cause morbidity and mortality all over the world. In Perú, they represent a serious public health problem, and are caused by a great variety of infectious agents. For epidemiological research, a wide array of typification methods are used. One of the most important tools for the molecular subtyping of bacterial pathogens is the Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), which is a highly precise method that allows the discrimination between different bacterial isolates which are epidemiologically related. The Instituto Nacional de Salud del Perú (INS) is part of the WHO Global Foodborne Infections Network (WHO-GFN) and of the PulseNet Latin American and Caribbean Net (PN-AL & C), with whom it shares the genetic profiles of the isolated pathogenic strains, so that it is possible to compare de genotypes of similar strains found in different countries and to identify the occurrence of epidemic outbreaks in the region, strengthening the regional system of epidemiological surveillance and generating a rapid, coordinated response between the countries. We present the two last years´ experience including the advances in the use of these strategic tools that have allowed us to characterize genotype patterns implicated in foodborne diseases from isolates recovered in the laboratory network of Peru.

Las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) y otras enfermedades entéricas infecciosas ocurren a menudo como brotes y son causa de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. En el Perú, son un importante problema de salud pública y son causados por una gran variedad de agentes infecciosos. Para la investigación epidemiológica se utiliza una variedad de métodos de tipificación. Una de las herramientas más importantes en la subtipificación molecular de patógenos bacterianos es la técnica de la electroforesis en campo pulsado (PFGE), que es un método altamente resolutivo que permite la discriminación entre diferentes aislamientos bacterianos epidemiológicamente relacionados. El Instituto Nacional de Salud (INS) del Perú integra las redes WHO Global Foodborne Infections Network y la Red PulseNet América Latina y Caribe, con quienes comparte los perfiles genéticos de las cepas patógenas aisladas, permitiendo comparar los genotipos de cepas semejantes halladas en diferentes países y reconocer la ocurrencia de brotes epidémicos en la región, fortaleciendo el sistema de vigilancia epidemiológica regional y generando una rápida respuesta conjunta entre países. Se presenta la experiencia de los dos últimos años sobre los avances en la utilización de estas herramientas estratégicas que nos ha permitido caracterizar patrones de genotipo de principales patógenos implicados en ETA a partir de aislamientos recuperados de la red de laboratorios del Perú.

Foodborne diseases and other enteric infections often occur as outbreaks and cause morbidity and mortality all over the world. In Perú, they represent a serious public health problem, and are caused by a great variety of infectious agents. For epidemiological research, a wide array of typification methods are used. One of the most important tools for the molecular subtyping of bacterial pathogens is the Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), which is a highly precise method that allows the discrimination between different bacterial isolates which are epidemiologically related. The Instituto Nacional de Salud del Perú (INS) is part of the WHO Global Foodborne Infections Network (WHO-GFN) and of the PulseNet Latin American and Caribbean Net (PN-AL & C), with whom it shares the genetic profiles of the isolated pathogenic strains, so that it is possible to compare de genotypes of similar strains found in different countries and to identify the occurrence of epidemic outbreaks in the region, strengthening the regional system of epidemiological surveillance and generating a rapid, coordinated response between the countries. We present the two last years´ experience including the advances in the use of these strategic tools that have allowed us to characterize genotype patterns implicated in foodborne diseases from isolates recovered in the laboratory network of Peru.

Las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) y otras enfermedades entéricas infecciosas ocurren a menudo como brotes y son causa de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. En el Perú, son un importante problema de salud pública y son causados por una gran variedad de agentes infecciosos. Para la investigación epidemiológica se utiliza una variedad de métodos de tipificación. Una de las herramientas más importantes en la subtipificación molecular de patógenos bacterianos es la técnica de la electroforesis en campo pulsado (PFGE), que es un método altamente resolutivo que permite la discriminación entre diferentes aislamientos bacterianos epidemiológicamente relacionados. El Instituto Nacional de Salud (INS) del Perú integra las redes WHO Global Foodborne Infections Network y la Red PulseNet América Latina y Caribe, con quienes comparte los perfiles genéticos de las cepas patógenas aisladas, permitiendo comparar los genotipos de cepas semejantes halladas en diferentes países y reconocer la ocurrencia de brotes epidémicos en la región, fortaleciendo el sistema de vigilancia epidemiológica regional y generando una rápida respuesta conjunta entre países. Se presenta la experiencia de los dos últimos años sobre los avances en la utilización de estas herramientas estratégicas que nos ha permitido caracterizar patrones de genotipo de principales patógenos implicados en ETA a partir de aislamientos recuperados de la red de laboratorios del Perú.