O protozooplâncton é um componente importante da rede trófica microbiana de ambientes aquáticos e sua composição, densidade e distribuição refletem os aspectos físicos, químicos e bióticos do ambiente. Considerando a escassa literatura sobre protozoários de água doce no Brasil e sobre sua ecologia em ambientes subtropicais, inventariamos os táxons de ciliados e amebas em 13 corpos d'água do Estado de São Paulo e analisamos a variação na abundância dos gêneros/espécies de maior incidência em relação às variáveis ambientais. Coletamos duas amostras por ambiente, fixando-as com cloreto de mercúrio e corando-as com azul de bromofenol para posterior quantificação e identificação em microscópio ótico. Identificamos 74 gêneros de ciliados e amebas, e os Ciliophora dominaram na maioria dos ambientes. A subclasse Stichotrichia ocorreu em todos os ambientes, predominando em cinco deles, especialmente pela ocorrência o gênero Halteria. A Análise de Correspondência Canônica mostrou que as concentrações de nitrito e nitrato são as principais variáveis que explicam a distribuição dos gêneros Limnostrombidium, Urotricha e Vorticella. O aumento na concentração de oxigênio dissolvido, condutividade, temperatura e concentração de fosfato particulado afetou positivamente a densidade dos gêneros Halteria e Coleps e da espécie Cinetochilum margaritaceum, que foi ainda influenciada negativamente pelo aumento nas concentrações de nitrito e nitrato. Considerando-se que foi realizada apenas uma coleta, a riqueza de espécies foi alta quando comparada à média de taxa encontrada para corpos d'água do Estado de São Paulo. O ambiente mais rico, Lagoa do Diogo, localiza-se em uma estação ecológica, confirmando a necessidade de mais pesquisas sobre a diversidade em ambientes menos impactados.

Protozooplankton is an important component of the aquatic microbial food webs and its composition, density, and distribution reflect the chemical, physical, and biological aspects of the environment. Considering the scarce literature on freshwater protozoans in Brazil and on protozoan ecology in subtropical environments, we listed the ciliates and amoebae taxa found in 13 water bodies in São Paulo State and analyzed their abundance in relation to the environmental variables. We collected two samples in each environment, fixed immediately with mercuric chloride and stained with bromophenol blue. After microscopical analysis, 74 protozoan genera were identified and the Ciliophora were dominant in the majority of the environments. The Stichotrichia, represented mostly by the genus Halteria, occurred in all environments, and was the dominant subclass in five of them. The canonic correspondence analysis of the most frequent genera and the environmental variables showed that nitrite and nitrate were the variables that better explained the distribution of Limnostrombidium, Urotricha, and Vorticella. The densities of the genera Halteria, Coleps, and of the species Cinetochilum margaritaceum were positively affected by increasing concentrations of dissolved oxygen, particulate phosphate, conductivity, and temperature. C. margaritaceum were also negatively affected by increasing concentrations of nitrite and nitrate. Considering that we made only one sampling in each environment, the richness was high compared to the mean diversity of lakes in the São Paulo State. The Diogo Lake, located in an ecological reserve, was the richest one, confirming the need of more research on the biodiversity of more preserved environments.