Abstract Pseudocercospora ulei is the causal agent of South American Leaf Blight (SALB), the main disease affecting Hevea brasiliensis rubber tree, a native species to the Amazon. Rubber tree is a major crop in South American countries and SALB disease control strategies would benefit from the availability of genomic resources for the fungal pathogen. Here, we assembled and annotated the P. ulei genome. Shotgun sequencing was performed using second and third generation sequencing technologies. We present the first P. ulei high-quality genome assembly, the largest among Mycosphaerellaceae, with 93.8 Mbp, comprising 215 scaffolds, an N50 of 2.8 Mbp and a BUSCO gene completeness of 97.5%. We identified 12,745 protein-coding gene models in the P. ulei genome with 756 genes encoding secreted proteins and 113 genes encoding effector candidates. Most of the genome (80%) is composed of repetitive elements dominated by retrotransposons of the Gypsy superfamily. P. ulei has the largest genome size among Mycosphaerellaceae, with the highest TE content. In conclusion, we have established essential genomic resources for a wide range of studies on P. ulei and related species.

RESUMEN Los venenos de las serpientes comprenden una mezcla compleja de proteínas, y existe una alta variabilidad interespecífica e intra-específica en su composición, incluso en la misma región. Nuestro objetivo fue comparar la composición de los venenos de Bothrocophias myersi, Crotalus durissus y Bothrops asper de la región andina de Colombia, mediante cromatografía líquida de alta eficiencia en fase reversa (RP-HPLC). Los venenos fueron entregados al grupo de investigación mediante un convenio con la Fundación Zoológica de Cali. El pool de venenos fue obtenido por extracción manual, liofilizado y congelado. La proteína de los venenos fue cuantificada por Absorbancia 280nm por medición directa con Nanodrop®. La composición proteica se estableció por RP-HPLC, utilizando una columna Lichosper 100 RP, C18 (250X4 mm) con un tamaño de poro de 5|jm, así como por electroforesis en gel dodecil sulfato de sodio-poliacrilamida (SDS-PAGE). La mayor cantidad de proteínas se encontró en el veneno de B. myersi (108.6 mg/mL), seguido de C. durissus (78.1 mg/mL) y B. asper (74.1 mg/mL). Todos los venenos mostraron bandas de 15 y 50 KDa por SDS-PAGE. El cromatograma de B. myersi exhibió 16 picos por RP-HPLC. Concluimos que la composición de los tres venenos es bastante similar, siendo la fosfolipasa A2 la proteína común en estos y junto con las metaloproteinasas fueron las familias de proteínas más abundantes en el veneno de B. myersi. Las técnicas de SDS-PAGE y el RP-HPLC permiten un primer acercamiento al perfil de los venenos, lo que a su vez podría contribuir a esclarecer el síndrome clínico producido.

ABSTRACT Snake venoms comprise a highly complex mixture of proteins, and there is also a high interspecific and intraspecific variability in their composition, even in the same region. Our aim was to compare the composition of the venoms of Bothrocophias myersi, Crotalus durissus, and Bothrops asper, snakes from the Colombian Andean region by Reverse-Phase High-Performance Liquid Chromatography (RP-HPLC). The venoms were given to the research group under an agreement with Fundación Zoológica de Cali. The venoms pool was obtained by manual extraction, lyophilized and frozen. The venom protein was quantified by direct measurement with Nanodrop® 280 nm. The protein composition was established by RP-HPLC, using a Lichosper 100 RP, C18 column (250X4 mm) with a pore size of 5|m, as well as by Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). The highest quantity of protein was found in the venom of B. myersi (108.6 mg/ mL) followed by C. durissus (78.1 mg/mL) and B. asper (74.1 mg/mL). All venoms showed bands of 15 and 50 KDa by using SDS-PAGE. B. myersi venom chromatogram exhibited 16 peaks by RP-HPLC. We conclude that the composition of the three venoms is quite similar, being phospholipase A2 the common protein therein, and together with metalloproteinases they were the most abundant protein families in the venom of B. myersi. SDS-PAGE and RP-HPLC techniques allow a first approach to the profile of the venoms, which in turn could clarify the clinical syndrome produced.

RESUMEN El CCU es la segunda causa de muerte en mujeres de nuestro país. Dentro de los primeros mecanismos de defensa del hospedero se encuentra la respuesta inmune de las células NK y su función lítica a expensas de su receptor activador NKG2D, el cual posee como ligandos mica, micb y ulbp (1-6), los cuales se expresan en células transformadas y/o infectadas por virus. Uno de los mecanismos de evasión por parte de la célula tumoral es el clivaje de estas proteínas a través de metaloproteinasas como adam10, adam17 y mmp14. Se analizó la expresión de estos ligandos y metaloproteinasas mediante PCR tiempo real, en lineas celulares de referencia para cáncer cervical como HeLa (positiva para VPH-18) y C33A (negativa para VPH). Se obtuvieron valores representativos de expresion relativa genica con diferencias significativas asi: mmp14 en linea HeLa (p= 0.006); y mica y ulbp-3 en la linea C33A (p= 0.020 y p=0.003 respectivamente). Por lo tanto, se podría sugerir que la expresión de mmp14 se encuentra posiblemente involucrados con la presencia de VPH causante del cancer cervical y la respuesta inmunne innata desarrollada.

ABSTRACT Cervical cancer is the second leading cause of death in women in our country. Within the first host defense mechanisms is the immune response of NK cells and their lytic function at the expense of its NKG2D receptor activator which has as ligands mica, micb and ulbp (1-6), which are expressed in transformed cells and / or virally infected. One of the mechanisms of evasion by the tumor cell is the cleavage of these proteins through metalloproteinases as adam10, adam17 and mmp14. We analyzed the expression of these ligands and metalloproteinases by real time PCR, in reference to cell lines HeLa cervical cancer (positive for HPV-18) and C33A (negative for HPV). We obtained representing relative gene expression with significant differences from the other lines of study as follows: mmp14 in HeLa (p = 0.006); and mica and ulbp-3 in C33A (p = 0.020 and p = 0.003 respectively). Thus one might suggest that the expression of mmp14 is possible involved with HPV presence causing high risk of cervical cancer and innate inmunne response developed.

Dental caries is an infectious, multifactorial, localized, transmissible process that leads to the destruction of hard dental tissue. Streptococcus mutans is considered to be the main microorganism associated with its development. The aim of this study was to determine presence and count of S. mutans in saliva samples from children with dental caries before and after an educational process including interviews, lessons, lectures, educational workshops and recreational activities on the importance of oral care and hygiene. Twenty-three 3- to 6-year-old schoolchildren provided 3 unstimulated saliva samples: one before the educational process, one at 3 months and one at 6 months into the educational process. The samples were serially diluted and plated on Mitis Salivarius agar supplemented with bacitracin and 20% sucrose, and incubated anaerobically for 2 days at 37º C. Presumptive S. mutans isolates were identified with biochemical tests. Before the beginning of the educational process, and at 3 and 6 months into the educational process, S. mutans was found, respectively, in 22 (95.6%), 15 (65.2%) and 10 (43.5%) of the 23 children. The S. mutans count was reduced by 64.8% and 86.6% at 3 and 6 months, respectively, compared to the levels found before the educational process. These results indicate that educational intervention produced a significant reduction in S. mutans levels in the saliva of children with dental caries at 3 and 6 months into the educational process.

La caries dental es un proceso infeccioso multifactorial, localizado y transmisible que se caracteriza por la destrucción del tejido dental duro. Streptococcus mutans es considerado el principal microorganismo asociado al desarrollo de esta enfermedad. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia y recuento de S. mutans en saliva de niños con caries dental antes y después de un proceso educativo. Con este fin se tomó saliva no estimulada de 23 niños con caries dental pertenecientes a un centro educativo con edades de 3 a 6 años. En todos los niños se tomaron 3 muestras de saliva: antes del proceso educativo y a los 3 y 6 meses de iniciado el proceso educativo. El proceso educativo consistió en entrevistas, enseñanzas, conferencias, talleres educativos y actividades lúdicas sobre la importancia del cuidado e higiene oral. Después de su recolección, las muestras de saliva fueron serialmente diluidas y sembradas en Agar Mitis Salivarius con bacitracina y sacarosa al 20%. Los medios de cultivo sembrados se incubaron en anaerobiosis durante 2 días a 37°C y los aislamientos presuntivos de S. mutans se identificaron con pruebas bioquímicas. Antes del inicio del proceso educativo, a los 3 y 6 meses de iniciado el proceso educativo se encontró S. mutans, respectivamente, en 22 de los 23 niños (95.6%), en 15 de los 23 niños (65.2%) y en 10 de los 23 niños (43.5%). En cuanto al recuento de S. mutans, se encontró una reducción de 64.8 % y 86.6% a los 3 y 6 meses, respectivamente, en comparación a los niveles encontrados antes del inicio del proceso educativo. En conclusión, los resultados indican que la intervención educativa realizada produjo una reducción significativa en los niveles de S. mutans en saliva de niños con caries dental después de 3 y 6 meses de iniciado el proceso educativo.

Los miRNAs son pequeños RNAs que participan en diversos procesos de regulación génica, mediante ribointerferencia y juegan un papel clave en diversos procesos biológicos, tales como proliferación celular, diferenciación y apoptosis. En consecuencia, la expresión alterada de miRNAs contribuye a la enfermedad humana, incluyendo cáncer. En esta revisión, nos centraremos en los recientes hallazgos de miRNAs que inciden en el desarrollo de cáncer y particularmente en cáncer de seno, simultáneamente evaluaremos sus mecanismos de regulación, su clasificación, su uso como marcadores de invasión tumoral, de sensibilidad a fármacos y adicionalmente exploraremos la utilidad de los miRNAs en el diagnóstico, seguimiento y tratamiento individualizo. Finalmente encontramos que los miRNAs representan una gran alternativa para entender las bases moleculares de los procesos tumorales implícitos en cáncer de seno y una vez se conozcan todas sus dianas, será posible dilucidar al menos en parte este proceso complejo y multigénico, ayudado mediante herramientas como la generación de bases de datos, para reportan la expresión diferencial de miRNAs, elementos que nos permitirá realizar medicina preventiva y mejorar la calidad de vida de los pacientes y sus familias.

MiRNAs are small RNAs that are involved in various processes of gene regulation by RNAi and play a key role in various biological, such as cell proliferation, differentiation and apoptosis processes. Consequently, the altered expression of miRNAs contribute to human disease, including cancer. In this review, we will focus on the recent findings of miRNAs that affect the development of cancer, particularly breast cancer, simultaneously evaluate their regulatory mechanisms , their classification , their use as markers of tumor invasion, drug susceptibility and further explore the utility of miRNAs in the diagnosis, monitoring and individualize treatment. Finally found that miRNAs represent a great alternative for understanding the molecular basis of implicit tumor processes in breast cancer and once all targets are known, it will be possible to elucidate at least in part this complex and multigenic process, aided by tools such as generation of databases, to report the differential expression of miRNAs, elements that allow us to preventive medicine and improve the quality of life of patients and their families.

Chronic periodontitis is a multifactorial infectious disease associated with Gram-negative anaerobes which are part of the subgingival microflora. In recent years, studies have been conducted to assess the presence of Gram-negative facultative anaerobes (Enterobacteriaceae) and their participation in the development and progression of chronic periodontitis. The aim of this study was to determine the presence of Enterobacteriaceae in patients with chronic periodontitis and gingivitis and to assess antimicrobial susceptibility of clinical isolates. A descriptive, observational study was performed including 64 patients with chronic periodontitis and 22 patients with gingivitis. Microbiological samples were taken from the gingival sulcus using paper points, which then were placed in thioglycollate broth. Samples were incubated for 4 hours at 37ºC and finally replated on MacConkey agar. Bacteria were identified using the API-20E system (Biomerieux, France) and antimicrobial susceptibility was determined using the disk diffusion method. The evaluation of samples showed presence of 29 enterobacterial species distributed as follows: 7 in the group with gingivitis and 22 in the group with chronic periodontitis. In the chronic periodontitis group the most common species were: K. oxytoca n=5, S. liquefaciens n=4 and K. pneumoniae and E. coli with n=3. The gingivitis group had the highest frequency of Erwinia sp. (n= 2). Clinical isolates showed very low sensitivity levels to ß-lactam ampicillin and amoxicillin/ clavulanic acid, 17.2% and 27.6%, respectively, and higher sensitivity levels to ciprofloxacin (96.6%), amikacin (79.3%), gentamicin (68.9%) and ceftazidime, ceftriaxone, kanamycin and trimethoprimsulfa (65.5%). In conclusion, the existence of a high frequency of enterobacteria in patients with chronic periodontitis and gingivitis shows that periodontologists should pay greater attention to prevention protocols, and develop mechanical and antimicrobial therapies in which antimicrobial susceptibility profile reports should be considered as part of periodontal treatment.

La periodontitis cronica es una enfermedad infecciosa multifactorial asociada a bacilos Gram-negativos anaerobios estrictos que hacen parte de la microflora subgingival. En los ultimos anos se han realizado estudios para valorar la presencia de bacilos Gramnegativos anaerobios facultativos (enterobacterias) y su importancia en el desarrollo y progresion de la periodontitis cronica. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia de enterobacterias en pacientes con periodontitis cronica y gingivitis y conocer la susceptibilidad antimicrobiana de los aislamientos clinicos. Se realizo un estudio observacional y descriptivo en el que se incluyeron 64 pacientes con periodontitis cronica y 22 pacientes con gingivitis. Las muestras tomadas en el surco gingival con conos de papel se depositaron en caldo tioglicolato, se incubaron durante 4 horas a 37 ºC y se resembraron finalmente en Agar MacConkey. En la identificacion de las bacterias se utilizo el sistema API-20E (Biomerieux, France) y la susceptibilidad antimicrobiana se realizo por el metodo de difusion en disco. En los dos grupos se identificaron 29 especies enterobacterianas, 7 en el grupo con gingivitis y 22 en el grupo con periodontitis cronica. En el grupo de periodontitis cronica las especies mas frecuentes fueron: K. oxytoca n=5, S. liquefaciens n=4 y K.pneumoniae y E. coli con n=3. En el grupo con gingivitis, Erwiniasp tuvo la mayor frecuencia (n=2). Los aislamientos clinicos presentaron niveles muy bajos de sensibilidad a los B-lactamicos ampicilina y amoxicilina/ ac.clavulanico, 17.2% y 27.6%, respectivamente, y mayor sensibilidad a ciprofloxacina (96.6%), amicacina (79.3%), gentamicina (68.9%) y a ceftacidima, ceftriaxona, kanamicina y trimetoprim-sulfa (65.5%). En conclusion, la alta frecuencia de enterobacterias en pacientes con periodontitis cronica y gingivitis debe conducir a los profesionales en periodoncia a trabajar con mayor determinacion en protocolos de prevencion y a desarrollar terapias mecanicas y antimicrobianas en las cuales se tengan en cuenta, como parte del tratamiento periodontal, los perfiles antimicrobianos reportados.

En este artículo se evaluó la actividad antimicrobiana y citotóxica de un nuevo complejo de plata(I) con el ión salicilato y 1,10-fenantrolina. La caracterización de este compuesto se realizó por espectroscopia de resonancia magnética nuclear de protón y carbono-13 (RMN ¹H y 13C), espectroscopia de absorción en la región de infrarrojo (IR), análisis térmico (TG/DSC) y análisis elemental (CHN). Los resultados obtenidos a través de estos métodos sugieren la formación del compuesto con fórmula empírica [Ag(phen)2] salH. Cuando fue comparada la actividad antimicrobiana y citotóxica de este complejo con otros compuestos de plata(I) y cobre(II) de actividad conocida, se observó que el ligante 1,10-fenantrolina incrementa estas propiedades. El compuesto en estudio, presenta la mayor inhibición del crecimiento bacteriano, los microorganismos Gram positivos fueron los más susceptibles. La actividad citotóxica fue evaluada en un panel de cinco líneas celulares tumorales humanas: MDA-MB231, PC-3, HT-29, HEp-2 y A549. A las concentraciones evaluadas, el compuesto produjo una respuesta citotóxica dosis-dependiente en todas las líneas celulares tumorales, particularmente para las líneas tumorales HT-29, MDA-MB231 y A549. Todo esto, sugiere su gran potencial para usos quimioterapéuticos.

This article evaluated the antimicrobial and cytotoxic activity of a new complex of silver(I) with the salicylate ion and 1,10-phenanthroline. The characterization of this compounds was performed by nuclear magnetic resonance spectroscopy of proton and carbon-13 (RMN ¹H y 13C), spectroscopy absorption in the infrared (IR), thermal analysis (TG/DCS) and elemental analysis (CHN). The results ob-tained through these methods suggest the formation of the compound with empiri-cal formula Ag(phen)2]salH 4. When was compared the antimicrobial activity and cytotoxicity of the complex with other compounds of silver(I) and copper(II) of known activity, we observed that 1, 10-phenalthroline ligand increases these properties. The compound under study has the highest inhibition of bacterial growth, Gram-positive microorganisms were the most susceptible. The cytotoxic activity was tested against a panel of fve human cancer cell lines: MDA-MB231, PC-3, HT-29, HEp-2 and A549. At the concentrations tested, the compound pro-duced a dose-dependent cytotoxic res-ponse against all tumor cell lines, parti-cularly against the HT-29, MDA-MB231 and A549 cell lines. All this suggests its potential chemotherapeutic use.

Neste artigo avaliou-se a atividade antimicrobiana e citotóxica de um novo complexo de prata(I) com o íon sali-cilato e 1,10-fenantrolina. A caracterização deste composto foi realizada por espectroscopia de ressonância magnética nuclear de próton e carbono-13 (RMN ¹H e 13C), espectroscopia de absorção na região de infravermelho (IV), análise térmico (TG/DSC), análi-se elementar (CHN). Os resultados ob-tidos através destes métodos sugerem a formação do composto com fórmula empírica [Ag(phen)2]salH. Quando foi comparada a atividade antimicrobiana e citotóxica deste complexo com outros compostos de prata(I) e cobre(II) de ati-vidade conhecida, observou-se que o ligante 1,10-fenantrolina aumenta essas propriedades. O composto em estudo apresenta maior inibição do crescimento bacteriano, os microorganismos Gram-positivos foram os mais suscetíveis. A atividade citotóxica foi avaliada em um painel de cinco linhas de células tu-morais humanas: MDA-MB231, PC-3, HT-29, HEp-2 e A549. Com as concen-trações avaliadas, o composto deu uma resposta citotóxica dose-dependência em todas as linhagens de células tumo-rais, particularmente para as linhas de células tumorais HT-29, MDA-MB231 e A549. Tudo isso, sugere, um grande potencial para aplicações em quimioterapia.

La rentabilidad del cultivo de caucho depende en gran medida de los genotipos establecidos en plantación, por lo tanto es necesario asegurar la identidad de los clones. Este trabajo tuvo como objetivo identificar clones comerciales de Hevea sp. mediante microsatélites. Se diseñaron primers a partir de secuencias reportadas en el Genbank con los programas Primer3, PrimerQuestSM y OlgoPerfectSM para amplificación por PCR de microsatélites. Los primers obtenidos se analizaron termodinámicamente mediante el programa Oligo Analizer 3.1 y se evaluaron experimentalmente sobre 12 clones de Hevea sp. Se seleccionaron 15 de 561 marcadores microsatélites con motivos de repetición de 2 y 3 pb y rangos de extensión entre 11 y 23 repeticiones. Los más informativos fueron: con siete alelos los microsatélites amplificados con lo primers SSRH103, SSRH134, SSRH510 y SSRH516, con ocho alelos los primers SSRH403. Cuatro marcadores micrlites fueron suficientes para discriminar diez de los 12 clones. El análisis de agrupamiento realizado con la totalidad de los marcadores sobre los clones evaluados, evidencia la estrecha base genética de los clones brasileños respecto a los asiáticos. Este trabajo aporta nuevos marcadores y se suma a los publicados por otros autores, para la identificación y estudios de diversidad de clones de caucho natural

The rubber crops profitability depends largely on genotypes established in plantations, meaning that clone identity must be ascertained. This work was aimed at identifying commercial clones Hevea sp. by microsatellites. Primers were designed from sequences reported in Genbank using Primer3, PrimerQuest and OlgoPerfect software for PCR amplification of microsatellites. The primers so obtained were thermodynamically analysed by Oligo Analyzer 3.1 software and experimentally evaluated on 12 Hevea sp. clones. The 15 of the 561 microsatellite markers were selected; they had 2- and 3-bp repeat motifs and 11- to 23-bp repeat extension ranges. The most informative ones were microsatellites amplified with SSRH103, SSRH134, SSRH510 and SSRH516 primers with seven alleles and SSRH403 primers with eight alleles. Four microsatellite markers were sufficient for discriminating 10 of the 12 clones. Clustering analysis involved all the markers on the clones evaluated here, showing Brazilian clones' narrow genetic base compared to Asiatic ones. The current work provides new markers and joins work published by other authors for identifying and diversity studies of natural rubber clone

La composición de la fracción hexánica de la corteza de Croton stipuliformis se estudió por cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas; se caracterizaron los sesquiterpenos y esteroles como los principales constituyentes. Adicionalmente a estos compuestos, tres diterpenoides labdanos y seco-labdanos, el ácido 8(17),12E,14-labdatrien-18-oico [3], el ácido 12E-3,4-seco-labda-4(18),8(17),12,14-tetraen-3- oico [2] y su ester metílico [1] se aislaron de esta fracción por HPLC preparativa y sus estructuras se elucidaron con base en los análisis por HRFABMS, espectroscopía de RMN mono y bidimensional. Adicionalmente, se determinó la actividad citotóxica de estos tres compuestos frente a las líneas celulares de tumores humanos HEp-2, HT-29, MKN-45, MCF-7 y HeLa. Todos los compuestos mostraron una citotoxidad moderada y no específica frente a las líneas celulares mencionadas anteriormente.

The composition of the cytotoxic hexane fraction of the Croton stipuliformis bark was studied by means of a gas chromatography coupled to a mass spectrometry; sesquiterpenes and sterols were characterized as the main constituents. Along with these compounds, three labdane and seco-labdane diterpenoids, 8(17),12E,14-labdatrien-18-oic acid [3], 12E-3,4-seco-labda-4(18),8(17),12,14-tetraen-3-oic acid [2], and its methyl ester [1] were isolated from this fraction through preparative HPLC, and their structures were elucidated by HR-FABMS, 1D and 2D NMR analyses. Additionally, the cytotoxic activity of these three compounds against human tumor cell lines HEp-2, HT-29, MKN-45, MCF-7, and HeLa was assessed. The three compounds showed a non-specific and moderate cytotoxicity against the abovementioned cell lines.