ABSTRACT Brazil experienced one of the fastest increasing numbers of coronavirus disease (COVID-19) cases worldwide. The Sao Paulo State (SPS) reported a high incidence, particularly in Sao Paulo municipality. This study aimed to identify clusters of incidence and mortality of hospitalized patients with severe acute respiratory syndrome for COVID-19 in the SPS, in 2020–2021, and describe the origin flow pattern of the cases. Cases and mortality risk area clusters were identified through different analyses (spatial clusters, spatio-temporal clusters, and spatial variation in temporal trends) by weighting areas. Ripley’s K12-function verified the spatial dependence between the cases and infrastructure. There were 517,935 reported cases, with 152,128 cases resulting in death. Of the 470,441 patients hospitalized and residing in the SPS, 357,526 remained in the original municipality, while 112,915 did not. Cases and death clusters were identified in the Sao Paulo metropolitan region (SPMR) and Baixada Santista region in the first study period, and in the SPMR and the Campinas, Sao Jose do Rio Preto, Barretos, and Sorocaba municipalities during the second period. We highlight the priority areas for control and surveillance actions for COVID-19, which could lead to better outcomes in future outbreaks. COVID19 COVID 19 (COVID-19 worldwide SPS (SPS municipality COVID-1 20202021 2020 2021 2020–2021 spatiotemporal spatio trends Ripleys Ripley s K12function Kfunction K12 function K infrastructure 517935 517 935 517,93 152128 152 128 152,12 470441 470 441 470,44 357526 357 526 357,52 112915 112 915 112,91 not (SPMR period Campinas Preto Barretos COVID19, 19, outbreaks COVID1 1 (COVID-1 COVID- 2020202 202 2020–202 K1 51793 51 93 517,9 15212 15 12 152,1 47044 47 44 470,4 35752 35 52 357,5 11291 11 91 112,9 (COVID- 202020 20 2020–20 5179 5 9 517, 1521 152, 4704 4 470, 3575 3 357, 1129 112, (COVID 20202 2 2020–2 2020–

OBJECTIVES: To describe retrospectively severe hospitalized cases and deaths related to the COVID-19 epidemic in the state of São Paulo, starting from the date of the first record with symptoms onset on 02/10/2020 up to 05/20/2021 records. METHODS: This is a descriptive study. The data source used was from the Influenza Epidemiological Surveillance System (SIVEP-Gripe). The rates of incidence, mortality and accumulated incidence in the period were calculated, stratified by age group and Regional Health Department (DRS). In addition, severe cases were geocoded to analyze their spread across the state; and the Effective R, which determines the spread potential of a virus within a population, was calculated. RESULTS: There was a significant increase in severe cases and deaths recorded in the period of one year, with incidence and mortality rates being heterogeneous within the state. The most critical periods regarding the incidence of severe cases occurred between May and July 2020 and between March and April 2021. The DRSs in São José do Rio Preto, Grande São Paulo and Araçatuba concentrated the highest incidence and mortality rates. Severe cases and deaths were more frequent in men and in the population over 60 years, while the main risk conditions related to deaths were heart disease (59%) and diabetes (42,8%). CONCLUSIONS: These results not only provide a detailed profile for more efficient control action plan, but will also allow the historical understanding of the COVID-19 evolution within the state of São Paulo.

OBJETIVOS: Descrever, de forma retrospectiva, os casos graves hospitalizados e óbitos relacionados à epidemia de COVID-19 no estado de São Paulo, desde a data do primeiro registro com início de sintomas em 10/02/2020 até registros disponíveis em 20/05/2021. MÉTODOS: Trata-se de um estudo descritivo realizado por meio da base de dados do Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe (SIVEP-Gripe). Foram calculadas as taxas de incidência, mortalidade e incidência acumulada no período, estratificadas por faixa etária e Departamento Regional de Saúde (DRS). Os casos graves foram geocodificados para análise de seu espalhamento pelo estado e foi calculado o R Efetivo, que estima o potencial de propagação de um vírus dentro de uma população. RESULTADOS: Houve um aumento significativo dos casos graves e óbitos registrados no período de um ano, sendo que as taxas de incidência e mortalidade foram heterogêneas dentro do estado. Os períodos mais críticos em relação à incidência de casos graves ocorreram entre maio e julho de 2020 e entre março e abril de 2021. Os DRS de São José do Rio Preto, Grande São Paulo e Araçatuba concentraram as maiores taxas de incidência e mortalidade. Os casos graves e óbitos foram mais frequentes nos homens e na população acima de 60 anos, e as principais condições de risco relacionadas aos óbitos foram cardiopatia (59%) e diabetes (42,8%). CONCLUSÕES: Espera-se que esses resultados ofereçam embasamento e possam contribuir para uma ação de controle mais eficiente, além de permitir o entendimento histórico da evolução da COVID-19 no estado.

ABSTRACT From February 26, 2020 to March 11, 2021, coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic resulted in 11,439,558 cases and 277,102 deaths in Brazil. Among them, 2,195,130 cases and 63,965 deaths occurred in Sao Paulo State, Southeast Brazil. The recent emergence and rise of new variants of SARS-CoV-2 is of concern because of their higher transmissibility and possible association with more severe disease. Cases of SARS-CoV-2 reinfections have been described since December 2020 in Brazil. This report describes two cases of COVID-19 reinfection, that occurred five and six months after the first infection, during the second wave of the pandemic in Sao Paulo State. Both patients presented mild symptoms in the two COVID-19 episodes and different lineages of SARS-CoV-2 were identified: B.1.1.33 and B.1.1.28 lineages in case 1 and B1.1.128 and P. 2 lineages in case 2.

RESUMO: Objetivo: Descrever, de forma retrospectiva, os casos graves de pacientes hospitalizados e os óbitos relacionados à epidemia de COVID-19 no estado de São Paulo, desde a data do primeiro registro, com início de sintomas em 10 de fevereiro de 2020 até registros disponíveis em 20 de maio de 2021. Métodos: Trata-se de um estudo descritivo realizado por meio da base de dados do Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe. Foram calculadas as taxas de incidência, mortalidade e incidência acumulada no período, estratificadas por faixa etária e agrupadas de acordo com cada Departamento Regional de Saúde. Os casos graves foram geocodificados para a análise de seu espalhamento pelo estado e foi calculado o R efetivo, que estima o potencial de propagação de um vírus em uma população. Resultados: Houve aumento significativo dos casos graves e óbitos registrados no período de um ano, e as taxas de incidência e mortalidade foram heterogêneas no estado. Os períodos mais críticos em relação à incidência de casos graves ocorreram entre maio e julho de 2020 e entre março e abril de 2021. Os Departamentos Regionais de Saúde de São José do Rio Preto, Grande São Paulo e Araçatuba concentraram as maiores taxas de incidência e mortalidade. Os casos graves e óbitos foram mais frequentes nos homens e na população acima de 60 anos, e as principais condições de risco relacionadas aos óbitos foram cardiopatia (59%) e diabetes (42,8%). Conclusões: Espera-se que esses resultados ofereçam embasamento e possam contribuir para uma ação de controle mais eficiente da COVID-19, além de permitir o entendimento histórico de sua evolução no estado.

ABSTRACT: Objectives: To retrospectively describe severe cases of hospitalized patients and deaths related to the COVID-19 epidemic in the state of São Paulo, starting from the date of the first record, with symptoms onset on 02/10/2020 up to 05/20/2021. Methods: This is a descriptive study carried out using the Influenza Epidemiological Surveillance System (Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe - SIVEP-Gripe) database. The rates of incidence, mortality, and accumulated incidence in the period were calculated, stratified by age group and Regional Health Department (RHD). In addition, severe cases were geocoded to analyze their spread across the state; and the Effective R, which determines the spread potential of a virus within a population, was calculated. Results: There was a significant increase in severe cases and deaths recorded in the period of one year, with incidence and mortality rates being heterogeneous within the state. The most critical periods regarding the incidence of severe cases occurred between May and July 2020 and between March and April 2021. The RHD in São José do Rio Preto, Expanded São Paulo, and Araçatuba concentrated the highest incidence and mortality rates. Severe cases and deaths were more frequent in men and in the population over 60 years, while the main risk conditions related to deaths were heart disease (59%) and diabetes (42,8%). Conclusions: These results not only provide a detailed profile for more efficient control action plan, but will also allow the historical understanding of the COVID-19 evolution within the state of São Paulo.

RESUMO: Objetivo: Descrever, de forma retrospectiva, os casos graves de pacientes hospitalizados e os óbitos relacionados à epidemia de COVID-19 no estado de São Paulo, desde a data do primeiro registro, com início de sintomas em 10 de fevereiro de 2020 até registros disponíveis em 20 de maio de 2021. Métodos: Trata-se de um estudo descritivo realizado por meio da base de dados do Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe. Foram calculadas as taxas de incidência, mortalidade e incidência acumulada no período, estratificadas por faixa etária e agrupadas de acordo com cada Departamento Regional de Saúde. Os casos graves foram geocodificados para a análise de seu espalhamento pelo estado e foi calculado o R efetivo, que estima o potencial de propagação de um vírus em uma população. Resultados: Houve aumento significativo dos casos graves e óbitos registrados no período de um ano, e as taxas de incidência e mortalidade foram heterogêneas no estado. Os períodos mais críticos em relação à incidência de casos graves ocorreram entre maio e julho de 2020 e entre março e abril de 2021. Os Departamentos Regionais de Saúde de São José do Rio Preto, Grande São Paulo e Araçatuba concentraram as maiores taxas de incidência e mortalidade. Os casos graves e óbitos foram mais frequentes nos homens e na população acima de 60 anos, e as principais condições de risco relacionadas aos óbitos foram cardiopatia (59%) e diabetes (42,8%). Conclusões: Espera-se que esses resultados ofereçam embasamento e possam contribuir para uma ação de controle mais eficiente da COVID-19, além de permitir o entendimento histórico de sua evolução no estado.

ABSTRACT: Objectives: To retrospectively describe severe cases of hospitalized patients and deaths related to the COVID-19 epidemic in the state of São Paulo, starting from the date of the first record, with symptoms onset on 02/10/2020 up to 05/20/2021. Methods: This is a descriptive study carried out using the Influenza Epidemiological Surveillance System (Sistema de Vigilância Epidemiológica da Gripe - SIVEP-Gripe) database. The rates of incidence, mortality, and accumulated incidence in the period were calculated, stratified by age group and Regional Health Department (RHD). In addition, severe cases were geocoded to analyze their spread across the state; and the Effective R, which determines the spread potential of a virus within a population, was calculated. Results: There was a significant increase in severe cases and deaths recorded in the period of one year, with incidence and mortality rates being heterogeneous within the state. The most critical periods regarding the incidence of severe cases occurred between May and July 2020 and between March and April 2021. The RHD in São José do Rio Preto, Expanded São Paulo, and Araçatuba concentrated the highest incidence and mortality rates. Severe cases and deaths were more frequent in men and in the population over 60 years, while the main risk conditions related to deaths were heart disease (59%) and diabetes (42,8%). Conclusions: These results not only provide a detailed profile for more efficient control action plan, but will also allow the historical understanding of the COVID-19 evolution within the state of São Paulo.

O Brasil não apresenta circulação endêmica do vírus do sarampo desde o ano 2000. Entre maio e junho de 2011, a Região Metropolitana de Campinas, Estado de São Paulo, registrou três casos de sarampo. Foram descritos casos, as medidas de controle, a busca de possível fonte e de casos secundários. A caracterização genotípica do vírus identificou o genótipo D4, circulante no continente europeu. Não foram encontrados casos índice ou secundários. As medidas de controle efetuadas, aliadas à cobertura vacinal adequada da Região Metropolitana de Campinas contribuíram para que a transmissão da doença fosse interrompida.

Brazil has not had endemic circulation of the measles virus since 2000. Between May and June 2011, the Metropolitan Region of Campinas, State of Sao Paulo, Southeastern Brazil, reported three cases of measles. This report presents a descriptive study of the cases, control measures, and the search for a possible source and secondary cases. The genotypic characterization of the virus identified genotype D4, circulating in Europe. Secondary cases or index case were not found. The control measures and adequate vaccination coverage in Metropolitan Region of Campinas contributed to the interruption of disease transmission.

Brasil no presenta circulación endémica del virus sarampión desde el año 2000. Entre mayo y junio de 2011, la Región Metropolitana de Campinas, Estado de Sao Paulo, registró tres casos de sarampión. Se describieron los casos, las medidas de control, la búsqueda de la posible fuente y de casos secundarios. La caracterización genotípica del virus identificó el genotipo D4. No se encontraron casos índices o secundarios. Las medidas de control efectuadas, aliadas a la adecuada cobertura de la vacuna en la Región Metropolitana de Campinas contribuyeron para que la transmisión de la enfermedad fuera interrumpida.

O Brasil não apresenta circulação endêmica do vírus do sarampo desde o ano 2000. Entre maio e junho de 2011, a Região Metropolitana de Campinas, Estado de São Paulo, registrou três casos de sarampo. Foram descritos casos, as medidas de controle, a busca de possível fonte e de casos secundários. A caracterização genotípica do vírus identificou o genótipo D4, circulante no continente europeu. Não foram encontrados casos índice ou secundários. As medidas de controle efetuadas, aliadas à cobertura vacinal adequada da Região Metropolitana de Campinas contribuíram para que a transmissão da doença fosse interrompida.

Brazil has not had endemic circulation of the measles virus since 2000. Between May and June 2011, the Metropolitan Region of Campinas, State of Sao Paulo, Southeastern Brazil, reported three cases of measles. This report presents a descriptive study of the cases, control measures, and the search for a possible source and secondary cases. The genotypic characterization of the virus identified genotype D4, circulating in Europe. Secondary cases or index case were not found. The control measures and adequate vaccination coverage in Metropolitan Region of Campinas contributed to the interruption of disease transmission.

Brasil no presenta circulación endémica del virus sarampión desde el año 2000. Entre mayo y junio de 2011, la Región Metropolitana de Campinas, Estado de Sao Paulo, registró tres casos de sarampión. Se describieron los casos, las medidas de control, la búsqueda de la posible fuente y de casos secundarios. La caracterización genotípica del virus identificó el genotipo D4. No se encontraron casos índices o secundarios. Las medidas de control efectuadas, aliadas a la adecuada cobertura de la vacuna en la Región Metropolitana de Campinas contribuyeron para que la transmisión de la enfermedad fuera interrumpida.

OBJETIVO: Identificar o genótipo do vírus do sarampo em três viajantes suspeitos de infecção por sarampo. MÉTODOS: Amostras (sangue e urina) foram coletadas para sorologia, isolamento viral e genotipagem. As sorologias para pesquisa de IgM para o vírus do sarampo e da rubéola foi realizada utilizando-se o kit de ELISA (Siemens - Marburg, Alemanha). As amostras clínicas (linfócito e urina) foram inoculadas na SIRC (Statens Serum Institute rabbit corneal epithelial cell line-ATCC CL 60) e nas células Vero Slam. O RNA foi extraído das amostras clínicas e das células inoculadas e processadas por PCR, utilizando oligonucleotideos específicos para sarampo e rubéola. RESULTADOS: Todos os pacientes apresentaram sorologia IgM negativa para sarampo e positivo para rubéola. Os vírus da rubéola isolados dos pacientes que vieram da Finlândia, Peru e Alemanha pertencem aos genótipos 1B, 1C e 1E, respectivamente. O genótipo 1B foi encontrado na Europa e na costa oriental da América do Sul, o genótipo 1C foi encontrado no Peru e na costa oeste da América do Sul e o genótipo 1E, identificado pela primeira vez em 1997, agora aparenta ser um genótipo com distribuição mundial. CONCLUSÃO: O conhecimento dos genótipos de sarampo e rubéola que circulam em São Paulo é essencial para o controle do sarampo, rubéola e síndrome da rubéola congênita.

OBJECTIVE: To identify measles virus genotypes in three cases of travelers suspected of measles infection. METHODS: Samples (blood and urine) were collected for serology, virus isolation, and genotyping. Sera were analyzed for IgM antibodies against measles virus and rubella virus by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) (Siemens - Marburg, Germany). Clinical samples (lymphocytes and urine) were inoculated into Statens Serum Institute rabbit corneal epithelial cell line- ATCC CL 60 (SIRC) and Vero Slam cells. RNA was extracted from clinical samples and cell culture was inoculated and processed by polymerase chain reaction (PCR) with oligonucleotides specific for measles virus (MV) and rubella virus (RV). RESULTS: All patients showed IgM negative serology for MV and positive IgM for RV. RV belonging to genotypes 1B, 1C, and 1E were isolated from patients who came from Finland, Peru, and Germany, respectively. Genotype 1B has been found in Europe and on the East Coast of South America; 1C has been found in Peru and the West Coast of South America, and 1E, first identified in 1997, now appears to have worldwide distribution. CONCLUSION: Information about RV and MV genotypes circulating in São Paulo is essential for the control of measles, rubella, and congenital rubella syndrome (CRS) in Brazil.

Um estudo sorológico para varicela foi realizado em crianças matriculadas na rede pública de ensino da cidade de São Paulo, Brasil, entre 1992 e 1994. O objetivo deste estudo foi determinar a soroprevalência idade-dependente de anticorpos contra o vírus varicela-zoster (VVZ) e definir sua dinâmica de transmissão nestas crianças. Foram selecionadas, ao acaso, 304 escolas entre os 2500 equipamentos da Rede Pública de Educação e Bem Estar Social na cidade de São Paulo; foram sorteadas em cada escola 7 crianças de determinada idade (de 1 a 15 anos), e o sangue colhido em papel de filtro. Os eluatos foram avaliados para anticorpos contra o vírus varicela zoster através de técnica de ELISA. A proporção de soropositivos para cada faixa etária foi calculada. Foram obtidas 1768 amostras em 1992, 1758 em 1993 e 1817 em 1994, resultando em 5343 eluatos. Observou-se alta proporção de soropositivos no intervalo etário de 1 a 3 anos de idade, ascendendo até os 10 anos, mantendo-se ao redor de 90% a partir desta idade. O padrão de transmissão do VVZ nesta comunidade é semelhante ao longo dos 3 anos estudados. Nas crianças frequentadoras das escolas públicas da cidade de São Paulo, o contacto com o VVZ ocorre no início da infância. Considerando-se a possibilidade de introdução da imunização contra a varicela, ela deve ocorrer o mais cedo possível.

A serosurvey of varicella has been carried out in children attending the public school network of São Paulo city, Brazil, from 1992 to 1994. This study was performed in order to establish the age related prevalence of antibodies against varicella-zoster virus (VZV) and its age specific transmission dynamics pattern in these children. Among 2500 schools in the city of São Paulo public network, 304 were randomly selected; 7 children of a given age (ranging from 1 to 15 years) were randomly selected in each school, and blood samples were obtained by fingerprick into filter paper. Blood eluates were analyzed for the presence of antibodies to VZV by ELISA. Proportion of seropositivity were calculated for each age group. Samples consisted of 1768 individuals in 1992, 1758 in 1993, and 1817 in 1994, resulting in 5343 eluates. A high proportion of seropositive children from 1 to 3 years of age was observed, ascending until 10 years of age and reaching a plateau around 90% afterwards. VZV transmission in this community was similar along the three years of the study. In children attending public schools in the city of São Paulo, contact with VZV occurs in early childhood. If immunization against VZV is considered it should be introduced as soon as possible.