Abstract Spondias mombin L. (Anacardiaceae) is an arboreal and allogamous fruit tree native from southern Mexico to southeastern Brazil, with great potential for economic exploitation. This study aimed to evaluate the structure and genomic diversity of yellow mombin accessions collected in nine locations in Brazil using Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) markers. Significant genetic structure was observed in the discriminant analysis of principal components (DAPC) and dendrogram construction, in accordance with our hypotheses. The Mantel test identified a highly positive and significant correlation between geographic and genetic distances. The locations from the Amazon biome presented higher genetic diversity values when compared to those from the Atlantic Forest and Cerrado, which is expected considering the higher vulnerability of these biomes. However, although presenting greater genetic diversity, the Amazon biome showed positive inbreeding coefficients (F IS ) in three of the four locations, ranging from 0.0855 to 0.2421, indicating a potential risk of genetic erosion, possibly related to the increased degradation of this biome in recent decades. The results obtained contribute to the understanding of the distribution of genetic variation and conservation status of yellow mombin in Brazil. They could also be used as a subsidy for developing conservation strategies and the genetic improvement of this species. L Anacardiaceae (Anacardiaceae exploitation SNP (SNP markers DAPC (DAPC construction hypotheses distances Cerrado biomes However F 00855 0 0855 0.085 02421 2421 0.2421 erosion decades species 0085 085 0.08 0242 242 0.242 008 08 0.0 024 24 0.24 00 0. 02 2 0.2

Abstract Here we sequenced and characterized the complete plastome of Bactris riparia, a species closely related to B. gasipaes and widely distributed in Western Amazonia. We performed a comparative genomic analysis with B. riparia and the other four Bactridinae species retrieved from GenBank. The plastome of B. riparia was 156,715 bp with a quadripartite structure. Gene content included 86 protein-coding genes (CDS), 38 tRNAs, and 8 rRNAs. Bactris riparia has 69 more base pairs than B. gasipaes, with identical numbers in IR, and more in LSC and SSC. The comparative analysis indicated that structure, collinearity, and IR/SSC borders of plastomes within subtribe Bactridinae are, in general, conserved. We predicted 69 SSRs in B. riparia plastome. Among them, ~80% consisted of A/T homopolymers. Among the 52 variable CDS, rbcL showed the highest non-synonymous rate, while the rps15 gene had the highest synonymous rate. Three genes (ccsA, cemA, and rpoC1) presented evidence of positive selection and 22 genes showed evidence of purifying selection. The phylogenetic tree based on plastome sequences set Bactris as more closely related to Astrocaryum than to Acrocomia. These new plastome data of B. riparia will contribute to studies about the diversity, evolutionary history, and conservation of palms.

Abstract Annatto (Bixa orellana) is a tropical crop native to the Americas with Amazonia as the likely center of origin of domestication. Annatto is important because it produces the dye bixin, which is widely used in the pharmaceutical, food, cosmetic and textile industries. A total of 32 microsatellite loci were isolated from a microsatellite-enriched genomic library, of which 12 polymorphic loci were used to characterize four populations of B. orellana and B. orellana var. urucurana, the wild relative. Higher genetic diversity estimates were detected for the wild populations when compared to the cultivated populations. Also, higher apparent outcrossing rates were found for the two wild than the cultivated populations. These results indicate a mixed mating system for the species. All markers described herein have potential to be used in further studies evaluating the genetic diversity, population dynamics, domestication, breeding, and conservation genetics of annatto.

Resumo A maioria dos cultivos nativos da Amazônia foi domesticada na periferia da bacia. A bacia do alto rio Madeira é uma parte importante dessa periferia, onde se suspeita que vários cultivos importantes foram domesticados, alguns são confirmados e outros possivelmente chegaram há muito tempo na região. Alguns destes cultivos foram razoavelmente bem estudados, tais como mandioca, amendoim, pupunha, coca e tabaco, enquanto outros não são tão bem conhecidos, como as pimentas Capsicum baccatum e C. frutescens, e ainda outros precisam de confirmação, como taioba e urucum. Revisamos as informações disponíveis para a mandioca, pupunha, Capsicum, amendoim, urucum e taioba. O estado da arte de Capsicum frutescens, urucum e taioba é insuficiente para concluir definitivamente que eles foram domesticados no alto rio Madeira, enquanto todos os outros têm pelo menos uma das suas origens ou centros de diversidade na região.

Abstract Most native Amazonian crops were domesticated in the periphery of the basin. The upper Madeira River basin is an important part of this periphery where several important crops were domesticated and others are suspected to have been domesticated or arrived early. Some of these crops have been reasonably well studied, such as manioc, peanut, peach palm, coca and tobacco, while others are not as well known, such as the hot peppers Capsicum baccatum and C. frutescens, and still others need confirmation, such as cocoyam and annatto. We review the information available for manioc, peach palm, Capsicum, peanut, annatto and cocoyam. The state-of-the-art for Capsicum frutescens, annatto and cocoyam is insufficient to conclude definitively that they were domesticated in the upper Madeira, while all the others have at least one of their origins or centers of diversity in the upper Madeira.

O Banco Ativo de Germoplasma de Pupunha tem abundante diversidade genética em seu acervo. Por ser uma coleção viva, os recursos financeiros para caracterizar e avaliar são escassos, restringindo seu uso. Uma forma de promover o uso eficiente é criar uma coleção nuclear, um conjunto de acessos com pelo menos 70% da diversidade genética da coleção inteira, com repetição mínima. As informações geográfica, molecular e morfométricas foram sistematizadas e as populações silvestres e domesticadas estratificadas. A coleção nuclear é constituída por 10% de toda a coleção: 31 amostras de raças primitivas, cinco amostras de populações não-designadas e quatro amostras de populações silvestres. A coleção tem 92% de polimorfismo molecular e 95% da heterozigosidade do banco inteiro, com um mínimo de divergência entre elas por variância molecular e já está recebendo prioridade em manutenção, o que irá contribuir para a conservação em longo prazo

The Peach palm Active Germplasm Bank has abundant genetic diversity in its holdings. Because it is a live collection, maintenance, characterization and evaluation are expensive, restricting its use. One way to promote more efficient use is to create a Core Collection, a set of accessions with at least 70% of the genetic diversity of the full collection with minimal repetition. The available geographic, molecular marker (RAPD) and morphometric information was systematized and the populations were stratified into wild and domesticated. The Core Collection consists of 10% of the entire collection: 31 accessions of landraces, 5 accessions of non-designated populations and 4 accessions of wild populations. The Core has 92% of the molecular polymorphism and 95% of the heterozygosity of the full collection, with minimal divergence between them by molecular variance. The Core is already receiving priority maintenance, which will contribute to long term conservation.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar o óleo-resina da copaíba (Copaifera reticulata) e estimar, por meio de marcadores microssatélites, a variabilidade genética da espécie na Floresta Nacional do Tapajós, PA. A amostragem foi realizada em duas áreas, distanciadas de 5 km, em 136 árvores. A diversidade genética foi avaliada com seis marcadores microssatélites derivados de C. langsdorffii, e o óleo obtido de 30 árvores (15 de cada área) foi caracterizado em termos físicos e químicos. O óleo C. reticulata apresenta aspecto líquido, fino, odor fraco e de coloração amarelo-dourada (73,3% das plantas), com viscosidade muito variável (18 a 187 Pa-s) e densidade média de 0,975±0,049 g cm-3. O índice de acidez variou de 9,62 a 10,17 mg g-1 de KOH e o de saponificação de 100,63 a 109,84 mg g-1. A análise molecular identificou 78 alelos, com média de 13 por loco. A heterozigosidade esperada variou 0,59 a 0,85 (média de 0,75), com nível de endogamia de 0,375 a 0,419. Houve pouca diferenciação genética entre as populações das diferentes áreas de coleta (F ST = 0,030), mas a variabilidade foi maior entre os grupos genéticos detectados pelo programa Structure (F ST = 0,070). Essa maior variabilidade indica que não há ameaças à conservação genética da copaíba, em médio prazo.

The objective of this work was to characterize the oleoresin of copaiba (Copaifera reticulata) and to estimate genetic variability of the species in the Tapajós National Forest, PA, Brazil, using microsatellite markers. Sampling was performed in two areas, 5 km apart, in 136 trees. Genetic diversity was evaluated with six microsatellite markers derived from C. langsdorffii, and the oleoresin obtained from 30 trees (15 from each area) was physically and chemically characterized. Oleoresin from C. reticulate has a liquid, thin aspect, with a weak odor and yellowish-gilded color (73.3% of the plants), highly variable viscosity (18 to 187 Pa-s), and mean density of 0,975±0,049 g cm-3. Its acidity index varied from 9.62 to 10.17 mg g-1 of KOH and the saponification index from 100.63 to 109.84 mg g-1. The molecular analysis identified 78 alleles, with an average of 13 per locus. The expected heterozygosity varied from 0.59 to 0.85 (mean of 0.75) and the inbreeding level, from 0.375 to 0.419. The genetic differentiation between populations in the different sampling areas was low (F ST = 0.030), but the variability was higher between the genetic groups detected by Structure software (F ST = 0.070). This higher variability indicates that the genetic diversity of copaiba is not threatened in the mid-term.

A palmeira Astrocaryum aculeatum produz frutos comestíveis, utilizados na alimentação por populações indígenas, tradicionais e urbanas. Esta espécie é incipientemente domesticada e pouco estudada apesar de sua importância econômica para pequenos produtores e extrativistas. Estudos do sistema reprodutivo são necessários para conservação e uso dos recursos genéticos da espécie. O objetivo foi estimar parâmetros do sistema reprodutivo do tucumã-do-Amazonas usando marcadores microssatélites. Plantas de 11 progênies de uma população espontânea foram genotipadas com oito locos de microssatélites e os parâmetros do sistema de cruzamento estimados. A estimativa da taxa de cruzamento populacional foi de 0,978, enquanto ao nível de família variou de 0,774 a 1,283. Os valores da correlação de paternidade, 0,176 e 0,205, indicam baixa probabilidade da ocorrência de irmãos completos dentro das progênies. O tucumã-do-Amazonas é predominantemente alógama e as progênies de polinização aberta são constituídas predominantemente por meio-irmãos.

The Amazonian Tucumã palm (Astrocaryum aculeatum) produces edible fruit, traditionally consumed in indigenous communities and increasingly in urban centers. The species is incipiently domesticated and little studied, despite its growing economic importance for smallholder farmers and gatherers. Studies on the mating system are required for the conservation and use of the species' genetic resources. Our objective was to estimate mating system parameters of the Tucumã palm using microsatellite markers. Plants of 11 progenies of a spontaneous population were genotyped with eight microsatellite loci and the mating system parameters estimated. The population outcrossing rate was estimated at 0.978, and ranged from 0.774 to 1at the family level. The estimates of the correlation of paternity (0.176 and 0.205) suggest a low probability of full-sibs within progenies. Tucumã palm is a predominantly allogamous species and the open-pollinated progenies consist predominantly of half-sibs.

A pupunheira é uma fruteira nativa da Amazônia com ampla diversidade genética em suas populações silvestres e domesticadas. Este estudo finalizou a caracterização e análise genética dos acessos do germoplasma, usando marcadores moleculares RAPDs. Oito iniciadores geraram 132 marcadores, com 128 polimórficos. A heterozigosidade média foi 0.35 com 95.5% de polimorfismo, similares a outros estudos. A variabilidade dentro (Hs) das raças bem representadas foi 0,32, enquanto a divergência genética (G ST) foi 0,09 entre as quatro raças bem representadas. O fluxo gênico médio foi 5,0, com alto fluxo gênico entre as raças Solimões e Pampa Hermosa (Nm=10,07), e as raças Putumayo e Solimões (Nm=10,73), sendo todas ocidentais. Os dendrogramas das distâncias de Nei e Rogers mostraram que raças bem representadas apresentaram grupos similares às análises anteriores, com as raças Solimões, Putumayo e Pampa Hermosa agrupadas no oeste da Amazônia, e distantes da raça Pará no centro e leste da Amazônia.

Peach palm is a native Amazonian fruit species with broad genetic diversity in its wild and domesticated populations. This study completed the molecular characterization and genetic analysis of the accessions in the Peach Palm genebank, Brazil, using RAPD markers. Eight primers generated 132 markers, of which 128 were polymorphic. Average heterozigosity was 0.35, with 95.5% polymorphism. The genetic variability within the landraces (H S) was 0.32, while genetic divergence (G ST) was 0.09 among the four well-represented landraces. The average gene flow was 5.0, with high gene flow between the Solimões and Pampa Hermosa (Nm=10.07), and between the Putumayo and Solimões (Nm=10.73) landraces, all western landraces. The dendrograms of the Nei's and Rogers' genetic distances of the well-represented landraces presented similar groupings to previous analyses, with the Solimões, Putumayo and Pampa Hermosa landraces grouped together in western Amazonia, and distant from the Pará landrace in central and eastern Amazonia.

Os primeiros povos da Amazônia ocidental domesticaram a pupunha (Bactris gasipaes Kunth, Palmae) por seu fruto, embora hoje seja muito plantada por seu palmito. Como outros cultivos domesticados, a pupunha apresenta uma hierarquia complexa de raças primitivas criadas antes da conquista das Américas. A existência de três raças (Pará, Solimões, Putumayo) foi proposta ao longo dos rios Amazonas e Solimões, Brasil, com base em características morfológicas. Algumas dúvidas existem sobre a raça intermediária, pois podia ser um artefato da análise morfométrica. AFLPs foram usados para avaliar as relações entre amostras destas raças hipotéticas. DNA foi extraido de 99 plantas representando 13 populações mantidas no Banco de Germoplasma de Pupunha, Manaus, AM; seis combinações de 'primers' geraram 245 marcadores via PCR, que foram codificados num sequenciador ABI Prism 310 e analisados com o programa GeneScan; similaridades de Jaccard foram estimadas e um dendrograma foi criado com UPGMA. Dois grupos de plantas foram observados no dendrograma, em lugar de três, com similaridade de 0,795. Cada grupo continha dois subgrupos, similares a 0,815. Um grupo (n=41) continha 73% de plantas da raça Pará, com um subgrupo (n=22) contendo 91% Pará e o outro (n=19) contendo 53% Pará. O outro grupo (n=58) continha 53% de plantas da raça Solimões e 40% da Putumayo, com um subgrupo (n=21) contendo 52% Solimões e 43% Putumayo, e o outro (n=35) contendo 57% Solimões e 37% Putumayo. O primeiro grupo confirmou a raça Pará, mas o segundo grupo sugeriu que a raça Solimões não existe; em lugar desta raça, a raça Putumayo se extende ao longo do rio Solimões até a Amazônia Central.

Although the first inhabitants of western Amazonia domesticated pejibaye (Bactris gasipaes Kunth, Palmae) or peach palm for its fruits, today it is widely planted for its heart-of-palm. Like other domesticates, pejibaye presents a complex hierarchy of landraces developed before the conquest of the Americas. The existence of three landraces (Pará, Solimões, Putumayo) was proposed along the Amazonas and Solimões Rivers, Brazil, based on morphological characteristics. There are some questions remaining about the intermediate landrace being an artifact of the morphometric analysis. AFLPs were used to evaluate the relationships among samples of these putative landraces. DNA was extracted from 99 plants representing 13 populations maintained in the Pejibaye Germplasm Bank, Manaus, AM; six primer combinations generated 245 markers via PCR, which were scored in an ABI Prism 310 sequencer and analyzed with GeneScan Software; Jaccard similarities were estimated and a dendrogram was generated with UPGMA. Two groups of plants were observed in the dendrogram instead of three, and were similar at 0.795. Each group contained two subgroups, similar at 0.815. One group (n=41) contained 73% Pará landrace plants, with one subgroup (n=22) containing 91% Pará, and the other (n=19) containing 53% Pará. The other group (n=58) contained 53% Solimões and 40% Putumayo landrace plants, with one subgroup (n=21) containing 52% Solimões and 43% Putumayo, and the other (n=35) containing 57% Solimões and 37% Putumayo. The first group confirmed the Pará landrace. The second group suggested that the Solimões landrace does not exist, but that the Putumayo landrace extends along the Solimões River to Central Amazonia.