ABSTRACT In order to describe the genomic characteristics related to antimicrobial resistance and comparative genomics of diarrheagenic Escherichia coli (DEC), 14 DEC isolates from the strain collection of the Instituto Nacional de Salud (INS) were subjected to genome sequencing. We used bioinformatic procedures to analyze the obtained sequences in order to look for microbial resistance genes and genetic regions related to pathotypes and phylogroups. Several antimicrobial resistance determinants were detected, but the production of beta-lactamases and mutations associated to quinolone resistance were the most relevant. Additionally, we observed isolates of the same pathotype grouped in different phylogroups. The comparative genomics analysis showed a greater number of orthologous genes in isolates from the same pathotype and phylogroup. In conclusion, DEC isolates from Lima, Peru, showed resistance to multiple drugs; likewise, molecular and phylogenetic diversity was observed in several pathotypes and phylogroups.

RESUMEN Con el objetivo de describir las características genómicas relacionadas con la resistencia antimicrobiana y genómica comparativa de Escherichia coli diarreogénica (DEC), se sometieron a secuenciamiento genómico catorce aislamientos de DEC del banco de cepas del Instituto Nacional de Salud (INS). Las secuencias obtenidas se analizaron mediante procedimientos bioinformáticos a fin de buscar genes de resistencia microbiana y regiones genéticas relacionadas con patotipos y filogrupos. Se detectaron diversos determinantes de resistencia antimicrobiana, se destaca la producción de betalactamasas y mutaciones asociadas a la resistencia a quinolonas. Además, se observaron aislamientos de un mismo patotipo agrupados en distintos filogrupos. El análisis de genómica comparativa mostró un mayor número de genes ortólogos en aislamientos que pertenecían al mismo patotipo y filogrupo. Sobre la base de lo estudiado, los aislamientos de DEC en Lima, Perú, presentan resistencia a múltiples fármacos, y se detectaron varios patotipos y filogrupos con diversidad molecular y filogenética.

ABSTRACT Objective: To describe the results of laboratory tests performed on biological samples from patients with Guillain-Barré syndrome (GBS) submitted to the Instituto Nacional de Salud (INS) between 2018 and 2019. Materials and methods: We conducted an observational study on patients with GBS, by using data from the epidemiological surveillance system. Biological samples, previously analyzed at the INS, were obtained to study arboviruses, respiratory viruses, enteroviruses and enterobacteria, among others. Results: A total of 2,051 specimens were obtained from 906 patients with GBS. Three patients tested positive for dengue and three for Zika. In 19 patients, the stool culture was positive for Campylobacter jejuni. Phylogenetic analysis of 10 Campylobacter jejuni strains classified them as genotype ST2993, which was previously reported in China and associated to a GBS outbreak. Twelve cerebrospinal fluid samples tested positive for enterovirus by PCR in 2018, but none could be verified by culture or complete genome sequencing during the study. One patient was positive for influenza A, two for influenza B, two for adenovirus, five for respiratory syncytial virus, and ten for rinovirus. Conclusion: Several pathogens were found in samples from patients with GBS. However, we found that the genotype ST2993 of Campylobacter jejuni was the most likely causal agent, a pathogen that is related to GBS outbreaks in different continents. It is necessary to confirm this hypothesis with additional analytical studies and it is important to describe the transmission mechanism of C. jejuni genotype ST2993 in order to implement prevention and control measures.

RESUMEN Objetivo: Describir los resultados de los exámenes de laboratorio realizados en muestras biológicas de pacientes con síndrome de Guillain-Barré (SGB), recibidas en el Instituto Nacional de Salud (INS) entre los años 2018 y 2019. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional en pacientes con SGB notificados en el sistema de vigilancia epidemiológica. Se obtuvieron muestras biológicas analizadas en el INS para investigar arbovirus, virus respiratorios, enterovirus y enterobacterias, entre otros. Resultados: Se recibió un total de 2051 especímenes clínicos de 906 pacientes con SGB. Tres pacientes dieron positivo al dengue y tres pacientes al Zika. En 19 pacientes, el cultivo en heces fue positivo para Campylobacter jejuni. El análisis filogenético de diez cepas de Campylobacter jejuni las clasificó como genotipo ST2993, reportado previamente en China y asociado a un brote de SGB. En 2018, hubo 12 muestras que habían dado positivo al PCR para enterovirus en el líquido cefalorraquídeo, pero ninguna pudo corroborarse con el cultivo respectivo ni con secuenciamiento de genoma completo. Un paciente dio positivo por virus de la influenza A, dos por virus de la influenza B, dos por adenovirus, cinco por virus respiratorio sincicial, y diez por rinovirus. Conclusión: Se han encontrado diversos agentes patógenos en especímenes de pacientes con SGB, sin embargo, la presencia de Campylobacter jejuni genotipo ST2993, un patógeno relacionado a brotes de SGB en varios continentes, sería el probable agente causal. Es necesario confirmar esta hipótesis con estudios analíticos y determinar la cadena de transmisión de este agente para implementar las medidas de prevención y control.

ABSTRACT In order to describe the genomic characteristics related to antimicrobial resistance and comparative genomics of diarrheagenic Escherichia coli (DEC), 14 DEC isolates from the strain collection of the Instituto Nacional de Salud (INS) were subjected to genome sequencing. We used bioinformatic procedures to analyze the obtained sequences in order to look for microbial resistance genes and genetic regions related to pathotypes and phylogroups. Several antimicrobial resistance determinants were detected, but the production of beta-lactamases and mutations associated to quinolone resistance were the most relevant. Additionally, we observed isolates of the same pathotype grouped in different phylogroups. The comparative genomics analysis showed a greater number of orthologous genes in isolates from the same pathotype and phylogroup. In conclusion, DEC isolates from Lima, Peru, showed resistance to multiple drugs; likewise, molecular and phylogenetic diversity was observed in several pathotypes and phylogroups.

RESUMEN Con el objetivo de describir las características genómicas relacionadas con la resistencia antimicrobiana y genómica comparativa de Escherichia coli diarreogénica (DEC), se sometieron a secuenciamiento genómico catorce aislamientos de DEC del banco de cepas del Instituto Nacional de Salud (INS). Las secuencias obtenidas se analizaron mediante procedimientos bioinformáticos a fin de buscar genes de resistencia microbiana y regiones genéticas relacionadas con patotipos y filogrupos. Se detectaron diversos determinantes de resistencia antimicrobiana, se destaca la producción de betalactamasas y mutaciones asociadas a la resistencia a quinolonas. Además, se observaron aislamientos de un mismo patotipo agrupados en distintos filogrupos. El análisis de genómica comparativa mostró un mayor número de genes ortólogos en aislamientos que pertenecían al mismo patotipo y filogrupo. Sobre la base de lo estudiado, los aislamientos de DEC en Lima, Perú, presentan resistencia a múltiples fármacos, y se detectaron varios patotipos y filogrupos con diversidad molecular y filogenética.

ABSTRACT Objective: To describe the results of laboratory tests performed on biological samples from patients with Guillain-Barré syndrome (GBS) submitted to the Instituto Nacional de Salud (INS) between 2018 and 2019. Materials and methods: We conducted an observational study on patients with GBS, by using data from the epidemiological surveillance system. Biological samples, previously analyzed at the INS, were obtained to study arboviruses, respiratory viruses, enteroviruses and enterobacteria, among others. Results: A total of 2,051 specimens were obtained from 906 patients with GBS. Three patients tested positive for dengue and three for Zika. In 19 patients, the stool culture was positive for Campylobacter jejuni. Phylogenetic analysis of 10 Campylobacter jejuni strains classified them as genotype ST2993, which was previously reported in China and associated to a GBS outbreak. Twelve cerebrospinal fluid samples tested positive for enterovirus by PCR in 2018, but none could be verified by culture or complete genome sequencing during the study. One patient was positive for influenza A, two for influenza B, two for adenovirus, five for respiratory syncytial virus, and ten for rinovirus. Conclusion: Several pathogens were found in samples from patients with GBS. However, we found that the genotype ST2993 of Campylobacter jejuni was the most likely causal agent, a pathogen that is related to GBS outbreaks in different continents. It is necessary to confirm this hypothesis with additional analytical studies and it is important to describe the transmission mechanism of C. jejuni genotype ST2993 in order to implement prevention and control measures.

RESUMEN Objetivo: Describir los resultados de los exámenes de laboratorio realizados en muestras biológicas de pacientes con síndrome de Guillain-Barré (SGB), recibidas en el Instituto Nacional de Salud (INS) entre los años 2018 y 2019. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional en pacientes con SGB notificados en el sistema de vigilancia epidemiológica. Se obtuvieron muestras biológicas analizadas en el INS para investigar arbovirus, virus respiratorios, enterovirus y enterobacterias, entre otros. Resultados: Se recibió un total de 2051 especímenes clínicos de 906 pacientes con SGB. Tres pacientes dieron positivo al dengue y tres pacientes al Zika. En 19 pacientes, el cultivo en heces fue positivo para Campylobacter jejuni. El análisis filogenético de diez cepas de Campylobacter jejuni las clasificó como genotipo ST2993, reportado previamente en China y asociado a un brote de SGB. En 2018, hubo 12 muestras que habían dado positivo al PCR para enterovirus en el líquido cefalorraquídeo, pero ninguna pudo corroborarse con el cultivo respectivo ni con secuenciamiento de genoma completo. Un paciente dio positivo por virus de la influenza A, dos por virus de la influenza B, dos por adenovirus, cinco por virus respiratorio sincicial, y diez por rinovirus. Conclusión: Se han encontrado diversos agentes patógenos en especímenes de pacientes con SGB, sin embargo, la presencia de Campylobacter jejuni genotipo ST2993, un patógeno relacionado a brotes de SGB en varios continentes, sería el probable agente causal. Es necesario confirmar esta hipótesis con estudios analíticos y determinar la cadena de transmisión de este agente para implementar las medidas de prevención y control.

Abstract Background: Salmonellosis is a universal zoonosis, causing frequent outbreaks of foodborne illness; Salmonella enterica is the species with the highest prevalence, a progressive increase in its resistance to antimicrobials is described. Aim: To determine the frequency of serovars and antimicrobial resistance patterns in S. enterica isolates submitted to the National Institute of Health, Lima, Peru. Methods: This is a cross-sectional study. All strains referred as part of national laboratory-based surveillance between 2012 and 2015 were included in the study. Strains were confirmed by conventional tests and serotyped by the Kauffmann-White scheme; antimicrobial susceptibility and confirmation of the BLEE phenotype was performed according to the method of Kirby-Bauer and Jarlier's method. Results: A total of 540 strains of S. enterica were included in the study, where 96% (520/540) corresponded to human strains and 4% (20/540) to non-human strains (birds, food and environmental). In human samples, the most frequent serovar was S. Infantis (57%), followed by S. Enteritidis (27%) and S. Typhimurium (6%). High resistance to nitrofurantoin (74%), nalidixic acid (64%), ciprofloxacin (63%), tetracycline (63%), ampicillin (56%), sulfamethoxazole-trimethoprim (56%), cefotaxime (53%) and chloramphenicol (50%) was detected. In non-human samples, the most frequent serotype was S. Infantis (45%), followed by S. Typhimurium (40%) and S. Enteritidis (10%); a high resistance to nalidixic acid (55%), ciprofloxacin (45%), sulfamethoxazole-trimethoprim (40%), nitrofurantoin (40%), tetracycline (40%) was found. 65% of all strains had resistance to more than two antibiotics, 43,3% were ESBL producers and 99% of these had resistance between six and eight antibiotics. Conclusions: We found a high frequency of S. Infantis producing ESBL with multi-resistance to the antimicrobials in human and nonhuman samples received by the National Institute of Health.

Resumen Introducción: La salmonelosis es una zoonosis universal, causante de frecuentes brotes de enfermedades transmitidas por alimentos; Salmonella enterica es la especie con la mayor prevalencia, describiéndose un aumento progresivo de su resistencia a antimicrobianos. Objetivo: Determinar la frecuencia de serotipos y los patrones de resistencia antimicrobiana en aislados de S. enterica remitidos al Instituto Nacional de Salud, Lima, Perú. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo, transversal. Se incluyeron en el estudio todas las cepas remitidas como parte de la vigilancia nacional basada en laboratorio entre los años 2012 y 2015. Las cepas fueron confirmadas mediante pruebas convencionales y serotipificadas por el esquema de Kauffmann-White; la susceptibilidad antimicrobiana y la confirmación del fenotipo BLEE se realizó según el método de Kirby-Bauer y método de Jarlier. Resultados: Un total de 540 cepas de S. enterica fueron incluidos en el estudio, de las que 96% (520/540) correspondió a cepas de origen humano y 4% (20/540) de origen no humano (aves, alimentos y ambiental). En muestras humanas, el serovar más frecuente fue S. Infantis (57%), seguido de S. Enteritidis (27%) y S. Typhimurium (6%). Se encontró una alta resistencia a nitrofurantoína (74%), ácido nalidíxico (64%), ciprofloxacina (63%), tetraciclina (63%), ampicilina (56%), cotrimoxazol (56%), cefotaxima (53%) y cloranfenicol (50%). En muestras no humanas, el serotipo más frecuente fue S. Infantis (45%), seguido de S. Typhimurium (40%) y S. Enteritidis (10%). encontrándose una alta resistencia a ciprofloxacina (45%), cotrimoxazol (40%), y tetraciclina (40%). El 65% del total de las cepas presentó resistencia a más de dos antimicrobianos, 43,3% fueron productoras de BLEE y 99% de éstas presentaron resistencia a entre seis y ocho antimicrobianos. Conclusiones: Se encontró una alta frecuencia de Salmonella Infantis productoras de BLEE, con multi-resistencia a los antimicrobianos en los aislados de muestras humanas y no humanas recibidas en el Instituto Nacional de Salud.

ABSTRACT During the period from 1995 to 2017, in order to determine the diversity of Vibrio parahaemolyticus pathogenic variants in Peru, 102 Peruvian genomes (97 from a hospital setting and 5 from an out-of-hospital setting) were analyzed using the multilocus typification scheme and BLASTn in the search for virulence genes. Fifteen different sequence types were identified. It was found that the ST3 genotype, which is found in the pandemic clone, was the most abundant, with 52% (n=53); followed by ST120, with 23.5% (n=24); and the CC345 clonal complex, with 11.8% (n=12). A total of 89 analyzed strains presented genes encoding the pathogenicity island VpaI-7 (87.3%), while 96 presented the tdh gene (94.1%), and 6 the trh gene (5.9%). The ST3 genotype was the predominant one during the evaluated period, this genotype was the cause of a major outbreak in Peru’s past history. Other pathogenic genotypes found represent a latent public health risk associated with seafood consumption.

RESUMEN Con el objetivo de determinar la diversidad de variantes patogénicas de Vibrio parahaemolyticus en el Perú durante el periodo 1995-2017, se analizaron 102 genomas peruanos (97 clínicos y 5 ambientales) empleando el esquema de tipificación multilocus y BLASTn para la búsqueda de genes de virulencia. Se identificaron 15 tipos de secuencia diferentes, encontrándose que el genotipo ST3, perteneciente al clon pandémico, fue el más abundante, con 52% (n=53); seguido por el ST120, con 23,5% (n=24); y el complejo clonal CC345, con 11,8% (n=12). Un total de 89 cepas analizadas presentaron genes que codifican la isla de patogenicidad VpaI-7 (87,3%), mientras que 96 presentaron el gen tdh (94,1%), y 6, el trh (5,9%). Durante el periodo evaluado, se resalta la predominancia del ST3, causante de un importante brote en el pasado del Perú, además de otros genotipos patógenos que representan un riesgo latente en salud pública asociado al consumo de alimentos marinos.

ABSTRACT During the period from 1995 to 2017, in order to determine the diversity of Vibrio parahaemolyticus pathogenic variants in Peru, 102 Peruvian genomes (97 from a hospital setting and 5 from an out-of-hospital setting) were analyzed using the multilocus typification scheme and BLASTn in the search for virulence genes. Fifteen different sequence types were identified. It was found that the ST3 genotype, which is found in the pandemic clone, was the most abundant, with 52% (n=53); followed by ST120, with 23.5% (n=24); and the CC345 clonal complex, with 11.8% (n=12). A total of 89 analyzed strains presented genes encoding the pathogenicity island VpaI-7 (87.3%), while 96 presented the tdh gene (94.1%), and 6 the trh gene (5.9%). The ST3 genotype was the predominant one during the evaluated period, this genotype was the cause of a major outbreak in Peru’s past history. Other pathogenic genotypes found represent a latent public health risk associated with seafood consumption.

RESUMEN Con el objetivo de determinar la diversidad de variantes patogénicas de Vibrio parahaemolyticus en el Perú durante el periodo 1995-2017, se analizaron 102 genomas peruanos (97 clínicos y 5 ambientales) empleando el esquema de tipificación multilocus y BLASTn para la búsqueda de genes de virulencia. Se identificaron 15 tipos de secuencia diferentes, encontrándose que el genotipo ST3, perteneciente al clon pandémico, fue el más abundante, con 52% (n=53); seguido por el ST120, con 23,5% (n=24); y el complejo clonal CC345, con 11,8% (n=12). Un total de 89 cepas analizadas presentaron genes que codifican la isla de patogenicidad VpaI-7 (87,3%), mientras que 96 presentaron el gen tdh (94,1%), y 6, el trh (5,9%). Durante el periodo evaluado, se resalta la predominancia del ST3, causante de un importante brote en el pasado del Perú, además de otros genotipos patógenos que representan un riesgo latente en salud pública asociado al consumo de alimentos marinos.

ABSTRACT Objectives. To describe the phenotypic and genotypic patterns of the antimicrobial resistance of Salmonella Infantis in Peru. Materials and Methods. Two hundred and ninety-seven strains of Salmonella sp. submitted to the National Institute of Health (INS, in Spanish) during 2014-2016 were analyzed. The strains were phenotypically characterized by microbiological, serological, and antimicrobial susceptibility tests. Based on antimicrobial resistance patterns, 46 strains were selected and genetically characterized by next generation sequencing. Results. 193/297 (65%) strains of Salmonella Infantis were identified, of which 143 (74.1%) were multidrug-resistant producers of extended spectrum beta-lactamases (ESBL). The genomic sequencing evidenced a new profile for Salmonella Infantis; additionally, it identified the presence of 15 different genetic determinants of antimicrobial resistance coded in bacterial chromosome and five coded in a megaplasmid. The phenotypic and genotypic resistance patterns matched, with the exception of ceftazidime. Moreover, the 46 strains presented resistance and/or decreased sensitivity to quinolones. Conclusions. Salmonella Infantis has become one of the sero-varieties most frequently referred to the INS, which includes ESBLproducing multidrug-resistant strains with resistance to quinolones. Finally, the relevance of next generation sequencing is reasserted in the characterization of new variants of pathogens that are important for public health, and their potential use in antimicrobial resistance surveillance systems.

RESUMEN Objetivos. Describir los patrones fenotípicos y genotípicos de la resistencia antimicrobiana de Salmonella Infantis en Perú. Materiales y Métodos. Se analizaron 297 cepas de Salmonella sp. remitidas al Instituto Nacional de Salud (INS) en el periodo 2014-2016. Las cepas fueron caracterizadas fenotípicamente mediante pruebas microbiológicas, serológicas y de susceptibilidad antimicrobiana. En base a los patrones de resistencia antimicrobiana se seleccionaron 46 cepas que fueron caracterizadas genéticamente mediante secuenciamiento de nueva generación. Resultados. Se identificaron 193/297 (65,0%) cepas de Salmonella Infantis, de la cuales 143 (74,1%) fueron multidrogorresistentes productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Con el secuenciamiento genómico se evidenció un nuevo perfil para Salmonella Infantis, además, se identificó la presencia de 15 diferentes determinantes genéticos de resistencia a los antimicrobianos codificados en cromosoma bacteriano y cinco codificados en un megaplásmido. Los patrones de resistencia fenotípicos y genotípicos coincidieron, a excepción de la ceftazidima. Asimismo, las 46 cepas presentaron resistencia y/o sensibilidad disminuida a las quinolonas. Conclusiones. Salmonella Infantis se ha convertido en una de las serovariedades más frecuentemente referidas al INS, la cual incluye cepas multidrogoresistentes productoras de BLEE con resistencia a las quinolonas. Finalmente, se reafirma la relevancia del secuenciamiento de nueva generación en la caracterización de nuevas variantes de patógenos de importancia para la salud pública y su uso potencial en los sistemas de vigilancia de resistencia antimicrobiana.

Objectives. To describe the phenotypic and genotypic patterns of the antimicrobial resistance of Salmonella Infantis in Peru. Materials and Methods. Two hundred and ninety-seven strains of Salmonella sp. submitted to the National Institute of Health (INS, in Spanish) during 2014-2016 were analyzed. The strains were phenotypically characterized by microbiological, serological, and antimicrobial susceptibility tests. Based on antimicrobial resistance patterns, 46 strains were selected and genetically characterized by next generation sequencing. Results. 193/297 (65%) strains of Salmonella Infantis were identified, of which 143 (74.1%) were multidrug-resistant producers of extended spectrum beta-lactamases (ESBL). The genomic sequencing evidenced a new profile for Salmonella Infantis; additionally, it identified the presence of 15 different genetic determinants of antimicrobial resistance coded in bacterial chromosome and five coded in a megaplasmid. The phenotypic and genotypic resistance patterns matched, with the exception of ceftazidime. Moreover, the 46 strains presented resistance and/or decreased sensitivity to quinolones. Conclusions. Salmonella Infantis has become one of the sero-varieties most frequently referred to the INS, which includes ESBLproducing multidrug-resistant strains with resistance to quinolones. Finally, the relevance of next generation sequencing is reasserted in the characterization of new variants of pathogens that are important for public health, and their potential use in antimicrobial resistance surveillance systems.

Objetivos. Describir los patrones fenotípicos y genotípicos de la resistencia antimicrobiana de Salmonella Infantis en Perú. Materiales y Métodos. Se analizaron 297 cepas de Salmonella sp. remitidas al Instituto Nacional de Salud (INS) en el periodo 2014-2016. Las cepas fueron caracterizadas fenotípicamente mediante pruebas microbiológicas, serológicas y de susceptibilidad antimicrobiana. En base a los patrones de resistencia antimicrobiana se seleccionaron 46 cepas que fueron caracterizadas genéticamente mediante secuenciamiento de nueva generación. Resultados. Se identificaron 193/297 (65,0%) cepas de Salmonella Infantis, de la cuales 143 (74,1%) fueron multidrogorresistentes productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Con el secuenciamiento genómico se evidenció un nuevo perfil para Salmonella Infantis, además, se identificó la presencia de 15 diferentes determinantes genéticos de resistencia a los antimicrobianos codificados en cromosoma bacteriano y cinco codificados en un megaplásmido. Los patrones de resistencia fenotípicos y genotípicos coincidieron, a excepción de la ceftazidima. Asimismo, las 46 cepas presentaron resistencia y/o sensibilidad disminuida a las quinolonas. Conclusiones. Salmonella Infantis se ha convertido en una de las serovariedades más frecuentemente referidas al INS, la cual incluye cepas multidrogoresistentes productoras de BLEE con resistencia a las quinolonas. Finalmente, se reafirma la relevancia del secuenciamiento de nueva generación en la caracterización de nuevas variantes de patógenos de importancia para la salud pública y su uso potencial en los sistemas de vigilancia de resistencia antimicrobiana.