Resumo Neste artigo, objetivou-se abordar o histórico da Fundação Nacional de Saúde (Funasa) enquanto fomentadora de pesquisa em saúde e saneamento, inicialmente apresentando o panorama do país e, posteriormente, avaliando o Programa de Pesquisa em Saúde e Saneamento. Como métodos, utilizaram-se pesquisa documental e revisão bibliográfica. O programa disponibilizou um total de R$ 21.704.520,58 e executou R$ 14.544.672,96 (em valores corrigidos), financiando 84 pesquisas no período de 2000 a 2011. O maior número de pesquisas foi relacionado à temática abastecimento de água, seguido por gestão dos serviços. Instituições de todas as regiões do país foram contempladas, havendo maior concentração de recursos em Sudeste (32,6%), Sul (31,9%) e Nordeste (21,1%), com destaque para o fato de que a maioria das pesquisas desenvolvidas (71,4%) é de aplicação nacional. Como resultados indiretos, identificaram-se ações do programa para a capacitação técnica e a difusão do conhecimento, contextualizando o saneamento como ciência interdisciplinar. Apesar de não ser a priori uma agência de fomento, a Funasa apresenta relevância na indução de pesquisas em saneamento contribuindo para a elaboração de estratégias de enfrentamento à diversidade e complexidade brasileira - de modo que o encerramento desse programa decorre no risco de enfraquecimento do setor.
Abstract This article aimed at addressing the history of the National Health Foundation as a health and sanitation research promoter, initially presenting the panorama in the country and, later, evaluating the Health and Sanitation Research Program. The methods were documentary research and literature review. The Program provided a total of R$ 21,704,520.58 and executed R$ 14,544,672.96 (in corrected amounts) financing 84 surveys from 2000 to 2011. The largest number of surveys was related to water supply, followed by management of the services. Institutions from all regions of the country were contemplated, with greater concentration of resources in the Southeast (32.6%), South (31.9%) and Northeast (21.1%), despite the fact that most of the research developed (71.4%) is of national application. As indirect results, we identified Program actions for technical training and knowledge diffusion, contextualizing sanitation as an interdisciplinary science. Although not essentially a funding agency, Funasa was relevant in the induction of sanitation research contributing to develop strategies to cope with the Brazilian diversity and complexity - in this context, the termination of this Program risks weakening the whole sanitation research sector.