Introducción. Se han descrito diez genotipos (A-J) del virus de la hepatitis B (HBV) que están distribuidos en todos los continentes. Una de las técnicas utilizadas para determinar el genotipo viral es el análisis del polimorfismo de longitud de los fragmentos de restricción, un método simple y económico, pero con algunas limitaciones. Objetivo. El objetivo inicial del estudio fue identificar el genotipo del HBV mediante RFLP en muestras de suero obtenidas de pacientes y donantes de sangre. Sin embargo, por las discrepancias observadas en los patrones de RFLP fue necesario realizar análisis filogenéticos y un análisis in silico de secuencias del HBV. Materiales y métodos. Se obtuvieron 56 muestras de suero. Tras la extracción de ADN, se amplificó un fragmento del ORF S del HBV mediante reacción en cadena de la polimerasa, cuyos productos se analizaron por RFLP con las enzimas Alw I, Bsr I, Cfr I, Hpa II y Sty I, y algunos se secuenciaron. Los patrones obtenidos se compararon con los reportados previamente. Se efectuó un análisis in silico de RFLP en consideración de las diferencias entre los patrones esperados y los observados. Resultados. Se identificaron los genotipos A y F, subgenotipo F3, en las muestras. Este resultado coincide con lo descrito en estudios previos en los que se ha demostrado que el genotipo F, subgenotipo F3, es prevalente en la población de la región andina del país, en tanto que el genotipo A predomina en el occidente (departamento del Chocó). Con base en el análisis in silico de 229 secuencias virales obtenidas del GenBank y las 11 secuencias de este estudio, se caracterizó un nuevo patrón de RFLP específico para el genotipo F, subgenotipo F3, y se describieron algunas modificaciones en el patrón de RFLP del genotipo A, subgenotipo A1. Conclusiones. Se caracterizó el patrón de genotipificación del genotipo F, subgenotipo F3, del HBV mediante RFLP, análisis in silico y secuenciación. Se requieren nuevos análisis in silico con un número mayor de secuencias para validar los patrones de RFLP de los genotipos y subgenotipos del VHB.

Introduction: Ten viral genotypes (A-J) distributed in all continents have been described for hepatitis B virus (HBV). One of the methodologies for determining the viral genotype is the restriction fragment length polymorphism (RFLP) technique, a simple and relatively inexpensive method, albeit with some limitations. Objective: The initial objective of the project was to identify the HBV genotypes by RFLP in serum samples obtained from patients and blood donors. However, due to the discrepancies of RFLP patterns it was also necessary to perform phylogenetic genotyping and in silico analysis of HBV sequences. Materials and methods: We obtained 56 serum samples. DNA extraction was followed by PCR amplification of a fragment of HBV ORF S. We analyzed PCR products by RFLP with Alw I, Bsr I, Cfr I, Hpa II and Sty I, and we sequenced some. We compared the patterns obtained with those in previous reports. We also performed RFLP analysis in silico since we found differences between the patterns expected and those obtained Results: We identified genotypes A and F, subgenotype F3, in the samples. This result is in agreement with those of previous studies carried out in Colombia; indeed, subgenotype F3 is the most frequent in the Andean region of the country, while genotype A is the most frequent HBV genotype in the western region (department of Chocó). Based on the in silico analysis of 229 HBV sequences from GenBank and 11 sequences of this study, we identified the RLFP pattern for genotype F, subgenotype F3, and we described some modifications of genotype A RFLP patterns. Conclusions: We identified the single nucleotide polymorphism pattern for genotype F, subgenotype F3, by in silico analysis and sequencing. Further robust in silico analyses are necessary to validate the RFLP patterns of HBV genotype and subgenotypes.

OBJECTIVE: Calculate the critical proportion (Pc) for achieving herd immunity based on a 2009 population study conducted in Medellin, Colombia, by age, globally and disaggregated by sex, location, and socioeconomic stratum. METHODS: A survey of seroprevalence in the population was conducted by means of a random sample of 2 124 individuals aged 6 to 64 that was representative of age, sex, and location. The basic reproduction number was estimated using a quadratic regression of the average IgG titers for rubella by age in unvaccinated individuals with titers greater than or equal to 15 IU/ml. The effective reproduction number (Re) was calculated with the data on the weighted proportion of protection by age, sex, location, and socioeconomic stratum. RESULTS: Overall, the Pc was 90.0% (95% CI, 88.6-95.2%) and the Re was 0.95 (95% CI, 0.8-1.8), for a weighted proportion of protection of 89.4% (95% CI, 86.8- 91.6%). Protection was lower than the expected Pc in both sexes, in high and low socioeconomic strata, and in the rural area. In the urban area, protection was greater than the Pc (89.4%, with a 95% CI, 86.6-91.7%, compared to 87.4% and a 95% CI, 85.2-87.8%). CONCLUSIONS: The urban area has made progress toward herd immunity, but the overall proportion of protection in women, the rural area, and the high socioeconomic strata must be increased. The effective number may be greater than one, indicating the potential for the spread of the disease.

OBJETIVO: Calcular la proporción crítica (P) para el logro de la inmunidad colectiva a partir de un estudio poblacional realizado en el 2009 en Medellín, Colombia, por edad, en forma global y desagregada por sexo, zona de procedencia y estrato socioeconómico. MÉTODOS: Se realizó una encuesta de seroprevalencia poblacional, con una muestra aleatoria de 2 124 individuos de 6 a 64 años, representativa por edad, sexo y zona. Se estimó el número básico de reproducción utilizando una regresión cuadrática de los títulos promedio de IgG contra la rubéola por edad en los individuos no vacunados con títulos mayores o iguales a 15 Ul/ml. Se calculó el número efectivo de reproducción (Re) con los datos de la proporción ponderada de protección por edad, sexo, zona y estrato socioeconómico. RESULTADOS: En forma global, la Pc fue de 90,0% (IC95% 88,6-95,2) y el Re de 0,95 (IC95% 0,8-1,8), para una proporción ponderada de protección de 89,4% (IC95% 86,8-91,6). La protección fue menor que la Pc esperada en ambos sexos, en los estratos socioeconómicos alto y bajo, y en la zona rural. En la zona urbana la protección fue mayor que la Pc (89,4%, IC95% 86,6-91,7 en comparación con 87,4%, IC95% 85,2-87,8). CONCLUSIONES: En la zona urbana se ha avanzado hacia la inmunidad colectiva, pero se requiere aumentar la proporción de protección en forma global, en las mujeres, en la zona rural y en los individuos de estrato socioeconómico alto. El número efectivo puede tener un valor mayor de uno, lo que indica el potencial de propagación de la enfermedad.

Cordia alliodora es un árbol muy conocido como productor de madera en zonas tropicales de América Latina y el Caribe; se caracteriza por producir una valiosa madera y presentar crecimiento rápido. En Colombia, es frecuente en sistemas agroforestales con café. Como la mayoría de especies forestales, esta especie presenta problemas biológicos para programas de mejoramiento genético como los largos periodos de regeneración y los altos costos a la hora de mantener una población a largo plazo. Los programas de selección asistidos con marcadores moleculares han tenido un gran impacto en el mejoramiento genético, debido a que minimizan los intervalos de regeneración, incrementan la ganancia genética por generación y permiten la evaluación de la información genética esencial para las especies. En el presente trabajo, se caracterizaron sesenta individuos de C. alliodora pertenecientes a los ensayos de procedencias y progenies establecidos en el programa de mejoramiento genético de Cenicafé. La caracterización se realizó a través de marcadores microsatélites, después del desarrollo de una librería genómica enrriquecida con microsatelites de la especie. Finalmente, se evaluaron veinticuatro microsatélites específicos, de los cuales veinte permitieron detectar veintiocho loci polimórficos y multialélicos. Estos resultados ofrecen una guía para orientar las políticas de producción sostenible y conservación de esta especie de valiosa madera, así como una herramienta para la identificación de clones con interés comercial.

Cordia alliodora is a well-known wood producer tree of tropical areas of Latin America and the Caribbean characterized for producing valuable wood and by its fast growth rate. In Colombia, it is frequent on agro-forestal systems with coffee. This species, like most forest species have biological problems for genetic improvement programs, such as long regeneration periods and high costs for supporting a population in a long term. The molecular assisted markers in plant breeding programs have had a great impact on genetic improvement, due to the fact they minimize their intervals of regeneration, increase the genetic gain by generation and allow the evaluation of the genetic information essential for the species. In this work, 60 genotypes of C. alliodora were characterized, belonging to the provenance and progenies tests established by the program of genetic improvement of Cenicafé. The characterization was carried out through microsatellite markers, after developing a genomic library enriched with microsatellites of the species. Finally, 24 specific microsatellites were evaluated, 20 of which allowed the detection of 28 polymorphic and multiallelic loci. These results provide a guide for orienting the policies of sustainable production and conservation of this valuable species; also, it provides a useful tool for the identification of clones with commercial interest.

Cordia alliodora é uma árvore muito conhecido como produtora de madeira em zonas tropicais da América latina e o Caribe são caracterizados por produzir uma valiosa madeira e ser de crescimento rápido. Na Colômbia é freqüente em sistemas agro florestais com café. Esta espécie como a maioria das espécies florestais, apresenta problemas biológicos para programas de melhoramento genético como os largos períodos de regeneração e os altos custos para manter um numero de espécie num largo prazo. Os programas de seleção assistidos com marcadores moleculares tiveram um grande impacto no melhoramento genético, devido que, minimizam os intervalos de regeneração, incrementam o ganho genético pela geração e também permitem uma avaliação da informação genética essencial para as espécies. No presente trabalho são caracterizados 60 indivíduos de C. alliodora pertencentes aos ensaios de procedências e progênies estabelecidos no programa de melhoramento genético de Cenicafé. A caracterização foi realizada a través de marcadores micro satélites, depois do desenvolvimento de uma livraria genomica enrriquecida com microsatelites da especie. Finalmente foram avaliados 24 microsatélites específicos os quais 20 permitiram detectar 28 loci polimórficos e multialélicos. Estes resultados oferecem uma guía para orientar as políticas de producao sustentável e conservacao desta especie de valiosa madeira, assim como uma ferramenta valiosa para a identificacao dos clones com interesse comercial.