O tegumento das sementes de soja é uma estrutura relacionada à capacidade de germinação, vigor e longevidade das sementes. Entre genótipos de soja existe variabilidade genética quanto aos caracteres do tegumento da semente, a qual pode ser utilizada em programas de melhoramento genético. Diante do exposto, realizou-se esse estudo com os objetivos de: Analisar a dissimilaridade genética de população segregante de soja para caracteres morfológicos de sementes, por meio de marcadores morfológicos e marcadores moleculares (AFLP, SSR e RAPD); Estimar a correlação entre as matrizes de dissimilaridade obtidas por meio da utilização das diferentes classes de marcadores. A população utilizada no estudo originou-se do cruzamento entre dois genótipos contrastantes para os caracteres do tegumento, a cultivar CD 202 (genitor feminino), com tegumento amarelo, e o genótipo TP (genitor masculino), com tegumento preto. Na geração F3, foram avaliados os caracteres morfológicos de cores do tegumento e do hilo, presença de derramamento de hilo, cor da pubescência e cor da flor. Os marcadores moleculares foram obtidos através das técnicas de AFLP, SSR e RAPD. De acordo com os resultados, os marcadores AFLP são os mais eficientes em acessar a variabilidade genética da população estudada, proporcionando a formação de maior número de grupos em relação aos demais marcadores. Apenas a matriz de dissimilaridade e o dendrograma obtido através de marcadores moleculares AFLP avaliados isoladamente apresentam correlação positiva com a matriz de dissimilaridade e o dendograma obtido por avaliação dos dados morfológicos.

The soybean seed coat is a structure associated with seed germination, vigor and longevity. Soybean genotypes show genetic variability regarding the seed coat traits, which can be used in soybean breeding programs. The objectives of this study were: to analyze the genetic similarity of a segregant soybean population for morphological seed traits using morphological and molecular markers (AFLP, RAPD and SSR) and to establish the correlation between the dissimilarity matrices obtained using different marker classes. The population was obtained by crossing between two contrasting soybean genotypes: the cultivar CD 202 (female parent) with a yellow coat, and the genotype TP (male parent) with a black coat. The morphological traits evaluated were coat and hilum colors, hilum spread, pubescence and flower colors. Molecular markers were obtained by AFLP, RAPD and SSR techniques. Based on estimated similarity matrices, dendrograms were developed and the correlations between all matrix pairs and dendrograms estimated. The results showed that AFLP markers are more efficient for accessing the genetic variability of this population. Only the dissimilarity matrix and the dendrogram obtained by AFLP markers showed a positive correlation with the dissimilarity matrix and dendrogram obtained by morphological data.