Abstract Neotropical fishes emerge as an extremely diverse group of vertebrates where genomic strategies to evaluate structural and functional features are still beginning. Here, we present a second draft genome of Apareiodon sp. (2n=54, ZZ/ZW), adding PacBio technology whole genome sequencing, and assembling by combining two technologies (long and short reads). Using a detailed strategy for genome assembly with fish genomes of Pygocentrus nattereri, Carassius auratus, and Astyanax mexicanus as references, the final assembly of the Apareiodon sp. genome generated 93 scaffolds, an N50 of 37,200,078 bases, and a size estimate considering 28 scaffolds (26 autosomes+ZW) of ~945 Mb. In Apareiodon sp., this second genome draft confirmed that ~36% of the genome is composed of repetitive DNA. Furthermore, the new draft genome has improved genomic quality assessments, allowing the annotation of 36,290 genes and 15,683 proteins, which presented similarities to reference genomes. The second draft genome of Apareiodon sp. will be useful for research on integrative cytogenetic and genomic data. It will open perspectives for analyzing sex-determining genes in Neotropical fish with a ZZ/ZW sex chromosome system. beginning Here sp 2n=54, 2n54 n 2n 54 (2n=54 ZZ/ZW, ZZZW , ZZ ZW ZZ/ZW) sequencing long reads. reads . reads) nattereri auratus references 9 N N5 37200078 37 200 078 37,200,07 bases 2 26 (2 autosomes+ZW autosomesZW autosomes 945 ~94 Mb 36 ~36 DNA Furthermore assessments 36290 290 36,29 15683 15 683 15,68 proteins data sexdetermining determining system 2n=54 2n5 5 (2n=5 3720007 3 20 07 37,200,0 ( 94 ~9 ~3 3629 29 36,2 1568 1 68 15,6 2n=5 (2n= 372000 0 37,200, ~ 362 36, 156 6 15, 2n= (2n 37200 37,200 3720 37,20 372 37,2 37,

Resumo Isbrueckerichthys é um gênero de cascudinhos (Siluriformes: Loricariidae) que reúne cinco espécies morfológicas nas terras baixas da bacia do Ribeira de Iguape e nas terras altas da bacia do rio Tibagi. Apesar da validação das espécies morfológicas, estudos moleculares não tinham sido realizados para investigar o fluxo gênico e delimitação molecular das espécies. Para tanto, comparamos sequências da região COI associadas à identificação molecular por código de barras visando uma análise de delimitação de espécies e dados populacionais entre I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola e I. calvus. Os dados de distância genética K2P, a análise de delimitação molecular de espécies e ramos bem sustentados na árvore filogenética validam I. alipionis, I. epakmos e I. duseni, e sugere I. cf. duseni como unidade taxonômica operacional molecular. Ainda, não foram observadas diferenças entre I. saxicola e I. calvus. A discordância entre espécies moleculares e morfológicas pode ser devida à recente dispersão e diversificação de alguns representantes de Isbrueckerichthys na fronteira das bacias de Ribeira de Iguape e Tibagi. Características de isolamento da região serrana da bacia do Ribeira de Iguape e eventos de capturas de cabeceiras para terras altas foram utilizadas para explicar a dispersão e os casos de especiação incipiente em algumas linhagens de Isbrueckerichthys. Siluriformes (Siluriformes Loricariidae Tibagi tanto I alipionis cf calvus K2P KP K P Ainda

Abstract Isbrueckerichthys is a genus of armored catfish (Siluriformes: Loricariidae) with five species in the lowlands from the Ribeira de Iguape basin and in the uplands of the Tibagi River basin. Despite the validation of the morphological species, molecular data to investigate gene flow and species delimitation have not been completed for all species. For this purpose, we compared sequences of COI region associated with barcoding molecular identification, aiming for a species delimitation analysis and generating population data of I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola, and I. calvus. The K2P genetic distance, molecular species delimitation analysis, and well-sustained branches in the phylogenetic tree validate I. alipionis, I. epakmos, and I. duseni, and suggest I. cf. duseni as a valid molecular operational taxonomic unit. However, no differences were detected between I. saxicola and I. calvus. The discordance between molecular and morphological species may be due to the recent dispersal of some Isbrueckerichthys representatives at the border between the Ribeira de Iguape and Tibagi basins. The isolation features of the mountainous region of Ribeira de Iguape basin and headwaters captures to uplands are presented to explain the dispersion and the cases of incipient speciation in Isbrueckerichthys lineages. Siluriformes (Siluriformes Loricariidae purpose identification I alipionis epakmos cf calvus KP K P distance wellsustained well sustained unit However basins lineages

Resumo O objetivo deste trabalho foi avaliar a digestibilidade da proteína, dos aminoácidos e da energia bruta de hidrolisado de fígado e carne suínos pela tilápia-do-nilo (Oreochromis niloticus). Os peixes foram distribuídos em 12 tanques com fundo cônico, em delineamento inteiramente causalizado, tendo sido alimentados com as seguintes três dietas, com quatro repetições cada uma: dieta referência com farinha de soja e de peixe; e duas dietas teste, uma com hidrolisado de fígado suíno e outra com hidrolisado de carne suína. Os coeficientes de digestibilidade aparente foram elevados para ambos os hidrolisados, tendo sido acima de 83% para matéria seca, 95% para proteína bruta e 92% para energia. Em relação aos aminoácidos, os coeficientes permaneceram entre 98–100% para os dois hidrolisados. Os percentuais de digestibilidade dos hidrolisados foram maiores do que os dos ingredientes proteicos, tanto de origem vegetal como animal, comumente utilizados na fabricação de dietas para esta espécie de peixe. Os hidrolisados testados têm potencial para serem usados na formulação de dietas para tilápia-do-nilo.

Abstract The objective of this work was to evaluate the digestibility of the protein, amino acids, and gross energy of swine liver and meat hydrolysates by Nile tilapia (Oreochromis niloticus). The fish were distributed into 12 tanks with conical bottoms, in a completely randomized design, and fed with the three following diets, with four replicates each: a reference diet with soybean and fish meal; and two test diets, one with swine liver hydrolysate and the other with swine meat hydrolysate. The coefficients of apparent digestibility were high for both hydrolysates, being above 83% for dry matter, 95% for crude protein, and 92% for gross energy. Regarding amino acids, the coefficients remained at 98–100% for the two hydrolysates. The digestibility percentages of the hydrolysates were higher than those of the protein ingredients, both of plant and animal origin, commonly used in the formulation of diets for this fish species. The tested hydrolysates have potential to be used in the formulation of diets for Nile tilapia.

Abstract Boana comprises a diverse genus of Neotropical treefrogs, currently rearranged into seven taxonomic species groups. Although cytogenetic studies have demonstrated diversity in its representatives, the chromosomal mapping of repetitive DNA sequences is still scarce. In this study, Boana albopunctata, Boana faber, and Boana prasina were subjected to in situ localization of different repetitive DNA units to evaluate trends of chromosomal evolution in this genus. Boana faber and B. prasina had 2n=24 chromosomes, while B. albopunctata has 2n=22 and an intra-individual variation related to the presence/absence of one B chromosome. The location of 45S rDNA sites was different in the analyzed karyotypes, corroborating with what was found in the distinct phylogenetic groups of Boana. We presented the first description of 5S rDNA in a Boana species, which showed markings resulting from transposition/translocation mechanisms. In situ localization of microsatellite loci proved to be a helpful marker for karyotype comparison in Boana, commonly with cis accumulation in the heterochromatin. On the other hand, genomic dispersion of microsatellites may be associated with hitchhiking effects during the spreading of transposable elements. The obtained results corroborated the independent diversification of these lineages of species from three distinct phylogenetic groups of Boana.

RESUMO A ictiofauna do sistema hidrográfico La Plata é dividida em alto e baixo rio Paraná devido ao isolamento geográfico dos Saltos das Sete Quedas há 22 milhões de anos, atualmente inundado pelo lago da represa da Usina de Itaipu. Em Parodontidae, espécies pares ou grupos de espécies crípticas foram descritos entre esses sistemas. Contudo, embora o isolamento genético e especiação já tenham sido propostos em outras espécies do grupo, Parodon nasus tem sido mantido como espécie válida e distribuída em toda a bacia do rio La Plata. Nessa perspectiva, exemplares de P. nasus de quatro diferentes pontos de amostragem nos sistemas do alto e baixo rio Paraná foram comparados quanto ao arranjo dos cariótipos, análises moleculares de biologia populacional e delimitação de espécies, afim de investigar seu isolamento genético e populacional na bacia do rio La Plata. Apesar da barreira geográfica e imensa distância geográfica separando os exemplares amostrados no sistema baixo rio Paraná em comparação àqueles do alto rio Paraná, os dados obtidos demonstraram P. nasus como único táxon válido. Dessa forma, diferentemente de outras espécies de Parodontidae que demonstraram diversificação quando comparados grupos pares residentes no baixo e alto rio Paraná, P. nasus demonstrou estruturação populacional e homogeneidade cariotípica.

ABSTRACT The ichthyofauna of the La Plata hydrographic basin is divided into Upper and Lower Paraná River systems due to the geographic isolation of the Sete Quedas waterfalls, currently flooded by the lake of the Itaipu dam. In Parodontidae, pairs of species, or groups of cryptic species were described between these systems. Although genetic isolation and speciation have already been proposed in other species in the group, Parodon nasus has been maintained as a valid species and distributed throughout the La Plata river basin. In this perspective, specimens of P. nasus from four different sampling sites in the Upper and Lower Paraná River systems were compared regarding the karyotypes, molecular analyzes of population biology and species delimitation to investigate their genetic and population isolation in the La Plata river basin. Despite a geographic barrier and the immense geographic distance separating the specimens sampled from the Lower Paraná River system compared to those from the Upper Paraná River, the data obtained showed P. nasus as a unique taxon. Thus, unlike other species of Parodontidae that showed diversification when comparing the groups residing in the Lower versus Upper Paraná River, P. nasus showed a population structure and a karyotypic homogeneity.

Resumo: O objetivo deste trabalho foi comparar a qualidade estrutural e a curva de retenção de água de um Latossolo Vermelho-Amarelo sob arranjos de linhas simples, duplas e triplas de paricá (Ochroma pyramidale), em um sistema integrado de produção com 50 meses de implantação. O solo foi coletado em cinco pontos de amostragem em relação à distância do renque das árvores. Foram coletadas amostras indeformadas nas camadas de 0,00-0,10 e 0,10-0,20 m para avaliar porosidade, densidade, resistência do solo à penetração, curva de retenção de água no solo e índice “S”. O arranjo florestal com três linhas de paricá promoveu melhores condições físicas ao solo em comparação ao renque de linha simples. As principais alterações ocorreram na camada de 0,10-0,20 m, com aumento da microporosidade e diminuição da criptoporosidade e da resistência à penetração. Os arranjos com paricá em linhas simples e dupla resultam em maiores volumes de água indisponíveis e compactação ao solo.

Abstract: The objective of this work was to compare the structural quality and water retention curve of a Haplustox under single, double, and triple “paricá” (Ochroma pyramidale) lines in an integrated production system at 50 months of implantation. Soil was collected from five sampling points considering the distances from the tree lines. Undisturbed samples were collected from the 0.00-0.10 and 0.10-0.20-m layers in order to assess porosity, density, soil penetration resistance, soil water retention curve, and the “S” index. The forest arrangement based on three paricá lines promoted better soil physical conditions than the system using single lines. The main changes were recorded in the 0.10-0.20-m layer, with increased microporosity and decreased cryptoporosity and resistance to penetration. The arrangements using single and double paricá lines result in higher volume of available water and greater soil compaction.