O presente trabalho foi desenvolvido no Arquipélago de São Pedro e São Paulo, com o objetivo de descrever a estrutura da comunidade microfitoplanctônica, assim como estabelecer sua variação diurna e espacial. As amostras foram coletadas em duas estações (Cabeço da Tartaruga e Enseada) durante cinco dias consecutivos (12 a 16/05/08) do período chuvoso, nos horários da manhã e da tarde, por meio de arrastos horizontais subsuperficiais de 10 minutos de duração, com uma rede de plâncton com abertura de malha de 45 µm. Um total de 131 táxons foram registrados, dos quais 117 foram na estação Cabeço da Tartaruga e 89 na Enseada. O grupo dos dinoflagelados foi o mais diverso, representado por 90 táxons pertencentes a 17 gêneros, destacando-se o gênero Ceratium com 33 espécies. A cianofícea Trichodesmium thiebautti Gomont ex Gomon foi a única espécie dominante na área, influenciando a estrutura da comunidade, servindo como a espécie indicadora da área. Houve um número maior de espécies na estação Cabeço do que na Enseada. As espécies marinhas planctônicas oceânicas predominaram, com 61,26% da riqueza total de espécies. A diversidade e a equitabilidade foram, no geral, altas em ambos locais de coleta. Na estação Cabeço, os valores de diversidade específica situaram-se entre o mínimo de 0,76 bits.cél-1 e máximo de 4,27 bits.cél-1 e a equitabilidade oscilou entre 0,16 e 0,84. Na Enseada, registraram-se mínimo de diversidade específica de 2,91 bits.cél-1 e máximo de 3,87 bits.cél-1, e equitabilidade com valores mínimo e máximo de 0,64 e 0,84, respectivamente. A análise de agrupamento mostrou a formação de três associações distintas de espécies, com espécies do Cabeço e da Enseada em grupos separados, evidenciando a diferença entre as comunidades dos dois locais estudados. Em cada estação, não houve diferença significativa entre as amostras dos diferentes horários. A área estudada está caracterizada por uma composição florística típica de ambiente estável, águas transparentes e oligotróficas.

The present study was developed in the São Pedro and São Paulo Archipelago, with the objective to describe the structure of the microphytoplankton community, and establish its diurnal and spatial variation. The samplings were carried out in two stations (Enseada and Cabeço da Tartaruga) during five consecutive days (May 12 to 16, 2008) of the rainy season, during early morning and late afternoon, by subsurface horizontal hauls of 10 minutes duration with plankton net of 45 μm of mesh size. A total of 131 taxa were recorded, out of which 117 in Cabeço station and 89 in Enseada. The group of dinoflagellates was the most diverse, represented by 90 taxa belonging to 17 genera, highlighting the Ceratium genus with 33 species. The cyanophyceae Trichodesmium thiebautti Gomon ex Gomont was the only dominant species in the area, influencing the community structure, and serving as indicator species for the area. There was a greater number of species at the Cabeço than in Enseada. The marine planktonic oceanic species predominated, with 61.26% of the overall species richness. The diversity and evenness were in general higher in both sampling stations. At Cabeço station, the values of species diversity were between a minimum of 0.76 bits.cell-1 and a maximum of 4.27 bits.cell-1 and evenness varied between 0.16 and 0.84. At the Enseada station, it was registered a minimum of 2.91 bits.cell-1 and a maximum of 3.87 bits.cell-1, and evenness with minimum and maximum values of 0.64 and 0.84, respectively. The cluster analysis showed the formation of three distinct associations of species, with Cabeço and Enseada species in separate groups, highlighting the differences between the communities of the two studied sites. In each station, there was no significant difference between samples of different hours. The study area is characterized by a floristic composition typical of stable, transparent and oligotrophic waters.