ABSTRACT: The use of molecular information in breeding programs contributed to important advances in the improvement of traits of economic interest in livestock production. The advent of single nucleotide polymorphism (SNP) panels applied to genome-wide selection (GWS) and genome-wide association studies (GWAS), along with computational advances (e.g., use of powerful software and robust analyses) allowed a better understanding of the genetic architecture of farm animals and increased the selection efficiency. In this context, the statistic method single-step GBLUP has been frequently used to perform GWS, and more recently GWAS analyses, providing accurate predictions and QTL detection, respectively. Nevertheless, in developing countries, species such as sheep and goats, whose genomic data are more difficult to be obtained, the use of data simulation has been efficient in the study of the major factors involved in the selection process, such as size of training population, density of SNP chips, and genotyping strategies. The effects of these factors are directly associated with the prediction accuracy of genomic breeding values. In this review we showed important aspects of the use of genomics in the genetic improvement of production traits of animals, the main methods currently used for prediction and estimation of molecular marker effects, the importance of data simulation for validation of those methods, as well as the advantages, challenges and limitations of the use of GWS and GWAS in the current scenario of livestock production. ABSTRACT (SNP genomewide genome wide (GWS GWAS, , (GWAS) e.g., eg e g (e.g. analyses efficiency context singlestep step detection respectively Nevertheless countries goats obtained process population chips strategies values advantages (GWAS e.g. (e.g e.g

RESUMO: Em programas de melhoramento genético, o uso de informações moleculares garantiu importantes avanços para a melhoria de características de interesse econômico, no âmbito da produção animal. O advento da tecnologia de painéis de SNPs aplicados à seleção genômica ampla (GWS) e associação genômica ampla (GWAS), aliado ao avanço computacional, com o uso de softwares e análises robustas, permitiram melhor compreensão sobre a arquitetura genética dos animais de produção e, consequentemente, maior eficiência na seleção. Nesse contexto, o método estatístico single-step GBLUP tem sido utilizado, frequentemente, na execução da GWS e, mais recentemente, em GWAS, possibilitando predições acuradas e detecção de QTLs, respectivamente. No entanto, em países em desenvolvimento e, em espécies como os ovinos e caprinos, que existe maior dificuldade para a aquisição de dados genômicos, o uso da simulação de dados tem se mostrado eficiente para estudar os principais fatores envolvidos no processo de seleção, como o tamanho da população de treinamento, densidade de chipde SNPs e estratégias de genotipagem, cujos efeitos estão diretamente associados à acurácia da predição de valores genéticos genômicos. Nesta revisão, serão abordados pontos importantes sobre o uso da genômica no melhoramento genético de características produtivas em animais, principais métodos de predição e estimação de efeitos de marcadores moleculares na atualidade, a importância da simulação de dados para a validação desses métodos, bem como as vantagens, os desafios e as limitações no cenário atual da produção animal com o uso da seleção e associação genômica ampla. RESUMO econômico (GWS GWAS , (GWAS) computacional robustas consequentemente contexto singlestep single step utilizado frequentemente recentemente QTLs respectivamente entanto caprinos genômicos treinamento genotipagem revisão atualidade vantagens (GWAS

RESUMO: O objetivo deste estudo foi avaliar a influência de diferentes efeitos não-genéticos sobre características indicadoras de habilidade materna em ovelhas da raça Santa Inês. Os dados utilizados incluíram registros de desempenho de 100 cordeiros (machos e fêmeas) filhos de 59 ovelhas, nascidos de 2009 a 2012. As características analisadas foram peso ao nascimento (PN), peso ao desmame (PD), ganho médio diário do nascimento ao desmame (GMND), peso total das crias ao nascer (PTCN) e peso total das crias ao desmame (PTCD). Os efeitos analisados foram ano de nascimento da cria, estação de nascimento, idade da mãe ao parto, peso da mãe ao parto, sexo da cria, tipo de nascimento da cria, interação entre sexo e tipo de nascimento, e interação entre sexo e estação de nascimento. O programa SAS (SAS University Edition, EUA) foi utilizado para o cálculo de análise de variância, médias e coeficientes de correlação de Pearson. Com exceção da estação de nascimento, os demais efeitos avaliados exerceram influência significativa sobre pelo menos uma das características estudadas. As estimativas de correlação variaram de baixa a alta magnitude e foram tanto positivas quanto negativas. O peso da cria ao nascimento foi negativamente correlacionado com o tipo de nascimento e influenciou positivamente todas as outras características de desempenho avaliadas. A habilidade materna de ovelhas Santa Inês foi mais claramente influenciada pela idade e peso da mãe ao parto e pelo tipo de nascimento da cria.

ABSTRACT: The aim of this study was to evaluate the influence of different non-genetic effects on indicator traits for maternal ability in Santa Inês ewes. Data included performance records of 100 lambs (males and females) born from 59 dams, from 2009 to 2012. The analyzed traits were birth weight (BW), weaning weight (WW), average daily gain from birth until weaning (ADGBW), total litter weight at birth (TLWB), and total litter weight at weaning (TLWW). The effects analyzed were the year of birth of the lamb, birth season, dam age at lambing, dam weight at lambing, sex of the lamb, lamb birth type, interaction between sex and birth type, and interaction between sex and birth season. SAS® software (SAS University Edition, USA) was used for calculation of the analysis of variance, means, and Pearson correlation coefficients. With the exception of the birth season, all the other environmental effects evaluated had a significant influence on at least one of the studied traits. The correlation estimates ranged from low to high and were either positive or negative. Birth weight was negatively correlated with the birth type and influenced positively all the other performance traits evaluated. The maternal ability of Santa Inês ewes was more clearly influenced by the age and weight of the dam at lambing, and the lamb birth type.

Resumo: O objetivo deste trabalho foi caracterizar fenotipicamente caprinos crioulos das raças Moxotó, Azul, Canindé, Repartida, Marota e Graúna, em comparação às raças exóticas Boer, Anglo Nubiana e Alpina, para identificar grupos genéticos de maior potencial para qualidade de carcaça e resistência à verminose. Dados de medidas morfométricas foram obtidos quanto à contagem de ovos de vermes por grama de fezes (OVGF), ao escore Famacha, às medidas de carcaça e ao peso corporal de 308 animais de uma fazenda no Estado do Piauí. Os caprinos Repartida apresentaram a maior média de altura de cernelha (61,55 cm) e altura de garupa (62,16 cm), e os caprinos Moxotó, o maior comprimento de orelha (13,45 cm). A raça Moxotó apresentou as maiores médias de carcaça e peso corporal. O menor peso corporal médio foi dos caprinos Azul (24,35 kg), e o menor valor de OVGF foi o dos caprinos Repartida (200 ovos por grama de fezes). Para o escore Famacha, a média foi 2,77. O método da ligação média foi o que melhor resumiu a informação dos dados morfométricos e de carcaça. O uso de medidas morfométricas e de carcaça apresentou resultados satisfatórios na caracterização fenotípica dos animais. Os caprinos crioulos, considerados resistentes à verminose e com características de carcaça de boa qualidade, poderão ser indicados para programas de conservação e melhoramento genético.

Abstract: The objective of this work was to phenotypically characterize creole goats of the Moxotó, Azul, Canindé, Repartida, Marota, and Graúna breeds, comparing them with the Boer, Anglo Nubian, and Alpine exotic breeds, to identify the genetic groups of greater potential for carcass quality and resistance to infection caused by worm. Data on morphometric measurements were obtained for the count of worm eggs in grams of feces (WEGF), Famacha score, carcass measurements, and body weight from 308 animals, in a farm in the state of Piauí, Brazil. Repartida goats showed the highest average for wither height (61.55 cm) and rump height (62.16 cm), and Moxotó goats had the greatest ear length (13.45 cm). The Moxotó breed showed the highest means for carcass and body weight. The lowest average for body weight was observed in Azul goats (24.35 kg), and the lowest WEGF was detected in Repartida goats (200 eggs per gram of feces). The average Famacha score was 2.77. Average linkage was the method that best summarized the information on the morphometric and carcass data. The use of morphometric and carcass measurements provides satisfactory results in the phenotypic characterization of the animals. The Brazilian creole goats, which are considered resistant to worm infection and show high-quality carcass traits, may be indicated for conservation and genetic breeding programs.

RESUMO: O objetivo deste estudo foi estimar componentes de variância e parâmetros genéticos para marmoreio na área de olho de lombo (MOL) e escore de condição corporal (ECC) usando Inferência Bayesiana por meio dos modelos animais linear misto e de limiar. Os dados foram obtidos em rebanhos de ovinos da raça Santa Inês criados no Meio-Norte do Brasil. As análises, considerando os métodos de Monte Carlo, foram realizadas com cadeias de Markov a partir de 500000 ciclos. Considerou-se burn-in inicial de 200000 ciclos com valores tomados a cada 250 ciclos, obtendo-se 1200 amostras. Os desvios do erro de Monte Carlo foram baixos para as herdabilidades médias em todas as cadeias, tanto pelo modelo linear quanto de limiar. As variâncias aditivas, estimadas pelo modelo de limiar, foram maiores que aquelas obtidas pelo modelo linear. O marmoreio na área de olho de lombo e o escore da condição corporal podem ser usados como critérios de seleção para obter progresso genético em ovinos da raça Santa Inês.

ABSTRACT: The aim of this study was to estimate the variance components and genetic parameters for marbling in the ribeye area (MRA) and body condition score (BCS) using Bayesian inference via mixed linear and threshold animal models. Data were obtained from Santa Ines breed sheep reared in the Brazilian Mid-North region. Analyses considering the Monte Carlo methods were performed with Markov chains from 500000 cycles onward. A 200000-cycle initial burn-in was considered with values taken at every 250 cycles, in a total of 1200 samples. The Monte Carlo Error deviations were low for the means heritability in all chains by both linear and threshold models. Additive variances estimated by threshold model were higher than those estimated by the linear model. Marble meat from the ribeye area and body condition score can be used as selection criteria to obtain genetic progress in Santa Inês sheep.

RESUMO Objetivou-se avaliar a influência de efeitos ambientais sobre medidas corporais, peso e características de qualidade de carcaça, com estrutura de mensurações repetidas no tempo, em ovinos de diferentes grupos genéticos. Foram realizadas coletas do nascimento aos 180 dias de idade, durante os anos de 2012 e 2013, em 92 cordeiros de 3 grupos genéticos, sendo 29 da raça Santa Inês, 43 mestiços Dorper x Santa Inês e 20 mestiços Dorper x Morada Nova, pertencentes a dois rebanhos. Foram mensuradas área e profundidade de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, altura da cernelha, comprimento corporal, profundidade torácica e peso corporal. O modelo estatístico considerou os efeitos de período de coleta, tipo de nascimento, sexo, rebanho, grupo genético, idade do animal no momento da mensuração como covariável, em efeitos linear e quadrático, e as interações entre os diferentes efeitos. Foram testadas diferentes estruturas para modelar a matriz de (co) variância residual. A estrutura que melhor se ajustou aos dados foi a Simetria Composta. A interação entre grupo genético e idade como efeito linear e quadrático foi significativamente importante para modelar as características estudadas. Os efeitos ambientais de propriedade, tipo de nascimento, grupo genético e período da mensuração influenciaram as características de carcaça, medidas corporais e peso. O grupo genético oriundo do cruzamento Dorper x Morada Nova apresentou menor tamanho corporal e melhores características de carcaça.

SUMMARY The purpose of this study was to evaluate the influence of environmental effects on body measurements, weight and carcass quality traits with structure of repeated measurements over time in sheep from different genetic groups. Collections were carried out from lamb in until 180 days of age, during the years 2012 and 2013, in 92 lambs from three genetic groups – 29from Santa Inês breed, 43 crossbred Dorper x Santa Inês, and 20 crossbred Dorper x Morada Nova – belonging to two flocks. Loin eye area, loin depth, subcutaneous fat thickness, height at withers, body length, thoracic depth, and body weight were measured. The effects of collection period, type of birth, sex, flock, genetic group, age of the animal at the time of measurement as a covariate in linear and quadratic effects, and interactions between the different effects were considered in the statistical model. Different structures were tested for modeling the residual (co) variance matrix. The structure that best fit the data was the Composed Symmetry. The interaction between genetic group and age as linear and quadratic effect was significantly important for modeling the traits studied. The environmental effects of the flock, type of birth, genetic group, and collection period influenced carcass traits, body measurements and weight. The genetic group originated from the Dorper x Morada Nova cross showed lower body size and better carcass traits.

Objetivou-se descrever o quantitativo, distribuição e estrutura do rebanho de ovino da raça Santa Inês no estado do Piauí. Foram analisados dados de registros genealógicos da raça Santa Inês, mantidos pela Associação Brasileira de Criadores de Ovinos (ARCO), referentes ao período de 1992 a 2012. Foram realizadas análises estatísticas descritivas de modo a conhecer como o rebanho Santa Inês está estruturado. Foi realizada a classificação do rebanho quanto a sua estrutura organizacional, determinada com base na origem e uso dos reprodutores, utilizando-se o programa ENDOG. v.4.8. O registro dos animais da raça Santa Inês, no Piauí, teve inicio em 1990, e a maior representatividade foi verificada no período de 1993 a 2001. Quanto à estrutura dos rebanhos, 56,8% foram classificados como rebanhos multiplicadores (estrato intermediário da pirâmide) e 43,2% como rebanhos comerciais (base da pirâmide), sendo que não se observou nenhum rebanho núcleo e nem isolado. A falta de rebanhos núcleo da raça no Estado pode ser uma das causas da redução do número de animais registrados nos últimos anos no Piauí.

This study aimed to describe the quantity, distribution and structure of the Santa Inês sheep flock in the Piauí state. We analyzed data of genealogical records of Santa Inês variety, maintained by the Brazilian Association of Breeders Sheep (ARCO), from 1992 to 2012. Descriptive statistical analyzes were performed in order to know how the Santa Inês herd is structured. We classified the herd according to its organizational structure, determined according to the origin and the use of the breeders, using the program ENDOG.v.4.8. The registration of animals of Santa Ines variety, in Piauí, started in 1990, and highest representation was verified in the period from 1993 to 2001. As for the structure of the herds, 56.8% were classified as multiplying livestocks (intermediate stratum of the pyramid) and 43.2% as commercial herds (base of the pyramid), and there was neither nucleus nor isolated herds. The lack of nucleus herds of Santa Inês variety in the state may be one of the causes of the reduction in the number of animals recorded in recent years in Piauí.

O objetivo com esta pesquisa foi estudar efeitos ambientais sobre a prolificidade e a taxa de desmame em ovinos Santa Inês, por meio de modelos lineares generalizados. Foram utilizados dados do rebanho experimental de ovinos da raça Santa Inês, da Universidade Federal do Piauí, Campus Universitário Professora Cinobelina Elvas, em Bom Jesus-PI, no período de 2008 a 2010. Os efeitos ambientais estudados foram: ano de cobertura, Período de cobertura, Período de nascimento, tipo de nascimento, sexo da cria, idade da mãe ao parto, peso da mãe ao parto e peso ao nascer como covariável. Para análise estatística foi utilizado o procedimento GENMOD contido no programa SAS. Os valores médios de prolificidade e taxa de desmame foram respectivamente 1,36 e 68,18%. O efeito do peso da mãe ao parto foi significativo sobre a prolificidade. Observou-se efeito significativo de Período de nascimento sobre a taxa de desmame. As correlações entre características produtivas e reprodutivas variaram de negativas a positivas de baixa magnitude. Os efeitos de peso da mãe ao parto e peso ao nascer mostraram-se importantes fontes de variação para prolificidade e taxa de desmame, o que reflete a necessidade de considerar estes efeitos em modelos de avaliação genética e fenotípica.

In this research we aimed to study environmental effects about litter size and weaning rate in Santa Ines sheep by means of generalized linear models. We used the data from experimental sheep herd of Santa Ines, of the Federal University of Piaui, Campus Professora Cinobelina Elvas, in Bom Jesus-PI, during 2008-2010. The environmental effects studied were: mating year, mating station, birth season, birth type, offspring sex, ewe age at birth, ewe weight at birth and birth weight as covariate. For statistical analysis we used the GENMOD procedure contained in SAS. Mean values for litter size and weaning rates were 1.36 and 68.18% respectively. The effect of ewe weight was significant about the litter size. There was no significant effect of birth season on the weaning rate. Correlations between productive and reproductive traits ranged from negative to positive low magnitude. The effects of ewe weight at birth and birth weight were important sources of variation for litter size and weaning rates, which reflects the need to consider these effects in models of genetic and phenotypic evaluation.