Com o advento das técnicas de seqüenciamento de DNA, a organização do genoma mitocondrial de vertebrados mostrou variação entre níveis taxonômicos superiores. A organização "conservada" é encontrada em mamíferos placentários, tartarugas, peixes, alguns lagartos e Xenopus. As aves, outras espécies de lagartos, crocodilianos, mamíferos marsupiais, cobras, tuatara, lampréia, uma espécie de peixe e alguns outros anfíbios apresentam ordens que diferem do que foi inicialmente considerado a "ordem gênica conservada". O mecanismo mais provável de novos rearranjos gênicos parece ser duplicação in tandem e múltiplos eventos de deleção, sempre associados com seqüências de tRNAs. Alguns novos rearranjos parecem ser típicos de grupos monofiléticos e o uso destes dados pode ser útil em questões de filogenia envolvendo níveis taxonômicos superiores. Outros aspectos como a estrutura secundária de tRNA e códons de início e de parada de transcrição de genes codificantes para proteínas podem ser úteis para comparações entre os genomas mitocondriais de vertebrados.
With the advent of DNA sequencing techniques the organization of the vertebrate mitochondrial genome shows variation between higher taxonomic levels. The most conserved gene order is found in placental mammals, turtles, fishes, some lizards and Xenopus. Birds, other species of lizards, crocodilians, marsupial mammals, snakes, tuatara, lamprey, and some other amphibians and one species of fish have gene orders that are less conserved. The most probable mechanism for new gene rearrangements seems to be tandem duplication and multiple deletion events, always associated with tRNA sequences. Some new rearrangements seem to be typical of monophyletic groups and the use of data from these groups may be useful for answering phylogenetic questions involving vertebrate higher taxonomic levels. Other features such as the secondary structure of tRNA, and the start and stop codons of protein-coding genes may also be useful in comparisons of vertebrate mitochondrial genomes.