RESUMO A tuberculose continua a ser uma das doenças infecciosas transmissíveis mais mortais, causando 1,4 milhão de mortes em 2015 em todo o mundo devido a vários fatores, incluindo o tratamento inadequado e o surgimento de cepas multirresistentes do agente causal, Mycobacterium tuberculosis. Portanto, as drogas desenvolvidas a partir de fontes naturais, como micro-organismos e extratos de plantas, são um alvo freqüente para a pesquisa e descoberta de compostos antimicrobianos. O presente estudo foi um ponto de partida para caracterizar compostos produzidos por um Aspergillus fumigatus isolado de copaíba (Copaifera multijuga) que inibe eficientemente M. tuberculosis, liberando os compostos no caldo de fermentação em condições de cultura específicas. Realizou-se um ensaio preliminar com uma espécie correlata, M. smegmatis, com o objetivo de detectar um efeito antimicrobiano relacionado ao caldo de fermentação de A. fumigatus. O uso direto deste substrato em ensaios de antibiose contra a estirpe H37Rv de M. tuberculosis (ATCC 27294) permitiu a detecção de atividade antimicrobiana com uma concentração inibitória mínima de 256 μg mL-1, demonstrando que os processos de purificação desenvolvidos pelo Biotage Flash Chromatography System são técnicas robustas e confiáveis para purificar compostos de fontes naturais. Além disso, este sistema cromatográfico pode ser usado em combinação com testes bioquímicos específicos, melhorando a busca de resultados confiáveis. Concluímos que esta fração pode expressar uma ampla gama de ação, inibindo ambas as espécies de Mycobacterium utilizadas como organismos-alvo.

ABSTRACT Tuberculosis (TB) remains one of the most deadly communicable infectious diseases, causing 1.4 million deaths in 2015 worldwide due to many conditions, including the inadequate treatment and the emergence of multidrug-resistant strains of the causal agent, Mycobacterium tuberculosis. Therefore, drugs developed from natural sources, as microorganisms and plant extracts, are a frequent target for the research and discovery of antimicrobial compounds. The current study started the characterization of compounds produced by an Aspergillus fumigatus isolated from copaíba (Copaifera multijuga) that efficiently inhibits M. tuberculosis by releasing the compounds into the fermentation broth under specific culture conditions. A preliminary assay was carried out with a correlate species, M. smegmatis, aiming to detect an antimicrobial effect related to A. fumigatus fermentation broth. The direct use of this substrate in antibiosis assays againstM. tuberculosis H37Rv strain (ATCC 27294) allowed the detection of antimicrobial activity with a minimal inhibitory concentration of 256 μg mL-1, demonstrating that purification processes developed by the Biotage Flash Chromatography System are robust and reliable techniques for purification of compounds from natural sources. Also, this chromatographic system can be used in combination with specific biochemical tests, improving the search for reliable results. We conclude that this fraction can express a broad action range, inhibiting both Mycobacterium species used as target organisms.

Investigou-se por métodos bacteriológicos (cultivo) e moleculares (PCR - Restriction Enzyme Analysis, PRA), a presença de micobactérias ambientais em águas de torneira, soluções e luvas cirúrgicas, utilizadas nas etapas dos procedimentos cirúrgicos executados no centro cirúrgico do Hospital Universitário Getulio Vargas (HUGV), na cidade de Manaus-Amazonas/Brasil. Foram colhidas e analisadas 105 amostras sendo: 24 de águas (colhidas das 2 torneiras existentes no centro cirúrgico), 8 de solução de Povidine e 7 de solução de Clorhexidina, que servem para a higienização das mãos dos cirurgiões; 39 de luvas cirúrgicas (superfícies internas e externas); e 27 de soluções que foram efetivamente utilizadas durante o ato cirúrgico. Por método bacteriológico obteve-se 41 isolados micobacterianos apenas de águas das torneiras. Pelo PRA obteve-se a detecção de DNA micobacteriano somente na amostra de água que forneceu acima de 100 colônias de micobactérias por tubo semeado. Os isolados foram identificados como sendo Mycobacterium celatum perfil 2, M. gordonae perfil 3, M. gordonae perfil 6, M. intracellulare perfil 1, M. lentiflavum perfil 3 e M. mucogenicum perfil 1. O encontro de M. mucogenicum, espécie já incriminada em surtos pós-cirúrgicos, indica que devem ser efetuados procedimentos de limpeza e monitoramento em todos os pontos de distribuição de águas, visando à prevenção de surtos de micobacterioses nosocomiais induzidos pelo uso das águas nas diferentes atividades de manuseio ou higienização dos pacientes submetidos a procedimentos invasivos.

Using bacteriological (culture) and molecular (PCR - Restriction Enzyme Analysis, PRA) methods, we investigated the presence of environmental mycobacteria in tap water, antiseptic solutions and surgical gloves, used in carrying out surgical procedures at the Getúlio Vargas University Hospital Surgical Center, in Manaus -Amazonas/Brazil. Samples (105) were collected and analyzed from: tap water (24 - collected from 3 taps in the surgical center); povidone-iodine solution, PVP-I, (8); Chlorhexidine solution (7), that were used to hygienize surgeons' hands; surgical gloves (39); and solutions that were effectively used during the surgical procedure (27). Using bacteriological method 41 mycobacteria were isolated, all from samples of tap water. Using PRA, mycobacterial DNA was detected only in the sample from water that provided over 100 colonies per inoculated culture tubes. The isolated were identified as Mycobacterium celatum pattern II, M. gordonae pattern III, M. gordonae pattern VI, M. intracellulare pattern I, M. lentiflavum pattern III and M. mucogenicum pattern I. The isolating of M. mucogenicum, a species that had already been incriminated for causing post-surgical outbreaks in tap water from the surgical center, indicates that cleaning and monitoring procedures must be carried out in every place of water distribution. This may be necessary to prevent nosological mycobacteriosis outbreaks induced by the use of water in different activities such as handling and hygienizing patients submitted to invasive procedures.

Foi elaborado um método de cultivo alternativo, denominado por nós PKO (iniciais referentes à Petroff, Kudoh e Ogawa), para o isolamento do Mycobacterium tuberculosis em amostras de escarro para o diagnóstico da tuberculose pulmonar (TB). Para validação da técnica, amostras de escarro de pacientes suspeitos de TB foram submetidas aos métodos de baciloscopia (direta e pós-concentração), PKO, Swab e Petroff. A análise comparativa entre o método de Petroff e o PKO mostrou paridade de resultados em relação ao isolamento e número de colônias de M. tuberculosis. Porém, pelo método PKO, 65% das cepas isoladas foi detectada em um período <FONT FACE=Symbol>£</FONT>15 dias, enquanto que pelo método de Petroff a melhor detecção ocorreu em um intervalo de 16-29 dias (71%). O tempo médio de isolamento pelo PKO é somente superior ao sistema comercial Bactec 460TB em amostras positivas na baciloscopia. A exclusão da etapa de neutralização de pH no método PKO reduz a manipulação das amostras, diminui o tempo de execução do cultivo em relação ao de Petroff e facilita o treinamento de profissionais que realizam o diagnóstico laboratorial da TB.

We elaborated an alternative culture method, which we denominated PKO (initials in tribute of respect to Petroff, Kudoh and Ogawa), for isolating Mycobacterium tuberculosis from sputum for diagnosis of pulmonary tuberculosis (TB), and to compare its performance with the Swab and Petroff methods. For the technique validation, sputum samples from patients suspected of pulmonary TB cases were examined by acid-fast microscopy (direct and concentrated smear), PKO, Swab and Petroff methods. We found that Petroff and PKO methods have parity in the effectiveness of M. tuberculosis isolation. However, by the PKO method, 65% of isolated strains were detected in a period of <FONT FACE=Symbol>£</FONT>15 days, while by the Petroff method the best detection was in an interval of 16-29 days (71%). In positive smear samples, the average time of PKO isolation is only superior to the one related for Bactec 460TB. In conclusion, the exclusion of the neutralization stage of pH in the PKO reduces the manipulation of the samples, diminishes the execution time of the culture according to the Petroff method and facilitates the qualification of professionals involved in the laboratorial diagnosis of Tuberculosis.

OBJETIVO: Avaliar a acurácia dos métodos bacteriológicos e da reação em cadeia da polimerase com oligonucleotídeos específicos para a IS6110 do complexo Mycobacterium tuberculosis, em amostras de escarro de indígenas e não indígenas. MÉTODOS: Analisaram-se 214 amostras de escarro (154 de indígenas e 60 de não indígenas) quanto à acurácia da baciloscopia direta e pós-concentração, cultivo e reação em cadeia da polimerase. RESULTADOS: Ambos os métodos baciloscópicos, quando comparados com o cultivo ou a reação em cadeia da polimerase foram de baixa sensibilidade. A especificidade variou de 91% a 100%, sendo a baciloscopia pós-concentração menos específica. Nas amostras indígenas constataram-se três vezes mais isolamentos de micobactérias não tuberculosas do que nas não indígenas. Resultados da reação em cadeia da polimerase aparentemente falsos-positivos e negativos foram encontrados com maior freqüência na população indígena. CONCLUSÃO: Baciloscopias positivas para bacilos álcool-acidorresistentes com isolamento de micobactérias não tuberculosas e reação em cadeia da polimerase positiva estabelecem as hipóteses de: existência na Amazônia de espécies de micobactérias não tuberculosas com regiões do DNA homólogas à IS6110 ou ainda que possuam a IS6110, até então só descrita no complexo M. tuberculosis; impossibilidade de isolamento do M. tuberculosis pelo crescimento mais rápido de micobactérias não tuberculosas presentes nas amostras de escarro, por colonização da orofaringe ou da lesão tuberculosa; presença de DNA de M. tuberculosis devida a antecedente de tuberculose. A ausência de positividade em resultados bacteriológicos com reação em cadeia da polimerase positiva sugere questões técnicas inerentes aos métodos bacteriológicos ou precedentes de tuberculose.

OBJECTIVE: To evaluate the accuracy of bacteriological methods and of polymerase chain reaction (with primers specific for IS6110 of the Mycobacterium tuberculosis complex) in testing sputum samples from indigenous (Amerindian) and non-indigenous patients. METHODS: A total of 214 sputum samples (154 from indigenous patients and 60 from non-indigenous patients) were analyzed in order to determine the accuracy of smear microscopy (direct and concentrated versions) for acid-fast bacilli, culture, and polymerase chain reaction. RESULTS: Both microscopy methods presented low sensitivity in comparison with culture and polymerase chain reaction. Specificity ranged from 91% to 100%, the concentrated acid-fast smear technique being the least specific. Nontuberculous mycobacteria were isolated three times more frequently in samples from indigenous patients than in those from non-indigenous patients. False-positive and false-negative polymerase chain reaction results were more common in the indigenous population. CONCLUSION: Positivity and isolation of nontuberculous mycobacteria in the acid-fast smear in conjunction with polymerase chain reaction positivity raise the following hypotheses: nontuberculous mycobacteria species with DNA regions homologous to, or even still possessing, the M. tuberculosis IS6110 exist in the Amazon; colonization of the oropharynx or of a tuberculous lesion accelerates the growth of the nontuberculous mycobacteria present in the sputum samples, making it impossible to isolate M. tuberculosis; A history of tuberculosis results in positivity for M. tuberculosis DNA. The absence of bacteriological positivity in the presence of polymerase chain reaction positivity raises questions regarding the inherent technical characteristics of the bacteriological methods or regarding patient history of tuberculosis.

INTRODUÇÃO: Há diferentes primers sendo testados para a detecção do DNA do Mycobacterium tuberculosis. A acuidade da reação em cadeia da polimerase (PCR) depende da existência da seqüência alvo no bacilo e de os testes serem realizados em cepas isoladas ou em amostras clínicas. OBJETIVO: Verificar a presença das seqüências de DNA alvo mais relatadas na literatura para o diagnóstico da tuberculose em amostras clínicas usando como controle positivo as respectivas cepas de M. tuberculosis isoladas. MÉTODO: Oitenta e uma amostras clínicas de pacientes com suspeita de tuberculose foram submetidas à baciloscopia e cultivo. A técnica de PCR foi realizada nas amostras clínicas e cepas isoladas com primers específicos para os seguintes alvos: IS6110, 65 kDa, 38 kDa e MPB64. RESULTADOS: Em 24 amostras com baciloscopia e cultivo negativos, a PCR também foi negativa com todos os primers testados. Em 19 amostras com baciloscopia positiva e nas cepas isoladas obteve-se 100% de resultados positivos nas PCR, exceto nas PCR em amostras clínicas com os primers para a seqüência MPB64 (89,4%). Em 38 amostras com baciloscopia negativa e cultivo positivo, as PCR tiveram resultados variáveis, sendo que os primers específicos que amplificam o fragmento de 123 pb da seqüência IS6110 foram os que forneceram os maiores percentuais de positividade (92,1%), concordância diagnóstica (0,9143), co-positividade (94,7%) e co-negatividade (100%). CONCLUSÃO: As seqüências IS6110, 38 kDa, MPB64 e 65 kDa foram encontradas no genoma de todas as cepas de M. tuberculosis isoladas desses pacientes do Estado do Amazonas. O protocolo utilizado no processamento das amostras clínicas e os primers específicos utilizados para amplificação do fragmento de 123 pb da seqüência IS6110 demonstraram maior eficiência no diagnóstico da tuberculose pulmonar (paucibacilar) em comparação com a literatura.

BACKGROUND: Various primers are being tested for the detection of Mycobacterium tuberculosis DNA. The accuracy of the polymerase chain reaction (PCR) depends on the target sequence used and whether the test will be performed in culture or in clinical specimens. OBJECTIVES: To identify DNA sequences, specifically those commonly reported as targets for diagnosis of tuberculosis (TB), in clinical samples of M. tuberculosis strains. METHOD: Eighty-one clinical samples from suspected TB patients were initially processed and submitted to bacilloscopy (smear) and culture, and PCR was performed with specific primers for the following targets: IS6110, 65 kDa, 38 kDa and MPB64. RESULTS: Smear and culture results were negative in 24 samples, as was the PCR. The 19 samples testing smear positive, as well as the isolated strains, were 100% positive on PCR, with the exception of the 89.4% result from PCR with MPB64 primers. In the 38 smear negative and culture positive samples, PCR results were inconsistent. The primers specific for amplifying the 123 bp IS6110 fragment gave the highest positivity (92.1%), diagnostic agreement (0.9143), co-positivity (94.7%) and co-negativity (100%). CONCLUSION: The IS6110, 38 kDa, MPB64 and 65 kDa sequences were found in the genome of all M. tuberculosis strains isolated in patients from the state of Amazonas. The protocol for processing the clinical samples prior to PCR analysis and the specific primers used to amplify the 123bp IS6110 fragment showed a greater efficiency in diagnosing pulmonary (paucibacillary) tuberculosis in comparison to published data.

A freqüência dos HLA foi analisada em 25 Judeus Ashkenazitas, não consangüíneos, residentes em São Paulo, Brasil, com dermatofitose crônica causada por T. rubrum e em 25 indivíduos sadios, pertencentes ao mesmo grupo étnico dos pacientes. Observou-se valor estatisticamente significante (p<0,05) para HLA-B14 associado a resistência à dermatofitose crônica enquanto HLA-DQB1*06 (p=0,05) possivelmente relacionado a susceptibilidade. Estes achados indicam que o desenvolvimento da dermatofitose crônica pode ser influenciado por genes localizados no cromossomo 6, na região do complexo principal de histocompatibilidade.

The frequency of HLA (Human Leucocyte Antigens) was analyzed in 25 non-consanguineous Brazilian Ashkenazic Jews, resident in the city of São Paulo, Brazil, suffering from chronic dermatophytosis caused by T. rubrum, and in 25 non-infected individuals belonging to the same ethnic group. Statistically significant values (p<0.05) were observed for HLA-B14 associated with resistance to chronic dermatophytosis and HLA-DQB1*06 (p=0.05) possibly related to susceptibility. These findings suggest that genes on the chromosome 6, in the region of the major histocompatibility complex, may influence the development of chronic dermatophytosis.

Visando melhorar o diagnóstico laboratorial da Tuberculose Cutânea, foi realizado o estudo da aplicação da técnica de PCR em amostras de tecidos cutâneos macerados, descontaminados (com H2SO4 4% para eliminação da microbiota normal), neutralizados (com NaOH 4%) e armazenadas a -20ºC. Das 37 amostras submetidas ao estudo, 16,22% apresentavam baciloscopias positivas para bacilos álcool-ácidos resistentes (método concentrado) e em 43,24% houve o isolamento do Mycobacterium tuberculosis em meio de cultivo Löwenstein-Jensen. Utilizando-se de primers para a região 16S rDNA do M. tuberculosis, o DNA micobacteriano foi detectado em 24,32% das biópsias. A sensibilidade e especificidade da PCR foram 43,7% e 90,4%, respectivamente. Devido à baixa sensibilidade e resultados divergentes entre as técnicas bacteriológicas e PCR (para a seqüência 16S rDNA), as amostras foram repetidas em um novo PCR com primers para a região IS6110. Tanto a sensibilidade como a especificidade da PCR com primers para IS6110 alcançaram 100% em relação ao cultivo. Os resultados confirmam a eficácia da PCR utilizando primers para a seqüência IS6110 e oferecem a possibilidade da técnica ser aplicada em amostras congeladas enviadas por serviços que não identificam o M. tuberculosis por técnicas de biologia molecular.

Seeking to improve the laboratory diagnosis of Cutaneous Tuberculosis, a study was carried out on the application of PCR technique in macerated, decontaminated(with 4% H2SO4 for elimination of normal microbiot), neutralized (with 4% NaOH)biopsies tissues samples stored at -20ºC. Of the 37 samples submitted for study, 16.22% were positive by microscopy for acid-fast bacilli (concentrated method) and in 43.24% the Mycobacterium tuberculosis was isolated in Löwenstein-Jensen medium. Using a M. tuberculosis complex specific primer set (gene sequence for 16S rDNA), the mycobacterial DNA was detected in 24.32% of the biopsies. The sensitivity and specificity of PCR were 43.7% and 90.4%, respectively. Due to low sensitivity and discrepant results between bacteriological techniques and PCR methodology, the samples were repeated in a new PCR with primers for the IS6110 target. The sensitivity and specificity of PCR for the IS6110 target obtained 100% in comparison with the culture method. The results confirm the effectiveness of PCR methodology using primers for the IS6110 gene sequence and permit the PCR method to be applied to frozen cutaneous biopsies sent by services that do not identify the M. tuberculosis by the biology molecular method.