RESUMO O germoplasma do mangostão (Garcinia mangostana L.) ainda apresenta limitações à qualidade dos frutos, tolerância à seca e suscetibilidade a pragas ou doenças. Objetivou-se investigar a diversidade genética e as relações do mangostão com seus parentes silvestres (Garcinia spp.), com base na morfologia foliar e na região do espaçador interno transcrito (ITS), incluindo sua estrutura secundária. Segundo a morfologia foliar, o mangostão e seus parentes silvestres geralmente apresentaram baixa diversidade genética. Entretanto, a textura e a pubescência foliar mostraram alta diversidade genética (0,71 e 0,77, respectivamente). Além disso, com base nos marcadores ITS, a diversidade genética de Garcinia no nível interespécies foi muito maior do que no intraespécies (0,043 e 0,005, respectivamente). O método de grupos de pares não ponderados com a média aritmética (UPGMA) revelou que o mangostão é agrupado em quatro grupos principais, com ‘Manggis Banjar’ e ‘Palembang’ no mesmo cluster. Da mesma forma, o ITS posicionou Garcinia em vários clados, com ‘Manggis Banjar’, ‘Kandangan’ e ‘Palembang’ agrupados em um clado semelhante. A reconstrução bioquímica mostrou que Garcinia dispõe de estruturas secundárias únicas de ITS, ou seja, modelos de anel e quatro hélices. Embora o mangostão cultivado e seus parentes silvestres tenham apresentado baixa diversidade com base na morfologia foliar, os marcadores ITS mostraram alta diversidade genética. Além disso, a reconstrução da estrutura secundária do ITS deu suporte à árvore filogenética deste germoplasma. L. L frutos doenças Objetivouse Objetivou se spp., spp spp. , spp.) (ITS) Entretanto 0,71 071 0 71 (0,7 077 77 0,77 respectivamente. respectivamente . respectivamente) disso 0,043 0043 043 (0,04 0005 005 0,005 UPGMA (UPGMA principais Manggis Banjar ‘Palembang Palembang cluster forma clados Banjar, ‘Kandangan Kandangan semelhante seja hélices (ITS 0,7 07 7 (0, 0,04 004 04 (0,0 000 00 0,00 0, (0 0,0 (

ABSTRACT The mangosteen (Garcinia mangostana L.) germplasm still has limitations in fruit quality, drought tolerance and susceptibility to pests or diseases. This study investigated the genetic diversity and relationships of mangosteen with its wild relatives (Garcinia spp.) based on leaf morphology and the internal transcribed spacer (ITS) region, including its secondary structure. Based on leaf morphology, the mangosteen and its wild relatives generally showed a low genetic diversity. However, the leaf texture and pubescence had a high genetic diversity (0.71 and 0.77, respectively). Furthermore, based on the ITS markers, the genetic diversity of Garcinia at the interspecies level was much higher than that at the intraspecies one (0.043 and 0.005, respectively). The unweighted pair group method with the arithmetic average (UPGMA) revealed that mangosteen is grouped into four main clusters, with ‘Manggis Banjar’ and ‘Palembang’ in the same cluster. Similarly, the ITS positioned Garcinia into several clades, with ‘Manggis Banjar’, ‘Kandangan’ and ‘Palembang’ grouped into a similar clade. The biochemical reconstruction showed that Garcinia has unique ITS secondary structures, i.e., ring and four-helix models. Even though the cultivated mangosteen and its wild relatives had low diversity based on leaf morphology, the ITS markers showed a high genetic diversity. Furthermore, the reconstruction of the ITS secondary structure has supported this germplasm’s phylogenetic tree. L. L quality diseases spp. spp (ITS region However 0.71 071 0 71 (0.7 077 77 0.77 respectively. respectively . respectively) Furthermore 0.043 0043 043 (0.04 0005 005 0.005 UPGMA (UPGMA clusters Manggis Banjar ‘Palembang Palembang cluster Similarly clades Banjar, , ‘Kandangan Kandangan clade structures ie i e i.e. fourhelix helix models germplasms s tree 0.7 07 7 (0. 0.04 004 04 (0.0 000 00 0.00 i.e 0. (0 0.0 (

RESUMO A manga e seus parentes silvestres (Mangifera spp.) são essenciais para o futuro melhoramento da fruta, incluindo programas de preservação, pois fornecem muitos genes benéficos (características agronômicas), particularmente aqueles relacionados à resistência a estressores bióticos e abióticos. No entanto, há uma compreensão limitada da diversidade genética e das relações desse germoplasma. Objetivou-se determinar a diversidade e a relação entre a manga endêmica e seus parentes silvestres (Mangifera spp.) da Ilha de Bornéu, Indonésia, utilizando-se morfologia foliar e a região do espaçador interno transcrito (ITS). Quinze amostras de Mangifera, abrangendo 12 espécies, foram utilizadas. Morfologicamente, a Mangifera endêmica apresentou uma baixa diversidade de apenas 0,22. Com base na sequência ITS, a Mangifera endêmica de Bornéu apresentou um alto nível de diversidade genética (0,069). Além disso, essa sequência tinha um número variável total de 215 pb, dos quais 110 pb eram sítios singleton, 89 informativos para parcimônia e 41 indels. A análise filogenética mostrou que a Mangifera foi aglomerada em três grupos para características morfológicas foliares e quatro clados para a região ITS. Neste caso, a relação mais distante foi apontada por ‘Hampalam’ (M. laurina) e ‘Tambusui’ (M. macrocarpa), bem como por ‘Rawa-Rawa’ (M. similis) e ‘Samputar’ (M. torquenda). Em contraste, a relação mais próxima foi mostrada por ‘Hambawang Damar’ (M. foetida) e ‘Hambawang Puntara’ (M. foetida), incluindo ‘Samputar’ (M. torquenda) e ‘Pauh’ (M. quadrifida). Particularmente, a manga comum (M. indica) estava intimamente relacionada com ‘Asam Buluh’ e ‘Hampalam’ (M. laurina) e distantemente relacionada com ‘Pauh’ (M. quadrifida) e ‘Rawa-Rawa’ (M. similis). spp. spp fruta preservação agronômicas, agronômicas , agronômicas) abióticos entanto germoplasma Objetivouse Objetivou se Indonésia utilizandose utilizando ITS . (ITS) 1 espécies utilizadas Morfologicamente 022 0 22 0,22 0,069. 0069 0,069 069 (0,069) disso 21 11 singleton 8 4 indels caso ‘Hampalam Hampalam M. M (M laurina ‘Tambusui Tambusui macrocarpa, macrocarpa macrocarpa) ‘RawaRawa RawaRawa ‘Rawa Rawa ‘Rawa-Rawa similis ‘Samputar Samputar torquenda. torquenda contraste Hambawang Damar foetida Puntara foetida, ‘Pauh Pauh quadrifida. quadrifida Particularmente indica Asam Buluh similis. (ITS 02 2 0,2 006 0,06 06 (0,069 0, 00 0,0 (0,06 (0,0 (0, (0 (

ABSTRACT Mango and its wild relatives (Mangifera spp.) are essential for future mango breeding, including preservation programs, because they provide many beneficial genes (agronomic traits), particularly those related to resistance to biotic and abiotic stressors. However, there is a limited understanding of the genetic diversity and relationships of this germplasm. This study aimed to determine the diversity and relationship between endemic mango and its wild relatives (Mangifera spp.) from Borneo Island, Indonesia, using leaf morphology and the internal transcribed spacer (ITS) region. Fifteen samples of Mangifera, covering 12 species, were used. Morphologically, the endemic Mangifera had a low diversity of only 0.22. Based on the ITS sequence, Mangifera endemic to Borneo had a high level of genetic diversity (0.069). In addition, this sequence had a total variable number of 215 bp, of which 110 bp were singleton sites, 89 informative parsimony and 41 indels. Phylogenetic analysis showed that Mangifera was grouped into three clusters for leaf morphological traits and four clades for the ITS region. In this case, the furthest relationship was pointed out by ‘Hampalam’ (M. laurina) and ‘Tambusui’ (M. macrocarpa), as well as by ‘Rawa-Rawa’ (M. similis) and ‘Samputar’ (M. torquenda). In contrast, the closest relationship was shown by ‘Hambawang Damar’ (M. foetida) and ‘Hambawang Puntara’ (M. foetida), including ‘Samputar’ (M. torquenda) and ‘Pauh’ (M. quadrifida). In particular, the common mango (M. indica) was closely related to ‘Asam Buluh’ and ‘Hampalam’ (M. laurina) and distantly related to ‘Pauh’ (M. quadrifida) and ‘Rawa-Rawa’ (M. similis). spp. spp breeding programs agronomic traits, , traits) stressors However germplasm Island Indonesia (ITS region 1 species used Morphologically 022 0 22 0.22 0.069. 0069 0.069 . 069 (0.069) addition 21 11 sites 8 4 indels case ‘Hampalam Hampalam M. M (M laurina ‘Tambusui Tambusui macrocarpa, macrocarpa macrocarpa) ‘RawaRawa RawaRawa ‘Rawa Rawa ‘Rawa-Rawa similis ‘Samputar Samputar torquenda. torquenda contrast Hambawang Damar foetida Puntara foetida, ‘Pauh Pauh quadrifida. quadrifida particular indica Asam Buluh similis. 02 2 0.2 006 0.06 06 (0.069 0. 00 0.0 (0.06 (0.0 (0. (0 (

RESUMO O durian, especialmente Durio zibethinus, é uma commodity agrícola com alto valor econômico, tanto no mercado local quanto global. Objetivou-se determinar a diversidade genética, relações e correlação de cultivares superiores de D. zibethinus (‘Likol’, ‘Sahang’ e ‘Si Japang’) nativas de Kalimantan do Sul, Indonésia, usando o marcador rbcL, e compará-las com outras 48 cultivares do banco de dados GenBank. Todos os marcadores durian rbcL foram analisados usando o software MEGA-X e flogeneticamente reconstruídos utilizando-se duas abordagens: máxima verossimilhança (ML) e agrupamentos vizinhos (NJ). A árvore flogenética do durian foi avaliada por análise de bootstrap, e suas relações pela correlação de Pearson e análise de componentes principais. O durian apresentou baixa diversidade genética (π% = 0,056); no entanto, relações únicas foram reveladas. Seguindo a região rbcL, esse germoplasma foi agrupado em cinco clados, utilizando-se ML e NJ. Nesse caso, ‘Si Japang’ e ‘Sahang’ mostraram-se intimamente relacionadas com ‘T16’ da Malásia, enquanto ‘Likol’ relacionou-se com ‘Monthong’ da Tailândia. No entanto, com base na análise de divergência genética, ‘Sahang’ apresentou o relacionamento mais distante com três durians da Tailândia (‘Metnai Kanyao’, ‘Chok Loi’ e ‘Malet Ar-Ri’).

ABSTRACT Durian, especially Durio zibethinus, is an agricultural commodity with high economic value, both in local and global markets. This study aimed to determine the genetic diversity, relationships and correlation of superior cultivars of D. zibethinus (‘Likol’, ‘Sahang’ and ‘Si Japang’) native to South Kalimantan, Indonesia, using the rbcL marker, and compare them with other 48 cultivars from the GenBank database. All durian rbcL markers were analyzed using the MEGA-X software and phylogenetically reconstructed using two approaches: maximum likelihood (ML) and neighbor-joining (NJ). The durian phylogenetic tree was assessed by bootstrap analysis, and their relationships by Pearson’s correlation and principal component analysis. The durian showed a low genetic diversity (π% = 0.056); however, unique relationships were revealed. Following the rbcL region, this germplasm was grouped into five clades using ML and NJ. In this case, ‘Si Japang’ and ‘Sahang’ showed to be closely related to ‘T16’ from Malaysia, whereas ‘Likol’ was related to ‘Monthong’ from Thailand. However, based on the genetic divergence analysis, ‘Sahang’ had the farthest relationship with three durians from Thailand (‘Metnai Kanyao’, ‘Chok Loi’ and ‘Malet Ar-Ri’).

RESUMO O coco (Cocos nucifera L.) é uma das culturas arbóreas mais importantes do mundo, principalmente nos trópicos. Objetivou-se determinar a diversidade genética de germoplasma de coco nativo de Kalimantan do Sul, Indonésia, usando o marcador rbcL. Nove amostras de coco, sendo oito coletadas nativamente nessa região e uma como grupo externo (obtida do banco de dados GenBank), foram utilizadas no estudo. Segundo o marcador rbcL, o germoplasma de coco nativo de Kalimantan do Sul apresenta diversidade relativamente alta, com diversidade de nucleotídeos (π) de 0,51. O nível de diversidade está fortemente correlacionado com a mutação presente na região observada, rbcL. A análise filogenética mostrou que o germoplasma de coco caracteriza-se por uma relação única, onde a cultivar ‘Dalam’ é a mais próxima a três outros cocos anões, ou seja, ‘Genjah Kuning 1’, ‘Genjah Kuning 3’ e ‘Wulung’.

ABSTRACT Coconut (Cocos nucifera L.) is one of the most important tree crops in the world, especially in the tropics. This study aimed to determine the genetic diversity of coconut germplasm native to South Kalimantan, Indonesia, using the rbcL marker. Nine coconut samples, being eight natively collected from this region and one as an outgroup (obtained from the GenBank database), were used in the study. According to the rbcL marker, the coconut germplasm native to South Kalimantan has a relatively high diversity, with a nucleotide diversity (π) of 0.51. The level of diversity is strongly correlated with the mutation present in the observed region, rbcL. The phylogenetic analysis showed that the coconut germplasm has a unique relationship, where the ‘Dalam’ cultivar is the closest to three other dwarf coconuts, i.e., ‘Genjah Kuning 1’, ‘Genjah Kuning 3’ and ‘Wulung’.