Abstract Background: Allergic conditions have shown an increase in the past few decades. Hygiene, changes in lifestyle, diet and vitamin D have been blamed for this increase. Objective: To determine the role of environment, diet and vitamin D in atopic diseases in a population of Colombian Afro-descendant children. Methods: Cross-sectional, descriptive, observational study in 200 Afro-descendant children of rural and urban areas from northern Colombia. Lifestyle and diet were established by questionnaires, atopy was assessed with skin tests and total and specific IgE and vitamin D levels were determined by ELISA. Results: Atopy was more prevalent in the urban population (24 % versus 7 %, p < 0.001). Blomia tropicalis was the most common allergen (80.6 %). The PCA indicated two dietary patterns. In the rural area children, the consumption of dairy products and fruit/vegetables was higher, and related with a protective effect on atopy (OR, 0.21 [p < 0.027] and OR, 0.11 [ p < 0.04]). A similar pattern was observed with total IgE and vitamin D levels (2450.73 versus 777.56 kU/mL [p < 0.01] and 59.32 ng/mL versus 31.14 ng/mL [p < 0.001], respectively). Conclusion: Allergic conditions were less prevalent in rural area residents, possibly owing to higher consumption of unpasteurized dairy products and fruit/vegetables, as well as higher levels of vitamin D.

Resumen Antecedentes: La prevalencia de las enfermedades alérgicas se ha incrementado en las últimas décadas. Se ha responsabilizado de este incremento a cambios en el estilo de vida, la dieta y vitamina D. Objetivo: Determinar el papel del ambiente, dieta y vitamina D en las enfermedades atópicas en una población de niños afrodescendientes colombianos. Métodos: Estudio observacional transversal y descriptivo en 200 niños afrodescendientes de áreas rural y urbana del norte de Colombia. El estilo de vida y la dieta se establecieron por cuestionarios, la atopia por pruebas cutáneas y los niveles de IgE total, específicas y vitamina D por ELISA. Resultados: La atopia fue más prevalente en la población urbana (24 % versus 7 %, p < 0.001). La Blomia tropicalis fue el alérgeno más común (80.6 %). El ACP indicó 2 patrones dietarios. En los niños del área rural fueron más altos el consumo de productos lácteos y de frutas/vegetales, lo cual se relacionó con un efecto protector en la atopia (RM, 0.21 [p < 0.037] y RM, 0.11 (p < 0.04), respectivamente). Un patrón similar se observó respecto a los niveles de IgE total y vitamina D (2450.73 versus 777.56 kU/mL [p < 0.01] y 59.32 ng/mL y 31.14 ng/mL [p < 0.001], respectivamente). Conclusión: las enfermedades alérgicas fueron menos prevalentes en los niños residentes del área rural posiblemente por el mayor consumo de productos lácteos no pasteurizados y frutas y vegetales, así como por mayores niveles de vitamina D.

El deterioro de los sistemas de alcantarillado es un problema que afecta a las ciudades, no solo en su estado estructural sino también en su capacidad hidráulica y nivel de servicio. En consecuencia, los encargados del sistema de alcantarillado están trabajando en el desarrollo de una gestión proactiva para tomar decisiones a tiempo y evitar emergencias públicas. Es por esto que el objetivo de este trabajo fue predecir la condición de las tuberías en la ciudad de Bogotá utilizando algoritmos tipo cluster (k -means), para discriminar las tuberías que tienen buena condición estructural de las que no. Entre los resultados más sobresalientes se encontró una relación entre las características estructurales de las tuberías y su estado (prueba Chi - cuadrado) siendo la pendiente y la profundidad las variables más relacionadas con el estado de las tuberías. Adicionalmente, estas relaciones encontradas resultaron lineales al agrupar las tuberías en un plano de componentes principales.

Sewer deterioration is a problem that affects many cities of the world. This affects the structural state of the sewer systems, as well as its hydraulic capacity and the service level. As a consequence, the sewer system stakeholders are working on the development of a proactive sewer management to make decision in time and avoid public emergencies. Therefore, the objective of this work was to predict the variable state using a clustering algorithm (k-means) in Bogotá's sewer pipes based on its physical characteristics. Among the most representative results was to find a relationship between pipes' characteristics and their structural state (chi-squared). Furthermore, the slope and ground level variables were the most related ones to the state of the pipes. The detected relationships are linear and can be used to make management decisions when pipes are clustered and the clusters are mapped on a principal component plane.

Xanthomonas axonopodis pv. manihotis é uma das principais limitações no cultivo da mandioca. Nesta pesquisa, com o auxílio de microscopia optica, foi realizada uma análise comparativa de as alterações morfológicas e histoquímicas no caule de uma variedade suscetível de mandioca (TMS60444) e uma resistente (CM6438-14), 7 e 14 dias após serem inoculadas com a cepa patogênica CIO151. Detectouse que a variedade resistente gera barreiras de calose nas paredes celulares do parênquima cortical e do floema, mantendo a funcionalidade deste tecido. Enquanto que nos tecidos vasculares da variedade suscetível há colapso, do floema por obstrução total por tampões de calose e por compostos fenólicos, e no xilema por formação do tilose e/ou por acúmulo de compostos fenólicos, sem parar a progressão da sistêmica doença.

Xanthomonas axonopodis pv. manihotis is one of the major limitations for cassava cultivation. In the present study, optical microscopy was used to perform a comparative analysis of the morphological and histochemical changes in the stem of a susceptible (TMS60444) and a resistant (CM6438-14) cassava variety at 7 and 14 days after inoculation with the pathogenic strain CIO151. The resistant variety was detected to generate callose barriers on the cell walls of the cortical parenchyma and phloem, maintaining the functionality of this tissue. On the other hand, for the vascular tissues of the susceptible variety there is collapse in the phloem due to total obstruction by deposits of callose and phenolic compounds and in the xylem due to tylosis formation and/or phenolic compound accumulation, without stopping the progression of the systemic disease.

Xanthomonas axonopodis pv. manihotis es una de las principales limitaciones del cultivo de yuca. En esta investigación, mediante microscopía óptica, se realizó un análisis comparativo de los cambios morfológicos e histoquímicos en tallos de una variedad de yuca susceptible (TMS60444) y una resistente (CM6438-14), 7 y 14 días después de ser inoculadas con la cepa patogénica CIO151. Se pudo detectar que la variedad resistente genera barreras de calosa en las paredes celulares del parénquima cortical y del floema, manteniendo funcional este tejido. En tanto que los tejidos vasculares de la variedad susceptible colapsan, el floema por obstrucción total con tapones de calosa y por formación de compuestos fenólicos, y el xilema por formación de tílides y/o acumulación de compuestos fenólicos, sin poder frenar el avance sistémico de la enfermedad.

Los espectrómetros UV-visibles son captores que registran la absorbancia de luz emitida por partículas suspendidas en el agua a diferentes longitudes de onda y proporcionan mediciones en continuo, las cuales pueden ser interpretadas como concentraciones de parámetros comúnmente usados para evaluar el estado físico-químico de cuerpos de agua. Parámetros clásicos usados para detectar la presencia de contaminación en el agua son los sólidos suspendidos totales (TSS) y la demanda química de oxígeno (CDO). Métodos de análisis flexibles y eficientes son necesarios para extraer información útil para fines de gestión y monitoreo a partir de los datos multivariados que proporcionan los captores. Se han usado métodos de calibración de tipo regresión parcial por mínimos cuadrados parciales (PLS). Varios autores han demostrado la necesidad de realizar la calibración para cada tipo de datos y cada cuerpo de agua, así como explorar métodos de análisis lineales y no lineales para el análisis de datos UV-visible y para determinar su relación con parámetros clásicos. En este trabajo se aplican métodos de análisis multivariado lineales y no lineales para la minería de datos UV-vis de alta dimensión, los cuales resultan útiles para la identificación de relaciones entre parámetros y longitudes de onda, la detección de muestras atípicas, así como la detección de estructuras no lineales en los datos.

UV-visible spectrometers are instruments that register the absorbance of emitted light by particles suspended in water for several wavelengths and deliver continuous measurements that can be interpreted as concentrations of parameters commonly used to evaluate physico-chemical status of water bodies. Classical parameters that indicate presence of pollutants are total suspended solids (TSS) and chemical demand of oxygen (CDO). Flexible and efficient methods to relate the instruments's multivariate registers and classical measurements are needed in order to extract useful information for management and monitoring. Analysis methods such as Partial Least Squares (PLS) are used in order to calibrate an instrument for a water matrix taking into account cross-sensitivity. Several authors have shown that it is necessary to undertake specific instrument calibrations for the studied hydro-system and explore linear and non-linear statistical methods for the UV-visible data analysis and its relationship with chemical and physical parameters. In this work we apply classical linear multivariate data analysis and non-linear kernel methods in order to mine UV-vis high dimensional data, which turn out to be useful for detecting relationships between UV-vis data and classical parameters and outliers, as well as revealing non-linear data structures.

Background Molecular mechanisms of plant-pathogen interactions have been studied thoroughly but much about them is still unknown. A better understanding of these mechanisms and the detection of new resistance genes can improve crop production and food supply. Extracting this knowledge from available genomic data is a challenging task. Results Here, we evaluate the usefulness of clustering, data-mining and regression to identify potential new resistance genes. Three types of analyses were conducted separately over two conditions, tomatoes inoculated with Phytophthora infestans and not inoculated tomatoes. Predictions for 10 new resistance genes obtained by all applied methods were selected as being the most reliable and are therefore reported as potential resistance genes. Conclusion Application of different statistical analyses to detect potential resistance genes reliably has shown to conduct interesting results that improve knowledge on molecular mechanisms of plant resistance to pathogens.

Este trabajo evalúa qué variables caracterizan el nivel de desarrollo y calidad de vida de las comunidades que habitan las localidades de Bogotá. Para lograr este objetivo se recolectó información de 19 de ellas, dentro de las cuales se analizó el indicador compuesto de necesidades básicas insatisfechas (NBI) y todos sus indicadores simples. Con la información recolectada se realizaron pruebas de correlación y análisis de componentes principales para evaluar el indicador Condiciones sanitarias deficientes y NBI. Se concluye que para realizar caracterizaciones gruesas en poblaciones como las de Bogotá, el indicador simple Condiciones sanitarias deficientes es suficiente para clasificar la población. Sin embargo, si se quieren realizar caracterizaciones más finas es recomendable obtener también el NBI compuesto.

This work evaluates which variables characterize the level of development and life quality of communities living in different districts in Bogotá. In order to achieve this objective, information from 19 of these communities was collected. This information mainly included the development index known as composite indicator of Unsatisfied Basic Needs (NBI), and all its simple indicators. Correlation and principal component analysis were performed on the data collected, in order to analyze the information expressed by both the simple indicator Deficient sanitary conditions and NBI. The principal conclusion of the present project is that for global characterizations of urban populations, the variable Deficient sanitary conditions is sufficient to classify a population. Nevertheless, the composite NBI is a more appropriate indicator if a more specific characterization of the population is required.

Este trabalho avalia que variáveis caracterizam o nível de desenvolvimento e qualidade de vida das comunidades que habitam as localidades de Bogotá. Para alcançar este objectivo recolheu-se informação de 19 delas, dentro das quais se analisou o indicador composto de necessidades básicas não satisfeitas (NBI) e todos os seus indicadores simples. Com a informação recolhida realizaram-se testes de correlação e análise dos componentes principais para avaliar o indicador Condições de saúde deficientes e NBI. Conclui-se que para realizar caracterizações superficiais em populações como as de Bogotá, o indicador simples Condições de saúde deficientes é suficiente para classificar a população. Porém, se pretendem realizar caracterizações mais profundas é recomendável obter também o NBI composto.

El tomate cherry Solanum lycopersicum var cerasiforme cv Matt's es bastante resistente a la gran parte de aislamientos de Phytophthora infestans. Se han identificado dos aislamientos, US940480 y US970001 que causan interacción incompatible y compatible respectivamente. US970001 es uno de los pocos aislamientos causantes de interacción compatible con este cultivo. Con el fin de identificar genes con expresión diferencial en interacciones compatible e incompatible, analizamos DNA copia de 12899 clones independientes en tres tiempos posteriores a la inoculación del patógeno. Se aplicaron diversas herramientas estadísticas para identificar componentes moleculares claves de la respuesta de la planta al patógeno. Cuarenta y tres genes fueron detectados como activados durante la interacción incompatible a las 36 horas posinoculación, 15 genes se detectaron como activados globalmente tomando en conjunto los 3 tiempos analizados y 12 genes tanto globalmente como a las 36 horas. Análisis de Northern blot permitieron confirmar la expresión diferencial detectada con los análisis de microarreglos y estudiar la expresión diferencial de otros genes de resistencia en plantas (PR) en in teracciones compatible e incompatible en esta interacción.

Cherry tomato Solanum lycopersicum var cerasiforme cv Matt's wild cherry is a very resistant cultivar to most Phytophthora infestans isolates. Two isolates were identified, US940480 and US970001 that cause an incompatible and a compatible interaction respectively. US970001 is one of the few isolates producing a compatible interaction with this cultivar. To identify genes with a differential gene expression between compatible and incompatible interactions, gene expression patterns were analyzed with tomato cDNA microarrays including 12,899 independent tomato cDNA clones at different time points after inoculation. A diverse set of statistical tools were used to identify key components of the plant response to the pathogen. Forty-three genes were up-regulated during the incompatible reaction at time point 36 hours, 15 globally at all time points and twelve were found both in globally and at 36 hours. Northern blots analysis was performed to confirm differential expression showed by microarray analysis and to study the differential expression of more plant resistance genes (PR) genes between compatible and incompatible interactions for this interaction.

En Colombia, varias comunidades, cuyo acceso al servicio de agua potable es limitado o precario, recolectan aguas lluvias para diferentes usos domésticos. Este artículo presenta los resultados de análisis de calidad de aguas lluvias de escorrentía sobre tejados, en barrios de Kennedy (Bogotá) y del municipio de Soacha (Cundinamarca), con miras a evaluar su adaptabilidad para satisfacer usos domésticos, en dichas comunidades. De acuerdo a los resultados obtenidos, el agua muestreada no es apta para ninguno de los usos de las comunidades estudiadas, debido principalmente a altos valores de turbiedad y altas concentraciones de Sólidos Suspendidos Totales, Demanda Bioquímica de Oxígeno a los cinco días y metales pesados; sin embargo, se detectó una alta variabilidad espacial y temporal de los resultados, así como en función de los materiales de los techos de las casas. En algunos casos y condiciones especiales, el agua lluvia de escorrentía sobre tejados, se podría adaptar para ser utilizada como fuente alternativa para satisfacer algunos usos domésticos.

In Colombia, several communities with limited or precarious access to potable water services collect rain water for different domestic uses. This paper presents results of the quality analysis of runoff rainwater on roofs in Kennedy (Bogotá) and Soacha (Cundinamarca) in order to evaluate their adaptability to satisfy domestic uses in these districts. Based on the results obtained, it can be conclude that the sampled water is not suitable for none of the possible domestic uses in these communities. This is due to high values of turbidity and high concentrations of Total Suspended Solids, Biochemical Oxygen Demand and heavy metals. Nevertheless, high spatial and temporal variability was detected, as well as variability in function of the roof material. In some of the analyzed samples, the runoff water of the roofs could be adapted as an alternative for domestic uses.

En este art\iculo, introducimos un modelo Gaussiano inverso (MIG) mezclado basado en la distribuci\on t-Student y lo aplicamos a la producci\on de prote\inas basada en bacterias para la industria de alimentos. Este modelo es especialmente \util para describir datos que siguen una distribuci\on con sesgo positivo ya que permite acomodar observaciones at\ipicas de mejor forma que su versión cl\asica. Espec{i}ficamente, presentamos una caracterizaci\on de la distribución MIG-t y realizamos un an\alisis de confiabilidad de esta distribuci\on centrado principalmente en la tasa de fallas. También, discutimos el m\etodo de verosimilitud m\axima, el cual proporciona en este caso estimaciones robustas de los par\ametros del modelo. Con el fin de evaluar la influencia potencial de observaciones at\ipicas, proponemos un an\alisis de diagn\ostico para la distribuci\on. Finalmente, aplicamos los resultados obtenidos al análisis de datos nuevos de producci\on de prote\ina basada en bacterias utilizada en la industria de alimentos y comparamos estadísticamente dos tipos de bacterias productoras usando la prueba de raz\on de verosimilitudes basada en el modelo MIG-t como una metodolog\ia alternativa a los procedimientos disponibles a la fecha. Este punto es muy importante, ya que la evaluaci\on de producci\on de prote\inas usando dos construcciones distintas permite a los investigadores escoger el tipo m\as productivo antes de proceder al cultivo industrial a gran escala.

In this article, we introduce a mixture inverse Gaussian (MIG) model based on the Student-t distribution and apply it to bacterium-based protein production for food industry. This model is mainly useful to describe data that follow positively skewed distributions and accommodate atypical observations in a better way than its classical version. Specifically, we present a characterization of the MIG-t distribution. In addition, we carry out a hazard analysis of this distribution centered mainly on its hazard rate. Furthermore, we discuss the maximum likelihood method, which produces--in this case--robust parameter estimates. Moreover, to evaluate the potential influence of atypical observations, we produce a diagnostic analysis for the model. Finally, we apply the obtained results to novel bacterium-based protein production data and statistically compare two types of protein producers using the likelihood ratio test based on the MIG-t model as an alternative methodology to the procedures available until now. This fact is very important, since the evaluation of protein production using both constructions allows practitioners to choose the most productive one before the bacterial culture is scaled to an industrial level.