Os arranjos de cDNA são uma poderosa ferramenta para o estudo de padrões de expressão gênica. Os arranjos em membranas de náilon apresentam ainda a vantagem de poderem ser reutilizados diversas vezes. Porém, um ponto bastante delicado em estudos de expressão gênica em larga escala é a sensibilidade. No caso de arranjos em membranas de náilon, a detecção dos sinais pode ser afetada pelo envoltório plástico utilizado para manter as membranas úmidas. Nesse estudo, nós avaliamos os efeitos de cinco tipos de plásticos na transmissão radioativa detectada, no número de genes com sinal acima da emissão de fundo e na variabilidade dos dados. O plástico produzido com polietileno com 69 μm de espessura apresentou uma forte interferência na emissão radioativa, bloqueando 68.7% do sinal detectado. Este bloqueio na transmitância diminuiu o numero de genes detectados e aumentou a variabilidade dos dados. Outros plásticos mais finos tiveram resultados melhores. Apesar de plásticos feitos de cloreto de polivinilideno e cloreto de polivinila (ambos com 13 μm de espessura) e polietileno (29 e 7 μm de espessura) terem diferentes níveis de transmitância, todos apresentaram performances semelhantes nos testes realizados. Cloreto de polivinilideno e polietileno com 29 μm de espessura foram os plásticos escolhidos devido à facilidade de manuseio. Para outros tipos de plásticos, é recomendável realizar um teste de suas performances antes de utilizá-los para envolver membranas de náilon, de forma a obter o máximo de informação dos experimentos com arranjos de cDNA.

cDNA arrays are a powerful tool for discovering gene expression patterns. Nylon arrays have the advantage that they can be re-used several times. A key issue in high throughput gene expression analysis is sensitivity. In the case of nylon arrays, signal detection can be affected by the plastic bags used to keep membranes humid. In this study, we evaluated the effect of five types of plastics on the radioactive transmittance, number of genes with a signal above the background, and data variability. A polyethylene plastic bag 69 μm thick had a strong shielding effect that blocked 68.7% of the radioactive signal. The shielding effect on transmittance decreased the number of detected genes and increased the data variability. Other plastics which were thinner gave better results. Although plastics made from polyvinylidene chloride, polyvinyl chloride (both 13 μm thick) and polyethylene (29 and 7 μm thick) showed different levels of transmittance, they all gave similarly good performances. Polyvinylidene chloride and polyethylene 29 mm thick were the plastics of choice because of their easy handling. For other types of plastics, it is advisable to run a simple check on their performance in order to obtain the maximum information from nylon cDNA arrays.

Alumínio (Al) é um dos principais fatores que afetam o desenvolvimento de plantas em solos ácidos, reduzindo substancialmente a produtividade agrícola. Na América do Sul, cerca de 66% da superfície do solo apresenta acidez, onde a alta saturação de alumínio é uma das maiores limitações à prática agrícola. Apesar do crescente número de estudos, uma compreensão completa das bases bioquímicas e moleculares da tolerância ao alumínio em plantas está longe de ser alcançada. No caso da cana-de-açúcar, não há nada publicado sobre a regulação gênica induzida durante o stress por alumínio. O objetivo deste trabalho foi identificar genes de cana-de-açúcar relacionados com as várias vias metabólicas reconhecidamente envolvidas na resposta à toxidez do alumínio em outras espécies de plantas e leveduras. Para a maioria dos genes relacionados com alumínio em outras espécies foram identificados similares em cana-de-açúcar, tais como aqueles que codificam enzimas que combatem o stress oxidativo ou a infestação por patógenos, proteínas responsáveis pela exudação de ácidos orgânicos e pela transdução de sinais. O papel desses genes na tolerância ao alumínio é revisado. Devido ao alto grau de conservação do genoma entre espécies próximas de gramíneas como milho, cevada, sorgo e cana-de-açúcar, esses genes serão uma ferramenta valiosa para a melhor compreensão e manipulação da tolerância ao alumínio nestas espécies.

Aluminum is one of the major factors that affect plant development in acid soils, causing a substantial reduction in yield in many crops. In South America, about 66% of the land surface is made up of acid soils where high aluminum saturation is one of the main limiting factors for agriculture. The biochemical and molecular basis of aluminum tolerance in plants is far from being completely understood despite a growing number of studies, and in the specific case of sugarcane there are virtually no reports on the effects of gene regulation on aluminum stress. The objective of the work presented in this paper was to prospect the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) data bank for sugarcane genes related to several biochemical pathways known to be involved in the responses to aluminum toxicity in other plant species and yeast. Sugarcane genes similar to most of these genes were found, including those coding for enzymes that alleviate oxidative stress or combat infection by pathogens and those which code for proteins responsible for the release of organic acids and signal transducers. The role of these genes in aluminum tolerance mechanisms is reviewed. Due to the high level of genomic conservation in related grasses such as maize, barley, sorghum and sugarcane, these genes may be valuable tools which will help us to better understand and to manipulate aluminum tolerance in these species.