Microlepidogaster longicolla, espécie nova, é descrita do rio São João da bacia superior do rio Paraná próximo a Brasília, no Brasil central. A espécie nova difere de M. perforatus, a única outra espécie do gênero, por ter linha lateral contínua, série média de placas laterais chegando até o final do pedúnculo caudal, menor espinho da nadadeira peitoral (13,4-16,2 vs. 18,2-21,0% do comprimento padrão), menor distância interorbital (38,9-43,1 vs. 47,7-53,3% do comprimento da cabeça), e mais dentes no dentário (16-29 vs. 12-15), além de várias características osteológicas. Microlepidogaster longicolla possui um marcado dimorfismo sexual secundário, envolvendo a presença de papila urogenital cônica em machos, a presença de uma aba carnosa ao longo da margem dorsal do primeiro raio engrossado da nadadeira pélvica em machos, a nadadeira pélvica mais longa dos machos e o primeiro raio da nadadeira pélvica mais fortemente curvado nas fêmeas.
Microlepidogaster longicolla, new species, is described from the rio São João of the upper rio Paraná basin near Brasília, in central Brazil. The new species differs from M. perforatus, the only other species in this genus, by having a continuous lateral line, median lateral plate series reaching, rather than falling short of, the end of the caudal peduncle, a shorter pectoral-fin spine (13.4-16.2 vs. 18.2-21.0% standard length), a smaller interorbital distance (38.9-43.1 vs. 47.7-53.3% head length), and more numerous dentary teeth (16-29 vs. 12-15), in addition to several osteological features. Microlepidogaster longicolla shows a remarkable suite of secondary sexually dimorphic characters, involving the presence of a conical urogenital papilla in males, the presence of a fleshy flap along the dorsal margin of first thickened pelvic-fin ray of males, longer pelvic fin in males, and a more strongly arched first pelvic-fin ray in females.