Abstract Introduction. Chickpea has been considered a restricted host species for nodulation, although recent studies describe a greater bacterial diversity associated with the crop to increase the knowledge about this symbiosis in orden to obtain efficient isolates in its contribution. Objective. To characterize and identify an isolate obtained from chickpea plant nodules and evaluate its effectiveness under field conditions. Materials and methods. The research was conducted in the laboratories of two centers: the Institute of Fundamental Research in Tropical Agriculture “Alejandro de Humboldt,” Cuba, and the National Center for Genetic Resources, Mexico, as well as under field conditions in two campaigns during the years 2018 and 2020 to demonstrate its effectiveness in crop interaction in the first center. The isolate R3 was taxonomically identified through the sequencing of four genes. For laboratory experiments, a completely randomized design was used, while plant trials were conducted under a randomized block design. The results were subjected to analysis of variance, and means were compared using the Tukey test (p<0.05). Results. The isolate R3 showed variability in terms of its morpho-physiological and biochemical characteristics. Furthermore, it exhibited significant differences compared to the other treatments in the growth and yield indicators evaluated in chickpea. Conclusions. Rhizobium pusense associated with chickpea nodules was identified for the first time in Cuba. The strain demonstrates growth at pH levels between 5.5 and 9.0 and temperature ranges from 29 °C to 38 °C, indicating its tolerance to these factors. Its inoculation in chickpea stimulates nodule formation and increased yield-related variables.

Resumen Introducción. El garbanzo se consideró durante muchos años una especie de hospedero restringido para la nodulación, aunque estudios recientes describen una mayor diversidad bacteriana asociada al cultivo que permita incrementar los conocimientos acerca de esta simbiosis para obtener aislados eficientes en su contribución. Objetivo. Caracterizar e identificar un aislado obtenido a partir de nódulos de plantas de garbanzo y evaluar su efectividad en condiciones de campo. Materiales y métodos. La investigación se desarrolló en los laboratorios de dos centros: Instituto de Investigaciones Fundamentales en Agricultura Tropical “Alejandro de Humboldt”, Cuba y en el Centro Nacional de Recursos Genéticos, México, así como en condiciones campo en dos campañas durante los años 2018 y 2020, para demostrar su efectividad en la interacción del cultivo en el primer centro. El aislado R3 se identificó a nivel taxonómico mediante la secuenciación de cuatro genes. Para los experimentos en condiciones de laboratorio se utilizó un diseño completamente aleatorizado, mientras que los ensayos con plantas se realizaron bajo un diseño de bloques al azar. Los resultados fueron sometidos a un análisis de varianza y las medias se compararon según el test de Tukey (p < 0,05). Resultados. El aislado R3 mostró variabilidad en cuanto a sus características morfo-fisiológico y bioquímicas. Además, tuvo respuesta con diferencias significativas con respecto al resto de los tratamientos en los indicadores de crecimiento y rendimiento evaluados en el garbanzo. Conclusión. Se identificó por primera vez en Cuba Rhizobium pusense asociado a nódulos de garbanzo. La cepa mostró un crecimiento positivo a pH entre 5,5 y 9,0 y rangos de temperatura desde 29 ºC hasta 38 ºC, lo que evidencia su tolerancia a estos factores. Su inoculación en garbanzo estimuló la formación de nódulos e incrementó variables del rendimiento.

Resumen La mastitis bovina es una enfermedad que afecta a las ganaderías de pequeños y medianos productores de los cantones Cayambe y Pedro Moncayo, Provincia de Pichincha-Ecuador. El tratamiento de esta enfermedad resulta complicado debido a la variedad de microorganismos que la provocan. El presente estudio se enfocó en la determinación molecular por medio de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de los agentes etiológicos de la mastitis. Esta técnica presenta múltiples ventajas al reconocer familia, género y especie de microorganismos, y es un método capaz de detectar genes de resistencia de antibióticos, lo que resulta importante al momento de diagnosticar y tratar enfermedades. El objetivo de esta investigación se centró en la identificación de bacterias causantes de la mastitis bovina, utilizando pruebas bioquímicas y moleculares. Las pruebas bioquímicas como tinción Gram, Catalasa, Coagulasa, y Agar Manitol Sal fueron eficientes para obtener cepas puras y determinar el género de algunas bacterias. Se utilizaron primers específicos (RNA16S) para la identificación molecular de 9 agentes etiológicos causantes de la enfermedad en las unidades productivas. Los microorganismos encontrados fueron; Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, la mayoría presentes en mastitis clínica. Para detectar genes de resistencia se utilizaron primers específicos, de los cuales 7 muestras presentaron el gen para resistencia a blaTEM (β-lactámicos) y 6 muestras presentaron el gen para resistencia a tetA (tetraciclinas). Se identificó multirresistencia en las especies: Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

Abstract Bovine mastitis is a disease that affects the farms of small and medium producers in the cantons of Cayambe and Pedro Moncayo, Pichincha Province-Ecuador. Treating this disease is not easy due to the different microorganisms that cause it. This study focused on the molecular determination by means of polymerase chain reaction (PCR) of the etiological agents of mastitis, having multiple advantages when recognizing family, gender and species of microorganisms. It is a method capable of detecting resistance genes of antibiotics, an important analysis when diagnosing and treating diseases. The aim of this research is to identify bacteria causing bovine mastitis by using biochemical and molecular tests. Biochemical tests such as: Gram staining, Catalase, Coagulase, and Mannitol Salt Agar were efficient to obtain pure strains and determine the gender of some bacteria. Specific primers (RNA16S) were used for the molecular identification of 9 etiological agents causing the disease in the productive units. The microorganisms found were Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, mostly present in clinic mastitis. To detect resistance genes, specific primers were used, of which 7 samples presented the gene for resistance to blaTEM (β-lactam) and 6 samples presented the gene for resistance to tetA (tetracyclines). Multi-resistance was identified in the species Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

Abstract Background: Utricularia jamesoniana, a small epiphytic plant found in wet tropical forests, stands out for its carnivorous habit, intricate trap system, and small but beautiful and complex flowers. This species remains relatively understudied despite its wide geographical distribution and curious adaptations. Questions: Our aim is to elucidate the composition of bacterial and fungal communities inhabiting both the bladders and leaves of Utricularia jamesoniana, facilitating the comprehension of the physiology and ecological dynamics of this carnivorous species. Methods: In this study, we employed 16S rRNA and ITS sequencing to compare the prokaryotic and fungal communities within leaves and traps of U. jamesoniana. Results: The analysis of amplicon sequence variants (ASVs) unveiled notable differences in community composition depending on the plant tissue and type of microorganism. Prokaryotic communities predominantly comprised Proteobacteria and Actinobacteriota, featuring genera such as Acidocella, Bradyrhizobium, Ferritrophicum, and Ferrovum. Fungal communities were dominated by Ascomycota and Basidiomycota, encompassing representatives of Dothideomycetes, Sordariomycetes, Eurotiomycetes, and Agaricomycetes, as well as ASVs related to Mycosphaerellaceae, Colletotrichum, Aspergillus, and Thanatephorus. We determined that the prokaryotic diversity was higher in the bladders with respect to the leaves. Fungal communities, in turn, were more diverse in leaves than in bladders. Conclusions: This study sheds light on the microbial communities associated with this carnivorous epiphyte and provides valuable insights into the intricate relationships between the plant and its microbial inhabitants across different tissues.

Resumen Antecedentes: Utricularia jamesoniana es una pequeña planta epífita que se encuentra en bosques tropicales húmedos. Destaca por su hábito carnívoro, su intrincado sistema de trampas y sus pequeñas pero complejas flores. A pesar de su amplia distribución geográfica y sus curiosas adaptaciones, esta especie sigue estando relativamente poco estudiada. Objetivo: Nuestro objetivo es dilucidar la composición de las comunidades bacterianas y fúngicas asociadas tanto en los utrículos como en las hojas de Utricularia jamesoniana, facilitando la comprensión de la fisiología y la dinámica ecológica de esta especie carnívora. Métodos: Empleamos la secuenciación de los marcadores 16S ARNr e ITS para comparar las comunidades procariotas y fúngicas dentro de hojas y trampas de U. jamesoniana. Resultados: El análisis de las variantes de secuencia de amplicones (ASVs) reveló notables diferencias en la composición de la comunidad dependiendo del tejido vegetal y del tipo de microorganismo. Las comunidades procariotas estaban compuestas predominantemente por Proteobacteria y Actinobacteriota, incluyendo los géneros Acidocella, Bradyrhizobium, Ferritrophicum y Ferrovum. Las comunidades fúngicas estaban dominadas por Ascomycota y Basidiomycota, con representantes de Dothideomycetes, Sordariomycetes, Eurotiomycetes y Agaricomycetes; así como ASVs relacionados con Mycosphaerellaceae, Colletotrichum, Aspergillus y Thanatephorus. La diversidad procariota es más alta en los utrículos con respecto a las hojas, pero las comunidades fúngicas fueron más diversas en las hojas que en los utrículos Conclusiones: Este estudio arroja luz sobre las comunidades microbianas asociadas a esta epífita carnívora y proporciona valiosos conocimientos sobre las intrincadas relaciones entre la planta y los habitantes microbianos asociados a sus diferentes tejidos.

Abstract Very early onset inflammatory bowel disease (VEOI BD) is a rare entity in pediatrics. Its association with pri mary immunodeficiencies of monogenic origin is known. We present the case of a patient diagnosed with VEOIBD who underwent massive paralleled exome sequencing. The result of the study showed a pathogenic variant in the RET proto-oncogene, associated with multiple endo crine neoplasia type 2A disease. There are no previous reports of association of RET proto-oncogene variants with VEOIBD. The presence of these two clinical entities cannot be attributed to a single genetic cause.

Resumen La enfermedad inflamatoria intestinal de inicio muy temprano (VEOIBD) es una entidad rara en pediatría. Es conocida su asociación con inmunodeficiencias prima rias de origen monogénico. Presentamos el caso de una paciente con diagnóstico de VEOIBD a quien se le realizó una secuenciación masiva del exoma. El resultado del estudio permitió identificar una variante patogénica en el proto oncogen RET, asociada con enfermedad neoplasia endocrina múltiple tipo 2A. No hay reportes de asociación de variantes en el proto oncogen RET con VEOIBD. No se puede adjudicar la presencia de estas dos entidades clínicas a una única causa genética.

Abstract The probability of influencing the skin microbiome for addressing skin disorders opens a novel aisle of therapy. This study aimed to evaluate the efficacy of skin microbiota transplantation (sMt) for cutaneous adverse food reactions (caFr) in dogs. Ten client-owned dogs with caFr were included in the study. Unenriched heterologous sMt was performed using Nivea Skin Refining Clear-Up Strips (N-cUs). The bacterial microbiota of skin samples was analysed by next-generation sequencing of the 16S rRNA gene. Other relevant biomarkers were involved in VAS (visual analogue scale of pruritus score), CADESI-04 (canine atopic dermatitis extent and severity index) and epidermal corneometric analysis. Increased Faecalibacterium (0 to 1.9 %), Peptoclostridium (5.49 % to 9.11 %) and Collinsella (0.65 % to 8.91 %), and decreased Fusobacterium (19.16 % to 9.06 %), Porphyromona (8.75 % to 0.13 %), Streptococcus (1.63 % to 0.14 %) and Staphylococcus (1.09 % to 0.49 %) was evidenced before and after sMt, respectively. Treatment with sMt effectively controlled clinical signs and drastically reduced median VAS pruritus (6.5 vs. 2) and CADESI-04 scores (74.50±22.62 to 19.30±11.30) (p<0,001). In addition, skin pH and hydration values were improved (p<0,001) after sMt. The heterologous and unenriched sMt with N-cUs could be responsible for the clinical recovery observed in this study.

Resumen La probabilidad de influir en el microbioma de la piel para abordar trastornos dermatológicos abre una nueva vía de terapia. El objetivo del presente trabajo fue evaluar la eficacia del trasplante de microbiota cutánea (sMt) en diez perros con reacciones en piel, adversas a los alimentos (caFr). Se realizó un sMt heterólogo no enriquecido mediante el uso de tiras clarificadoras Nivea Skin Refining Clear-Up (N-cUs). Se prefirió la secuenciación de próxima generación para investigar la microbiota bacteriana en las muestras de piel de los animales estudiados. Otros biomarcadores relevantes estuvieron involucrados en la puntuación de prurito VAS, CADESI-04 y análisis corneométrico epidérmico (hidratación y pH). El gen 16S rRNA clasificó con éxito la presencia de un aumento de Faecalibacterium (0 a 1,9%), Peptoclostridium (5,49 % a 9,11 %) y Collinsella (0,65 % a 8,91 %), mientras que se observó una disminución de Fusobacterium (19,16 % a 9,06 %), Porphyromonas (8,75 % a 0,13 %), Streptococcus (1,63 % a 0,14 %) y Staphylococcus (1,09 % a 0,49 %), antes y después del sMt. El tratamiento con sMt controló eficazmente los signos clínicos y redujo drásticamente la mediana del prurito VAS (6,5 vs. 2) y las puntuaciones CADESI-04 (74,50±22,62 a 19,30±11,30) (p<0,001). Además, tanto el pH de la piel como los valores de hidratación se vieron alterados (p<0,001) después del sMt. El sMt heterólogo y no enriquecido con N-cUs podría ser responsable de la recuperación clínica observada en este estudio

Abstract: Congenital Central Hypoventilation Syndrome (CCHS) is a rare genetic condition affecting the autonomic nervous system and respiratory center due to mutations in the PHOX2B gene, and it is associated with alveolar hypoventilation during sleep and sudden death. It requires early invasive mechanical ventilation (IMV). Objective: To report a neonatal case successfully treated with non-invasive ventilatory support (NVS), avoiding tracheostomy. Clinical Case: Full-term newborn, whose mother uses nocturnal NVS due to CCHS. During the transition period, she presented desaturations associated with hypercapnia and respiratory acidosis, without pulmonary involvement. She developed severe hypoventilation during sleep, with no respiratory effort, peripheral oxygen saturation (SpO2) < 80%, plus respiratory acidosis. While awake, she had good respiratory effort and normal SpO2 without assistance. Noninvasive continuous positive airway pressure and oxygen therapy worsened her condition while sleeping. Complete NVS with nasal interface and bi-level airway positive pressure, inspiratory/expiratory pressure 14-16/4 cm H2O, normalized SpO2 during sleep, and arterial blood gases while awake. Sequencing of the PHOX2B gene confirmed the presence of a heterozygous pathogenic variant with the 20/26 genotype. At 2 months of age, she was discharged maintaining NVS with nasal interface and 0 PEEP, achieving adequate neurodevelopment. Conclusion: We highlight the importance of genetic diagnosis of CCHS in neonates with clinical presentation of early alveolar hypoventilation, especially if there is a family history. We are not aware of other reports of neonatal onset in which NVS prevents IMV, in this potentially lethal pathology.

Resumen: El Síndrome de Hipoventilación Central Congénito (SHCC) es una condición genética infrecuente que afecta el sistema nervioso autónomo y centro respiratorio por mutaciones en el gen PHOX2B, se asocia a hipoventilación alveolar durante el sueño y muerte súbita. Requiere tempranamente de ventilación mecánica invasiva (VMI). Objetivo: Reportar un caso neonatal tratado exitosamente con soporte ventilatorio no invasivo (SVNI), evitando la traqueostomía. Caso Clínico: Recién nacido de término, cuya madre utiliza SVNI nocturno por SHCC. Durante el periodo de transición presentó desaturaciones asociadas a hipercapnia y acidosis respiratoria, sin compromiso pulmonar. Evolucionó con hipoventilación severa durante el sueño, sin esfuerzo respiratorio, saturación periférica de oxígeno (SpO2) < 80%, más acidosis respiratoria. En vigilia presentaba buen esfuerzo respiratorio y SpO2 normales sin asistencia. La presión positiva continua no invasiva en la vía aérea y la oxigenoterapia empeoraban su condición al dormir. El SVNI completo con interfaz nasal y presión positiva en 2 niveles, presión inspiratoria/espiratoria 14-16/4 cm H2O, normalizaron la SpO2 durante el sueño y los gases en sangre arterial en vigilia. La secuenciación del gen PHOX2B confirmó la presencia de una variante patogénica heterocigota con el genotipo 20/26. A los 2 meses de vida egresó manteniendo SVNI con interfaz nasal y PEEP 0, logrando neurodesarrollo adecuado. Conclusión: Resaltamos la importancia del diagnóstico genético del SHCC, en neonatos con presentación clínica de hipoventilación alveolar temprana, particularmente si existe el antecedente familiar. No conocemos otros reportes de debut neonatal en que el SVNI evite la VMI, en esta patología potencialmente letal.

Abstract This article explores the design and application of machine learning techniques to enhance traditional approaches for solving NP-hard optimization problems. Specifically, it focuses on the Last-Mile Routing Research Challenge (LMRRC), supported by Amazon and MIT, which sought innovative solutions for cargo routing optimization. While the challenge provided travel times and zone identifiers, the dependency on these factors raises concerns about the algorithms’ generalizability to different contexts and regions with standard delivery services registries. To address these concerns, this study proposes personalized cost matrices that incorporate both distance and time models, along with the relationships between delivery stops. Additionally, it presents an improved approach to sequencing stops by combining exact and approximate algorithms, utilizing a customized regression technique alongside fine-tuned metaheuristics and heuristics refinements. The resulting methodology achieves competitive scores on the LMRRC validation dataset, which comprises routes from the USA. By carefully delineating route characteristics, the study enables the selection of specific technique combinations for each route, considering its geometrical and geographical attributes. Furthermore, the proposed methodologies are successfully applied to real-case scenarios of last-mile deliveries in Montevideo (Uruguay), demonstrating similar average scores and accuracy on new testing routes. This research contributes to the advancement of last-mile delivery optimization by leveraging personalized cost matrices and algorithmic refinements. The findings highlight the potential for improving existing approaches and their adaptability to diverse geographic contexts, paving the way for more efficient and effective delivery services in the future.

Resumen Este artículo explora el diseño y aplicación de técnicas de aprendizaje automático para mejorar los enfoques tradicionales y así resolver problemas de optimización NP-hard. En particular, se enfoca en el Last-Mile Routing Research Challenge (LMRRC), apoyado por Amazon y MIT, que buscaba soluciones innovadoras para la optimización de rutas de carga. Si bien el desafío proporcionó tiempos de viaje e identificadores de zona, la dependencia de estos factores plantea preocupaciones sobre la generalización de los algoritmos a diferentes contextos y regiones con registros de servicios de entrega estándar. Para abordar estas interrogantes, este estudio propone matrices de costos personalizadas que incorporan modelos de distancia y tiempo, junto con las relaciones entre las paradas de entrega. Además, presenta enfoques mejorados para la secuenciación de paradas mediante la combinación de algoritmos exactos y aproximados, utilizando técnicas de regresión personalizada junto con metaheurísticas y refinamientos heurísticos ajustados. La metodología resultante logra puntajes competitivos en el conjunto de datos de validación LMRRC, que usa rutas de EE. UU. Al delinear cuidadosamente las características de la ruta, el estudio permite la selección de combinaciones de técnicas específicas para cada ruta, considerando sus atributos geométricos y geográficos. Además, las metodologías propuestas se aplican con éxito a escenarios de casos reales de entregas en Montevideo (Uruguay), demostrando puntajes promedio y precisión similares en nuevas rutas de prueba. Esta investigación contribuye al avance de la optimización de la entrega de última milla al aprovechar matrices de costos personalizadas y refinamientos algorítmicos. Los hallazgos resaltan el potencial para mejorar los enfoques existentes y su adaptabilidad a diversos contextos geográficos, allanando el camino para servicios de entrega más eficientes y efectivos en el futuro.

Resumen Introducción: El cáncer de endometrio ocupa el sexto lugar en incidencia del cáncer en mujeres. La caracterización molecular de este cáncer permite optimizar la estratificación de riesgo para mejorar el tratamiento de las pacientes. Objetivo: Determinar el perfil molecular TCGA de pacientes con cáncer de endometrio en Bogotá, D.C., Colombia. Método: Estudio descriptivo en una cohorte de pacientes con cáncer de endometrio. Las mutaciones en los exones 9 a 14 del gen POLE fueron identificadas mediante amplificación por reacción en cadena de la polimerasa, seguida de secuenciación Sanger y análisis bioinformático. La expresión de las proteínas MMR y p53 se identificó mediante inmunohistoquímica. Resultados: Se incluyeron 40 pacientes con una mediana de edad de 66 años. El 15% presentaron mutaciones en el dominio exonucleasa de POLE. El 32% de las pacientes que no presentaron mutaciones manifestaron deficiencia en el sistema MMR. El 43,47% de las pacientes sin mutaciones en POLE ni alteración del sistema MMR presentaron alteración de la proteína p53. Conclusiones: La población de cáncer de endometrio analizada presenta un perfil molecular TCGA similar a lo reportado para otras poblaciones.

Abstract Introduction: Endometrial cancer ranks sixth in cancer incidence among women. Its molecular characterization allows for a more precise risk stratification with the aim of improving patient treatment. Objective: To determine the TCGA molecular profile of patients with endometrial cancer in Bogota, Colombia. Method: A descriptive study of a cohort of patients with endometrial cancer. The expression of MMR proteins and p53 was identified through immunohistochemistry. Mutations in exons 9 to 14 of the POLE gene were identified through polymerase chain reaction amplification, followed by Sanger sequencing and bioinformatic analysis. Results: Forty patients were included in the study, with a median age of 66 years, 15% of them exhibited mutations in the exonuclease domain of POLE, while 32% of patients without mutations showed deficiency in the MMR system. Forty three percent of patients without mutations in POLE or MMR alterations showed aberrant p53 protein expression. Conclusions: The analyzed population of endometrial cancer presents a TCGA molecular profile similar to that reported for other populations.

ABSTRACT: The aim of this research was to isolate and characterize bacteria from rice crop soils to determine their prospective biotechnological potential. Therefore, seven morphologically different bacteria were isolated and their physiological characteristics, antimicrobial sensitivity and ability to degrade different substrates were determined. The bacteria grew optimally between 20 and 37 °C, at pH between 5.0 and 10.0. Regarding antimicrobial sensitivity profiles; one, three, one, one, one and one strain showed resistance to 11, 12, 8, 7 and 4 antimicrobials, respectively. Molecular identification was performed by amplification and sequencing of the 16S ribosomal genes, obtaining similarity with the genera Acinetobacter, Bacillus, Staphylococcus, Comamonas and Aeromonas. The bacteria, according to their hydrolytic activity, formed five groups: three degraded gelatin, skim milk, casein, olive oil, starch, cellulose, pectin, and tributyrin; one, olive oil and tributyrin; one, gelatin, skim milk, olive oil and tributyrin; one, gelatin, olive oil, starch, tributyrin; and one, gelatin, skim milk, casein, olive oil and tributyrin. The isolated bacteria show great potential as inoculants for the enrichment and bioremediation of agricultural soils.

RESUMEN: El objetivo de la presente investigación fue aislar y caracterizar bacterias provenientes de suelos de cultivos de arroz para determinar su potencial biotecnológico prospectivo. Para ello, se recolectaron suelos de cultivos de arrozales del distrito de Rioja, Región de San Martín, aislaron siete bacterias morfológicamente diferentes y determinaron sus características fisiológicas, sensibilidad antimicrobiana y capacidad de degradar diferentes sustratos. Las bacterias crecieron óptimamente entre 20 y 37 °C, a pH entre 5,0 y 10,0. Respecto a los perfiles de sensibilidad antimicrobiana; una, tres, una, una y una cepa presentaron resistencia a 11, 12, 8, 7 y 4 antimicrobianos, respectivamente. La identificación molecular se realizó mediante la amplificación y secuenciación de los genes ribosómicos 16S, obteniendo similitud con los géneros Acinetobacter, Bacillus, Staphylococcus, Comamonas y Aeromonas. Las bacterias, según su actividad hidrolítica, formaron cinco grupos: tres degradaron gelatina, leche descremada, caseína, aceite de oliva, almidón, celulosa, pectina, y tributirina; una, aceite de oliva y tributirina; otra, gelatina, leche descremada, aceite de oliva y tributirina; una, gelatina, aceite de oliva, almidón, tributirina; y una, gelatina, leche descremada, caseína, aceite de oliva y tributirina. Las bacterias aisladas presentan gran potencial como inoculantes para el enriquecimiento y la biorremediación de suelos agrícolas.

Abstract: Alagille syndrome (ALGS) is an autosomal dominant, multisystem disorder that typically presents with cholestasis, cardiac, ocular, skeletal, vascular and renal abnormalities, and distinct facial features. Most cases are due to variants in the JAG1 gene, with only a small percentage involving a complete gene deletion. Objective: to contribute to the phenotype delineation and interpretation of a microdeletion not previously described in the literature on chromosome 20. Clinical Case: A 4-month-old female patient was diagnosed with a heart murmur. An echocardiogram revealed pulmonary artery stenosis, which, combined with a prominent forehead observed on physical examination, determined her referral to clinical genetics. Because ALGS was suspected, complementary studies were performed, revealing butterfly vertebras and a genetic panel identified a pathogenic heterozygous deletion, encompassing the entire coding sequence of the JAG1 gene. To rule out a more extensive deletion, a chromosome microarray was performed, confirming a pathogenic microdeletion on chromosome 20 of 378 kb (arr[GRCh37] 20p12.2(10414643_10792802)x1). Conclusions: A targeted sequencing panel followed by confirmation with a chromosome microarray allowed the identification and delineation of a pathogenic microdeletion not previously reported in the literature, including the complete JAG1 gene in a Chilean patient whose phenotype is consistent with ALGS.

Resumen: El síndrome de Alagille (SALG) es una enfermedad autosómica dominante y multisistémica, que suele manifestarse con colestasia, anomalías cardiacas, oculares, esqueléticas, vasculares, renales y rasgos faciales particulares. La mayoría de los casos se deben a variantes en el gen JAG1, siendo muy pocas de ellas deleciones completas del gen. Objetivo: Contribuir a la delimitación fenotípica e interpretación de una microdeleción no descrita previamente en la literatura en el cromosoma 20. Caso Clínico: Paciente de sexo femenino, a quién a los 4 meses de vida se le detectó un soplo cardíaco. El ecocardiograma evidenció estenosis de ramas pulmonares, lo que, junto con el hallazgo de una frente prominente en el examen físico, motivó su derivación a genética clínica. Debido a la sospecha de SALG, se realizaron estudios complementarios que revelaron vértebras en mariposa y un panel genético que identificó una deleción patogénica en heterocigosis, abarcando toda la secuencia codificante del gen JAG1. Para descartar una deleción más extensa, se realizó un cariotipo molecular confirmándose una microdeleción patogénica en el cromosoma 20 de 378 kb (arr[GRCh37] 20p12.2(10414643_10792802)x1). Conclusiones: La secuenciación con panel dirigido y posterior confirmación con microarreglo para cariotipo molecular, permitieron identificar y delimitar una microdeleción patogénica no reportada previamente en la literatura, la cual incluye el gen JAG1 completo, en una paciente chilena cuyo fenotipo es concordante con SALG.

Abstract Introduction: Molecular divergence thresholds have been proposed to distinguish recently separated evolutive units, often displaying more accurate putative species assignments in taxonomic research compared to traditional morphological approaches. This makes DNA barcoding an attractive identification tool for a variety of marine invertebrates, especially for cryptic species complexes. Although GenBank and the Barcode of Life Data System (BOLD) are the major sequence repositories worldwide, very few have tested their performance in the identification of echinoderm sequences. Objective: We use COI echinoderm sequences from local samples and the molecular identification platforms from GenBank and BOLD, in order to test their accuracy and reliability in the DNA barcoding identification for Central American shallow water echinoderms, at genus and species level. Methods: We conducted sampling, tissue extraction, COI amplification, sequencing, and taxonomic identification for 475 specimens. The 348 obtained sequences were individually enquired with BLAST in GenBank as well as using the Identification System (IDS) in BOLD. Query sequences were classified depending on the best match result. McNemar’s chi-squared, Kruskal-Wallis’s and Mann-Whitney’s U tests were performed to prove differences between the results from both databases. Additionally, we recorded an updated list of species reported for the shallow waters of the Central American Pacific. Results: We found 324 echinoderm species reported for Central American Pacific shallow waters. Only 118 and 110 were present in GenBank and BOLD databases respectively. We proposed 325 solved morphology-based identities and 21 provisional identifications in 50 putative taxa. GenBank retrieved 348 molecular-based identifications in 58 species, including twelve provisional identifications in tree taxa. BOLD recovered 170 COI identifications in 23 species with one provisional identification. Nevertheless, 178 sequences retrieved unmatched terms (in 34 morphology-based taxa). Only 86 sequences (25 %) were retrieved as correct identifications and 128 (37 %) as identification errors in both platforms. We include 84 sequences for eleven species not represented in GenBank and 65 sequences for ten species in BOLD Echinoderm COI databases. The identification accuracy using BLAST (175 correct and 152 incorrect identifications) was greater than with IDS engine (110 correct and 218 identification errors), therefore GenBank outperforms BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusions: Additional echinoderm sample references are needed to improve the utility of the evaluated DNA barcoding identification tools. Identification discordances in both databases may obey specific parameters used in each search algorithm engine and the available sequences. We recommend the use of barcoding as a complementary identification source for Central American Pacific shallow water echinoderm species.

Resumen Introducción: Se han propuesto los umbrales de divergencia molecular para distinguir unidades evolutivas recientemente separadas, que a menudo muestran asignaciones de especies putativas más precisas en la investigación taxonómica en comparación con los enfoques morfológicos tradicionales. Esto hace que los Códigos de Barras de ADN sean una herramienta de identificación atractiva para una variedad de invertebrados marinos, especialmente para complejos de especies crípticas. Aunque GenBank y Barcode of Life Data System (BOLD) son los principales repositorios de secuencias en todo el mundo, muy pocos han probado su desempeño en la identificación de secuencias de equinodermos. Objetivo: Utilizamos secuencias de equinodermos COI de muestras locales y las plataformas de identificación molecular de GenBank y BOLD, para probar su precisión y confiabilidad en la implementación de códigos de barras de ADN para equinodermos de aguas someras de Centroamérica, a nivel de género y especie. Métodos: Realizamos muestreo, extracción de tejido, amplificación de COI, secuenciación e identificación taxonómica de 475 especímenes. Las 348 secuencias obtenidas fueron consultadas individualmente con BLAST en GenBank así como utilizando el Sistema de Identificación (IDS) en BOLD. Las secuencias consultadas se clasificaron según el mejor resultado de coincidencia. Se realizaron las pruebas chi-cuadrado de McNemar, Kruskal-Wallis y U de Mann-Whitney para comprobar diferencias entre los resultados de ambas bases de datos. Además, registramos una lista actualizada de especies reportadas para las aguas someras del Pacífico Centroamericano. Resultados: Encontramos 324 especies de equinodermos reportadas para aguas someras (< 200 m) del Pacífico centroamericano. Sólo 118 y 110 estaban presentes en las bases de datos GenBank y BOLD respectivamente. Propusimos 325 identidades resueltas basadas en morfología y 21 identificaciones provisionales en 50 taxones putativos. GenBank recuperó 348 identificaciones de base molecular en 58 especies, incluidas doce identificaciones provisionales en tres taxones. BOLD recuperó 170 identificaciones de COI en 23 especies con una identificación provisional. Sin embargo, 178 secuencias recuperaron términos no coincidentes (en 34 taxones basados en morfología). Sólo 86 secuencias (25 %) se recuperaron como identificaciones correctas y 128 (37 %) como errores de identificación en ambas plataformas. Incluimos 84 secuencias para once especies no representadas en GenBank y 65 secuencias para diez especies ausentes en las bases de datos BOLD Echinoderm COI. La precisión de la identificación usando BLAST (175 identificaciones correctas y 152 incorrectas) fue mayor que con el motor IDS (110 correctas y 218 errores de identificación), por lo tanto, GenBank supera a BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusiones: Se necesitan muestras adicionales de equinodermos de referencia para mejorar la utilidad de las herramientas de identificación de códigos de barras de ADN evaluadas. Las discordancias de identificación en ambas bases de datos pueden obedecer a parámetros específicos utilizados en cada algoritmo de búsqueda y a las secuencias disponibles. Recomendamos el uso de códigos de barras como fuente de identificación complementaria para las especies de equinodermos de aguas someras del Pacífico centroamericano.

Abstract Introduction: Echinoderms, an integral component of marine ecosystems worldwide, have captivated scientific interest for centuries. Despite this longstanding attention, comprehending key facets such as trophic relationships, diet composition, and host-microbiota relationships still represents a challenge using traditional techniques. Recent years, however, have witnessed a transformative shift, thanks to the emergence of advanced molecular techniques, offering new approaches to strengthen ecological studies in echinoderms. Objective: Explore how recent advancements in molecular tools have impacted ecological research on echinoderms. Specifically, we aim to investigate the potential of these tools to shed light on trophic interactions, diet composition, and the characterization of gut microbial communities in these organisms. Methods: Available literature was used to clarify how novel molecular techniques can improve ecological studies. The focus is diet, trophic relationships, and gut microbiota. Results: Traditionally, studies of stomach contents using compound microscopy have provided an idea of ingested material; nevertheless, sometimes a simple magnified visualization of dietary content does not allow exhaustive identification of the entire food spectrum, as it is limited due to the rapid digestion and maceration of food items within the echinoderm’s digestive tract. The use of DNA-metabarcoding, targeting specific DNA regions, such as the mitochondrial COI gene, has allowed us to enhance the accuracy and precision of diet characterization by enabling the identification of prey items down to the species or even genetic variant level, providing valuable insights into specific dietary preferences. Another approach is the use of stable isotopes, particularly carbon and nitrogen, which provide a powerful tool to trace the origin and flow of nutrients through food webs. By analyzing the isotopic signatures in muscular tissues and food items, we can discern the sources of their primary food items and gain insights into their trophic position within the ecosystem. Lastly, a third new technique used to elucidate the characterization of the prokaryotic community is 16S rRNA sequencing. This method allows us to explore the composition and dynamics of the digestive tract microbial communities. Conclusions: This is a promising era for ecological research on echinoderms, where advances of molecular tools have enabled an unprecedented level of detail, resolving longstanding challenges in comprehending their trophic interactions, diet composition, and host-microbiota relationships, and opening new avenues of investigation in ecological studies.

Resumen Introducción: Los equinodermos, un componente integral de los ecosistemas marinos en todo el mundo, han captado el interés científico durante siglos. A pesar de esta prolongada atención, el comprender facetas clave como las relaciones tróficas, la composición de la dieta y las relaciones huésped-microbiota todavía representa un desafío utilizando técnicas tradicionales. Sin embargo, los últimos años han sido testigos de un cambio transformador, gracias a la aparición de técnicas moleculares avanzadas, que ofrecen nuevos enfoques para fortalecer los estudios ecológicos en equinodermos. Objetivo: Explorar cómo los avances recientes en herramientas moleculares han impactado la investigación ecológica sobre equinodermos. Específicamente, nuestro objetivo es investigar el potencial de estas herramientas para arrojar luz sobre las interacciones tróficas, la composición de la dieta y la caracterización de las comunidades microbianas intestinales en estos organismos. Métodos: Se utilizó la literatura disponible para aclarar cómo las nuevas técnicas moleculares pueden mejorar los estudios ecológicos. La atención se centra en la dieta, las relaciones tróficas y la microbiota intestinal. Resultados: Tradicionalmente, los estudios del contenido estomacal mediante microscopía compuesta han proporcionado una idea del material ingerido; Sin embargo, a veces una simple visualización ampliada del contenido dietético no permite una identificación exhaustiva de todo el espectro alimentario, ya que está limitado debido a la rápida digestión y maceración de los alimentos dentro del tracto digestivo del equinodermo. El uso de metabarcoding de ADN, dirigidos a regiones específicas del ADN, como el gen COI mitocondrial, nos ha permitido mejorar la exactitud y precisión de la caracterización de la dieta al permitir la identificación de presas hasta el nivel de especie o incluso de variante genética, lo que proporciona valiosos resultados sobre preferencias dietéticas específicas. Otro enfoque es el uso de isótopos estables, en particular carbono y nitrógeno, que proporcionan una poderosa herramienta para rastrear el origen y el flujo de nutrientes a través de las redes alimentarias. Al analizar las firmas isotópicas en los tejidos musculares y los alimentos, podemos discernir las fuentes de sus alimentos primarios y obtener información sobre su posición trófica dentro del ecosistema. Por último, una tercera técnica nueva utilizada para dilucidar la caracterización de la comunidad procariótica es la secuenciación del ARNr 16S. Este método nos permite explorar la composición y dinámica de las comunidades microbianas del tracto digestivo. Conclusiones: Esta es una era prometedora para la investigación ecológica sobre equinodermos, donde los avances de las herramientas moleculares han permitido un nivel de detalle sin precedentes, resolviendo desafíos de larga data en la comprensión de sus interacciones tróficas, composición de la dieta y relaciones huésped-microbiota, y abriendo nuevas vías de investigación. en estudios ecológicos.

Resumen El objetivo de este estudio fue comparar el desempeño de dos sistemas MALDI-TOF MS en la identificación de bacterias anaerobias estrictas de interés clínico. La secuenciación del gen 16S ARNr fue el método de referencia utilizado cuando se observaron discrepancias o inconsistencias entre plataformas. Se recuperaron 333 aislados de muestras clínicas de diferentes centros de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires entre 2016 y 2021. Los aislados se identificaron por duplicado mediante dos sistemas MALDI-TOF MS: el BD Bruker Biotyper (Bruker Daltonics, Bremen, Alemania) y el Vitek MS (bioMèrieux, Marcy-l'Etoile, Francia). A través del sistema Vitek MS, los mismos fueron identificados a nivel de especie o complejo de especies en un 65,5% (n: 218) y de género en un 71,2% (n: 237), mientras que no se identificaron en un 29,4% (n: 98) y fue incorrecta en el 5,1% (n: 17). Mediante el sistema Bruker Biotyper, dichos valores fueron del 85,3% (n: 284), del 89,7% (n: 299), del 14,1% (n: 47) y del 0,6% (n: 2), respectivamente. La diferencia entre ambos métodos fue estadísticamente significativa (p<0,0001). En conclusión, los sistemas MALDI-TOF MS aceleran la identificación microbiana. Son especialmente útiles para los microorganismos de crecimiento lento, como las bacterias anaerobias, que son difíciles de identificar con los métodos tradicionales. El sistema Bruker demostró ser más preciso que el Vitek MS. Para que estos métodos sean realmente efectivos es fundamental actualizar las bases de datos de ambos sistemas e incrementar el número de espectros de referencia dentro de las plataformas.

Abstract The aim of this study was to compare the performance of two MALDI-TOF MS systems in the identification of clinically relevant strict anaerobic bacteria. The 16S rRNA gene sequencing was the gold standard method when discrepancies or inconsistencies were observed between platforms. A total of 333 isolates were recovered from clinical samples of different centers in Buenos Aires City between 2016 and 2021. The isolates were identified in duplicate using two MALDI-TOF MS systems, BD Bruker Biotyper (Bruker Daltonics, Bremen, Germany) and Vitek MS (bioMèrieux, Marcy-l’Etoile, France). Using the Vitek MS system, the identification of anaerobic isolates yielded the following percentages: 65.5% (n: 218) at the species or species-complex level, 71.2% (n: 237) at the genus level, 29.4% (n: 98) with no identification and 5.1% (n: 17) with misidentification. Using the Bruker Biotyper system, the identification rates were as follows: 85.3% (n: 284) at the species or species-complex level, 89.7% (n: 299) at the genus level, 14.1% (n: 47) with no identification and 0.6% (n: 2) with misidentification. Differences in the performance of both methods were statistically significant (p-values <0.0001). In conclusion, MALDI-TOF MS systems speed up microbial identification and are particularly effective for slow-growing microorganisms, such as anaerobic bacteria, which are difficult to identify by traditional methods. In this study, the Bruker system showed greater accuracy than the Vitek system. In order to be truly effective, it is essential to update the databases of both systems by increasing the number of each main spectrum profile within the platforms.

Abstract Diseases caused by free-living amoebae are opportunistic infections that can have a fatal course. They can cause very serious disseminated conditions with involvement of the central nervous system such as granulomatous amoebic encephalitis. This infection has become more common in Latin America, although its recognition is late due to the similarity with other pathological conditions or because it is unusual to include it in the differential diagnosis. We report a fatal case of granulomatous amoebic encephalitis due to Balamuthia mandrillaris in a 10-year-old girl. We highlight the severity of the brain involvement and the lack of validated schemes for its treatment. Today in the world this infection is considered an emerging disease, influenced by climate change, which calls for being attentive to its presence.

Resumen Las enfermedades causadas por amebas de vida libre son infecciones oportunistas que pueden tener un curso fatal. Pueden producir afecciones diseminadas graves con compromiso del sistema nervioso central, como la encefalitis amebiana granulomatosa. Esta infección es cada vez más frecuente en América Latina, aunque se reconocen tardíamente debido a la similitud con otras patologías o porque es inusual incluirla en el diagnóstico diferencial. Comunicamos un caso fatal de una encefalitis amebiana granulomatosa por Balamuthia mandrillaris en una niña de 10 años. Destacamos la gravedad de la afectación cerebral y la falta de esquemas antimicrobianos validados para su tratamiento. Hoy en el mundo esta infección es considerada una enfermedad emergente, influenciada por el cambio climático, lo que llama a estar atentos a su presencia.

Abstract: Alagille syndrome (ALGS) is an autosomal dominant, multisystem disorder that typically presents with cholestasis, cardiac, ocular, skeletal, vascular and renal abnormalities, and distinct facial features. Most cases are due to variants in the JAG1 gene, with only a small percentage involving a complete gene deletion. Objective: to contribute to the phenotype delineation and interpretation of a microdeletion not previously described in the literature on chromosome 20. Clinical Case: A 4-month-old female patient was diagnosed with a heart murmur. An echocardiogram revealed pulmonary artery stenosis, which, combined with a prominent forehead observed on physical examination, determined her referral to clinical genetics. Because ALGS was suspected, complementary studies were performed, revealing butterfly vertebras and a genetic panel identified a pathogenic heterozygous deletion, encompassing the entire coding sequence of the JAG1 gene. To rule out a more extensive deletion, a chromosome microarray was performed, confirming a pathogenic microdeletion on chromosome 20 of 378 kb (arr[GRCh37] 20p12.2(10414643_10792802)x1). Conclusions: A targeted sequencing panel followed by confirmation with a chromosome microarray allowed the identification and delineation of a pathogenic microdeletion not previously reported in the literature, including the complete JAG1 gene in a Chilean patient whose phenotype is consistent with ALGS.

Resumen: El síndrome de Alagille (SALG) es una enfermedad autosómica dominante y multisistémica, que suele manifestarse con colestasia, anomalías cardiacas, oculares, esqueléticas, vasculares, renales y rasgos faciales particulares. La mayoría de los casos se deben a variantes en el gen JAG1, siendo muy pocas de ellas deleciones completas del gen. Objetivo: Contribuir a la delimitación fenotípica e interpretación de una microdeleción no descrita previamente en la literatura en el cromosoma 20. Caso Clínico: Paciente de sexo femenino, a quién a los 4 meses de vida se le detectó un soplo cardíaco. El ecocardiograma evidenció estenosis de ramas pulmonares, lo que, junto con el hallazgo de una frente prominente en el examen físico, motivó su derivación a genética clínica. Debido a la sospecha de SALG, se realizaron estudios complementarios que revelaron vértebras en mariposa y un panel genético que identificó una deleción patogénica en heterocigosis, abarcando toda la secuencia codificante del gen JAG1. Para descartar una deleción más extensa, se realizó un cariotipo molecular confirmándose una microdeleción patogénica en el cromosoma 20 de 378 kb (arr[GRCh37] 20p12.2(10414643_10792802)x1). Conclusiones: La secuenciación con panel dirigido y posterior confirmación con microarreglo para cariotipo molecular, permitieron identificar y delimitar una microdeleción patogénica no reportada previamente en la literatura, la cual incluye el gen JAG1 completo, en una paciente chilena cuyo fenotipo es concordante con SALG.