RESUMO As pimenteiras ornamentais apresentam variabilidade genética que pode ser acessada por meio de caracteres morfológicos e moleculares. A seleção de genótipos para formação de população base para o melhoramento pode ser realizada por meio de análise conjunta de vários tipos de dados, proporcionando maior precisão na seleção. Nessa perspectiva, este estudo teve como objetivo avaliar a diversidade entre acessos de pimenta com base na análise de características fenotípicas e marcadores moleculares e selecionar os melhores para serem utilizados como parentais em programas de melhoramento. O trabalho foi realizado no Centro de Ciências Agrárias da Universidade Federal da Paraíba, Paraíba, Brasil. Foram utilizados 16 genótipos de pimenteiras ornamentais, e caracterizados quanto a oito caracteres quantitativos, nove qualitativos e 18 pares de iniciadores microssatélites. As análises simultâneas das variáveis foram realizadas usando o método de agrupamento de Tocher, agrupamento do algoritmo de Ward e a matriz de dissimilaridades. Os métodos de agrupamentos foram eficientes na separação dos genótipos, identificando variabilidade genética e precisão na seleção por meio da análise conjunta de dados quantitativos, qualitativos e moleculares. Diferentes grupos foram formados entre os genótipos pelo método de Tocher (seis grupos) e pelo método de Ward (três grupos). Existe variabilidade genética entre os genótipos de pimenteiras ornamentais, considerando análise conjunta de dados quantitativos, qualitativos e moleculares. Características qualitativas são importantes na identificação de divergência genética entre acessos de pimenteira ornamental. Os genótipos UFPB 46, 134, 137, 443 e 449, o mini pimentão Akamu e a cultivar Calypso são indicados para seleção, podem ser utilizados para realizar cruzamentos e dar continuidade ao programa de melhoramento genético. perspectiva Paraíba Brasil 1 quantitativos microssatélites dissimilaridades seis três grupos. . ornamental 46 134 137 44 449 genético 4 13

ABSTRACT Ornamental pepper plants have genetic variability, which can be accessed through morphological and molecular traits. Genotype selection to form the base population for breeding can be performed through the joint analysis of several types of data, providing greater selection accuracy. From this perspective, this study aimed to evaluate the diversity among pepper accessions based on analysis of phenotypic traits and molecular markers and to select the best ones to use as parents in breeding programs. The study was carried out at the Centro de Ciências Agrárias of the Universidade Federal da Paraíba, Paraíba, Brazil. Sixteen ornamental pepper genotypes were used and characterized for eight quantitative traits, nine qualitative traits, and 18 pairs of microsatellite primers. Simultaneous variable analyses were performed using Tocher’s clustering method, Ward’s clustering algorithm, and the dissimilarity matrix. The clustering methods were efficient in separating the genotypes, identifying genetic variability, and accuracy in the selection through the joint analysis of quantitative, qualitative, and molecular data. Different groups were formed among the genotypes by Tocher’s method (six groups) and Ward’s method (three groups). There is genetic variability among ornamental pepper genotypes considering the joint analysis of quantitative, qualitative, and molecular data. Qualitative traits are important in the identification of genetic divergence among ornamental pepper accessions. The UFPB genotypes 46, 134, 137, 443 and 449, the mini pepper Akamu, and the cultivar Calypso are indicated for selection and can be used to carry out crosses and continue the breeding program. data perspective programs Paraíba Brazil 1 primers Tochers Tocher s Wards Ward algorithm matrix six three groups. . 46 134 137 44 449 Akamu program 4 13

Resumen (Objetivo) Tryapanosoma cruzi, un agente causal de la enfermedad de Chagas, es un parásito que presenta una alternancia en su ciclo de vida entre un hospedador invertebrado (triatomino) y uno vertebrado (mamífero). Varios estudios han demostrado que en T. cruzi, HSP83 (homólogo de HSP90) es esencial para la división celular y el control de la respuesta al estrés térmico. Esta investigación se concentró en el estudio de la clonación, la caracterización bioinformática y la expresión del gen de la proteína de choque térmico HSP83 de T. cruzi para estudios posteriores sobre señalización. (Metodología) El ARN fue extraído de epimagostigotes T. cruci (clon EPm6/MOHM/VE/2007/ 6c), utilizando un kit comercial. El ADNc que codifica HSP83 se obtuvo utilizando RT-PCR, a partir del ARNm extraído, para lo cual se diseñaron los cebadores con base en la secuencia HSP83 de la cepa T. cruzi CL Brener. La clonación se realizó usando pGEM®T-Easy y se subclonó en el vector de expresión pQE30. Se efectuó la caracterización bioinformática y de secuencias. El gen se expresó y la proteína recombinante se purificó por cromatografía de afinidad, igual que se identificó por inmunotransferencia. (Resultados) El análisis de secuencia mostró similitud con el gen HSP83 de Trypanosoma cruzi y se observaron dominios HSP, así como epítopos B en la secuencia. Después de 3 horas de inducción con IPTG, se obtuvo una proteína recombinante con un peso aproximado de 83 kDa. La reacción de inmunotransferencia con suero hiperinmune anti-epimastigote de T. cruzi permitió la detección de una sola banda con un peso molecular de aproximadamente 83 kDa. (Conclusiones) Todos los resultados indican que se logró la clonación y caracterización de HSP83 de Trypanosoma cruzi.

Resumo (Objetivo) O Tryapanosoma cruzi, agente causador da doença de Chagas, é um parasita que apresenta uma alternância em seu ciclo de vida entre um hospedeiro invertebrado triatomíneo) e um vertebrado(mamífero). Vários estudos demonstraram que, no T. cruzi, a HSP83 (homóloga da HSP90) é essencial para a divisão celular e o controle da resposta ao estresse térmico. Esta pesquisa concentrou-se no estudo da clonagem, caracterização bioinformática e expressão do gene da proteína de choque térmico HSP83 do T. cruzi para estudos adicionais de sinalização. (Metodologia) O RNA foi extraído de epimastigotas de T. cruzi (clone EPm6/MOHM/VE/2007/ 6c) usando um kit comercial. O cDNA que codifica a HSP83 foi obtido por meio de RT-PCR a partir do mRNA extraído, para o qual os primers foram projetados com base na sequência da HSP83 da cepa T. cruzi CL Brener. A clonagem foi realizada com o pGEM®T-Easy e subclonada no vetor de expressão pQE30. Foi realizada a caracterização bioinformática e de sequência. O gene foi expresso e a proteína recombinante foi purificada por cromatografia de afinidade e identificada por imunotransferência. (Resultados) A análise da sequência mostrou similaridade com o gene HSP83 do Trypanosoma cruzi e os domínios HSP, bem como os epítopos B, foram observados na sequência. Após 3 horas de indução com IPTG, foi obtida uma proteína recombinante com peso aproximado de 83 kDa. A imunotransferência com soro hiperimune antiepimastigota de T. cruzi permitiu a detecção de uma única banda com peso molecular de aproximadamente 83 kDa. (Conclusões) Todos os resultados indicam que a clonagem e a caracterização da HSP83 do Trypanosoma cruzi foram alcançadas.

Abstract (Objective) Trypanosoma cruzi, a causal agent of Chagas’ disease, is a parasite whose life cycle alternates between an invertebrate (triatomine) and a vertebrate (mammal) host. Various studies have shown that in T. cruzi, HSP83 (a homolog of HSP90) is essential for cell division and control of the response to thermal stress. This investigation focused on studying the cloning, bioinformatic characterization, and expression of the heat shock protein HSP83 T. cruzi gene for further cell signaling studies. (Methodology) RNA was extracted from T. cruzi epimastigotes (EPm6 clone, MHOM/VE/2007/ 6c) using a commercial kit. The cDNA encoding HSP83 was determined using RT-PCR on extracted mRNA, for which the primers were designed based on the HSP83 sequence of T. cruzi strain CL Brener. Cloning was performed using pGEM®T-Easy and subcloned into the expression vector pQE30. Sequence and bioinformatic characterization were performed. The gene was expressed, and the recombinant protein was purified using affinity chromatography and identified through immunoblotting. (Results) Sequence analysis showed similarity to the gene encoding HSP83 from Trypanosoma cruzi, and HSP domains and B epitopes in the sequence were also observed. After 3 hours of induction with IPTG, a recombinant protein with an approximate weight of 83 kDa was obtained. The immunoblotting reaction with hyperimmune anti-T. cruzi epimastigote serum helped detect a single band with a molecular weight of nearly 83 kDa. (Conclusions) All results indicate that the cloning and characterization of HSP83 from Trypanosoma cruzi was achieved.

ABSTRACT Colombia is the ninth largest producer of dragon fruit in the world and the department of Boyacá is the largest with 440 hectares planted. Bacterial phytopathogens can cause pitahaya fruit losses and low yields by producing stem soft rot. This research aimed to study and identified possible agents of bacterial diseases of pitahaya in Boyacá, Colombia. Thirteen farms in the region were selected to take 20 samples by means of a targeted and random sampling of stem and fruit tissues with soft rot symptoms in the early stages of the disease. A process of microbiological isolation, biochemical and molecular taxonomic identification of the isolated bacteria. The 16s rRNA gene sequences of the V2-V5 region were edited by removing the primers, assembling and obtaining the consensus sequence of the primers 1100R-337F and 800R -518F. The phylogenetic analysis was performed by BLAST at NCBI, using the "Classifier" and "SeqMatch" tools from the RDP website, and phylogenetic trees were created by multiple alignment using the MUSCLE algorithm and the Tamura Nei distance method was performed. Signs like blisters and mucilaginous fluids, symptoms like yellow and brown chlorotic spots, soft rot, and liquefaction were identified, and possible vectors like flies and ants were report. Twenty-five bacterial morphotypes were identified classifieds in 4 phyla, 9 families and 13 genera. The analysis of the 16S rRNA gene sequences of the bacterial strains showed a 98 to 100% identity with Enterobacter cloacae, Pectobacterium carotovora and Paenibacillus glucanolyticus, reported in other studies as causing the soft rot of the pitahaya stem and fruit. New species were reported as possible pathogenic bacteria of pitahaya: Pantoea cypripedii, Kluyvera intermedia and Klebsiella oxytoca. Infectivity assays did not have positive results. The microbiota identified in the stages of the necrotrophic phase or final stage of soft rot of the stem belong to the genera Achromobacter, Sphingobacterium, Pseudomonas, Klebsiella, Paenibacillus, Bacillus, Stenotrophomonas and Microbacterium. In the fly Leptoglossus zonatus associated with the crop were identified Pseudomonas fulva and Lysinibacillus fusiformis were identified. This is also the first official report of a complex of possible phytopathogen bacteria of the order Enterobacterales (Enterobacteriacea, Erwiniaceae and Pectobacteriaceae family) in symptoms by bacterial disease on pitahaya Colombian crops. Identification of the bacteria in a pathogenic system can guide chemical and biological control practices in order to increase the productive and export potential of exotic and orphan crops from small local farmings.

RESUMEN Colombia es el noveno productor de pitahaya amarilla en el mundo y el Departamento de Boyacá es el mayor productor con 440 hectáreas plantadas. Los fitopatógenos bacterianos pueden causar pérdidas de frutos de pitahaya y bajos rendimientos al producir la pudrición blanda de los tallos. El objetivo de esta investigación fue estudiar e identificar posibles agentes de enfermedades bacterianas de la pitahaya en Boyacá, Colombia. Trece (13) fincas de la región fueron seleccionadas para la toma de 20 muestras mediante un muestreo dirigido y al azar de tejidos de tallo y frutos con síntomas de pudrición blanda en estadios iniciales de la enfermedad. Se realizó un proceso de aislamiento microbiológico, identificación bioquímica y taxonómica molecular de las bacterias aisladas. Las secuencias del gen ARNr 16s de la región V2-V5 fueron editadas mediante la eliminación de los primers, ensamblaje y obtención de la secuencia consenso de los primers 1100R-337F y 800R -518F. El análisis filogenético fue hecho por BLAST en el NCBI, por las herramientas "Classifier" y "SeqMatch", del sitio Web del RDP y se realizaron árboles filogenéticos mediante alineamiento múltiple usando el algoritmo MUSCLE y el método de distancias de Tamura Nei. Se registraron signos como ampollas y fluidos mucilaginosos, síntomas como manchas cloróticas amarillas y marrones, pudrición blanda y licuefacción, y se reportaron posibles vectores como moscas y hormigas. Veinticinco (25) morfotipos de bacterias fueron clasificados en 4 filos, 8 familias y 13 géneros. El análisis de las secuencias del gen ARNr 16S de las cepas bacterianas mostró una identidad del 98 al 100% con Enterobacter cloacae, Pectobacterium carotovora y Paenibacillus glucanolyticus, reportados en otros estudios como causantes de la pudrición blanda del tallo y fruto de pitahaya. Se reportaron nuevas especies como posibles bacterias patógenas de pitahaya: Pantoea cypripedii, Kluyvera intermedia y Klebsiella oxytoca. Los ensayos de infectividad no arrojaron resultados positivos. La microbiota identificada en los estadios de la fase necrotrofa o final de la pudrición blanda del tallo podría estar conformada por los géneros Achromobacter, Sphingobacterium, Pseudomonas, Klebsiella, Paenibacillus, Bacillus, Stenotrophomonas y Microbacterium. En la mosca Leptoglossus zonatus asociada al cultivo se identificó Pseudomonas fulva y Lysinibacillus fusiformis. Este es el primer registro oficial de un complejo de posibles bacterias fitopatógenas del orden Enterobacterales (familia Enterobacteriaceae, Erwiniaceae y Pectobacteriaceae) en síntomas por enfermedad bacteriana en cultivos colombianos de pitahaya. La identificación de las bacterias de un pato-sistema puede orientar las prácticas de control químico y biológico con el fin de incrementar el potencial productivo y de exportación de los cultivos exóticos y huérfanos de las pequeñas fincas locales.

Abstract Ovine Enzootic Abortion (OEA) is caused by Chlamydia abortus and has recently been recognized as endemic in Mexico. Due to the impact of OEA on intensive lamb production, it is necessary to establish a sanitary control plan based on an efficient diagnosis. The loop-mediated isothermal amplification technique (LAMP) is a molecular test that can specifically identify C. abortus. The aim of this study was to standardize the LAMP technique for the specific detection of C. abortus in ovine vaginal exudates. Primers were identified and modified from an electronic database. The effective conditions of the technique were determined using synthetic DNA and positive biological samples by PCR as references. The assay detection limit was 1 × 10-5 of genetic material, equivalent to 8.5 copies. The standardized LAMP test is proposed as a novel molecular tool for the rapid and specific diagnosis of C. abortus infection from ovine vaginal exudate samples in Mexico.

Resumen El Aborto Enzoótico Ovino (AEO) es causado por Chlamydia abortus y ha sido reconocido recientemente como endémico en México. Debido al impacto del AEO en la producción intensiva de corderos, es necesario establecer un plan de control sanitario basado en un diagnóstico eficiente. La técnica de amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP) es una prueba molecular que puede identificar específicamente a C. abortus. El objetivo de este estudio fue estandarizar la técnica de LAMP para la detección específica de C. abortus a partir de exudado vaginal ovino. Los cebadores fueron identificados y modificados a partir de una base de datos electrónica. Las condiciones efectivas de la técnica se determinaron con ADN sintético y de muestras biológicas positivas por PCR como referencia. El límite de detección de la prueba fue de 1 × 10-5 de material genético, equivalente a 8.5 copias. Se propone el test de LAMP estandarizado como una nueva herramienta molecular para el diagnóstico rápido y específico de la infección por C. abortus a partir de muestras de exudado vaginal ovino en México.

Resumen La mastitis bovina es una enfermedad que afecta a las ganaderías de pequeños y medianos productores de los cantones Cayambe y Pedro Moncayo, Provincia de Pichincha-Ecuador. El tratamiento de esta enfermedad resulta complicado debido a la variedad de microorganismos que la provocan. El presente estudio se enfocó en la determinación molecular por medio de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de los agentes etiológicos de la mastitis. Esta técnica presenta múltiples ventajas al reconocer familia, género y especie de microorganismos, y es un método capaz de detectar genes de resistencia de antibióticos, lo que resulta importante al momento de diagnosticar y tratar enfermedades. El objetivo de esta investigación se centró en la identificación de bacterias causantes de la mastitis bovina, utilizando pruebas bioquímicas y moleculares. Las pruebas bioquímicas como tinción Gram, Catalasa, Coagulasa, y Agar Manitol Sal fueron eficientes para obtener cepas puras y determinar el género de algunas bacterias. Se utilizaron primers específicos (RNA16S) para la identificación molecular de 9 agentes etiológicos causantes de la enfermedad en las unidades productivas. Los microorganismos encontrados fueron; Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, la mayoría presentes en mastitis clínica. Para detectar genes de resistencia se utilizaron primers específicos, de los cuales 7 muestras presentaron el gen para resistencia a blaTEM (β-lactámicos) y 6 muestras presentaron el gen para resistencia a tetA (tetraciclinas). Se identificó multirresistencia en las especies: Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

Abstract Bovine mastitis is a disease that affects the farms of small and medium producers in the cantons of Cayambe and Pedro Moncayo, Pichincha Province-Ecuador. Treating this disease is not easy due to the different microorganisms that cause it. This study focused on the molecular determination by means of polymerase chain reaction (PCR) of the etiological agents of mastitis, having multiple advantages when recognizing family, gender and species of microorganisms. It is a method capable of detecting resistance genes of antibiotics, an important analysis when diagnosing and treating diseases. The aim of this research is to identify bacteria causing bovine mastitis by using biochemical and molecular tests. Biochemical tests such as: Gram staining, Catalase, Coagulase, and Mannitol Salt Agar were efficient to obtain pure strains and determine the gender of some bacteria. Specific primers (RNA16S) were used for the molecular identification of 9 etiological agents causing the disease in the productive units. The microorganisms found were Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, mostly present in clinic mastitis. To detect resistance genes, specific primers were used, of which 7 samples presented the gene for resistance to blaTEM (β-lactam) and 6 samples presented the gene for resistance to tetA (tetracyclines). Multi-resistance was identified in the species Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

ABSTRACT Hop stunt viroid (HSVd) is the causal agent of citrus cachexia, which can lead to significant crop losses. As part of a preventive management strategy, it is essential to use healthy plants from a certification program. This study aimed to evaluate the healthiness of 17 citrus cultivars against HSVd using both biological and molecular diagnostics. For biological diagnosis, Etrog citron (Citrus medica L.) clone Arizona 861 S1 was used as an indicator plant, incorporating negative and positive controls for HSVd infection. For molecular diagnosis, reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) technique was employed with specific primers for viroid detection. Results indicated that six months after inoculation, the positive control exhibited symptoms associated with viroid infection, such as necrosis in the petiole and stem, leaf epinasty, and necrosis in the midvein. In contrast, both the negative control and evaluated citrus cultivars showed no symptoms. These findings were supported by molecular analysis, which allowed the amplification of a viroid genome region only in the positive control. Both biological and molecular diagnosis confirmed the absence of HSVd in the citrus varieties assessed. This study will allow the evaluation of the citrus plant collections used in the foundation category as a source of buds for plant multiplication of registered and certified seeds for citrus propagation nurseries in Colombia.

RESUMEN El viroide del enanismo del lúpulo (HSVd) es el agente causal de la cachexia de los cítricos, que puede provocar pérdidas significativas en el cultivo. Como parte de una estrategia de manejo preventivo, es indispensable utilizar plantas sanas provenientes de un programa de certificación. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la sanidad de 17 cultivares de cítricos frente a HSVd, utilizando diagnósticos biológico y molecular. Para el diagnóstico biológico, se empleó como planta indicadora cidro Etrog (Citrus medica L.) clon Arizona 861 S1, incluyendo controles negativos y positivos para la infección por HSVd. Para el diagnóstico molecular se utilizó la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa con Transcriptasa Inversa (RT-PCR) con cebadores específicos para la detección del viroide. Los resultados indicaron que seis meses después de la inoculación, el control positivo mostró síntomas asociados con la infección por el viroide, como necrosis en el peciolo y tallo, epinastia foliar y necrosis en vena media. Por el contrario, tanto el control negativo como los cultivares de cítricos evaluados no presentaron síntomas. Estos resultados fueron corroborados por el análisis molecular, que permitieron amplificar una región del genoma del viroide, únicamente en el control positivo. Ambos diagnósticos biológico y molecular confirmaron la ausencia de HSVd en las variedades de cítricos evaluadas. Este estudio permitirá la evaluación de las colecciones de plantas de cítricos utilizadas en la categoría fundación como fuente de yemas para la multiplicación de semilla registrada y certificadapara los viveros productores de material de propagación de cítricos en Colombia.

Abstract Introduction: Molecular divergence thresholds have been proposed to distinguish recently separated evolutive units, often displaying more accurate putative species assignments in taxonomic research compared to traditional morphological approaches. This makes DNA barcoding an attractive identification tool for a variety of marine invertebrates, especially for cryptic species complexes. Although GenBank and the Barcode of Life Data System (BOLD) are the major sequence repositories worldwide, very few have tested their performance in the identification of echinoderm sequences. Objective: We use COI echinoderm sequences from local samples and the molecular identification platforms from GenBank and BOLD, in order to test their accuracy and reliability in the DNA barcoding identification for Central American shallow water echinoderms, at genus and species level. Methods: We conducted sampling, tissue extraction, COI amplification, sequencing, and taxonomic identification for 475 specimens. The 348 obtained sequences were individually enquired with BLAST in GenBank as well as using the Identification System (IDS) in BOLD. Query sequences were classified depending on the best match result. McNemar’s chi-squared, Kruskal-Wallis’s and Mann-Whitney’s U tests were performed to prove differences between the results from both databases. Additionally, we recorded an updated list of species reported for the shallow waters of the Central American Pacific. Results: We found 324 echinoderm species reported for Central American Pacific shallow waters. Only 118 and 110 were present in GenBank and BOLD databases respectively. We proposed 325 solved morphology-based identities and 21 provisional identifications in 50 putative taxa. GenBank retrieved 348 molecular-based identifications in 58 species, including twelve provisional identifications in tree taxa. BOLD recovered 170 COI identifications in 23 species with one provisional identification. Nevertheless, 178 sequences retrieved unmatched terms (in 34 morphology-based taxa). Only 86 sequences (25 %) were retrieved as correct identifications and 128 (37 %) as identification errors in both platforms. We include 84 sequences for eleven species not represented in GenBank and 65 sequences for ten species in BOLD Echinoderm COI databases. The identification accuracy using BLAST (175 correct and 152 incorrect identifications) was greater than with IDS engine (110 correct and 218 identification errors), therefore GenBank outperforms BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusions: Additional echinoderm sample references are needed to improve the utility of the evaluated DNA barcoding identification tools. Identification discordances in both databases may obey specific parameters used in each search algorithm engine and the available sequences. We recommend the use of barcoding as a complementary identification source for Central American Pacific shallow water echinoderm species.

Resumen Introducción: Se han propuesto los umbrales de divergencia molecular para distinguir unidades evolutivas recientemente separadas, que a menudo muestran asignaciones de especies putativas más precisas en la investigación taxonómica en comparación con los enfoques morfológicos tradicionales. Esto hace que los Códigos de Barras de ADN sean una herramienta de identificación atractiva para una variedad de invertebrados marinos, especialmente para complejos de especies crípticas. Aunque GenBank y Barcode of Life Data System (BOLD) son los principales repositorios de secuencias en todo el mundo, muy pocos han probado su desempeño en la identificación de secuencias de equinodermos. Objetivo: Utilizamos secuencias de equinodermos COI de muestras locales y las plataformas de identificación molecular de GenBank y BOLD, para probar su precisión y confiabilidad en la implementación de códigos de barras de ADN para equinodermos de aguas someras de Centroamérica, a nivel de género y especie. Métodos: Realizamos muestreo, extracción de tejido, amplificación de COI, secuenciación e identificación taxonómica de 475 especímenes. Las 348 secuencias obtenidas fueron consultadas individualmente con BLAST en GenBank así como utilizando el Sistema de Identificación (IDS) en BOLD. Las secuencias consultadas se clasificaron según el mejor resultado de coincidencia. Se realizaron las pruebas chi-cuadrado de McNemar, Kruskal-Wallis y U de Mann-Whitney para comprobar diferencias entre los resultados de ambas bases de datos. Además, registramos una lista actualizada de especies reportadas para las aguas someras del Pacífico Centroamericano. Resultados: Encontramos 324 especies de equinodermos reportadas para aguas someras (< 200 m) del Pacífico centroamericano. Sólo 118 y 110 estaban presentes en las bases de datos GenBank y BOLD respectivamente. Propusimos 325 identidades resueltas basadas en morfología y 21 identificaciones provisionales en 50 taxones putativos. GenBank recuperó 348 identificaciones de base molecular en 58 especies, incluidas doce identificaciones provisionales en tres taxones. BOLD recuperó 170 identificaciones de COI en 23 especies con una identificación provisional. Sin embargo, 178 secuencias recuperaron términos no coincidentes (en 34 taxones basados en morfología). Sólo 86 secuencias (25 %) se recuperaron como identificaciones correctas y 128 (37 %) como errores de identificación en ambas plataformas. Incluimos 84 secuencias para once especies no representadas en GenBank y 65 secuencias para diez especies ausentes en las bases de datos BOLD Echinoderm COI. La precisión de la identificación usando BLAST (175 identificaciones correctas y 152 incorrectas) fue mayor que con el motor IDS (110 correctas y 218 errores de identificación), por lo tanto, GenBank supera a BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusiones: Se necesitan muestras adicionales de equinodermos de referencia para mejorar la utilidad de las herramientas de identificación de códigos de barras de ADN evaluadas. Las discordancias de identificación en ambas bases de datos pueden obedecer a parámetros específicos utilizados en cada algoritmo de búsqueda y a las secuencias disponibles. Recomendamos el uso de códigos de barras como fuente de identificación complementaria para las especies de equinodermos de aguas someras del Pacífico centroamericano.

Abstract Nowadays, fungal contamination of medical Cannabis inflorescences during postharvest has become an increasingly frequent and worrisome problem for consumers and the industry in general. This is because some of these microorganisms can produce secondary metabolites, such as mycotoxins, which can be toxic to humans. To assess the risk posed by fungal contamination and evaluate the potential for fungal isolates to produce mycotoxins, samples of medicinal Cannabis were tested for the presence of mycotoxin-forming fungi. Inflorescences were isolated on PDA agar at 23 ± 2 °C for ten days, and the microorganisms were identified. The strain with morphological characteristics compatible with the genus Aspergillus spp. was selected as the fungus with the highest risk of forming hazardous mycotoxins. This isolate was characterized conventionally and by molecular identification using primers for the internal transcribed spacer region (ITS) of ribosomal DNA and different coding genes and was identified as Aspergillus westerdijkiae. To determine mycotoxin formation, the genome of A. westerdijkiae was sequenced using the Illumina Novaseq platform in South Korea. The antiSMASH tool was used to search for gene clusters associated with producing secondary metabolites, and genes related to toxins were manually curated. Regions where the cluster of genes directly involved in OTA biosynthesis (otaA, otaB, otaC, otaR and otaD) were found, suggesting a potential risk of synthesis of this toxin.

Abstract The present work was to study the genetic variability between the major carps Labeo rohita and Cirrhinus mrigala and their hybrids of L. rohita (male♂) and C. mrigala (female♀). Genetic variability was studied by employing RAPD molecular markers. 25 samples of each target species having different sizes with the same age group for the determination of interspecific variation were collected. The morphometric parameters such as body weight, total length, tail length, and lengths of dorsal and anal fins of each individual were recorded and results showed that wet body weight, total length, dorsal fin, anal fin, and tail fin length are positively correlated and then the DNA was extracted using the inorganic salt-based method and conformed by Gel electrophoresis. Twenty-four arbitrary decamer primers were used to get species-specific RAPD analysis Distinct and highly reproducible RAPD profiles with significant genetic variability was detected among species. Only five primers showed amplification. The RAPAD primer OPB-05 produced a total of seven bands out of these 5 monomorphic and 2 polymorphic, so in this case, the percentage polymorphism was 28.57%. The Hybrid show more than a 50% difference from the Labeo rohita. This shows that the Hybrid more resembles C.mrigala. Phylogenetic analysis demonstrated that hybrid (L. rohita ♂ X Cirrhinus mrigala ♀) is the closest to C. mrigala and the farthest from L. rohita. Overall data are presented concerning the applications of RAPD markers for hybrid identification, genetic diversity assessment, and studying taxonomic relationships at a molecular level. L male♂ male (male♂ C female♀. female female♀ . (female♀) collected weight saltbased salt based electrophoresis Twentyfour Twenty four speciesspecific specific amplification OPB05 OPB 05 OPB-0 polymorphic case 2857 28 57 28.57% 50 Cmrigala C.mrigala (L ♀ identification assessment level (male (female♀ OPB0 0 OPB- 285 28.57 (female 28.5 28.

Resumo O presente trabalho teve como objetivo estudar a variabilidade genética entre as carpas maiores Labeo rohita e Cirrhinus mrigala e seus híbridos de L. rohita (machos) e C. mrigala (fêmeas). A variabilidade genética foi estudada empregando marcadores moleculares RAPD. 25 amostras de cada espécie-alvo com tamanhos diferentes e com a mesma faixa etária foram coletadas para a determinação da variação interespecífica. Os parâmetros morfométricos como peso corporal, comprimento total, comprimento da cauda e comprimento das nadadeiras dorsal e anal de cada indivíduo foram registrados. O DNA foi extraído através do método à base de sal inorgânico e conformado por eletroforese em gel. 24 primers decâmeros arbitrários foram usados para obter a análise RAPD espécie-específica. Perfis RAPD distintos e altamente reprodutíveis com significativa variabilidade genética foram detectados entre as espécies. Apenas 5 primers apresentaram amplificação. O primer RAPAD OPB-05 produziu um total de 7 bandas, dessas, 5 monomórficas e 2 polimórficas, portanto, neste caso, o percentual de polimorfismo foi de 28,57%. O Hybrid mostrou mais de 50% de diferença do Labeo rohita. Isso mostra que o híbrido se parece mais com o C.mrigala. A análise filogenética demonstrou que o híbrido (L. rohita macho X Cirrhinus mrigala fêmea) é o mais próximo de C. mrigala e o mais distante de L. rohita. Foram apresentados dados relativos à aplicação de marcadores RAPD para identificação de híbridos, avaliação de diversidade genética e estudo de relações taxonômicas ao nível molecular. L machos (machos C fêmeas. fêmeas . (fêmeas) espéciealvo espécie alvo interespecífica corporal registrados gel espécieespecífica. espécieespecífica específica. específica espécie-específica espécies amplificação OPB05 OPB 05 OPB-0 bandas dessas polimórficas portanto caso 2857 28 57 28,57% 50 Cmrigala C.mrigala (L fêmea molecular (fêmeas OPB0 0 OPB- 285 28,57 28,5 28,

Abstract Mackerel fish (Scomberomorus spp.) represents a significant marine fisheries commodity in Indonesia, characterized by its high commercial value and nutritional content. To understand the intraspecific interactions and genetic variability of Scomberomorus spp., a more extensive research of Scomberomorus spp. populations, including both cultivated and wild specimens, is required. This study aimed to explore the genetic diversity of mackerel fish in Indonesian waters, focusing on the mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome oxidase subunit II (COII) gene, which encodes the second subunit of cytochrome c oxidase (complex IV), is essential for aerobic respiration and energy transformation. Muscle tissue samples from 18 individual mackerel fish collected from various regions in Indonesia, including Palembang, Cilacap, Rembang, Banjarmasin, Ambon, and Fak-Fak Regencies, were utilized. The genomic DNA was isolated and amplified using specific primers: CO2TF (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC-3') and CO2TR (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3'). Subsequently, the obtained amplicons were subjected to sequencing. The sequence data were then analyzed using the MEGA11 and DnaSP 6 software. Our findings revealed 120 variable sites within the 691 base pairs of mtDNA COII sequences, resulting in a nucleotide diversity (Pi) of 0.07169. Furthermore, we identified eight haplotypes, demonstrating a haplotype diversity (Hd) of 0.8889. Remarkably, all mackerel samples from Palembang and Cilacap clustered into discrete haplotypes, specifically haplotype 1 and haplotype 2, respectively. Our phylogenetic analysis delineated three distinct clades. Clade I, closely related to Scomberomorus cavalla, encompassed all individuals from Ambon, Palembang, Rembang, and one from Banjarmasin. Clade II, associated with Scomberomorus niphonius, included individuals from Cilacap and two from Banjarmasin. Clade III, linked to Scomberomorus semifasciatus, exclusively consisted of individuals from Fak-Fak (Papua). In conclusion, Indonesian waters harbor diverse genetic variations within Scomberomorus spp., and population relationships based on the mtDNA COII gene exhibit notable complexities. Future research endeavors should focus on further elucidating the diversity and relationships among Scomberomorus spp. in diverse Indonesian populations. spp Indonesia content populations specimens required (mtDNA (COII complex IV, IV , IV) transformation Rembang Banjarmasin Ambon FakFak Fak Regencies utilized primers COTF CO TF 5ACCGCTCTGTCACTTTCTTC3 ACCGCTCTGTCACTTTCTTC 5 3 (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC-3' COTR TR 5ATGTCACTAAGGGTGGTTGG3. 5ATGTCACTAAGGGTGGTTGG3 ATGTCACTAAGGGTGGTTGG . (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3') Subsequently sequencing MEGA MEGA1 software 12 69 sequences Pi (Pi 007169 0 07169 0.07169 Furthermore haplotypes Hd (Hd 08889 8889 0.8889 Remarkably 2 respectively clades I cavalla niphonius III semifasciatus Papua. Papua (Papua) conclusion complexities 5ACCGCTCTGTCACTTTCTTC (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC-3 5ATGTCACTAAGGGTGGTTGG (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3' 00716 0716 0.0716 0888 888 0.888 (Papua (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC- (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3 0071 071 0.071 088 88 0.88 (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG- 007 07 0.07 08 8 0.8 (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG 00 0.0 0.

Resumo O peixe cavala (Scomberomorus spp.) representa uma importante commodity da pesca marinha na Indonésia, caracterizada pelo seu alto valor comercial e conteúdo nutricional. Para entender as interações intraespecíficas e a variabilidade genética do Scomberomorus spp., é necessária uma pesquisa mais ampla das populações de Scomberomorus spp. Este estudo teve como objetivo explorar a diversidade genética do peixe cavala nas águas da Indonésia, com foco no gene mitocondrial do DNA (mtDNA) da subunidade II da citocromo oxidase (COII) que codifica a segunda subunidade da citocromo c oxidase (complexo IV), essencial para a respiração aeróbica e a transformação de energia. Foram utilizadas amostras de tecido muscular de 18 peixes cavala individuais, coletados de diversas regiões da Indonésia, incluindo Palembang, Cilacap, Rembang, Banjarmasin, Ambon e Regiões de Fak-Fak. O DNA genômico foi isolado e amplificado utilizando iniciadores específicos: CO2TF (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC-3') e CO2TR (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3'). Posteriormente, os amplicons obtidos foram submetidos a sequenciamento. Os dados de sequência foram então analisados usando o software MEGA 11 e DnaSP 6. Nossos resultados revelaram um total de 120 sítios variáveis dentro dos 691 pares de bases das sequências de mtDNA COII, resultando em uma diversidade de nucleotídeos (Pi) de 0,07169. Além disso, identificamos oito haplótipos distintos, demonstrando uma diversidade haplotípica (Hd) de 0,8889. Notavelmente, todas as amostras de peixe cavala de Palembang e Cilacap se agruparam em haplótipos distintos, especificamente haplótipo 1 e haplótipo 2, respectivamente. Nossa análise filogenética delineou três clados distintos. O Clado I, intimamente relacionado ao Scomberomorus cavalla, englobou todos os indivíduos de Ambon, Palembang, Rembang e um de Banjarmasin. O Clado II, associado ao Scomberomorus niphonius, incluiu indivíduos de Cilacap e dois de Banjarmasin. O Clado III, ligado ao Scomberomorus semifasciatus, consistiu exclusivamente de indivíduos de Fak-Fak (Papua). Em conclusão, as águas indonésias abrigam diversas variações genéticas dentro de Scomberomorus spp., e as relações populacionais com base no gene mtDNA COII apresentam complexidades notáveis. Futuros empreendimentos de pesquisa devem se concentrar em elucidar ainda mais a diversidade e as relações entre as populações de Scomberomorus spp. em diversas regiões da Indonésia. spp Indonésia nutricional (mtDNA (COII complexo IV, IV , IV) energia individuais Banjarmasin FakFak. FakFak Fak Fak. específicos COTF CO TF 5ACCGCTCTGTCACTTTCTTC3 ACCGCTCTGTCACTTTCTTC 5 3 (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC-3' COTR TR 5ATGTCACTAAGGGTGGTTGG3. 5ATGTCACTAAGGGTGGTTGG3 ATGTCACTAAGGGTGGTTGG . (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3') Posteriormente sequenciamento 6 12 69 Pi (Pi 007169 0 07169 0,07169 disso distintos Hd (Hd 08889 8889 0,8889 Notavelmente 2 respectivamente I cavalla niphonius III semifasciatus Papua. Papua (Papua) conclusão notáveis 5ACCGCTCTGTCACTTTCTTC (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC-3 5ATGTCACTAAGGGTGGTTGG (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3' 00716 0716 0,0716 0888 888 0,888 (Papua (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC- (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG-3 0071 071 0,071 088 88 0,88 (5'-ACCGCTCTGTCACTTTCTTC (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG- 007 07 0,07 08 8 0,8 (5'-ATGTCACTAAGGGTGGTTGG 00 0,0 0,

Abstract Sharks of the genus Sphyrna are under intense exploitation globally. In Brazil’s northern coast, this genus represents a high proportion of fisheries landings and comprises four species. However, due to difficulty of specific identification when specimens are landed, most of the records are limited to the genus level. Here we analyzed the effectiveness of ITS2 (Internal Transcribed Spacer 2 of rDNA) fragment length protocol (Abercrombie et al., 2005) for identifying hammerhead shark species, comparing with the analysis of COI (Cytochrome oxidase subunit I) and ITS2 sequences. We evaluated samples of muscle tissue acquired in the main fishing ports of Maranhão: Carutapera, Raposa e Tutóia. Sampling was conducted between March 2017 to March 2018 and complemented with material deposited in collection (2015). COI results indicated the occurrence of endangered species which are prohibited to be landed. These include Sphyrna mokarran (67%), S. lewini (15%), S. tudes (3%), and S. tiburo (15%). For the ITS2 marker, we investigated the optimization of the protocol developed by Abercrombie (2005) for to improve the use in this geographical area througout design of a new primers. globally Brazils Brazil s coast However landed level ITS Internal rDNA al al. 2005 Cytochrome I sequences Maranhão Carutapera Tutóia 201 2015. 2015 . (2015) 67%, 67 67% , (67%) S 15%, 15 15% (15%) 3%, 3 3% (3%) 15%. marker (2005 primers 200 20 (2015 6 (67% 1 (15% (3% (200 (201 (67 (15 (3 (20 (6 (1 ( (2

Resumo Os tubarões do gênero Sphyrna estão sob intensa exploração em todo o mundo. No litoral norte do Brasil, esse gênero representa grande proporção dos desembarques pesqueiros e compreende quatro espécies. Porém, devido à dificuldade de identificação específica no momento do desembarque dos espécimes, a maioria dos registros limita-se ao nível do gênero. Aqui analisamos a eficácia do protocolo baseado no comprimento de fragmentos de ITS2 (Abercrombie et al., 2005) para identificar espécies de tubarão-martelo, comparando com a análise das sequências COI e ITS2. Foram avaliadas amostras de tecido muscular adquiridas nos principais portos pesqueiros do Maranhão: Carutapera, Raposa e Tutóia. A amostragem foi realizada entre março de 2017 a março de 2018 e complementada com material depositados em coleção (2015). Os resultados do COI indicaram a ocorrência de espécies ameaçadas cujo desembarque é proibido. Estes incluem Sphyrna mokarran (67%), S. lewini (15%), S. tudes (3%) e S. tiburo (15%). Para o marcador ITS2, investigamos a otimização do protocolo desenvolvido por Abercrombie (2005) para melhorar o uso nesta área geográfica através do desenho de novos primers. mundo Brasil Porém espécimes limitase limita se ITS al al. 2005 tubarãomartelo, tubarãomartelo tubarão martelo, martelo tubarão-martelo Maranhão Carutapera Tutóia 201 2015. 2015 . (2015) proibido 67%, 67 67% , (67%) S 15%, 15 15% (15%) 3% 3 (3% 15%. (2005 primers 200 20 (2015 6 (67% 1 (15% (3 (200 2 (201 (67 (15 ( (20 (6 (1 (2

Resumo O gene do hormônio de crescimento (GH) desempenha um papel vital na regulação do metabolismo animal e do tamanho corporal, tornando-se um potencial candidato para influenciar o desempenho do gado. Este estudo teve como objetivo investigar os polimorfismos dentro do gene GH e suas associações com 10 características biométricas na população de gado Sumbawa da Indonésia. Dados de características biométricas e amostras de sangue foram coletados de 112 indivíduos de gado Sumbawa, e suas sequências genéticas do gene GH foram analisadas usando dois conjuntos de primers para amplificação. Sete polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) foram identificados no gene GH: g.442C>T, g.446G>C, g.558C>T, g.649C>A, g.1492C>A, g.1510C>A e g.1578G>A. Todos os SNPs estavam localizados na região intrônica, exceto o SNP g.558C>T, que foi encontrado na região da sequência de codificação (CDS). O SNP g.558C>T é classificado como uma variante sinônima. A análise de haplótipos revelou um forte desequilíbrio de ligação entre os SNPs g.558C>T e g.649C>A. As distribuições de genótipos e alelos de todos os SNPs estavam de acordo com o equilíbrio de Hardy-Weinberg (p > 0,05, χ2 < 15,56), exceto para os SNPs g.446G>C e g.1492C>A. O estudo de associação mostrou que o SNP g.442C>T afetou significativamente (p < 0,05) as características HL, BL, SH e PH no gado Sumbawa. Além disso, o g.446G>C e o g.558C>T também foram encontrados associados às características PH e CC, respectivamente. Os polimorfismos detectados no gene GH podem ter implicações para programas de seleção visando melhorar as características biométricas desejadas no gado Sumbawa. A melhoria da produtividade pecuária pode ser feita através da compreensão da diversidade genética e sua relação com as características fenotípicas. (GH corporal tornandose tornando se 1 Indonésia 11 amplificação (SNPs g442CT gCT g 442C T C g446GC gGC 446G G g558CT 558C g649CA gCA 649C g.649C>A g1492CA 1492C g.1492C>A g1510CA 1510C g1578GA gGA 1578G g.1578G>A intrônica CDS. CDS . (CDS) sinônima HardyWeinberg Hardy Weinberg p 005 0 05 0,05 χ 15,56, 1556 15,56 , 15 56 15,56) HL BL disso CC respectivamente fenotípicas CT GC CA GA (CDS 00 0,0 155 15,5 5 0, 15,

Abstract The growth hormone (GH) gene plays a vital role in regulating animal metabolism and body size, making it a potential candidate for influencing livestock performance. This study aimed to investigate the polymorphisms within the GH gene and their associations with 10 biometric traits in the Sumbawa cattle population of Indonesia. Biometric trait data and blood samples were collected from 112 Sumbawa cattle individuals, and their GH gene sequences were analyzed using two sets of primers for amplification. Seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in the GH gene: g.442C>T, g.446G>C, g.558C>T, g.649C>A, g.1492C>A, g.1510C>A, and g.1578G>A. All SNPs were located in the intronic region except for SNP g.558C>T, which was found in the coding sequence (CDS) region. The SNP g.558C>T is classified as a synonymous variant. Haplotype analysis revealed a strong linkage disequilibrium between SNPs g.558C>T and g.649C>A. Distributions of genotypes and alleles of all SNPs were in agreement with the Hardy-Weinberg equilibrium (p > 0.05, χ2 < 15.56), except for SNPs g.446G>C and g.1492C>A. The association study showed that the SNP g.442C>T significantly (p < 0.05) affected HL, BL, SH, and PH traits in Sumbawa cattle. Additionally, the g.446G>C and g.558C>T were also found to be associated with PH and CC traits, respectively. The polymorphisms detected in the GH gene could have implications for selection programs to enhance desired biometric traits in Sumbawa cattle. Improving livestock productivity can be done by understanding genetic diversity and its relationship with phenotypic characteristics. (GH size performance 1 Indonesia 11 individuals amplification (SNPs g442CT gCT g 442C T C g446GC gGC 446G G g558CT 558C g649CA gCA 649C A g.649C>A g1492CA 1492C g.1492C>A g1510CA 1510C g.1510C>A g1578GA gGA 1578G g.1578G>A CDS (CDS variant HardyWeinberg Hardy Weinberg p 005 0 05 0.05 χ 15.56, 1556 15.56 , 15 56 15.56) HL BL SH Additionally respectively characteristics CT GC CA GA 00 0.0 155 15.5 5 0. 15.

Abstract The gall wasp, Leptocybe invasa, poses a significant global threat to Eucalyptus cultivation, by causing substantial economic losses. The objective of this study was to differentiate between resistant and susceptible genotypes by morphological characteristics using image analysis based on the damage caused by the gall wasp. In addition, consensus sequences derived from transposable elements (TEs) and the genome of Eucalyptus spp. Were identified by in silico analysis. Furthermore, another objective was to discriminate Eucalyptus genotypes in response to Leptocybe invasa by conducting molecular analyses involving transposable elements and inter simple sequence markers. For image analysis, the GroundEye ® system was used to collect images of 60 leaves from six genotypes, three of which were resistant and three susceptible. Eucalyptus spp. sequences were obtained from the GenBank database by in silico analysis and pairwise alignments with TE sequences were conducted using BLASTN. Multiple sequence alignment was performed with Clustal Omega, followed by the identification of conserved regions in Jalview. A motif signature was generated using Weblogo. For molecular characterization using ISSR markers and TEs, samples of young leaves were obtained from a total of 80 Eucalyptus seedlings, of which 50 were classified as resistant and 30 as susceptible to L. invasa. It was possible to distinguish gall wasp susceptible and resistant genotypes by image analysis. In silico analysis enabled the identification of conserved regions in the Eucalyptus spp. genome, which were associated with proteins involved in secondary metabolite production, e.g., terpenes, which play a role in the response to L. invasa. The discrimination capacity of TEs and ISSR primers was demonstrated and bands were generated that could be used to identify resistant genotypes. However, increasing the number of markers required to discriminate genotypes in both cases is suggested. cultivation losses addition (TEs spp Furthermore 6 BLASTN Omega Jalview Weblogo 8 seedlings 5 3 L production eg e g e.g. terpenes However suggested e.g

Resumo A vespa-da-galha, Leptocybe invasa, representa uma ameaça global significativa para o cultivo de Eucalyptus, causando consideráveis prejuízos econômicos. O objetivo deste estudo foi diferenciar entre genótipos resistentes e suscetíveis por meio de características morfológicas, usando análise de imagem com base nos danos causados pela vespa-da-galha. Além disso, sequências de consenso derivadas de elementos transponíveis (TEs) e do genoma de Eucalyptus spp. foram identificadas por análise in silico. Outro objetivo foi discriminar genótipos de Eucalyptus em resposta a L. invasa, por meio de análises moleculares envolvendo elementos transponíveis e marcadores de sequências simples intercaladas (ISSR). Para a análise de imagem, o sistema GroundEye® foi utilizado para coletar imagens de 60 folhas de seis genótipos, sendo três resistentes e três suscetíveis. Sequências de Eucalyptus spp. foram obtidas do banco de dados GenBank por análise in silico, e alinhamentos de sequências em pares com sequências de TE foram conduzidos usando o BLASTN. Alinhamento de múltiplas sequências foi realizado com Clustal Omega, seguido pela identificação de regiões conservadas no Jalview. Uma assinatura de motivo foi gerada usando o Weblogo. Para a caracterização molecular usando marcadores ISSR e TEs, amostras de folhas jovens foram obtidas de um total de 80 mudas de Eucalyptus, das quais 50 foram classificadas como resistentes e 30 como suscetíveis a L. invasa. Foi possível distinguir genótipos suscetíveis e resistentes à vespa-das-galhas por meio da análise de imagem. A análise in silico permitiu a identificação de regiões conservadas no genoma de Eucalyptus spp., associadas a proteínas envolvidas na produção de metabólitos secundários, como terpenos, que desempenham um papel na resposta a L. invasa. A capacidade de discriminação de TEs e iniciadores ISSR foi demonstrada, e bandas foram geradas que poderiam ser usadas para identificar genótipos resistentes. No entanto, sugere-se aumentar o número de marcadores necessários para discriminar genótipos em ambos os casos. vespadagalha, vespadagalha vespa galha, galha vespa-da-galha invasa econômicos morfológicas vespadagalha. galha. disso (TEs spp L ISSR. . (ISSR) GroundEye 6 BLASTN Omega Jalview Weblogo 8 5 3 vespadasgalhas galhas secundários terpenos demonstrada entanto sugerese sugere se casos (ISSR

Resumo O burro doméstico possui um papel fundamental como animal de tração na economia rural do Paquistão, onde a população desse animal está aumentando a cada ano. A região de controle de mtDNA completa de 40 burros amostrados aleatoriamente foi ampliada por PCR e sequenciada bidirecionalmente por intermédio de primers específicos. Haplótipos distintos de mtDNA obtidos no estudo atual (KY446001 − KY446011) foram submetidos a medidas de haplótipo (h) e diversidade de nucleotídeos (π) por meio de DnaS, bem como análises filogenéticas, de rede e AMOVA. Havia um total de 27 sítios polimórficos presentes em 11 haplótipos de mtDNA exclusivos dos 40 animais estudados de diferentes regiões. A rede de união de vizinhos e a rede de união mediana ilustram a divisão de todos esses haplótipos em duas linhagens núbias e somalis bem definidas, confirmando a origem materna africana do burro doméstico do Paquistão. Os parâmetros de diversidade h (0,967 ± 0,037) e π (0,02917 ± 0,00307) revelaram altos níveis de diversidade genética em burros paquistaneses. AMOVA demonstrou apenas 1% de diferenças genéticas entre as duas linhagens maternas de mtDNA, apontando a falta de subestrutura populacional em burros paquistaneses, como é o caso da população mundial de burros domésticos. Os burros paquistaneses têm origem materna africana e altos níveis de diversidade de mtDNA. A alta diversidade genética pode ser por causa da reprodução não seletiva e de heteroplasmia. Aqui, fornecemos o primeiro relatório sobre a diversidade do mtDNA da região de controle em burros domésticos do Paquistão.

Abstract Domestic donkey plays a key role as a draft animal in rural economy of Pakistan where its population is increasing every year. The complete mtDNA control region of forty randomly sampled donkeys was PCR- amplified and sequenced bi-directionally using specific primers. Distinct mtDNA haplotypes obtained in the current study (KY446001−KY446011) were subjected to haplotype (h) and nucleotide diversity (π) measures using DnaS as well as to phylogenetic, Network, and AMOVA analyses. There were a total 27 polymorphic sites present within 11 unique mtDNA haplotypes from the studied 40 animals from different regions. Neighbor-joining network and median-joining network both illustrated the splitting of all these haplotypes into two well-defined Nubian and Somali lineages, confirming African maternal origin of Pakistani domestic donkey. Diversity parameters h (0.967± 0.037) and π (0.02917± 0.00307) were found to reveal high levels of genetic diversity in Pakistani donkeys. AMOVA demonstrated only 1% of genetic differences between two mtDNA maternal lineages, pointing to lack of population substructure in Pakistani donkeys as is the case with worldwide domestic donkey population. Pakistani donkeys have African maternal origin and high levels of mtDNA diversity. High genetic diversity may be due to non-selective breeding and heteroplasmy. We herein provide the first report on mtDNA diversity of control region in Pakistani domestic donkey.

Resumo A ferrugem da folha, causada por Puccinia triticina, é a ferrugem mais comum do trigo. O fungo é um parasita obrigatório, capaz de produzir urediniósporos infecciosos. Para estudar a estrutura genética da população de ferrugem da folha, 20 primers RAPD foram avaliados em 15 amostras de isolados coletadas no Paquistão. Um total de 105 fragmentos RAPD foram amplificados com uma média de 7 fragmentos por primer. O número de fragmentos amplificados variou de 1 a 12. GL Decamer L-07 e GL Decamer L-01 amplificaram o maior número de bandas (doze), e o primer GL Decamer A-03 amplificou o menor número de bandas, ou seja, um. Os resultados mostraram que quase todos os isolados investigados eram geneticamente diferentes, o que confirma a alta diversidade genética na população de ferrugem da folha. Os esporos de ferrugem podem seguir o padrão de migração em distâncias curtas e longas para áreas vizinhas. Os resultados indicaram que a maior variabilidade foi revelada por 74,9% da diferenciação genética nas populações de ferrugem. Esses resultados sugeriram que cada população não era completamente idêntica e um alto fluxo gênico ocorreu entre a população de ferrugem da folha de diferentes áreas. A maior diferenciação e distância genética entre as populações de ferrugem da folha do Paquistão foram detectadas entre a população de ferrugem da folha no isolado NARC (NARC-4) e AARI-11 e a maior similaridade foi observada entre os isolados NARC (NARC-4) e (NARC-5). O presente estudo mostrou que a população de ferrugem da folha no Paquistão é altamente dinâmica e variável.

Abstract Leaf rust, caused by Puccinia triticina, is the most common rust disease of wheat. The fungus is an obligate parasite capable of producing infectious urediniospores. To study the genetic structure of the leaf rust population 20 RAPD primers were evaluated on 15 isolates samples collected in Pakistan. A total of 105 RAPD fragments were amplified with an average of 7 fragments per primer. The number of amplified fragments varied from 1 to 12. GL Decamer L-07 and GL Decamer L-01 amplified the highest number of bands (twelve) and primer GL Decamer A-03 amplified the lowest number of bands i.e one. Results showed that almost all investigated isolates were genetically different that confirms high genetic diversity within the leaf rust population. Rust spores can follow the migration pattern in short and long distances to neighbor areas. Results indicated that the greatest variability was revealed by 74.9% of genetic differentiation within leaf rust populations. These results suggested that each population was not completely identical and high gene flow has occurred among the leaf rust population of different areas. The highest differentiation and genetic distance among the Pakistani leaf rust populations were detected between the leaf rust population in NARC isolate (NARC-4) and AARI-11and the highest similarity was observed between NARC isolates (NARC-4) and (NARC-5). The present study showed the leaf rust population in Pakistan is highly dynamic and variable.