ABSTRACT Colombia is the ninth largest producer of dragon fruit in the world and the department of Boyacá is the largest with 440 hectares planted. Bacterial phytopathogens can cause pitahaya fruit losses and low yields by producing stem soft rot. This research aimed to study and identified possible agents of bacterial diseases of pitahaya in Boyacá, Colombia. Thirteen farms in the region were selected to take 20 samples by means of a targeted and random sampling of stem and fruit tissues with soft rot symptoms in the early stages of the disease. A process of microbiological isolation, biochemical and molecular taxonomic identification of the isolated bacteria. The 16s rRNA gene sequences of the V2-V5 region were edited by removing the primers, assembling and obtaining the consensus sequence of the primers 1100R-337F and 800R -518F. The phylogenetic analysis was performed by BLAST at NCBI, using the "Classifier" and "SeqMatch" tools from the RDP website, and phylogenetic trees were created by multiple alignment using the MUSCLE algorithm and the Tamura Nei distance method was performed. Signs like blisters and mucilaginous fluids, symptoms like yellow and brown chlorotic spots, soft rot, and liquefaction were identified, and possible vectors like flies and ants were report. Twenty-five bacterial morphotypes were identified classifieds in 4 phyla, 9 families and 13 genera. The analysis of the 16S rRNA gene sequences of the bacterial strains showed a 98 to 100% identity with Enterobacter cloacae, Pectobacterium carotovora and Paenibacillus glucanolyticus, reported in other studies as causing the soft rot of the pitahaya stem and fruit. New species were reported as possible pathogenic bacteria of pitahaya: Pantoea cypripedii, Kluyvera intermedia and Klebsiella oxytoca. Infectivity assays did not have positive results. The microbiota identified in the stages of the necrotrophic phase or final stage of soft rot of the stem belong to the genera Achromobacter, Sphingobacterium, Pseudomonas, Klebsiella, Paenibacillus, Bacillus, Stenotrophomonas and Microbacterium. In the fly Leptoglossus zonatus associated with the crop were identified Pseudomonas fulva and Lysinibacillus fusiformis were identified. This is also the first official report of a complex of possible phytopathogen bacteria of the order Enterobacterales (Enterobacteriacea, Erwiniaceae and Pectobacteriaceae family) in symptoms by bacterial disease on pitahaya Colombian crops. Identification of the bacteria in a pathogenic system can guide chemical and biological control practices in order to increase the productive and export potential of exotic and orphan crops from small local farmings.

RESUMEN Colombia es el noveno productor de pitahaya amarilla en el mundo y el Departamento de Boyacá es el mayor productor con 440 hectáreas plantadas. Los fitopatógenos bacterianos pueden causar pérdidas de frutos de pitahaya y bajos rendimientos al producir la pudrición blanda de los tallos. El objetivo de esta investigación fue estudiar e identificar posibles agentes de enfermedades bacterianas de la pitahaya en Boyacá, Colombia. Trece (13) fincas de la región fueron seleccionadas para la toma de 20 muestras mediante un muestreo dirigido y al azar de tejidos de tallo y frutos con síntomas de pudrición blanda en estadios iniciales de la enfermedad. Se realizó un proceso de aislamiento microbiológico, identificación bioquímica y taxonómica molecular de las bacterias aisladas. Las secuencias del gen ARNr 16s de la región V2-V5 fueron editadas mediante la eliminación de los primers, ensamblaje y obtención de la secuencia consenso de los primers 1100R-337F y 800R -518F. El análisis filogenético fue hecho por BLAST en el NCBI, por las herramientas "Classifier" y "SeqMatch", del sitio Web del RDP y se realizaron árboles filogenéticos mediante alineamiento múltiple usando el algoritmo MUSCLE y el método de distancias de Tamura Nei. Se registraron signos como ampollas y fluidos mucilaginosos, síntomas como manchas cloróticas amarillas y marrones, pudrición blanda y licuefacción, y se reportaron posibles vectores como moscas y hormigas. Veinticinco (25) morfotipos de bacterias fueron clasificados en 4 filos, 8 familias y 13 géneros. El análisis de las secuencias del gen ARNr 16S de las cepas bacterianas mostró una identidad del 98 al 100% con Enterobacter cloacae, Pectobacterium carotovora y Paenibacillus glucanolyticus, reportados en otros estudios como causantes de la pudrición blanda del tallo y fruto de pitahaya. Se reportaron nuevas especies como posibles bacterias patógenas de pitahaya: Pantoea cypripedii, Kluyvera intermedia y Klebsiella oxytoca. Los ensayos de infectividad no arrojaron resultados positivos. La microbiota identificada en los estadios de la fase necrotrofa o final de la pudrición blanda del tallo podría estar conformada por los géneros Achromobacter, Sphingobacterium, Pseudomonas, Klebsiella, Paenibacillus, Bacillus, Stenotrophomonas y Microbacterium. En la mosca Leptoglossus zonatus asociada al cultivo se identificó Pseudomonas fulva y Lysinibacillus fusiformis. Este es el primer registro oficial de un complejo de posibles bacterias fitopatógenas del orden Enterobacterales (familia Enterobacteriaceae, Erwiniaceae y Pectobacteriaceae) en síntomas por enfermedad bacteriana en cultivos colombianos de pitahaya. La identificación de las bacterias de un pato-sistema puede orientar las prácticas de control químico y biológico con el fin de incrementar el potencial productivo y de exportación de los cultivos exóticos y huérfanos de las pequeñas fincas locales.

Abstract Introduction. Abdominal and neural angiostrongyliasis caused by Angiostrongylus costaricensis and A. cantonensis, respectively, are zoonotic diseases involving snails as intermediate hosts. Colombia has already reported human cases, and the increasing distribution of Lissachatina fulica and Cornu aspersum raises public health concerns due to the potential risk of disease transmission in areas where parasites and hosts coexist. Objective. To identify the presence of Angiostrongylus spp. in snail species L. fulica and C. aspersum in Antioquia, Colombia. Materials and methods. This prospective cross-sectional study had a population of 5,855 L. fulica and C. aspersum snails captured in the ten towns of the Valle de Aburrá (Antioquia, Colombia), 169 samples were collected in 28 sampling points. Lung tissues of the collected snails were dissected and analyzed to detect Angiostrongylus spp. through molecular techniques. Results. Angiostrongylus spp. were identified in both L. fulica and C. aspersum. Angiostrongylus costaricensis was detected in 18 pooled prevalence of 30% (95% CI = 19.2-43.3), and Medellín was the municipality with the highest number of positive samples (33.3%). Seventy-two-point-two percent of the positive places reported the presence of rodents. None of the tests were positive for A. cantonensis. Conclusion. Our findings provide important insights into the epidemiology and distribution of Angiostrongylus spp. in Antioquia, Colombia. The identification of these parasitic nematodes in L. fulica and C. aspersum highlights the potential role of these snails as intermediate hosts in the transmission of Angiostrongylus spp. infections in the Valle de Aburrá, with implications for human and veterinary health.

Resumen Introducción. La angiostrongiliasis abdominal y neura -causadas por Angiostrongylus costaricensis y A. cantonensis, respectivamente- son zoonosis que involucran caracoles como huéspedes intermediarios. Colombia ya ha reportado casos en humanos y la ampliación de la distribución de Lissachatina fulica y Cornu aspersum aumenta la preocupación en salud pública debido al riesgo potencial de transmisión en áreas donde los parásitos y sus huéspedes coexisten. Objetivo. Identificar la presencia de Angiostrongylus spp. en caracoles de las especies L. fulica y C. aspersum en Antioquia (Colombia). Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio transversal prospectivo con una población de 5.855 caracoles de L. fulica o C. aspersum, capturados en diez ciudades del valle de Aburrá; 169 muestras fueron recolectadas en 28 puntos de muestreo. Se disecaron los tejidos pulmonares de los caracoles y se emplearon técnicas moleculares para detectar la presencia de Angiostrongylus spp. Resultados. Angiostrongylus costaricensis fue detectado en 18 muestras agrupadas (30 %; IC95%: 19,2-43,3), tanto en L. fulica como en C. aspersum. Medellín fue el municipio con el mayor número de muestras positivas (33,3 %). El 72,2 % de los lugares positivos reportaron la presencia de roedores. Ninguna de las pruebas fue positiva para A. cantonensis. Conclusión. Estos hallazgos brindan información importante sobre la distribución de Angiostrongylus spp. en Antioquia (Colombia). La identificación de estos nemátodos en L. fulica y C. aspersum resalta el papel potencial de estos caracoles como huéspedes intermediarios en la transmisión de infecciones por Angiostrongylus en el valle de Aburrá, con implicaciones para la salud humana y veterinaria.

Resumen La mastitis bovina es una enfermedad que afecta a las ganaderías de pequeños y medianos productores de los cantones Cayambe y Pedro Moncayo, Provincia de Pichincha-Ecuador. El tratamiento de esta enfermedad resulta complicado debido a la variedad de microorganismos que la provocan. El presente estudio se enfocó en la determinación molecular por medio de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de los agentes etiológicos de la mastitis. Esta técnica presenta múltiples ventajas al reconocer familia, género y especie de microorganismos, y es un método capaz de detectar genes de resistencia de antibióticos, lo que resulta importante al momento de diagnosticar y tratar enfermedades. El objetivo de esta investigación se centró en la identificación de bacterias causantes de la mastitis bovina, utilizando pruebas bioquímicas y moleculares. Las pruebas bioquímicas como tinción Gram, Catalasa, Coagulasa, y Agar Manitol Sal fueron eficientes para obtener cepas puras y determinar el género de algunas bacterias. Se utilizaron primers específicos (RNA16S) para la identificación molecular de 9 agentes etiológicos causantes de la enfermedad en las unidades productivas. Los microorganismos encontrados fueron; Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, la mayoría presentes en mastitis clínica. Para detectar genes de resistencia se utilizaron primers específicos, de los cuales 7 muestras presentaron el gen para resistencia a blaTEM (β-lactámicos) y 6 muestras presentaron el gen para resistencia a tetA (tetraciclinas). Se identificó multirresistencia en las especies: Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

Abstract Bovine mastitis is a disease that affects the farms of small and medium producers in the cantons of Cayambe and Pedro Moncayo, Pichincha Province-Ecuador. Treating this disease is not easy due to the different microorganisms that cause it. This study focused on the molecular determination by means of polymerase chain reaction (PCR) of the etiological agents of mastitis, having multiple advantages when recognizing family, gender and species of microorganisms. It is a method capable of detecting resistance genes of antibiotics, an important analysis when diagnosing and treating diseases. The aim of this research is to identify bacteria causing bovine mastitis by using biochemical and molecular tests. Biochemical tests such as: Gram staining, Catalase, Coagulase, and Mannitol Salt Agar were efficient to obtain pure strains and determine the gender of some bacteria. Specific primers (RNA16S) were used for the molecular identification of 9 etiological agents causing the disease in the productive units. The microorganisms found were Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, mostly present in clinic mastitis. To detect resistance genes, specific primers were used, of which 7 samples presented the gene for resistance to blaTEM (β-lactam) and 6 samples presented the gene for resistance to tetA (tetracyclines). Multi-resistance was identified in the species Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

Resumen Introducción : Los retrasos en el tratamiento anti microbiano adecuado de las bacteriemias prolongan la estadía hospitalaria, aumentan la mortalidad e in crementan los costos. Aún hoy en día se requiere un tiempo considerable para obtener la identificación y antibiograma de los microorganismos en los hemocul tivos positivos. El objetivo fue evaluar el impacto de la implementa ción del panel BCID2 de FilmArray® (FA) sobre el tiempo de inicio de tratamientos antimicrobianos adecuados y sobre los costos potenciales de los mismos. Métodos : Estudio observacional retrospectivo de los hemocultivos positivos de pacientes hospitalizados, procesados por FA y por metodología tradicional. Se evaluaron los cambios de antimicrobianos en base a los resultados del FA. Se calcularon los días de reducción de tratamiento antimicrobiano y el ahorro potencial en el uso de los mismos, teniendo en cuenta también los costos del FA. Resultados : Se analizaron 87 episodios de bacte riemia. En 42 (48.3%) de ellos se desescaló el trata miento a antimicrobianos de menor espectro, en 7 (8%) se escaló a antimicrobianos de mayor espectro, en 8 (9.2%) se cambió el antimicrobiano sin variar el espectro y en 30 (34.5%) no se realizaron cambios con los resultados del FA. Los cambios de antimicrobianos se realizaron en promedio 2.3 días más rápido que con los métodos convencionales. Se calculó un ahorro potencial de US$ 7408. Conclusión : La implementación del panel BCID2 de FilmArray ® permitió adecuar los tratamientos antimi crobianos más rápidamente acortando la duración de los tratamientos empíricos de amplio espectro, lo cual resultó costo-efectivo.

Abstract Introduction : Delay in initiating appropriate anti microbial therapy prolongs hospitalization, increases in-hospital mortality, and raises economic costs. Cur rently, the identification and susceptibility testing of bacteria in positive blood cultures require a considerable amount of time. The objective of this study was to assess the impact of the BCID2 FilmArray® (FA) panel on the timing of appropriate antimicrobial therapy and potential anti microbial costs. Methods : This is a retrospective observational study focused on positive blood cultures in hospitalized pa tients. FA processing was conducted concurrently with routine sample processing. Changes in antibiotic treat ments based on FA results were evaluated, and the re duction in antimicrobial therapy duration and associated cost savings were calculated. Results : Eighty-seven bacteremia episodes were ana lysed. In 42 (48%) of them antimicrobial therapy was de-escalated to narrower spectrum agents, while in 7 (8%) therapy was escalated to broader spectrum anti microbials. Additionally, in 8 (9%) antimicrobials were switched without changing spectrum and in 30 (34%) no changes were made based on FA results. Antimicrobial changes were made 2.3 days faster than with routine sample processing resulting in calculated potential sav ings of US$ 7408. Conclusion : The implementation of FA facilitated a faster administration of appropriate antimicrobial therapy, leading to a reduction in the duration of broad-spectrum empirical antimicrobial therapy and subse quent economic savings.

Resumen: Introducción: El Síndrome de Sjögren (SS) es una enfermedad autoinmune de carácter sistémico, que afecta principalmente al sistema glandular exocrino, generando un funcionamiento anormal de las glándulas lacrimales y salivales. Objetivo: proporcionar una actualización sobre la identificación de nuevos biomarcadores y mecanismos moleculares implicados en la fisiopatogénesis del SS. Método: Revisión narrativa de la literatura en diferentes bases de datos, mediante la búsqueda de términos descritos incluidos en los tesauros MESH y DeCs, para artículos publicados a partir del año 2018. Resultados: presentamos evidencia que destaca la identificación de nuevos biomarcadores y mecanismos implicados en la fisiopatogénesis del SS, describiendo las vías de: linfocitos B, catepsina S, cistatina C, quimioquina C-X3-C modificada de ligando 1, quimiocina regulada por activación del timo, células T, proteína morfogenética ósea 6, estimulación del receptor de oxitocina, receptor de zinc, calponina-3. Conclusión: los avances en la tecnología facilita el análisis detallado de la genética y fisiopatogénesis del SS, impulsando el desarrollo de terapias específicas. La búsqueda de biomarcadores no invasivos responde a las limitaciones de los métodos existentes y la invasividad de las biopsias salivales, prometiendo mejoras diagnósticas y terapéuticas.

Abstract: Introduction: Sjögren's Syndrome (SS) is a systemic autoimmune disease that primarily affects the exocrine glandular system, leading to abnormal lacrimal and salivary gland function. Objective: To provide an update on identifying new biomarkers and molecular mechanisms involved in the pathogenesis of SS. Method: Narrative review of the literature in various databases, searching for terms included in the MESH and DeCs thesauri, for articles published since 2018. Results: We present evidence highlighting the identification of new biomarkers and mechanisms involved in the pathogenesis of SS, describing pathways of B lymphocytes, cathepsin S, cystatin C, modified C-X3-C chemokine ligand 1, thymus activation-regulated chemokine, T cells, bone morphogenetic protein 6, oxytocin receptor stimulation, zinc receptor, and calponin-3. Conclusion: Advances in technology facilitate detailed analysis of the genetics and pathogenesis of SS, driving the development of specific therapies. The search for non-invasive biomarkers is driven by the limitations of existing methods and the invasiveness of salivary gland biopsies, promising diagnostic and therapeutic improvements.

RESUMEN Las investigaciones sobre cianobacterias bentónicas en reservorios de alta montaña en regiones tropicales aún son limitadas, debido a su complejidad y vacíos de conocimiento en relación con su ecología. Este estudio tuvo como objetivo explorar la composición, diversidad y potencial tóxico de estas cianobacterias en sedimentos superiores de dos embalses colombianos, empleando múltiples metodologías, como experimentos de germinación para evaluar su presencia y viabilidad en sedimentos, ensayos de ELISA competitivo para cuantificar toxinas en cultivo, análisis de Unidades Taxonómicas Operativas (OTUs) a partir de submuestras de los cultivos para evaluar su diversidad y riqueza entre los diferentes phylum procarióticos, y análisis filogenético de cianobacterias cultivables. Se confirmó la presencia de poblaciones viables de cianobacterias en los sedimentos mediante mediciones de clorofila-a y la identificación microscópica demostró su capacidad de crecimiento en condiciones controladas de laboratorio. A pesar de los bajos niveles de microcistina en cultivo, la detección previa de genes mcy en muestras directas de sedimento, sugiere un potencial tóxico en las cianobacterias presentes. El análisis de la comunidad reveló una notable diversidad microbiana en los sedimentos de ambos embalses, con una mayor abundancia relativa de cianobacterias en comparación con otros phylum procarióticos. Estos hallazgos respaldan la hipótesis de que los sedimentos superficiales desempeñan un papel fundamental como depósito de cianobacterias que pueden plantear riesgos inherentes a la salud del ecosistema. En conclusión, esta investigación subraya la necesidad de realizar más estudios para lograr una comprensión holística de la dinámica de las cianobacterias bentónicas en reservorios tropicales de alta montaña.

ABSTRACT Benthic cyanobacteria research in high mountain reservoirs remains limited, mainly due to their complexity and knowledge gaps that persist in relation to their ecology in tropical regions. This study aimed to explore the composition, diversity, and toxic potential of cyanobacterial in the upper sediment of two Colombian reservoirs. Our investigation involved multiple methodologies, such as germination experiments, that allowed us to assess the presence and viability of cyanobacteria in upper sediment samples, while the competitive ELISA assay allowed for the quantification of toxins within the cultures. The molecular analysis of Operational Taxonomic Units (OTUs) from subsamples of sediment cultures focused on evaluating cyanobacterial diversity and richness among prokaryotic phyla, and the Phylogenetic analysis of culturable cyanobacteria. Chlorophyll-a measurements confirmed the presence of viable populations in sediment cultures, while microscopic identification demonstrated the growth capacity of cyanobacteria from the orders Nostocales, Chroococcales, Oscillatoriales, and Synechococcales under controlled laboratory conditions. Despite low microcystin levels in culture, the prior detection of mcy genes in direct sediment samples suggests a possible toxic potential of cyanobacterial inhabiting the upper sediments. Community analysis, based on the OTUs abundance, revealed a notably diverse microbial community in both reservoir sediments, with a higher relative abundance of cyanobacteria compared to other prokaryotic phyla. These findings support the hypothesis that surface sediments play a fundamental role as a repository for cyanobacteria that may pose inherent risks to ecosystem health. In conclusion, this research underscores the necessity of further studies to achieve a holistic comprehension of benthic cyanobacteria dynamics in high-mountain tropical reservoirs.

Abstract Introduction: Staphylococcus aureus is a Gram-positive bacterium producing staphylococcal enterotoxins, responsible worldwide for outbreaks of staphylococcal poisoning. Objective: To determine the genotypification and prevalence of enterotoxigenic Staphylococcus aureus type B, C, D, and E in nasopharyngeal smears of food-handlers. Material and method: Nasopharyngeal samples were obtained of 100 food-handlers from food services of Chillán city, after signing informed consent, the samples were transported to 4 ° C, and then inoculated for 48 hours at 37 ° C in Baird Parker Agar plates. After the confirmatory tests of catalase and coagulase for Staphylococcus aureus, DNA extraction and subsequent molecular identification of enterotoxin type B, C, D, and E were performed by means of conventional PCR amplification. Results: The 38% of the sample was positive by Staphylococcus aureus. Of the total carriers of the bacteria, it was identified that 28.9% produced enterotoxin type B and 7.9% produced type E enterotoxin, of this 2.6% were producers of both enterotoxins. The presence of enterotoxins C and D was not detected by PCR. Conclusions: The 38% of 100 the food-handlers studied carry Staphylococcus aureus, and 36,8% of them produce enterotoxins B and E, representing 14% of the total group of study. Our observation suggests the necessity of strict protocols of food manipulation to prevent contamination of food with S. aureus.

Resumen Introducción: Staphylococcus aureus es una bacteria Gram positiva productora enterotoxinas estafilocócicas, responsables a nivel mundial de brotes por intoxicación estafilocócica. Objetivo: Determinar la genotipificación y prevalencia de Staphylococcus aureus enterotoxigénico tipo B, C, D y E en frotis nasofaríngeos de manipuladores de alimentos de Chile. Material y método: Este estudio se realizó en una muestra de 100 manipuladores de alimentos de servicios de alimentación de Chillán. Realizando en una primera etapa, previa firma de consentimiento informado, muestreo nasofaríngeo en los lugares de trabajo. Las muestras se trasladaron a 4°C, para luego ser inoculadas por 48 horas a 37 °C en placas Agar Baird Parker. Posterior a las pruebas confirmativas de catalasa y coagulasa para Staphylococcus aureus, se realizó extracción de ADN y posterior identificación molecular de enterotoxina tipo B, C, D y E, mediante la amplificación por PCR convencional. Resultados: El 38% de la muestra estaba colonizada por Staphylococcus aureus. Del total de portadores de la bacteria se identificó que el 28,9% producían la enterotoxina tipo B y el 7,9% producían la enterotoxina tipo E, de estos un 2,6% era productor de ambas enterotoxinas. No se detectó presencia de las enterotoxinas C y D. Conclusiones: El 38% de los 100 manipuladores de alimentos de servicios de alimentación estudiados es portador de Staphylococcus aureus, y 36,8% de estos producen enterotoxinas B y E, representando un 14% del grupo total de estudio.

Resumen: Los asfaltenos son mezclas ultracomplejas que impactan negativamente la refinación, producción y transporte del petróleo. El interés en su estudio abarca desde su caracterización para definir su estructura molecular, hasta la comprensión de su comportamiento interfacial. Los asfaltenos presentan una gran diversidad de grupos funcionales y diferentes tipos de asociaciones como las de tipo no covalentes, enlaces de hidrógeno, complejo de coordinación e interacciones entre núcleos aromáticos paralelos. El objetivo de este trabajo fue analizar la composición presente en asfaltenos extraídos de crudos pesados y extrapesados mediante espectroscopía derivada. Se prepararon soluciones de asfaltenos en el rango de concentración de 20 mg/L a 100 mg/L y se analizaron con espectroscopía UV-Vis. La selección de los espectros de orden cero para el procesamiento se realizó con base en la nitidez presente. Los espectros fueron procesados con OriginPro 8.5, para la obtención de espectros derivados de primer y segundo orden. El procesamiento de los espectros de orden cero fue realizado con los filtros Savitsky-Golay y transformada rápida de Fourier (FFT). Los espectros derivados obtenidos presentaron señales nítidas con presencia de poco ruido, lo que hizo posible la identificación de grupos funcionales aromáticos, de 1 a 4 anillos en el rango de longitudes onda de 200 nm a 450 nm. El uso de filtros mejoró la calidad de las señales y permitió la identificación de componentes y estructuras presentes en asfaltenos. El filtro de Savitsky-Golay incrementó la resolución de los espectros derivados de asfaltenos extraídos de crudos pesados y el filtro FFT de asfaltenos de crudos extrapesados. Se observaron diferencias morfológicas entre los asfaltenos extraídos de crudos pesados y extrapesados mediante SEM, que pueden ser relacionadas con la composición y estructuras aromáticas presentes en asfaltenos.

Abstract: Asphaltenes are ultra-complex mixtures that negatively impact oil refining, production and transportation. The interest in its study ranges from its characterization to define its molecular structure, to the understanding of its interfacial behavior. Asphaltenes present a great diversity of functional groups and different types of associations such as non-covalent ones, hydrogen bonds, coordination complexes and interactions between parallel aromatic nuclei. The objective of this work was to analyze the composition present in asphaltenes extracted from heavy and extra-heavy crude oils using derivative spectroscopy. Asphaltene solutions were prepared in the concentration range of 20 mg/L to 100 mg/L and analyzed with UV-Vis spectroscopy. The selection of zero-order spectra for processing was made based on the sharpness present. The spectra were subsequently processed with OriginPro 8.5, to obtain first and second-order derived spectra. The processing of the zero order spectra was performed with the Savitsky-Golay and Fast Fourier transform (FFT) filters. The derived spectra obtained presented clear signals with the presence of little noise, which made possible the identification of aromatic functional groups, from 1 to 4 rings in the wavelength range of 200 nm to 450 nm. The use of filters improved the quality of the signals and allowed the identification of components and structures present in asphaltenes. The Savitsky-Golay filter increased the resolution of the spectra derived from asphaltenes extracted from heavy crude oils and the FFT filter increased the asphaltenes extracted from heavy crude oils. Morphological differences between asphaltenes extracted from heavy and extra-heavy crude oils were observed by SEM, which maybe related to the composition and aromatic structures present in asphaltenes.

Abstract A 9-year-old gelding presented a corneal ulcer unresponsive to treatment in his right eye. The trauma was caused by vegetal material. The ophthalmologic exam revealed paraxial corneal opacity, whitish discharge, peripheral oedema, congestion of conjunctival vessels and corneal angiogenesis. Microscopic examination of smears revealed the presence of neutrophils and fungal hyphae. On day 3 of culture, several small white fluffy colonies that rapidly turned to pale green were detected. These colonies were isolated to study their micro and macromorphology. Microscopic examination revealed the presence of colourless, thick-walled, roughened conidiophores, ranging from 340 to 1650 µm in length, with globose to sub-globose vesicles, ranging from 22 to 48 µm in diameter. Vesicles had one or two series of phialides. Conidia were globose, olive-green with slightly rough, thin walls that ranged from 3 to 7 µm in diameter. Molecular identification was also performed. Both techniques confirmed the presence of Aspergillus flavus complex. Topical treatment with natamycin resulted in healing within 10 days. To our knowledge, this is the first case of equine keratomycosis reported in Argentina.

Resumen Un equino castrado de 9 años presentó una úlcera corneal en el ojo derecho, sin respuesta al tratamiento. El trauma fue causado por material vegetal. El examen oftalmológico reveló opacidad corneal paraxial cubierta por una descarga blanquecina y edema periférico, asociado a congestión de vasos conjuntivales y angiogénesis corneal. El examen microscópico reveló la presencia de neutrófilos e hifas fúngicas. Al tercer día de cultivo se detectaron varias colonias blancas que se tornaron de color verde pálido. El examen microscópico de estos aislamientos reveló la presencia de conidióforos incoloros, rugosos y de paredes gruesas, de entre 340 y 1650 µm de longitud, con vesículas globosas a subglobosas, de entre 22 y 48 µm de diámetro. Las vesículas tenían una o dos series de fiálides. Los conidios eran globosos, de color verde oliva con paredes delgadas y ligeramente rugosas que oscilaban entre 3 y 7 µm de diámetro. También se realizó la identificación molecular. Ambas técnicas confirmaron la presencia del complejo Aspergillus flavus. El uso tópico de natamicina resultó efectivo en la resolución de la lesión. Hasta donde sabemos, este es el primer caso de queratomicosis equina reportado en Argentina.

Abstract The objective of this research was to identify bacteria present in the microbiota of dentinal carious lesions in primary molars of some Costa Rican pediatric patients. Data were collected from 15 children aged between 4 and 8 years old who attended the Pediatric Dentistry Clinic at the Faculty of Dentistry from the University of Costa Rica (UCR). The inclusion criteria were: infants between 4 and 8 years old who presented cavitated carious lesions in primary teeth, who were actively attended by students at the Faculty of Dentistry from the UCR, and whose parents or legal guardians signed the informed consent to participate in this research. Samples were taken using a sterile spoon, placed in storage vials, and subjected to various conventional and molecular microbial identification techniques, such as Gram stain identification, catalase tests, oxidase, TSI, API 20E, API STAPH, and VITEK 2. Of the 60 bacterial strains subjected to Gram staining, the following was obtained: 28 Gram-positive bacteria and 32 Gram-negative bacteria. The main isolated organisms were species of Staphylococcus epidermidis, Pasteurella pneumotropica/Mannheimia haemolytica, Pantoea spp, and Streptococcus mutans.

Resumen El objetivo de esta investigación fue identificar las bacterias presentes en la microbiota de lesiones cariosas dentinales en molares primarias de pacientes pediátricos costarricenses. Las muestras fueron recolectadas de 15 niños entre los 4 y 8 años que fueron atendidos en la Clínica de Odontopediatría en la Facultad de Odontología de la Universidad de Costa Rica (UCR). Los criterios de inclusión fueron: pacientes entre los 4 y los 8 años de edad que presentaran lesiones cariosas cavitadas en dientes primarios, que se encuentraran activos para su atención por estudiantes de la Facultad de Odontología de la UCR, y que los padres o encargados legales firmaran el consentimiento informado para participar en esta investigación. Las muestras se tomaron utilizando una cuchareta estéril, colocándolas en viales de almacenamiento y fueron sometidas a diversas técnicas de identificación microbiana convencionales y moleculares tales como: identificación por Tinción de Gram, pruebas catalasa, oxidasa, TSI, API 20E, API STAPH y VITEK. De las 60 cepas bacterianas sometidas a tinción de Gram se obtuvo: 28 bacterias Gram Positivas y 32 bacterias Gram Negativas. Los principales organismos aislados fueron: especies de Staphylococcus epidermidis, Pasteurella pneumotropica/ Mannheimia haemolytica, Pantoea spp y Streptococcus mutans.

Abstract Mexico’s cheese artisanal production is similar or higher than industrial production, approximately 100 L cow’s milk are used to made 10 Kg of cheese and 90 L of whey, that could be considered like an environmentally harmful by product because it has a high content of organic matter that promotes the growth and development of Enterococcus. In this study, Enterococcus strains were identified in whey from four locations of Puebla. Bacterial gram positive were isolated, furthermore their metabolism shown negative catalase, growth at different temperature (10, 40 and 45 °C), pH values (9.2 and 9.6) and NaCl concentrations (4 and 6.5%). Endpoint PCR tests were made to confirm detection of Enterococcus faecium (19 strains) and Enterococcus faecalis (six strains) in whey from three locations, these results suggest that a better sanitary control of whey is necessary to avoid the proliferation of potentially pathogenic microorganisms.

Resumen La producción de queso artesanal en México iguala o supera a la producción formal, aproximadamente por cada 100 L de leche de bovino se obtienen 10 kg de queso y 90 L de lactosuero, este residuo es considerado como contaminante por su alta carga orgánica que además favorece el desarrollo de Enterococcus. En este trabajo se identificaron Enterococcus en muestras de lactosuero de cuatro localidades en Puebla. Se aislaron bacterias Gram positivas, catalasas negativas, con capacidad para crecer a diferentes temperaturas (10, 40 y 45 °C), valores de pH (9.2 y 9.6), y concentración de NaCl (4 y 6.5%). Se hicieron pruebas de PCR de punto final para confirmar la detección de Enterococcus faecium (19 cepas) y Enterococcus faecalis (seis cepas) en lactosuero de tres localidades, estos resultados sugieren que es necesario una mejor vigilancia sanitaria del lactosuero, para evitar la proliferación de microorganismos potencialmente patógenos.

ABSTRACT: The aim of this research was to isolate and characterize bacteria from rice crop soils to determine their prospective biotechnological potential. Therefore, seven morphologically different bacteria were isolated and their physiological characteristics, antimicrobial sensitivity and ability to degrade different substrates were determined. The bacteria grew optimally between 20 and 37 °C, at pH between 5.0 and 10.0. Regarding antimicrobial sensitivity profiles; one, three, one, one, one and one strain showed resistance to 11, 12, 8, 7 and 4 antimicrobials, respectively. Molecular identification was performed by amplification and sequencing of the 16S ribosomal genes, obtaining similarity with the genera Acinetobacter, Bacillus, Staphylococcus, Comamonas and Aeromonas. The bacteria, according to their hydrolytic activity, formed five groups: three degraded gelatin, skim milk, casein, olive oil, starch, cellulose, pectin, and tributyrin; one, olive oil and tributyrin; one, gelatin, skim milk, olive oil and tributyrin; one, gelatin, olive oil, starch, tributyrin; and one, gelatin, skim milk, casein, olive oil and tributyrin. The isolated bacteria show great potential as inoculants for the enrichment and bioremediation of agricultural soils.

RESUMEN: El objetivo de la presente investigación fue aislar y caracterizar bacterias provenientes de suelos de cultivos de arroz para determinar su potencial biotecnológico prospectivo. Para ello, se recolectaron suelos de cultivos de arrozales del distrito de Rioja, Región de San Martín, aislaron siete bacterias morfológicamente diferentes y determinaron sus características fisiológicas, sensibilidad antimicrobiana y capacidad de degradar diferentes sustratos. Las bacterias crecieron óptimamente entre 20 y 37 °C, a pH entre 5,0 y 10,0. Respecto a los perfiles de sensibilidad antimicrobiana; una, tres, una, una y una cepa presentaron resistencia a 11, 12, 8, 7 y 4 antimicrobianos, respectivamente. La identificación molecular se realizó mediante la amplificación y secuenciación de los genes ribosómicos 16S, obteniendo similitud con los géneros Acinetobacter, Bacillus, Staphylococcus, Comamonas y Aeromonas. Las bacterias, según su actividad hidrolítica, formaron cinco grupos: tres degradaron gelatina, leche descremada, caseína, aceite de oliva, almidón, celulosa, pectina, y tributirina; una, aceite de oliva y tributirina; otra, gelatina, leche descremada, aceite de oliva y tributirina; una, gelatina, aceite de oliva, almidón, tributirina; y una, gelatina, leche descremada, caseína, aceite de oliva y tributirina. Las bacterias aisladas presentan gran potencial como inoculantes para el enriquecimiento y la biorremediación de suelos agrícolas.

Abstract Introduction: Molecular divergence thresholds have been proposed to distinguish recently separated evolutive units, often displaying more accurate putative species assignments in taxonomic research compared to traditional morphological approaches. This makes DNA barcoding an attractive identification tool for a variety of marine invertebrates, especially for cryptic species complexes. Although GenBank and the Barcode of Life Data System (BOLD) are the major sequence repositories worldwide, very few have tested their performance in the identification of echinoderm sequences. Objective: We use COI echinoderm sequences from local samples and the molecular identification platforms from GenBank and BOLD, in order to test their accuracy and reliability in the DNA barcoding identification for Central American shallow water echinoderms, at genus and species level. Methods: We conducted sampling, tissue extraction, COI amplification, sequencing, and taxonomic identification for 475 specimens. The 348 obtained sequences were individually enquired with BLAST in GenBank as well as using the Identification System (IDS) in BOLD. Query sequences were classified depending on the best match result. McNemar’s chi-squared, Kruskal-Wallis’s and Mann-Whitney’s U tests were performed to prove differences between the results from both databases. Additionally, we recorded an updated list of species reported for the shallow waters of the Central American Pacific. Results: We found 324 echinoderm species reported for Central American Pacific shallow waters. Only 118 and 110 were present in GenBank and BOLD databases respectively. We proposed 325 solved morphology-based identities and 21 provisional identifications in 50 putative taxa. GenBank retrieved 348 molecular-based identifications in 58 species, including twelve provisional identifications in tree taxa. BOLD recovered 170 COI identifications in 23 species with one provisional identification. Nevertheless, 178 sequences retrieved unmatched terms (in 34 morphology-based taxa). Only 86 sequences (25 %) were retrieved as correct identifications and 128 (37 %) as identification errors in both platforms. We include 84 sequences for eleven species not represented in GenBank and 65 sequences for ten species in BOLD Echinoderm COI databases. The identification accuracy using BLAST (175 correct and 152 incorrect identifications) was greater than with IDS engine (110 correct and 218 identification errors), therefore GenBank outperforms BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusions: Additional echinoderm sample references are needed to improve the utility of the evaluated DNA barcoding identification tools. Identification discordances in both databases may obey specific parameters used in each search algorithm engine and the available sequences. We recommend the use of barcoding as a complementary identification source for Central American Pacific shallow water echinoderm species.

Resumen Introducción: Se han propuesto los umbrales de divergencia molecular para distinguir unidades evolutivas recientemente separadas, que a menudo muestran asignaciones de especies putativas más precisas en la investigación taxonómica en comparación con los enfoques morfológicos tradicionales. Esto hace que los Códigos de Barras de ADN sean una herramienta de identificación atractiva para una variedad de invertebrados marinos, especialmente para complejos de especies crípticas. Aunque GenBank y Barcode of Life Data System (BOLD) son los principales repositorios de secuencias en todo el mundo, muy pocos han probado su desempeño en la identificación de secuencias de equinodermos. Objetivo: Utilizamos secuencias de equinodermos COI de muestras locales y las plataformas de identificación molecular de GenBank y BOLD, para probar su precisión y confiabilidad en la implementación de códigos de barras de ADN para equinodermos de aguas someras de Centroamérica, a nivel de género y especie. Métodos: Realizamos muestreo, extracción de tejido, amplificación de COI, secuenciación e identificación taxonómica de 475 especímenes. Las 348 secuencias obtenidas fueron consultadas individualmente con BLAST en GenBank así como utilizando el Sistema de Identificación (IDS) en BOLD. Las secuencias consultadas se clasificaron según el mejor resultado de coincidencia. Se realizaron las pruebas chi-cuadrado de McNemar, Kruskal-Wallis y U de Mann-Whitney para comprobar diferencias entre los resultados de ambas bases de datos. Además, registramos una lista actualizada de especies reportadas para las aguas someras del Pacífico Centroamericano. Resultados: Encontramos 324 especies de equinodermos reportadas para aguas someras (< 200 m) del Pacífico centroamericano. Sólo 118 y 110 estaban presentes en las bases de datos GenBank y BOLD respectivamente. Propusimos 325 identidades resueltas basadas en morfología y 21 identificaciones provisionales en 50 taxones putativos. GenBank recuperó 348 identificaciones de base molecular en 58 especies, incluidas doce identificaciones provisionales en tres taxones. BOLD recuperó 170 identificaciones de COI en 23 especies con una identificación provisional. Sin embargo, 178 secuencias recuperaron términos no coincidentes (en 34 taxones basados en morfología). Sólo 86 secuencias (25 %) se recuperaron como identificaciones correctas y 128 (37 %) como errores de identificación en ambas plataformas. Incluimos 84 secuencias para once especies no representadas en GenBank y 65 secuencias para diez especies ausentes en las bases de datos BOLD Echinoderm COI. La precisión de la identificación usando BLAST (175 identificaciones correctas y 152 incorrectas) fue mayor que con el motor IDS (110 correctas y 218 errores de identificación), por lo tanto, GenBank supera a BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusiones: Se necesitan muestras adicionales de equinodermos de referencia para mejorar la utilidad de las herramientas de identificación de códigos de barras de ADN evaluadas. Las discordancias de identificación en ambas bases de datos pueden obedecer a parámetros específicos utilizados en cada algoritmo de búsqueda y a las secuencias disponibles. Recomendamos el uso de códigos de barras como fuente de identificación complementaria para las especies de equinodermos de aguas someras del Pacífico centroamericano.

Abstract Introduction: Echinoderms, an integral component of marine ecosystems worldwide, have captivated scientific interest for centuries. Despite this longstanding attention, comprehending key facets such as trophic relationships, diet composition, and host-microbiota relationships still represents a challenge using traditional techniques. Recent years, however, have witnessed a transformative shift, thanks to the emergence of advanced molecular techniques, offering new approaches to strengthen ecological studies in echinoderms. Objective: Explore how recent advancements in molecular tools have impacted ecological research on echinoderms. Specifically, we aim to investigate the potential of these tools to shed light on trophic interactions, diet composition, and the characterization of gut microbial communities in these organisms. Methods: Available literature was used to clarify how novel molecular techniques can improve ecological studies. The focus is diet, trophic relationships, and gut microbiota. Results: Traditionally, studies of stomach contents using compound microscopy have provided an idea of ingested material; nevertheless, sometimes a simple magnified visualization of dietary content does not allow exhaustive identification of the entire food spectrum, as it is limited due to the rapid digestion and maceration of food items within the echinoderm’s digestive tract. The use of DNA-metabarcoding, targeting specific DNA regions, such as the mitochondrial COI gene, has allowed us to enhance the accuracy and precision of diet characterization by enabling the identification of prey items down to the species or even genetic variant level, providing valuable insights into specific dietary preferences. Another approach is the use of stable isotopes, particularly carbon and nitrogen, which provide a powerful tool to trace the origin and flow of nutrients through food webs. By analyzing the isotopic signatures in muscular tissues and food items, we can discern the sources of their primary food items and gain insights into their trophic position within the ecosystem. Lastly, a third new technique used to elucidate the characterization of the prokaryotic community is 16S rRNA sequencing. This method allows us to explore the composition and dynamics of the digestive tract microbial communities. Conclusions: This is a promising era for ecological research on echinoderms, where advances of molecular tools have enabled an unprecedented level of detail, resolving longstanding challenges in comprehending their trophic interactions, diet composition, and host-microbiota relationships, and opening new avenues of investigation in ecological studies.

Resumen Introducción: Los equinodermos, un componente integral de los ecosistemas marinos en todo el mundo, han captado el interés científico durante siglos. A pesar de esta prolongada atención, el comprender facetas clave como las relaciones tróficas, la composición de la dieta y las relaciones huésped-microbiota todavía representa un desafío utilizando técnicas tradicionales. Sin embargo, los últimos años han sido testigos de un cambio transformador, gracias a la aparición de técnicas moleculares avanzadas, que ofrecen nuevos enfoques para fortalecer los estudios ecológicos en equinodermos. Objetivo: Explorar cómo los avances recientes en herramientas moleculares han impactado la investigación ecológica sobre equinodermos. Específicamente, nuestro objetivo es investigar el potencial de estas herramientas para arrojar luz sobre las interacciones tróficas, la composición de la dieta y la caracterización de las comunidades microbianas intestinales en estos organismos. Métodos: Se utilizó la literatura disponible para aclarar cómo las nuevas técnicas moleculares pueden mejorar los estudios ecológicos. La atención se centra en la dieta, las relaciones tróficas y la microbiota intestinal. Resultados: Tradicionalmente, los estudios del contenido estomacal mediante microscopía compuesta han proporcionado una idea del material ingerido; Sin embargo, a veces una simple visualización ampliada del contenido dietético no permite una identificación exhaustiva de todo el espectro alimentario, ya que está limitado debido a la rápida digestión y maceración de los alimentos dentro del tracto digestivo del equinodermo. El uso de metabarcoding de ADN, dirigidos a regiones específicas del ADN, como el gen COI mitocondrial, nos ha permitido mejorar la exactitud y precisión de la caracterización de la dieta al permitir la identificación de presas hasta el nivel de especie o incluso de variante genética, lo que proporciona valiosos resultados sobre preferencias dietéticas específicas. Otro enfoque es el uso de isótopos estables, en particular carbono y nitrógeno, que proporcionan una poderosa herramienta para rastrear el origen y el flujo de nutrientes a través de las redes alimentarias. Al analizar las firmas isotópicas en los tejidos musculares y los alimentos, podemos discernir las fuentes de sus alimentos primarios y obtener información sobre su posición trófica dentro del ecosistema. Por último, una tercera técnica nueva utilizada para dilucidar la caracterización de la comunidad procariótica es la secuenciación del ARNr 16S. Este método nos permite explorar la composición y dinámica de las comunidades microbianas del tracto digestivo. Conclusiones: Esta es una era prometedora para la investigación ecológica sobre equinodermos, donde los avances de las herramientas moleculares han permitido un nivel de detalle sin precedentes, resolviendo desafíos de larga data en la comprensión de sus interacciones tróficas, composición de la dieta y relaciones huésped-microbiota, y abriendo nuevas vías de investigación. en estudios ecológicos.

RESUMEN Introducción: El desarrollo de vacunas seguras y eficaces contra el SARS-CoV-2 supuso un enorme reto para enfrentar la pandemia de la COVID-19. La aparición de nuevas variantes del SARS-CoV-2 representa un reto en la evaluación de la efectividad de las vacunas, diferentes candidatos vacunales y terapéuticos desarrollados por la comunidad científica. Objetivos: Caracterizar la diversidad genética de aislamientos virales cubanos en el periodo comprendido entre junio de 2020 y diciembre de 2022. Métodos: Se obtuvo el ARN de SARS-CoV-2 de 27 aislamientos a partir de sobrenadante de cultivo celular y se secuenció el gen S. Las secuencias generadas se emplearon para la identificación y posterior caracterización molecular de las variantes genéticas del virus mediante análisis filogenético y el uso de las herramientas disponibles en la base de datos GISEAD. Resultados: Las variantes detectadas en los aislamientos cubanos de SARS-CoV-2 estudiados se correspondieron a las identificadas en los estudios de vigilancia genómica realizados en las diferentes etapas pandémicas de la COVID-19 en Cuba. El 33,3 % de los aislamientos secuenciados correspondieron a los diferentes linajes de la variante Ómicron, seguido de la variante Beta B 1.351 (29,6 %), otros linajes de SARS-CoV-2 (25,9 %), Alfa B 1.1.7 (7,4 %) y Delta B.1.575 (3,7 %). Se detectó la mutación D614G en todos los aislamientos de SARS-CoV-2 estudiados. Conclusiones: La caracterización molecular de los aislamientos cubanos de SARS-CoV-2 tiene una elevada diversidad genética. Posibilita evaluar in vitro e in vivo los candidatos vacunales y agentes terapéuticos desarrollados por la industria biofarmacéutica cubana.

ABSTRACT Introduction: The development of safe and effective vaccines against SARS-CoV-2 posed a huge challenge to face the COVID-19 pandemic. The appearance of new variants of SARS-CoV-2 represents a challenge in evaluating the effectiveness of vaccines, different vaccine and therapeutic candidates developed by the scientific community. Objectives: Characterize and analyze the genetic diversity of Cuban viral isolates, in the period between June 2020 and December 2022. Methods: SARS-CoV-2 RNA was obtained from 27 isolates from cell culture supernatant and the S gene was sequenced. The generated sequences were used for the identification and subsequent molecular characterization of the genetic variants of the virus through phylogenetic analysis and the use of the tools available in the GISEAD database. Results: The variants detected in the Cuban SARS-CoV-2 isolates corresponded to those identified in the genomic surveillance studies carried out in the different stages of the COVID-19 pandemic in Cuba. 33.3% of the sequenced isolates corresponded to the different lineages of the Omicron variant, followed by Beta B 1.351 (29.6%), other SARS-CoV-2 lineages (25.9%), Alpha B 1.1.7 (7.4%) and Delta B.1.575 (3.7%). The D614G mutation was detected in all SARS-CoV-2 isolates studied. Conclusions: The molecular characterization of the Cuban isolates of SARS-CoV-2 has a high genetic diversity. It makes it possible to evaluate in vitro and in vivo vaccine candidates and therapeutic agents developed by the Cuban biopharmaceutical industry.