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ABSTRACT Introduction: the dissemination of Gram-negative bacteria resistant to carbapenems represents an important cause of morbidity and mortality, being a growing threat to public health and of great concern worldwide. Although resistance to carbapenems can be due to several mechanisms, the most relevant, clinically and epidemiologically, is enzyme production. The goals of this study were to phenotypically and genotypically characterize carbapenemases produced by clinically important Gram-negative bacilli (GNB) isolated in hospitals in Paraguay in 2022 and evaluate the susceptibility to colistin. Methodology: retrospective study, carried out on 1226 GNB strains sent to the Central Laboratory during 2022 for phenotypic and genotypic characterization. Identification studies were performed out by conventional methods, susceptibility to colistin by microdilution in broth, and molecular studies for the confirmation of resistance genes. Results: in total, of 1226 GNB isolates, 629 (51 %) were confirmed as non-carbohydrate-fermenting GNB (89 % Acinetobacter spp.) and 597 (49 %) as carbohydrate-fermenting GNB (74 % Klebsiella pneumoniae). Carbapenemases OXA-23 (94.9 %), NDM (3.1 %), OXA-23+NDM (1.8 %) and OXA-23+NDM+OXA-58 (0.2 %) were confirmed in Acinetobacter baumannii; in K. pneumoniae: NDM (84.5 %), KPC (11.7 %), KPC+NDM (3.7 %) and NDM+OXA-48like (0.2 %); and in P. aeruginosa the prevalent was NDM (50.9 %). Colistin-associated resistance was found mainly in K. pneumoniae (24%). Conclusions: in our country the circulation of carbapenemase-producing bacteria is endemic. The co-production of these enzymes is confirmed. NDM is prevalent in Enterobacterales and P. aeruginosa, and OXA-23 in A. baumannii. The high resistance associated with colistin in K. pneumoniae makes it imperative to have new, more effective antimicrobials for the treatment of infections.

RESUMEN Introducción: la diseminación de bacterias gramnegativas resistentes a carbapenémicos representa una causa importante de morbi-mortalidad, siendo una amenaza creciente para la salud pública y de gran preocupación en el mundo. Aunque la resistencia a carbapenémicos puede ser debida a varios mecanismos, el más relevante, clínica y epidemiológicamente, es por producción de enzimas. Objetivos: caracterizar fenotípica y genotípicamente carbapenemasas producidas por bacilos gramnegativos de importancia clínica aislados en hospitales de Paraguay en el año 2022 y evaluar la susceptibilidad a colistina. Metodología: estudio multicéntrico, retrospectivo, realizado en 1226 cepas remitidas al Laboratorio Central durante el año 2022 para su caracterización fenotípica y genotípica. Fueron realizados estudios de identificación (métodos convencionales), susceptibilidad a colistina (microdilución en caldo), y de confirmación de genes de resistencia (moleculares). Resultados: de las 1226 cepas estudiadas, 629 (51 %) correspondieron a no fermentadores (89 % Acinetobacter spp.) y 597 (49 %) a fermentadores (74 % Klebsiella pneumoniae). Las carbapenemasas confirmadas en A. baumannii fueron: OXA-23(94,9 %), NDM (3,1 %), OXA-23 + NDM (1,8 %) y OXA-23+NDM+OXA-58 (0,2 %); en K. pneumoniae: NDM (84,5 %), KPC (11,7 %), KPC+NDM (3,7 %) y NDM+OXA-48like (0,2 %); y en P. aeruginosa la prevalente fue NDM (50,9 %). La resistencia asociada a colistina, fue encontrada principalmente en K. pneumoniae (24 %). Conclusión: en nuestro país es endémica la circulación de bacterias productoras de carbapenemasa. La coproducción de estas enzimas está confirmada. NDM es la prevalente en Enterobacterales y P. aeruginosa y OXA-23 en A. baumannii. La alta resistencia asociada a colistina en K. pneumoniae hace imperiosa la necesidad de contar con nuevos antimicrobianos más efectivos para el tratamiento de las infecciones.

https://doi.org/10.18004/rdn2025.e1700106

First report of bacteria associated with soft rot in yellow pitahaya (Selenicereus megalanthus haw.) in Colombia crops
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Lizarazo-Forero, Luz Marina

; Másmela-Mendoza, Julián Esteban

Revista Facultad Nacional de Agronomía Medellín

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Dic 2024, Volumen 77 Nº 3 Paginas 10797 - 10809

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

RESUMEN Colombia es el noveno productor de pitahaya amarilla en el mundo y el Departamento de Boyacá es el mayor productor con 440 hectáreas plantadas. Los fitopatógenos bacterianos pueden causar pérdidas de frutos de pitahaya y bajos rendimientos al producir la pudrición blanda de los tallos. El objetivo de esta investigación fue estudiar e identificar posibles agentes de enfermedades bacterianas de la pitahaya en Boyacá, Colombia. Trece (13) fincas de la región fueron seleccionadas para la toma de 20 muestras mediante un muestreo dirigido y al azar de tejidos de tallo y frutos con síntomas de pudrición blanda en estadios iniciales de la enfermedad. Se realizó un proceso de aislamiento microbiológico, identificación bioquímica y taxonómica molecular de las bacterias aisladas. Las secuencias del gen ARNr 16s de la región V2-V5 fueron editadas mediante la eliminación de los primers, ensamblaje y obtención de la secuencia consenso de los primers 1100R-337F y 800R -518F. El análisis filogenético fue hecho por BLAST en el NCBI, por las herramientas "Classifier" y "SeqMatch", del sitio Web del RDP y se realizaron árboles filogenéticos mediante alineamiento múltiple usando el algoritmo MUSCLE y el método de distancias de Tamura Nei. Se registraron signos como ampollas y fluidos mucilaginosos, síntomas como manchas cloróticas amarillas y marrones, pudrición blanda y licuefacción, y se reportaron posibles vectores como moscas y hormigas. Veinticinco (25) morfotipos de bacterias fueron clasificados en 4 filos, 8 familias y 13 géneros. El análisis de las secuencias del gen ARNr 16S de las cepas bacterianas mostró una identidad del 98 al 100% con Enterobacter cloacae, Pectobacterium carotovora y Paenibacillus glucanolyticus, reportados en otros estudios como causantes de la pudrición blanda del tallo y fruto de pitahaya. Se reportaron nuevas especies como posibles bacterias patógenas de pitahaya: Pantoea cypripedii, Kluyvera intermedia y Klebsiella oxytoca. Los ensayos de infectividad no arrojaron resultados positivos. La microbiota identificada en los estadios de la fase necrotrofa o final de la pudrición blanda del tallo podría estar conformada por los géneros Achromobacter, Sphingobacterium, Pseudomonas, Klebsiella, Paenibacillus, Bacillus, Stenotrophomonas y Microbacterium. En la mosca Leptoglossus zonatus asociada al cultivo se identificó Pseudomonas fulva y Lysinibacillus fusiformis. Este es el primer registro oficial de un complejo de posibles bacterias fitopatógenas del orden Enterobacterales (familia Enterobacteriaceae, Erwiniaceae y Pectobacteriaceae) en síntomas por enfermedad bacteriana en cultivos colombianos de pitahaya. La identificación de las bacterias de un pato-sistema puede orientar las prácticas de control químico y biológico con el fin de incrementar el potencial productivo y de exportación de los cultivos exóticos y huérfanos de las pequeñas fincas locales.

ABSTRACT Colombia is the ninth largest producer of dragon fruit in the world and the department of Boyacá is the largest with 440 hectares planted. Bacterial phytopathogens can cause pitahaya fruit losses and low yields by producing stem soft rot. This research aimed to study and identified possible agents of bacterial diseases of pitahaya in Boyacá, Colombia. Thirteen farms in the region were selected to take 20 samples by means of a targeted and random sampling of stem and fruit tissues with soft rot symptoms in the early stages of the disease. A process of microbiological isolation, biochemical and molecular taxonomic identification of the isolated bacteria. The 16s rRNA gene sequences of the V2-V5 region were edited by removing the primers, assembling and obtaining the consensus sequence of the primers 1100R-337F and 800R -518F. The phylogenetic analysis was performed by BLAST at NCBI, using the "Classifier" and "SeqMatch" tools from the RDP website, and phylogenetic trees were created by multiple alignment using the MUSCLE algorithm and the Tamura Nei distance method was performed. Signs like blisters and mucilaginous fluids, symptoms like yellow and brown chlorotic spots, soft rot, and liquefaction were identified, and possible vectors like flies and ants were report. Twenty-five bacterial morphotypes were identified classifieds in 4 phyla, 9 families and 13 genera. The analysis of the 16S rRNA gene sequences of the bacterial strains showed a 98 to 100% identity with Enterobacter cloacae, Pectobacterium carotovora and Paenibacillus glucanolyticus, reported in other studies as causing the soft rot of the pitahaya stem and fruit. New species were reported as possible pathogenic bacteria of pitahaya: Pantoea cypripedii, Kluyvera intermedia and Klebsiella oxytoca. Infectivity assays did not have positive results. The microbiota identified in the stages of the necrotrophic phase or final stage of soft rot of the stem belong to the genera Achromobacter, Sphingobacterium, Pseudomonas, Klebsiella, Paenibacillus, Bacillus, Stenotrophomonas and Microbacterium. In the fly Leptoglossus zonatus associated with the crop were identified Pseudomonas fulva and Lysinibacillus fusiformis were identified. This is also the first official report of a complex of possible phytopathogen bacteria of the order Enterobacterales (Enterobacteriacea, Erwiniaceae and Pectobacteriaceae family) in symptoms by bacterial disease on pitahaya Colombian crops. Identification of the bacteria in a pathogenic system can guide chemical and biological control practices in order to increase the productive and export potential of exotic and orphan crops from small local farmings.

https://doi.org/10.15446/rfnam.v77n3.111234

Identificación morfológica y molecular de potenciales hongos nematófagos en fincas bananeras de la región huetar atlántica de Costa Rica
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Ugalde-Monge, Berlioth

; Artavia-Carmona, Roy

; Hilje-Rodríguez, Irena

; Peraza-Padilla, Walter

Agronomía Costarricense

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Dic 2024, Volumen 48 Nº 2 Paginas 111 - 131

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

Resumen Introducción. La producción de banano es una de las actividades económicas más significativas para el país. Sin embargo, enfrenta serios desafíos debido a la presencia de diversos patógenos, entre los más significativos se encuentran los nematodos fitoparásitos que afectan el rendimiento y la calidad del cultivo. El uso de hongos nematófagos (HN) para el control biológico de nematodos es una alternativa para reducir la aplicación de productos químicos en cultivos agrícolas. En Costa Rica existe gran variedad de hongos debido a la diversidad de los suelos, por lo que el aislamiento y la correcta identificación de estos hongos es crucial para determinar su potencial antagonista. Objetivo. Aislar e identificar potenciales hongos nematófagos (PHN) presentes en muestras de suelo de plantaciones de banano de la región Huetar Atlántica. Materiales y métodos. Se analizaron seis muestras de suelo provenientes de cinco cantones de la región Huetar Atlántica de Costa Rica mediante el método de espolvoreado en placas con agar-agua en búsqueda de PHN. Para la selección y purificación de los PHN se utilizaron placas Petri con papa dextrosa agar (PDA), identificando las estructuras morfológicas para el diagnóstico a nivel de género. Los hongos identificados morfológicamente se replicaron y se conservaron en viales con PDA y en aceite mineral a 4°C. Se extrajo ADN de los PHN y mediante amplificación por PCR (Reacción de Cadena de la Polimerasa) y secuenciación de diferentes regiones del genoma (ITS, tef 1-alfa, rpb2 y β-tubulina), se identificaron molecularmente. Resultados. Se aislaron e identificaron doce hongos, entre ellos Trichoderma asperellum, Penicillium steckii, Purpureocillium lilacinum, Fusarium oxysporum, Fusarium sp., Fusarium pseudocircinatum, y Talaromyces sp. Conclusión. El descubrimiento e identificación correcta de PHN subraya la importancia de investigar su aplicación en programas de manejo integrado de plagas, así como la necesidad de evaluar su eficacia y seguridad en diferentes condiciones agroecológicas para maximizar su impacto positivo en la agricultura.

Abstract Introduction. Banana production is one of the most significant economic activities for the country. However, it faces serious challenges due to the presence of various pathogens, among the most significant are plant-parasitic nematodes that affect crop yield and quality. The use of nematophagous fungi (NF) for biological control of nematodes is an alternative to reduce the application of synthetic chemicals in agricultural crops. In Costa Rica there is a great variety of fungi due to the diversity of soils. Therefore, the isolation and correct identification of these fungi is crucial to determine their antagonistic potential. Objective. To isolate and identify the potential nematophagous fungi (PNF) present in soil samples from banana plantations at the Huetar Atlantic region. Materials and methods. Six soil samples from the Huetar Atlantic region of Costa Rica were analyzed by the agar-water sprinkling plates method in search of PNF. For PNF selection and purification, Petri dishes with potato dextrose agar (PDA) were used, identifying morphological structures for diagnosis at genus level. Morphologically identified fungi were replicated and preserved in vials with PDA and in mineral oil at 4°C. DNA was extracted from the isolated PNF and through PCR amplification (Polymerase Chain Reaction) and sequencing of different regions of the genome (ITS, tef 1-alpha, rpb2 and β-tubulin), they were molecularly identified. Results. Twelve fungi were isolated and identified, including Trichoderma asperellum, Penicillium steckii, Purpureocillium lilacinum, Fusarium oxysporum, Fusarium sp., Fusarium pseudocircinatum, and Talaromyces sp. Conclusion. The correct discovery and identification of PNF underscores the importance of investigating its application in integrated pest management programs, as well as the need to evaluate its efficacy and safety under different agroecological conditions to maximize its positive impact on agriculture.

https://doi.org/10.15517/rac.v48i2.62489

Identificación molecular de microorganismos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica, 2009-2018. Parte 2
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Blanco-Meneses, Mónica

Agronomía Mesoamericana

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Dic 2024, Volumen 35 Nº 1 elocation 57347

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Resumen Introducción. La identificación y detección de microorganismos a partir de técnicas moleculares se ha convertido en un insumo de gran ayuda para el diagnóstico de enfermedades y de organismos presentes en los cultivos. Organismos patogénicos, no patogénicos, controladores biológicos y microorganismos utilizados como competidores, antagonistas o mutualistas pueden aislarse de cultivos agrícolas, ornamentales y forestales. Objetivo. Identificar a nivel taxonómico, mediante técnicas moleculares, bacterias y levaduras patogénicas y no patogénicas en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales de Costa Rica, y conservar el material en un banco de muestras de ADN. Materiales y métodos. Entre los años 2009 y 2018, el Laboratorio de Técnicas Moleculares del Centro de Investigación en Protección de Cultivos de la Universidad de Costa Rica recibió un total de 181 aislamientos de bacterias y levaduras para detección por medio de PCR tiempo final y tiempo real, e identificación mediante de la secuenciación de regiones específicas. Resultados. Del total de muestras, el 94,2 % se analizó por medio de secuenciación y el 5,8 % por PCR. Mediante detección por PCR en el cultivo de arroz, se identificaron bacterias como Burkholderia spp., Acidovorax avenae y Pseudomonas fuscovaginae. Por medio de la secuenciación de la región parcial de 16S, se identificaron 172 muestras de especies de bacterias y cinco muestras de especies de levaduras con la región ITS del ARN ribosomal 18S. Se identificaron microorganismos aislados a partir de dieciocho especies de plantas agrícolas, ornamentales y forestales; entre estos Pseudomonas, Bacillus y Enterobacter, y en el caso de levaduras, Candida, Pichia y Wickerhamomyces. Conclusión. Esta investigación permitió identificar a nivel taxonómico bacterias y levaduras provenientes de cultivos de Costa Rica. Además, se desarrolló un insumo de consulta y la posibilidad de utilizar a futuro los microorganismos conservados dentro de un banco de muestras de ADN.

Abstract Introduction. The identification and detection of microorganisms using molecular techniques has become a very helpful tool for the disease diagnosis and organisms present in crops. Pathogenic, non-pathogenic organisms, biological controllers and other microorganisms used as competitors, antagonists or mutualists can be isolated from agriculture, ornamental and forest crops. Objective. To identify the taxonomic level, by molecular techniques, pathogenic and non-pathogenic bacteria and yeast isolated in agriculture, ornamental and forest crops in Costa Rica, and preserve the material in a DNA bank. Materials and methods. Between 2009 and 2018, the Molecular Techniques Laboratory at the Plant Protection Research Center, Universidad de Costa Rica, received a total of 181 isolates of bacteria and yeast for detection by end-time and real-time PCR and identification through sequencing of specific regions. Results. Of the total samples, 94.2 % were analyzed by sequencing and 5.8 % by PCR. Using PCR, bacteria species were identified in rice, such as Burkholderia spp., Acidovorax avenae and Pseudomonas fuscovaginae. Through sequencing of the partial 16S region, 172 samples of bacterial species were identified, and five samples of yeast species with the ITS region of the 18S ribosomal RNA. Microorganisms isolated from eighteen species of agricultural, ornamental and forest plants were identified. The genera most identified were Pseudomonas, Bacillus and Enterobacter, and in the case of yeast, Candida, Pichia, and Wickerhamomyces. Conclusion. This research allowed the taxonomic identification of bacteria and yeast from crops in Costa Rica. In addition, a consultation input was developed, along with the possibility of future use of the microorganisms that are preserved at the DNA bank.

https://doi.org/10.15517/am.2024.57347

Bioformulados para mantener la viabilidad de rizobacterias y su aplicación en Theobroma cacao L. CCN-51
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Canchignia Martínez, Hayron Fabricio

; Tapia Quintana, Dayanara Nicolle

; Auhing Arcos, Javier Andrés

; Macías Holguín, Cristhian John

; Cedeño Moreira, Ángel Virgilio

; Vera Benites, Luis Fernando

Agronomía Mesoamericana

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Dic 2024, Volumen 35 Nº 1 elocation 56868

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Resumen Introducción. El empleo de bioformulados de rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal es una alternativa para reducir la dependencia de pesticidas en la agricultura, por su acción biocontroladora de patógenos y solubilizadora de nutrientes. Objetivo. Evaluar el efecto de los bioformulados sobre la viabilidad celular de las rizobacterias y su influencia en Theobroma cacao L. Materiales y métodos. La investigación se desarrolló de enero a diciembre del año 2020 en los laboratorios de Microbiología y Biología Molecular de la Universidad Técnica Estatal de Quevedo y en la finca Ignolia, La Maná, Ecuador. Se evaluaron: las características potenciales de las bacterias para ser consideradas como rizobacterias; la identificación del gen chiA por reacción de la cadena de la polimerasa; el efecto de los bioformulados sobre la viabilidad celular de rizobacterias y su aplicación a campo para evaluar productividad y estado fitosanitario de T. cacao. Resultados. Las rizobacterias tuvieron la capacidad de solubilizar nutrientes, producir enzimas hidrolíticas y generadoras de biopelículas. El 80 % de las cepas presentaron el gen chiA, con actividad antifúngica contra hongos patógenos. El bioformulado BIO-QPGPRs, con A. calcoaceticus, E. asburiae, S. marcescens, P. protegens y P. veronii, mostró mayor persistencia celular (1,83E+5, 1,80E+5, 1,63E+5 y 1,63E+5) durante los 26 días. Su aplicación edáfica e inyección en temporada lluviosa incrementó las emisiones foliares con 100 y 108; además, redujo la incidencia de Phytophthora spp. y mejoró el rendimiento del grano seco (1270,6 kg/ha). Conclusiones. BIO-QPGPRs conservó las rizobacterias con viabilidad celular durante 26 días. Su aplicación en campo incrementó el número de emisiones foliares, redujo la incidencia de Phytophthora spp. en mazorcas y aumentó el rendimiento del cultivo.

Abstract Introduction. The use of bioformulated plant growth-promoting rhizobacteria is an alternative to reduce the dependence on pesticides in agriculture, due to their pathogen biocontrol and nutrient solubilizing action. Objective. To evaluate the effect of bioformulates on the cell viability of rhizobacteria and their effect on Theobroma cacao L. Materials and methods. The research was conducted from January to December 2020 in the Microbiology and Molecular Biology laboratories of the Universidad Técnica Estatal de Quevedo and at the Ignolia farm, located in La Maná, Ecuador. The following were evaluated: the potential characteristics of bacteria to be considered as rhizobacteria; the identification of the chiA gene through polymerase chain reaction; the effect of bioformulations on the cell viability of rhizobacteria; and their field application to assess the productivity and phytosanitary status of Theobroma cacao. Results. Rhizobacteria had the capacity to solubilize of nutrients, producers of hydrolytic and biofilm-generating enzymes. Eighty percent of the strains presented the chiA gene, with antifungal activity against pathogenic fungi. The BIOQPGPRs bioformulated with A. calcoaceticus, E. asburiae, S. marcescens, P. protegens and P. veronii showed greater cell persistence (1.83E+5, 1.80E+5, 1.63E+5 and 1.63E+5) during the 26 days. Its edaphic application and injection in the rainy season increased leaf emissions with 100 and 108, and reduce the incidence of Phytophthora spp. and its edaphic application of the bacterial consortium improve dry grain yield (1270.6 kg/ha). Conclusions. BIOQPGPRs preserved rhizobacteria with cell viability for 26 days. Its field application increased the number of foliar emissions, reduced the incidence of Phytophthora spp. on pods, and improved crop yield.

https://doi.org/10.15517/am.2024.56868

Selection of fungal isolates from Buenos Aires, Argentina, as biological control agents of Botrytis cinerea and Sclerotinia sclerotiorum
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Pardo, Ricardo Arturo Varela Lastra, Claudia Cristina López Manfrino, Romina Guadalupe Balcazar, Darío Mónaco, Cecilia Wright, Eduardo Roberto

Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias. Universidad Nacional de Cuyo

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Dic 2024, Volumen 56 Nº 2 Paginas 72 - 86

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Resumen El objetivo de este trabajo fue seleccionar microorganismos promisorios como agentes de control biológico (ACB). Se visitaron predios florihortícolas ubicados en Buenos Aires, Argentina, de los cuales se obtuvo un total de 41 muestras de suelo. Se utilizaron las técnicas de insecto trampa y diluciones seriadas de suelo para la obtención de aislados de hongos entomopatógenos y hongos del género Trichoderma respectivamente. Se obtu vieron un total de 20 aislados, cinco pertenecientes al género Metarhizium y 15 aislados correspondientes al género Trichoderma. Los aislados fueron liofilizados y depositados como cultivos de referencia en la Colección Micológica del Centro de Estudios Parasi tológicos y de Vectores (CEPAVE). Se realizaron estudios de cultivos duales de los aislados recolectados frente a los patógenos Botrytis cinerea Pers. (1797) y Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary (1884). Se seleccionaron 11 aislados para la realización de estudios de promoción de crecimiento en plantas de tomate (Solanum lycopersicum L.). Los aislados de Metarhizium taii Liang y Liu (1991) CEP-722, CEP-723 y de Trichoderma afroharzianum Chaverri, Rocha, Degenkolb y Druzhinina (2015) CEP-753 y CEP-754, identificados molecularmente por medio de la amplificación de las zonas ITS y TEF1α, presentaron los mejores resultados en las pruebas de cultivo dual y promoción de crecimiento. Se espera avanzar en estudios posteriores que evalúen la virulencia de cepas de hongos en insectos.

Abstract This work aimed to select promising microorganisms as biological control agents (BCA). Forty-one soil samples were obtained from florihorticultural farms located in Buenos Aires, Argentina. Insect trap techniques and soil serial dilutions were used to obtain isolates of entomopathogenic fungi and fungi of genera Trichoderma, respectively. A total of 20 isolates included five Metarhizium and 15 Trichoderma. The isolates were lyophilized and deposited as reference cultures in the Mycological Collection of the Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores (CEPAVE). We performed dual culture studies of the isolates collected against the pathogens Botrytis cinerea Pers. (1797) and Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary (1884). Eleven isolates were selected for growth promotion studies in tomato plants (Solanum lycopersicum L.). The isolates of Metarhizium taii Liang & Liu (1991) CEP-722, CEP-723 Trichoderma afroharzianum Chaverri, Rocha, Degenkolb & Druzhinina (2015) CEP-753 and CEP-754, molecularly identified by amplification of the ITS and TEF1α zones, presented the best results in the dual culture and growth promotion tests. Subsequent studies will evaluate virulence of fungal strains in insects.

First report of the causal agent of vine crown gall in Mendoza, Argentina
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D’Innocenzo, Sandra Diaz, Mariano Emanuel Escoriaza, Maria Georgina

Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias. Universidad Nacional de Cuyo

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Dic 2024, Volumen 56 Nº 2 Paginas 87 - 96

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Resumen Una de las enfermedades de la vid ampliamente distribuida en el mundo es la agalla de corona, que tiene como agente causal a Allorhizobium vitis (syn. Agrobacterium vitis) y Agrobacterium tumefaciens (syn. Rhizobium radiobacter), siendo la primera especie la que predomina como agente causal de la enfermedad en vid. El objetivo de este estudio fue identificar mediante técnicas moleculares las agrobacterias patógenas presentes en plantas con síntomas y determinar cuál de ellas predomina en viñedos de la provincia de Mendoza. Plantas de vid con agallas en el tronco provenientes de diversas zonas de la provincia de Mendoza se utilizaron para realizar los aislamientos. Para la identificación y caracterización molecular de los aislados se realizaron dos reacciones múltiples de PCR. Se identificó el 91,6% de las cepas obtenidas como agrobacterias (77% A. tumefaciens y 23% All. vitis). Se determinó que el 50% del total identificado como All. vitis son cepas patógenas, mientras que para A. tumefaciens sólo el 16% de los aislados dio patogenicidad positiva. También se realizaron pruebas de patogenicidad en Kalanchoe daigremontiana, donde se observó el desarrollo de los síntomas típicos de tumorigénesis.

Abstract Crown gall is one widespread grapevine disease in the world, caused by Allorhizobium vitis (syn. Agrobacterium vitis) and Agrobacterium tumefaciens (syn. Rhizobium radiobacter). All. Vitis, is the predominant species and primary cause of the disease. This study aimed to identify and characterize molecularly the agrobacteria present in plants with crown gall symptoms in Mendoza vineyards. Diseased plants with trunk trunk-based galls were sampled from different areas of Mendoza. For bacterial identification and characterization, two multiplex PCRs were performed demonstrating that 91.6% of the strains obtained were agrobacteria (77% A. tumefaciens and 23% All. vitis). Fifty percent of All. vitis and 16% of A. tumefaciens identified strains were pathogenic. Pathogenicity tests were also conducted on Kalanchoe daigremontiana, with resulting tumorigenic symptoms.

Identificación de especies del género Mycobacterium asociadas a infección pulmonar y extrapulmonar
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SardiñasAragón, Misleidis

; GarcíaLeón, Grechen Caridad

; MartínezRomero, María Rosarys

; DíazRodríguez, Raúl

; MederosCuervo, Lilian María

Respirar

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Dic 2024, Volumen 16 Nº 4 Paginas 365 - 372

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Resumen Introducción: El aumento significativo de especies micobacterianas descritas como agentes patógenos implicó la necesidad de implementar métodos de identificación más avanzados que permitan acortar el tiempo diagnóstico. Desde el punto de vista clínico, es importante diferenciar el complejo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) del resto de las especies micobacterianas no tuberculosas (MNT), con el fin de aplicar tratamiento específico. Objetivo: Identificar aislados micobacterianos procedentes de muestras clínicas pulmonares y extrapulmonares por las técnicas diagnósticas SD BIOLINE TB Ag MPT64 y Genotype Mycobacterium CM/AS. Material y métodos: Se recibieron 3.604 muestras clínicas procedentes de pacientes sintomáticos durante el período comprendido entre enero 2018-enero 2024. Estas fueron procesadas en el Laboratorio Nacional de Referencia e Investigaciones de Tuberculosis, Lepra y Micobacterias del Instituto de Medicina Tropical “Pedro Kourí” (IPK). Para la identificación de MTBC, se utilizó el test inmunocromatográfico SD TB Ag MPT64; para la identificación de MNT, las técnicas diagnósticas moleculares Genotype Mycobacterium CM/AS. Resultados: Del total de muestras procesadas, se obtuvieron 325 aislados micobacterianos; 252 (77,53%) identificados como MTBC y 73 (22,45%) especies micobacterianas no tuberculosas. De estas, la de mayor frecuencia de aislamiento fue: Mycobacterium fortuitum 19 (26,02%), Mycobacterium avium 17 (23,80%) y Mycobacterium intracellulare 13 (17,80%). Conclusiones: Los resultados obtenidos reafirman que los métodos de identificación utilizados son adecuados, ambas técnicas logran el acortamiento del tiempo diagnóstico, lo que permite la implementación temprana del tratamiento adecuado, y así evitar la diseminación de la infección, sobre todo en pacientes con algún tipo de deterioro en su barrera inmunológica.

Abstract Introduction: The significant increase in mycobacterial species described as pathogenic agents implied the need to implement more advanced identification methods that would shorten the diagnostic time. From a clinical point of view, it is important to differentiate Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) from the rest of the nontuberculous mycobacterial species (NTM), in order to apply specific treatment. Objective: Identify mycobacterial isolates from pulmonary and extrapulmonary clinical samples using the SD BIOLINE TB Ag MPT64 and Genotype Mycobacterium CM/AS diagnostic techniques. Materials and methods: 3,604 clinical samples were received from symptomatic patients during the period between January 2018-January 2024. These were processed at the National Reference and Research Laboratory for Tuberculosis, Leprosy and Mycobacteria of the “Pedro Kourí” Institute of Tropical Medicine (IPK). For the identification of MTBC, the SD TB Ag MPT64 immunochromatographic test was used, and for the identification of NTM, the Genotype Mycobacterium CM/AS molecular diagnostic techniques were used. Results: Of the total samples processed, 325 mycobacterial isolates were obtained; 252 (77.53%) identified as MTBC and 73 (22.45%) nontuberculous mycobacterial species, of which the highest frequency of isolation was: Mycobacterium fortuitum 19 (26.02%), Mycobacterium avium 17 (23. 80%) and Mycobacterium intracellulare 13 (17.80%). Conclusions: The results obtained reaffirm that the diagnostic methods used are adequate, both techniques achieve a shortening of the diagnostic time, which allows the early implementation of the appropriate treatment, thus avoiding the spread of the infection, especially in patients with some type of deterioration in their barrier immunological.

https://doi.org/10.55720/respirar.16.4.4

Identificación molecular y perfil de sensibilidad antifúngica de Candida albicans y Candida dubliniensis aisladas de pacientes ambulatorios y hospitalizados
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Duré, Carolina

; Samudio, Margarita

; Fariña, Norma

; Abente, Sonia

; Pereira, Alicia

; Guillén, Rosa

; Aguilar, Gustavo

; Gayoso, Belén

; Nuñez, Heriberto

; Almirón, Desiré

; Taboada, Aurelia

Medicina clínica y social

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Dic 2024, Volumen 8 Nº 3 Paginas 280 - 288

Resumen: En Es | Texto: En Es | PDF: En | PDF: Es

ABSTRACT Introduction: C. albicans together with C. dubliniensis and C. Africana, form the Candida albicans Complex. These species are closely related to each other, making differentiation by conventional methods difficult. Objectives: To differentiate Candida albicans and Candida dubliniensis by molecular method in isolates from outpatients and hospitalized patients from Central, Paraguay and to know their susceptibility profile. Methods: Yeasts isolated from respiratory materials, oral cavity, purulent secretions, blood, urine and others were included. An end-point duplex PCR was performed on the isolates that developed greenish coloration in chromogenic medium (CONDA®, Spain). DNA was extracted using the Wizard® Genomic DNA Kit (Promega, USA) with some modifications. Antifungal susceptibility was determined by VITEK® 2 to a subgroup of isolates. Results: Of 1065 isolates, 838 (78,7 %) were C. albicans and 3 (0,3 %) C. dubliniensis, the latter coming from the oral cavity; the remaining 224 were negative for both species. 94,4 % of 503 C. albicans isolates were susceptible to fluconazole, 97,6 % to voriconazole, 99,4 % to amphotericin B, 100 % to caspofungin and micafungin. The three isolates of C. dubliniensis presented MICs of ≤ 0,5 µg/mL against fluconazole, ≤ 0,12 µg/mL against voriconazole and ≤ 0,25 µg/mL against amphotericin B. Discussion: The frequency of C. dubliniensis is low compared to other studies that report values of 1,5 to 32 %. These isolates did not exhibit signs of resistance. C. albicans exhibited good susceptibility to antifungals tested.

RESUMEN Introducción: C. albicans junto con C. dubliniensis y C. africana, forman el Complejo Candida albicans. Estas especies están estrechamente relacionadas entre sí, lo que dificulta la diferenciación por métodos convencionales. Objetivos: Diferenciar por método molecular Candida albicans y Candida dubliniensis en aislamientos de pacientes ambulatorios y hospitalizados de Central, Paraguay y conocer el perfil de sensibilidad de los mismos. Metodología: Se incluyeron levaduras aisladas de materiales respiratorios, cavidad bucal, secreciones purulentas, sangre, orina y otros. Se realizó una PCR dúplex de punto final a los aislamientos que desarrollaron coloración verdosa en medio cromogénico (CONDA®, España). El ADN se extrajo utilizando el kit Wizard® Genomic DNA (Promega, EE. UU.) con algunas modificaciones. La sensibilidad a antifúngicos se determinó por VITEK® 2 a un subgrupo de aislamientos. Resultados: De 1065 aislamientos, 838 (78,7 %) fueron C. albicans y 3 (0,3 %) C. dubliniensis, estos últimos provenientes de cavidad bucal; los 224 restantes fueron negativos para ambas especies. El 94,4 % de 503 aislamientos de C. albicans fueron sensibles a fluconazol, 97,6 % a voriconazol, 99,4 % a anfotericina B, 100 % a caspofungina y micafungina. Los tres aislamientos de C. dubliniensis presentaron CIM de ≤ 0,5 µg/mL frente a fluconazol, ≤ 0,12 µg/mL a voriconazol y ≤ 0,25 µg/mL a anfotericina B. Discusión: La frecuencia de C. dubliniensis es baja con relación a otros estudios que informan valores de 1,5 a 32 %. Estos aislamientos no presentaron indicios de resistencia. C. albicans mostró buena sensibilidad a los antifúngicos ensayados.

https://doi.org/10.52379/mcs.v8i3.431

10.

Fusarium spp. en el cultivo de maíz: Identificación, distribución geográfica, sintomatología, micotoxinas, ciclo de la enfermedad, control, y desafíos actuales y futuros
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Solórzano-Solórzano, Jonathan Alexander Zambrano, Sergio Miguel Vélez Olmedo, Jefferson Bertin Vélez

Scientia Agropecuaria

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Oct 2024, Volumen 15 Nº 4 Paginas 537 - 556

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Resumen La pudrición de mazorca de maíz ocasionada por especies del género Fusarium es uno de los varios problemas que enfrentan los productores a nivel mundial debido a su amplia distribución geográfica, ocasionando varias enfermedades como pudrición de tallo, raíz y mazorca. La identificación del patógeno se realiza a través de técnicas morfológicas y moleculares, siendo la última necesaria para identificación a nivel de especies. Además, el patógeno tiene la capacidad de producir micotoxinas como Deoxinivalenol (DON), Zearalenona (ZEA) y Fumonisinas (FB) las cuales contaminan el grano llegando a representar un riesgo tanto para la salud humana como animal. Esta reportado que el patógeno puede llegar a sobrevivir en los restos del cultivo ingresando a la planta a través de las raíces, a menudo por heridas causadas por insectos o prácticas de cultivo, una vez dentro de las raíces, el fitopatógeno coloniza los vasos del xilema y se transporta a través del sistema vascular de la planta, transportándose sistémicamente dentro de la misma, colonizando el tallo y otros tejidos vasculares llegando así a la mazorca. El uso de cultivares resistentes, el manejo de residuos de cultivos, riego y control biológico de enfermedades son alternativas enmarcadas en las prácticas agrícolas para disminuir la incidencia y propagación de enfermedades causadas por Fusarium. Sin embargo, los desafíos actuales y futuros incluyen la creciente resistencia de los hongos y el impacto del cambio climático en la distribución y severidad de las enfermedades.

Abstract Corn ear rot caused by species of the Fusarium genus is one of the many problems faced by producers worldwide due to its wide geographical distribution, leading to various diseases such as stalk, root, and ear rot. The identification of the pathogen can be carried out through morphological and molecular techniques, with the latter being necessary for species-level identification. Additionally, the pathogen can produce mycotoxins such as Deoxynivalenol (DON), Zearalenone (ZEA), and Fumonisins (FB), which contaminate the grain, posing a risk to both human and animal health. It has been reported that the pathogen can survive in crop residues, entering the plant through the roots, often via wounds caused by insects or agricultural practices. Once inside the roots, the phytopathogen colonizes the xylem vessels and is transported through the plant's vascular system, spreading systemically within the plant, colonizing the stalk and other vascular tissues, and eventually reaching the ear. The introduction of resistant cultivars, crop residue management, irrigation, and biological control of diseases are key strategies in agricultural practices to reduce the incidence and spread of diseases caused by Fusarium. However, current and future challenges include the increasing resistance of strains, distribution, and methods for pathogen identification.

https://doi.org/10.17268/sci.agropecu.2024.040

11.

First identification of Angiostrongylus spp. in Lissachatina fulica and Cornu aspersum in Antioquia, Colombia
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Gamarra-Rueda, Ramón

; García, Ricardo

; Restrepo-Rodas, Diana C.

; Pérez-García, Janeth

Biomédica

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Sep 2024, Volumen 44 Nº 3 Paginas 416 - 424

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Resumen Introducción. La angiostrongiliasis abdominal y neura -causadas por Angiostrongylus costaricensis y A. cantonensis, respectivamente- son zoonosis que involucran caracoles como huéspedes intermediarios. Colombia ya ha reportado casos en humanos y la ampliación de la distribución de Lissachatina fulica y Cornu aspersum aumenta la preocupación en salud pública debido al riesgo potencial de transmisión en áreas donde los parásitos y sus huéspedes coexisten. Objetivo. Identificar la presencia de Angiostrongylus spp. en caracoles de las especies L. fulica y C. aspersum en Antioquia (Colombia). Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio transversal prospectivo con una población de 5.855 caracoles de L. fulica o C. aspersum, capturados en diez ciudades del valle de Aburrá; 169 muestras fueron recolectadas en 28 puntos de muestreo. Se disecaron los tejidos pulmonares de los caracoles y se emplearon técnicas moleculares para detectar la presencia de Angiostrongylus spp. Resultados. Angiostrongylus costaricensis fue detectado en 18 muestras agrupadas (30 %; IC95%: 19,2-43,3), tanto en L. fulica como en C. aspersum. Medellín fue el municipio con el mayor número de muestras positivas (33,3 %). El 72,2 % de los lugares positivos reportaron la presencia de roedores. Ninguna de las pruebas fue positiva para A. cantonensis. Conclusión. Estos hallazgos brindan información importante sobre la distribución de Angiostrongylus spp. en Antioquia (Colombia). La identificación de estos nemátodos en L. fulica y C. aspersum resalta el papel potencial de estos caracoles como huéspedes intermediarios en la transmisión de infecciones por Angiostrongylus en el valle de Aburrá, con implicaciones para la salud humana y veterinaria.

Abstract Introduction. Abdominal and neural angiostrongyliasis caused by Angiostrongylus costaricensis and A. cantonensis, respectively, are zoonotic diseases involving snails as intermediate hosts. Colombia has already reported human cases, and the increasing distribution of Lissachatina fulica and Cornu aspersum raises public health concerns due to the potential risk of disease transmission in areas where parasites and hosts coexist. Objective. To identify the presence of Angiostrongylus spp. in snail species L. fulica and C. aspersum in Antioquia, Colombia. Materials and methods. This prospective cross-sectional study had a population of 5,855 L. fulica and C. aspersum snails captured in the ten towns of the Valle de Aburrá (Antioquia, Colombia), 169 samples were collected in 28 sampling points. Lung tissues of the collected snails were dissected and analyzed to detect Angiostrongylus spp. through molecular techniques. Results. Angiostrongylus spp. were identified in both L. fulica and C. aspersum. Angiostrongylus costaricensis was detected in 18 pooled prevalence of 30% (95% CI = 19.2-43.3), and Medellín was the municipality with the highest number of positive samples (33.3%). Seventy-two-point-two percent of the positive places reported the presence of rodents. None of the tests were positive for A. cantonensis. Conclusion. Our findings provide important insights into the epidemiology and distribution of Angiostrongylus spp. in Antioquia, Colombia. The identification of these parasitic nematodes in L. fulica and C. aspersum highlights the potential role of these snails as intermediate hosts in the transmission of Angiostrongylus spp. infections in the Valle de Aburrá, with implications for human and veterinary health.

https://doi.org/10.7705/biomedica.7051

12.

Regiones genómicas, genes y polimorfismos de un solo nucleótido en la resistencia a nematodos gastrointestinales en ovinos. Revisión
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Villegas-Castañeda, Marcela Castañeda-Bustos, Vielka Jeanethe Bello-López, Juan Manuel Cruz-Cruz, Clemente

Revista mexicana de ciencias pecuarias

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Sep 2024, Volumen 15 Nº 3 Paginas 616 - 640

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

Resumen Existen diversos factores que pueden modificar la productividad en los hatos ovinos, uno de ellos es la parasitosis gastrointestinal (GI) por nematodos, la cual puede generar pérdida de peso, retrasos en el crecimiento y en situaciones extremas la muerte. Las infecciones de parásitos involucran al sistema inmune para la resistencia o susceptibilidad, por lo que actualmente se buscan estrategias que sean eficientes a largo plazo para disminuir esta afectación. Una de estas estrategias es la ganadería de precisión, la cual consiste en la identificación y selección de animales genéticamente más resistentes, empleando para ello marcadores moleculares. El objetivo de esta revisión es reunir información novedosa en rasgos cuantitativos (QTL) y estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que confirman la relevancia de algunas regiones o genes en la resistencia a la parasitosis gastrointestinal ovina. Así mismo, se analizó la posible relevancia de nuevas regiones para realizar mapeos más finos y encontrar conjuntos de polimorfismos que permitan una selección más eficiente, considerando al mismo tiempo, las condiciones particulares de los hatos ovinos.

Abstract Several factors can modify productivity in sheep flocks; one of them is gastrointestinal (GI) parasitosis by nematodes, which can cause weight loss, growth retardation, and, in extreme situations, death. Parasite infections involve the immune system for resistance or susceptibility; therefore, strategies are currently being sought that will currently be efficient in the long term to reduce this affectation. One of these strategies is precision livestock breeding, which consists in the identification and selection of genetically resistant animals, using molecular markers. The objective of this review is to gather novel information on quantitative traits (IQT) and genome-wide association studies (GWAS), which confirm the relevance of certain regions or genes in resistance to ovine gastrointestinal parasitosis. Likewise, the potential relevance of new regions was analyzed to perform finer mappings and find sets of polymorphisms that may allow a more efficient selection, while also considering the particular conditions of the sheep herds.

https://doi.org/10.22319/rmcp.v15i3.6441

13.

Identificación de leguminosas nativas con capacidad para la fijación biológica de nitrógeno en el área central de la Argentina
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Camila-Costa, Hugo-Quiroz, Angelini, Jorge Luciana-Bianco,

Idesia (Arica)

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Sep 2024, Volumen 42 Nº 3 Paginas 63 - 73

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

Resumen Actualmente es cada vez mayor el territorio cubierto por zonas áridas en todo el mundo como consecuencia del calentamiento global. Si bien estas áreas se caracterizan por la presencia de una gran diversidad de leguminosas nativas, es poca la información sobre el rol que tanto la nodulación como la fijación biológica del nitrógeno tienen en los hábitats nativos de estas leguminosas. El estudio sobre la nodulación en las leguminosas nativas proporcionará conocimientos fundamentales para la conservación y utilización de especies que se adaptan a vivir en ambientes de condiciones desfavorables. En virtud de lo anterior, el objetivo de este trabajo es evaluar la capacidad de nodulación de especies de leguminosas nativas en su ecosistema natural en el área central de la Argentina y la diversidad de simbiontes asociados. Para ello se tomaron muestras de sistemas radicales de leguminosas nativas que se distribuyen en Villa Rumipal, provincia de Córdoba, Argentina. De cada especie se determinó la nodulación in situ, descripción de los distintos fenotipos de nodulación, estructura interna de los nódulos y caracterización de los simbiontes asociados. Las leguminosas nativas tienen la capacidad de nodular, a excepción de Tipuana tipu, la cual no presentó nódulos. Se observaron nódulos de crecimiento determinado asociados a raíces laterales o adventicias y de crecimiento indeterminado. En cuanto a la estructura anatómica de los nódulos se determinó que presentan una corteza, donde se encuentra la zona meristemática y los haces vasculares, y la zona de infección. Con respecto a los simbiontes que nodulan las especies de leguminosas nativas, se observaron que los aislamientos son de crecimiento rápido, colonias de colores claros y oscuros, acuosas y otras secas. Por lo cual se puede presumir que pertenecen al género Rhizobium, pero sería importante seguir con los estudios moleculares para confirmar que simbiontes son los que nodulan dichas leguminosas.

Abstract Arid land areas are currently increasing worldwide as a result of global warming. Although legume diversity is large in these land areas, little is known on the role of nodulation and nitrogen fixation in their native habitats. The study of nodulating native legumes will provide key knowledge for the conservation and management of species with adaptation to harsh environmental conditions. Therefore, the purposes of this work is to evaluate the nodulation capacity of native legume species in their natural ecosystem in the central area of Argentina and the diversity of associated symbionts. To do this, root systems samples of native legumes were taken. Legumes distributed in Villa Rumipal, province of Córdoba, Argentina. Nodulation in situ, description of the different nodulation phenotypes, internal structure of nodules and characterization of the associated symbionts for each species was determined. The native legumes have the ability to nodulate, with the exception of Tipuana tipu, which did not present nodules. Determinate growth nodules associated with lateral or adventitious roots and indeterminate growth were observed. Concerning the anatomical structure of the nodules, it was determined that they present a cortex, where the meristematic zone and the vascular bundles are located, and the infection zone. With regard to the symbionts that nodulate the species of native legumes, it was observed that the isolates are of fast growth, colonies of light and dark colors, watery and other dry. Therefore, it can be presumed that they belong to the genus Rhizobium, but it would be important to continue with the molecular studies to confirm which symbionts nodulate these legumes.

https://doi.org/10.4067/s0718-34292024000300063

14.

Diagnóstico molecular de bacteriemias: beneficios del empleo del panel de sepsis BCID2 de Filmarray en un hospital de tercer nivel
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Díaz, Natalia A. Farina, Javier Zubeldía Brenner, Liucó Guzman, Glenda Lucini, Sofía Serra, Candela Negro, María Laura Gil, María Florencia

Medicina (Buenos Aires)

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Ago 2024, Volumen 84 Nº 4 Paginas 649 - 655

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Resumen Introducción : Los retrasos en el tratamiento anti microbiano adecuado de las bacteriemias prolongan la estadía hospitalaria, aumentan la mortalidad e in crementan los costos. Aún hoy en día se requiere un tiempo considerable para obtener la identificación y antibiograma de los microorganismos en los hemocul tivos positivos. El objetivo fue evaluar el impacto de la implementa ción del panel BCID2 de FilmArray® (FA) sobre el tiempo de inicio de tratamientos antimicrobianos adecuados y sobre los costos potenciales de los mismos. Métodos : Estudio observacional retrospectivo de los hemocultivos positivos de pacientes hospitalizados, procesados por FA y por metodología tradicional. Se evaluaron los cambios de antimicrobianos en base a los resultados del FA. Se calcularon los días de reducción de tratamiento antimicrobiano y el ahorro potencial en el uso de los mismos, teniendo en cuenta también los costos del FA. Resultados : Se analizaron 87 episodios de bacte riemia. En 42 (48.3%) de ellos se desescaló el trata miento a antimicrobianos de menor espectro, en 7 (8%) se escaló a antimicrobianos de mayor espectro, en 8 (9.2%) se cambió el antimicrobiano sin variar el espectro y en 30 (34.5%) no se realizaron cambios con los resultados del FA. Los cambios de antimicrobianos se realizaron en promedio 2.3 días más rápido que con los métodos convencionales. Se calculó un ahorro potencial de US$ 7408. Conclusión : La implementación del panel BCID2 de FilmArray ® permitió adecuar los tratamientos antimi crobianos más rápidamente acortando la duración de los tratamientos empíricos de amplio espectro, lo cual resultó costo-efectivo.

Abstract Introduction : Delay in initiating appropriate anti microbial therapy prolongs hospitalization, increases in-hospital mortality, and raises economic costs. Cur rently, the identification and susceptibility testing of bacteria in positive blood cultures require a considerable amount of time. The objective of this study was to assess the impact of the BCID2 FilmArray® (FA) panel on the timing of appropriate antimicrobial therapy and potential anti microbial costs. Methods : This is a retrospective observational study focused on positive blood cultures in hospitalized pa tients. FA processing was conducted concurrently with routine sample processing. Changes in antibiotic treat ments based on FA results were evaluated, and the re duction in antimicrobial therapy duration and associated cost savings were calculated. Results : Eighty-seven bacteremia episodes were ana lysed. In 42 (48%) of them antimicrobial therapy was de-escalated to narrower spectrum agents, while in 7 (8%) therapy was escalated to broader spectrum anti microbials. Additionally, in 8 (9%) antimicrobials were switched without changing spectrum and in 30 (34%) no changes were made based on FA results. Antimicrobial changes were made 2.3 days faster than with routine sample processing resulting in calculated potential sav ings of US$ 7408. Conclusion : The implementation of FA facilitated a faster administration of appropriate antimicrobial therapy, leading to a reduction in the duration of broad-spectrum empirical antimicrobial therapy and subse quent economic savings.

15.

DETERMINACIÓN MOLECULAR DEL AGENTE ETIOLÓGICO DE LA MASTITIS BOVINA DE MUESTRAS PROVENIENTES DE UNIDADES PRODUCTORAS ANDINAS
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Bonifaz, Nancy

; Galarza, Ximena

; Fuertes, Byron

; Beltrán, Janss

LA GRANJA. Revista de Ciencias de la Vida

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Ago 2024, Volumen 39 Nº 1 Paginas 139 - 149

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Abstract Bovine mastitis is a disease that affects the farms of small and medium producers in the cantons of Cayambe and Pedro Moncayo, Pichincha Province-Ecuador. Treating this disease is not easy due to the different microorganisms that cause it. This study focused on the molecular determination by means of polymerase chain reaction (PCR) of the etiological agents of mastitis, having multiple advantages when recognizing family, gender and species of microorganisms. It is a method capable of detecting resistance genes of antibiotics, an important analysis when diagnosing and treating diseases. The aim of this research is to identify bacteria causing bovine mastitis by using biochemical and molecular tests. Biochemical tests such as: Gram staining, Catalase, Coagulase, and Mannitol Salt Agar were efficient to obtain pure strains and determine the gender of some bacteria. Specific primers (RNA16S) were used for the molecular identification of 9 etiological agents causing the disease in the productive units. The microorganisms found were Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, mostly present in clinic mastitis. To detect resistance genes, specific primers were used, of which 7 samples presented the gene for resistance to blaTEM (β-lactam) and 6 samples presented the gene for resistance to tetA (tetracyclines). Multi-resistance was identified in the species Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

Resumen La mastitis bovina es una enfermedad que afecta a las ganaderías de pequeños y medianos productores de los cantones Cayambe y Pedro Moncayo, Provincia de Pichincha-Ecuador. El tratamiento de esta enfermedad resulta complicado debido a la variedad de microorganismos que la provocan. El presente estudio se enfocó en la determinación molecular por medio de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de los agentes etiológicos de la mastitis. Esta técnica presenta múltiples ventajas al reconocer familia, género y especie de microorganismos, y es un método capaz de detectar genes de resistencia de antibióticos, lo que resulta importante al momento de diagnosticar y tratar enfermedades. El objetivo de esta investigación se centró en la identificación de bacterias causantes de la mastitis bovina, utilizando pruebas bioquímicas y moleculares. Las pruebas bioquímicas como tinción Gram, Catalasa, Coagulasa, y Agar Manitol Sal fueron eficientes para obtener cepas puras y determinar el género de algunas bacterias. Se utilizaron primers específicos (RNA16S) para la identificación molecular de 9 agentes etiológicos causantes de la enfermedad en las unidades productivas. Los microorganismos encontrados fueron; Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus warneri, Staphylococcus sp., Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Sphingomonas sp., Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis, la mayoría presentes en mastitis clínica. Para detectar genes de resistencia se utilizaron primers específicos, de los cuales 7 muestras presentaron el gen para resistencia a blaTEM (β-lactámicos) y 6 muestras presentaron el gen para resistencia a tetA (tetraciclinas). Se identificó multirresistencia en las especies: Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Sphingomonas sp.

https://doi.org/10.17163/lgr.n39.2024.08

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