Resumo O SARS-CoV-2 é um vírus que surgiu recentemente e causou milhões de mortes em todo o mundo. Para enfrentar a pandemia de COVID-19, necessita-se de uma análise aprofundada da replicação viral. Nosso objetivo foi examinar a carga viral em pacientes com SARS-CoV-2 durante as duas primeiras ondas de COVID-19 no Paquistão. Foram selecionados para o estudo 225.615 indivíduos suspeitos de 75 regiões diferentes do Paquistão. Os RNAs do SARS-CoV-2 foram detectados por PCR em tempo real. Durante a primeira onda de COVID-19 (período de junho a julho de 2020), a prevalência de SARS-CoV-2 foi de 20,38%. No entanto, durante a segunda onda de COVID-19 (período de novembro a dezembro de 2020), a taxa de prevalência foi de 9,41%. Durante a primeira onda de COVID-19, 96,31% dos participantes permaneceram PCR positivos por 14-21 dias, 3,39% dos indivíduos apresentaram resultados positivos por 22-35 dias, enquanto valores tardios de Ct foram observados em 0,26% dos participantes por 36-49 dias. No entanto, durante a segunda onda de COVID-19, 89,31% dos indivíduos tiveram sintomas e resultados positivos de PCR em tempo real por 14-21 dias, 9,42% apresentaram resultados positivos por 22-35 dias, enquanto resultados de valores de Ct significativamente atrasados foram observados em 1,026% dos participantes durante 36-63 dias (3,95 vezes superior à primeira onda). Em contraste com a primeira onda de COVID-19, os fatores que foram diferentes na segunda onda não foram nem virais (estirpes diferentes), nem hospedeiros (mesma população). No entanto, os fatores de tratamento mudaram significativamente. Assim como durante a segunda onda, além da azitromicina, o consumo de corticosteroide dexametasona aumentou, causando, consequentemente, negatividade tardia do valor de Ct. Isso sugere que o tratamento com corticosteroides pode estar associado ao atraso no valor de Ct ou na depuração viral. Este estudo é crucial para reconsiderar opções terapêuticas eficazes contra a COVID-19. SARSCoV2 SARSCoV SARS CoV 2 SARS-CoV- mundo COVID19, COVID19 COVID 19, 19 necessitase necessita se COVID-1 Paquistão 225615 225 615 225.61 7 período 2020, 2020 , 2020) 2038 20 38 20,38% entanto 941 9 41 9,41% 9631 96 31 96,31 1421 14 21 14-2 339 3 39 3,39 2235 22 35 22-3 026 0 26 0,26 3649 36 49 36-4 8931 89 89,31 942 42 9,42 1026 1 1,026 3663 63 36-6 3,95 395 95 (3,9 onda. . onda) estirpes diferentes, diferentes) mesma população. população população) azitromicina aumentou causando consequentemente COVID19. 19. SARS-CoV COVID1 COVID- 22561 61 225.6 202 203 20,38 94 4 9,41 963 96,3 142 14- 33 3,3 223 22- 02 0,2 364 36- 893 8 89,3 9,4 102 1,02 366 6 3,9 (3, 2256 225. 20,3 96, 3, 0, 89, 9, 10 1,0 (3 20, 1, (
Abstract SARS-CoV-2 is recently emerged virus, which caused millions of deaths, all over the world. To tackle COVID-19 pandemic, there is an utmost need for in-depth analysis of viral replication. We aimed to examine viral load in SARS-CoV-2 patients during first two waves of COVID-19 in Pakistan. 225,615 suspected subjects from 75 different regions of Pakistan were selected in the study. SARS-CoV-2 RNAs were detected via real time PCR. During first wave (period of June-July, 2020) of COVID-19 the prevalence of SARS-CoV-2 was 20.38%. However, during second wave (period of November-December, 2020) of COVID-19, the rate of prevalence was 9.41%. During first wave of COVID-19 96.31% of participants remained PCR positive for 14 to 21 days, 3.39% of subjects showed positive results for 22 to 35 days, while delayed Ct values were observed among 0.26% of participants for 36 to 49 days. However, during second wave of COVID-19 89.31% of the subjects exhibited symptoms and showed real-time PCR positive results for 14 to 21 days, 9.42% showed positive results for 22 to 35 days, while significantly delayed Ct value results were observed among 1.026% of participants for 36 to 63 days (3.95 times higher than first wave). In contrast to first wave of COVID-19, the factors that were different in second wave were neither viral (different strains) nor host (same population). But treatment factors changed significantly. As during second wave besides azithromycin, corticosteroid dexamethasone consumption was increased consequently causing delayed Ct value negativity. This suggests that corticosteroid treatment might be linked with delayed Ct value or viral clearance. This study is crucial for re-considering effective therapeutic options against COVID-19. SARSCoV2 SARSCoV SARS CoV 2 SARS-CoV- virus deaths world COVID19 COVID 19 COVID-1 pandemic indepth depth replication 225615 225 615 225,61 7 period JuneJuly, JuneJuly June July, July June-July 2020 2038 20 38 20.38% However NovemberDecember, NovemberDecember November December, December November-December COVID19, 19, 941 9 41 9.41% 9631 96 31 96.31 1 339 3 39 3.39 026 0 26 0.26 4 8931 89 89.31 realtime 942 42 9.42 1026 1.026 6 3.95 395 95 (3.9 wave. . wave) strains same population. population population) azithromycin negativity clearance reconsidering re considering COVID19. 19. SARS-CoV COVID1 COVID- 22561 61 225,6 202 203 20.38 94 9.41 963 96.3 33 3.3 02 0.2 893 8 89.3 9.4 102 1.02 3.9 (3. 2256 225, 20.3 96. 3. 0. 89. 9. 10 1.0 (3 20. 1. (