ABSTRACT Colombia is the ninth largest producer of dragon fruit in the world and the department of Boyacá is the largest with 440 hectares planted. Bacterial phytopathogens can cause pitahaya fruit losses and low yields by producing stem soft rot. This research aimed to study and identified possible agents of bacterial diseases of pitahaya in Boyacá, Colombia. Thirteen farms in the region were selected to take 20 samples by means of a targeted and random sampling of stem and fruit tissues with soft rot symptoms in the early stages of the disease. A process of microbiological isolation, biochemical and molecular taxonomic identification of the isolated bacteria. The 16s rRNA gene sequences of the V2-V5 region were edited by removing the primers, assembling and obtaining the consensus sequence of the primers 1100R-337F and 800R -518F. The phylogenetic analysis was performed by BLAST at NCBI, using the "Classifier" and "SeqMatch" tools from the RDP website, and phylogenetic trees were created by multiple alignment using the MUSCLE algorithm and the Tamura Nei distance method was performed. Signs like blisters and mucilaginous fluids, symptoms like yellow and brown chlorotic spots, soft rot, and liquefaction were identified, and possible vectors like flies and ants were report. Twenty-five bacterial morphotypes were identified classifieds in 4 phyla, 9 families and 13 genera. The analysis of the 16S rRNA gene sequences of the bacterial strains showed a 98 to 100% identity with Enterobacter cloacae, Pectobacterium carotovora and Paenibacillus glucanolyticus, reported in other studies as causing the soft rot of the pitahaya stem and fruit. New species were reported as possible pathogenic bacteria of pitahaya: Pantoea cypripedii, Kluyvera intermedia and Klebsiella oxytoca. Infectivity assays did not have positive results. The microbiota identified in the stages of the necrotrophic phase or final stage of soft rot of the stem belong to the genera Achromobacter, Sphingobacterium, Pseudomonas, Klebsiella, Paenibacillus, Bacillus, Stenotrophomonas and Microbacterium. In the fly Leptoglossus zonatus associated with the crop were identified Pseudomonas fulva and Lysinibacillus fusiformis were identified. This is also the first official report of a complex of possible phytopathogen bacteria of the order Enterobacterales (Enterobacteriacea, Erwiniaceae and Pectobacteriaceae family) in symptoms by bacterial disease on pitahaya Colombian crops. Identification of the bacteria in a pathogenic system can guide chemical and biological control practices in order to increase the productive and export potential of exotic and orphan crops from small local farmings.

RESUMEN Colombia es el noveno productor de pitahaya amarilla en el mundo y el Departamento de Boyacá es el mayor productor con 440 hectáreas plantadas. Los fitopatógenos bacterianos pueden causar pérdidas de frutos de pitahaya y bajos rendimientos al producir la pudrición blanda de los tallos. El objetivo de esta investigación fue estudiar e identificar posibles agentes de enfermedades bacterianas de la pitahaya en Boyacá, Colombia. Trece (13) fincas de la región fueron seleccionadas para la toma de 20 muestras mediante un muestreo dirigido y al azar de tejidos de tallo y frutos con síntomas de pudrición blanda en estadios iniciales de la enfermedad. Se realizó un proceso de aislamiento microbiológico, identificación bioquímica y taxonómica molecular de las bacterias aisladas. Las secuencias del gen ARNr 16s de la región V2-V5 fueron editadas mediante la eliminación de los primers, ensamblaje y obtención de la secuencia consenso de los primers 1100R-337F y 800R -518F. El análisis filogenético fue hecho por BLAST en el NCBI, por las herramientas "Classifier" y "SeqMatch", del sitio Web del RDP y se realizaron árboles filogenéticos mediante alineamiento múltiple usando el algoritmo MUSCLE y el método de distancias de Tamura Nei. Se registraron signos como ampollas y fluidos mucilaginosos, síntomas como manchas cloróticas amarillas y marrones, pudrición blanda y licuefacción, y se reportaron posibles vectores como moscas y hormigas. Veinticinco (25) morfotipos de bacterias fueron clasificados en 4 filos, 8 familias y 13 géneros. El análisis de las secuencias del gen ARNr 16S de las cepas bacterianas mostró una identidad del 98 al 100% con Enterobacter cloacae, Pectobacterium carotovora y Paenibacillus glucanolyticus, reportados en otros estudios como causantes de la pudrición blanda del tallo y fruto de pitahaya. Se reportaron nuevas especies como posibles bacterias patógenas de pitahaya: Pantoea cypripedii, Kluyvera intermedia y Klebsiella oxytoca. Los ensayos de infectividad no arrojaron resultados positivos. La microbiota identificada en los estadios de la fase necrotrofa o final de la pudrición blanda del tallo podría estar conformada por los géneros Achromobacter, Sphingobacterium, Pseudomonas, Klebsiella, Paenibacillus, Bacillus, Stenotrophomonas y Microbacterium. En la mosca Leptoglossus zonatus asociada al cultivo se identificó Pseudomonas fulva y Lysinibacillus fusiformis. Este es el primer registro oficial de un complejo de posibles bacterias fitopatógenas del orden Enterobacterales (familia Enterobacteriaceae, Erwiniaceae y Pectobacteriaceae) en síntomas por enfermedad bacteriana en cultivos colombianos de pitahaya. La identificación de las bacterias de un pato-sistema puede orientar las prácticas de control químico y biológico con el fin de incrementar el potencial productivo y de exportación de los cultivos exóticos y huérfanos de las pequeñas fincas locales.

Abstract: This study investigates the presence of bacterial dominance in one of the most studied sewage-driven eutrophic coastal lagoons, the Imboassica Lagoon in Macaé (RJ), Brazil, utilizing high-throughput sequencing of 16S rDNA. Water samples were collected from three sites within the lagoon. Total microbial DNA was extracted, and the V3-V4 region of the 16S rRNA gene was amplified and sequenced on the Illumina MiSeq platform. A total of 744,879 partial 16S rRNA sequences were clustered, revealing the absence of a single bacterial dominance in the sewage-driven eutrophic coastal lagoon. The prominent phyla detected in the lagoon were Cyanobacteria (27.8%), Proteobacteria (23.7%), and Actinobacteria (14.6%). Proteobacteria emerged as the most abundant phylum in the sewage-impacted lagoon site, whereas Cyanobacteria dominated the other two sampling sites. Among families, Synechococcaceae predominated with genus Synechococcus exhibited the highest prevalence. Families of potentially toxic Cyanobacteria represented less than 1% of the total families. The sewage-impacted lagoon section displayed greater bacterial diversity and richness. The dominance of bacterial communities associated with raw sewage, such as members of the Enterobacteriaceae family, was not confirmed, constituting only 0.75% of the families in the most affected site. This study presents the initial analysis of the bacterial community in the Imboassica Lagoon and suggests that dominance in the lagoon responds to the eutrophication and sewage discharge. Abstract sewagedriven driven lagoons RJ, RJ , (RJ) Brazil highthroughput high throughput S rDNA extracted V3V4 VV V3 V4 V V3-V platform 744879 744 879 744,87 clustered 27.8%, 278 27.8% 27 8 (27.8%) 23.7%, 237 23.7% 23 7 (23.7%) 14.6%. 146 14.6% . 14 6 (14.6%) sewageimpacted impacted site prevalence 1 richness family confirmed 075 0 75 0.75 discharge (RJ V3V 74487 74 87 744,8 27.8 2 (27.8% 23.7 (23.7% 14.6 (14.6% 07 0.7 7448 744, 27. (27.8 23. (23.7 14. (14.6 0. (27. (23. (14. (27 (23 (14 (2 (1 (

Resumo: Este estudo investiga a dominância bacteriana em uma das mais estudadas lagoas costeiras eutróficas contaminadas por esgoto, a Lagoa Imboassica em Macaé (RJ), Brasil, utilizando sequenciamento massivo do gene codificador do RNAr 16S. Foram coletadas amostras de água de três locais na lagoa. O DNA microbiano total foi extraído e a região V3-V4 do gene RNAr 16S foi amplificada e sequenciada na plataforma Illumina MiSeq. Um total de 744.879 sequências parciais do gene RNAr 16S foram agrupadas, revelando a ausência de uma dominância bacteriana única na lagoa costeira eutrófica influenciada por esgoto. Os filos predominantes detectados na lagoa foram Cyanobacteria (27,8%), Proteobacteria (23,7%) e Actinobacteria (14,6%). Proteobacteria emergiu como o filo mais abundante no local da lagoa impactado pelo esgoto, enquanto Cyanobacteria dominou os outros dois locais de amostragem. A família de maior prevalência encontrada foi a Synechococcaceae, sendo representada pelo gênero Synechococcus. Famílias do filo Cyanobacteria consideradas potencialmente tóxicas representaram menos de 1% do total de famílias. A região da lagoa impactada pelo esgoto exibiu maior diversidade e riqueza bacteriana. A dominância de comunidades bacterianas associadas ao esgoto bruto, como membros da família Enterobacteriaceae, não foi confirmada, a qual representou somente 0,75% das famílias no local mais afetado. Este estudo apresenta a análise inicial da comunidade bacteriana na Lagoa Imboassica e sugere que a dominância responde a eutrofização e descarga de esgoto. Resumo RJ, RJ , (RJ) Brasil S V3V4 VV V3 V4 V V3-V MiSeq 744879 744 879 744.87 agrupadas 27,8%, 278 27,8% 27 8 (27,8%) 23,7% 237 23 7 (23,7% 14,6%. 146 14,6% . 14 6 (14,6%) amostragem Synechococcaceae Synechococcus 1 bruto Enterobacteriaceae confirmada 075 0 75 0,75 afetado (RJ V3V 74487 74 87 744.8 27,8 2 (27,8% 23,7 (23,7 14,6 (14,6% 07 0,7 7448 744. 27, (27,8 23, (23, 14, (14,6 0, (27, (23 (14, (27 (2 (14 ( (1

Abstract Researchers have been utilizing matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) to identify bacteria and fungi directly from isolates obtained on culture plates; the resulting mass spectrum is then compared with spectra stored in the instrument software. Hence, a fast analytical response is obtained, and the more spectra are known to compare, the safer and more reliable the interpretation of the method will be. Thus, this study sought to identify the diversity of strains found in 10 samples of artisan cheese produced and commercialized in Vale do Taquari (Rio Grande do Sul State, Brazil) using MALDI-TOF MS. From the analyzed cheese, 22 strains were identified at the species level; one sample presented the pathogen Staphylococcus aureus, two showed the presence of lactic acid bacteria (Lactococcus lactis), and the vast majority (68.18%) of strains were composed of species of the Enterobacteriaceae family, with the prevalence of the genera Escherichia, Enterobacter, and Klebsiella. Escherichia coli was present in 50% of the samples analyzed. This demonstrates the need for greater control during all stages of artisanal cheese production and evaluation of the raw material, including safe practices during milking, so that the product meets the identity and quality parameters suitable for human consumption. matrixassisted matrix assisted desorptionionization desorption ionization timeofflight time flight MALDITOF MALDI TOF MS plates software Hence compare be Thus 1 Rio State Brazil 2 level aureus Lactococcus lactis, lactis , lactis) 68.18% 6818 68 18 (68.18% family Enterobacter Klebsiella 50 material milking consumption 68.18 681 6 (68.18 5 68.1 (68.1 68. (68. (68 (6 (

Resumo MALDI-TOF MS vendo sendo utilizado em laboratórios para identificar bactérias e fungos diretamente de isolados obtidos em placas de cultura. O espectro de massa resultante é então comparado com espectros armazenados no software do equipamento. Assim, obtém-se uma resposta analítica rápida, sendo que, quanto mais espectros forem conhecidos para comparar, mais seguro e confiável será a interpretação do método. Desta maneira, o presente trabalho teve por objetivo, identificar por MALDI-TOF MS, a diversidade de cepas encontrados em 10 amostras de queijos artesanais produzidos e comercializados no Vale do Taquari, Rio Grande do Sul, Brasil. Dos queijos analisados, 22 cepas foram identificadas a nível de espécie, sendo uma (1) amostra apresentou o patógeno Staphylococcus aureus, duas a presença da bactéria ácido láctica (Lactococcus lactis) e a grande maioria (68,18%) das cepas era composta por espécies da família Enterobacteriaceae, com prevalência dos gêneros Escherichia, Enterobacter e Klebsiella. E. coli estava presente em 50% das amostras analisadas. Isso demonstra a necessidade de um maior controle durante todas as etapas de produção do queijo artesanal, bem como a avaliação da matéria-prima, incluindo práticas seguras durante a ordenha para que o produto atenda aos parâmetros de identidade e qualidade, sendo apto ao consumo humano. MALDITOF MALDI TOF cultura equipamento Assim obtémse obtém se rápida comparar método maneira objetivo 1 Taquari Sul Brasil analisados 2 espécie (1 aureus Lactococcus lactis 68,18% 6818 68 18 (68,18% Enterobacteriaceae Escherichia Klebsiella E 50 analisadas artesanal matériaprima, matériaprima matéria prima, prima matéria-prima qualidade humano ( 68,18 681 6 (68,18 5 68,1 (68,1 68, (68, (68 (6

RESUMEN La colonización fecal en lactantes por bacterias resistentes a los antimicrobianos es un potencial riesgo para futuras terapias antibióticas. Nuestro objetivo fue determinar la frecuencia y características sociodemográficas de lactantes portadores fecales de enterobacterias resistentes a ciprofloxacina (PFRC) y sus genes de resistencia asociados. Analizamos muestras fecales de 41 niños lactantes residentes en el distrito de Talara-Piura, Perú, en 2019. Evaluamos la presencia de 3 genes de resistencia a quinolonas: aac(6’)-Ib-cr, qnrB y oqxA y 2 de betalactamasas: bla CTX-M, bla PER-2.El 68% de lactantes fueron PFRC, Escherichia coli (83,3%) fue el más frecuente. El análisis genotípico detectó: oqxA (41,1%), qnrB (26,7%) y aac(6’)-Ib-cr (20%) y al gen bla CTX-M en el 93,3% de los aislados con betalactamasas. La elevada frecuencia de PFRC nos alertan sobre el potencial riesgo en la pérdida de utilidad de esta familia antibiótica en el área de estudio.

ABSTRACT Fecal colonization by antimicrobial-resistant bacteria in infants is a potential risk for future antibiotic therapy. We aimed to determine the sociodemographic characteristics and frequency of infants who were fecal carriers of ciprofloxacin-resistant enterobacteriaceae (FCCRE) and their associated resistance genes. We analyzed fecal samples from 41 infants from the district of Talara, Piura, Peru in 2019. The presence of 3 quinolone resistance genes was evaluated: aac(6’)-Ib-cr, qnrB and oqxA as well as of 2 beta-lactamase genes: bla CTX-M,bla PER-2. We found that 68% of infants were FCCRE, Escherichia coli (83.3%) was the most frequent bacteria. The genotypic analysis detected: oqxA (41.1%), qnrB (26.7%), aac(6’)-Ib-cr (20%) and the bla CTX-M gene (93.3%) of the isolates with beta-lactamases. The high frequency of FCCRE alerts us of the potential risk of this antibiotic family becoming less useful over time.

RESUMEN Introducción Las enfermedades transmitidas por alimentos han aumentado en los últimos años, derivado del consumo de productos agrícolas contaminados con bacterias resistentes a antibióticos. Objetivo. Identificar los perfiles de resistencia antimicrobiana de bacterias aisladas en cultivos agrícolas de la cuenca del río Chambo. Materiales y métodos Se analizaron un total de 12 muestras de vegetales y hortalizas recolectadas de zonas agrícolas de seis puntos geográficos cercanos al río Chambo. El aislamiento e identificación de las bacterias se realizó por medio de pruebas convencionales empleando medios de cultivo conjuntamente con pruebas bioquímicas. El perfil de resistencia a los antibióticos se determinó por el método de difusión del disco en agar. Resultados Se identificaron (12/14) 85,7% bacterias pertenecientes a la familia Enterobacteriacea entre ellas: Citrobacter freundii, Citrobacter amalonaticus, Enterobacter cloacae, Proteus vulgaris, Klebsiella oxytoca y (2/14) 14,3% correspondiente a Enterococcus faecalis. El 50% de las enterobacterias presentaron resistencia a cefalosporinas de 3ra generación (ceftriaxona y ceftazidima), 50% a kanamicina y 25% a imipenem, gentamicina y trimetoprim sulfametoxazol Conclusiones Existe contaminación de los cultivos agrícolas vertidos con agua de regadío de la cuenca del río Chambo por especies de enterobacterias y E. faecalis; con altos porcentajes de resistencia a antibióticos de uso clínicos

ABSTRACT Introduction Foodborne illnesses have increased in recent years, derived from the consumption of agricultural products contaminated with pathogenic bacteria resistant to antibiotics. Objective. To identify the antimicrobial resistance profiles of pathogenic bacteria isolated in agricultural crops from the Chambo river basin. Materials and methods A total of 12 samples of vegetables and vegetables collected from agricultural areas of six geographical points near the Chambo River were analyzed. The isolation and identification of the bacteria was carried out by means of conventional tests culture media, together with biochemical tests. The antibiotic resistance profile was determined by the agar disk diffusion method. Results (12/14) 85.7% human pathogenic bacteria belonging to the Enterobacteriacea family were identified, including: Citrobacter freundii, Citrobacter amalonaticus, Enterobacter cloacae, Proteus vulgaris, Klebsiella oxytoca and (2/14) 14.3% corresponding to Enterococcus faecalis. 50% of the Enterobacteriaceae were resistant to 3rd generation cephalosporins (ceftriaxone and cftazidime), 50% to kanamycin and 25% to imipenem, gentamicin and trimethoprim sulfamethoxazole. Conclusions The results obtained indicate a high contamination of agricultural crops dumped with irrigation water from the Chambo river basin by species of Enterobacteriaceae and E. faecalis; with high percentages of resistance to antibiotics for clinical use

Resumo Estudos microbiológicos da sanidade de psitacídeos que serão reintroduzidos são importantes para avaliar se esses animais atuam como portadores de agentes patogênicos para outros animais e humanos. A espectrometria de massa por ionização/dessorção de matriz assistida por laser/tempo de vôo (MALDI-TOF MS) é um método mais rápido e preciso para identificar bactérias na comparação com métodos convencionais de microbiologia. O objetivo deste estudo foi avaliar o estado de saúde de psitacídeos cativos, identificando bactérias Gram-negativas da microbiota fecal por MALDI -TOF MS. Os resultados indicaram alta frequência de bactérias Gram-negativas nas fezes (96,5%), principalmente da família Enterobacteriaceae (88,7%). As mais prevalentes foram Escherichia coli (39,0%), Proteus vulgaris (12,2%), Klebsiella spp. (12,1%) e Raoultella ornithinolytica (8,7%). Proteus hauseri, Citrobacter spp., Morganella morgannii, Providencia rettgeri, Enterobacter spp. e Escherichia hermannii foram isolados com menor frequência. Todos esses agentes são potencialmente patogênicos para os papagaios e podem causar infecções sistêmicas em outros animais e seres humanos. Esses achados reforçam que o MALDI- TOF MS é um método rápido e preciso de identificação do microrganismo e avaliação do estado de saúde dos psitacídeos, fornecendo dados relevantes para auxiliar na tomada de decisões sobre os protocolos sanitários em centros de triagem de animais selvagens e sobre a possibilidade de reintrodução futura.

Abstract Microbiological studies of the sanitary and health status of psittacine birds that will be reintroduced is important in evaluating whether these animals act as carriers of pathogenic agents to other animals and humans. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is a faster and more accurate method to identify bacteria than conventional microbiology methods. The aim of this study was to evaluate the health status of psittacines housed in captivity, by assessment of Gram-negative bacteria from fecal microbiota through MALDI- TOF MS identification. The results indicate high frequency of Gram-negative bacteria in feces (96.5%), especially from the Enterobacteriaceae family (88.7%). The most prevalent bacteria were Escherichia coli (39.0%), Proteus vulgaris (12.2%), Klebsiella spp. (12.1%) and Raoultella ornithinolytica (8.7%). Proteus hauseri, Citrobacter spp., Morganella morgannii, Providencia rettgeri, Enterobacter spp. and Escherichia hermannii were isolated with lower frequency. . All these agents are potentially pathogenic for parrots and can cause systemic infections in other animals and humans. These findings reinforce that MALDI- TOF MS proved to be a rapid and accurate method of identification of the microorganism and evaluation of the health status of psittacines, providing relevant data to assist decision-making regarding the sanitary protocols in wildlife centers, and possible future reintroduction of wild birds.

ABSTRACT Background: Antibiotic resistance is considered to be the next worldwide epidemic. Urinary tract infections (UTI) are the second most common cause of infection, which also has the highest resistance frequency. Nevertheless, in high Andean regions, little is known about the antibiotic resistance. Objectives: Determine the antimicrobial resistance patterns of the enterobacteriaceae family isolated from urinary tract infections of a Peruvian Andean region. Methods: A retrospective cross-sectional review of 1717 records from the microbiology service of a private health institution from Puno - Peru, was done between the years 2014 and 2017. Antibiotic resistance by uropathogens was studied among different age groups. Statistical analysis included Chi2 test with a p<0.05. Poisson regression was used to calculate the prevalence ratio (PR) with a 95% confidence interval. Findings: There was a wide distribution of antibiotic resistance among all the antibiotics, mainly in Escherichia coli and Proteus spp. The elderly had the highest prevalence of antibiotic resistance. As age increased, resistance to all drugs also increased (p<0.01). Furthermore, the elderly had a risk probability of resistance of 1.22, 1.42, 1.20 and 1.32 to penicillins, cephalosporins, quinolones and other antibiotics respectively. Conclusion: The antimicrobial resistance patterns of the Peruvian Andean region were lower than national and international patterns.

RESUMEN Introducción: La resistencia a antibióticos es considerada la próxima epidemia mundial. Las infecciones del tracto urinario (ITU) son la segunda causa más común de infecciones y la que presenta mayor frecuencia de resistencia. Sin embargo, poco se ha reportado en regiones altos-andinas. Objetivo: Evaluar los patrones de resistencia antimicrobiana de la familia enterobacteriaceae aisladas de infecciones del tracto urinario de pacientes ambulatorios de una región altoandina peruana y sus factores asociados. Material y Métodos: Estudio transversal analítico retrospectivo, a partir de 1717 registros del Servicio de Microbiología de una institución de salud en la región Puno - Perú, entre los años 2014 al 2017. Se estudió la resistencia a antibióticos según uropatógeno en diferentes grupos etarios. Se empleó la prueba de Chi2 de Pearson y un modelo de regresión de de Poisson para calcular la razón de prevalencias (RP). En todos los análisis se consideró un valor de p<0.05 como significativo y se estimaron intervalos de confianza al 95%. Resultados: Se presentó una amplia distribución de resistencia en todos los fármacos evaluados, siendo mayor en Escherichia coli y Proteus spp. El grupo etario, ≥ 60 años, presentó la mayor prevalencia de resistencia bacteriana. A medida que la edad aumentaba, la resistencia a todos los fármacos estudiados también aumentó (p <0.01). Así mismo, los pacientes ≥ 60 años presentaron mayor probabilidad de presentar resistencia bacteriana a penicilinas, cefalosporinas y quinolonas. Conclusión: El patrón de resistencia a los antibióticos utilizados en ITUs en la zona altoandina peruana incrementa con la edad.

RESUMO INTRODUÇÃO: A notificação seletiva dos resultados do teste de suscetibilidade aos antimicrobianos (antibiograma seletivo) é conhecida como uma das estratégias-chave dos programas de apoio à prescrição de antibióticos. O objetivo deste estudo foi determinar o impacto do antibiograma seletivo no consumo de ciprofloxacino e a suscetibilidade da bactéria Escherichia coli ao ciprofloxacino nos cuidados primários. MATERIAL E MÉTODOS: A política de notificação seletiva foi criada e implementada em 2011 e envolveu a não transmissão, no antibiograma, da suscetibilidade da família Enterobacteriaceae ao ciprofloxacino em amostras urinárias quando existia suscetibilidade a outros agentes com menor espectro. Os desfechos avaliados foram consumo de ciprofloxacino e evolução da suscetibilidade de E. coli ao ciprofloxacino entre janeiro de 2011 e dezembro de 2018. RESULTADOS: Nesse período, um aumento foi detectado na taxa de suscetibilidade de E. coli ao ciprofloxacino, de 79% a 87% (p < 0,001). A taxa de incidência de E. coli resistente ao ciprofloxacino diminuiu de 2,52 para 0,87 (p < 0,001). O consumo de ciprofloxacino teve uma queda de 0,75 doses diárias definidas (DHD) para 0,36 DHD. Simultaneamente, um aumento compensatório foi observado no consumo de nitrofurantoína e fosfomicina. DISCUSSÃO: Nosso estudo demonstrou que a utilização do antibiograma seletivo influenciou a prática de prescrição dos antimicrobianos e incentivou os clínicos gerais a selecionar antimicrobianos de espectro de ação mais reduzido e com melhor relação custo-benefício. CONCLUSÃO: Nossos resultados sugerem que a utilização de antibiogramas seletivos deve ser considerada uma estratégia eficaz na redução do consumo de determinados antimicrobianos.

ABSTRACT INTRODUCTION: Selective reporting of antibiotic susceptibility test results (selective antibiogram), is increasingly recognized as one of the key strategies of antibiotic stewardship programs. The objective of this study is to determine the impact of selective susceptibility reporting on ciprofloxacin utilization and Escherichia coli susceptibility to ciprofloxacin in the outpatient setting. MATERIAL AND METHODS: A selective reporting policy was created and implemented in 2011. The policy involves the non-reporting of ciprofloxacin susceptibility to Enterobacteriaceae isolated in a urine sample when there was susceptibility to other agents with narrow spectrum. The outcomes evaluated were outpatient ciprofloxacin utilization and E. coli susceptibility to ciprofloxacin between January 2011 and December 2018 RESULTS: Between 2011 and 2018 we detected an increased susceptibility rate of E. coli to ciprofloxacin from 79% to 87% (p < 0.001) and a decreased incidence rate of E. coli resistant to ciprofloxacin from 2.52 to 0.87 (p < 0.001). The ciprofloxacin dropped from 0.75 defined daily doses (DHD) to 0.36 DHD and there was a compensatory increase in nitrofurantoin and fosfomycin utilization. DISCUSSION: Our study showed that selective reporting can influence prescribing practice in a community level and encourages clinicians to select more narrow-spectrum and cost-effective antimicrobial agents in UTIs. CONCLUSION: Our results suggest that selective antibiogram should be considered an effective prevention strategy to reduce targeted antimicrobial utilization.

RESUMEN INTRODUCCIÓN: La notificación selectiva de resultados de la prueba de susceptibilidad bacteriana (antibiograma selectivo) es conocida como una de las estrategias clave de los programas de optimización de antimicrobianos. El objetivo de este estudio fue determinar el impacto del antibiograma selectivo en el consumo de ciprofloxacino y la sensibilidad de la bacteria Escherichia coli al ciprofloxacino en la atención básica. MATERIAL Y MÉTODOS: La política de informe selectivo fue creada e implementada en 2011 e incluyó la no trasmisión, en el antibiograma, de sensibilidad de Enterobacteriaceae al ciprofloxacino en muestras urinarias cuando había sensibilidad a otros agentes de espectro reducido. Los desenlaces evaluados fueron el consumo de ciprofloxacino y la evolución de sensibilidad de E. coli al ciprofloxacino entre enero de 2011 y diciembre de 2018. RESULTADOS En esse período, se detectó un aumento en la tasa de sensibilidad de E. coli al ciprofloxacino, del 79% al 87% (p < 0,001). La tasa de incidencia de E. coli resistente al ciprofloxacino descendió de 2,52 a 0,87 (p < 0,001). El consumo de ciprofloxacino tuvo un descenso de 0,75 doses por mil habitantes día (DHD) a 0,36 DHD. Al mismo tiempo, un aumento compensatorio se observó en el consumo de nitrofurantoína y fosfomicina. DISCUSIÓN: Nuestro estudio demostró que el uso del antibiograma selectivo influyó en la práctica de prescripción de antimicrobianos y animó a los médicos generales a elegir antimicrobianos de espectro más reducido y con mejor relación de costo-beneficio. CONCLUSIÓN: Nuestros resultados sugieren que la utilización de antibiogramas selectivos debe ser considerada una estrategia efectiva en la reducción del consumo de determinados antimicrobianos.

RESUMO Estações de tratamento de esgotos (ETEs) estão entre as principais fontes de disseminação de bactérias resistentes a antibióticos (BRAs) e genes de resistência (GRAs) no ambiente. Este trabalho quantificou a ocorrência de bactérias resistentes aos antibióticos ampicilina e cloranfenicol no esgoto bruto (EB), no efluente tratado (ET) e no lodo de duas ETEs em escala plena por um período de nove meses. As unidades investigadas utilizavam os seguintes sistemas de tratamento: ETE-A, sistema de lodos ativados convencional; e a ETE-B, reatores anaeróbios (UASB) seguidos de filtros biológicos percoladores (FBP). Os resultados evidenciaram que a ETE-A foi mais eficiente na redução das concentrações de bactérias resistentes à ampicilina e ao cloranfenicol (cerca de 1,1 e 0,7 log10UFC.mL−1 de remoção, respectivamente), quando comparada com a ETE-B (0,5log10 UFC.mL−1 de remoção para as bactérias resistentes ao cloranfenicol e nenhuma remoção para as resistentes à ampicilina). As amostras de lodo, de ambas ETEs, apresentaram elevadas concentrações de bactérias heterotróficas totais — BHTs (4,8–7,6 log10UFC.mL−1) e de BRAs (3,0–6,3 log10UFC.mL−1). A maioria das cepas resistentes à ampicilina e ao cloranfenicol isoladas foi identificada como sendo da família Enterobacteriaceae. Algumas das espécies identificadas são bactérias potencialmente patogênicas, tais como: Klebsiella pneumoniae, Aeromonas hydrophila, Escherichia coli, Enterococcus faecium, Salmonella spp. Os resultados chamam a atenção para a disseminação de BRAs, potencialmente patogênicas, no meio ambiente a partir do efluente final (proveniente do tratamento secundário) das ETEs, independentemente do tipo de sistema adotado. Fica evidente que para reduzir significativamente a concentração das BRAs no ET, este deveria passar por tratamento adicional e desinfecção.

ABSTRACT Sewage treatment plants (STP) are among the main sources of dissemination of antibiotic-resistant bacteria (ARB) and antibiotic-resistance genes (ARG) into the environment. This work quantified the occurrence of cultivable ampicilin-resistant and chloramphenicol-resistant bacteria in raw sewage, treated effluent and sludge samples from two full-scale STP over nine months. The STP investigated used the following treatment systems: STP-A used conventional activated sludge system; and STP-B, anaerobic reactors (UASB) followed by percolating biological filters (PBF). Results showed that was more efficient in reducing the concentrations of ampicilin- and chloramphenicol-resistant bacteria (around 1.1 and 0.7 log10UFC.mL−1, respectively) when compared to STP-B (0.5 log10 UFC.mL−1 removal of cloramphenicol-resistant bacteria and no-removal of ampicilin-resistant bacteria). Sludge samples, from both STP, showed high concentrations of total heterotrophic bacteria (THB; 4.8–7.6 log10UFC.mL−1) and ARB (3.0–6.3 log10UFC.mL−1). Most of the isolated ampicilin- and chloramphenicol-resistant strains were identified as members of the Enterobacteriaceae family. Some of the identified species are potential pathogenic bacteria, such as Klebsiella pneumoniae, Aeromonas hydrophila, Escherichia coli, Enterococcus faecium, Salmonella spp. These results call attention to the spread of ARB, potentially pathogenic, in the environment from the final effluent (from secondary effluent) on the STP, regardless of the type of system adopted. It is evident that in order to significantly reduce the concentration of ARB in the treated effluent, it should undergo additional treatment and disinfection.

RESUMO A proximidade dos primatas não humanos (PNH) com o ser humano pode ser considerada um fator de risco para transmissão de bactérias entre essas duas populações. Neste estudo, foi investigada a microbiota anfibiôntica aeróbica oral e retal de calitriquídeos em um fragmento de Mata Atlântica localizado no Rio de Janeiro, Brasil, e foram realizados testes fenotípicos para detecção de bactérias multirresistentes nos isolados encontrados. Foram capturados 14 calitriquídeos e coletadas 21 amostras (14 de cavidade oral e sete de cavidade retal) em dois pontos da mata próximos às habitações humanas. As espécies mais frequentes, na cavidade oral, foram Klebsiella oxytoca (50,0%), K. pneumoniae (28,6%), Kluyvera ascorbata (21,4%) e Stenotrophomonas maltophilia (21,4%) e, na cavidade retal, K. pneumoniae (85,7%), Escherichia coli (28,6%) e Enterobacter spp. (42,9%). Todos os 48 isolados da família Enterobacteriaceae foram negativos para ESBL (betalactamase de espectro ampliado), mostrando-se não produtores da enzima nos dois métodos utilizados: disco-aproximação e método de detecção automatizado. Na pesquisa de ERC (enterobactérias resistentes a carbapenêmicos), esses mesmos isolados não apresentaram resistência aos antibióticos imipenem, meropenem e ertapenem. Todas as bactérias isoladas apresentam um potencial zoonótico, o que representa um risco à saúde pública e à conservação das espécies.

ABSTRACT Proximity of nonhuman primates (NHP) to humans can be considered a risk factor for transmission of pathogens between these two populations. This study investigated the oral and rectal aerobic bacterial microbiota of marmosets in an anthropized area of the Atlantic Forest located in Rio de Janeiro, Brazil, and performed phenotypic tests for detection of multidrug-resistant bacteria. Twenty-one samples (14 from the oral cavity and seven from the rectum) were collected from 14 Callithrix sp. captured in two sites of the forest near human dwellings. The most frequent species identified from the oral cavity swabs were Klebsiella oxytoca (50.0%), K. pneumoniae (28.6%), Kluyvera ascorbata (21.4%) and Stenotrophomonas maltophilia (21.4%), whereas the species most commonly identified from the rectum swabs were K. pneumoniae (85.7%), Enterobacter spp. (42.9%) and Escherichia coli (28.6%). All isolates of family Enterobacteriaceae showed no extended spectrum β-lactamase production by disk-diffusion and automated detection tests. In the search for carbapenem-resistant enterobacteriaceae these isolates presented no resistance to the imipenem, meropenem and ertapenem antibiotics. The isolate of Staphylococcus aureus was susceptible to oxacillin and the isolate of Enterococcus was susceptible to vancomycin. All isolated bacteria showed zoonotic potential, thus posing a risk to species conservation and public health.

RESUMO Foram padronizados os graus de lesões dos sacos aéreos em perus com aerossaculite, associadas com a presença de isolados de enterobactérias nesses órgãos. Um total de 110 amostras de sacos aéreos de perus machos com aerossaculite foi coletado para o estudo. Durante o processo de abate, as amostras foram coletadas por meio de swabs e submetidas a três métodos de armazenamento (imediato, congelado ou pré-incubado após congelamento) para posterior comparação das suas eficiências de isolamento. Os gêneros da família Enterobacteriaceae foram identificados pelas séries bioquímicas EPM, MILi e citrato de Simmons. O crescimento bacteriano ocorreu em 43,64% das amostras. Neste estudo, quatro padrões de lesões de aerossaculite foram identificados de acordo com as características patológicas dos sacos aéreos. Os principais gêneros de enterobactérias identificadas foram: Escherichia coli, Citrobacter, Proteus, Edwardsiella, Morganella, Kluyvera, Salmonella e Klebsiella. Foi observado que os graus padronizados como 3 e 4 apresentaram maior variedade de gêneros bacterianos. O armazenamento imediato apresentou maior porcentagem de positividade, 41,82%, no entanto o pré-incubado após congelamento se apresentou mais eficaz em relação à quantidade de colônias.

ABSTRACT The degrees of air sac lesions in turkeys with airsacculitis were standardized, associated with the presence of Enterobacteriaceae isolated from these organs. A total of 110 samples of air sacs from male turkeys with airsacculitis were collected and analyzed. During the slaughtering process, the sample collection was done using swabs and submitted to three storage methods (immediate, frozen, or pre incubated after freezing) for further comparison of their isolated efficiency. The bacterial genera of the family Enterobacteriaceae were identified biochemical series EPM, MILi and Simmons citrate. Bacterial growth occurred in 43.64% of samples. In this study, four patterns of aerossaculitis lesions were identified according to the pathological characteristics of air sacs. The frequencies of the Enterobacteriaceae isolated identified in the samples were: Escherichia coli, Citrobacter, Proteus, Edwardsiella, Morganell, Kluyvera, Salmonella and Klebsiella. Otherwise, it was observed that the levels already standardized as level three and four showed higher variety of genus. The immediate storage showed higher percentage of positivity at 41.82%, however, the pre incubated after freezing showed more efficiency in relation to the quantity of colonies.

RESUMEN De acuerdo a las estadísticas en Colombia los brotes de enfermedades transmitidas por alimentos se han incrementado, encontrándose los restaurantes e instituciones educativas dentro de los lugares más implicados. El objetivo principal de este estudio fue evaluar la inocuidad microbiana de las superficies vivas e inertes en contacto con alimentos en restaurantes formales e informales y puestos de comida ambulante cercanos a un campus universitario. En total se seleccionaron 41 superficies para el análisis de bacterias mesófilas aerobias y Coliformes totales, que fueron posteriormente identificadas mediante pruebas bioquímicas rápidas. Los resultados evidenciaron contaminación cruzada, con altos porcentajes en bacterias mesófilas aerobias, y aunque la mayoría de los recuentos de coliformes totales se encontraron dentro del límite permisible, la identificación bacteriana demostró la presencia de varios géneros de la familia Enterobacteriaceae. Además, se demostró que la capacitación en manipulación higiénica de alimentos es un buen instrumento para minimizar los recuentos de bacterias en superficies.

ABSTRACT In Colombia, foodborne illnesses have increased, being the restaurants and educational institutions within the most involved places. The main objective of this study was to evaluate the microbial safety of living and inert surfaces in contact with food in formal and informal restaurants and street food stalls near a university campus. In total, 41 surfaces were selected for the analysis of aerobic mesophilic bacteria and total Coliform, which were subsequently identified by rapid biochemical tests. The results showed cross contamination, with high percentages in aerobic mesophilic bacteria, and although most total coliform counts are within the allowable limit, bacterial identification demonstrates the presence of several genera of the Enterobacteriaceae family In addition, training in hygienic food modifications was shown to be a good instrument to minimize bacterial counts on surfaces.

RESUMO De acordo com as estatísticas na Colômbia, os surtos de doenças de origem alimentar aumentaram, estando os restaurantes e instituições de ensino entre os mais envolvidos. O principal objetivo deste estudo foi avaliar a segurança microbiana de superfícies de contato com alimentos vivos e inertes em restaurantes formais e informais e barracas de comida de rua próximas a um campus universitário. Foram seleccionadas 41 superfícies para análise de bactérias aeróbias mesófilas e coliformes totais, que foram posteriormente identificadas através de testes bioquímicos rápidos. Os resultados mostraram contaminação cruzada, com altas percentagens de bactérias aeróbias mesófilas, e embora a maioria das contagens totais de coliformes estivesse dentro do limite permitido, a identificação bacteriana demonstrou a presença de vários gêneros da família Enterobacteriaceae. Além disso, o treinamento no manuseio higiênico de alimentos demonstrou ser uma boa ferramenta para minimizar a contagem de bactérias na superfície.

RESUMO: A indústria avícola brasileira gera grandes quantidades de resíduos orgânicos, como a cama de frango, utilizada frequentemente na agricultura. Entre as bactérias presentes neste fertilizante orgânico estão os membros da família Enterobacteriaceae, entre eles a Escherichia coli. O objetivo deste estudo foi analisar o perfil de fatores de virulência e resistência antimicrobiana de isolados de E. coli provenientes do fertilizante orgânico aviário. Um total de 47 cepas de E. coli foram testadas por meio da reação em cadeia da polimerase para detectar genes de virulência (hlyF, iss, ompT, iutA e iroN). Quatorze antimicrobianos foram utilizados para testar a susceptibilidade antimicrobiana nos isolados. Genes característicos de E. coli Patogênica Aviária (APEC) foram encontrados entre os isolados, sendo os genes hlyF, iss e ompT os mais prevalentes. Os isolados apresentaram alta resistência (˃50%) à tetraciclina, gentamicina, cefotaxima, nitrofurantoína, trimetoprima-sulfametoxazole e ampicilina. Múltipla resistência a drogas antimicrobianas foi encontrada em grande número de isolados (>70%). Os resultados obtidos mostraram a presença de células APEC portando genes de virulência e resistência a antimicrobianos após 15 dias de processo de empilhamento nas granjas, indicando que o processo necessita de um aperfeiçoamento para eliminar estas células.

ABSTRACT: Brazilian poultry industry generates large amounts of organic waste, such as chicken litter, which is often used in agriculture. Among the bacteria present in organic fertilizer are members of the Enterobacteriaceae family, such as Escherichia coli. The aim of this study was to analyze the profile of virulence factors and antimicrobial resistance of E. coli isolates from avian organic fertilizer. A total of 47 E. coli strains were tested through Polymerase chain reaction to detect virulence genes (hlyF, iss, ompT, iutA and iroN). Fourteen antimicrobials were used to test antimicrobial susceptibility in the strains. Genes characteristic of Avian Pathogenic E. coli (APEC) were reported among the strains, with the hlyF, iss and ompT genes being the most prevalent. The isolates showed high resistance (˃50%) to tetracycline, gentamicin, cefotaxime, nitrofurantoin, trimethoprim-sulfamethoxazole and ampicillin. Multidrug resistance was reported in a great number of strains (>70%). The results showed the presence of APEC cells with virulence genes and antimicrobial resistance after 15 days of the windrowing process in poultry houses, it means this process should be improved to eliminate these cells.

RESUMO Objetivo: identificar o perfil sociodemográfico, microbiológico e de resistência bacteriana em pacientes com pé diabético infectado. Métodos: tratou-se de estudo observacional, transversal que avaliou os perfis sóciodemográfico e microbiológico de pacientes portadores de pé diabético infectado internados em Pronto Socorro de referência. Os dados sociodemográficos foram coletados por meio de entrevista. Foram colhidos, durante os procedimentos cirúrgicos, fragmentos de tecidos das lesões podais infectadas para realização de cultura/antibiograma. Resultados: a amostra foi composta por 105 pacientes. O perfil sociodemográfico mais prevalente foi o de pacientes do sexo masculino, acima dos 50 anos, casados e com baixa escolaridade. Das 105 amostras de fragmentos de tecidos colhidos para realização de cultura e antibiograma, 95 foram positivas, com crescimento de um único germe em cada um dos exames. Houve predomínio de germes da família Enterobacteriaceae (51,5%). Germes Gram-negativos foram isolados em 60,0% das culturas e os espécimes mais isolados individualmente foram os cocos Gram-positivos, Staphylococcus aureus (20,0%) e Enterococcus faecalis (17,9%). Considerando-se os perfis de resistência bacteriana, verificou-se alta taxa de Staphylococcus aureus resistente à meticilina (63,0%) e à ciprofloxacino (55,5%); verificou-se, também, que 43,5% dos germes Gram-negativos eram resistentes à ciprofloxacino. Conclusões: o perfil sociodemográfico majoritário, foi o de homens, com mais de 50 anos e com baixa escolaridade. Concluímos que os germes mais prevalentes nas lesões podais dos pacientes diabéticos foram os Gram-negativos, resistentes ao ciprofloxacino e que o germe mais isolado individualmente foi o Staphylococcus aureus resistente à meticilina.

ABSTRACT Purpose: the purpose of this research was to identify the sociodemographic and microbiological characteristics and antibiotic resistance rates of patients with diabetic foot infections, hospitalized in an emergency reference center. Methods: it was an observational and transversal study. The sociodemographic data were collected by direct interview with the patients. During the surgical procedures, specimens of tissue of the infected foot lesions were biopsied to be cultured, and for bacterial resistance analysis. Results: the sample consisted of 105 patients. The majority of patierns were men, over 50 years of age, married and with low educational level. There was bacterial growth in 95 of the 105 tissue cultures. In each positive culture only one germ was isolated. There was a high prevalence of germs of the Enterobacteriaceae family (51,5%). Gram-negative germs were isolated in 60% of cultures and the most individually isolated germs were the Gram-positive cocci, Staphylococcus aureus (20%) and Enterococcus faecalis (17,9%). Regarding antibiotic resistance rates, a high frequency of Staphylococcus aureus resistant to methicillin (63,0%) and to ciprofloxacin (55,5%) was found; additionally, 43,5% of the Gram-negative isolated germs were resistant to ciprofloxacin. Conclusions: the majority of patients were men, over 50 years of age, married and with low educational level. The most prevalent isolated germs from the infected foot lesions were Gram-negative bacteria, resistant to ciprofloxacin, and the individually most isolated germ was the methicillin resistant Staphylococcus aureus.

SUMMARY: Within the framework of undergraduate and postgraduate medical education, cadavers have been used to teach anatomy by dissection or by using prosected specimens. To accomplish this, an appropriated preservation process must guarantee that the cadaver is kept safe for harm, destruction, and decomposition. Embalming fluid contains fixatives, disinfectants, surfactants, buffers, salt, and water, making the cadaver safe for teaching anatomy. However, it remains unclear if there is any risk of dissemination of microorganisms during anatomy teaching, research, and dissection procedures on fixed cadavers. The purpose of this study is to identify bacterial and fungal species in fixed cadaveric material used in anatomy teaching. Samples of cadavers and anatomical sections were cultured and biochemical tests and molecular identification by polymerase chain reaction (PCR) were performed to identify the microorganisms. The results indicate that fixed cadaveric material has viable bacteria on its surfaces and almost all these correspond to gram-negative bacilli of the Enterobacteriaceae family. In conclusion, fixed cadavers could be a reservoir of bacteria. This study underscores the importance of generating safe manipulation protocols to avoid eventual contamination and disease.

RESUMEN: Dentro del curriculum de los programas de postgrado y pregrado de las carreras de la salud, los cadáveres han sido utilizados para la enseñanza de la anatomía mediante la disección o utilizando preparados anatómicos. Para poder llevar a cabo esto, el cadáver debe pasar por un adecuado proceso de preservación; en el que se utilizan fluidos que contienen fijadores, desinfectantes, surfactantes, buffers, sal y agua, los cuales lo protegen del deterioro y la descomposición. Las soluciones fijadoras y conservadoras contienen desinfectantes, surfactantes, fijadores, buffers, sal y agua, que hacen que el cadáver sea seguro para la enseñanza de la anatomía. Sin embargo, no está claro si existe algún riesgo de diseminación de microorganismos durante la enseñanza, investigación y/o disección en estos cadáveres. El propósito del estudio es identificar especies bacterianas y/o fúngicas en material cadavérico previamente fijado, usado en la enseñanza de la anatomía. Se realizaron cultivos y técnicas de identificación molecular mediante reacción en cadena de polimerasa de muestras tomadas desde material cadavérico para identificar los microorganismos encontrados. Los resultados indican que el material cadavérico previamente fijado posee bacterias en sus superficies, la mayoría corresponde a bacilos gram negativos de la familia de las Enterobacteriaceae. En conclusión, los cadáveres previamente fijados pueden ser reservorio de bacterias. Este estudio destaca la importancia de generar protocolos de manipulación con el fin de evitar una posible contaminación y enfermedad.