Abstract Species of the genus Anisakis (Nematoda: Anisakidae) are indirect life-cycle marine parasites. Planktonic crustaceans serve as first intermediate hosts, while fish and cephalopods as second intermediate or paratenic hosts, and finally the cycle is completed in cetaceans, marine mammals that are the main definitive hosts of the genus. In the life cycle, Anisakis larvae can be ingested by humans as accidental hosts, which can cause anisakiasis, a zoonosis acquired through the consumption of raw or marinated fish and cephalopods. These nematodes have a cosmopolitan distribution; however, their diversity has been poorly studied in the southern hemisphere. Therefore, diversity of Anisakis spp. larvae present in two host species in Chile was evaluated by combining morphometric and genetic analysis. For this purpose, Anisakis spp. larvae were collected from the abdominal cavity of hake Merluccius gayi and the Humboldt squid Dosidicus gigas from fishing ports in the Biobío Region, Chile. Morphometric characterization of Anisakis spp. larvae consisted of measuring the length of the esophagus, esophageal ventricle, tail, total length and maximum body width. The nuclear ITS (ITS1- ITS2) and mitochondrial COX2 molecular regions were used for genetic analysis. Morphometric results revealed that Anisakis larvae extracted from D. gigas were significantly longer than those collected from M. gayi, suggesting high host-dependent phenotypic variability. Molecular and phylogenetic analyses determined the presence of Anisakis pegreffii in both host, however, demonstrated low genetic differentiation and nucleotide diversity among sequences, indicating low genetic variability for the data set. This work constitutes the first molecular record of A. pegreffii in intermediate / paratenic hosts from the coast of Chile.

Resumen Las especies del género Anisakis (Nematoda: Anisakidae) son parásitos marinos con ciclo de vida indirecto. Los crustáceos planctónicos intervienen como primeros hospedadores intermediarios, mientras que peces y cefalópodos intervienen como segundos hospedadores intermediarios o paraténicos, finalmente el ciclo se cierra en los cetáceos, mamíferos marinos que son los principales hospedadores definitivos del género. En el ciclo de vida, las larvas de Anisakis pueden ser ingeridas por el hombre interviniendo como huésped accidental, lo que puede ocasionar anisakiasis, una zoonosis adquirida a través del consumo de peces y cefalópodos crudos o marinados. Estos nemátodos tienen una distribución cosmopolita, sin embargo, su diversidad ha sido escasamente estudiada en el hemisferio Sur. Por tanto, se evaluó la diversidad de las larvas de Anisakis spp., presentes en dos especies de hospederos de Chile, combinando el análisis morfométrico y genético. Para ello, se recolectaron larvas de Anisakis spp. en la cavidad abdominal de la merluza Merluccius gayi y el calamar de Humboldt Dosidicus gigas, procedentes de terminales pesqueros de la región del Biobío, Chile. La caracterización morfométrica de las larvas de Anisakis spp., consistió en la medición de la longitud del esófago, ventrículo esofágico, cola, longitud total y ancho máximo del cuerpo. Para los análisis genéticos se usó la región molecular nuclear ITS (ITS1-ITS2) y mitocondrial COX2. Los resultados morfométricos revelaron que las larvas de Anisakis extraídas de D. gigas fueron significativamente de mayor longitud que las recolectadas en M. gayi, sugiriendo una alta variabilidad fenotípica hospedador-dependiente. Los análisis moleculares y filogenéticos determinaron la presencia de Anisakis pegreffii en ambos hospedadores, sin embargo, demostraron una baja diferenciación genética y diversidad nucleotídica entre las secuencias, indicando una escasa variabilidad genética para el conjunto de datos. Este trabajo constituye el primer registro molecular de A. pegreffii en hospedadores intermediario o paraténicos de la costa de Chile.

Abstract Introduction. During the development of the SARS-CoV-2 pandemic in Antioquia, we experienced epidemiological peaks related to the α, ɣ, β, μ, ƛ, and δ variants. δ had the highest incidence and prevalence. This lineage is of concern due to its clinical manifestations and epidemiological characteristics. A total of 253 δ sublineages have been reported in the PANGOLIN database. The sublineage identification through genomic analysis has made it possible to trace their evolution and propagation. Objective. To characterize the genetic diversity of the different SARS-CoV-2 δ sublineages in Antioquia and to describe its prevalence. Materials and methods. We collected sociodemographic information from 2,675 samples, and obtained 1,115 genomes from the GISAID database between July 12th, 2021, and January 18th, 2022. From the analyzed genomes, 515 were selected because of their high coverage values (>90%) to perform phylogenetic analysis and to infer allele frequencies of mutations of interest. Results. We characterized 24 sublineages. The most prevalent was AY.25. Mutations of interest as L452R, P681R, and P681H were identified in this sublineage, comprising a frequency close to 0.99. Conclusions. This study identified that the AY.25 sublineage has a transmission advantage compared to the other δ sublineages. This attribute may be related to the presence of the L452R and P681R mutations associated in other studies with higher evasion of the immune system and less efficacy of drugs against SARS-CoV-2.

Resumen Introducción. Durante el desarrollo de la pandemia por SARS-CoV-2 en Antioquia se presentaron picos epidemiológicos relacionados con las variantes α, ɣ, β, μ, ƛ y δ, donde δ tuvo la mayor incidencia y prevalencia. Este linaje se considera una variante de preocupación dadas las manifestaciones clínicas que desencadena y sus características epidemiológicas. Se han informado 253 sublinajes δ en la base de datos PANGOLIN. La identificación de estos sublinajes mediante análisis genómico ha permitido rastrear su evolución y propagación. Objetivo. Caracterizar la diversidad genética de los diferentes sublinajes δ de SARSCoV-2 en Antioquia y determinar su prevalencia. Materiales y métodos. Se recopiló información sociodemográfica de 2.675 muestras y de 1.115 genomas del repositorio GISAID entre el 12 de julio de 2021 y el 18 de enero de 2022. Se seleccionaron 501 por su alto porcentaje de cobertura (>90 %) para realizar análisis filogenéticos e inferencia de frecuencias alélicas de mutaciones de interés. Resultados. Se caracterizaron 24 sublinajes donde el más prevalente fue AY.25. En este sublinaje se identificaron mutaciones de interés como L452R, P681R y P681H, que comprendían una frecuencia cercana a 0,99. Conclusiones. Este estudio permitió identificar que el sublinaje AY.25 tiene una ventaja de transmisión en comparación con los otros sublinajes δ. Esto puede estar relacionado con la presencia de las mutaciones L452R y P681R que en otros estudios se han visto asociadas con una mayor transmisibilidad, evasión del sistema inmunitario y menor eficacia de los medicamentos contra SARS-CoV-2.

Resumen El maíz (Zea mays L.) es uno de los cultivos más sembrados en el mundo, siendo Argentina líder mundial en producción y exportación. La Provincia de Santiago del Estero, el este de Tucumán y el norte de Córdoba abarcan ocho zonas agroclimáticas en la región Chaco semiárida, la cual se caracteriza por un amplio rango de temperatura y frecuentes sequías que exponen al cultivo a patógenos, particularmente Aspergillus flavus, responsable de la podredumbre de la espiga y la contaminación de granos con micotoxinas como aflatoxina B1 y ácido ciclopiazónico. Se obtuvieron aislados del hongo desde espigas de maíz y se caracterizaron según capacidad toxigénica y morfotipos de esclerocios (S < 400 μm, asociados con elevados niveles de aflatoxinas y L > 400 μm, relacionados con niveles variables de aflatoxinas). Además, aquellos que no producían aflatoxinas se estudiaron para determinar sus relaciones filogenéticas sobre la base de un segmento del gen CaM. Cincuenta y ocho aislados fueron obtenidos en ocho localidades representativa de cada zona agroclimática, 30 de los cuales resultaron no aflatoxigénicos, 28 aflatoxigénicos y todos productores de ácido ciclopiazónico. Seis aislados no produjeron esclerocios, 51 fueron L y solo uno fue S, siendo este último no aflatoxigénico. El número de esclerocios correlacionó positivamente con la producción de aflatoxina B1, mientras que el tamaño lo hizo de manera negativa. Las secuencias del gen CaM corroboraron que los aislados pertenecen al clado A. flavus y la alta similitud nucleotídica (99,4% a 100%) reveló casi nula diversidad genética en esta región. No se observaron diferencias en la proporción de aislados entre campañas agrícolas estudiadas ni distritos agroclimáticos. Esta investigación reveló características de las poblaciones de hongos en esta región agrícola del norte argentino.

Abstract Maize (Zea mays L.) is one of the most widely planted crops globally with Argentina leading world production and exportation. Santiago del Estero province, east of Tucumán and north of Córdoba encompasses eight agro-climatic zones in the Chaco Semi-arid region, agro-ecologically characterized by a wide temperature range and frequent drought periods that expose the crop to pathogens, particularly Aspergillus flavus. This pathogen is responsible for ear rot and grain contamination with mycotoxins such as aflatoxin B1 and cyclopiazonic acid. This study obtained fungal isolates from ears of maize and characterized them according to toxigenic capability and morphotype of sclerotia (S < 400 μm, associated with high levels of aflatoxins and L > 400 μm, related to variable levels of aflatoxins). In addition, those not producing aflatoxins were studied to determine phylogenetic relationships based on sequences of a segment of the CaM gene. Fifty-eight isolates were obtained in eight localities representing each agro-climatic zone, 30 of which were non-aflatoxigenic, 28 aflatoxigenic, and all producers of ciclopiazonic acid. Six isolates did not produce sclerotia, 51 were L and only one was S, the latter being a non-producer of aflatoxins. The number of sclerotia was positively correlated with the production of aflatoxin B1, while size was negatively correlated. The CaM gene sequences corroborated that the isolates belonged to the A. flavus clade and the high nucleotide similarity among them (99.4% to 100%) revealed almost zero genetic diversity in this geographic region. No significant differences were observed in the proportion of isolates between growing seasons or among agroclimatic districts. This research revealed characteristics of fungus populations in this agricultural region of north Argentina.

Abstract Species of the genus Cinchona are recognized for their effectiveness in treating malaria. For Peru, this genus is of greater importance regarding forestry and civic aspects, because it represents the richness of the plant resource. Nevertheless, nowadays Cinchona populations are strongly threatened by various anthropogenic activities. Cutervo National Park (PNC) is the Peruvian's first Protected Natural Area (ANP) and is considered as a conservation unit for the genus Cinchona. Objective: Determine the genetic diversity and phylogenetic relationships of the species of the genus Cinchona that inhabit the PNC. Methods: We tested 13 samples using the matK marker and a phylogenetic tree was generated using the maximum likelihood method and bootstrap measures of phylogenetic support. Results: 8 number of haplotypes (h) were recorded, with haplotype diversity (Hd) 0.859 and nucleotide diversity (π) 0.35%, also identifying: C. calisaya, C. pubescens and C. pitayensis for the PNC; the phylogenetic tree showed C. pitayensis as conserved specie, meanwhile C. pubsecens is present in many groups. Conclusions: The high genetic diversity of Cinchona and haplotype record of C. calisaya, species with a national conservation category of "Vulnerable", increases the importance for biodiversity conservation of the PNC.

Resumen Las especies del género Cinchona son reconocidas mundialmente por su eficacia en el tratamiento contra la malaria. Para el Perú, este género reviste mayor importancia a los aspectos forestal y cívico, por representar la riqueza del recurso vegetal. Sin embargo, en la actualidad sus poblaciones se encuentran fuertemente amenazadas por diversas actividades antropogénicas. El Parque Nacional de Cutervo (PNC) es la primer Área Natural Protegida (ANP) del Perú y es considerado como unidad de conservación para el género Cinchona. Objetivo: Determinar la diversidad genética y las relaciones filogenéticas de las especies del género Cinchona presentes en el PNC. Métodos: Nosotros evaluamos 13 muestras empleando el marcador matK y se generó un árbol filogenético empleando el método de máxima verosimilitud con soporte de filogenia bootstrap. Resultados: 8 haplotipos fueron registrados, con una diversidad haplotípica (Hd) 0.859 y nucleotídica (π) 0.35 %, identificándose además a: C. calisaya, C. pubescens y C. pitayensis para el PNC; el árbol filogenético mostró que la especie C. pitayensis se encuentra bastante conservada, mientras que C. pubsecens se encuentra presente en distintos grupos con similitud variable. Conclusiones: La elevada diversidad genética de Cinchona y el registro del haplotipo de C. calisaya, especie con categoría de conservación nacional “Vulnerable”, incrementa la importancia para la conservación de la biodiversidad del PNC.

Abstract The intrapopulation genetic variability of Vultur gryphus (Andean condors) from Cusco and Apurimac regions was evaluated by amplification and sequencing of mitochondrial DNA corresponding to the control region and 12S ribosomal subunit (D-Loop-RNAr12S), Cytochrome Oxidase subunit I (COI) genes and NADH dehydrogenase subunit II (ND2) gene. DNA was extracted from the calamus of feathers recollected from captive and wild specimens. The main indices of genetic diversity such as the haplotype diversity, the nucleotide diversity, the average number of nucleotide differences and the number of polymorphic sites were analyzed. The PCR amplification success rate was 100% for the three mitochondrial amplified sequences. Four haplotypes were identified from the 600 bp sequenced of D-Loop-RNAr12S region; six haplotypes from the 704 bp sequenced of the COI gene; five haplotypes from the 1090 bp sequenced of the ND2 gene. The COI gene presented the highest haplotype diversity (Hd = 0.468), the D-Loop-RNAr12S region presented the highest index of nucleotide diversity (π = 0.00086), while the COI gene presented the highest average number of nucleotide differences (K = 0.52615). The results show low levels of genetic variability in the mitochondrial genes of the Andean Condor in the study area, indicating a population with a homogeneous genetic structure.

Resumen La variabilidad genética intrapoblacional de Vultur gryphus (cóndores andinos) de las regiones de Cusco y Apurímac fue evaluada mediante amplificación y secuenciación del ADN mitocondrial correspondientes a la región control y subunidad ribosomal 12S (D-Loop-ARNr12S), y a los genes Citocromo Oxidasa subunidad I (COI) y NADH deshidrogenasa subunidad II (ND2). El ADN se extrajo a partir de cálamos de plumas de muda de ejemplares en cautiverio y silvestres. Se analizaron los principales índices de diversidad genética como son: la diversidad haplotípica, la diversidad nucleotídica, el número promedio de diferencias nucleotídicas y el número de sitios polimórficos. La tasa de éxito de amplificación mediante PCR fue de 100% para las tres regiones de ADN analizadas. Se secuenció 600 pb de la región D-Loop-ARNr12S caracterizándose cuatro haplotipos, 704 pb del gen COI caracterizándose seis haplotipos y 1090 pb del gen ND2 caracterizándose cinco haplotipos. El gen COI presentó el mayor valor de diversidad haplotípica (Hd = 0.468), la región del gen D-Loop-ARNr12S presentó el mayor índice de diversidad nucleotídica (π = 0.00086), mientras que el gen COI presentó el mayor número promedio de diferencias nucleotídicas (K = 0.52615). Los resultados muestran bajos niveles de variabilidad genética en los genes mitocondriales de los cóndores andinos de la zona de estudio, que indicarían una población con estructura genética homogénea.

Abstract Escovopsis is a genus recently described for which 5 new species have described in the last 6 years. The identification of fungal species is based on morphological structures. Currently, the use of genetic markers based on ribosomal DNA (rDNA) sequences has gained acceptance in numerous applications, such as the molecular identification of the fungal diversity. The objective of this work was to isolate and identify morphologically and molecularly Escovopsis strains native from Argentina. Three strains of Escovopsis were isolated from different samples of soil and fungal gardens from nests of leaf-cutting ants. Taxonomic identification and subsequent DNA extraction was carried out. The ITS1-5.8S-ITS2 region of the rDNA was amplified. This is the first work that records the isolation and morphological identification of strains of fungi of the genus Escovopsis native of Misiones (Argentina): 2 belonging to E. weberi and 1 to E. microspora. Particularly, for the E. microspora strain, it was possible to complement the morphological identification with molecular methods and phylogenetic analysis. The nucleotide sequence obtained from E. microspora represents a contribution for future studies in the area of molecular analysis of the ITS1-5.8S-ITS2 region of the genus Escovopsis.

Resumen Escovopsis es un género descrito recientemente para el cual se han reportado 5 nuevas especies en los últimos 6 años. La identificación de especies fúngicas está basada en la morfología de las estructuras reproductivas. Actualmente, el uso de marcadores genéticos basado en secuencias del ADN ribosomal ha ganado aceptación en numerosas aplicaciones, como la identificación molecular de la diversidad fúngica. El objetivo del presente estudio fue aislar e identificar morfológica y molecularmente cepas de Escovopsis nativas de Argentina. A partir de muestras de suelo y cultivos de hongos de nidos de hormigas cortadoras de hojas se aislaron 3 cepas de Escovopsis. Se realizó la identificación taxonómica y posterior extracción de ADN. Se amplificó la región ITS1-5,8S-ITS2 del ADNr. Este es el primer trabajo que registra el aislamiento e identificación morfológica de cepas del hongo biocontrolador del género Escovopsis nativas de Misiones (Argentina): 2 pertenecientes a la especie E. weberi y una a la especie E. microspora. Particularmente, para la cepa E. microspora, se logró complementar la identificación morfológica con métodos moleculares y análisis filogenéticos. La secuencia nucleotídica obtenida de E. microspora representa una contribución para futuros estudios en el marco del análisis molecular de la región ITS1-5.8S-ITS2 del género Escovopsis.

Alien species represent a threat to native biodiversity. The success of invasive species despite their reduced genetic diversity is known as “the genetic paradox”. The American mink (Neovison vison) was introduced in several regions of the world, like Europe, Asia and South America. In Argentina, they were introduced in the 1930’s by the fur industry and wild populations were established in Patagonia due to liberations and escapes. In this study, we analyzed the genetic diversity of a wild American mink population of northern Santa Cruz province and compared it with a captive population. We sequenced a 359-bp fragment of the mtDNA control region and found that genetic variability was similar between both groups. Like in other wild invasive populations, genetic variability was not reduced in the population of Santa Cruz, probably as a consequence of frequent releases and escapes from different sources of captive minks.

Las especies invasoras constituyen una amenaza para la biodiversidad nativa. El éxito de las especies invasoras pese a su baja variabilidad genética se conoce como “paradoja genética”. El visón americano (Neovison vison) fue introducido en varias regiones del planeta como Europa, Asia y América del Sur con fines peleteros. En Argentina fue introducido en la década de 1930 y, como resultado de la liberación de individuos en la naturaleza, lograron establecerse poblaciones silvestres en la región Patagónica. El objetivo del presente trabajo es estudiar la diversidad genética de una población asilvestrada de la provincia de Santa Cruz y compararla con la de una población en cautiverio. Analizamos un fragmento de 359 pb de la región control de ADN mitocondrial y encontramos índices de variabilidad similares entre la población silvestre y la población cautiva. Al igual que en poblaciones asilvestradas de otras regiones del planeta, no se observa una reducción en la variabilidad genética en la población silvestre de Santa Cruz, probablemente como consecuencia de liberaciones y escapes recurrentes desde diversas fuentes de cautiverio.

Resumen La tortuga marina caguama, Caretta caretta, es una especie ampliamente distribuida pero que enfrenta una crítica reducción de su población en las colonias del Caribe colombiano. Los datos de las secuencias de DNA mitocondrial son de gran importancia para la descripción, monitoreo y análisis de la filogenia de las tortugas migratorias. En este estudio se secuenció y analizó por primera vez el genoma mitocondrial completo de la tortuga caguama que anida en el Caribe colombiano. Este genoma tiene un tamaño de 16.362 pb con una composición de nucleótidos de T: 25.7 %, C: 27 %, A: 35 % y G: 12 %. La anotación de la secuencia de la molécula reveló una organización y número de unidades codificantes y funcionales como los reportados para mitogenomas de otros vertebrados. Esta tortuga caguama colombiana (Cc-AO-C) mostró un nuevo haplotipo D-Loop que contiene trece nuevos sitios variables, que comparten el 99.2 % de identidad de secuencia con el haplotipo CC-A1 D-Loop previamente reportado para la tortuga caguama del Caribe. Los trece genes que codifican proteínas en el mitogenoma Cc-AO-C se compararon y alinearon con los de otras cuatro tortugas caguama de distintas localidades (Florida, Grecia, Perú y Hawái). Once de estos genes presentaron niveles moderados de diversidad genética, y los genes COII y ND5 mostraron las diversidades nucleotídicas más altas, con un número promedio de diferencias entre pares de secuencias de 6.6 y 25, respectivamente. Adicionalmente, se llevó a cabo la primera aproximación relacionada con el análisis de la estructura 2D y 3D de t-RNAs en este mitogenoma, lo cual condujo a la observación de características únicas en dos tRNAs (tRNATrp y tRNALeu). La filogenia de las tortugas marinas fue revisada a la luz de la nueva información mitogenómica. El mitogenoma, así como los genes individuales ND5, ND4 y 16S, proporcionan datos filogenéticamente informativos. En conclusión, este estudio resalta la importancia de los datos del mitogenoma para revelar procesos de flujo génico en las poblaciones naturales de tortuga caguama, así como para entender la historia evolutiva de las tortugas marinas.

Abstract The loggerhead marine turtle, Caretta caretta, is a widely distributed and endangered species that is facing critical population decline, especially in Colombian Caribbean rookeries. Mitochondrial DNA sequence data are of great importance for the description, monitoring, and phylogenetic analyses of migratory turtle populations. In this study, the first full mitochondrial genome of a loggerhead turtle nesting in the Colombian Caribbean was sequenced and analyzed. This mitochondrial genome consists of 16 362 bp with a nucleotide composition of T: 25.7 %, C: 27 %, A: 35 % and G: 12 %. Sequence annotation of the assembled molecule revealed an organization and number of coding and functional units as reported for other vertebrate mitogenomes. This Colombian loggerhead turtle (Cc-AO-C) showed a novel D-Loop haplotype consisting of thirteen new variable sites, sharing 99.2 % sequence identity with the previously reported Caribbean loggerhead CC-A1 D-Loop haplotype. All 13 protein-coding genes in the Cc-AO-C mitogenome were compared and aligned with those from four other loggerhead turtles from different locations (Florida, Greece, Peru, and Hawaii). Eleven of these genes presented moderate genetic diversity levels, and genes COII and ND5 showed the highest diversity, with average numbers of pair-wise differences of 16.6 and 25, respectively. In addition, the first approach related to t-RNAs 2D and 3D structure analysis in this mitogenome was conducted, leading to observed unique features in two tRNAs (tRNATrp and tRNALeu). The marine turtle phylogeny was revisited with the newly generated data. The entire mitogenome provided phylogenetically informative data, as well as individual genes ND5, ND4, and 16S. In conclusion, this study highlights the importance of complete mitogenome data in revealing gene flow processes in natural loggerhead turtle populations, as well as in understanding the evolutionary history of marine turtles.

Resumo A tartaruga marinha Caretta caretta (Cc) é uma espécie amplamente distribuída e ameaçada de extinção que enfrenta um declínio crítico da população, especialmente nas colônias do Caribe colombiano. Marcadores moleculares, como sequências de DNA mitocondrial (mtDNA), são de grande importância para a descrição, monitoramento e análise filogenética de populações migratórias de tartarugas. Este estudo mostra a obtenção e análise do genoma mitocondrial de uma tartaruga-cabeçal Cc aninhada na costa Caribe da Colômbia. O genoma mitocondrial é constituído por 16.362 pb, com uma região não codificante (D-Loop), 13 genes codificadores de proteínas (13 PCG), 22 genes tRNA e 2 rRNA (16S e 12S) e uma frequência nucleotídica de T: 25.7 % , C: 27 %, A: 35 % e G: 12,2 %, todos organizados de forma semelhante à maioria dos mitogenomos de vertebrados. Esta tartaruga Cc colombiana apresentou um novo haplótipo D-Loop com treze sítios polimórficos quando comparado ao haplótipo CC-A1.1 (96 %). Além disso, onze genes codificadores de proteínas entre as tartarugas marinhas de diferentes origens apresentaram uma diversidade genética semelhante, exceto os genes COII e ND5 que apresentaram o maior número médio de diferenças entre pares de seqüências (16.600 e 25.000, respectivamente). Aqui relatase a primeira abordagem relacionada à análise de estruturas 2D e 3D para Cc e descrevese as diferenças em dois tRNAs (tRNATrp, tRNALeu). As inferências bayesianas e os métodos de máxima verossimilhança explicam melhor a filogenia das tartarugas marinhas quando utilizamse mitogenomes completos, assim como os genes ND5, ND4 e 16S. Os genes marcadores ATP8, ND4L e ND1 apresentaram relação filogenética pouco suportada. Como conclusão, este estudo apresenta o uso de mitogenomes completos como uma alternativa para melhorar a análise filogenética em tartarugas marinhas e é a primeira análise genética de mitogenomes completos de nidificação na Colômbia.

Abstract: Background and Aims: Guarianthe skinneri is a native orchid from Chiapas, Mexico, with a Central American distribution, which is threatened by extraction and illegal trade. For this reason, it is classified as threatened in the Mexican rule NOM-059-SEMARNAT-2010. In the region of Soconusco (Chiapas, Mexico) and Guatemala, it is commonly called “Candelaria”, because its flowering time coincides with the dates of the virgin of the same name. In Tapachula city (Chiapas, Mexico), it is common to find plants of this species in the courtyards of private gardens. The objective of this work was to estimate the diversity and genetic structure of G. skinneri from samples obtained from an urban population of Tapachula and from its comparison with five wild populations of Guatemala, in order to determine the potential of the urban population as a source of propagules and understand if genetic distance between populations could be related with the geographic distance that separates them. Methods: Nucleotidic variation in sequences of two regions of ribosomal nuclear DNA (ITS 1-2 and ITS 3-4) was used as genetic marker. The sequences were concatenated obtaining the conventional parameters of diversity and genetic structure. Key results: We observed populations with low and high genetic diversity. A total of 38 haplotypes were observed, whose number per population was between 1 and 15. Haplotidic diversity (Hd) was between 0 and 1, the average number of polymorphic sites was between 0 and 165. The nucleotidic diversity (π) and the average number of nucleotidic differences shows that Tapachula had the greatest diversity, followed by populations of Guatemala. The genetic structure was moderate (Fst=0.083) and the genetic distance was not associated with the geographic distance of the populations. Conclusions: The diversity patterns and genetic structure between populations were attributed to anthropogenic factors derived from its ornamental use, especially in the city of Tapachula.

Resumen: Antecedentes y Objetivos: Guarianthe skinneri es una orquídea nativa de Chiapas, México, con distribución centroamericana, objeto de extracción y comercio ilícito; por esta razón, está catalogada como amenazada en la Norma Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010. En la región del Soconusco (Chiapas, México) y Guatemala, se le denomina “Candelaria”, debido a que su época de floración coincide con las fechas de la homónima virgen. En la ciudad de Tapachula (Chiapas, México), es común encontrar individuos de esta especie en los patios de domicilios particulares. El objetivo de este trabajo fue estimar la diversidad y estructura genética de G. skinneri a partir de muestras obtenidas de una población urbana de Tapachula y de su comparación con cinco poblaciones silvestres de Guatemala, para determinar el potencial de la población urbana como fuente de propágulos y averiguar si la distancia genética entre poblaciones se relaciona con la distancia geográfica que las separa. Métodos: Como marcador genético se utilizó la variación nucleotídica en secuencias de dos regiones de ADN nuclear ribosomal (ITS 1-2 y ITS 3-4). Se concatenaron las secuencias y se obtuvieron los parámetros convencionales de diversidad y estructura genética. Resultados clave: Se observaron poblaciones desde bajos hasta altos niveles de diversidad genética. Se registró un total de 38 haplotipos cuyo número entre poblaciones osciló entre 1 y 15. La diversidad haplotípica (Hd) estuvo entre 0 y 1, el número promedio de sitios polimórficos entre 0 y 165. La diversidad nucleotídica (π) y el número promedio de diferencias nucleotídicas muestran que Tapachula tuvo la mayor diversidad, seguida por poblaciones de Guatemala. La estructura genética fue moderada (Fst=0.083) y la distancia genética no se asoció con la distancia geográfica de las poblaciones. Conclusiones: Los patrones de diversidad y estructura genética entre poblaciones se atribuyen a factores antropogénicos derivados de su uso ornamental, especialmente en la ciudad de Tapachula.

The chub mackerel, Scomber japonicus supports an important fishery in the Southeast Pacific, however, its population genetics is currently unknown. In the present study, we examined the genetic structure, the gene flow and the historical demography of this species in the Northern Humboldt Current System. Samples were collected during summer of years 2013-2014 from three fishing points (Paita, Ventanilla and Ilo), covering 12 degrees of latitude along the coast of Peru. A 532 bp segment of the mitochondrial control region was sequenced in 72 individuals, which allowed us to detect a total of 29 polymorphic sites, 35 haplotypes, moderate-to-high levels of haplotype diversity (0.793 - 0.969) and very low levels of nucleotide diversity (0.004 - 0.008). Gene flow analysis showed high levels of connectivity among populations in the sampling areas. Analysis of molecular variance (ФST = 0.00868, P = 0.1837), population pairwise ФST comparisons and genetic differentiation tests confirmed the lack of genetic structuring among the three localities. These analyses suggest that sampling sites analyzed can be considered as a single gene pool. Migratory behavior, the high dispersal potential of early stages and the lack of oceanographic barriers may explain its genetic homogeneity along the Peruvian sea. Historical demography was also examined. Neutrality tests, mismatch distribution and Bayesian skyline plot suggested a population expansion scenario that took place during the Late Pleistocene. This study provides novel information on population genetics of the chub mackerel in the Southeast Pacific.

La caballa, Scomber japonicus soporta una pesquería importante en el Pacífico Sudeste, sin embargo, su genética de poblaciones se desconoce actualmente. En el presente estudio se examinó la estructura genética, el flujo génico y la demografía histórica de esta especie en la parte norte del Sistema de la Corriente de Humboldt. Las muestras fueron colectadas en los veranos del 2013 y 2014 en tres puntos de desembarco de pesca (Paita, Ventanilla e Ilo) cubriendo 12 grados de latitud frente a la costa peruana. Se secuenció un segmento de 532 pb de la región control mitocondrial en 72 individuos, el cual permitió detectar un total de 29 sitios polimórficos, 35 haplotipos, niveles moderados altos de diversidad haplotípica (0.793 - 0.969) y muy bajos niveles de diversidad nucleotídica (0.004 - 0.008). El análisis de flujo génico mostró altos niveles de conectividad entre las poblaciones en las áreas de muestreo. El análisis de varianza molecular (ФST = 0.00868, P = 0.1837), las comparaciones ФST a pares de poblaciones y las pruebas de diferenciación genética confirmaron la carencia de estructuración genética entre las tres localidades. Estos análisis sugieren que los sitios de muestreo analizados pueden ser considerados como un solo grupo genético. El comportamiento migratorio, el alto potencial de dispersión de los estadios tempranos de desarrollo y la ausencia de barreras oceanográficas pueden explicar su homogeneidad genética a lo largo del mar peruano. También se examinó la demografía histórica. Las pruebas de neutralidad, la distribución mismatch y el Bayesian Skyline Plot sugirieron un escenario de expansión poblacional que tuvo lugar durante el Pleistoceno Superior. Este estudio provee información nueva con respecto a la genética de poblaciones de la caballa en el Pacífico Sudeste.

Abstract: Deforestation causes fragmentation of habitats, which in turn affects the composition, abundance and demography of species, and therefore the population isolation of many species. The impacts of fragmentation will depend on the responsiveness of the species to disturbances in their habitat, and the configuration and structure of landscape. In some populations, habitat fragmentation can cause long-term population isolation by the reduction in population size and the weakening of relations between individuals, even in highly mobile species like bats. In Mexico, A. jamaicensis is the most studied bat; however, few studies focused on the knowledge of the impacts of habitat modification in its diversity and genetic structure. Therefore, the objective of this study was to evaluate the diversity, structure and genetic differentiation, and analyze demographic history of A. jamaicensis in two different habitats, using a 396 bp fragment of the mitochondrial D-loop region. Haplotype network revealed 34 unique haplotypes of 34 individuals analyzed. Haplotype diversity was high (h = 1) for both populations, and nucleotide diversity was relatively low (< 0.03). The analysis of the distribution of pairwise differences between sequences and negative values of statistical tests based on neutrality suggest a process of recent and sudden demographic expansion of A. jamaicensis. A moderate genetic differentiation points to the existence of genetic structure of A. jamaicensis.

Resumen: La deforestación de las selvas provoca la fragmentación de los hábitats, lo cual interviene en la composición, abundancia y demografía de las especies, y por lo tanto, en el aislamiento poblacional en muchas especies. Los impactos de la fragmentación dependerán de la capacidad de respuesta de las especies a los disturbios en su hábitat, y de la configuración y estructura del paisaje. En algunas poblaciones, la fragmentación del hábitat puede provocar el aislamiento poblacional a largo plazo, por la reducción del tamaño poblacional y el debilitamiento de relaciones entre individuos, aún en especies de alta movilidad como los murciélagos. En México, A. jamaicensis es de los murciélagos más estudiados; sin embargo, son pocos los trabajos enfocados en conocer los impactos de la modificación de su hábitat, en su diversidad y estructura genética. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad, la estructura y la diferenciación genética, así como analizar la historia demográfica de A. jamaicensis en dos hábitats diferentes, utilizando un fragmento de 396 pb de la región mitocondrial D-loop. La red de haplotipos reveló 34 haplotipos únicos de 34 individuos analizados. La diversidad haplotípica fue alta (h = 1) para ambas poblaciones, y la diversidad nucleotídica fue relativamente baja (< 0.03). El análisis de la distribución de diferencias nucleotídicas pareadas (distribución mismatch), y los valores negativos de los estadísticos basados en pruebas de neutralidad, sugieren un proceso de expansión demográfica reciente y repentina de A. jamaicensis. Una moderada diferenciación genética apunta a que existe estructura genética de A. jamaicensis.

Los polimorfismos en el gen dopamina p-hidroxilasa (DBH) se asocian con el temperamento en los bovinos. En 16 animales de la raza criolla colombiana Blanco Orejinegro (BON), 20 Brahman (BRA) y 16 de Ganado de lidia (GLI), se evaluaron los polimorfismos del exón xii del gen DBH mediante secuenciación. Se encontraron 13 haplotipos, 6 en BON, 9 en BRA y 2 en GLI. El haplotipo H2 fue el más frecuente (0,615) y se encontró en las tres razas, mientras los haplotipos H6 y H9 fueron compartidos entre BON-BRA y BRA-GLI, respectivamente. La mayor diversidad genética (DG: 0,915 ± 0,04) y nucleotídica (DN: 0,011 ± 0,006) se encontró en la raza BRA, seguida por BON (DG: 0,700 ± 0,12; DN: 0,008 ± 0,004) y GLI (DG: 0,350 ± 0,14; DN: 0,0011 ± 0,001). Si bien el test de D-Tajima fue mayor que cero, no fue significativo (P > 0,05) en BON y BRA, pero en la raza GLI presentó un valor de -1,92 (P < 0,05). El análisis de varianza molecular mostró una variación entre las razas de 23,9% y una estructura poblacional (F^) de 0,23 (P < 0,001). Los mayores valores del coeficiente de coancestría se presentaron entre GLI y BRA (0,52) y entre GLI y BON (0,22). Se concluye que la raza GLI tiene baja diversidad en el gen DBH en comparación con las razas BON y BRA, que hay efectos de la selección natural en BON y BRA mientras que en la raza GLI se evidencia un barrido selectivo reciente y no a favor del temperamento.

Polymorphisms in the dopamine p-hydroxylase gene (DBH) have been associated with temperament in cattle. In 16 animals of Colombian creole breed Blanco Orejinegro (BON), 20 Brahman (BRA) and 16 fighting bulls (GLI), polymorphisms of exon xii of the DBH gene were evaluated by sequencing. 13 haplotypes were found, 6 in BON, 9 and 2 in BRA and GLI respectively. Haplotype H2 was the most frequent in the whole population (0,615) and it was found in all breeds. Haplotypes H6 and H9 were shared between BON-BRA and BRA-GLI, respectively. The greatest value of genetic (DG: 0.915 ± 0.04) and nucleotide (DN: 0.011 ± 0.006) diversity, was found in BRA, followed by BON (DG: 0.700 ± 0.12; DN: 0.008 ± 0.004) and GLI (DG: 0.350 ± 0.14; DN: 0.0011 ± 0.001). The D-Tajima test was greater than zero, but not significant (P > 0.05) in BON and BRA, GLI presented a value of -1.92 (P < 0.05). The analysis of molecular variance showed a variation between the breeds of 23.9% and a poblacional structure (F$t) of 0.23 (P < 0.001). The highest values of the coancestry coefficient were presented between GLI and BRA (0.52) and between GLI and BON (0.22). It is concluded that the GLI race has low diversity in the DBH gene compared to BON and BRA, that there are effects of neutral selection in BON and BRA breeds, whereas, in the GLI and not in favor of temperament.

Mormoops megalophylla is a cave-dwelling bat distributed from southern United States across Central America to northern Peru. Its conservation status at a global level is of Least Concern, according to the IUCN Red List of Threatened Species; in Ecuador, however, it is included under the Vulnerable category due to the threats faced by the only two viable populations known. Individuals from each locality (Carchi and Pichincha) were captured and marked. The D-loop of the mitochondrial control region was obtained from wing membrane tissue samples, in order to analyze the geographic distribution of nucleotide and haplotype diversity of the populations, as well as gene flow between them. The molecular variation within and between populations was evaluated through a molecular variance analysis. A high haplotype diversity and a low nucleotide diversity were observed. The gene-flow estimator revealed that Carchi and Pichincha make up a single population coming from a single lineage. The network of haplotypes indicated that those with the highest frequency are shared in both localities; the largest number of unique haplotypes, however, was observed in Pichincha. The high haplotype diversity and low nucleotide diversity values in Ecuador are due to the fact that the ghost-faced bat populations may have experienced a fast-growing period from a low effective population size, with sufficient time to accumulate haplotype diversity, but insufficient to increase nucleotide diversity. The low genetic variability between both localities indicates the existence of a panmictic population that may have been split by factors such as habitat transformation, leading to isolated colonies. The preservation of this vulnerable species will depend on conservation efforts and studies that seek to supplement the analysis of genetic variability with other molecular markers, a continued monitoring of migratory processes, and inventorying of intermediate sites and localities with historical records.

Mormoops megalophylla es un murciélago cavernícola distribuido desde el sur de Estados Unidos a través de Centroamérica hasta el norte de Perú. Su estado de conservación a nivel mundial es de Preocupación Menor, de acuerdo a la Lista Roja de Especies Amenazadas de la IUCN. Sin embargo, en Ecuador se encuentra en la categoría de Vulnerable debido a las amenazas que se enfrentan las únicas dos poblaciones viables reconocidas. En cada localidad (Carchi y Pichincha) los individuos fueron capturados y marcados. A partir de muestras obtenidas de tejido de la membrana alar, se analizó el D-Loop de la región control de la mitocondria, con el fin de analizar cómo se distribuye geográficamente la diversidad nucleotídica y haplotípica de las poblaciones, así como el flujo genético entre las mismas. Se evaluó la variación molecular dentro y entre las poblaciones a través de un análisis de varianza molecular. Se halló una diversidad haplotípica alta y nucleotídica baja. El estimador de flujo génico determinó que Carchi y Pichincha conforman una sola población proveniente de un único linaje. La red de haplotipos indicó que aquellos de mayor frecuencia están compartidos en ambas localidades; sin embargo, se observa mayor número de haplotipos únicos en la localidad de Pichincha. Los valores de diversidad haplotípica alta y nucleotídica baja en Ecuador se deben a que las poblaciones del murciélago rostro de fantasma pudieron haber atravesado un período de crecimiento rápido a partir de un tamaño efectivo poblacional bajo, con suficiente tiempo para acumular diversidad haplotípica, pero insuficiente para aumentar la diversidad nucleotídica. La poca variabilidad genética entre ambas localidades indica la existencia de una población panmíctica que se puede haber visto dividida por efectos como la transformación de hábitat dejando a las colonias aisladas. La preservación de esta especie vulnerable dependerá de esfuerzos de conservación y estudios que busquen complementar el análisis de variabilidad genética mediante otros marcadores moleculares, continuar el monitoreo de procesos migratorios e inventarios de sitios intermedios y en las localidades con registros históricos.

Abstract: Background and Aims: Conservation of wild and cultivated populations in which cultivated plants originated and were domesticated is an important management action for phytogenetic resources. The aim of this study was to identify the centers of origin, domestication and genetic diversity of Spondias purpurea in Mesoamerica through phylogeographic analyses. Methods: The trnS-trnG cpDNA marker was amplified for 66 accessions from the germplasm bank of S. purpurea and sequences from Genbank published for the genus Spondias were retrieved. Sequences were grouped in 54 populations from seven biogeographic provinces based on populations sampled, and, based on the management status of the specimens, in three categories: wild, forestry management and agricultural management. Key results: In total, 38 different haplotypes were identified, 17 were exclusive for S. purpurea, 12 to S. mombin, two to S. radlkoferi, and three to S. testudinis; one grouped both S. purpurea and S. mombin, and one both S. purpurea and S. radlkoferi. Five groups of haplotypes were identified with the nested contingency analysis for all sequences of the genus, and another five for the S. purpurea sequences. Conclusions: Analyses of the results suggest the following: 1) the lack of differentiation between the lineages may be due to hybridization between species of this genus, a hypothesis yet to be tested with other molecular markers; 2) the Western region of Mexico (Jalisco, Nayarit, Michoacán) is the center of origin; 3) the center of origin as well as Guatemala are domestication centers; 4) eight populations are particularly important for germplasm conservation programs due to the haplotypes they contain and three provinces with high nucleotide diversity.

Resumen: Antecedentes y Objetivos: La identificación de poblaciones silvestres, con manejo agrícola o silvícola en los centros de origen y domesticación de plantas, es una acción importante en la conservación de los recursos fitogenéticos. Para identificar los centros de origen, domesticación y diversidad genética de Spondias purpurea en Mesoamérica se realizó un análisis filogeográfico de la especie. Métodos: Se amplificó el marcador de DNAcp trnS-trnG para 66 accesiones del banco de germoplasma de S. purpurea y se obtuvieron las secuencias publicadas en GenBank para este marcador en el género Spondias. Las secuencias se agruparon en 54 poblaciones distribuidas de siete provincias biogeográficas de Mesoamérica, de acuerdo con las localidades de las colectas, y en tres categorías: silvestre, silvícola y agrícola. Resultados clave: Se identificaron 38 haplotipos diferentes de los cuales 17 son exclusivos de S. purpurea, 12 a S. mombin, dos a S. radlkoferi y tres a S. testudinis; uno agrupa a S. purpurea y S. mombin, y uno a S. purpurea y S. radlkoferi. El análisis de contingencia anidada resultó en cinco grupos de haplotipos para las secuencias de todas las especies y otros cinco para los haplotipos de S. purpurea. Conclusiones: El análisis de los resultados sugiere lo siguiente: 1) la falta de diferenciación entre los linajes podría deberse a hibridación entre las especies del género, lo que debe comprobarse con otros marcadores moleculares; 2) el centro de origen de S. purpurea se encuentra en la región de occidente de México (Jalisco, Nayarit, Michoacán); 3) el centro de origen y la región de Guatemala son centros de domesticación de S. purpurea; 4) existen ocho poblaciones que contienen haplotipos importantes para la conservación del germoplasma y tres provincias con diversidad nucleotídica importante.

RESUMEN Objetivo . Estimar la diversidad genética de Anadara tuberculosa en cinco manglares de Tumaco Nariño, Colombia utilizando como marcador molecular mitocondrial la subunidad I de la citocromo oxidasa (COI). Materiales y métodos. Se colectaron en total 50 individuos de los manglares San Jorge, La Tiburonera, El Pajal, La Playa y Bajito Vaquería, tomando 10 ejemplares al azar de cada zona. La muestra de tejido se fijó con alcohol absoluto a temperatura ambiente en microtubos. Se extrajo y amplificó el ADN mitocondrial mediante la técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction). Los productos de PCR amplificados y cuantificados se secuenciaron por ambos lados (Macrogen). Una vez se obtuvo las secuencias, se editó y alineo cada secuencia. Posteriormente, se midió los parámetros de diversidad genética (haplotípica y nucleotídica) y se elaboró el análisis de distribución entre pares de frecuencias (Mistmach distribution). Finalmente se efectuó el análisis de variación nucleotídica y la estructura poblacional (AMOVA). Resultados. El gen amplificado tuvo una longitud de 710 pb. La diversidad haplotípica reportada para todas las poblaciones fue alta (0.683±0.060) y la diversidad nucleotídica reportada fue baja para todas las poblaciones (0.040±0.020). Los resultados del AMOVA indican que la varianza entre poblaciones es baja (4.20%) y la varianza dentro de las poblaciones es alta (95.80%). Conclusiones. Las poblaciones estudiadas no se encuentran estructuradas y a pesar de la disminución de los bancos naturales de las poblaciones de Anadara tuberculosa, se estima que la diversidad genética es alta.

ABSTRACT Objective . To estimate the genetic diversity of the Anadara tuberculosa en five mangrove swams of Tumaco, Nariño, Colombia using as a mitocondrial molecular marker the cytochromo oxidase sub-unit I (COI). Materials and methods. A total of 50 individuals were collected from the San Jorge, La Tiburonera, El Pajal, La Playa y Bajito Vaquería mangrove swamps, randomly selecting 10 specimens of each zone. The tissue sample was worked with absolute alcohol at ambient temperature in microtubes. DNA was extracted, and the mitocondrial DNA was amplified using the PCR technique (polymerase chain reaction). The amplified and quantified products of PCR were sequenced on both sides (Macrogen). Each one of the obtained sequences was edited and aligned. Later, the parameters of genetic diversity (haplotypical and nucleotidical) were measured, and the analysis of distribution between frequency pairs (Mistmach distribution) was elaborated. Finally, the analysis of nucleotidic variation and population structure (AMOVA) was completed. Results. The amplified product gene weighed 710 bp. The haplotypical diversity reported for all the populations was high (0.683±0.060) and the reported nucleotídical diversity was low for all the populations (0.040±0.020). The AMOVA results indicate that the variance amongst populations is low (4.20%) and that the variance within populations is high (95.80%). Conclusions. The studied populations are not structured and although there is a decrease of natural banks, the genetic diversity is high.