RESUMEN Las plantas de algodón transgénicas (Bacillus thuringiensis Berliner (Bt)) han influido significativamente en el manejo integrado de plagas en todo el mundo. En Colombia, Anthonomus grandis Boheman y el complejo Spodoptera son considerados actualmente las principales plagas en los cultivos de algodón. Por lo tanto, este estudio evaluó el efecto del algodón Bt (Cry1Ac y Cry2Ab) y no Bt en la fluctuación poblacional durante dos años en la región del Tolima. Se realizó una matriz de correlación de Pearson entre las variables plaga y rendimiento, mientras que las variables climáticas y las poblaciones de insectos fueron correlacionadas en cuatro estados fenológicos con la correlación de rangos de Spearman. Adicionalmente, se realizó un análisis factorial para datos mixtos con el fin de comparar el efecto de los genotipos sobre la fluctuación poblacional de los insectos. Para A. grandis, no se presentaron diferencias en sus poblaciones. Sin embargo, en rendimiento, las plantas de algodón no Bt mostraron una mayor correlación inversa con las cápsulas perforadas en comparación con el algodón Bt. Con relación al complejo Spodoptera, el genotipo Bt tuvo un 67,4% menos de larvas en comparación con el algodón no Bt. Se presentaron diferencias estadísticamente significativas. Sin embargo, no hubo ausencia total de la plaga durante todo el ciclo del cultivo. Estos resultados sugieren que, si en el área de estudio no se fijan zonas de refugio y prácticas de manejo de plagas, el complejo Spodoptera podría generar resistencia a plantas genéticamente modificadas.

ABSTRACT Transgenic cotton plants (Bacillus thuringiensis Berliner (Bt)) has significant influenced the integrated pest management around the world. In Colombia, Anthonomus grandis Boheman and Spodoptera complex are currently considered the main pests in cotton crops. Therefore, this study evaluated the effect of Bt (Cry1Ac and Cry2Ab) and non-Bt cotton on the population fluctuation during two years in Tolima region. A Pearson correlation matrix was carried out between the pest variables and yield, while climatic variables and insect populations were correlated in four phenological stages with Spearman rank correlations. Additionally, a factor analysis for mixed data was performed in order to compare the effect of genotypes on the population fluctuation of the insects. For A. grandis, no differences in their populations were presented. However, in yield non-Bt cotton plants showed a higher inverse correlation with the perforated bolls compared to Bt cotton. In relation to the Spodoptera complex, the Bt genotype had 67.4% fewer larvae compared to non-Bt cotton. Statistically significant differences were presented. However, there was not a total absence of the pest during the entire crop cycle. These results suggest that if refuge zones and pest management practices are not determined in the study area, Spodoptera complex could generate resistance to genetically modified plants.

ABSTRACT: There are bacteria that produce lactic acid (LAB) present in the epiphytic microflora of plants, and consortia of mountain microorganisms such as yeasts and mixed cultures that can be used as probiotics and growth promoters in animal production. To evaluate the use of mountain microorganisms in corn silage as probiotics in the fattening of rabbits for 4 weeks, 20 hybrid rabbits were used which were chosen randomly in each treatment. The preparation of the probiotics was carried out through an initial anaerobic fermentation stage and a final aerobic one. Treatment (T1) was a diet supplemented with the addition of mountain microorganisms in corn silage (MME) in the drinking water and treatment two or conventional (T2) served as a control without application of MME. The feed consumption and the feed conversion index were calculated, expressed as the mean ± the standard deviation. When performing an analysis of variance (ANOVA), it was established that during week 4 of treatment there was a significant difference (P <0.05) in weight gain and feed conversion between treatments, being favorable for T1 supplemented with MME.

RESUMEN: Existen bacterias que producen ácido láctico (BAL) presentes en la microflora epifita de los vegetales, y consorcios de microorganismos de montaña como levaduras y cultivos mixtos que pueden ser empleados como probióticos y promotores del crecimiento en la producción animal. Para evaluar el uso de microorganismos de montaña en ensilado de maíz como probióticos en la engorda de conejos durante 4 semanas, se emplearon 20 conejos híbridos. Los cuales se escogieron aleatoriamente en cada tratamiento. La preparación de los probióticos se realizó mediante una etapa de fermentación inicial anaerobia y una final aerobia. El tratamiento (T1) fue una dieta suplementada con la adición de microorganismos de montaña en ensilado de maíz (MME) en el agua de bebida y el tratamiento dos o convencional (T2) fungió como testigo sin aplicación de MME. Se calculó el consumo de alimento y el indicie de conversión alimenticia, expresados como la media ± la desviación estándar. Al realizar un análisis de varianza (ANOVA) se estableció que durante la semana 4 del tratamiento hubo diferencia significativa (P<0.05) en la ganancia de peso y conversión alimenticia entre los tratamientos, siendo favorable para T1 suplementados con MME.

Abstract For a long time, the segment of production of exotic fruits has been positioning itself as an important productive and economic alternative to traditional crops in several regions of the country. Particularly, cape gooseberry (Physalis peruviana L.) has shown a notable increase in productive areas and international trade, which consolidates it as a species with high potential in the segment of cold climate fruits. In the department of Nariño (Colombia), the introduction of the crop is relatively recent, so there is still a need to know in detail the productive and environmental conditions in which the crop is produced and the socioeconomic characteristics of the producers in the region. For this, a characterization survey was designed, applied to cape gooseberry producers in the department of Nariño between 2019 and 2020. The information obtained was subjected to multivariate factor analysis of mixed data (FAMD) and multiple correspondence analysis MCA for categorical variables and the hierarchical cluster-type analysis, through Ward’s algorithm, as a result, eight variables with discriminatory power were identified, which made up three clusters. Each group with distinctive characteristics in relation to the production area, degree of technification of the crop, use of labor and marketing strategies, among others, which give a clear specificity. With the information generated, it is expected to develop studies aimed at adjusting agronomic production models adapted to the environmental and socioeconomic conditions of growers. Additionally, the results obtained constitute a fundamental input for the orientation of policies to strengthen the regional chain.

Resumen El segmento de producción de frutas exóticas por un buen tiempo se ha venido ubicando como una importante alternativa productiva y económica ante los cultivos tradicionales en varias regiones del país. La uchuva (Physalis peruviana L.) en particular ha presentado un notable incremento en áreas productivas y comercio internacional que la consolida como una especie con alto potencial en el segmento de las frutas de clima frío. En el departamento de Nariño (Colombia) la introducción del cultivo es relativamente reciente por lo cual persiste una necesidad de conocer en detalle las condiciones productivas y ambientales en las cuales se produce el cultivar y las características socioeconómicas de los productores de la región. Para esto se diseñó una encuesta de caracterización aplicada a productores de uchuva en el departamento de Nariño entre 2019 y 2020. La información obtenida fue sometida a análisis multivariados factorial de datos mixtos (FAMD) y análisis de correspondencias múltiples MCA para variables categóricas y el análisis jerárquico tipo clúster, a través del algoritmo de Ward, como resultado se identificaron ocho variables con poder discriminatorio que conformaron tres clústeres. Cada grupo con características distintivas con relación al área de producción, grado tecnificación del cultivo, uso de mano de obra y estrategias de comercialización, entre otras, que otorgan una clara especificidad. Con la información generada se espera desarrollar estudios orientados a realizar ajustes a los modelos productivos agronómicos adaptados a las condiciones ambientales y socioeconómicas de cultivadores. Adicionalmente, los resultados obtenidos constituyen un insumo fundamental para la orientación de políticas de fortalecimiento de la cadena regional.

Abstract The aim of this work was to evaluate changes in the taxonomic and functional diversity of amphibians in 9 vegetation cover types in a highly fragmented landscape in the Colombian Andes. Eighty-eight individuals of 11 amphibian species were recorded, with the greatest richness occurring in the interior zone of the forest. Based on 6 functional traits, the amphibian assemblage was classified into 4 functional groups. The composition of the amphibian assemblage and the frequency of functional groups varied by the effect of the type of vegetation cover and the climatic season. In the interior zone of the forest, the index of functional richness weighted by total abundance at the community level was higher than in the rest of the vegetation cover, indicating that in this habitat amphibians occupy a wide functional space and better potential to explore resources. Cocoa and sugar cane crops, due to their structural characteristics, allow the dispersion of some amphibian species, while pastures and mixed crops constitute barriers to their mobility. Based on the distribution of species and functional groups, actions for the management of agro-ecosystems are proposed to increase the quality of habitat and the connectivity of populations in the landscape.

Resumen El objetivo de este trabajo fue evaluar cambios en la diversidad taxonómica y funcional de anfibios en 9 coberturas vegetales en un paisaje altamente fragmentado en los Andes de Colombia. Se registraron 88 individuos de 11 especies de anfibios y la mayor riqueza se presentó en la zona interna del bosque. A partir de 6 rasgos funcionales, se clasificó el ensamblaje de anfibios en 4 grupos funcionales. La composición del ensamblaje de anfibios y la frecuencia de grupos funcionales varió por el efecto del tipo de cobertura vegetal y la temporada climática. En la zona interna del bosque, el índice de riqueza funcional ponderado por la abundancia de la comunidad fue mayor que en el resto de las coberturas vegetales, indicando que en este hábitat los anfibios abarcan un amplio espacio funcional y mejor potencial para explorar los recursos. Los cultivos de cacao y caña, por sus características estructurales permiten la dispersión de algunas especies de anfibios, mientras que los potreros y cultivos mixtos constituyen barreras para su movilidad. A partir de la distribución de las especies y grupos funcionales, se proponen acciones de manejo de los agroecosistemas para incrementar la calidad del hábitat y la conectividad de las poblaciones en el paisaje.

Abstract Cropping system diversification is a key factor in developing more sustainable cropping and food systems. The agroecological practice of intercropping, meaning the simultaneous cultivation of two or more species in the same field, has recently gained renewed interest as a means of ecological intensification in European agricultural research. We discuss some recent research developments regarding 1) intercropping for ecological intensification in agroecological and conventional cropping systems, 2) studies on nitrogen resource use by cereal-grain legume intercropping cultivation, 3) the role of intercropping in the management of biotic stressors, especially weeds, and 4) intercropping as a means of creating cropping systems that are more resilient to the abiotic and biotic stress associated with climate change. Finally, we propose methods for the greater adoption of intercropping in European agriculture by unlocking farming systems from upstream and downstream barriers, with the aim of developing more sustainable agricultural and food systems.

Resumen La diversificación de los sistemas de cultivo es un factor clave para desarrollar sistemas agrícolas y alimentarios más sostenibles. La práctica agroecológica del cultivo intercalado, es decir, el cultivo simultáneo de dos o más especies en el mismo espacio ha ganado recientemente un renovado interés como método de intensificación ecológica en la investigación agrícola europea. Discutimos algunos avances recientes de la investigación con respecto a 1) cultivos intercalados para la intensificación ecológica en sistemas de cultivos agroecológicos y convencionales, 2) estudios sobre el uso de los recursos de nitrógeno en cultivos intercalados de cereales y leguminosas, 3) el papel del cultivo intercalado en el manejo de factores de estrés bióticos, especialmente malezas y 4) el cultivo intercalado como medio para crear sistemas de cultivo que sean más resilientes al estrés abiótico y biótico asociado con el cambio climático. Finalmente, proponemos métodos para extender la implementación de cultivos intercalados en la agricultura europea desbloqueando los sistemas agrícolas de barreras, desde los aportes necesarios para la producción hasta el procesamiento de los alimentos, con el objetivo de desarrollar sistemas agrícolas y alimentarios más sostenibles.

ABSTRACT Introduction: Some types of cancer are often treated with chemotherapeutic drugs which indirectly affect the oral cavity, thus making the patient vulnerable to infections such as oral candidiasis. Oral infection by Candida albicans has been found to be fostered by oncological conditions, but other Candida species have not been sufficiently analyzed in such a context. Objective: Identify Candida spp. in the oral cavity of patients undergoing cancer chemotherapy. Methods: A descriptive cross-sectional study was conducted of 60 samples of an equal number of patients selected by convenience sampling at an Oncological Institute in Barranquilla, Colombia, following diagnostic clinical examination for oral candidiasis. Swab samples were taken from the infected surfaces to perform direct examination - Gram staining and Sabouraud dextrose agar culture with chloramphenicol incubated at 37ºC for 48 h and then cultured in CHROMagar® Candida medium - for identification of various species. Analysis was based on correlation and descriptive statistics. Results: Of the total patients evaluated 55% were female and aged over 60 years. Breast cancer prevailed with 30%. The chemotherapy applied in all cases was 5-fluorouracil combined with cyclophosphamide. Atrophic candidiasis of the tongue was the most common clinical type with 37%, followed by pseudomembranous candidiasis of the tongue with 33%. Of the samples examined, 90% contained some sort of Candida, growth of a single species and mixed cultures with more than one Candida species. C. albicans represented 13.3% and non-albicans spp. another 13.3%. None of the oncological diagnostic analyses had a statistically significant association to Candida species. Conclusions: The species C. albicans was the most commonly found in oral candidiasis among cancer patients, with a predominance of non-albicans Candida spp. (C. glabrata, C. tropicalis) mixed cultures, a fact not generally related to this condition.

RESUMEN Introducción: Algunos tipos de cáncer suelen ser tratados con fármacos quimioterapéuticos que afectan de forma indirecta la cavidad bucal, los cuales susceptibilizan al paciente a contraer infecciones bucales como candidiasis bucal. Se ha evidenciado que una condición oncológica facilita una infección bucal por Candida albicans, sin embargo, otras especies de Candida se les relaciona poco. Objetivo: Identificar especies de Candida spp. en cavidad bucal de pacientes sometidos a quimioterapia. Métodos: Estudio descriptivo de corte transversal. Se tomaron 60 muestras de igual número de pacientes por conveniencia de un Instituto Oncológico en Barranquilla, Colombia. Previo a un examen clínico de diagnóstico de candidiasis bucal. Se tomaron hisopados en las superficies infectadas para realizar un examen directo -tinción de Gram y cultivo en agar dextrosa Sabouraud con cloranfenicol incubadas a 37 ºC durante 48 h y posteriormente cultivadas en medio CHROMagar® Candida- para identificación de diferentes especies. Se aplicó estadística descriptiva y de correlación. Resultados. El 55 % de los pacientes correspondió al sexo femenino, con edades mayores a 60 años. El cáncer de mama fue el más frecuente en el 30 %. La quimioterapia aplicada a todos fue el 5-fluorouracilo combinado con ciclofosfamida. El tipo clínico de candidiasis atrófica en lengua fue más frecuente en el 37 %, seguida de candidiasis pseudomembranosa en lengua en el 33 %. El 90 % de muestras presentó algún tipo de Candida, crecimiento de una única especie y cultivos mixtos con más de una especie de Candida. Se evidenció el 13,3 % de C. albicans y otro 13,3 % de Candida spp. no albicans. Ninguno de los diagnósticos oncológicos tuvo una asociación estadísticamente significativa con las especies de Candida. Conclusiones: Se evidencia que la especie de C. albicans en candidiasis bucal en pacientes con cáncer, fue la más frecuente, con predominio en mayor proporción cultivos mixtos de Candida no albicans (C. glabrata, C. tropicalis) poco relacionados con este tipo de enfermedad.

Abstract Production of lignocellulolytic enzymes by filamentous fungi have a great potential at industrial level due to their widespread applications. Mixed fungal cultures and particularly mixed fungal biofilms constitute a promising fermentation system for an enhanced enzyme production. However, it has not been addressed how much of this enhancement depends on the mixed biomass proportion. In this sense, the aim of this study was to develop a method to specifically and accurately quantify mixed fungal biomass. For this purpose, mixed biofilm cultures composed of Aspergillus niger and Trichoderma reesei, two filamentous fungi used industrially for cellulase production, were collected from 48 to 120 h of growth; mycelia were pulverized, and DNA was extracted for qPCR assays with specific primers for each fungus. Primers were designed from non-conserved regions of sequences of actin and β-tubulin genes of both A. niger and T. reesei. Specificity of these primers was tested in silico and experimentally. A statistically significant correlation was obtained between qPCR-calculated biomass and dry weight biomass data. By this method, it was possible to detect changes on mycelia proportions in biofilms over time, suggesting a competitive interaction between these two fungi. In conclusion, this method allows a specific and accurate quantification of mixed fungal biomass and could be also applied to different mixed culture systems for studying microbial interactions.

Resumen La producción de enzimas lignocelulolíticas por hongos filamentosos tiene un gran potencial a nivel industrial debido a sus diversas aplicaciones. Los cultivos fúngicos mixtos y particularmente las biopelículas fúngicas mixtas constituyen un sistema de fermentación prometedor para una mayor producción enzimática. Sin embargo, no se ha abordado cuánto de esta mejora depende de la proporción de biomasa mixta. En este sentido, el objetivo de este estudio fue desarrollar un método para cuantificar de forma específica y precisa la biomasa fúngica mixta. Para este propósito, se recolectaron cultivos mixtos de biopelículas de 48 a 120 h de crecimiento compuestos por Aspergillus niger y Trichoderma reesei, dos hongos filamentosos utilizados industrialmente para la producción de celulasas; el micelio se pulverizó y el ADN se extrajo para ensayos de qPCR con cebadores específicos para cada hongo. Los cebadores se diseñaron a partir de regiones no conservadas de las secuencias de los genes de actina y β-tubulina de A. niger y T. reesei. La especificidad de estos cebadores se probó in silico y experimentalmente. Se obtuvo una correlación estadísticamente significativa entre la biomasa calculada mediante qPCR y los datos de biomasa en peso seco. Mediante este método, fue posible detectar cambios en las proporciones de los micelios en las biopelículas a lo largo del tiempo, lo que sugiere una interacción competitiva entre estos dos hongos. En conclusión, este método permite una cuantificación específica y precisa de la biomasa fúngica mixta y también podría aplicarse a diferentes sistemas de cultivo mixto para estudiar interacciones microbianas.

RESUMEN En Estados Unidos las producciones agrícolas se desarrollan bajo grandes extensiones de monocultivos afectando los ecosistemas y haciendo una gran contribución al cambio climático. En este estudio, se analizó el potencial de almacenamiento de carbono para doce diseños de barreras vivas en cultivos conformadas de una, dos y tres líneas de árboles y nueve barreras para protección de viviendas que tenían desde tres hasta diez líneas de árboles coníferos y caducifolios, en nueve regiones de los Estados Unidos de América: Northern Lake States (NLS), Corn Belt (CB), Southern Plains (SP), Delta States (DS), Appalachia (AP), Rocky Mountains North (RMN), Rocky Mountains South (RMS), North East (NE), y Northern Plains (NP) utilizando la base de datos del Inventario y Análisis Forestal de US y ecuaciones alométricas. Los potenciales de almacenamiento de carbono para diferentes diseños de cortinas rompevientos en cultivos de variaron desde 0,3 Mg C km-1 año-1 para una barrera rompevientos de una sola hilera de coníferas pequeñas en la región noreste hasta 5,8 Mg C km-1 año-1 para una barrera de tres filas conformada por árboles deciduos en la región de los Apalaches. El potencial de almacenamiento de carbono para las barreras rompevientos en los cultivos varió de 0,8 Mg C 300 m-1 año-1 para una barrera de tres hileras de especies de árboles mixtos (coníferos y deciduos) en el Norte de las Montañas Rocosas a 12,7 Mg C 300-1 año-1 para diez hileras de especies arbóreas en la región de los Estados del Delta del rio Mississippi.

ABSTRACT In the United States of America, agriculture is performed on large farms of monocultures, affecting ecosystems and making a great contribution to climate change. The carbon storage potential for twelve field windbreak designs containing one-, two- and three-rows and nine farmstead windbreaks encompassing three- to ten-rows of mixed tree species were analyzed in nine regions: Northern Lake States (NLS), Corn Belt (CB), Southern Plains (SP), Delta States (DS), Appalachia (AP), Rocky Mountains North (RMN), Rocky Mountains South (RMS), North East (NE), y Northern Plains (NP), using the US Forest Inventory and Analysis database and allometric equations. Carbon storage potentials for different field windbreak designs across regions ranged from 0.3 Mg C km-1 yr-1 for a single-row small-conifer windbreak in the Northeast region to 5.8 Mg C km-1 yr-1 for a three-row tall-deciduous windbreak in the Appalachia region. Carbon storage potentials for farmstead windbreaks ranged from 0.8 Mg C 300 m-1 yr-1 for a three-row of mixed tree species windbreak in the Rocky Mountain North to 12.7 Mg C 300-1 yr-1 for a ten-row of mixed tree species windbreak in Delta States region.

RESUMEN En las regiones tropicales se han identificado los aportes y limitaciones de los agroecosistemas en el contexto de la conservación de la diversidad de las aves. Se ha sugerido que los agroecosistemas pueden presentar un valor diferente para la conservación, de acuerdo con la complejidad estructural de la vegetación (e.g., mayor número de estratos de la vegetación, diversidad de las especies cultivadas, entre otros). En este sentido, los agroecosistemas de una menor área (e.g., minifundios), pueden ser claves en el desarrollo de estrategias encaminadas a la conservación de la avifauna. Con el objetivo de establecer el aporte de diferentes tipos de agroecosistemas a la conservación de las aves en el departamento de Caldas (Colombia), se comparó la riqueza, abundancia y similitud de las aves asociadas a tres tipos de hábitats: (1) agroecosistemas tipo I (monocultivos con suelo limpio), (2) agroecosistemas tipo II (cultivos mixtos, potreros enmalezados con árboles dispersos y plantaciones con sotobosque) y (3) bosques secundarios. Los agroecosistemas tipo II no difirieron en la riqueza y en la similitud de las aves con respecto a los bosques secundarios, además se registraron especies con alta sensibilidad a la perturbación (Zentrygon frenata, Phaetornis guy, Phaetornis syrmatophorus, Lepidocolaptes lacrymiger y Sphenopsis frontalis). Adicionalmente en este tipo de agroecosistemas se registró una especie de interés para la conservación global (Chloropipo flavicapilla) y cuatro especies migratorias (Catharus ustulatus, Parkesia noveboracensis, Setophaga fusca y Setophaga striata). Los agroecosistemas tipo II no son hábitats completamente negativos para la avifauna y podrían desempeñar un rol importante dentro de las estrategias para la conservación en paisajes rurales.

ABSTRACT In tropical regions, the contributions and limitations of agroecosystems have been identified with respect to bird diversity conservation. It has been suggested that agroecosystems can have different conservation values, according to the structural complexity of the vegetation (e.g., higher number of vegetation strata, cultivated species diversity, among others). Therefore, agroecosystems, especially those with a smaller area (e.g., small-holdings), could be crucial for developing bird conservation strategies. In order to establish the contribution of different agroecosystem types to bird conservation in the department of Caldas (Colombia), we compared bird richness, abundance, and similarity associated to three types of habitats: (1) type I agroecosystems (mono-cropping with bare soil), (2) type II agroecosystems (mixed-cropping, grazing pastures with weeds and dispersed trees, and plantations with understory), and (3) secondary forests. Type II agroecosystems did not differ in bird richness and similarity compared to secondary forests, and species with high sensitivity to disturbance were registered (Zentrygon frenata, Phaetornis guy, Phaetornis syrmatophorus, Lepidocolaptes lacrymiger and Sphenopsis frontalis). Additionally, we registered a species of global conservation interest (Chloropipo flavicapilla) and four migratory species (Catharus ustulatus, Parkesia noveboracensis, Setophaga fusca and Setophaga striata) in this type of agroecosystem. Thus, type II agroecosystem habitats are not completely negative on avifauna, and they could serve an important role within conservation strategies in rural landscapes.

ABSTRACT Frequently, in agricultural research, experimental data do not satisfy the assumptions of general linear models, making the recommended transformations very few effectivel. Generalized Linear Mixed Models (GLMMs) provide a way of analysis for those data that are correlated and that does not necessarily require that the evaluated variable be normally distributed and but to a distribution of the exponencial family (Gamma, Poisson, Binomial among others). The objective of this review was to present the applications of generalized linear mixed models in breeding programs. This model has been focused fundamentally in three directions in plant breeding programs: in the prediction of family behavior, in the estimation of variance components and in multi-environment trials. GLMM estimation procedures make it possible to reduce biases when data is incomplete, unbalanced or adjust scattered data and also allow modeling the structure of errors in data from longitudinal measurements. There are several commercial and free programs such as: the GLIMMIX and GENMOD procedure of the SAS package and the Ime4 of the R package that enable the use of The Generalized Linear Mixed Models for most current applications in plant genetics

RESUMEN Con frecuencia, en las investigaciones agrícolas los datos experimentales no satisfacen las premisas de los modelos lineales generales y las transformaciones recomendadas tienen poca efectividad. Los Modelos Lineales Generalizados Mixtos (GLMMs, Generalized Linear Mixed Models) proporcionan una vía de análisis para aquellos datos que se encuentran correlacionados y no requiere necesariamente que la variable evaluada se distribuya normalmente, sino a una distribución de la familia exponencial (Gamma, Poisson, Binomial, entre otras). El objetivo de esta revisión fue presentar las aplicaciones de los modelos lineales generalizados mixtos en los programas de mejoramiento genético. Este modelo ha estado enfocado fundamentalmente en tres direcciones en los programas de mejoramiento en plantas: en la predicción del comportamiento familiar, en la estimación de los componentes de varianza y en los ensayos multiambientes. Los procedimientos de estimación de los GLMMs posibilitan reducir los sesgos cuando los datos están incompletos, desbalanceados o ajustar datos dispersos y permiten además modelar la estructura de los errores en datos provenientes de mediciones longitudinales. Existen varios programas comerciales y libres tales como: el procedimiento GLIMMIX y GENMOD del paquete SAS y el Ime4 del paquete R, que posibilitan el uso de los Modelos Lineales Generalizados Mixtos para la mayoría de las aplicaciones actuales en la genética de plantas

The oil yield per unit area is the main criterion for selection of most sunflower breeding programs. Comparative performance testing by a network installed throughout the sunflower region of Argentina contributes to both the decision-making of farmers and their advisers, and to the selection of superior genotypes by plant breeders. The aim of this study is to quantify the differences in predictive ability of different experimental designs and methods of statistical analysis in the estimation of the genotypic effects oil yield (kg ha-1) and its impact on the selection of superior hybrids. Forty-three multi-environmental sunflower trials (261 local trials) were evaluated for five seasons. The relative efficiency of the most common breeding program design (Randomized Complete Blocks) was compared with two alternative models for design and analysis of trials. A ranking of hybrids was obtained for each model and, with a selection pressure of 20%, the degree of overlap was evaluated in the selection of peer models using a coefficient of coincidence. The spatial model was the best fit between actual and expected oil yields, and also showed an increase in the efficiency of selection of superior genotypes in relation to the block design through a higher coefficient of coincidence with the Ideal Model (that of highest relative efficiency). According to these results, the precision of estimates from official networks of comparative crop yield tests could be strongly improved using available statistical packages without increasing the need for investment of additional resources in terms of the number of plots.

El rendimiento de aceite por unidad de superficie es el principal criterio de selección de la mayoría de los programas de mejoramiento de girasol. Los ensayos comparativos de rendimiento instalados en red en la región girasolera de la República Argentina contribuyen tanto a la toma de decisión de los productores y asesores como a la selección de genotipos superiores por parte de los fitomejoradores. El objetivo de este trabajo es cuantificar las diferencias en capacidad predictiva de diferentes diseños experimentales y métodos de análisis estadístico en la estimación de los efectos genotípicos para rendimiento de aceite (kg ha-1) y su impacto en la selección de híbridos superiores. Se evaluaron 43 ensayos multiambientales de girasol (261 ensayos locales) en cinco campañas. Se comparó la eficiencia relativa del diseño más frecuente en programas de mejoramiento (Bloques Completos Aleatorizados) con otros dos modelos de diseño y análisis de ensayos: Láttice y Espacial. Se obtuvo un ranking de híbridos para cada modelo y con una presión de selección del 20% se evaluó el grado de superposición en la selección entre pares de modelos mediante un coeficiente de coincidencia. El modelo espacial fue el que mejor ajustó los rendimientos de aceite obtenidos a los esperados y también presentó un aumento en la eficiencia de selección de genotipos superiores en relación con el diseño en bloques a través de un mayor coeficiente de coincidencia con el modelo de mayor eficiencia relativa para cada combinación año-subregión (modelo “ideal”). Según estos resultados se podría mejorar fuertemente la precisión de las estimaciones provenientes de las redes oficiales de ensayos comparativos de rendimiento de cultivos sin aumentar la inversión de recursos en términos de número de parcelas y utilizando programas estadísticos ya disponibles.

Abstract The conservation agriculture (AC) improves soil and increases the resilience of agricultural ecosystems to climate change. One of the principles of AC is the retention of stubble as soil cover, this is affected in mixed farming systems, due to its use as fodder. The opportunity cost of using corn stubble (RM) as soil cover vs feed for livestock was evaluated and it were analyzed the determinants that impacted on the use of crop residues (RC) as soil mulch. The evaluation was carried out in two agroclimatic and socioeconomically contrasting locations in Chiapas, Mexico. For the opportunity cost per locality, we considered: the yield of stubble, the period that could maintain the existing stubble to a cattle herd and the amounts of N, P and K that could release the RC in the soil. With the ordered probit model the determinants for the stubble use were analyzed. The opportunity cost of using maize residues as cattle feed for both communities was determined at $914.00 for New Mexico and at $ 52.00 for Francisco I. Madero, values indicating a strong limitation for their use as soil cover in the AC system, mainly in the first location. It was also determined that the greater the size of the cattle herd, the greater the demand for stubble as fodder and the less availability for its use as a soil cover. On the contrary, the availability increases as producers have larger surface paddocks.

Resumen La agricultura de conservación (AC) mejora el suelo y aumenta la resiliencia de los ecosistemas agrícolas ante el cambio climático. Uno de los principios de la AC es la retención del rastrojo como cobertura del suelo, éste se ve afectado en los sistemas agropecuarios mixtos, debido a su uso como forraje. Se evaluó el costo de oportunidad del uso del rastrojo de maíz (RM) como cobertura del suelo vs alimentación para ganado y se analizaron los determinantes que impactan sobre el uso de los residuos de cultivos (RC) como mantillo del suelo. La evaluación se realizó en dos localidades agroclimática y socioeconómicamente contrastantes, de Chiapas, México. Para el costo de oportunidad por localidad se consideró: el rendimiento del rastrojo, el periodo que podría mantener el rastrojo existente a un hato ganadero y las cantidades de N, P y K que podrían liberar los RC en el suelo. Con el modelo probit ordenado se analizaron los determinantes para el uso del rastrojo. El costo de oportunidad del uso de residuos de maíz como alimento del ganado bovino, para ambas comunidades, fue determinado en $914.00 para Nuevo México y en $52.00 para Francisco I. Madero, valores que indican una fuerte limitación para su uso como cobertura del suelo en el sistema de AC, principalmente en la primera localidad. También se determinó que a mayor tamaño del hato ganadero, mayor demanda de rastrojo como forrajes y menor disponibilidad para su uso como cobertura del suelo. Por el contrario, la disponibilidad aumenta a medida que los productores poseen potreros de mayor superficie.

El Potato virus Y (PVY) es uno de los virus más limitantes en cultivos de solanáceas. En la región andina es frecuente encontrar cultivos mixtos de estas especies vegetales, lo cual facilita la inoculación cruzada con este virus. Estudios recientes en el departamento de Antioquia, Colombia, han detectado altos niveles de incidencia y variación genética de PVY en papa y tomate de árbol. Con el fin de evaluar si esta situación también ocurre en los cultivos de tomate de esta región, se realizó una secuenciación de nueva generación (NGS) del transcriptoma de tejido foliar de tomate, como base para la caracterización molecular del PVY en este hospedero. Se determinó, además, su incidencia en tres lotes de cultivo con TAS-ELISA y se confirmó su presencia por RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR). El PVY fue detectado en el 13,3% de las 45 muestras foliares analizadas mediante TAS-ELISA y se confirmó por RT-qPCR con valores de ciclo umbral (Ct) de 14,31 a 33,8 y temperaturas de fusión (Tm) de 77,5 ± 1,5 °C. Los análisis bioinformáticos identificaron la ocurrencia de dos variantes de PVY en proporciones de 3:2. Sus genomas tienen un tamaño de 9726 nt y comparten 97,5 % de identidad; codifican para una poliproteína de 3061 aminoácidos, con regiones no traducidas (UTR) 5’ y 3’ de 218 y 325 nt, respectivamente. Los análisis filogenéticos, tanto de la poliproteína como de la cápside de ambas variantes, indican su afinidad con genotipos de PVY NTN, y constituyen el primer reporte en América del genoma completo de este virus en el cultivo de tomate.

PVY is one of the most limiting viruses in solanaceous plants. These crops are frequently planted together facilitating their cross-inoculation with this virus. Recent studies in Antioquia, Colombia, detected high levels of incidence and genetic variability of PVY infecting potato and tamarillo. In this study, Next-Generation Sequencing (NGS) transcriptome analysis of tomato leaves was used to confirm the presence of PVY in tomato crops in that region; virus incidence was evaluated in three plots using TAS-ELISA and further confirmed by real-time RT-PCR (RT-qPCR). TAS-ELISA of 45 leaf samples detected PVY in 13.3 % of them; RT-qPCR confirmed the serological results with threshold cycle values in the 14.31 and 33.8 range and a Tm of 77.5 ± 1.5 °C. Bioinformatic analysis confirmed the presence of two PVY variants (proportion 3:2), sharing 97.5 % of sequence identity. Both genomes are 9726 nt in size and code for 3061 amino acids polyprotein flanked by 5´and 3´ untranslated regions (UTR) of 218 and 325 nt. Phylogenetic analysis of both the sequences coding for the coat protein and the complete polyprotein suggest phylogenetic affinity with PVY NTN. To our knowledge, this is the first American report of a complete PVY genome naturally infecting tomato.

Abstract The main objective of this paper is to capture climate change impact on endogenous crop choices by Peruvian farmer’s and the impacts on their expected income. The model is estimated across 110 227 farmers in Peru. The results show that both temperature and precipitation affect the selection crops. The study estimates that climate change would reduce the expected revenue per hectare in the range of 8% and 13% depending on the climate scenario. Climate change induces a reduction of conditional income for alfalfa, rice, coffee and maize (durum) and increases for potato, starchy maize, bananas and grapes for both climate models, with results mixed for cassava depending on the climate model. Rice and coffee are the crops with the greatest losses, while the native potato is the crop with the highest gain. Also, the probability of choice of maize and banana increases as temperature and precipitation increases.

Resumen El principal objetivo de este artículo es captar la influencia del cambio climático en la selección endógena de cultivos de los agricultores y los impactos sobre su ingreso esperado. El modelo se aplica a 110 227 productores en Perú. Los resultados muestran que la elección de cultivos se ve afectada por el clima. Se estima una caída de entre 8 y 13% de los ingresos esperados por hectárea. El cambio climático provocará una reducción de los ingresos condicionales para la alfalfa, el arroz, el café y el maíz amarillo duro y aumentos para la papa, el maíz amiláceo, el plátano y la uva; se presentan resultados mixtos para la yuca, dependiendo del modelo climático. El arroz y el café muestran las mayores pérdidas, mientras que la papa nativa obtiene la mayor ganancia. Se muestra que la probabilidad de elegir la cosecha de maíz y de plátano aumenta con los incrementos de temperatura y precipitación.

Currently, the state of Queretaro is a major wine producer in Mexico; however, marketing these wines is difficult due to their lack of quality and typicity, factors in which wine yeasts play an essential role. Saccharomyes are responsible for ethanol production and non-Saccharomyes (nS) can provide metabolites that enhance wine quality, so their use in mixed cultures is of great interest. In this study, yeasts isolated from the spontaneous fermentation of grape musts from three local vineyards were differentiated as nS in lysine medium. Their β-glucosidase activity and SO2 (30 mg·L-1) and ethanol (6 %) tolerances were evaluated. Outstanding yeasts were tested in mixed microvinifications along with S. cerevisiae (K1-V1116) and identified through analysis of the 26S gene. Of 197 isolated strains, 146 were differentiated as nS; 90 showed βglucosidase activity and eight (NB1, NA4, NB27, NB31, NB39, NR77, NR90, NB108) were selected based on tolerance tests, being identified as belonging to the genus Hanseniaspora. The nS did not interfere with the fermentative activity of K1-V1116, finding no differences in the parameters evaluated between the wines obtained by mixed cultures and the control (K1-V1116). The values obtained for pH, total acidity, volatile acidity and alcohol were considered to be of acceptable quality for dry wines. The strain NB39 stood out for its glycerol production, obtaining the highest value (7.45 g·L-1). We conclude that there are nS yeast strains in the region with enological potential to be used at a commercial level.

Actualmente el estado de Querétaro es un importante productor de vinos en México; sin embargo, éstos difícilmente se comercializan debido a su falta de calidad y tipicidad, factores en que las levaduras vínicas juegan un papel esencial. Las Saccharomyes son responsables de la producción de etanol y las no-Saccharomyes (nS) pueden aportar metabolitos que mejoren la calidad, por lo que su uso en inóculos mixtos es de gran interés. En este estudio, levaduras aisladas de la fermentación espontánea de mostos de uva de tres viñedos queretanos se diferenciaron como nS en medio-lisina. Se evaluó su actividad β-glucosidasa, su tolerancia a SO2 (30 mg·L-1) y a etanol (6 %). Aquellas sobresalientes se probaron en microvinificaciones mixtas con Saccharomyces cerevisiae (K1-V1116) y se identificaron mediante el análisis del gen 26S. De 197 cepas aisladas, 146 resultaron nS; 90 presentaron actividad βglucosidasa y ocho (NB1, NA4, NB27, NB31, NB39, NR77, NR90, NB108) se seleccionaron con base en los ensayos de tolerancia, identificándose como pertenecientes al género Hanseniaspora. Las nS no interfirieron en la actividad fermentativa de K1-V1116; ya que no se encontraron diferencias en las variables evaluadas entre los vinos elaborados con cultivos mixtos y el control (K1-V1116). Se obtuvieron valores de pH, acidez total, acidez volátil y alcohol, considerados de calidad aceptable para vinos secos. La cepa NB39 destacó en su producción de glicerol obteniendo el mayor valor (7.45 g·L-1). Se concluye que en la región existen cepas de levaduras nS con potencial enológico para ser utilizadas a nivel comercial.