ABSTRACT Amazonia (defined herein as the Amazon basin) is home to the greatest concentration of biodiversity on Earth, providing unique genetic resources and ecological functions that contribute to ecosystem services globally. The lengthy and complex evolutionary history of this region has produced heterogeneous landscapes and riverscapes at multiple scales, altered the geographic and genetic connections among populations, and impacted rates of adaptation, speciation, and extinction. In turn, ecologically diverse Amazonian biotas promoted further diversification, species coexistence, and coevolution, with biodiversity accumulating over tens of millions of years. Important events in Amazonian history included: (i) late Cretaceous and early Paleogene origin of major rainforest plant and animal groups; (ii) Eocene-Oligocene global cooling with rainforests contracting to tropical latitudes separating Atlantic coastal and Amazonian rainforests; (iii) Miocene uplift of central and northern Andes that separated Pacific coastal and Amazonian rainforests, spurred formation of mega-wetlands in the western Amazon, and contributed to the origin of the modern transcontinental Amazon River; (iv) late Neogene formation of the Panamanian Isthmus that facilitated the Great American Biotic Interchange; (v) Pleistocene climate oscillations followed by late Pleistocene-Holocene human colonization and megafaunal extinctions; and (vi) modern era of widespread anthropogenic deforestation, defaunation, and ecological transformations of regional landscapes and global climates. Amazonian conservation requires decade-scale investments into biodiversity documentation and monitoring to leverage existing scientific capacity, and strategic habitat planning to allow continuity of evolutionary and ecological processes now and into the future. defined basin Earth globally scales populations adaptation speciation extinction turn diversification coexistence coevolution years included i (i groups ii (ii EoceneOligocene Eocene Oligocene iii (iii megawetlands mega wetlands River iv (iv Interchange v (v PleistoceneHolocene Holocene extinctions vi (vi deforestation defaunation climates decadescale decade scale capacity future

RESUMEN La Amazonía (definida como la cuenca amazónica) concentra la mayor biodiversidad de la Tierra, proporcionando recursos genéticos y funciones ecológicas únicas que contribuyen a los servicios ecosistémicos a nivel mundial. La compleja historia evolutiva de esta región produjo paisajes heterogéneos a múltiples escalas geográficas, alteró las conexiones geográficas y genéticas entre las poblaciones e influyó en las tasas de adaptación, especiación y extinción. Las biotas amazónicas, ecológicamente diversas, promovieron una mayor diversificación, coexistencia de especies y coevolución, acumulando biodiversidad a lo largo de decenas de millones de años. Acontecimientos importantes en la historia de la Amazonía incluyeron: (i) orígenes durante el Cretácico tardío y el Paleógeno temprano de los principales grupos de plantas y animales; (ii) enfriamiento global del Eoceno-Oligoceno, contrayendo los bosques a latitudes tropicales y separando los de la costa Atlántica de los amazónicos; (iii) levantamiento de los Andes centrales y del norte en el Mioceno, separando las selvas tropicales de la costa del Pacífico y de la Amazonía, estimulando la formación de megahumedales en la Amazonía occidental y contribuyendo al origen del moderno Río Amazonas transcontinental; (iv) formación del istmo de Panamá durante el Neógeno tardío, facilitando el Gran Intercambio Biótico Americano; (v) oscilaciones climáticas del Pleistoceno seguidas por la colonización humana y las extinciones de megafauna; (vi) era moderna de deforestación antropogénica generalizada, defaunación y transformaciones ecológicas de paisajes regionales y climas globales. La conservación de la Amazonía requiere inversiones por décadas en la documentación y el seguimiento de la biodiversidad para impulsar la capacidad científica existente, así como la planificación estratégica del hábitat para permitir la continuidad de los actuales y futuros procesos evolutivos y ecológicos. definida amazónica Tierra mundial adaptación extinción amazónicas diversas diversificación coevolución años incluyeron i (i animales ii (ii EocenoOligoceno, EocenoOligoceno Eoceno Oligoceno, Oligoceno Eoceno-Oligoceno amazónicos iii (iii Mioceno transcontinental iv (iv Americano v (v megafauna vi (vi generalizada globales existente ecológicos

Abstract The objective of this study was to determine the structure, diversity, composition and drivers of AMF communities in succession areas of Atlantic Forest. Soil and root samples were collected in three natural ecosystems (mature rainforests, early and late secondary forests) with three areas on each ecosystem. In total, 38 AMF taxa were identified in field samples and three more in trap cultures with a greater richness of Acaulospora and Glomus. Based on a richness estimator, 70% of the AMF species were identified. Highest rates of root colonization and number of glomerospores were recorded in the early secondary forest. AMF species diversity differed between early and late forests. The main drivers of AMF distribution were coarse and fine sand, silt, Al, P, Na, pH and base saturation. The greatest number of exclusive species was recorded in the mature rainforests. The distribution of AMF communities was influenced by different successional stages and some soil attributes. structure Forest rainforests forests ecosystem total 3 Glomus estimator 70 forest sand silt Al P Na saturation attributes 7

Resumen Se determinan las relaciones biogeográficas entre áreas aisladas de bosque tropical húmedo de México a partir de sus faunas de mariposas. Los análisis se hicieron a partir de los registros de 676 especies pertenecientes a las familias Papilionidae, Pieridae, Riodinidae, Lycaenidae y Nymphalidae en unidades geográficas de Tabasco, Chiapas, Oaxaca, Veracruz, San Luis Potosí y Campeche, mediante el uso de algoritmos de parsimonia y similitud. Ambos métodos corroboraron que las unidades mejor estudiadas forman un grupo consistente: Sierra de Juárez-Los Tuxtlas-Chajul-Huichihuayán, mientras que Soconusco representa el área más diferenciada.

Abstract The aim of this paper is to determine the biogeographical relationships between isolated areas of tropical rainforests in Mexico from their butterfly faunas. The analysis were made from the records of 676 species belonging to the families Papilionidae, Pieridae, Riodinidae, Lycaenidae and Nymphalidae in 12 geographic units in Tabasco, Chiapas, Oaxaca, Veracruz, San Luis Potosí and Campeche, through the use of parsimony and similarity algorithms. Both methods corroborated that the best studied units form a consistent group: Sierra de Juárez–Los Tuxtlas–Chajul–Huichihuayán, while Soconusco represents the most differentiated area.

RESUMEN Se sabe que la expansión de la frontera agropecuaria y la praderización han causado deforestación y fragmentación de los bosques Amazónicos. Sin embargo, no se ha determinado si ingreso de ganado a pastorear degrada los bosques. Por lo cual, establecimos transectos borde-interior en tres ambientes contrastantes de bosques húmedos tropicales del norte de la Amazonia Colombiana, correspondientes a: áreas boscosas con presión ganadera (pastoreo), bosques adyacentes a cobertura de pastos sin uso y bosques adyacentes a plantaciones de caucho. En cada transecto se analizaron las variaciones de los atributos de composición, estructura y diversidad de la regeneración natural. Se encontró que los bosques sin pastoreo poseen hay mayor diversidad en la regeneración natural y presencia de especies trascendentales en la dinámica sucesional. En comparación a los bosques con pastoreo, en los cuales se observaron patrones específicos de ambientes perturbados, como la presencia de especies generalistas, heliófitas, de hábitos herbáceos y de rápida colonización que pueden dificultar el reclutamiento de especies forestales. En los bosques adyacentes a plantaciones de caucho, se registró una mayor diversidad de especies forestales de gremios heliófilos y esciofitos. Esta caracterización aporta una mayor comprensión a la interacción de la actividad ganadera con recursos como la biodiversidad, mostrando la necesidad de direccionar el manejo ganadero a prácticas que limiten el pastoreo en las áreas boscosas para no afectar drásticamente su dinámica ecológica.

ABSTRACT It is known that the expansion of the agricultural frontier and the expansion of the grazing frontier have caused deforestation and fragmentation of the Amazonian forests. However, it has not been determined whether cattle grazing degrades forests. Therefore, we established edge-to-interior transects in three contrasting environments of tropical rainforests of the northern Colombian Amazon, corresponding to: forested areas with cattle pressure (grazing), forests adjacent to unused pasture cover, and forests adjacent to rubber plantations. In each transect, variations in the attributes of composition, structure and diversity of natural regeneration were analyzed. It was found that ungrazed forests have greater diversity in the natural regeneration and presence of transcendental species in the successional dynamics. In comparison to the grazed forests, in which specific patterns of disturbed environments were observed, such as the presence of generalist species, heliophytes, herbaceous habits and rapid colonization that can hinder the recruitment of forest species. In forests adjacent to rubber plantations, a greater diversity of forest species of heliophyte and sciophyte guilds was recorded. This characterization provides a better understanding of the interaction of livestock activity with resources such as biodiversity, showing the need to direct livestock management to practices that limit grazing in forested areas so as not to drastically affect their ecological dynamics.

Abstract Background: Lianas are an important woody component of tropical rain forests. We described and compared the composition, structure, and diversity of the liana community in one of the northernmost neotropical rain forests. Question: How much does this liana community differ in attributes with global patterns documented in other tropical and subtropical rain forests? Study site and dates: Los Tuxtlas Tropical Biology Station, Veracruz, Mexico. 2015-2018. Methods: We censused all lianas ≥ 1 cm in diameter in a 1-ha plot and determined dominant families and species, diametric distribution, and diversity of order q. Results: We recorded 396 liana stems individuals, 42 species, and 20 families. Basal area was 6619.2 cm2. Order 1 and 2 diversity was 21.9 and 13.4, respectively. Apocynaceae, Bignoniaceae, Celastraceae, and Malpighiaceae accounted for about 60 % of abundance and basal area, and 45.2 % of species richness. The 10 most abundant species included more than 60 % of stems and basal area. Conclusions: Species richness, abundance, and basal area were low compared with other tropical and subtropical sites worldwide. It was noteworthy the coincidence of some dominant species and families across the Neotropics and the absence of Fabaceae among the most important families. Latitudinal location and some key climatic factors such annual average rainfall and dry season length may explain, in part, our findings.

Resumen Antecedentes: Las lianas son un componente leñoso importante en los bosques tropicales. En este estudio describimos y comparamos sus atributos comunitarios en uno de los bosques húmedos neotropicales con distribución más septentrional. Preguntas: ¿Cuánto difiere esta comunidad de lianas con patrones globales en composición, estructura, y diversidad documentados al respecto en otros bosques tropicales y subtropicales húmedos? Sitio y años de estudio: Estación de Biología Tropical Los Tuxtlas, Veracruz, México. 2015-2018. Métodos: Censamos las lianas con diámetro ≥ 1 cm en una parcela de 1 ha y se determinaron las familias y especies dominantes, la distribución diamétrica, y la diversidad de orden q. Resultados: Registramos 396 tallos, 42 especies y 20 familias. El área basal fue de 6619.2 cm2. La diversidad de orden 1 y 2 fue de 21.9 and 13.4, respectivamente. Apocynaceae, Bignoniaceae, Celastraceae y Malpighiaceae incluyeron cerca del 60 % de la abundancia y área basal y el 45.2 % de la riqueza de especies. Las 10 especies más abundantes incluyeron más del 60 % de los individuos y del área basal. Conclusiones: La riqueza de especies, la abundancia y el área basal fueron bajas comparadas con otros sitios tropicales y subtropicales en el mundo. Destacamos la coincidencia de algunas de las especies y familias dominantes a lo largo del Neotrópico y la ausencia de Fabaceae entre las familias más importantes. La ubicación latitudinal y algunos factores climáticos clave como la precipitación anual promedio y la duración de la época seca explican, parcialmente, los resultados.

Resumen El cambio de uso de suelo afecta la permanencia de los bosques tropicales perennifolios (BTP) y provoca la alteración de las propiedades químicas, físicas y biológicas del suelo. Nuestro objetivo fue analizar los cambios en la comunidad de hongos micorrizógenos arbusculares (HMA) asociados a sistemas manejados (cultivos y potreros) en Los Tuxtlas, Veracruz. Se seleccionaron 5 sitios por uso de suelo. Para esporas se recolectaron 5 muestras de suelo por sitio y de éstas se seleccionaron al azar 3 para cuantificar las estructuras extrarradicales, el ácido graso 16:1ω5 y la respiración fúngica; estas variables se asociaron a los cambios en las propiedades edáficas mediante un análisis de correspondencia canónica. La diversidad y riqueza de HMA fueron menores en el BTP con respecto al potrero y al cultivo. La tasa de respiración fúngica y la concentración del marcador de HMA de ácidos grasos fueron menores en los sistemas manejados, contrario a la producción del micelio extrarradical. Hubo un decremento de la concentración de nutrientes y pH en cultivos y potreros. Estos resultados muestran que los cambios en la comunidad de HMA en los sitios modificados pueden detectarse mediante variables funcionales y estructurales de estos simbiontes.

Abstract Land use change affects the permanence of tropical rainforests (TRF) and causes the alteration of the chemical, physical and biological soil properties. The aim of this work was to analyze the changes in the arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) community associated with managed systems (crops and pastures). We selected 5 sites by land use in Los Tuxtlas, Veracruz. For spores, 5 soil samples were collected per site. Three of them were used for quantification of extra-radical structures and, fatty acid 16: 1ω5 concentration, and for estimation of fungal respiration. These variables were associated with changes in soil properties by a canonical correspondence analysis. Diversity and richness were lower in the TRF than in pasture and crops. The fungal respiration rate and the concentration of fatty acids were lower in the managed systems, contrary to the production of the extraradical mycelium. There was a decrease in the nutrient content and pH in crops and pastures. These results showed that changes in the AMF community in the modified sites could be associated with the functional and structural variables of the AMF community.

Resumen Se recopilan las lecciones aprendidas de los procesos de restauración asistida útiles para promover esta actividad en territorios ecológicamente similares con el objetivo de documentar el contexto histórico y el proceso de cada tratamiento silvicultural, con edades entre 22 y 26 años, que ejecuta el Programa de Restauración y Silvicultura del Área de Conservación Guanacaste en el Sector San Cristóbal. Por medio de la revisión de literatura, visitas y entrevistas a actores clave, se respalda el hecho de que las plantaciones de Gmelina arborea (como especie nodriza) y las islas de regeneración son alternativas para acelerar la restauración del bosque secundario en términos de eliminación de pastos, recuperación de estructura y especies de bosques húmedos tropicales naturales de la zona.

Abstract This research compiles lessons learned from assisted restoration processes, useful to promote this activity in ecologically similar territories. The objective was to document the historical context and the process of each silvicultural treatment, executed by Restoration and Silviculture program of the Guanacaste Conservation Area in the San Cristóbal Sector, with ages between 22 and 26 years. Through literature review, visits and interviews with stakeholders, this research supports the fact that the plantations of Gmelina arborea (as a nurse species) and the regeneration islands are alternatives to accelerate the restoration of secondary forest in terms of removal of pastures, recovery of structure and species of natural tropical rainforests in the area.

Abstract Background: Tropical rainforests and savannas are often spatially distributed at close distances. The combined effects of soil type and arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) might contribute to explain the preference of tropical rainforest tree species for forest areas over those of savannas. However, few studies have examined such effects on pioneer tropical tree species. Objective: Evaluate the effects of soil type and inoculation with an AMF consortium on the growth of seedlings of pioneer tree species of tropical rainforest. Methods: A factorial 2 x 2 experiment was conducted to evaluate the role of soil type (rainforest or savanna) and native AMF consortium on growth (height and stem diameter) of four native pioneer tree seedling species under tree nursery conditions. Results and conclusions: The highest growth was detected on rainforest soils inoculated with AMF. Uninoculated plants growing on savanna soils rendered the lowest performance. AMF inoculation could be a valuable procedure in ecological restoration projects of tropical forests.

Resumen Antecedentes: Los bosques tropicales lluviosos y las sabanas a menudo se distribuyen a distancias cortas. Los efectos combinados del tipo de suelo y los hongos micorrízicos arbusculares (HMA) podrían contribuir a explicar la preferencia de las especies arbóreas de bosque tropical lluvioso a establecerse en áreas de bosque tropical sobre las de las sabanas. Sin embargo, pocos estudios han examinado tales efectos en especies pioneras de árboles tropicales. Objetivo: Evaluar los efectos del tipo de suelo y la inoculación con un consorcio de HMA sobre el crecimiento de plántulas de especies de árboles pioneros de bosque tropical. Métodos: Se realizó un experimento factorial 2 x 2 para evaluar el papel del tipo de suelo (bosque tropical o sabana) y un consorcio nativo de HMA sobre el crecimiento (altura y diámetro del tallo) de cuatro especies de plántulas nativas pioneras de árboles tropicales en condiciones de vivero. Resultados y conclusiones: El mayor crecimiento se detectó en suelos de bosque tropical lluvioso inoculados con HMA. Las plantas no inoculadas que crecieron en suelos de sabana mostraron el rendimiento más bajo. La inoculación con consorcios de HMA nativos puede ser un procedimiento valioso en proyectos de restauración ecológica de bosques tropicales.

Abstract This study presents the floristic list of regenerating trees, shrubs and palms sampled in 60 tropical rainforests fragments in 3 different regions (n = 20 per region): Marqués de Comillas (Chiapas), Los Tuxtlas (Veracruz) and northern region of Chiapas. In each fragment, we recorded saplings in 25 8 m2-circular plots (200 m2 per fragment). In total, we recorded 24,612 individuals belonging to 431 species, 220 genera and 70 families, including 3 new records, 2 at the state level (Piper phytolaccifolium Opiz and Coccoloba acuminata Kunth) and 1 at the national level (Piper philodendroides Standl. et Steyerm.). Mean species density was significantly higher in the best-preserved landscape (Marqués de Comillas) than in the most degraded one (northern Chiapas), and Los Tuxtlas presented an intermediate value. According to the regeneration strategy, 43% of the species were generalists (intermediate succession species), 31% shade tolerant and 13% pioneers (early succession). All regions were dominated by few species; most were rare. The percentage of threatened species did not differ between regions (5.5-6%). This study highlights the regenerative potential of forest fragments and their high conservation value in the face of increasing deforestation and degradation that threaten their persistence.

Resumen Este estudio presenta la lista florística de árboles, arbustos y palmas en regeneración muestreados en 60 fragmentos de bosque tropical húmedo en 3 regiones distintas (n = 20 por región): Marqués de Comillas (Chiapas), Los Tuxtlas (Veracruz) y región norte de Chiapas. En cada fragmento registramos las plantas leñosas en regeneración presentes en 25 parcelas circulares de 8 m2 (200 m2 por fragmento). En total, registramos 24,612 individuos pertenecientes a 431 especies, 220 géneros y 70 familias, incluyendo 3 registros nuevos, 2 estatales (Piper phytolaccifolium Opiz y Coccoloba acuminata Kunth) y 1 nacional (Piper philodendroides Standl. et Steyerm.). La densidad media de especies fue significativamente más alta en el paisaje mejor conservado (Marqués de Comillas) que en el más degradado (norte de Chiapas); Los Tuxtlas presentó un valor intermedio. De acuerdo con la estrategia de regeneración, 43% de las especies fueron generalistas (especies de sucesión intermedia), 31% tolerantes a la sombra y 13% pioneras (sucesión temprana). Todas las regiones fueron dominadas por pocas especies; la mayoría fueron raras. El porcentaje de especies amenazadas no difirió entre regiones (5.5-6%). Este estudio destaca el potencial regenerativo de los fragmentos de selva y su elevado valor de conservación frente a la creciente deforestación y degradación que amenazan su persistencia.

RESUMEN Alpinia spp. desempeñan un importante papel ecológico, como fuente de néctar, en el sotobosque de los bosques tropicales y subtropicales, donde muchas de estas especies son comunes. La especie perenne Alpinia purpurata (Vieill.) K. Schum. es nativa de las selvas tropicales de Asia y se ha utilizado como planta de corte ornamental debido a las exuberantes inflorescencias y la durabilidad posterior a la cosecha. Se investigó la morfología interna y externa, la biología floral y el sistema reproductivo de cuatro cultivares de A. purpurata, para apoyar los estudios de mejora genética de la especie. La inflorescencia de A. purpurata es terminal, globosa y tiene flores protegidas por brácteas coloridas y vistosas. Las flores blancas son tubulares bisexuales. La antesis floral de los cuatro cultivares duró entre 9 y 12 h. La viabilidad del polen fue superior al 80% durante todo el período de pre-floración en todos los cultivares evaluados. Durante la antesis, el estigma y la cresta de la antera fueron receptivos. La fructificación de los cultivares se observó después de la polinización cruzada manual. No se registró fructificación en los tratamientos de autopolinización espontánea, autopolinización manual y geitonogamia. La polinización natural indujo baja fructificación, lo que sugiere una baja disponibilidad de polinizadores en el área estudiada. La xenogamia obligatoria de A. purpurata es un facilitador para el desarrollo de nuevos híbridos para el mercado de plantas ornamentales.

ABSTRACT Alpinia spp. play an important ecological role as a source of nectar in the understory of tropical and subtropical forests and many are common. The perennial species Alpinia purpurata (Vieill.) K. Schum. is native to the tropical rainforests of Asia and has been used as an ornamental cut plant because of its lush inflorescences and post-harvest durability. The internal and external morphology, floral biology, and reproductive system of four A. purpurata cultivars were investigated to contribute to studies on the genetic improvement of this species. The inflorescence of A. purpurata is terminal and globose, and has flowers protected by colorful and showy bracts. The white flowers are tubular and bisexual. The floral anthesis of these four cultivars lasted 9 to 12 h, and the pollen viability was above 80% throughout the pre-flowering period in all evaluated cultivars. During anthesis, the stigma and anther crest were receptive because of the presence of stigmatic fluid. Fruiting was observed after hand cross-pollination, whereas no fruiting was recorded in the treatments with spontaneous self-pollination, hand self-pollination or geitonogamy. Natural pollination induced low fruiting, suggesting low pollinator availability in the studied area. The obligatory xenogamy of A. purpurata facilitates the development of new hybrids for the ornamental plant market.

SUMMARY: In southeastern Mexico, forest fires threaten the biodiversity in tropical rainforests. The aim of this work was to analyze the spatial and temporal distribution of burned areas in Montes Azules Biosphere Reserve and its area of influence over three years: 1998, 2003 and 2015. The Normalized Burn Ratio (NBR) and the Burnt Area Index for MODIS (BAIM) were extracted from near-infrared and shortwave-infrared Landsat imagery; their accuracy was validated with ASTER images. As a result, 1,628 polygons of burned areas larger than 10 ha were delimited, covering 86,500 ha and representing 11.2 % of the study area: 7.7% in 1998, 3.2% in 2003 and 0.4% in 2015. Burned areas of under 50 ha are of common occurrence each year, whereas the largest polygons (1,000 - 3,000 ha) are considered exceptional and are present only under the severe influence of El Niño weather phenomenon. The highest proportion of burned areas (54.7 %) affected agricultural lands, followed by secondary vegetation (34 %), tropical forests (7.6 %), temperate forests (2.1 %), savannah (1 %) and tular marshlands (0.6 %). Regarding burned areas, 20 % occurred within the protected area. The decreasing tendency of burned areas confirms their relationship with the intensity of ENSO. Cartographic representation of burned areas is an effective means of evaluating the effects of fire management programs and biodiversity conservation of tropical rainforests in protected areas.

RESUMEN: En el sureste de México, los incendios forestales constituyen una amenaza para la biodiversidad de las selvas tropicales húmedas. El objetivo de este trabajo fue analizar la distribución espacial y temporal de las áreas quemadas en la Reserva de la Biosfera Montes Azules y su zona de influencia, en tres años: 1998, 2003 y 2015. El método se basó en los índices NBR (Normalized Burn Ratio) y BAIM (Burnt Area Index for MODIS) derivados del infrarrojo cercano e infrarrojo de onda corta de imágenes Landsat, proceso validado con imágenes ASTER. Como resultado se delimitaron 1.628 polígonos de áreas quemadas mayores a 10 ha, cubriendo 86.500 ha que representan 11,2 % del área estudiada: 7,7 % en 1998, 3,2 % en 2003 y 0,4 % en 2015. Los polígonos menores de 50 ha fueron comunes en los diferentes años; y los de mayor extensión (1.000 - 3.000 ha) fueron excepcionales y solamente ocurrieron bajo la influencia severa del fenómeno meteorológico de El Niño. La superficie agropecuaria concentró la mayor proporción (54,7 %), seguida por vegetación secundaria (34 %), selvas (7,6 %), bosques (2,1 %), sabana (1 %) y tular (0,6 %). El área protegida concentró 20 % de las afectaciones. La tendencia decreciente de las áreas quemadas confirma su relación con la intensidad del ENOS. La representación cartográfica de las áreas quemadas constituye una alternativa para evaluar los efectos de los programas de manejo del fuego y la conservación de la biodiversidad de las selvas tropicales húmedas en las áreas protegidas.

ABSTRACT Background: The Brazil’s lancehead, Bothrops brazili, is a poorly studied pit viper distributed in lowlands of the equatorial rainforests of southern Colombia, northeastern Peru, eastern Ecuador, southern and southeastern Venezuela, Guyana, Suriname, French Guiana, Brazil, and northern Bolivia. Few studies have been reported on toxins isolated from venom of Ecuadorian and Brazilian B. brazili. The aim of the present study was to elucidate the qualitative and quantitative protein composition of B. brazili venom from Pará (Brazil), and to carry out a comparative antivenomics assessment of the immunoreactivity of the Brazilian antibothropic pentavalent antivenom [soro antibotrópico (SAB) in Portuguese] against the venoms of B. brazili and reference species, B. jararaca. Methods: We have applied a quantitative snake venomics approach, including reverse-phase and two-dimensional electrophoretic decomplexation of the venom toxin arsenal, LC-ESI-MS mass profiling and peptide-centric MS/MS proteomic analysis, to unveil the overall protein composition of B. brazili venom from Pará (Brazil). Using third-generation antivenomics, the specific and paraspecific immunoreactivity of the Brazilian SAB against homologous (B. jararaca) and heterologous (B. brazili) venoms was investigated. Results: The venom proteome of the Brazil’s lancehead (Pará) is predominantly composed of two major and three minor acidic (19%) and two major and five minor basic (14%) phospholipase A2 molecules; 7-11 snake venom metalloproteinases of classes PI (21%) and PIII (6%); 10-12 serine proteinases (14%), and 1-2 L-amino acid oxidases (6%). Other toxins, including two cysteine-rich secretory proteins, one C-type lectin-like molecule, one nerve growth factor, one 5'-nucleotidase, one phosphodiesterase, one phospholipase B, and one glutaminyl cyclase molecule, represent together less than 2.7% of the venom proteome. Third generation antivenomics profile of the Brazilian pentabothropic antivenom showed paraspecific immunoreactivity against all the toxin classes of B. brazili venom, with maximal binding capacity of 132.2 mg venom/g antivenom. This figure indicates that 19% of antivenom's F(ab')2 antibodies bind B. brazili venom toxins. Conclusion: The proteomics outcome contribute to a deeper insight into the spectrum of toxins present in the venom of the Brazil’s lancehead, and rationalize the pathophysiology underlying this snake bite envenomings. The comparative qualitative and quantitative immunorecognition profile of the Brazilian pentabothropic antivenom toward the venom toxins of B. brazili and B. jararaca (the reference venom for assessing the bothropic antivenom's potency in Brazil), provides clues about the proper use of the Brazilian antibothropic polyvalent antivenom in the treatment of bites by the Brazil’s lancehead.

Resumen Introducción: El Chocó biogeográfico posee una exuberante diversidad de especies arbóreas; no obstante, se desconoce que tanto los suelos determinan dicha diversidad. Objetivo: Se evaluó el efecto de las condiciones edáficas sobre la diversidad y dominancia arbórea en bosques lluviosos tropicales de la región. Métodos: Se establecieron siete parcelas permanentes de investigación en las localidades de Opogodó, Pacurita y Salero. En dichas parcelas, se midió la riqueza, equidad y dominancia arbórea, además se determinaron las condiciones edáficas como MO, acidez, nutrientes y textura. Resultados: Se encontró, que la diversidad fue mayor en Salero y Pacurita; pero la dominancia fue mayor en Opogodó. La diversidad se relacionó positivamente con el P disponible, Al intercambiable, porcentajes de limo y arcilla; mientras que, con el pH, MO, basas intercambiables de Ca, Mg, K y porcentaje de arena, la relación fue negativa. Por su parte, la dominancia se relacionó negativamente con el P y el Al; mientras que, la relación fue positiva con el pH, MO, Ca y porcentaje de arena. Conclusión: Se corroboró que la diversidad arbórea se relaciona negativamente con algunas variables (Ca, Mg, K) de fertilidad edáfica. En síntesis, la infertilidad edáfica, acidez y toxicidad por Al, determinan la diversidad y dominancia arbórea.

Abstract Introduction: The biogeographic Chocó presents an exuberant diversity of arboreal species; however, it is unknown if soils determine this diversity. Objective: Evaluate how edaphic conditions explain the diversity and arboreal dominance in tropical pluvial forests at a local scale. Methods: Seven permanent research plots were established in the forests of Opogodó, Pacurita and Salero. In these plots, tree diversity and dominance were measured, and edaphic conditions such as organic matter (OM), acidity, nutrients and texture were determined. Results: It was found that the diversity was much greater in Salero and Pacurita; but the dominance was greater in Opogodó. The diversity was positively related to phosphorus, aluminum, silt and clay; while, with pH, OM, calcium, magnesium, potassium and sand, the relationship was negative. On the other hand, dominance was negatively related to P and Al; while, the relationship was positive with pH, OM, Ca and sand. Conclusions: It was corroborated that the arboreal diversity is negatively related to some variables (Ca, Mg, K) of edaphic fertility. Apparently, edaphic infertility, acidity and aluminum toxicity, determine tree dynamics and diversity.

Resumen La diversidad de amebas testadas de la capa superior del suelo (0-3 cm de profundidad) fue analizada en 28 de muestras recolectadas cerca de Сuzco (seis muestras), Machu Picchu (17 muestras) y Aguas Calientes (cinco muestras), así como una muestra de sedimentos del fondo recolectada en el lago Titicaca, cerca de la ciudad de Puno, en marzo 2016. Se identificaron 144 especies de amebas testadas y taxones infra-específicos pertenecientes a 27 géneros. Un total de 19 amebas no han sido identificadas a nivel de especie y probablemente sean nuevos taxones. La riqueza de especies varía de uno a 54 taxones por muestra. La mayor diversidad fue encontrada en los bosques pluviales, prados y hábitats de agave. En los sedimentos del fondo del lago Titicaca se encontraron 2 especies hidrobiónticas del género Difflugia. En el estudio se encontraron varias especies raras con una limitada distribución geográfica, tales como: Centropyxis castaneus, C. compressa, C. deflandriana, C. latideflandriana, C. cf. ohridensis, C. cf. ovoides, C. cf. pannosus, C. stenodeflandriana, Cyclopyxis plana, C. profundistoma, Apodera vas, Argynnia retorta, A. spicata, Certesella certesi y Trachelcorythion pulchellum. Nuestro estudio llena un vacío en la distribución geográfica de algunas especies importantes de Perú, que tienen una distribución geográfica limitada, por ejemplo: Apodera vas y Certesella certesi. Los resultados muestran la continuidad de la expansión de las especies a lo largo de la costa del Pacífico.

Abstract Testate amoebae diversity from 28 surface (0-3 cm depth) soil samples found near Cuzco (6 samples), in Machu Piсchu (17 samples), in Aguas Calientes (5 samples), and one bottom sediment sample from the Lake Titicaca near the Puno collected during March of 2016 were analyzed. The 144 testate amoebae species and infra-specific taxa belonging to 27 genera were identified. Nineteen amoebae have not been identified to species level and likely represent new taxa. Species richness varied from one to 54 taxa per sample. The highest diversity was found in rainforests followed by those in meadows and agave habitats. The only bottom sample from Lake Titicaca has yielded two hydrobiont species from the genus Difflugia. In the course of the study, several rare species with limited geographical distribution were observed, namely Centropyxis castaneus, C. compressa, C. deflandriana, C. latideflandriana, C. cf. ohridensis, C. cf. ovoides, C. cf. pannosus, C. stenodeflandriana, Cyclopyxis plana, C. profundistoma, Apodera vas, Argynnia retorta, A. spicata, Certesella certesi, Trachelcorythion pulchellum. Our study fills a geographical gap in the distribution of some flagship species with restricted geographic distribution, e.g. Apodera vas and Certesella certesi in Peru. The results illustrate the continuity of expansion species along the Pacific coast.

ABSTRACT The loss of structure, diversity and functions in the rainforests makes it necessary to develop active strategies to restore their economic and ecological values. Planting selected species can help to catalyze ecosystem restoration. The capacity of the plants to survive and grow in the rainforests, where the canopy coverage changes stochastically, is associated with the intrinsic requirements of the species and their phenotypic plasticity. We used a mid-succession subtropical tree (Cabralea canjerana) to describe the morphological and physiological changes in plant acclimation to full sun and under a closed canopy, and to evaluate the establishment of this species under different intensity of canopy coverage in the rainforest. Traits related with light and water use were analyzed to identify if plants were suffering light or water stresses. Plants changed several morphological and physiological traits related with water and light use, to acclimate to different coverings. Water deficit stress drove acclimation under full sun while the stress by excess of light was irrelevant. However low light availability limited growth under the closed forest canopy. Consistently, the better growth and physiological performance were observed in the center of the gaps. The capacity of this species to acclimate both to high and low coverage and to survive makes it appropriate for enrichment programs in tropical and subtropical rainforests. The evaluation of morpho-physiological traits, even in a pot experiment, is useful to know the capacity of the species to survive and grow in different environments in the rainforest.