ABSTRACT The characterisation and evaluation of accessions are important steps in both the management of a germplasm collection and in a plant genetic improvement program. Carrying out characterisation and evaluation, whether morphological or molecular, requires observing the overall features of plants in the field, or collecting leaves for DNA extraction, which is time consuming and costly; whereas DNA extracted directly from the seeds allows access to the genome without the need for planting the seeds, which speeds up the selection of genotypes of interest and information on genetic variability. The aim was to develop a non-destructive method for extracting DNA from cashew seeds. The seeds were mechanically perforated using a mini-grinder, and a sample of the endosperm was removed. Various protocols and commercial kits for DNA extraction were tested, as well as materials to seal the opening made in the seed. It is possible to extract cashew tree DNA from the endosperm, preferably using commercial kits with cementitious adhesive as the sealing material, offering a germination percentage of 60% of the perforated seeds. program molecular field costly variability nondestructive non destructive minigrinder, minigrinder mini grinder, grinder mini-grinder removed tested seed material 60 6

Abstract Introduction: Anoectochilus formosanus is a highly valuable herb known for its efficacy in treating a wide range of diseases. However, the current methods used to differentiate this species from others within the same genus are not effective due to the high similarity in morphological characteristics and DNA barcode sequences among these species. Objective: To characterize the chloroplast (cp) genome to distinguish A. formosanus at species or isolation levels. Methods: The complete cp genome was sequenced using next-generation sequencing technology, annotated, and compared with published cp genomes of various species within the Anoectochilus genus. Results: The complete cp genome of A. formosanus is 152 658 bp in size, consisting of a large and small copy of 82 692 bp and 17 346 bp, respectively, separated by inverted repeats of 26 310 bp. Within the cp genome, there are a total of 141 genes, including 92 protein-coding genes, 10 rRNA genes, and 39 tRNA genes. This genome contains a total of 80 simple sequence repeats, with 50 long repeats. Through phylogenetic analysis, a close relationship was observed between A. formosanus in Vietnam and A. formosanus samples from China (NC_061756.1). However, genomic comparisons highlighted differences between the two cp genomes, specifically in their reverse repeat sequences. Conclusion: These findings reveal distinct variations in the cp genome of A. formosanus in Vietnam, offering valuable insights into the taxonomy, plant identification, breeding, and conservation programs related to this herb in Vietnam.

Resumen Introducción: Anoectochilus formosanus es una orquídea herbácea muy valiosa, conocida por su eficacia en el tratamiento de una amplia gama de enfermedades. Sin embargo, los métodos actuales utilizados para diferenciar esta especie de otras dentro del mismo género no son efectivos debido a la gran similitud en las características morfológicas y las secuencias de códigos de barras de ADN entre estas especies. Objetivo: Caracterizar el genoma del cloroplasto (cp) para distinguir A. formosanus a nivel de especie o de aislamiento. Métodos: El genoma completo del cp se secuenció utilizando tecnología de secuenciación de nueva generación, se anotó y se comparó con los genomas del cp publicados de varias especies del género Anoectochilus. Resultados: El genoma del cp completo de A. formosanus tiene un tamaño de 152 658 pb y consta de una copia grande y pequeña de 82 692 pb y 17 346 pb, respectivamente, separadas por repeticiones invertidas de 26 310 pb. Dentro del genoma del cp, hay un total de 141 genes, incluidos 92 genes codificadores de proteínas, 10 genes de ARNr y 39 genes de ARNt. Este genoma contiene un total de 80 repeticiones de secuencia simple, con 50 repeticiones largas. Mediante análisis filogenético, se observó una estrecha relación entre A. formosanus de Vietnam y muestras de A. formosanus de China (NC_061756.1). Sin embargo, las comparaciones genómicas resaltaron diferencias entre los dos genomas del cp, específicamente en sus secuencias de repetición invertida. Conclusión: Estos hallazgos revelan distintas variaciones en el genoma del cp de A. formosanus en Vietnam, lo que ofrece información valiosa sobre la taxonomía, la identificación de plantas, la reproducción y los programas de conservación relacionados con esta hierba en Vietnam.

Abstract Background Merkel cell polyomavirus (MCPyV), a human polyomavirus that is unequivocally linked to merkel cell carcinoma (MCC), has been found in association with keratinocytes carcinomas (KC), especially basal cell carcinoma (BCC) and cutaneous squamous cell carcinoma (cSCC). Nevertheless, there is scarce information about the possible involvement of MCPyV in the development of KC. Objectives To assess the presence of MCPyV DNA and Large-T Antigen (LT-Ag) via Polymerase Chain Reaction (PCR) and Immunohistochemistry (IHC) in cases of KC, and to correlate its presence with immunohistochemical markers p16, p53, and ki67, tumor type and subtype, sun-exposed location, and epidemiological data. Methods The prevalence of MCPyV DNA, LT-Ag, and immunohistochemical markers p16, p53, and ki67 was assessed by PCR and Immunohistochemistry (IHC) in 127 cases of KC, these results were correlated with tumor type and subtype, sun-exposed location, and epidemiological data. Results The MCPyV DNA was detected in 42.57% (43 of 101) cases by PCR, the LT-Ag was detected in 16.4% (20 of 122) of cases, p16 in 81.5% (97 of 119), p53 in 66.4% (83 of 125), ki67 in 89% (73 of 82). No correlation between MCPyV LT-Ag and DNA confronted with tumor type, subtype, location site, and immunohistochemical markers was found. A single correlation between the MCPyV LT-Ag and cSCC tumors and peri-tumoral lymphocyte cells was noted. Study limitations Further steps need to be taken to better evaluate the MCPyV influence and its possible role in KC carcinogenesis, as the evaluation of the virus genome state, the gene sequence that encodes LT-Ag in the KC tumor cells, and in situ hybridization for viral DNA or RNA in these cells. Conclusions Despite the frequent detection of MCPyV in KC, the data available so far does not support the hypothesis of a causal relationship between them. MCPyV, , (MCPyV) MCC, MCC (MCC) (KC) BCC (BCC cSCC. . (cSCC) Nevertheless LargeT Large T LTAg LT Ag (LT-Ag (PCR IHC (IHC p ki subtype sunexposed sun exposed LTAg, Ag, ki6 12 4257 42 57 42.57 43 (4 101 164 16 4 16.4 20 (2 122 p1 815 81 5 81.5 97 (9 119, 119 119) p5 664 66 66.4 83 (8 125, 125 125) 89 73 (7 82. 82 82) site peritumoral peri tumoral noted carcinogenesis state them (MCPyV (MCC (KC (cSCC 1 425 42.5 ( 10 16. 2 8 81. 9 11 6 66. 7 42.

ABSTRACT Introduction: Chikungunya virus (CHIKV) is an alphavirus with a single-stranded RNA genome belonging to the Togaviridae family. It is transmitted through the bite of mosquitoes of the Aedes sp. genus and is characterized by fever and disabling joint pain. Objetive: Determine the clinical and epidemiological characteristics of the chikungunya virus in pediatric patients who attended a Regional Hospital in Paraguay between January and June 2023. Materials and method: Quantitative, observational, descriptive cross-sectional study. All patients with variables of interest were included in the study; sex, age, origin, clinical findings and atypical symptoms. Results: A total of 465 clinical records of patients with confirmed chikungunya were reviewed. The minimum age of the patients was four days, and the maximum was 17 years; half of the patients were between 1 and 10 years of age. Male predominance in 52.7%, patients from urban areas in 72.5%. 62.6% had a typical presentation of chikungunya infection, and 37.4% had an atypical presentation. Fever, polyarthralgia, myalgia, headache, vomiting, and nausea predominated in the usual manner. In the atypical form, alterations of the cardiovascular system, bleeding dyscrasias, and pneumonia, among others, predominate. 4.3% presented complications, including encephalitis-meningoencephalitis and myocarditis. There was a death rate of 10.8%. Conclusion: Male sex predominated, coming from urban areas with typical presentation of chikungunya, with predominant symptoms of fever, polyarthralgia, and myalgia. Atypical form alteration of the cardiovascular system, bleeding dyscrasias, pneumonia. 4.3% presented complications, 10.8% died.

RESUMEN Introducción: El virus chikungunya (CHIKV), es un alfavirus con genoma de ARN monocatenario, perteneciente a la familia Togaviridae, transmitido a través de la picadura de mosquitos del género Aedes sp., caracterizada por fiebre y dolores articulares incapacitantes. Objetivo: Determinar las características clínicas y epidemiológicas del virus chikungunya en pacientes pediátricos que acudieron a un Hospital Regional de Paraguay entre enero y junio del 2023. Material y Métodos: Estudio cuantitativo, observacional, descriptivo de corte transversal. Se incluyeron en el estudio todos los pacientes que presenten variables de interés; sexo, edad, procedencia, hallazgos clínicos y síntomas atípicos. Resultados: Se ha realizado la revisión de 465 fichas clínicas de pacientes con cuadro confirmado de chikungunya. La edad mínima de los pacientes fue de 4 días y la máxima de 17 años, la mitad de los pacientes estuvieron ubicados entre 1 y 10 años de edad. El 62,6% tuvo una presentación típica del cuadro de infección por chikungunya, el 37,4% tuvo una forma de presentación atípica. El 4,3% presentó complicaciones entre las que se citan encefalitis-meningoencefalitis y miocarditis. El 10,8% tuvo desenlace fatal, obitó. Conclusión: En cuanto a los datos demográficos, hubo predominio del sexo masculino y procedencia urbana. En cuanto a la presentación clínica, se reportaron formas típicas con fiebre, polialtralgias y mialgias. Las formas atípicas se presentaron con alteración del sistema cardiovascular, discrasia sanguínea y neumonías asociadas. Los casos que se consideraron complicados representan el 4,3% de la muestra y fue del 10,8% la mortalidad.

ABSTRACT Hop stunt viroid (HSVd) is the causal agent of citrus cachexia, which can lead to significant crop losses. As part of a preventive management strategy, it is essential to use healthy plants from a certification program. This study aimed to evaluate the healthiness of 17 citrus cultivars against HSVd using both biological and molecular diagnostics. For biological diagnosis, Etrog citron (Citrus medica L.) clone Arizona 861 S1 was used as an indicator plant, incorporating negative and positive controls for HSVd infection. For molecular diagnosis, reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) technique was employed with specific primers for viroid detection. Results indicated that six months after inoculation, the positive control exhibited symptoms associated with viroid infection, such as necrosis in the petiole and stem, leaf epinasty, and necrosis in the midvein. In contrast, both the negative control and evaluated citrus cultivars showed no symptoms. These findings were supported by molecular analysis, which allowed the amplification of a viroid genome region only in the positive control. Both biological and molecular diagnosis confirmed the absence of HSVd in the citrus varieties assessed. This study will allow the evaluation of the citrus plant collections used in the foundation category as a source of buds for plant multiplication of registered and certified seeds for citrus propagation nurseries in Colombia.

RESUMEN El viroide del enanismo del lúpulo (HSVd) es el agente causal de la cachexia de los cítricos, que puede provocar pérdidas significativas en el cultivo. Como parte de una estrategia de manejo preventivo, es indispensable utilizar plantas sanas provenientes de un programa de certificación. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la sanidad de 17 cultivares de cítricos frente a HSVd, utilizando diagnósticos biológico y molecular. Para el diagnóstico biológico, se empleó como planta indicadora cidro Etrog (Citrus medica L.) clon Arizona 861 S1, incluyendo controles negativos y positivos para la infección por HSVd. Para el diagnóstico molecular se utilizó la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa con Transcriptasa Inversa (RT-PCR) con cebadores específicos para la detección del viroide. Los resultados indicaron que seis meses después de la inoculación, el control positivo mostró síntomas asociados con la infección por el viroide, como necrosis en el peciolo y tallo, epinastia foliar y necrosis en vena media. Por el contrario, tanto el control negativo como los cultivares de cítricos evaluados no presentaron síntomas. Estos resultados fueron corroborados por el análisis molecular, que permitieron amplificar una región del genoma del viroide, únicamente en el control positivo. Ambos diagnósticos biológico y molecular confirmaron la ausencia de HSVd en las variedades de cítricos evaluadas. Este estudio permitirá la evaluación de las colecciones de plantas de cítricos utilizadas en la categoría fundación como fuente de yemas para la multiplicación de semilla registrada y certificadapara los viveros productores de material de propagación de cítricos en Colombia.

Abstract Background: The chloroplast genomes of Cactaceae exhibit boundary modifications in the inverted repeat regions (IRs), gene inversions, and deletions. Among nine Mammillaria species, three distinct chloroplast structures have been identified, although not all of these correspond to the morphology-based classification of the genus. Question: Is there a distinct chloroplast genome structure in the species of Mammillaria series Stylothelae? Studied species: Mammillaria bocasana and M. erythrosperma. Study site and dates: Mexico from 2019 to 2023. Methods: Chloroplast DNA was sequenced, and chloroplast genomes were de novo assembled using the Fast-Plast program. Complete plastome sequences were annotated and verified. The sequences were aligned in MAUVE program to detect possible structural changes. A maximum likelihood phylogeny was executed to evaluate the relationships of the studied species. Results: The plastomes ranged from 107,368 bp in Mammillaria bocasana to 108,069 bp in M. erythrosperma. Both presented a quadripartite structure and contained 108 genes. The IRs were ~ 1,600 bp long and included the genes rpl2, rpl23 (pseudo), and trnI-CAU. MAUVE identified a ~ 21 kb inversion in the large single copy containing a block of genes related to photosynthesis. The phylogenetic analysis placed both species in a single clade separated from the other species within Mammillaria subg. Mammillaria. Conclusions: The studied species of Mammillaria series Stylothelae exhibited a different and synapomorphic chloroplast genome structure. Other Mammillaria chloroplast genome structures have evolved independently in different lineages.

Resumen Antecedentes: Los genomas de cloroplasto de Cactaceae exhiben modificaciones en los límites de las regiones repetidas inversas (IRs), inversiones de genes y deleciones. En nueve especies de Mammillaria, se han encontrado tres estructuras de cloroplasto distintas, aunque no todas corresponden a las clasificaciones basadas en morfología. Pregunta: ¿Existe una estructura de genoma de cloroplasto distinta en las especies de Mammillaria serie Stylothelae? Especies estudiadas: Mammillaria bocasana y M. erythrosperma. Sitio y años de estudio: México, de 2019 a 2023. Métodos: ADN de cloroplasto fue secuenciado y los plastomas fueron ensamblados de novo usando el programa Fast-Plast. Las secuencias completas fueron anotadas y verificadas. Las secuencias fueron alineadas en el programa MAUVE para detectar posibles cambios estructurales. Un análisis filogenético con máxima verosimilitud evaluó las relaciones de las especies estudiadas. Resultados: Los plastomas variaron desde 107,368 pb de longitud en Mammillaria bocasana hasta 108,069 pb en M. erythrosperma. Ambos presentaron una estructura cuadripartita y contuvieron 108 genes. Las IRs tuvieron ~1,600 pb y contuvieron los genes rpl2, rpl23 (pseudo) y trnI-CAU. MAUVE identificó una inversión de ~21 kb en la región larga de copia única que contiene genes relacionados con la fotosíntesis. El análisis filogenético recuperó a ambas especies como grupos hermanos dentro de Mammillaria subg. Mammillaria. Conclusiones: Las dos especies estudiadas de Mammillaria serie Stylothelae presentaron una estructura de plastoma sinapomórfica. Otras estructuras de plastomas de Mammillaria han evolucionado independientemente en linajes diferentes.

Abstract The progress in genetic material sequencing enhanced diverse research opportunities related to genomics, transcriptomics and other -omics areas. A need in the development of more accessible and efficient techniques resulted in the second- (NGS) and third-generation technologies (TGS). In this paper we aimed to characterize the main sequencing methods of second- and third-generation. NGS technology is based on the sequencing by biosynthesis of short fragments with high quality and precision, while TGS are specialized in long fragment sequencing by nanopores and single-molecule, real-time technologies. Illumina and PacBio have more precise and high-quality data, compared to Oxford Nanopore Technologies (ONT). However, nanopores long reads address errors in genome assembly, commonly associated with small lectures. All analyzed technologies have production-scale sequencers, but only ONT and Illumina developed benchtop products. ONT also presents portable sequencers for small projects. Latinoamerican countries have less coverage and technical support of sequencing technologies, and only Illumina is sited in this region. Each sequencing technology have advantages and limitations regarding their techniques and their coupled use is promoted to make a deeper analysis of the data, therefore the development of new bioinformatics programs remain as one of the principal obstacles to overcome to enhance the application of these technologies.

Resumen El avance en la secuenciación de material genético ha favorecido el estudio de nuevas áreas de investigación relacionadas a la genómica, transcriptómica y demás ciencias -ómicas. Esto creó la necesidad de desarrollar nuevas tecnologías más accesibles y eficientes, como las tecnologías de segunda y tercera generación. Por ello, esta revisión caracterizó las principales metodologías de secuenciación de segunda y tercera generación. Las tecnologías de segunda generación se ven representadas por la secuenciación por síntesis fragmentos cortos con alta calidad y precisión. En la tercera generación se especializan en lecturas largas secuenciadas por nanoporos y secuenciación de una sola molécula en tiempo real. Las empresas Illumina y PacBio poseen una mayor calidad y precisión en las lecturas, en comparación a Oxford Nanopore Technologies (ONT). Sin embargo, las lecturas de ONT solucionan problemas del ensamblaje genómico propios de lecturas cortas. Todas las tecnologías analizadas poseen secuenciadores para proyectos de producción a escala; Illumina y ONT también poseen secuenciadores sobremesa, y solamente la última presenta dispositivos portátiles. Con respecto a la accesibilidad, los países centroamericanos poseen poca cobertura por parte de estas empresas, siendo Illumina la única con una distribuidora radicada en la región. Cada tecnología de secuenciación posee ventajas y desventajas asociadas, lo cual impulsa a su uso en conjunto, lo que permite análisis más convenientes y completos. Por lo cual el desarrollo de nuevos programas bioinformáticos para la mejora del análisis corresponde a consideraciones que deben ser abordadas con la intención de fortalecer el uso de las técnicas de secuenciación.

Summary: Arachis hypogaeaL. originated in South America and has been taken to most of the tropical and sub-tropical parts of the world as a valuable food crop with high protein content and a source of high energy unsaturated oil. The origin of the cultivated peanut, 2n = 4x= 40, has been the subject of many discussions, but the primitive parents have been agreed on by most asA. duranensisbeing the A genome donor andA. ipaënsisthe B donor; both diploids with 2n= 20. Whether the chromosome doubling of this hybrid occurred in a natural setting or in the garden of a hunter-gatherer-cultivator is also a subject of debate, but most likely it occurred in nature. Molecular analyses have established thatA. duranensiswas the female of the cross. Until recently no one had been successful in making and establishing plants of the cross in that direction. However, the reciprocal cross is easily accomplished and has been reported several times. The primary objective of this paper is to report the successful cross and development of hybrid plants, amphidiploids and populations from the hybrid,A. duranensis×A. ipaënsis.

Resumen: Arachis hypogaeaL. se originó en América del Sur y ha sido llevado a gran parte de las zonas tropicales y subtropicales del mundo como un valioso cultivo alimenticio con alto contenido de proteínas y como una fuente de aceite insaturado. El origen del maní cultivado, 2n= 4x= 40, ha sido objeto de muchas discusiones, pero la mayoría concuerda en queA. duranensissería el donante del genoma A yA. ipaënsisel donante B; ambos diploides con 2n= 20. También es objeto de debate si la duplicación cromosómica de este híbrido ocurrió en un entorno natural o en el jardín de un cazador-recolector-cultivador. Los análisis moleculares han establecido queA. duranensisfue el progenitor femenino del cruzamiento. Hasta hace poco nadie había tenido éxito en hacer el cruzamiento y establecer plantas del mismo en esa dirección. El cruzamiento recíproco se logra fácilmente y se ha informado varias veces. El objetivo principal de este trabajo es informar sobre el éxito del cruzamiento y el desarrollo de plantas híbridas, anfidiploides y poblaciones del híbridoA. duranensis×A. ipaënsis.

Resumen En este trabajo presentamos el análisis de la secuencia mitocondrial completa de una muestra biológica perteneciente a Blas Jaime, reconocido como chaná, hablante de la lengua chaná y originario de la región centro-sur de la provincia de Entre Ríos. La información se presenta en el contexto genealógico y geográfico de Jaime, y en el marco de los antecedentes genéticos disponibles para la región. El objetivo de este estudio es aportar al conocimiento, desde una perspectiva multidisciplinaria, de la lengua chaná a partir de la información lograda, desde la reconstrucción genealógica y del secuenciamiento del genoma mitocondrial de Blas Jaime. Los resultados sugieren la existencia de un vínculo filogenético y diferenciación temprana con indígenas kayapó de la región central de Brasil y con pobladores del este de Paraguay.

Abstract In this work, we present the analysis of the complete mitochondrial sequence of a biological sample belonging to Blas Jaime, recognized as Chaná, speaker of the Chaná language, and native of the southern-central region of the province of Entre Ríos. The information is presented within the genealogical and geographical context of Jaime and in the framework of the genetic background available for the region. The objective of this study is to contribute to the understanding, from a multidisciplinary perspective, of the contexts of the Chaná language based on the information obtained from genealogical reconstruction and the sequencing of the Blas Jaime’s mitochondrial genome. The results suggest the existence of a phylogenetic link and early differentiation with Kayapó indigenous peoples from the central region of Brazil and with inhabitants of eastern Paraguay.

Resumo Neste trabalho, apresentamos a análise da sequência mitocondrial completa de uma amostra biológica pertencente a Blas Jaime, reconhecido como Chaná, falante da língua Chaná e originário da região centro-sul da província de Entre Ríos. A informação é apresentada no contexto genealógico e geográfico de Jaime e no âmbito dos antecedentes genéticos disponíveis para a região. O objetivo deste estudo é contribuir para o conhecimento, a partir de uma perspectiva multidisciplinar, dos contextos da língua Chaná com base das informações obtidas na reconstrução genealógica e no sequenciamento do genoma mitocondrial de Blas Jaime. Os resultados sugerem a existência de um vínculo filogenético e diferenciação precoce com os indígenas Kayapó da região central do Brasil e com habitantes do leste do Paraguai.

Abstract The objective was to know the population structure of Holstein animals in the family dairy system, to identify possible origins of the genetic material, to know the degree of inbreeding and to identify possible traces of selection in the genome, which allow glimpses of the traits that have been improved over the years. The study included 270 animals genotyped with the GGP-50K® chip. After genotype quality control, 43,548 autosomal SNPs were included. To know the population structure, analyses of mixtures and principal components (PCs) were performed. To know genomic inbreeding and detect traces of selection, information on runs of homozygosity (ROH) was used. Mixture analysis was performed with the Admixture software, and PC, ROH and inbreeding analyses were performed with SVS-v7.6.8. Mixture analysis showed evidence of six components, all linked to Holstein bulls families with different country of origin. The PCs did not show stratification of the population by herd. The mean inbreeding coefficient was 0.59 ± 0.53 %. In the regions of the genome with ROHs most frequent in the population (≥20 animals), numerous associations, QTLs and genes related to milk production and composition, fertility parameters, susceptibility to diseases, body conformation, feed efficiency and some characteristics of carcass composition have been reported. The results reflect the existence of a wide genetic diversity in this population and the possibility of carrying out genetic improvement work through selection without affecting inbreeding levels.

Resumen El objetivo fue conocer la estructura poblacional de los animales Holstein del sistema de lechería familiar, identificar posibles orígenes del material genético, conocer el grado de consanguinidad e identificar posibles huellas de selección en el genoma, que permitan vislumbrar las características que se han mejorado a través de los años. El estudio incluyó 270 animales genotipados con el chip GGP-50K®. Después del control de calidad de genotipos, se incluyeron 43,548 SNP autosómicos. Para conocer la estructura poblacional se realizaron análisis de mezclas y componentes principales (CP). Para conocer la consanguinidad genómica y detectar huellas de selección, se usó información de corridas de homocigosidad (ROH). El análisis de mezclas se realizó con el software Admixture, y los de CP, ROH y consanguinidad se realizaron con SVS-v7.6.8. El análisis de mezclas mostró evidencia de seis componentes, todos ligados a familias de sementales Holstein con diferente país de origen. Los CP no evidenciaron estratificación de la población por hato. El coeficiente de consanguinidad promedio fue de 0.59 ± 0.53 %. En las regiones del genoma con ROH más frecuentes en la población (≥20 animales), se han reportado numerosas asociaciones, QTL y genes relacionados con producción y composición de la leche, parámetros de fertilidad, susceptibilidad a enfermedades, conformación corporal, eficiencia alimenticia y algunas características de composición de la canal. Los resultados reflejan la existencia de una amplia diversidad genética en esta población y la posibilidad de realizar trabajos de mejoramiento genético a través de selección sin afectar los niveles de consanguinidad.

Resumen: Esta investigación parte de análisis previos, en los que se abordaron los problemas internos que se suscitan en las organizaciones de contrapoder, esto es, que en un número significativo de los grupos que enfrentan los estragos del neoliberalismo, también se registran luchas por el poder y obtención de privilegios, tal y como acontece en la lucha de los partidos políticos. Dicha manera de proceder deja a ojos vistas que estas actitudes son aprendidas, lo cual se relaciona con el funcionamiento del cerebro humano. En este sentido, un número considerable de las dificultades cotidianas, tienen una fuente enraizada en los genes, así como en el desarrollo cerebral, producto de su evolución. Por ello, el objetivo consiste en exponer la relación de algunos avatares que las personas enfrentan en la actualidad en relación con la herencia biológica.

Abstract: This research is based on previous analyses, in which the internal problems that arise in counter-power organizations were addressed, that is, the fight to obtain privileges. Therefore, this way of proceeding clearly shows that some human attitudes such as the search for obtaining privileges is an individual problem, not due to a political, economic or other system. In the same way, a considerable number of the daily difficulties that we go through individually have a source rooted in genes as well as in brain development, a product of the evolution of the human species. Therefore, the objective is to expose the relationship of some vicissitudes that people currently face in relation to biological inheritance.

ABSTRACT Background: Since to the prognosis of lung squamous cell carcinoma is generally poor, there is an urgent need to innovate new prognostic biomarkers and therapeutic targets to improve patient outcomes. Objectives: Our goal was to develop a novel multi-gene prognostic model linked to neutrophils for predicting lung squamous cell carcinoma prognosis. Methods: We utilized messenger RNA expression profiles and relevant clinical data of lung squamous cell carcinoma patients from the Cancer Genome Atlas database. Through K-means clustering, least absolute shrinkage and selection operator regression, and univariate/multivariate Cox regression analyses, we identified 12 neutrophil-related genes strongly related to patient survival and constructed a prognostic model. We verified the stability of the model in the Cancer Genome Atlas database and gene expression omnibus validation set, demonstrating the robust predictive performance of the model. Results: Immunoinfiltration analysis revealed remarkably elevated levels of infiltration for natural killer cells resting and monocytes in the high-risk group compared to the low-risk group, while macrophages had considerably lower infiltration in the high risk group. Most immune checkpoint genes, including programmed cell death protein 1 and cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4, exhibited high expression levels in the high risk group. Tumor immune dysfunction and exclusion scores and immunophenoscore results suggested a potential inclination toward immunotherapy in the "RIC" version V2 revised high risk group. Moreover, prediction results from the CellMiner database revealed great correlations between drug sensitivity (e.g., Vinorelbine and PKI-587) and prognostic genes. Conclusion: Overall, our study established a reliable prognostic risk model that possessed significant value in predicting the overall survival of lung squamous cell carcinoma patients and may guide personalized treatment strategies. (Rev Invest Clin. 2024;76(2):116-31)

Resumo A síndrome VEXAS (vacúolos, enzima E1, cromossoma X, autoinflamação, mutação somática) foi identificada em 2020 por Beck et al, ao analisar o genoma de 2560 doentes com diferentes tipos de manifestações autoinflamatórias. Fizemos uma revisão da literatura com o objetivo de divulgar a evidência científica existente e aumentar o grau de suspeição clínica da comunidade médica. Atualmente, estão identificadas várias mutações associadas a esta síndrome, originando defeitos na ubiquitinação e ativação do sistema imune inato. Da análise fenotípica dos portadores da mutação, foram encontradas características comuns: sexo masculino, idade superior a 50 anos, citopenias, febre e sintomas constitucionais, podendo estar envolvidos todos os órgãos e sistemas com manifestações e proporções variáveis. A natureza inflamatória e multissistémica desta doença representa uma dificuldade acrescida no seu diagnóstico e tratamento, cursando com elevada morbimortalidade. Atualmente, os tratamentos com maior eficácia demonstrada são corticoterapia, azacitidina, inibidores da JAK-1/2 e inibidores da interleucina-6, parecendo também existir benefício com o transplante autólogo de células estaminais. Tendo em conta a sua identificação recente e baixo número de doentes diagnosticados, a maioria dos estudos disponíveis apresentam limitações relacionadas com a metodologia e curta duração de seguimento, imperando a necessidade de ensaios clínicos prospetivos de modo a definir as melhores estratégias terapêuticas e melhorar o prognóstico destes doentes.

Abstract VEXAS (vacuoles, E1 enzyme, X-linked, autoinflammatory, somatic) syndrome was identified in 2020 by Beck et al, when analyzing the genome of 2560 patients with different types of autoinflammatory manifestations. A literature review was carried out with the aim of disseminating existing scientific evidence and increasing the degree of clinical suspicion of the medical community. Currently, many mutations associated with this syndro-me have been identified, causing defects in the ubiquitylation and activation of the innate immune system. From the phenotypic analyses of the mutation carriers, some common features were found: male, over 50 years old, cytopenias, fever and constitutional symptoms, and all organs and systems with variable manifestations and proportions may be involved. The inflammatory and multi-systemic nature of this disease leads to a diagnostic and treatment challenge, adding to the already existing high morbimortality. Presently, the treatments with greater efficiency are corticosteroid therapy, azacytidine, JAK-1/2 inhibitors and interleukin-6 inhibitors. There are also benefits in autologous stem cell transplants. Given its recent identification and low number of diagnosed patients, most available studies have limitations related to the methodology and short duration of follow-up, prevailing the need for prospective clinical trials in order to define the best therapeutic strategies and to improve these patients’ prognosis.

Abstract Introduction. Vitamin D is required for bone and mineral metabolism and participates in the regulation of the immune response. It is also linked to several chronic diseases and conditions, usually in populations of European descent. Brazil presents a high prevalence of vitamin D deficiency and insufficiency despite the widespread availability of sunlight in the country. Thus, it is important to investigate the role of vitamin D as a risk factor for disease and to establish causal relationships between vitamin D levels and health-related outcomes in the Brazilian population. Objective. To examine genetic variants identified as determinants of serum vitamin D in genome-wide association studies of European populations and check whether the same associations are present in Brazil. If so, these single nucleotide polymorphisms (SNPs) could be developed locally as proxies to use in genetically informed causal inference methods, such as Mendelian randomization. Materials and methods. We extracted SNPs associated with vitamin D from the genome-wide association studies catalog. We did a literature search to select papers ascertaining these variants and vitamin D concentrations in Brazil. Results. GC was the gene with the strongest association with vitamin D levels, in agreement with existing findings in European populations. However, VDR was the most investigated gene, regardless of its non-existing association with vitamin D in the genomewide association studies. Conclusions. More research is needed to validate sound proxies for vitamin D levels in Brazil, for example, prioritizing GC rather than VDR.

Resemen Introducción. La vitamina D es necesaria para el metabolismo óseo y mineral, y participa en la regulación de la respuesta inmunitaria. También está relacionada con enfermedades crónicas en poblaciones europeas. En Brasil, existe una prevalencia elevada de deficiencia e insuficiencia de vitamina D, a pesar de la amplia disponibilidad de luz solar. Por lo tanto, es importante investigar el papel de la vitamina D como factor de riesgo de diversas enfermedades y establecer relaciones causales entre los niveles de vitamina D y los problemas de salud en la población brasileña. Objetivo. Examinar variantes genéticas relacionadas con la vitamina D sérica en estudios de asociación genómica de poblaciones europeas y comprobar si estas mismas están presentes en Brasil. De ser así, estos SNPs podrían utilizarse como proxies en métodos de inferencia causal, tales como la aleatorización mendeliana. Materiales y métodos. A partir del catálogo de estudios de asociación de genoma completo se extrajeron SNPs relacionados con los niveles de vitamina D. Luego se hizo una búsqueda bibliográfica para identificar los artículos que evaluaran estos SNPs y la concentración de vitamina D en Brasil. Resultados. GC fue el gen más fuertemente asociado con los niveles de vitamina D, en concordancia con los resultados existentes en poblaciones europeas. Sin embargo, el gen VDR fue el más investigado, aunque no esté vinculado con la vitamina D en los estudios de asociación de genoma completo. Conclusiones. Se necesita más investigación para validar proxies genéticos de los niveles de vitamina D en Brasil y se recomienda priorizar el gen GC en lugar de VDR.

Abstract Background: High-risk Human Papillomaviruses (HR-HPVs) are the etiological agents of cervical cancer and its preneoplastic lesions. HPV16 and 18 are the most frequent HR-HPV genotypes detected in cervical cancer. HR-HPV genome integration into the host cell is an important event in the carcinogenic process. However, it remains uncertain which stage of cervical carcinogenesis HPV16 and 18 integration occurs in the Chilean population. Aim: The goal of this study was to evaluate HPV16 and HPV18 integration in preneoplastic lesions of the cervix. Methods: DNA was extracted from 108 cervical scrape samples with preneoplastic lesions. HPV was genotyped using PCR and non-radioactive hybridization. The integration status of HPV16 and HPV 18 was determined by evaluating the E2 gene presence through PCR. Results: HPV16 and HPV18 tested positive in 36.1% and 12.0% of samples, respectively. HPV16 was found integrated in 23.1% of HPV 16 cases, while HPV 18 in 100% of samples positive for this viral genotype. Conclusions: HR-HPV integration is an early event in cervical carcinogenesis, occurring in nearly half of preneoplastic lesions and being more frequent in HPV18 than in HPV16. The evaluation of HR-HPV integration can be utilized as a complementary tool for detecting HPV in the Chilean population.

Resumen Introducción: El virus del papiloma humano de alto riesgo (VPH-AR) es responsable del cáncer de cuello uterino y sus lesiones preneoplásicas. Los genotipos VPH16 y VPH18 son los más frecuentes en este cáncer. La integración del VPH-AR en el genoma de la célula hospedera es crucial en la carcinogénesis cervical, pero la etapa en que ocurre en la población chilena es incierta. Objetivo: Evaluar la integración de VPH16 y VPH18 en lesiones pre-neoplásicas de cuello uterino. Métodos: Se analizaron 108 muestras de raspados cervicales. El VPH se genotipificó mediante reacción de polimerasa en cadena (RPC) e hibridación no radiactiva. La integración de VPH16 y VPH18 se determinó por presencia del gen E2 mediante RPC. Resultados: VPH16 y VPH18 se detectaron en 36,1% y 12,0% de las muestras, respectivamente. El VPH16 se integró en 23,1% de los casos de VPH16, mientras que VPH18 se integró en 100% de las muestras positivas para este genotipo. Conclusiones: La integración VPH-AR es un evento temprano en la carcinogénesis cervical que ocurre en casi la mitad de las lesiones pre-neoplásicas y es más frecuente en VPH18 que en VPH16. La evaluación de la integración VPH-AR puede ser una herramienta útil para detectar el virus en la población chilena.